Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr09 85040211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 160 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 89 of 292
Found at i:27411016 original size:286 final size:286
Alignment explanation
Indices: 27410083--27412712 Score: 3672
Period size: 288 Copynumber: 9.2 Consensus size: 286
27410073 CATGAGGTCA
* * * * *
27410083 CCCATGCATGCTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATTGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* *
27410148 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTAT--CACTGGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27410211 AATTTAAATTCGACTAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* * *
27410276 TGAGATATTAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGCGGGGTGCAACACGAGGACTTCACAGGA
196 TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
27410341 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
261 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * *
27410367 CCCAAGCTCGCTTAGCTGCGGAGTTCTGATAGGATCCGGTGCATTAGTACTGGTATGATCGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* *
27410432 CATCAATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * * * * *
27410497 AGTTCAAATTCGACCAAATAATGTTTAGAGTGATTTATTTCATAAATAAATAATTAGTAAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* *
27410562 TGAGATATAAAAAAAAATTTACATGAGTTATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA
196 TGAGATAT-AAAAAAAA-TTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
* *
27410627 AAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTG
259 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * *
27410655 CCCAATCACTCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCAGTTCATTAGTGCTGGTATTATCGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * * *
27410720 CGCCAATTCTTGTGCGTTCTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTAGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * *
27410785 AATTCAAAATCAACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTC-TACATAACTAATTAGTTAAACG
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTA-TTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
* * *
27410849 ATGAGATATAAAAAAAGTTATATGAGATATAAAATAGGAGGAGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
195 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
* *
27410914 AGGTCACCCATCCAAGTACTACTCTTG
260 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * *
27410941 CCCAAGCACGCTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCTGTGCAGTAGTGCTGGTACGATCGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * *
27411006 TGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTGTATAAAGGCTACCCCTTATCGCAATTGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27411071 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTTGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTTGTTAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
*
27411136 TGAGATATAAAAGAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAG
196 TGAGATAT-AAA-AAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
*
27411201 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACACTCG
259 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * * *
27411229 CCCAAGCACACTTGACTACGGACTTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAAT-GTAC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG-ATCGCAC
* * * *
27411293 CCGTCAATTCTTGTGGATTCTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTT
65 CCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTT
* *
27411358 GAATTTAAATTCGTCCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAGCTAATTAGTTAAACG
130 GAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
* * *
27411423 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAAAAGGAGGAGTGCAACACGAGGACTTCCTAGG
195 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
27411488 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
260 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * * * * *
27411515 CCCAAGCACGCTTACCGGTAGAGTTCTAATGGGATTCGGTGCATTTGGGCTGATATGATCGCACT
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* *
27411580 CGTCAATTGTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCAAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27411645 AATTTAAATTCGGCAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* * *
27411710 TAAGATATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAAATAGGAAGGGGTGCAACAGGAGAACTTCCC
196 T--GAGATATAAAAAAAATTACATGAGATAT-AAAATAGG-AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCC
* * *
27411775 AGGAGGTTACCCATCCTTGTACTACACTCG
257 AGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * * *
27411805 CCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGATGTATTAGTGCTGGTATGACCCCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * ** *
27411870 CGTCTATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCACACTTGTACCTCGACTTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * * *
27411935 AATTTACATTCGAACAAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACAA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* * * *
27412000 TGTGATAT-AAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGAATTTCCTAGGA
196 TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
*** *
27412064 GGTCACATTTCCTAGTACTACTCTCA
261 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
** * *
27412090 CCCAAGCACGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCAAC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
27412155 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * * * * *
27412220 AATTTAAGTTCTACGAAATAACATTTCGAGTAATTTGTTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
*
27412285 TGAGATATAAAAAAAAACTACATGAGATA-AAAACTAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
196 TGAGATAT-AAAAAAAATTACATGAGATATAAAA-TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAG
*
27412349 GAGGTCACCCAGCCTAGTACTACTCTCG
259 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * *
27412377 CCCAAGCACGTTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAGTAGTGCTGGTATGATCGCACG
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * *
27412442 TGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTACATAAAGGCTACCCTTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27412507 AATTTAAATTTGACCAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTTAATAACTAATTAGTTAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
*
27412572 TGAGATATATAAAAAAAAGTTACATGATATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
196 TGAG--ATATAAAAAAAA-TTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
27412637 GGAGGTCA-CCATCCTAGTACTACTCTCG
258 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * *
27412665 CCCAATCACCCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCGTTGCGTTAGT
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
27412713 TCTATTTATA
Statistics
Matches: 2059, Mismatches: 266, Indels: 38
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
284 96 0.05
285 225 0.11
286 583 0.28
287 285 0.14
288 591 0.29
289 64 0.03
290 215 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (286 bp):
CCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
Found at i:27411303 original size:574 final size:573
Alignment explanation
Indices: 27410083--27412712 Score: 3717
Period size: 574 Copynumber: 4.6 Consensus size: 573
27410073 CATGAGGTCA
* * ** * *
27410083 CCCATGCATGCTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATTGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* *
27410148 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTAT--CACTGGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27410211 AATTTAAATTCGACTAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* * *
27410276 TGAGATATTAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGCGGGGTGCAACACGAGGACTTCACAGGA
196 TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
* * * *
27410341 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTCGCTTAGCTGCGGAGTTCTGATAGGATCCGG
261 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCGG
* * *
27410406 TGCATTAGTACTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCC
326 TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCC
* * * *
27410471 CTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAGTTCAAATTCGACCAAATAATGTTTAGAGTGATTTATT
391 CTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATT
* * * *
27410536 TCATAAATAAATAATTAGTAAAACGATGAGATATAAAAAAAAATTTACATGAGTTATAAAATAGG
456 TCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA-TTACATGAGATATAAAATAGG
** *
27410601 AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTG
520 AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * *
27410655 CCCAATCACTCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCAGTTCATTAGTGCTGGTATTATCGCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * * *
27410720 CGCCAATTCTTGTGCGTTCTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTAGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * *
27410785 AATTCAAAATCAACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTC-TACATAACTAATTAGTTAAACG
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTA-TTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
* * *
27410849 ATGAGATATAAAAAAAGTTATATGAGATATAAAATAGGAGGAGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
195 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
* * * * * *
27410914 AGGTCACCCATCCAAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCT
260 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCG
* * * * *
27410979 GTGCAGTAGTGCTGGTACGATCGCACCTGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTGTATAAAGGCTACC
325 GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
* *
27411044 CCTTATCGCAATTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTTGAGTGATTTAT
390 CCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTAT
* *
27411109 TTTGTAAATAACTAATTTGTTAAACGATGAGATATAAAAGAAAAATTACATGAGATATAAAATAG
455 TTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAA-AAAAATTACATGAGATATAAAATAG
* *
27411174 GAGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACACTCG
519 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * *
27411229 CCCAAGCACACTTGACTACGGACTTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAAT-GTAC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG-ATCGCAC
* * * *
27411293 CCGTCAATTCTTGTGGATTCTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTT
65 CCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTT
* *
27411358 GAATTTAAATTCGTCCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAGCTAATTAGTTAAACG
130 GAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
* * *
27411423 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAAAAGGAGGAGTGCAACACGAGGACTTCCTAGG
195 ATGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGG
* * ** *
27411488 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACCGGTAGAGTTCTAATGGGATTCG
260 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCG
* * * * *
27411553 GTGCATTTGGGCTGATATGATCGCACTCGTCAATTGTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
325 GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
* * *
27411618 CCTTATCGCACTTGCGCCTCAAATTTGAATTTAAATTCGGCAAAATAACGTTTCGAGTGATTTAT
390 CCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTAT
* *
27411683 ATCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAAATA
455 TTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATA-AAAAAAAATTACATGAGATAT-AAAATA
* * * * *
27411748 GGAAGGGGTGCAACAGGAGAACTTCCCAGGAGGTTACCCATCCTTGTACTACACTCG
518 GG-AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * * *
27411805 CCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGATGTATTAGTGCTGGTATGACCCCACC
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * ** *
27411870 CGTCTATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCACACTTGTACCTCGACTTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * * * *
27411935 AATTTACATTCGAACAAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACAA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
* * * *
27412000 TGTGATAT-AAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGAATTTCCTAGGA
196 TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
*** * *
27412064 GGTCACATTTCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGGGATCCGG
261 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCGG
*
27412129 TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCAACCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCC
326 TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCC
* * * * * *
27412194 CTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAGTTCTACGAAATAACATTTCGAGTAATTTGTT
391 CTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATT
* *
27412259 TTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAACTACATGAGATA-AAAACTAGG
456 TCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAATTACATGAGATATAAAA-TAGG
*
27412323 AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCAGCCTAGTACTACTCTCG
520 AGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * * * *
27412377 CCCAAGCACGTTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAGTAGTGCTGGTATGATCGCACG
1 CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
* * * *
27412442 TGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTACATAAAGGCTACCCTTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
66 CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
* * *
27412507 AATTTAAATTTGACCAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTTAATAACTAATTAGTTAAACGA
131 AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
*
27412572 TGAGATATATAAAAAAAAGTTACATGATATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
196 TGAG--ATATAAAAAAAA-TTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
* *
27412637 GGAGGTCA-CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAATCACCCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATC
258 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATC
* *
27412701 CGTTGCGTTAGT
323 CGGTGCATTAGT
27412713 TCTATTTATA
Statistics
Matches: 1819, Mismatches: 224, Indels: 27
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
572 315 0.17
573 8 0.00
574 875 0.48
575 346 0.19
576 275 0.15
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (573 bp):
CCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC
CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTG
AATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
TGAGATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGA
GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAATGGGATCCGG
TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCC
CTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATT
TCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGA
GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
Found at i:27413704 original size:288 final size:288
Alignment explanation
Indices: 27412712--27417185 Score: 5367
Period size: 286 Copynumber: 15.6 Consensus size: 288
27412702 GTTGCGTTAG
* * *
27412712 TTCTATTTATATAGAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTACATTCGAACA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * * *
27412777 AATAACATTTCGAGTGATTTATTTCATCAATAACTAATTAGCTAAACGATAAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * *
27412842 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGTAACACAAGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * * *
27412907 GTACTATTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTGCGTTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* * **
27412972 TATGATCGCACCCGTCAAATATTGAACA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27413000 TTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTTATCGCACTTGCGCGTCGAATTTAAATTTAAATTCGAACA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * * *
27413065 AATAATGTTTCAAGTGATTTATTTTGAAAATAACTAATTAGTTAGACGATGAG--ATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * *
27413128 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGAGTTCCAAGGAGGTCACCTATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * * *
27413193 GTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCTGTGCAGTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* * * *
27413258 TATGATCACACCTGTTAATTCTTGTGCA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
*
27413286 TTCTATTTGTATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* *
27413351 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGCTGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * *
27413416 AATTAAATGAGATATACAATAGGAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * *
27413481 GTACTACTCTCGCCCAAGCAC-CTTAATTGCGGAGTTTTGATGGGATCTGGGGCATTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
27413545 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27413573 TTCTATTTATATAAAGACTACCCCTTATCTCACTTGCACCTCGAATTTGAATTTAAATTCCG-CT
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATT-CGACC
*
27413637 AAATAAAGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAA
65 AAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAT-AAAA
* ** * *
27413702 AAAATTACATGAGATATAAAAAAGGAGGAATGCAACACGAGGACTTCCCAGTAGGTCACCAATCC
129 AAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCC
* * * * * * * * *
27413767 TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTACCGGCAGAGTTCTAATAGGATTCGGTGTATTTGTGCT
194 TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
*
27413832 GATATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
259 GGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27413862 TTCTATTTATATAAAGGGTACCCCTTATCGCACTTGCCCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGGCTA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27413927 AATAACGATTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
*
27413992 AA-TACATGAGATATAAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCT
131 AATTACATGAGATAT-AAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
* * * * * * *
27414056 TGTACTACACTCGCCTAAGCACTCTTAACTGCAGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGGTG
195 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * * * *
27414121 GTATGACCCCACCTGTCTATTCTCGCGCA
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * * * * *
27414150 TTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTTATCACACTTGCGCTTCAAATTTGAATTTACATTTGAACA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * *
27414215 AATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAACCAATGTG--ATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * **
27414278 AATTACATGAGATATAAAATATGAGGGGTCCAACACGAGAACTTCCCAAGAGGTCACCTTTCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * *
27414343 GTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* *
27414408 TATGATCACAGCCGTCAATTCTTGCGCA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27414436 TTCTATTTATATAAAGGCTATCCCTTATCGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCGACAA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27414501 AATAACATTTCGAGTAATTTGTTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG--ATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * *
27414564 AATTACATGATATATAAACTAGGAGGGGTACAACACAAGGACTT-CCAGGGAGGTCACCCAGCCT
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA-GGAGGTCACCCATCCT
* * * *
27414628 AGTACTACTCTCGCCCAAGCAGGCTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAGTAGTGCTG
195 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * *
27414693 GTATGATCGCACGCGTTAATTCTTGCACA
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * *
27414722 TTCTATTTACATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATATAAATTCGACGA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27414787 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAATTAATTACTTAAACGATGAG--ATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * ***
27414850 AATAACTTCAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACATGTA-GACTGATCAGGAGGTCACCCATCCT
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG-AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
* * * * **
27414914 AGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTGACTGCAGCGTTCTGATGGGATCCAATGCATTAGTGCTG
195 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * *
27414979 GTATGATCGCTCCCGACAATTCTTGCGTA
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* *** *
27415008 TTCTATTTATATAAAAGCTACAAGTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAAATTAAATTCGACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27415073 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTCAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* *
27415138 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCA-CCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * ** * * * *
27415202 GTACTACTCTTGCCCACGCACGCTTCTCTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCGTTAGTTCTAT
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT-G
* * * * *
27415267 TTAT-ATAAAGGCTACCCCT-TATCGCACTTGCGC-
260 GTATGAT---CGC-ACCCGTCAAT---TCTTGCGCA
* * * ** * *** * * ** * *
27415300 CTCGAATTTGACTTTAAA-TTTGAACAAATAACG---TTTCGAGT-G-ATTT-ATTTTGTCAA-T
1 TTC-TATTT-A-TATAAAGGCT-ACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGA-ATT-TAAATT
* * * * * * *
27415357 --AACTAATTA-GTTAAACGA-TGA--GATAT-AT-AA-AA--AA--A-TT--AC-ATGAG--AT
60 CGACCAAATAACGTT--TCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
*** * * * ** * * ** * *
27415403 AT--AAAA---TA-A-GAGGGGTACAACACGAGGAATTCCCATTA-ATTCTAATACTTAACTA--
123 ATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGG-GGT-GCA--ACA--CGAGGACTT-CCCAGG
*** * * * * *
27415458 CTCTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACACTTAACTACGGAGTTCTAATGGGAACCG
181 AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCG
* * *
27415523 ATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTAATTCTTGCGCA
246 GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* *
27415566 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTGAAATTCGAACA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27415631 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTGTTAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAT-AAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * *
27415695 ATTTACATGAGATATAAAATACGACGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * * *
27415760 GTACTACTCTCACCCAAGC-CTGCTTAACTACGGAGTTCTTATGGGATCAGGTGCATTAGTACTG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCAC-GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
*
27415824 GTATGATTGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * *
27415853 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGATTTTAAATTAGACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27415918 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATTAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * ** *
27415983 AATTACATTAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGAATTTCCCAATAGGACACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * ** * *
27416048 GTACTACTCTCGCCCAAGTACGCTTAACTGTGGAGTTCCAATGGGATCCGTTGCATTAGTGCTAG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* * **
27416113 TACGATCGCACCCGTCATTTCTTATGCA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* *
27416141 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCTACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* *
27416206 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATA-AAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * *
27416270 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGCTACAACACGATGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * * * * *
27416335 GTACAACTCTCGCCCTAGAACACTTAACTGCGAAGTTCTGATGTGATCCGGTGCATTAATGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
*
27416400 TATGATCGCACCCGTCAATTTTTGCGCA
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
** * * * * * * *
27416428 TTCTATTTATATAAAGG-TTGCCCTTATCACACTCGCGCCTCGAACTTGAATTTCATTTTGACAA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27416492 AATAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * *
27416557 AATTACATGAGATATAAAATACGAAGAGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCAACCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
** * *
27416622 GTACTACTCTCGCCCAAGC-CTGCTTAACTGTAGAGTTCTTATGGGATCAGGTGCATTAGTGCTG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCAC-GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
*
27416686 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGTGCA
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
**
27416715 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27416780 AATAACGTTTCGATTGATTTAATTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAATAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT----ATAA
* * *
27416845 GAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGTAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCTA
127 -AAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCA
* * * * * * *
27416910 TCCTAGTACTACGCTCGCCCAAGCACACTGAACTGTGGAGTTCTGATGAGATCTGGTGCTTTAGT
191 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
* **
27416975 GCTGGTACGATCGCACCCACCAATTCTTGCGCA
256 GCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27417008 TTCTATTTATATAAAGGTTTCCCCTTATCGCACTTACGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27417073 AATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
*
27417138 AATTACATGAGATATAAAATATGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
27417186 CTTCAATTTA
Statistics
Matches: 3561, Mismatches: 536, Indels: 178
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
263 11 0.00
264 2 0.00
265 11 0.00
266 18 0.01
267 10 0.00
268 15 0.00
269 5 0.00
270 17 0.00
271 73 0.02
272 6 0.00
273 5 0.00
274 2 0.00
275 7 0.00
276 2 0.00
277 2 0.00
278 2 0.00
279 2 0.00
280 2 0.00
281 2 0.00
282 2 0.00
283 7 0.00
284 2 0.00
285 11 0.00
286 1091 0.31
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288 965 0.27
289 186 0.05
290 12 0.00
291 19 0.01
292 11 0.00
293 262 0.07
294 3 0.00
295 11 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (288 bp):
TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTA
GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
Found at i:27414485 original size:574 final size:574
Alignment explanation
Indices: 27412712--27417185 Score: 5352
Period size: 574 Copynumber: 7.8 Consensus size: 574
27412702 GTTGCGTTAG
* * *
27412712 TTCTATTTATATAGAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTACATTCGAACA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * * *
27412777 AATAACATTTCGAGTGATTTATTTCATCAATAACTAATTAGCTAAACGATAAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * *
27412842 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGTAACACAAGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * * *
27412907 GTACTATTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTGCGTTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* * ** * *
27412972 TATGATCGCACCCGTCAAATATTGAACATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTTATCGCACTTGC
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGC
* * * * *
27413037 GCGTCGAATTTAAATTTAAATTCGAACAAATAA-TGTTTCAAGTGATTTATTTTGAAAATAACTA
326 GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCG-ACAAATAACT-TTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
*
27413101 ATTAGTTAGACGATGAG-ATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG
389 ATTAGTTAAACGATGAGAATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG
* * * *
27413165 AGGAGTT-CCAAGGAGGTCACCTATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTAATTGCAGAGT
454 AGGACTTCCCAA-GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGT
* * * * * * *
27413229 TCTGATGGGATCCTGTGCAGTAGTGCTGGTATGATCACACCTGTTAATTCTTGTGCA
518 TCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
*
27413286 TTCTATTTGTATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* *
27413351 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGCTGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * *
27413416 AATTAAATGAGATATACAATAGGAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTA
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTA
* * * *
27413481 GTACTACTCTCGCCCAAGCAC-CTTAATTGCGGAGTTTTGATGGGATCTGGGGCATTAGTGCTGG
196 GTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* *
27413545 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGACTACCCCTTATCTCACTTGC
261 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGC
* **
27413610 ACCTCGAATTTGAATTTAAATTCCG-CTAAATAAAGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
326 GCCTCGAATTTGAATTTAAATT-CGAC-AAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
* **
27413674 ATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAAAAATTACATGAGATATAAAAAAGGAGGAATGCAACA
389 ATTAGTTAAACGATGAGA-ATAT-AAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACA
* * * *
27413739 CGAGGACTTCCC-AGTAGGTCACCAATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTACCGGCAGA
452 CGAGGACTTCCCAAG-AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGA
* * * * *
27413803 GTTCTAATAGGATTCGGTGTATTTGTGCTGATATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
516 GTTCTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27413862 TTCTATTTATATAAAGGGTACCCCTTATCGCACTTGCCCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGGCTA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27413927 AATAACGATTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
27413992 AA-TACATGAGATATAAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCT
131 AATTACATGAGATAT-AAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCT
* * * * * * *
27414056 TGTACTACACTCGCCTAAGCACTCTTAACTGCAGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGGTG
195 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * * * * *
27414121 GTATGACCCCACCTGTCTATTCTCGCGCATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTTATCACACTTG
260 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTG
* * * *
27414186 CGCTTCAAATTTGAATTTACATTTGAACAAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
325 CGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCG-ACAAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
* * * * *
27414251 ATTAGTTAACCAATGTG-ATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATATGAGGGGTCCAACACG
389 ATTAGTTAAACGATGAGAATATAAAAAAAATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG
* ** * **
27414315 AGAACTTCCCAAGAGGTCACCTTTCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGGAGTT
454 AGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTT
* *
27414380 CTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCACAGCCGTCAATTCTTGCGCA
519 CTAATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCA
* * * *
27414436 TTCTATTTATATAAAGGCTATCCCTTATCGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCGACAA
1 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27414501 AATAACATTTCGAGTAATTTGTTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG--ATATAAAAAA
66 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAA
* * * * *
27414564 AATTACATGATATATAAACTAGGAGGGGTACAACACAAGGACTTCC-AGGGAGGTCACCCAGCCT
131 AATTACATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTA-GGAGGTCACCCATCCT
* * * *
27414628 AGTACTACTCTCGCCCAAGCAGGCTTAATTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAGTAGTGCTG
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*** * * * *
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* ** * * *
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* *** *
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*
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*
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** ** * * * * * * *** *
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* * * * *** * * *
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** * * ** ** * *** *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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*
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* *
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** *
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*
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*
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*
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*
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* * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * *
27426267 TAACATTTCGAGTGATTTATTTTGTCAATAACTAATTAGTTAAACAATAAAATAT-ATAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27426331 -TACATGAGTTATAAAATAGGAGGGGTA
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27426358 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAG-A-AACTCTCGCCCAAGCACGCTT-ACTT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC-T
* * *
27426420 GCGGAGTTCTGAT-GGATTCGTTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27426484 TCTATTTATATAAAGGCTTCCCCTTATCACCCTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGAACAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
*
27426549 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAGA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATA-AAAAAAA
* *
27426614 AAGTAACATGAGATATAAAATAGGAGGCGTG
259 AATTAA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * ** *
27426645 CAACAAGGGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCAACCAAGCACGCTTAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27426710 CGGTGTTTTAATTGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAACTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27426775 CTATTTATAT-AAGGCTACCCATTATCCCACTTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27426839 TAACATTTCGAGTGATTCATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27426902 TTACATGAGATATAAAATATGAGGGGTA
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27426930 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCTTCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCGCGATTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * **
27426995 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGAGCATTAGTACTGCTATGATCGCACCCGTTAAAACTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27427060 CTATTTACATAAAGGTTACCCCTGATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27427125 TAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATGACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATATATAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATA-A-A-AAAA
* *
27427190 AAATTACATGAGATATAAAATAGGAAGGGTG
258 AAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27427221 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGTCCAAGCCCACTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27427286 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCAGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27427351 CTATATATATAAAGGCTACCCCATATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * ** *
27427416 TAATGTTTCGAGTAATTTATTTTATAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATAT--AAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27427479 TTACATTAGATATAAAATAGGAGGGGTA
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** * * *
27427507 TAACACGAGGATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCCCGCTTGACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * **
27427572 CGAAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTACTGGTATGATCGCGCCCGTCAATTCTTGTACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* **
27427637 CTATTTAGATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTACCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27427702 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATAT---AAAAAAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27427764 TTACATTAGATAT-AAA-A-CAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* ** * * **
27427789 CAACACGAGGATTTCCCAACAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
** * *
27427854 TAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGGACCCGTCAATTCTTGTGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27427919 CTATTTATATAAAGGTTACCCCGTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAATTTTGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
27427984 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27428046 TTACATTAGATATAAAACA-G-GGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* ** * * **
27428072 CAACACGAGGATTTCCCAACAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27428137 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGTACCCGTAAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * * *
27428202 CTGTTTATATAAAGGCTACCCATTATTGCACCTGTGCCTTGAATTTGAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27428267 TAACGTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----AAA--
* *
27428332 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATTGGAGGGGTG
254 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * **
27428367 CAACATGAGGAATTCCAAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTGCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * *
27428432 CGAAGTTCTGATGGGATCTGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCGGTCAATTCCTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * **
27428497 CTATTAATATAAAGGTTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGATTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27428562 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTATTTGAACGATAAGATAT--AAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27428625 TTACATTAGATATAAAACA-G-GGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** ** * **
27428651 CAACACGAGAATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGCGCTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27428716 CGGAGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCTCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * * *
27428781 CTGTTTGTATAAAGGCTACCCATTATTGCACCTGTGCCTCGAATTTGAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27428846 TAACATATCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT------AAA-
* *
27428911 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATAGAAGGGGTG
254 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27428946 TAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAGCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27429011 CGAAGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27429076 CTATTTATATAAAGGCTACCCCATATCGCTCTTGCGCCTCGAATTTGAAATTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
*
27429141 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * * *
27429204 TTACATTAGATATAAAATAGGAAGGGTA
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** * * *
27429232 TAACACGAGGATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCCCACTTGACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27429297 CGGAGTTCTGATCGGATCCGGTTCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGCACGTT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * *
27429362 CGATTTA-AGTAAAGGCTACCCTTTTTCGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCTACCAA
131 CTATTTATA-TAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
*
27429426 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT---AAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
* *
27429488 ATTATATGAGCTATAAAATAGGAGGGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * *
27429517 CAACATGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCTATCCTAGTGCTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAGCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27429582 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTACAGTAGTGCTGGTATGATAGCACCTGTCATTTCTTGCACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27429647 CTATTTATATATAGGCTACCTCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCAACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27429712 TAATGTTTCAAGTGCTTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * * *
27429775 CTACATGAGATATAATATAGGAGGGGGG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27429803 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
*
27429868 CGGAGTTCTGATGGGCTCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * *
27429933 CTATTTATATAAACGCTACCCATTATCGCACCTGTGCCTCGAATTTTAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27429998 TAACATTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----AAA--
*
27430063 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATAGGAGGGGTG
254 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * **
27430098 CAACACGAGGAATACCCAGGAGGTCACCCATTCTAGTACTACTCACGCCCAAGCACGCTTAGTTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
** * * *
27430163 CTAAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGTACCCGTCAATTCCTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27430228 CTACTTATATAAAGGCTACCGCTTATCGAACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27430293 TAACGTTTCGATTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAACGATGAGATATAAAAAAAGGA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT----AAA--A
* * *
27430358 AAAAAATTAAATGAAATATAAAATAAGAGGGATG
255 AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27430392 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * ** * *
27430457 CGGAGTTCTGATGGGATTCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCACACCTTTTAATTCTTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27430522 CTATTTATATAAAGGCTACCACTTATTGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * *
27430587 TAACGTTCCGAGTGATTTATTTCGAAAATAACTAATTAGTTAAACGATTACATAT--AAATAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27430650 TTATAT-ACGATATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGA-GATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * ** * * *
27430678 CAACACGAGGAATTCCAATGAGGTCACCCATACTACCACTACTCTTGCCCAGGTACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
*
27430743 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27430808 CTATTTTTATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACAAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27430873 TAACATTTCGAGTGTTTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAAA-
* *
27430938 GAAAATAAATCAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
257 -AAAAT---T-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27430975 CAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTTACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTACCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27431040 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCCTTAATTCTTGCACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * *
27431105 CTATTTATATAAAGGCTGCACCTTATCACACTTGCGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * * *
27431170 TAACGTTTCGACTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAATGATGAGTTATAAAAAAATAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27431235 TTAAATGAGAGATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27431263 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATTCTTGTACTACCCTCGCCCAACCACGCTTAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27431328 TGCAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTAGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27431393 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTCAATTTGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27431458 TAACGTTTCGAGTGGTTTATTTCGTAAACAACTAATTAGTT-AACGAAGAGATAT-----TAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * * *
27431517 --AAATGACATATAAAATTGGATGGGCG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27431543 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27431608 CGGAGTTCAGATGGGAT-CGACTGCATTAGGGCTGGTATGATCGCACCCGACAATTCTTGCTCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27431672 TCTATTTATATAAAAGCTACCACTTATCGCACTTGCACCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27431737 ATAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGACAT-AAAAAAAT
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
* * * *
27431801 TTTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27431830 CAACACGGGGACTTCTCAGGATGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGTACGCTTCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * *
27431895 CGGAGTTCTAATGAGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGGTCGCACCAGTCATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
** * * *
27431960 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTTCACTTTGCGCCTCAAAATTGAATTGAAATTCGACCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCAC-TTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
27432025 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
* *
27432088 TTTAAATGAGATATAAAATAGGAGAGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27432117 CAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTAACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGATTCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27432182 CGGAGTTCTGATGAGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATTGCACCGGTCATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27432247 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTGGAATTTGAATTT-AATTACGACCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATT-CGACCAA
* * *
27432311 CTAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATCAGTTAAACGATTAGATATAAAAAAAAG
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----AAA-
27432376 GAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
254 -AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* *
27432412 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTCAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * **
27432477 CGAACTTCTGATGAGATACGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCAAATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* ** * * *
27432542 CTATTTATATAAAGGCTACCCATTATCGCACCAGTGCCTCGAATTTGAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27432607 TAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAA-TAATTAGTTAAATGATGAGATAAAAAAAAAGGA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT---ATAAAA--A
27432671 AAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
256 AAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27432704 CAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAGCTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* ** * * *
27432769 CGAAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAACGCTGGTATGATCGCACTCGTCAATTCCT-C-CAGT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* ** *
27432832 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCGTTTCGAATTTGAATTTAAATAT-GATCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAAT-TCGACCAA
* *
27432896 ATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAGAAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------AA
* * * *
27432961 GGAAAAAAAATTAAATAAGAAATAAAATAAGAGGGATG
253 --AAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27432999 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACCTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * * * *
27433064 CGGAATTCTTATGGGATTCGGTGCATTCGTGCTGGTATAATCGCACCTGTTACTTCTTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27433129 CTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27433194 TAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGAAAATAACTAATTAGTTAAACGATTAGATAT---AAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27433256 TTATATAAGATATAAAATAGAAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27433284 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCCTCCTAGCACTACTCTTG-CCAAGGTACGCTTAATT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA-GCACGCTTAACT
** * * *
27433348 GTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTACGATCGCACCTGTCAATTCTTGCGCGT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27433413 TCTATTTATACAAAGGCTACCCCTTA-CTGCACTT-CTGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATC-GCACTTGC-GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACC
* * *
27433476 AAATAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAGATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATACAAAAAAA
193 AAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-------AT
** * *
27433541 AGGAAAAAAAAAACAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
251 A--AAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27433581 CAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTACCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * ** *
27433646 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGTACCTAAT-AATTCTTGCACAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC-CGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27433710 TCTATTTATATAAAGGTTGCACCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAGATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * *
27433775 GTAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAGG
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT----AAA--
27433840 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
254 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * ** * *
27433875 CGATAGGAGGACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * ** *
27433940 CCGAGTTCTAACGAGAACCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACTTGTCAATTCTCGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27434005 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
*
27434070 TAACGTTTCGACTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA-A
* *
27434135 TTTAAATGAGAAATAAAATAGGAGGGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27434164 CAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATTCTTGTACTACCCTCGCCCAAGCACGCTTAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27434229 TGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * *
27434294 CTATTTATATAAGGGCTACACCTTATCACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTCATTTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * **
27434359 TAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGAAAATAACTAATTAGTTAAACGA--AGAAATATTAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* * *
27434422 -TAAAT--GACATAAAATAGGATGGGCG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27434447 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27434512 TGGAGTTCTGATGGGAT-TGAGTGCATTAGGGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27434576 TCTATTTATATAAAAGCTACCACTTA-CTGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCGACCA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATC-GCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * * *
27434640 AATAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAATTAATTAGATAAATGATGAG-T-TATAAAAAA
194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
* *
27434703 AATTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGGG-G
259 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAG-GGGTG
* * *
27434733 CAACACGGGGACTTCCCAGGATGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27434798 CGGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA-CAGTCGCACCCGTC-ATTCCTTGCGCA
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGA-TCGCACCCGTCAATT-CTTGCGCA
* ** * *
27434861 TTCTATTTATATAAAGGCTACACCTTATTTCACTTGCGCCTCGAAATTGAATTGAAATTCGACCA
129 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
*
27434926 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAA
194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
** * *
27434991 TTTTAAATGAGTTATAAAATAGGAGAGGTG
259 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* *
27435021 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAGGCTTCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27435086 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCGTCAATTTTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * **
27435151 CTATTTATATAAAGG-TACGCCTTATCGAACTTACGCCTCGAATTTGAATTTAAATAAGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27435215 AAACGTTTCGAGTGATTTGTTTCGTAAGTAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27435279 TTAAAATGAGATATAAAAGAGGAGGGGTG
261 TT-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27435308 CAACAGGAGGACTTCCTAAGAGGTCACCCATCCTTGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTCT-ACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TAACT
* *
27435372 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCACAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27435437 TCTATTTATATAAAAGCTACCCTTTATCGCACTTG-GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCGA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27435501 ATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATCAGATAAACGATGAGATAT--AAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
27435563 A-TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27435591 CAACACAAGGCCTTCCC-GAGAGGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAG-GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
* * * * * * * * *
27435655 GCGAAGTTCTGATGAGATCCAGCGCACTAGTGCTGGTTTGATTGCACCCGTCATTTCTAGCGCAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27435720 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCG-A-GTG-ATTT-ATTTC-A-TAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * * * * * *
27435779 ATAGC-TAATTAG-GTAAATGA-TTAG-ATATTAA--AA--A-AT-AA--ATGAGATATAAAATA
195 ATAACGT--TTCGAGTGATTTATTTCGTA-AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAA-A
**** * * ***
27435832 GGAGGGGTACAACACGAGGACT-T--CCCAGGA--GGT-
256 --AAAAAT-TAA-ATGA-GA-TATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** * * * * ** * * *
27435865 CACCCATCCTAATACTTCTCTC-GCTCAGG-CACGCTTAACT-GTGGGGTTCTGATGCGATCC--
1 CA-ACA--CGAGGACTTC-C-CAG--GAGGTCACCCAT-CCTAGT--ACTACT-CT-CG-CCCAA
** * * * * * ** ** *
27435925 G-GTGCATT-AGTGCTGGA---ATGATCGCA-CCCGT-CAATTCTTCCGCATTCTATTTATATAA
53 GCACGC-TTAACTGC-GGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC-ATTAGT--GC-TGGTA--T-GAT--
* * * * * * ** * *** *
27435983 ACGATACTCC-T-TATCGCACTTGCGC-CTCGTATCTGAATTTAAATTCAACCAAATAACG---T
107 -CG-CAC-CCGTCAAT---TCTTGCGCATTC-TAT-T-TATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACT
* * ** * *** * *
27436042 T-----TCG-A-GTG-ATTT-ATTTCG--TGAATAAC-TAATT--AGTTAAACA-AT-G-AGAT-
163 TGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGT--TTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
* ** * * * * * * *
27436089 ATTAA--AAAT-AA--A------AT--AAAATAACTGAGAT-ATA----AAATAGGATGGGCG
226 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27436134 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTATTCTCGCCCAACCACGGTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * ** * * * * *
27436199 CAGAGTTCTGATGAGAT-CGAGTGCATTAAAGATGGTTTGATCACCCCCATCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* *
27436263 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGAA-TTAAATTCTACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * * * * * *
27436327 ATAACGTTTCAAGTGATTAATTTCATAATTTACTAATTAGTTACACGATGAGATAT-GAAAACAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
* * *
27436391 ATTAAATTAGATATAACATAGGAAGGGTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * * * * *
27436420 CAACACGAGGACTTTCCAAGAGGCCACCCTTCTTTGTACTACTCTCACCCAAGTATGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27436485 CGGAGTTCTGATAGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGGATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27436550 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27436615 TAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAGCGATAAGATATAAAAAAAAGA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----AAA-A
* *
27436680 AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
255 AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27436714 CAACACAAGGACTTCCCAGAAGGTCACGCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-A--A-GC---A-T-
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * *
27436770 -----TTCTGATGTGATCGGGTGCATTAATGCTAGTTTGATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27436830 CTATTTATATAAACGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATGTAAATTTAAATTCGACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27436895 TAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG--ATACAAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
* *
27436958 TAAAATGATATATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * *
27436986 CAAAACGAGGACTTCCTAGGAAGTCACCCATCCTAGTACTACCCTCGCCTAAGCAAGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27437051 CGGAGATCTGATAGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * *
27437116 CTATTTATATAAAGGCTTCCCCTTATGGCACTTGCACCTCGACTTTGAATTTAAATTTGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
*
27437181 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATATTAAAAAATTT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA-TAAAAAA---
* * *
27437246 TAAAA-TAACTGAGATTTAAAATAGGATGGGTG
257 -AAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* *
27437278 CAAGACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27437343 CGGTGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCTGGTTTTG-TAGCACCTGCCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG-TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* *
27437407 TCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTGCGCCTCGCATTTGAATTTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27437472 ATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTACATAACTAATTAGATAAACGATGAGATACAAAAAAAAC
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA-
* *
27437536 AAATAAATGAGATCTAAAATAGGAGGGGTG
259 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ***
27437566 CAACACGAGTACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGATTAAGCACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * *
27437631 CGGAGTTATGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGAATGATAGCACCCAT-ATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27437695 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCTCCTCAAATTTGAATTTAAATTCAACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27437760 TAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAAGGATGAGATAT---AAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27437822 -TAACATGAGATATAAAATTGGAGGGGTG
261 TTAA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27437850 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27437915 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTTGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27437980 ATATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * * *
27438045 TAACGTTTCGACTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTGAACTATGAGATATAAAAAAATAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27438110 TTAAATGAGAAATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27438138 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATTCTTGTACTACCCTTGCCCAAGCACGCTTAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27438203 TGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCATCAATTCTAGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * *
27438268 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCACCTCGAATTTGAATTTCATTTCGATCACA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27438333 TAACGTTTCGAGTGGTTTATTTCGTAAACAACTAATTAGTTAAACGAAT-AGAAAT-TAAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG-ATGAGATATAAAAAAAAA
* * *
27438396 A-TAAATGATATATAAAATAGGATGGGCG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27438424 CAACACAAAGACTTCCCAAGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27438489 CGGAGTTCTGATGGGAT-CGAGTGCATTAGGGCTGGTATGATCTCTCCCGACAATTCTTGCGTAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* ** *
27438553 TCTATTTATATAAAAGCTACCAGTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAAATTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * *
27438618 ATAACGTTTCGAATAATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
* * * * *
27438683 TTTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGTTG
260 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * *
27438712 CAACACGGGGACTTCCCAGGATGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGTACACATCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27438777 CGGAGTTCTGATGAGATTCGGTGCATTAGAGCTGGTATGGTCGCACCTGCCATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
** * * *
27438842 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTTCACTTGCGCCTCGAAATT-AAGTTGAAATTTGACCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAA-TTTAAATTCGACCAA
* * * *
27438906 ATACCGTTTCGAGTGATTTATTTCCTAAATAACTAATTAGATATACGATGAGATATAAAAAAATT
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAA--
** * * *
27438971 AAATGAGATATAAAAAGAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGGAGGGG
258 AAAT----TA-AATGAGATATAAAAT--A-G-G---------AGG-GGTG
**** * * *
27439021 TGTAAC-AGGAGGACTTCCTAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACACTCGCCCAAGCACGCTCT-
1 CAACACGAGG---ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TA
* * * ** *
27439084 ACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACGTCCGTCAATTCTTGCA
62 ACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
* * *
27439149 CATTCTATTTAGATAAATGG-TACCCCTTATCGCACTTGCACCTCGAATTTGAATTTAAATTTGA
127 CATTCTATTTATATAAA-GGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGA
* * *
27439213 CCAAATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATCAGATAAACGATGAGATAT---AA
191 CCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAA
27439274 AAAAA-TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
256 AAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* ** * *
27439306 CAAGACGAGGACTTCCCAACAGGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * **
27439371 CGGAGTTCTGATGGCATCCAGTGCATTCGTGCTGGGATGATTGCACCTGTCTTTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * *
27439436 CTATTTATATAAAGGCTACCCCATATCGTACTTGCGCCTTGAATTTGAATTTAAGTACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27439501 TAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGATATATAAAAGAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------AAA
*
27439566 GGAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
254 --AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27439603 CAACAGGAGGACTTCCTAAGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCT-ACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TAACT
* * * * *
27439667 GCGAAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTTCACAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
*
27439732 TCTATTTATATAAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTACGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
130 TCTATTTATAT-AAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
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194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
27439859 AA-TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
259 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* ** * *
27439888 CAAGACGAGGACTTCCCAACAGGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * * *
27439953 CGGTGTTCTGATGAGATCCGGGGAACTAGTGCTGGTATGATTGCACCCGTCATTTCTTGCGGATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
*
27440018 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATGGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * *
27440083 TAACTTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAGCTAATTAGTTAAACGATTAGATGT---AAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
27440145 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * * *
27440173 CAACACGAGGACTTCCCCGGAAGTGACCCATCCTAATACTTCTCTCGCTCAAGCACCCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27440238 TAGG-GTTCTGATGCGATCCGGTGCATTAGTGCTGGAATGATCACACCCGTCAATTCTTCCGCAT
66 -CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * * * * * *
27440302 TATATTTATATAAAGGATACTCCTTTTCGCACTTGCTCTTCGAATCTGAATTTAAATTCAACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
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195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA-T--AAA-AA
* * *
27440432 AATAAAATAACTGAGATATAAAATAGGATGGGTG
256 AA-AAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27440466 CATCACGAGGACTTCCCAGGCGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGGACGGTTAACTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27440531 CGGAGTTCTGTTGGGATCCGGTGCATTGGTGCTGGGATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27440596 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATAGCACTTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
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196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG--AT--ATAAAA-A
* *
27440726 AAACAATTAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
256 AAA-AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
** * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
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66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27440890 CTATTTATATAAACGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTAAATTTAAATTCGACTAAA
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* *
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196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27441018 TTAAATGATATATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* ** * * *
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66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
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131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * * *
27441241 TAA-ATTTCAAGTGAATTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATACAAAAAAGAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
*
27441305 -TAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * ** * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27441397 C-GAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATAGCACCCAT-ATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27441460 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCTCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
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**
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261 TTAA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
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* **
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* * * *
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131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAAT-T-CGACCA
* * * *
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194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--------
* **
27441874 AGGAAAAAAAAATCAAATGAGATATAAAATAGGAGGTATG
251 A--AAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27441979 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGCACATT
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* *
27442044 CTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCATCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27442109 TAACTTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----AAA--
*
27442174 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTG
254 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27442209 CAACAAGAGGACTTCCTAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
*
27442274 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATG
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
*
27442339 CTATTTATGTAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27442404 TAA-ATTTGGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATAT---AAAAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
27442465 -TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
261 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27442492 CAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCTATGCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACACTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27442557 CGGAGTTCTAATGAGATCCGGCGCATTAGTGCT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
27442590 TGCAGACACT
Statistics
Matches: 14624, Mismatches: 2054, Indels: 839
0.83 0.12 0.05
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Consensus pattern (288 bp):
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TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAA
TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
Found at i:27430921 original size:580 final size:576
Alignment explanation
Indices: 27425210--27442589 Score: 20311
Period size: 580 Copynumber: 30.2 Consensus size: 576
27425200 GTTACAGCTA
* * * * ** *
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** * * *
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66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27425340 CTATTTATAT-AA----ACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTCAATTCGACAAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
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** *
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* *
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324 ACTACTCTCGCCCAAGCAC-GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* *
27425593 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
*
27425658 CCTCGAATTTGAATTTAAATTC-AGCCAAATAACGTTTCCAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA
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*
27425722 TTAGTTAAACGATGAGATATAAAAATAAGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTA
517 TTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAA-AA-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27425785 CAACACGAGGACTTCCCAGGGGGTCACCTATCCTAGTACTACGCTCGCCCAAGCACACTGAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27425850 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTCCATTAGTGCCGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCTCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27425915 CTATTTATATTAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCCCCTCAAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27425980 TAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAACTAACTAATTAGTTAAACTATGAGATATAAAAAAACCA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAA--A
* * * * * *
27426045 ATTACATGAGATATATAATGGGA-GGGTGCAACACAAAGACTTCC-AGGAGGTCACCCATCCTCG
258 ATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * * *** * *
27426108 TACTACTCTCGCCGAAACACGCTTGATTGCAGAGTTCTGATGGGATCTAATACATTAGTGCTAGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* *
27426173 ATGATCGCACCCGCCAATTCTTGCGCATTCCATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* * * * * *
27426238 CCTCAAATTTGAATTTAAATTTGACAAAATAACATTTCGAGTGATTTATTTTGTCAATAACTAAT
453 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* * * * * * *
27426303 TAGTTAAACAAT-A-AAAT-ATATAAAAAAA-TACATGAGTTATAAAATAGGAGGGGTA
518 TAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27426358 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAG-A-AACTCTCGCCCAAGCACGCTT-ACTT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC-T
* * *
27426420 GCGGAGTTCTGAT-GGATTCGTTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27426484 TCTATTTATATAAAGGCTTCCCCTTATCACCCTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGAACAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
27426549 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATAAAAAGA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG--ATATAAAAA-A
* * * *
27426614 AAGTAACATGAGATATAAAATAGGAGGCGTGCAACAAGGGGACTTCCCAA-GAGGTCACCCATCC
257 AATTAA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCC
* ** * * * * * *
27426678 TAATACTACTCTCAACCAAGCACGCTTAATTGCGGTGTTTTAATTGGATCCGGTGTATTAGTGCT
320 TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
* * * *
27426743 GGTATGATCGCACCCATCAACTCTTGCGCATTCTATTTATAT-AAGGCTACCCATTATCCCACTT
385 GGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTT
* * *
27426807 GTGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACATTTCGAGTGATTCATTTCGTAAATAACT
450 GCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACT
* * *
27426872 AATTAGTTAAACGATGAGATAT----AAAAAAAATTACATGAGATATAAAATATGAGGGGTA
515 AATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27426930 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCTTCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCGCGATTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * **
27426995 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGAGCATTAGTACTGCTATGATCGCACCCGTTAAAACTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27427060 CTATTTACATAAAGGTTACCCCTGATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27427125 TAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATGACTAATTAGTTAAACGATGAGATATATATATAAAA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG----ATATA-AAAA
* * *
27427190 AAATTACATGAGATATAAAATAGGAAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
256 AAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCT
* * * * * *
27427255 AGTACTACTCTCGTCCAAGCCCACTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCAG
321 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * *
27427320 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCATTCTATATATATAAAGGCTACCCCATATCGCACTTG
386 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTG
* * * **
27427385 TGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAATGTTTCGAGTAATTTATTTTATAAATAACTA
451 CGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
* * * *
27427450 ATTAGTTAAATGATGAGATAT----AAAAAAAATTACATTAGATATAAAATAGGAGGGGTA
516 ATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** * * *
27427507 TAACACGAGGATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCCCGCTTGACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * **
27427572 CGAAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTACTGGTATGATCGCGCCCGTCAATTCTTGTACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* **
27427637 CTATTTAGATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTACCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27427702 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATAT-AAAAAATTT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATT
* * * * * *
27427766 ACATTAGATAT-AAA-A-CAGGGGTGCAACACGAGGATTTCCCAA-CAGGTCACCCATCCTAGCA
261 AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTA
* ** **
27427827 CTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
325 CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
* * * *
27427892 GATCGGACCCGTCAATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGTTACCCCGTATCGCACTTGCGCC
390 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCC
* *
27427957 TCGAATTTGAATTTAATTTTGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTA
455 TCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTA
* * *
27428022 GTTAAACGATGAGATAT-----AAAAAAATTACATTAGATATAAAACA-G-GGGGTG
520 GTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* ** * * **
27428072 CAACACGAGGATTTCCCAACAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27428137 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGTACCCGTAAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * * *
27428202 CTGTTTATATAAAGGCTACCCATTATTGCACCTGTGCCTTGAATTTGAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27428267 TAACGTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------A--
* * * * *
27428332 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATTGGAGGGGTGCAACATGAGGAATTCCAAGGAGGTCAACCA
252 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCA
** * * *
27428397 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTGCTGCGAAGTTCTGATGGGATCTGATGCATTAGT
317 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
* * * * *
27428462 GCTGGTATGATCGCACCGGTCAATTCCTACGCATTCTATTAATATAAAGGTTACCCCTTATCGCA
382 GCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCA
* **
27428527 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGATTAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
447 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
* * * * * *
27428592 ACTAATTATTTGAACGATAAGATAT----AAAAAAAATTACATTAGATATAAAACA-G-GGGGTG
512 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** ** * **
27428651 CAACACGAGAATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGCGCTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCTCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27428716 CGGAGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCTCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * * *
27428781 CTGTTTGTATAAAGGCTACCCATTATTGCACCTGTGCCTCGAATTTGAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27428846 TAACATATCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--------A-
* * * * *
27428911 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATAGAAGGGGTGTAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCA
252 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCA
* * *
27428976 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAGCTGCGAAGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTAGT
317 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
* * *
27429041 GCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCATATCGCT
382 GCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCA
* *
27429106 CTTGCGCCTCGAATTTGAAATTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATA
447 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
* * * *
27429171 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT----AAAAAAAATTACATTAGATATAAAATAGGAAGGGTA
512 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * ** * * *
27429232 TAACACGAGGATTTCCCAATAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCCCACTTGACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27429297 CGGAGTTCTGATCGGATCCGGTTCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGCACGTT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * *
27429362 CGATTTA-AGTAAAGGCTACCCTTTTTCGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCTACCAA
131 CTATTTATA-TAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
*
27429426 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT-AAAAAAAT
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAT
* * * *
27429490 TATATGAGCTATAAAATAGGAGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAA-GAGGTCACCTATCCTAGT
260 TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAGT
* * * * * *
27429554 GCTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAGCTGCGGAGTTCTGATGAGATCCGGTACAGTAGTGCTGGTA
324 ACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA
* * * * * *
27429619 TGATAGCACCTGTCATTTCTTGCACATTCTATTTATATATAGGCTACCTCTTATCGCACTTGCGC
389 TGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGC
* * * * * *
27429684 CTCGAATTTGAATTTAAATTCAACTAAATAATGTTTCAAGTGCTTTATTTCATAAATAACTAATT
454 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATT
* * * *
27429749 AGTTAAACGATGAGATAT----AAAAAAAACTACATGAGATATAATATAGGAGGGGGG
519 AGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27429803 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
*
27429868 CGGAGTTCTGATGGGCTCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * * * *
27429933 CTATTTATATAAACGCTACCCATTATCGCACCTGTGCCTCGAATTTTAATTTACATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27429998 TAACATTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------A--
* * * *
27430063 AAAAAAATTAAATGAGATAGAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGAATACCCAGGAGGTCACCCA
252 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCA
* * ** **
27430128 TTCTAGTACTACTCACGCCCAAGCACGCTTAGTTGCTAAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
317 TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
* * * * * *
27430193 CCTGGTATGATCGTACCCGTCAATTCCTGCGCATTCTACTTATATAAAGGCTACCGCTTATCGAA
382 GCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCA
*
27430258 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGATTGATTTATTTCGTAAATA
447 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
* * *
27430323 ACTAATTAGTTGAACGATGAGATATAAAAAAAGGAAAAAAATTAAATGAAATATAAAATAAGAGG
512 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAA--AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGG
*
27430388 GATG
573 GGTG
*
27430392 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * ** * *
27430457 CGGAGTTCTGATGGGATTCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCACACCTTTTAATTCTTACGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27430522 CTATTTATATAAAGGCTACCACTTATTGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * * *
27430587 TAACGTTCCGAGTGATTTATTTCGAAAATAACTAATTAGTTAAACGATTACATATAAATAAAATT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATT
* * * * **
27430652 ATAT-ACGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGAATTCCAATGAGGTCACCCATACTACCA
261 AAATGA-GATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTA
* * *
27430716 CTACTCTTGCCCAGGTACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
325 CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
* * *
27430781 GATCGCACCCATCAATTCTTGCGCATTCTATTTTTATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCC
390 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCC
* * * *
27430846 TCGAATTTGAATTTAAATACGACAAAATAACATTTCGAGTGTTTTATTTCGTAAATAACTAATTA
455 TCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTA
* *
27430911 GTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAGGAAAATAAATCAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
520 GTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAA--AAAAT---T-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27430975 CAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTTACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTACCTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27431040 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCCTTAATTCTTGCACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * * *
27431105 CTATTTATATAAAGGCTGCACCTTATCACACTTGCGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27431170 TAACGTTTCGACTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAATGATGAGTTATAAAAAAATAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAA-A-
* * * *
27431235 TTAAATGAGAGATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATTCTTGT
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGT
* * * * *
27431300 ACTACCCTCGCCCAACCACGCTTAATTGTGCAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA
324 ACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA
* * *
27431365 TAATCGCACCCGTCAATTCTAGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCGC
389 TGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGC
* * * *
27431430 CTCGAATTTGAATTTCAATTTGACCAAATAACGTTTCGAGTGGTTTATTTCGTAAACAACTAATT
454 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATT
* * * * * *
27431495 AGTT-AACGAAGAGATAT-------TAAAA--AAATGACATATAAAATTGGATGGGCG
519 AGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27431543 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27431608 CGGAGTTCAGATGGGAT-CGACTGCATTAGGGCTGGTATGATCGCACCCGACAATTCTTGCTCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27431672 TCTATTTATATAAAAGCTACCACTTATCGCACTTGCACCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27431737 ATAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGACATAAAAAAATT
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAA-A
* * * * *
27431802 TTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGGTGCAACACGGGGACTTCTC-AGGATGTCACCCATCCTAG
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC-CAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * *
27431866 TACTACTCTCGCCCAAGTACGCTTCACTGCGGAGTTCTAATGAGATCCAGTGCATTAGTGCTGGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * * **
27431931 ATGGTCGCACCAGTCATTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTTCACTTTGC
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCAC-TTGC
* * *
27431996 GCCTCAAAATTGAATTGAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA
452 GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA
* *
27432061 TTAGTTAAACGATGAGATAT----AAAAAAATTTAAATGAGATATAAAATAGGAGAGGTG
517 TTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27432117 CAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTAACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGATTCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27432182 CGGAGTTCTGATGAGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATTGCACCGGTCATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27432247 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTGGAATTTGAATTT-AATTACGACCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATT-CGACCAA
* * *
27432311 CTAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATCAGTTAAACGATTAGATATAAAAAAAAG
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------A-
*
27432376 GAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCC
252 -AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCC
* * * * * * *
27432441 ATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTCAACTGCGAACTTCTGATGAGATACGATGCATTAG
316 ATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAG
** *
27432506 TGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCAAATTCTATTTATATAAAGGCTACCCATTATCGC
381 TGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGC
** * * * *
27432571 ACCAGTGCCTCGAATTTGAATTTACATACGACCAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAT
446 ACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAT
* *
27432636 AA-TAATTAGTTAAATGATGAGATAAAAAAAAAGGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGG
511 AACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-ATAAAAAA--AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGG
27432700 GGTG
573 GGTG
* * * *
27432704 CAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAGCTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* ** * * *
27432769 CGAAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAACGCTGGTATGATCGCACTCGTCAATTCCT-C-CAGT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* ** *
27432832 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCGTTTCGAATTTGAATTTAAATAT-GATCAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAAT-TCGACCAA
* *
27432896 ATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAGAAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---------
* * * * * *
27432961 GGAAAAAAAATTAAATAAGAAATAAAATAAGAGGGATGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTAC
251 --AAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCAC
* * * * * *
27433026 CCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACCTACGGAATTCTTATGGGATTCGGTGCATT
314 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * * * * * *
27433091 CGTGCTGGTATAATCGCACCTGTTACTTCTTACGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATC
379 AGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATC
* * * * *
27433156 ACACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCCAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGAAA
444 GCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAA
* * * *
27433221 ATAACTAATTAGTTAAACGATTAGATAT-----AAAAAAATTATATAAGATATAAAATAGAAGGG
509 ATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGG
27433281 GTG
574 GTG
* * * * *
27433284 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCCTCCTAGCACTACTCTTG-CCAAGGTACGCTTAATT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA-GCACGCTTAACT
** * * *
27433348 GTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTACGATCGCACCTGTCAATTCTTGCGCGT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27433413 TCTATTTATACAAAGGCTACCCCTTA-CTGCACTT-CTGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATC-GCACTTGC-GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACC
* *
27433476 AAATAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAGATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATACAAAAAAA
193 AAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT---------
* ** * *
27433541 AGGAAAAAAAAAACAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGGT
249 A--TAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGT
* * *
27433605 CACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGCTTACCTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
311 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
* ** * * * *
27433670 ATTAGTGCTGGTATGATCGTACCTAAT-AATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAGGTTGCACCT
376 ATTAGTGCTGGTATGATCGCACC-CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* * *
27433734 TATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAGATTCGACCAAGTAACATTTCGAGTGATTTATTTC
440 TATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTC
*
27433799 GTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
505 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAA--AAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
27433864 TAGGAGGGGTG
566 TAGGAGGGGTG
* * * ** * *
27433875 CGATAGGAGGACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCAATTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * ** *
27433940 CCGAGTTCTAACGAGAACCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACTTGTCAATTCTCGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27434005 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
*
27434070 TAACGTTTCGACTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAA-A
* * * *
27434135 TTTAAATGAGAAATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATTCTTG
259 -TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * *
27434200 TACTACCCTCGCCCAAGCACGCTTAATTGTGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * * *
27434265 ATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAGGGCTACACCTTATCACACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* * * *
27434330 CCTCGAATTTGAATTTCATTTCGACCAAATAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGAAAATAACTAAT
453 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* ** * * *
27434395 TAGTTAAACGA--AGA-A-ATATTAAAAAAA-TAAAT--GACATAAAATAGGATGGGCG
518 TAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27434447 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27434512 TGGAGTTCTGATGGGAT-TGAGTGCATTAGGGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * *
27434576 TCTATTTATATAAAAGCTACCACTTA-CTGCACTTGCACCTCAAATTTGAATTTAAATTCGACCA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATC-GCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * * * *
27434640 AATAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAATTAATTAGATAAATGATGAGTTATAAAAAAAA
194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
* * * * *
27434705 TTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGGG-GCAACACGGGGACTTCCCAGGATGTCACCCATCCTAG
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAG-GGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * *
27434769 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * **
27434834 A-CAGTCGCACCCGTC-ATTCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTTATTTCACTTG
388 ATGA-TCGCACCCGTCAATT-CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTG
* *
27434897 CGCCTCGAAATTGAATTGAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
451 CGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
* ** * *
27434962 ATTAGTTAAATGATGAGATAT--AAAAAAAATTTTAAATGAGTTATAAAATAGGAGAGGTG
516 ATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* *
27435021 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAGGCTTCACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27435086 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCGTCAATTTTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * **
27435151 CTATTTATATAAAGG-TACGCCTTATCGAACTTACGCCTCGAATTTGAATTTAAATAAGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27435215 AAACGTTTCGAGTGATTTGTTTCGTAAGTAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAAT
* * *
27435280 TAAAATGAGATATAAAAGAGGAGGGGTGCAACAGGAGGACTTCCTAA-GAGGTCACCCATCCTTG
260 T-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC-AAGGAGGTCACCCATCCTAG
* *
27435344 TACTACTCTCACCCAAGCACGCTCT-ACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGG
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
* * *
27435408 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAAGCTACCCTTTATCGCACTTG-
387 TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGC
* * *
27435472 GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCGAATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAA
452 GCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA
* *
27435536 TCAGATAAACGATGAGATAT----AAAAAAAA-TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
517 TTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * *
27435591 CAACACAAGGCCTTCCC-GAGAGGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAG-GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
* * * * * * * * *
27435655 GCGAAGTTCTGATGAGATCCAGCGCACTAGTGCTGGTTTGATTGCACCCGTCATTTCTAGCGCAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27435720 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCG-A-GTG-ATTT-ATTTC-A-TAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * * * * * *
27435779 ATAGC-TAATTAG-GTAAATGA-TTAG-ATATTAA--AA--A-AT-AA--ATGAGATAT----AA
195 ATAACGT--TTCGAGTGATTTATTTCGTA-AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAA
* *** * * * ** * * * * ** *** * *
27435828 AA-T--AGGAGGGGTACAACACGAGGACTTC-CCAGGAGGTCACCCATCCTA-AT-A--CTTCTC
257 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCA-AGGAGGTCACCCATC-C
* ** * ** *** * ** * * * * * ** * *
27435885 TCG--CTCAGGCACGCTTAACTGTGGGGTT--CTGATGCGATCCGGT-GCATTAGTGCTGGAAT-
320 TAGTACT-ACTCTCGCCCAA--GCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCG-G-TGCATTA
** * ** * * * ***
27435944 GATCGCACCCGTCA--AT-TCTTCCG-C-ATTC-T----ATT-TATATAAACGATACTCCTTATC
380 G-T-G--CTGGT-ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATA-TA-AAGGC-TA-C
* * ** * *** * ** * * ***
27435998 GCACTT-GCGC-C-T-CGTATCTGAATTTAAATTCAACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTC
436 -CCCTTATCGCACTTGCGCCTC-GAATTT-GA---ATTTAAAT-TCG-ACCAAAT-A-ACGTTTC
* * * * *
27436059 --GTGAATAACTAATTAGTTAAACAA-TGAGA-TA-TT-AA--A--A-ATA-AA----ATAAAA-
491 GAGTG-AT--TTATTTCG-TAAATAACT-A-ATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAAT
* * *
27436107 TAACTGAGATATAAAATAGGATGGGCG
550 TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27436134 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTATTCTCGCCCAACCACGGTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * ** * * * * *
27436199 CAGAGTTCTGATGAGAT-CGAGTGCATTAAAGATGGTTTGATCACCCCCATCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* *
27436263 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATTTGAA-TTAAATTCTACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * * * * *
27436327 ATAACGTTTCAAGTGATTAATTTCATAATTTACTAATTAGTTACACGATGAGATATGAAAACAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAA
* * * * * * *
27436392 TTAAATTAGATATAACATAGGAAGGGTGCAACACGAGGACTTTCCAA-GAGGCCACCCTTCTTTG
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGAC-TTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * *
27436456 TACTACTCTCACCCAAGTATGCTTAACTGCGGAGTTCTGATAGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGG
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
*
27436521 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* *
27436586 CCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
453 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* * * *
27436651 TAGTTAAGCGATAAGATATAAAAAAAAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAAGAGGGATG
518 TAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAA-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * *
27436714 CAACACAAGGACTTCCCAGAAGGTCACGCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-A--A-GC---A-T-
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * *
27436770 -----TTCTGATGTGATCGGGTGCATTAATGCTAGTTTGATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * * *
27436830 CTATTTATATAAACGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATGTAAATTTAAATTCGACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27436895 TAACATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATACAAAAAAAATA
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATT
* * * *
27436960 AAATGATATATAAAATAGGAGGGGTGCAAAACGAGGACTTCCTAGGAAGTCACCCATCCTAGTAC
261 AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTAC
* * * * * *
27437025 TACCCTCGCCTAAGCAAGCTTAACTGCGGAGATCTGATAGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATG
326 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
* * * *
27437090 ATCGCACCCGTCAATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAGGCTTCCCCTTATGGCACTTGCACCT
391 ATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCT
* *
27437155 CGACTTTGAATTTAAATTTGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAG
456 CGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAG
* ** * * *
27437220 ATAAACGATGAGATATTAAAAAATTTTAAAA-TAACTGAGATTTAAAATAGGATGGGTG
521 TTAAACGATGAGATA-TAAAAAA--AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* *
27437278 CAAGACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27437343 CGGTGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCTGGTTTTG-TAGCACCTGCCAATTCTTGCGCAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG-TATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* *
27437407 TCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTGCGCCTCGCATTTGAATTTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27437472 ATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTACATAACTAATTAGATAAACGATGAGATACAAAAAAAAC
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT--ATAAAAAA-
* * *
27437536 AAATAAATGAGATCTAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGTACTTCCCAA-GAGGTCACCCATCCT
257 AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCT
*** * *
27437600 AGTACTACTCTCGATTAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTATGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTG
321 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTG
* * * *
27437665 GAATGATAGCACCCAT-ATTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTG
386 GTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTG
* * * * *
27437729 CTCCTCAAATTTGAATTTAAATTCAACTAAATAATGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
451 CGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
* *
27437794 ATTAGTTAAAGGATGAGATAT-----AAAAAAA-TAACATGAGATATAAAATTGGAGGGGTG
516 ATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
*
27437850 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTA
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* *
27437915 CGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTTGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27437980 ATATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGAACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27438045 TAACGTTTCGACTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTGAACTATGAGATATAAAAAAATAT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAA-A-
* * * *
27438110 TTAAATGAGAAATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATTCTTGT
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGT
* * * * *
27438175 ACTACCCTTGCCCAAGCACGCTTAATTGTGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTA
324 ACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA
* * * * *
27438240 TAATCGCACCCATCAATTCTAGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCAC
389 TGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGC
* * * * * *
27438305 CTCGAATTTGAATTTCATTTCGATCACATAACGTTTCGAGTGGTTTATTTCGTAAACAACTAATT
454 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATT
** * * *
27438370 AGTTAAACGAAT-AG--A-AATTAAAAAAAA-TAAATGATATATAAAATAGGATGGGCG
519 AGTTAAACG-ATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27438424 CAACACAAAGACTTCCCAAGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCCTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27438489 CGGAGTTCTGATGGGAT-CGAGTGCATTAGGGCTGGTATGATCTCTCCCGACAATTCTTGCGTAT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCG-GTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* ** *
27438553 TCTATTTATATAAAAGCTACCAGTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAAATTAAATTCGACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * *
27438618 ATAACGTTTCGAATAATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATATAAAAAAAAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAA
* * * * * * *
27438683 TTTAACTGAGATATCAAATAGGAGAGTTGCAACACGGGGACTTCCCAGGATGTCACCCATCCTAG
259 -TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * * * *
27438748 TACTACTCTCGCCCAAGTACACATCACTGCGGAGTTCTGATGAGATTCGGTGCATTAGAGCTGGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * * * **
27438813 ATGGTCGCACCTGCCATTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTTCACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* * * * *
27438878 CCTCGAAATT-AAGTTGAAATTTGACCAAATACCGTTTCGAGTGATTTATTTCCTAAATAACTAA
453 CCTCGAATTTGAA-TTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA
* *
27438942 TTAGATATACGATGAGATATAAAAAAATTAAATGAGATATAAAAAGAAAAAAAATAAATGAGATA
517 TTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAA--AAA--A-A-AT--------------TAAATGAGATA
27439007 TAAAATAGGAGGGGTG
561 TAAAATAGGAGGGGTG
* * * * *
27439023 TAACAGGAGGACTTCCTAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACACTCGCCCAAGCACGCTCT-ACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TAACT
* * * ** *
27439087 GCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACGTCCGTCAATTCTTGCACAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * *
27439152 TCTATTTAGATAAATGG-TACCCCTTATCGCACTTGCACCTCGAATTTGAATTTAAATTTGACCA
130 TCTATTTATATAAA-GGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27439216 AATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATCAGATAAACGATGAGATAT-AAAAAAA
194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
* * *
27439279 -TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAAGACGAGGACTTCCCAA-CAGGTCACCTATCCTAG
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * *
27439342 TACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGCATCCAGTGCATTCGTGCTGGG
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * ** * *
27439407 ATGATTGCACCTGTCTTTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCATATCGTACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* * * *
27439472 CCTTGAATTTGAATTTAAGTACGACCAAATAACGTTTCGAATGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
453 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* * *
27439537 TAGTTAAATGATGATATATAAAAGAAAAAGGAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGT
518 TAGTTAAACGATGAGATAT-----AAAAA--AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGT
27439602 G
576 G
* * * *
27439603 CAACAGGAGGACTTCCTAAGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCT-ACT
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TAACT
* * * * *
27439667 GCGAAGTTCTGATGGGATCTGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTTCACAT
65 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
*
27439732 TCTATTTATATAAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTACGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
130 TCTATTTATAT-AAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCA
* * *
27439797 AATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATCAGATAAACGATGAGATATAAAAAAAA
194 AATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
* * *
27439861 -TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAAGACGAGGACTTCCCAA-CAGGTCACCTATCCTAG
259 TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAG
* * * * * *
27439924 TACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTGCGGTGTTCTGATGAGATCCGGGGAACTAGTGCTGGT
323 TACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGT
* * * *
27439989 ATGATTGCACCCGTCATTTCTTGCGGATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATGGCACTTGCG
388 ATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCG
* * *
27440054 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACTTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAGCTAAT
453 CCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* *
27440119 TAGTTAAACGATTAGATGT-----AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
518 TAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * * * * *
27440173 CAACACGAGGACTTCCCCGGAAGTGACCCATCCTAATACTTCTCTCGCTCAAGCACCCTTAACTG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * *
27440238 TAGG-GTTCTGATGCGATCCGGTGCATTAGTGCTGGAATGATCACACCCGTCAATTCTTCCGCAT
66 -CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
* * * * * * * *
27440302 TATATTTATATAAAGGATACTCCTTTTCGCACTTGCTCTTCGAATCTGAATTTAAATTCAACCAA
130 TCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAA
* * * *
27440367 ACAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTGAATAACTAATTAGATAAACAATGAGATATTAAAAATAA
195 ATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA-T-AAAA-AA
* * * * *
27440432 AATAAAATAACTGAGATATAAAATAGGATGGGTGCATCACGAGGACTTCCCAGGCGGTCACCCAT
257 AAT----TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCAT
* * * * *
27440497 CCTAGTACTACTCTCGCCCAAGGACGGTTAACTACGGAGTTCTGTTGGGATCCGGTGCATTGGTG
318 CCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTG
* *
27440562 CTGGGATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATAGCAC
383 CTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCAC
* * * *
27440627 TTGTGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAATGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAA
448 TTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAA
* * *
27440692 CTAATTAGTTAAGCGATGAGTTATAAAAAAAAGAAAACAATTAAATGAGATATAAAATAAGAGGG
513 CTAATTAGTTAAACGATGAG--ATATAAAAAA-AAAA-AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGG
*
27440757 ATG
574 GTG
** * *
27440760 CAACACGAGGACTTCCCAAAAGGTCACCAATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACCG
1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * * * * *
27440825 CGGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCTAGTTTGATAGCACCCGCCAATTCTTGTGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* * *
27440890 CTATTTATATAAACGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTAAATTTAAATTCGACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* *
27440955 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGATACAAAAAAAATT
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATT
* * * * *
27441020 AAATGATATATAAAATAGGAGGGGTGCAATACGAGGACTTCCCAGGAAGTCACCTATCCTAGTAC
261 AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTAC
* * ** * *
27441085 TACCCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGATCTGACAGGATTCAGTGCATTAGTGCTGGTATG
326 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
*
27441150 ATCGCACCTGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCT
391 ATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCT
* * *
27441215 CGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAA-ATTTCAAGTGAATTATTTCGTAAATAACTAATTAG
456 CGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAG
* * * *
27441279 ATAAACGATGAG--ATACAAAAAAGAAA-TAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTG
521 TTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
* * * ** * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * * *
27441397 C-GAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATAGCACCCAT-ATTTCTTGCGCATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27441460 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCTCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACTAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * *
27441525 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATTAGATATAAAAGAAA-T
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATT
** * * * *
27441589 AACATGAGATATAAAATAAAAGGGGTGCAACATGAGGAATTCCCAGGAGGTCAACCATCCTAGTA
261 AA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTA
* * *
27441654 CTACTCTCGCCCAGGTACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
325 CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
** *
27441719 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCATATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCACACTTGCGCC
390 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCC
* * * * * *
27441784 TTGAACTGGAATTTAAATATGCGA--AAATAACATTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTTAT
455 TCGAATTTGAATTTAAAT-T-CGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAT
* * **
27441847 TAGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAAAGGAAAAAAAAATCAAATGAGATATAAAATAGGAGGTA
518 TAGTTAAACGATGAGATAT------AAA--AAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGG
27441912 TG
575 TG
* * * * *
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1 CAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG
* * *
27441979 CAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCAATTCTTGCACATT
66 CGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATT
* *
27442044 CTGTTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCATCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
131 CTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAA
* * * *
27442109 TAACTTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAAAAAAAAGG
196 TAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-------A--
* *
27442174 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCTAA-GAGGTCACCC
252 AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC-AAGGAGGTCACCC
*
27442238 ATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTCAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAG
316 ATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAG
* *
27442303 TGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATGCTATTTATGTAAAGGCTACCCCTTATCGC
381 TGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGC
* *
27442368 ACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAA-ATTTGGAGTGATTTATTTCGTAAAT
446 ACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAT
*
27442432 AACTAATTAGATAAACGATGAGATAT-----AAAAAAA-TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGT
511 AACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGT
27442491 G
576 G
* * * * *
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* * *
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AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTAC
TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
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CGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAG
TTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTG
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27435498 CGAATAAATT
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* * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
27435823 TATAAAATAGGAGGGGTACAACACGAGGACTTCCC-AGGAGGTCACCCATCCTAATACTTCTCTC
66 TATAAAATAGGAGGGGTACAACACAAGGACTTCCCGA-GAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTC
* * ** * * * *
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* *
27435951 CCCGTCAATTCTTCCGCATTCTATTTATATAAACGATACTCCTTATCGCACTTGCGCC
194 CCCGTCAATTCTACCGCATTCTATTTATATAAACGATACCCCTTATCGCACTTGCGCC
27436009 TCG
1 TCG
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Matches are distributed among these distances:
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TCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATCAGATAAACGATGAGATATAAAAAAAATAAATGAGA
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CCTAAGCACGCTTAACTGCGAAGTTCTGATGAGATCCAGCGCACTAGTGCTGGAATGATCGCACC
CGTCAATTCTACCGCATTCTATTTATATAAACGATACCCCTTATCGCACTTGCGCC
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*
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1 AAAAAAAATAAATGAGATATAAAA
27439012 TAGGAGGGGT
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AAAAAAAATAAATGAGATATAAAAAG
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* *
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1 GATATGCAATCTTAGATAT
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1 CCCCTTATCGCACTTGCG
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1 CCCC
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CCCCTTATCGCACTTGCG
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27444447 AAAAAACAAT
* *
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* * * * * **
27444522 TTCTCTCGCTCAAGCACGCTTAACTGTGGGGTTCTGAT-ACGATCCGGTACATTAGTACTAGC-A
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** * *
27444585 TGGCCGCACCCGTCAATTCTTCCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGC
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* * * * *
27444650 CTCGAATCTGAATTTAAATTCGACCAAATAGCGTTTCGGGTGATTTATTTCGTGAATAACTAATT
191 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATA-CGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATT
27444715 AGTTAAA
255 AGTTAAA
**
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1 TAATGAGATATAAAATAGGA-GGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTAC
* * * ** * *
27444787 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTGACTGCAGAGTTCTGATGGGATTGGGTGCATTAACGCTGCTTTG
65 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGCGCTGCTATG
* ** * *
27444852 ATAGCACCCACCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAATGGCTACCACTTATTGCACTTAAGCCT
130 ATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTT--GCCT
** * *
27444917 CGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAAATTTTGAGTGATTTATGTCATAAATAACTAATTAGA
193 CGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA-T---
27444982 TAAATGATGAGATACAAAAAAAAA
254 T--A-G-T----T--------AAA
* *
27445006 TTAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGTACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTA
1 -TAATGAGATATAAAATAGGA-GGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTA
* * * * * *
27445071 CTACTCTCGCCTAAGCACGCTTCACTGCGGTGTTTTGATGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGTAT
64 CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGAGATCCGGTGCATTAGCGCTGCTAT
27445136 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCACA
129 GATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGC-C-
* *
27445201 TCGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATA
192 TCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAAT-ACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTA
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256 GTTAAA
**
27445272 CGATGAGATATTAAAA
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27445288 AAATATAAAA
Statistics
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Consensus pattern (261 bp):
TAATGAGATATAAAATAGGAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACT
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TCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCCTCGA
ATTTGAATTTAAATTCGACAAAATACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAA
A
Found at i:27445290 original size:285 final size:285
Alignment explanation
Indices: 27444722--27446148 Score: 1754
Period size: 285 Copynumber: 5.0 Consensus size: 285
27444712 ATTAGTTAAA
* **
27444722 TAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCCGGAGGTCACCCATCCTAGTAC
1 TAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTAC
* ** ** * *
27444787 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTGACTGCAGAGTTCTGATGGGATTGGGTGCATTAACGCTGCTTTG
66 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
** * * * *
27444852 ATAGCACCCACCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAATGGCTACCACTTATTGCACTT-AAGCC
131 ATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCA-CC
* * *
27444916 TCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAA-ATTTTGAGTGATTTATGTCATAAATAACTAATTA
195 TCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTA
* *
27444980 GATAAATGATGAGATACAAAAAAAAAT
260 GTTAAATGATGAGATA-TAAAAAAAAT
* *
27445007 TAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGTACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTAC
1 TAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTAC
* * * * * * * *
27445072 TACTCTCGCCTAAGCACGCTTCACTGCGGTGTTTTGATGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGTATG
66 TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
* * *
27445137 ATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCACAT
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* * * *
27445202 CGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAG
196 CGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAG
*
27445267 TTAAACGATGAGATATTAAAAAAATAT
261 TTAAATGATGAGATA-TAAAAAAA-AT
* * *
27445294 AAAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAAGTCACCCATCA
1 ----T-AATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGGTCACCCATCC
* * * * * *
27445358 TGGTACTACTCTCACCCAAGCACGCGTAACTGCAGAGTTCTAATGGGATCGGGTGCATTAATGCT
60 TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
* * * * * * * *
27445423 GGTTTGATAACACCCGCCAATCCTGGCACATTCTATTTTTATAAAGGCTACCACTTATCGCACTT
125 GGTATGATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTT
* * *
27445488 GCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCATAAA-AAGC
190 GCACCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAA-C
*
27445551 TAATTAGATAAATGATGAGATATAAAAAAAAT
254 TAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAAT
*
27445583 TAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCA-CACTAGT
1 T-AATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATC-CTAGT
* * ** * * *
27445647 ACTACTCTCGCCTAAGCAGGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGCA
64 ACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTA
* * * * *
27445712 TGATTGCACCCGTCATTTCTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCCCTTGCGC
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* * *
27445777 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACTAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAAT
194 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATT
*
27445842 AGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAT
259 AGTTAAATGATGAGATATAAAAAAAAT
* * * * *
27445869 TACTTGAGATATAAATTAGGA-GGGTGCAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCATCCCAGTA
1 TA-ATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTA
* * * * *
27445933 CTACTCTCGCCCAGGTACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTACTGGTAC
65 CTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT
* * ** * * *
27445998 GATCGCGCCCGTCAATTCTTGCGCATTCTGCTTGTATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTG-AGC
130 GATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCA-C
* * * * * *
27446062 CTCGAATTTGAATATATATGCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCTTGAATAACTAATT
194 CTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATT
*
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259 AGTTAAATGATGAGATATAAAA
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TAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTAC
TACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATG
ATAGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCACCT
CGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAG
TTAAATGATGAGATATAAAAAAAAT
Found at i:27445820 original size:577 final size:572
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27444708 ACTAATTAGT
*
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1 TAAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
* * *
27444782 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTGACTGCAGAGTTCTGATGGGATTGGGTGCATTAACGCTG
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* * * * *
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131 GTTTGATAGCACCCGCCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTG
* * *
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196 AGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCATAAA-AACTAA
* *
27444977 TTAGATAAATGATGAGATACAAAAAAAAATTAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAG
260 TTAGATAAATGATGAGATA-TAAAAAAAATTAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCAG
* * * *
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324 GACTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCT
* *
27445107 GATGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATA
389 AATGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGCATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATA
* *
27445172 TAAAGGCTACCCCTTATTGCACTTGCACATCGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTT
454 TAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCACATCGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTC
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519 GAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAAACGATGAGATA-TAAAAAAA-A
* * *
27445293 TAAAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAAGTCACCCATCA
1 T-AAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCC
* * * *
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65 TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCT
* * * * *
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130 GGTTTGATAGCACCCGCCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTT
*
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195 GAGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCATAAAAA-CTA
27445553 ATTAGATAAATGATGAGATATAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCA
259 ATTAGATAAATGATGAGATATAAAAAAAATT-AATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCA
* * *
27445618 GGACTTCCCAAGAGGTCACCCA-CACTAGTACTACTCTCGCCTAAGCAGGCTTAACTGTGGAGTT
323 GGACTTCCCAAAAGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
* * * * *
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387 CTAATGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGCATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTA
* * * * *
27445747 TATAAAGGCTACCCCTTATCGCCCTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACTAAATAACGTT
452 TATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCACATCGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTT
27445812 TCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
517 TCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
* * * * *
27445868 T-TA-C-TTGAGATATAAATTAGGA-GGGTGCAACACGAGGAATTCCCAGGAGGTCACCCATCCC
1 TAAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
* * * * * *
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66 AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCTG
** * * * ** * * * *
27445994 GTACGATCGCGCCCGTCAATTCTTGCGCATTCTGCTTGTATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTG
131 GTTTGATAGCACCCGCCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTG
* * * * * *
27446059 AGCCTCGAATTTGAATATATATGCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCTTGAATAACTA
196 AGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCAT-AAAAACTA
* *
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259 ATTAGATAAATGATGAGATATAAAA
27446149 TAGGATAAGT
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TAAATCAATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCT
AGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCGGGTGCATTAATGCTG
GTTTGATAGCACCCGCCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTG
AGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCATAAAAACTAAT
TAGATAAATGATGAGATATAAAAAAAATTAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCAGGA
CTTCCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTAA
TGAGATCCAGTGCATTAGCGCTGGCATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATA
AAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCACATCGAATTTAAATTTAAATTCGACAAAATAACGTTTCGA
GTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
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27444335 CGCACTTGCG
* * *
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*
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66 ATTTCTTAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAAAAAACAATTAATGAGATATAAAATAG
* * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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196 CGTAACTGCAGAGTTCTAATACGATCCGGTACATTAATACTAGCATGACAACACCCGCCAATCCT
* * * *
27444605 TCCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGTGCCTCGAATCTGAATTTAAATT
261 GCCACATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTGCGCCTCGAATCTGAATTTAAATT
** * *
27444670 CGACCAAATAGCGTTTCGGGTGATTTATTTCGTGAATAACTAATTAGTTAAATAATGAGATATAA
326 CGACCAAATAGAATTTCGAGTGATTTATTTCATGAATAACTAATTAGTTAAATAATGAGATATAA
* * **
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* * * ** *
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456 GCACGCTTAACTGCAGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAACGCTGCTATGATAGCACCCACCA
* *
27444865 ATTCTTGCGCATTCTATTTATATAATGGCTACCACTTATTGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTT
521 ATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTT
* * *
27444930 AAATTCGACAAAATAAATTTTGAGTGATTTATGTCATAAATAACTAATTAGATAAATGATGAGAT
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 CCCCTTATCGCACTTG-AGCCTCGAATTTGAATATAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATT
* * *
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**
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123 TAAAATAGGA-GGAGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAAGTCACCCATCATAATACTACTCTCA
** * * * * ** *
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* * *
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316 AATTTAAATTCGACCAAATAGAATTTCGAGTGATTTATTTCAT-----G--AA-TA-ACT-AAT-
27445565 ATGAGATATAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCAGGACTTCCCAAG
370 -T-AG-T-T-----AAA-T-AATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACCAGGACTTCCCAAG
* * **
27445630 AGGTCACCCA-CACTAGTACTACTCTCGCCTAAGCAGGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGAGATCC
424 AGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTAATGAGATCC
** * ** * *
27445694 GGTGCATTAGTGCTGGC-ATGATTGCACCCGTCATTTCTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTA
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* * ** * *
27445758 CCCCTTATCGCCCTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACTAAATAACGTTTCGAGTGATTT
552 CCACTTATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACAAAATAA-ATTTCGAGTGATTT
* * * * * *
27445823 ATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAAACGATGAGATA-TAAAAAAAATTACTTGAGATATAAATTA
616 ATGTCATAAATAACTAAATAGATAAACGATGAGATACAAAAAAAAATTA-ATGAGATATAAAATA
** * *
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* * *
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745 GCTTAACTGCAGAGTTCTGATGAGATCCAG-TGCATTAGCACTGGTACGATCGCACCCGTCAATT
* *
27446015 CTTGCGCATTCTGCTTGTATAAAGGCTA
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* * * *
27446043 CCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATATATATGCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTT
1 CCCCTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATATAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTT
* *
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27446149 TAGGATAAGT
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CCCCTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATATAAATTCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTT
ATTTCTTAAATAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAAAAAACAATTAATGAGATATAAAATAG
GAGGAGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAAGTCACCCATCATAATACTACTCTCACCCAAGCACG
CGTAACTGCAGAGTTCTAATACGATCCGGTACATTAATACTAGCATGACAACACCCGCCAATCCT
GCCACATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTGCGCCTCGAATCTGAATTTAAATT
CGACCAAATAGAATTTCGAGTGATTTATTTCATGAATAACTAATTAGTTAAATAATGAGATATAA
AATAGGAGGGGTGCAACACCAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
GCACGCTTAACTGCAGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAACGCTGCTATGATAGCACCCACCA
ATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTT
AAATTCGACAAAATAAATTTCGAGTGATTTATGTCATAAATAACTAAATAGATAAACGATGAGAT
ACAAAAAAAAATTAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGAATTCCCAAAAGGTCAC
CCATCCCAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGAGATCCAGTGCATT
AGCACTGGTACGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTACTTATATAAAGGCTA
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*
27447581 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGACATATGTGTGTATGAGTATTTGAATGGTACCCGG
1 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGATATATGTGTGTATGAGTATTTGAATGGTACCCGG
*
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1 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGATATATGTGTGTATGAGTATTTGAATGGTACCCGG
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* * * * *
27447827 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGATTTATGTGTGCATGAGCAATTGAATGATACCCGG
1 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGATATATGTGTGTATGAGTATTTGAATGGTACCCGG
* *
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GCTAAGTCCCGAAGGCAATTATGCTAGTGATATGTTTGTGTTCGAGCCTTAGTAACGA
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27447878 TGAATGATAC
* * * **
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*
27448008 CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTCGTTATAT
1 CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTGTTATAT
* * * ** *
27448048 CCGGGCTAAGACCCGAGGGCATTCGTGCGTGTGGTTATAT
1 CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTGTTATAT
27448088 CCGG
1 CCGG
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Statistics
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CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTGTTATAT
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27454947 GAATTATGTG
*
27454957 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGACATATGTGTGTATGAGTATTTGAATGGTACCCGG
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*
27455022 GCTAAGTCCCGAAGGCAATTATGCTAGTGATATGTTTGTGTTTGAGCCTTAGTAACGA
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* * * * *
27455203 AAATGAAATATGGATGTGTAATGATTATTGATTTATGTGTGCATGAGCAATTGAATGATACCCGG
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* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTAAGTCCCGAAGGCAATTATGCTAGTGATATGTTTGTGTTCGAGCCTTAGTAACGA
Found at i:27455364 original size:40 final size:40
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Indices: 27455264--27455466 Score: 275
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27455254 TGAATGATAC
* * * **
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*
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* * * ** *
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1 CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTGTTATAT
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CCGGGCTAATACCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTGTTATAT
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* * *
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** ** *
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* *
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* * *
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1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTG-AGCCTCGAATTTGAA
* * *
27457234 TATTAAAT-TCGACAAAATAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGA
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* *
27457298 TGAGATATTAAAAAAAAT--ATAAAATT-AATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGA
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** * * * * *
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191 CTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGA-AGTTCTG
* * * ** * *
27457424 ATGGGATCGGGTGCATTAATGCTGGTTTGATAACAACCGC
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** * * * * * *
27457464 CAAGCCTGGCGCATTCTATTTTTATGAAGGCTACCACTTATCGCACTTGCGCCTCGAATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
** * * *
27457529 TTAAAT-TCGACCAAATA-AATTTTGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGATAAACGATG
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130 AGATATAAAAAAATGGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * * *
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* *
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259 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * *
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* * * * *
27457813 TTAAATTTGACTAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAAATAGTTAATCGATGA
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* * **
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131 GATATAAAAAAATGGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
* * * * * *
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* **
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* ** * *
27458035 CAATTCTTGTGCATTCTGCTTGTATAAAGGCTACCCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* * * * * *
27458100 ATATATATGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTGGTTAAAAGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
*
27458165 GATATAAAAAAAATGGAAAGAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTT
131 GATAT-AAAAAAATGGAAA-AAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * *
27458230 CCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACTCAAGCACGCTTAACTATGAAGTTTTGATGG
194 CCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGAAGTTCTGATGG
* * *
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259 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * * * * *
27458331 CAATTCTTGTGCATTCTATTTACATAAAGGCCACCCCTTATCG----T-AGCCTCGAAATTCAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* * * *
27458391 TCAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGTTTTATTTCGTAAATAATTAATTAGTTAAACGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
* * *
27458456 GATATAAAAAAAATGGAAAGAAATTAAATAAGATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTT
131 GATAT-AAAAAAATGGAAA-AAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * *
27458521 CCCAGGAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCGCCCAAGAACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
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* * *
27458586 GATCTGATGCATTAGTGCTGGTATGATTGCACCCGT
259 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * *
27458622 CAATTCTTGTGCATTCTA-TT-TAT-----C-A---C--AT-----TTAAGCCTCGAATTTCAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* ** *
27458669 TTCAATATGACCAAATAGAATTTCGAGTTATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
* * *
27458734 GATATAAAAAAATGGAAAACAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGCGGTGCAACAAGAGGCCTTC
131 GATATAAAAAAATGGAAAA-AATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* ** * * * * *
27458799 TCACCAAGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTCGCTTAACTG-CAGAGTTCTGCTGG
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGA-AGTTCTGATGG
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* *
27458899 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTTGAATTTGAAT
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* * *
27458964 TTAAATACGACCAAATA--G--TCGATTGATTTATTTCGTAAATACCTAATTAGTTAAACGATGA
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* * * * * * * * *
27459025 GATATAAAAAATTGAAAAAAAAATAAATGAGTTATAAAATAAGAGAGGTACAATAAGAGGACTTC
131 GATATAAAAAAATG-GAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
27459090 CCAGGGGGTCACCCATCCTAGTACAACTCACTCGCCCAAGCTCGCTTAACTGT-AGAGTTCTGAT
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACT--CTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGA-AGTTCTGAT
* *
27459154 GGGATCCTGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGT
257 GGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * *
27459192 CAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCCCGAATTTGAAT
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* * * *
27459257 TTAAATATGATCAAATAGTGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTCAACGATGA
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* * *
27459322 GGTATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAAAGAGATATAAAATAGGAGTGGTGCAACACGAGGACTT
131 GATAT-AAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
* ** * * * * * * * *
27459387 CTCACCAAGTCACCCAACCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTGACCTGCGGAGTTTTGATGG
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**
27459452 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACTGGT
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* * * *
27459488 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACCTGAGCCACGGATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* *
27459553 TTAAATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
* * * *
27459618 GATATAAAAAATAAAGGAAAAAACTTAAATGACATAAAAAATAAGAGGGGTGCAACACGAAGG-C
131 GATAT-AAAAA-AATGGAAAAAA-TTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG-AGGAC
* * * * *
27459682 TTCCAAGGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAGCTG-CAGAGTTCTGA
192 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGA-AGTTCTGA
*
27459746 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATCATCGCACCCGT
256 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * *
27459785 GAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTGCCCCTGATCGCACTT-CGCCTCGAATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* * * * *
27459849 TTAAATACGAGCAAATCGAGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
* *
27459914 GATAT-AAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
131 GATATAAAAAAAT-GGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * * * * *
27459978 CCAAGAGGTCTCCCATCCTAGTACTACTCTGGCCCAAGCACACTTAACTGCGTAGTTCTAATAGG
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGAAGTTCTGATGGG
*
27460043 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCTGT
260 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
** *
27460078 CAATTCTTATGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* *
27460143 TTAAATACGACCAAACAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
* * * * *
27460208 GATGTAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGAAGAGCTGCAACACGAGGAATTC
131 GATATAAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * * *
27460273 CCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATAGG
195 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGAAGTTCTGATGGG
* * * **
27460338 ATCCAGTACATTAGTGCTGTTATGATCAAACCCGT
260 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
* * *
27460373 CAATTCTTGCGCATTCTATTGATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAAT
1 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
* *
27460438 TTAAATACGACCAAAAAGCGTTTC
66 TTAAATATGACCAAATAGCGTTTC
27460462 CAGTAGAGGG
Statistics
Matches: 2850, Mismatches: 364, Indels: 143
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
276 1 0.00
277 156 0.05
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279 3 0.00
280 1 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
TTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGA
GATATAAAAAAATGGAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTGAAGTTCTGATGGGA
TCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
Found at i:27458766 original size:864 final size:865
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Indices: 27456932--27460398 Score: 4023
Period size: 864 Copynumber: 4.0 Consensus size: 865
27456922 ACTTATCGCA
* **
27456932 CTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAAT-TCGAAAAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
1 CTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATAT-GACCAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
* *
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* * *
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* * * *
27457122 GGTGTTCCGATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTC
195 AGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTC
* * * * *
27457187 TATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGCA-CATTGAATTTG-ATATTAAATTCGACAAA
260 TATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTG-AGCCTCGAATTTGAATA-TAAATACGACCAA
* *
27457250 ATAACGTTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATTAAAAAAA-
323 ATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA-TAAAAAAAT
* * *
27457314 --ATATAAAATT-AATGAGATATAAAATAGGATGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCAC
387 GGA-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCAC
** * * * *
27457376 CCATAATGGTACTACTCTCACCCAAGCAAGCTTAACTG-CAGAGTTCTAATGGGATCGGGTGCAT
451 CCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGAGAGTTCTAATGGGATCTGGTGCAT
* * ** * * * * * * * *
27457440 TAATGCTGGTTTGATAACAACCGCCAAGCCTGGCGCATTCTATTTTTATGAAGGCTACCACTTAT
516 TAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGAT
* * ** *
27457505 CGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTCGACCAAATA-AATTTTGAGTGATTTATTTCGTA
581 CG--C-TGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTA
* * *
27457569 AAAAACTAATTAGATAAACGATGAGATAT------A---AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
643 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAAGATATAAAATA
* * *
27457625 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCA-CACTAGTACTACTCTCGCCTAAGCA
708 GAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATC-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
* * * * * * *
27457689 GGCTTAACTGTGGAGTTCTAATGAGATCCGGTGCATTAGTGCTGGCATGATTGCACCCGTCAATT
772 CGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATT
*
27457754 CTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCTTAT
837 CTTGCGCATTCTATTTATAT--A--CTA-CC-TAT
* * * *
27457789 CGCACTTGCGCCTCGAATTTGAATTTAAATTTGACTAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTA
1 ----CTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACCAAATAA-ATTTCGAGTGATTTATTTCGTA
* * * *
27457854 AATAACTAAATAGTTAATCGATGAGATAT-AAAAAAAAATTACATGAGATATAAATTAGGAGGGG
61 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGG
** * * * * *
27457918 TGCAACACGAGGAAGTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCTC-AGGTATGCTTCA
126 TGCAACACGAGGACTTCCCACGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAAGTACGCTTCA
* ** *
27457982 CTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCGTCCGTCAATTCTTGTGC
191 CTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGC
** * * * *
27458047 ATTCTGCTTGTATAAAGGCTACCCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAATATATATATGACC
256 ATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATATAAATACGACC
* * * *
27458112 AAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTGGTTAAAAGATGAGATATAAAAAAA
321 AAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAA
*
27458177 ATGGAAAGAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCA
385 ATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCA
* * * * *
27458242 CCCATCCTAGTACTACTCTCACTCAAGCACGCTTAACTATGA-AGTTTTGATGGGATCTGATGCA
450 CCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGAGAGTTCTAATGGGATCTGGTGCA
* * * * * *
27458306 TTAGTGCTGGTATGATCGCGCCCGTCAATTCTTGTGCATTCTATTTACATAAAGGCCACCCCTTA
515 TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGA
* * * *
27458371 TCG-T-AGCCTCGAAATTCAATTCAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGTTTTATTTCGTAAA
580 TCGCTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAA
* *
27458434 TAATTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAGAAATTAAATAAGATATAAAATAG
645 TAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAAGATATAAAATAG
* * *
27458499 AAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCGCCCAAGAACG
709 AAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* *
27458564 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGATGCATTAGTGCTGGTATGATTGCACCCGTCAATTCT
774 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
*
27458629 TGTGCATTCTA-TT-TAT-C-A-C-AT
839 TGCGCATTCTATTTATATACTACCTAT
* * * *
27458650 -TTAAGCCTCGAATTTCAATTTCAATATGACCAAATAGAATTTCGAGTTATTTATTTCGTAAATA
1 CTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACCAAATA-AATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATA
27458714 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAACAATTAAATGAGATATAAAATAGGAG
65 ACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAA---AAAA-AATTAAATGAGATATAAAATAGGAG
* * * * * *
27458779 CGGTGCAACAAGAGGCCTTCTCACCAAGTCACCTATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AAGCT-CGC
123 GGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAAG-TACGC
* *
27458842 TTAACTGCAGAGTTCTGCTGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTT
187 TTCACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTT
* * *
27458907 GCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTTGAATTTGAATTTAAATAC
252 GCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATATAAATAC
* *
27458972 GACCAAATA--G--TCGATTGATTTATTTCGTAAATACCTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAA
317 GACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAA
* * * * * * * * *
27459033 AAATTGAAAAAAAAATAAATGAGTTATAAAATAAGAGAGGTACAATA-AGAGGACTTCCCAGGGG
382 AAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACA-AGGACTTCCCAGGAG
* * * *
27459097 GTCACCCATCCTAGTACAACTCACTCGCCCAAGCTCGCTTAACTGT-AGAGTTCTGATGGGATCC
446 GTCACCCATCCTAGTACTACT--CTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGAGAGTTCTAATGGGAT-C
* *
27459161 T-GTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTA
508 TGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
* * * *
27459225 CCCCTGATCGCACTTGAGCCCCGAATTTGAATTTAAATATGATCAAATAGTGTTTCGAGTGATTT
573 CCCCTGATCG--C-TGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTT
* * *
27459290 ATTTCATAAATAACTAATTAGTTCAACGATGAGGTATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAA-AGAG
635 ATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATA-AG
* * * ** * *
27459354 ATATAAAATAGGAGTGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCAACCTAGTACTACTCTC
698 ATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTC
* * * * *
27459419 ACCCAAGCACGCTGACCTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCAC
763 GCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCAC
**
27459484 TGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACCCCTGAT
828 CCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATAT---A-CTA--CCT-AT
* * * * *
27459529 CGCACCTGAGCCACGGATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTA
1 ----CTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACCAAATA-AATTTCGAGTGATTTATTTCGTA
* *
27459594 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAATAAAGGAAAAAACTTAAATGACATAAAAAA
61 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-----A-AAA--AAAAAA-TTAAATGAGATATAAAA
* * *
27459659 TAAGAGGGGTGCAACACGAAGG-CTTCCAAGGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AA
117 TAGGAGGGGTGCAACACG-AGGACTTCCCACGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAA
* * * *
27459722 GCACACTT-AGCTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATCATCGCACCCGTG
181 GTACGCTTCA-CTGCAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTC
* * *
27459786 AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTGCCCCTGATCGCACTT-CGCCTCGAATTTGAATT
245 AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATA
* * * *
27459850 TAAATACGAGCAAATCGAGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG
310 TAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAG
* * *
27459915 ATAT-AAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
375 ATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCC
* * ** * * * *
27459979 CAAGAGGTCTCCCATCCTAGTACTACTCTGGCCCAAGCACACTTAACTGCG-TAGTTCTAATAGG
440 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGAGAGTTCTAATGGG
* * * **
27460043 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCTGTCAATTCTTATGCATTCTATTTATATAAAGG
505 ATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGG
* *
27460108 CTACCTCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAACAGCGTTTCGAGTGA
570 CTACCCCTGATCG--C-TGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGA
* *
27460173 TTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGTAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGA
632 TTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAA
* * *
27460238 GATATAAAATAGAAGAGCTGCAACACGAGGAATTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCT
697 GATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCT
* * * * **
27460303 CGCCCAAGCACGCTTGACTGCGGAGTTCTGATAGGATCC-AGTACATTAGTGCTGTTATGATCAA
762 CGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGA-TGCATTAGTGCTGGTATGATCGC
*
27460367 ACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTGATATA
826 ACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATA
27460399 AAAGCTACCC
Statistics
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0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (865 bp):
CTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACCAAATAAATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAA
CTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAA
CACGAGGACTTCCCACGAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAAGTACGCTTCACTGCA
GAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCT
ATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATATAAATACGACCAAATA
GCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAA
AAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATC
CTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTGTGAGAGTTCTAATGGGATCTGGTGCATTAGTG
CTGGTATGATCGCACCCGTCAATCCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCTG
AGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTA
ATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAAGATATAAAATAGAAGAGGT
GCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
GCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCAT
TCTATTTATATACTACCTAT
Found at i:27460643 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 27460256--27460676 Score: 644
Period size: 217 Copynumber: 1.9 Consensus size: 217
27460246 ATAGAAGAGC
*
27460256 TGCAACACGAGGAATTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTGAC
1 TGCAACACGAGGAATTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC
* *
27460321 TGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTACATTAGTGCTGTTATGATCAAACCCGTCAATTCTTGCGCA
66 TGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTACATTAGTGCTGGTATAATCAAACCCGTCAATTCTTGCGCA
*
27460386 TTCTATTGATATAAAAGCTACCCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
131 TTCTATTGATATAAAAGCTAACCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
27460451 AAAAGCGTTTCCAGTAGAGGGG
196 AAAAGCGTTTCCAGTAGAGGGG
* * * * *
27460473 TGCAAGACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC
1 TGCAACACGAGGAATTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC
* ** ** *
27460538 TGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCCGTCAATTCTTGCGCA
66 TGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTACATTAGTGCTGGTATAATCAAACCCGTCAATTCTTGCGCA
* ** * * *
27460603 TTCTATTTATATAATGGCTAACCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCA
131 TTCTATTGATATAAAAGCTAACCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
*
27460668 AATAGCGTT
196 AAAAGCGTT
27460677 GCGAGTGATT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 22, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
217 182 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.25, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (217 bp):
TGCAACACGAGGAATTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC
TGCGGAGTTCTGATAGGATCCAGTACATTAGTGCTGGTATAATCAAACCCGTCAATTCTTGCGCA
TTCTATTGATATAAAAGCTAACCCTGATCGCACATGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
AAAAGCGTTTCCAGTAGAGGGG
Found at i:27461457 original size:295 final size:295
Alignment explanation
Indices: 27460467--27463435 Score: 2273
Period size: 295 Copynumber: 9.7 Consensus size: 295
27460457 GTTTCCAGTA
* * *
27460467 GAGGGGTGCAAGACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* * *
27460532 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCCGTCAATTCT
66 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
* * *
27460597 TGCGCATTCTATTTATATAATGGCTAACCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATA
131 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
* * *
27460662 CGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTCGTAAATCACTAATTAGTTAAACGATAAGATGTAA
196 CGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT-A
* * *
27460727 AAAAAATGGAGAACAATTAAATGAGATATAATATAG
260 AAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
* * * *
27460763 GAGGGGTGCAACACGAGGACTACCTAA-GAGGTCACCCCTCCTAGTACTAATCTCGCCCGAGCAC
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC-AAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * * *
27460827 GCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTTAATTC
65 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* * * * *
27460892 TTGCCCATTCTATTCATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAAAT
130 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* *
27460957 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACGAATTAGTTAAAC-ATGAGATATA
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATA
** *
27461021 AAAAAATGGAAAAGGATTAAATGAGATTTAAAATTA-
260 AAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA-TAG
* * * *
27461057 GAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAA-GAGGTTACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* *
27461121 GCTTAACTGTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
65 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* * * * * *
27461186 TTGCACATTGTATTTATATAAAGGCTACACTTGATCGTAATTGAGCCTCGAATCTGAATTTAAAT
130 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
**
27461251 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTTGACGCA-AAGATAT
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG-ATAAGATAT
*
27461315 AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTG
259 AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
*
27461352 GAGGGGTGCAACACAAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* * * * * *
27461417 CTTAACTACGGAGTTTTGATTGGATCCGGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTAAATTCT
66 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
*
27461482 TGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATC-TCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
131 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGT-ACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* * *
27461546 AGGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-T-
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATA
27461609 AAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
260 AAAAAATGG-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
* * * * * * *
27461646 AAGAGGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* * * *
27461711 C-TAAGCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGTTGTTATGATCGCACCCGTCAATTC
66 CTTAA-CTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* * * *
27461775 TTACGCATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
130 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* * **** * ** ** * ** * * *
27461840 ACTACCAAGA-AGCGTTTCGAGTGGTGGGGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCATCGAT--
195 ACGACCAA-ATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC-GTA-AATAAC-T--AATTAGTTAAACGATAA
** ** *** * * * * * * *** *
27461902 CCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGT-TCTGATGG
254 GATA-TAAAAAAAT-G--GAA-AAAAATTAAATG-AGA-TATAAAATAG
** * ** * * * * ** * * * *
27461950 GATCTGGTGTATTAGTGCTGGTA-TAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTA-TA-TA
1 GA-GGGGTGCAACA-CG-AGG-ACT--TC-CA--AG-GAGGTC--ACCCATCCTA-GTACTACT-
*** * * * * *** * ** * *
27462012 AAGGCTACCACTG-ATCGAACTTAAGCCT-C-GAATTTTAATTTAAATAT-GACCAAATA-TCGT
52 CTCGC--CCA-AGCA-CG--CTTAA--CTGCGGAGTTCTGA-TGGGATCTGGTGC-ATTAGT-GC
* * *
27462072 TGCTCACCGATCCTAGTACTACTCTCGTCCAAGCACGCTTAAC-TGCGGAGTTCTGATGGGATCC
106 TGGT-A-TGAT-C--G--C-AC-C-CGT-C-A--A---TT--CTTGCGCA-TTCT-AT----T--
* * * * * * * * *
27462136 GGTGTAT-TAGTGCTGGTATAATCGCACCCG-TCAATTCTTGCGCATTC-TATTT--ATATAAAG
144 --TATATAAAG-GC-----T-A-C-C-CCTGATC-GTACTTGAGC-CTCGAATTTGAATTTAAA-
* ** * ** * * *
27462196 GGTAC-CCCTGATCGCACTT-GAGCCTCGATTT-TTAAT-TTAAATACGACCAAATAGCGTTGCG
194 --TACGACCAAATAGCGTTTCGAG--T-GATTTATT--TCGTAAATA--ACTAATTA--GTT---
* * * * * *
27462257 AGTGATTTATTTTGTAAATAAGTAATTAGTTAAACGATGAGATGTAAAAAAAATAGAA--AAAAA
245 A---A---A---CG---ATAAG--A-TA--TAAA--A--AAATGGAAAAAAATTA-AATGAGATA
*
27462320 TTAAATGAG
288 TAAAAT-AG
* **** * * *
27462329 ATATAATATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTC
1 -GA-GGGGT--GC-------AACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTC
* * *
27462394 GCCCGAGCACGCTT-ACTTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCA
55 GCCCAAGCACGCTTAAC-TGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCA
** * * * *
27462458 CCAAAT-AATTCTTGCGCATTCTATGTATATAAAGGCTACCGCTTATC-TCACTTAAGCCTCGAA
119 CC-CGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGT-ACTTGAGCCTCGAA
* *
27462521 TTTCAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACTAATTAGTTAA
182 TTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAA
* * * *
27462586 ACGATGAGATATAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATATAATTG
247 ACGATAAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
** *
27462635 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCTGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTCG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* * *
27462700 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA-----T-C--TAGTGCTGGTACGATCGTAACCGTCAATTCT
66 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
* *
27462757 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGTAATTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
131 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
* * * * * *
27462822 TGATCAAATAGCATTTCGAGTTATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAGATGATAAGATATAA
196 CGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATAA
*
27462887 AAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTG
261 AAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
* * * * *
27462922 GAGGGGTGCAACGCGAGAACTTCCAAGGAGGTCACCCAGCCTAGTATTACTCTTGCCCAAGCACG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* * * * * * * *
27462987 CTTAACTACAGAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTTGTGCTAGTATGATTGCACCCGTTAATTCT
66 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
*
27463052 TGCGCATTCTATTTACATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
131 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
*
27463117 TGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATAA
196 CGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATAA
*
27463182 AAAAACTGGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAG
261 AAAAA-TGG-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
* * * * * *
27463219 AAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATG
1 GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
* *
27463284 CTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATTCT
66 CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
* *
27463349 TGCGCATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
131 TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
* *
27463414 CGACCAAAAAGCGTTTCAAGTG
196 CGACCAAATAGCGTTTCGAGTG
27463436 GAGGGGTGCA
Statistics
Matches: 2092, Mismatches: 402, Indels: 357
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
286 1 0.00
287 247 0.12
288 1 0.00
289 1 0.00
290 1 0.00
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382 3 0.00
383 1 0.00
384 2 0.00
385 2 0.00
386 1 0.00
387 3 0.00
388 1 0.00
389 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.20, T:0.29
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GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
CTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCT
TGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
CGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATAA
AAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAG
Found at i:27461585 original size:589 final size:589
Alignment explanation
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Period size: 589 Copynumber: 2.4 Consensus size: 589
27460455 GCGTTTCCAG
* * *
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1 TAGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
* * *
27460530 CGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCCGTCAATT
66 CGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATT
* *
27460595 CTTGCGCATTCTATTTATATAATGGCTA-ACCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAA
131 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACA-CCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
* * *
27460659 ATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTCGTAAATCACTAATTAGTTAAACGATAAGATG
195 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATA
* * * *
27460724 TAAAAAAAATGGAGAACAATTAAATGAGATATAATATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTACCTA
260 TAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTACCTA
* * *
27460789 AGAGGTCACCCCTCCTAGTACTAATCTCGCCCGAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATC
325 AGAGGTCACCCATCCTAGTACTAATCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGATGGGATC
* * *
27460854 TAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTTAATTCTTGCCCATTCTATTCATATAAAGGCTA
390 CAGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCAGTAAATTCTTGCCCATTCTATTCATATAAAGGCTA
*
27460919 CCCCTTATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTT
455 CCCCTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTT
* **
27460984 ATTTCGTAAATAACGAATTAGTTAAAC-ATGAGATATAAAAAAATGG-AAAAGGATTAAATGAGA
520 ATTTCATAAATAACGAATTAGTTAAACGATGAGAT-T-AAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGA
*
27461047 TTTAAAA
583 TATAAAA
* * *
27461054 TTAGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAAGAGGTTACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGC
1 -TAGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC
* * *
27461119 TCGCTTAACTGTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAAT
65 ACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAAT
* * * * *
27461184 TCTTGCACATTGTATTTATATAAAGGCTACACTTGATCGTAATTGAGCCTCGAATCTGAATTTAA
130 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
**
27461249 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTTGACGCA-AAGAT
195 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG-ATAAGAT
* *
27461313 AT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACACAAGGACTTCC-
259 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTACCT
* * * *
27461376 AAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTTTTGATTGGA
324 AA-GAGGTCACCCATCCTAGTACTAATCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGATGGGA
* * * * *
27461441 TCCGGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTAAATTCTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGC
388 TCCAGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCAGTAAATTCTTGCCCATTCTATTCATATAAAGGC
* * *
27461506 TACCCCTGATCTCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATAGGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
453 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
*
27461571 TTATTTCATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATTAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGA
518 TTATTTCATAAATAACGAATTAGTTAAACGATGAGATTAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGA
27461636 TATAAAA
583 TATAAAA
* * * * *
27461643 TAGAAGAGGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGC
1 TAG-AGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC
* * * *
27461708 ACGC-TAAGCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGTTGTTATGATCGCACCCGTCAA
65 ACGCTTAA-CTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
* * * * *
27461772 TTCTTACGCATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTA
129 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
*
27461837 AATACTACCAAGA-AGCGTTTCGAGTG
194 AATACGACCAA-ATAGCGTTTCGAGTG
27461863 GTGGGGTGCA
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 80, Indels: 17
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
588 17 0.02
589 461 0.64
590 240 0.33
591 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (589 bp):
TAGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
CGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATT
CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACAAGGACTACCTAA
GAGGTCACCCATCCTAGTACTAATCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGATGGGATCC
AGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCAGTAAATTCTTGCCCATTCTATTCATATAAAGGCTAC
CCCTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTA
TTTCATAAATAACGAATTAGTTAAACGATGAGATTAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATAT
AAAA
Found at i:27462028 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 27461650--27462057 Score: 638
Period size: 217 Copynumber: 1.9 Consensus size: 217
27461640 AAATAGAAGA
** *
27461650 GGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACGCTAA
1 GGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACACTAA
* * *
27461715 GCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGTTGTTATGATCGCACCCGTCAATTCTTACG
66 GCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTACG
* *
27461780 CATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACTAC
131 CATTCTATTGATATAAAGGCTACCACTGATCGAACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACTAC
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196 CAAGAAGCGTTTCGAGTGGTGG
* * * *
27461867 GGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCATCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTA
1 GGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACAC-TA
* * * *
27461932 A-CTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGC
65 AGCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTAC
* *
27461996 GCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGAACTTAAGCCTCGAATTTTAATTTAAATA
130 GCATTCTATTGATATAAAGGCTACCACTGATCGAACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATA
27462058 TGACCAAATA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 18, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
217 169 0.98
218 3 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (217 bp):
GGTGCAACACAAGGACTTCCCAGGAGGTCAGCCATCCTAATACTACTCTCACCCAAGCACACTAA
GCTGCAGAGTTCCGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTACG
CATTCTATTGATATAAAGGCTACCACTGATCGAACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACTAC
CAAGAAGCGTTTCGAGTGGTGG
Found at i:27462209 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27461898--27462255 Score: 626
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
27461888 AGGAGGTCAT
*
27461898 CGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGTATT
1 CGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATT
27461963 AGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATC
66 AGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATC
* *
27462028 GAACTTAAGCCTCGAATTTTAATTTAAATATGACCAAATATCGTTGCTCAC
131 GAACTTAAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCTCAC
* *
27462079 CGATCCTAGTACTACTCTCGTCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATT
1 CGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATT
* *
27462144 AGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGGTACCCCTGATC
66 AGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATC
* * *
27462209 GCACTTGAGCCTCGATTTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
131 GAACTTAAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
27462256 GAGTGATTTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
181 167 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (181 bp):
CGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATT
AGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATC
GAACTTAAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCTCAC
Found at i:27463598 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 27463223--27463638 Score: 688
Period size: 217 Copynumber: 1.9 Consensus size: 217
27463213 AAATAGAAGA
27463223 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
1 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
** * * * *
27463288 ACTGCGGAGTTTTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
66 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCA
* * *
27463353 CATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGAC
131 CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
27463418 CAAAAAGCGTTTCAAGTGGAGG
196 CAAAAAGCGTTTCAAGTGGAGG
* * * *
27463440 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTA
1 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
*
27463505 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCA
66 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCA
* *
27463570 CATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTTAATTTAAATACGAC
131 CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
27463635 CAAA
196 CAAA
27463639 TAGCATTGCG
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 16, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
217 183 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (217 bp):
GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCA
CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
CAAAAAGCGTTTCAAGTGGAGG
Found at i:27463942 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 27462920--27463948 Score: 1504
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 514
27462910 GATATAAAAT
* * *
27462920 TGGAGGGGTGCAACGCGAGAACTTCCAAGGAGGTCACCCAGCCTAGTATTACTCTTGCCCAAGCA
1 TGGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCAAGGAGGTCACCCAGCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
* * * * * *
27462985 CGCTTAACTACAGAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTTGTGCTAGTATGATTGCACCCGTTAATT
66 CGCTTAACTACAGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTAGTATAATCGCACCCGTCAATT
* * * * *
27463050 CTTGCGCATTCTATTTACATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
131 CTTGCACATTCTATTTACATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAA
* * *
27463115 TATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
196 TACGACCAAATAGCATTGCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* *
27463180 AAAAAAACTGGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
261 AAAAAAAATAGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
* * *
27463245 GGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATC
326 GGAGGACACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
* **
27463310 TGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTGATATAAAGGCTA
391 CGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCAATCAATTCTTGCGCATTCTATTGATATAAAGGCTA
* *
27463375 CCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAAAAGCGTTTCAAG
456 CCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTCAATTTAAATACGACCAAAAAGCGTTTCAAG
* * * * *
27463434 TGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
1 TGGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCAAGGAGGTCACCCAGCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
* * * * *
27463499 TGCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATT
66 CGCTTAACTACAGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTAGTATAATCGCACCCGTCAATT
* *
27463564 CTTGCACATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTTAATTTAAA
131 CTTGCACATTCTATTTACATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAA
* * * *
27463629 TACGACCAAATAGCATTGCGAGTGATTTATTTTGTAAATAAGTAATTAGTTAAACGATGAGATGT
196 TACGACCAAATAGCATTGCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* * * *
27463694 AAAAAAAATAG-AAAAAAATTAAATGAGATATAATATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
261 AAAAAAAATAGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
* ** *
27463758 GGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCGAGCACGCTTAATTGCGGAGTTCTGATGGGATC
326 GGAGGACACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
* *
27463823 CGGTGCATTAGTGTTGTTATGATCGCACCAAAT-AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCT
391 CGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACC-AATCAATTCTTGCGCATTCTATTGATATAAAGGCT
* * * * * *
27463887 ATCGCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTCAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAG
455 ACCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTCAATTTAAATACGACCAAAAAGCGTTTCAAG
27463947 TG
1 TG
27463949 ATTTATATCG
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 59, Indels: 3
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
513 218 0.48
514 237 0.52
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (514 bp):
TGGAGGGGTGCAACACGAGAACTTCCAAGGAGGTCACCCAGCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
CGCTTAACTACAGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTAGTATAATCGCACCCGTCAATT
CTTGCACATTCTATTTACATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTGAATTTAAA
TACGACCAAATAGCATTGCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
AAAAAAAATAGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATAGAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
GGAGGACACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
CGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCAATCAATTCTTGCGCATTCTATTGATATAAAGGCTA
CCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTCAATTTAAATACGACCAAAAAGCGTTTCAAG
Found at i:27463973 original size:296 final size:294
Alignment explanation
Indices: 27463435--27466696 Score: 2613
Period size: 296 Copynumber: 10.7 Consensus size: 294
27463425 CGTTTCAAGT
* * *
27463435 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAT
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * *
27463500 GCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTC
66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* * * * * *
27463565 TTGCACATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTGATCGCACGTGAGCCTAGAATTTTAATTTAAAT
131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA-CCCTGATCTCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* * * * * *
27463630 ACGACCAAATAGCATTGCGAGTGATTTATTTTGTAAATAAGTAATTAGTTAAACGATGAGATGTA
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT-
*
27463695 AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAATATA
259 AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* *
27463731 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCGAGCAC
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * * **
27463796 GCTTAATTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGTTGTTATGATCGCACCAAAT-AATT
66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACC-CGTCAATT
* * * *
27463860 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTATCGCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTCAATTTAAA
130 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA-CCCTGATCTCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
* *
27463925 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
194 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* *
27463990 AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATATAATT
259 AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* *
27464026 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCTGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * *
27464091 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTACGATCGTAACCGTCAATTC
66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
*
27464156 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGT-AATTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTAC-CCTGATC-TCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
* * * * * *
27464220 TATGATCAAATAGCATTTCGAGTTATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAGATGATAAGATAT
194 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* *
27464285 AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATT
259 -AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* * * *
27464322 GGAGGGGTGCAACGCGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTATTACTCTTGCCCAAGCAC
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* ** * * * * *
27464387 GCTTAACTACAAAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTTGTGCTAGTATGATTGCACCCGTTAATTC
66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
*
27464452 TTGCGCATTCTATTTACATAAAGGCTACCCTGATCGT-ACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCTGATC-TCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
*
27464516 ATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATA
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATA
* * *
27464581 AAAAACTGGAAAAAAAAATAAATGAGATATAAAATA
260 AAAAAATAG-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* * * * *
27464617 GAAGAGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCAT
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* *
27464682 GCTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATTC
66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* *
27464747 TTGCGCATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA-CCCTGATCTCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* * **** * * * ** *
27464812 ACGACCAAAAAGCGTTTCAAGTGGA--GGGGT-GCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTT-ACCGA
195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGT-GATTTATTTCGTAA-A-TA--AC-T--AATTA-GTTAAACGA
** ** *** * * *** * * * * *
27464873 T--CCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTGCGGAGT-TCAGATG
251 TAAGATA-TAAAAAAATAG---AA-AAAAATTAAATG-AGA-TATAAAATA
** * ** * * * *** * * *
27464921 GGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTA-TAATCGCA-CCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATA
1 GGA-GGGGTGCAACA-CG-AGG-ACT--TCCCAGGAGGTC-A--C---C-CATCCTA-GTA-CT-
* * * * * * *** * ** * *
27464984 AAGGC-CAC-CCCTAATCGCACG-TGAAC--CTAGAATTTTAATTTAAATAC-GACCAAATAGCG
50 -A--CTCTCGCCC-AA--GCACGCTTAACTGC-GGAGTTCTGA-TGGGATCCGGTGC-ATTAGTG
* * * * *
27465043 TTGCTCACCGATCCTAGTACTACACTCGGCCAAGCACGCTTAAC-TGCGGAGTTCTGATGGGATC
106 CTGGT-A-TGAT-C--G--C-AC-C-C-GTC-A--A---TT--CTTGCGCA-TTCT-AT----T-
* * *** * * * * *
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145 ---TATATAAAG-GC---TACCCT-G-A-TC-TC-A--CTTGAGC-CTCGAATTTGAATTTAAA-
* ** * * * ** * * *
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194 --TACGACCAAATAGC-GTTTCGAGT-G-A-TTTATTTCGTAAATA--ACTAATTA--GTT---A
* ** *
27465230 GTGATTTATTTCG-TAA-ATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAAATAGAAAAAAAT
246 ---A---A---CGATAAGAT-A-TAA--A---AAA--AT---A-G-AAAAAAATTA-AATGAGA-
*
27465293 TAAATGAGATATAA
286 T--AT-A-AAAT-A
** * * * *
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1 -GGAGGG---GTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
* * ** * *
27465372 GCACACTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCTAGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCA
62 GCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCA
* * * * *
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* * *
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*
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257 AT-AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA-TA
* ** * *
27465599 -GAGGGGTGCACCAAAAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * *
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66 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* *
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131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTAC-CCTGATC-TCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
*
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194 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* * *
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259 -AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* ** *
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1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * * * * **
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* *
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* *
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194 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* *
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259 -AAAA-AAA-TAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* * * * * *
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1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* * * ** * * * *
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* *
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* *
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195 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT-
* *
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259 AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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Statistics
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AAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
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Alignment explanation
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ***
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* * * *
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* *
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* *
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*
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1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
*
27464091 GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTACGATCGTAACC-GTCAATT
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* * *
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* * * * *
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195 TACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* *
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260 AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAG
* * * *
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325 GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCC
* * *
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390 GGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTAC
*
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455 CCTGATC-TACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTAT
* * *
27464545 TTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATAAAAAACTGGAAAAAAAAATAAATGAGATA
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27464610 TAAAATA
583 TAAAATA
* * * *
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1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC-T
* * * *
27464682 -GCTTAACTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATT
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*
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130 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
* * * **** * * * ** *
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195 TACGACCAAATAGCATTTCGAGT-GATTTATTTCGTAA-A-TA--AC-T--AATTA-GTTAAACG
** ** *** * * *** * * * * * ** *
27464872 AT--CCTAGT-ACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTGCGGAGT-TCAGATGGGATCCGGTGTA
251 ATAAGATA-TAAAAAAAAT-G--GAA-AAAAATTAAATG-AGA-TATAAAATAGGA-GGGGTGCA
** * * * * ** * * * * * *
27464933 TTAGTGCTGGTA-TAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC-CAC-CCC
308 ACA-CG-AGG-ACT--TC-CA--AG-GAGGTC--ACCCATCCTA-GTA-CT--A--CTCTCGCCC
* * * *** * *
27464995 TAATCGCACG-TGAACCTA-GAA-TTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC-TCACCGATC
356 -AA--GCACGCTTAA-CTACGAAGTTCTGA-TGGGAT----CC-----G-G-TGCATTA--G-TG
* * * * *
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402 CTAGTA-T-GA-TC-G-C-A-CCCG-TT-A------A-TTCT--TGCG---C-AT-T-CTA-T--
* ** * * * * *
27465121 TTGTATAATCGC-ACCC-G-TCAATTCTTGCGCATTC-TATTT--ATATAAAGGCTACCCCTGAT
440 TTATATAAAGGCTACCCTGATC--TACTTGAGC-CTCGAATTTGAATTTAAA---TA---C-GA-
* * ** * * *
27465180 CGC-ACTTGCGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTCCGAGTGATTTATTTCGT
494 C-CAAATAGCGTTTCG-A--GTGA-TT---T--------AT----TT-C--GT-A---A----AT
* * * *
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528 AAC----TAATTAGTTAAACGATGAGAT-ATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
27465309 TA
588 TA
* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* ** *
27465562 AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTA-GAGGGGTGCACCAAAAGGACTTCCCAG
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* * * *
27465626 GAGGTCACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCC
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*
27465691 GGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCC-TTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
390 GGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTT-AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
* *
27465755 CACCTGATCGTAATTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTT
454 C-CCTGATC-TACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTT
* * * *
27465820 ATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAGACGATAAGATATAAAAAAAATGGAAAAAACTTAAATGATA
517 ATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGA
27465885 TATAAAATA
581 TATAAAATA
* ** * *
27465894 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
1 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
* * * * * * **
27465959 TCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGGCGCATTAGCGCTGGTATGATCGCACCTTTCAATT
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*
27466024 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAATTAAA
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* * *
27466089 TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGTTAAACAATAAGATAT
195 TACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATAT
* * *
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260 AAAAA-AAA-TGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCA
* * * * * * *
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388 CCGGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCT
* * *
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453 A-CCCTGATCT-ACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATT
*
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516 TATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAG
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580 ATATAAAATA
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* * * * * *
27466619 TTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAAT
131 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
27466684 ACGACCAAATAGCATT
196 ACGACCAAATAGCATT
27466700 GCTCACCAAT
Statistics
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ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.19, T:0.28
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GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCTC
GCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGAACCAGTCAATTC
TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
ACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATAAGATATA
AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGG
AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCG
GTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
CTGATCTACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTT
CGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
AATA
Found at i:27465003 original size:217 final size:217
Alignment explanation
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Period size: 217 Copynumber: 1.9 Consensus size: 217
27464612 AAATAGAAGA
27464622 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
1 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
** * *
27464687 ACTGCGGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGTTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
66 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
* * * * *
27464752 CATTCTATTGATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGAC
131 CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTAATCGCACGTGAACCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
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196 CAAAAAGCGTTTCAAGTGGAGG
* * * *
27464839 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTTACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTA
1 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
*
27464904 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
66 ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
* *
27464969 CATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTAATCGCACGTGAACCTAGAATTTTAATTTAAATACGAC
131 CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTAATCGCACGTGAACCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
*
27465034 CAAATAGCGTT
196 CAAAAAGCGTT
27465045 GCTCACCGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (217 bp):
GGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCAAAGCATGCTTA
ACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCG
CATTCTATTGATATAAAGGCCACCCCTAATCGCACGTGAACCTAGAATTTGAATTTAAATACGAC
CAAAAAGCGTTTCAAGTGGAGG
Found at i:27465184 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
27464858 CCAGGAGGTT
* *
27464868 ACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTA
1 ACCGATCCTAGTACTACACTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTA
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66 TTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTAA
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131 TCGCACGTGAACCTAGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCTC
* *
27465049 ACCGATCCTAGTACTACACTCGGCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTA
1 ACCGATCCTAGTACTACACTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTA
* * *
27465114 TTAGTGCTTGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGA
66 TTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTAA
* ** *
27465179 TCGCACTTGCGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTT
131 TCGCACGTGAACCTAGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTT
27465226 CCGAGTGATT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 11, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
181 166 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (181 bp):
ACCGATCCTAGTACTACACTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCAGATGGGATCCGGTGTA
TTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCCACCCCTAA
TCGCACGTGAACCTAGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCTC
Found at i:27466391 original size:595 final size:589
Alignment explanation
Indices: 27465048--27466696 Score: 2318
Period size: 595 Copynumber: 2.8 Consensus size: 589
27465038 TAGCGTTGCT
* * * *
27465048 CACCGATCCTAGTACTACACTCGGCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGT
1 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGT
* *
27465113 ATTAGTGCTTGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTG
66 ATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTG
* * *
27465178 ATCGCACTTGCGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTCCGAGTGATTTATTTCG
131 ATCTCACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCG
* *
27465243 TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGA-AAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
196 TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-ATAAAAAAAATGGAAAAAACTTAAATGAGATATAA
* * *
27465307 TATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCGA
260 AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC-AGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
* **
27465372 GCACACTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCTAGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCA
324 GCACACTTAACTACG-AGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCA
* * * *
27465437 ATTTTTGCGCATTATATTTATACAAAGGCTACCCCT-T---A----AGCCTCGAATTTGAATTTG
388 ATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * *
27465494 AATACAACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGATAAACGATGAGAT
453 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGATAAACAATAAGAT
* *
27465559 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAAAGGACTTCCC
518 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGCTGCAACAAAAGGACTTCCC
*
27465624 AGGAGGT
583 AGGAGGA
* * *
27465631 CACCCATCATAGTACTACTCTCGCCCAAGCTCGA-TTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC-ACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* * * *
27465695 CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCTTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACACCT
65 TATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27465760 GATCGT-AATTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTT
130 GATC-TCACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTT
* * *
27465824 CGTAAATAACTAATTAGTTAGACGATAAGATATAAAAAAAATGGAAAAAACTTAAATGATATATA
194 CGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAACTTAAATGAGATATA
** *
27465889 AAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCA
259 AAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTC-CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCA
* * * * **
27465954 AGCACTCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGGCGCATTAGCGCTGGTATGATCGCACCTTT
323 AGCACACTTAA-CTAC-GAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGT
*
27466019 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAA
386 CAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT-ATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAT
*
27466084 TTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGTTAAACAATAA
450 TTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGATAAACAATAA
* **
27466149 GATATAAAAAGAAAGTGGAAAAAAATTAAATGAGATATGAAA-TAGGAGGGCTGCAACACGAGGA
515 GATATAAAAA-AAA-TGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTA-GAGGGCTGCAACAAAAGGA
*
27466213 CTTCCTAGGAGGA
577 CTTCCCAGGAGGA
* * * * * **
27466226 CATCCATCCTAGTACAACTCTCGCCCGAGCACACTTAACTGCGAAGTTATGATGGGATCTAGTGT
1 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGT
* * *
27466291 ATTAGTGCTAGTATGATCGTACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTT
66 ATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTG
* * *
27466356 ATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCG
131 ATCTCACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCG
27466421 TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAAC-TAAATGAGATATAA
196 TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGG-AAAAAACTTAAATGAGATATAA
* * * *
27466485 AATAAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAA
260 AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
* ** * *
27466550 GCTCGA-TTAACTTTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTC
324 GCAC-ACTTAAC-TACGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTC
* * * * *
27466614 AATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATT
387 AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT-ATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATT
27466679 TAAATACGACCAAATAGC
451 TAAATACGACCAAATAGC
27466697 ATTGCTCACC
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 101, Indels: 37
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
582 1 0.00
583 300 0.32
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585 1 0.00
586 1 0.00
589 1 0.00
593 84 0.09
594 127 0.13
595 339 0.36
596 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (589 bp):
CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGT
ATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTG
ATCTCACTTGAGCCTCGAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCG
TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAACTTAAATGAGATATAAA
ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC
ACACTTAACTACGAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATT
CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAAAAACTAATTAGATAAACAATAAGATATA
AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGCTGCAACAAAAGGACTTCCCAGG
AGGA
Found at i:27466845 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27466521--27466882 Score: 598
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
27466511 TCCCAGGAGG
* * ** *
27466521 TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCTCGATTAACTTTGGAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* * *
27466586 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGTGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27466651 AATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCATTGC
131 AATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCATTGC
*
27466702 TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
*
27466767 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* * *
27466832 GATCGCACTTGAGCTTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
131 AATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCATTGC
27466883 GAGTGATTTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 14, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 167 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (181 bp):
TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
AATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCATTGC
Found at i:27467369 original size:287 final size:293
Alignment explanation
Indices: 27466702--27467462 Score: 1043
Period size: 287 Copynumber: 2.6 Consensus size: 293
27466692 ATAGCATTGC
* * *
27466702 TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* *
27466767 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* *
27466832 GATCGCACTTGAGCTTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
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* * * * *
27466897 GTAAATAACTAATTACTTAAACGATGAGATGAAAAAAATAGAAAAAAATTATATGAGATATAATA
196 GTAAATAACTAA-TACGTAAACGATGAGATAAAAAAAATAGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAA
*
27466962 TAGGAGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGG
260 TAGGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGG
* * ** ** * * **
27466996 TC-TCCATCCTAGTACTACTCTCGCTTAAGCACTCTTAACTACAAATTTCTGATGGGATCTAGTG
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* *
27467060 CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* * * * * * * * *
27467125 TATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTCAAATACAACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
131 AATCGCACTTGAGCATCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
* * * *
27467190 GTAAATAACTAA-A-GT-GATGA-GATATAAAAAAAAT-GGAAAAAACTAAATGAGATATAAAAT
196 GTAAATAACTAATACGTAAACGATGAGATAAAAAAAATAGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAA-
*
27467250 TA-GAGGGGTGCACCAAGAGGACTT-CCAGGAGG
260 TAGGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGG
* * *
27467282 TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* *
27467347 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27467412 AATCGCGCTTGAGCATCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
131 AATCGCACTTGAGCATCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
27467463 TCACTGATCC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 63, Indels: 11
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
286 10 0.02
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289 3 0.01
290 1 0.00
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ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (293 bp):
TCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
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GTAAATAACTAATACGTAAACGATGAGATAAAAAAAATAGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAAT
AGGAGGGGTGCAACAAGAGGACTTCCCAGGAGG
Found at i:27468249 original size:768 final size:771
Alignment explanation
Indices: 27465926--27469769 Score: 6619
Period size: 769 Copynumber: 5.0 Consensus size: 771
27465916 TCTCACCAAG
* *
27465926 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC-TCTTAATCTAC-AGAGTTCTGATGGGATCCG
1 TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGT-TTAA-CTGCGA-AGTTCTGATGGGATCCG
* * * * **
27465989 GCGCATTAGCGCTGGTATGATCGCACCTTTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
63 GTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACC
* * * *
27466054 CCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAATTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTAT
128 CCTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTAT
* * * * *
27466119 TTCGTAAAAAACTAATTAGTTAAACAATAAGATATAAAAAGAAAGTGGAAAAAAATTAAATGAGA
193 TTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-GAAAAA-AAA-TAGAAAAAAATTAAATGAGA
* * * *
27466184 TATGAA-ATAGGAGGGCTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGACATCCATCCTAGTACAACTCTC
255 TAT-AATATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTC-TCCATCCTAGTACTACTCTC
* * * * * * * * *
27466248 GCCCGAGCACACTTAACTGCGAAGTTATGATGGGATCTAGTGTATTAGTGCTAGTATGATCGTAC
318 GCTCAAGCACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCAC
27466313 CAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTT
383 CAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTT
*
27466378 GAATTTAAATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
448 GAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACG
*
27466443 ATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATAAGAGGGGTGCACCAAGAGG
513 ATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGG
* **
27466508 ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCTCGATTAACTTTGGAGTTCTG
578 ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTG
*
27466573 ATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGTGCATTCTATTTATAT
643 ATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATAT
*
27466638 AAAGGCTACCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCATTGC
708 AAAGGCTACCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
* *
27466702 TCACCAATCCTAGTACTACTCTTGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
*
27466767 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27466832 GATCGCACTTGAGCTTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
131 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
* *
27466897 GTAAATAACTAATTACTTAAACGATGAGATG-AAAAAAATAGAAAAAAATTATATGAGATATAAT
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
* *
27466961 ATAGGAGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTTAAGC
261 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
*
27467026 ACTCTTAACTACAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
326 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
*
27467091 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTCAA
391 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
*
27467156 ATACAACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAA--AG-T----GATGAGATA
456 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
27467214 TAAAAAAAATGG-AAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTT-CCA
521 TAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCA
27467277 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
586 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
27467342 CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
651 CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
*
27467407 CCTCTAATCGCGCTTGAGCATCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
716 CCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
* * * *
27467463 TCACTGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGTTTAACTGCGAAGTTCTTATGGGACCCGGTG
1 TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
*
27467528 TGTTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTA-TT-TATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* *
27467591 GATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTT
131 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
27467656 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
27467721 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
261 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
27467786 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
326 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
* *
27467851 TCTTGCGCATTCTATTTATATAACGGCTA-CCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGATTTTAA
391 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
*
27467915 ATACAACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
456 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
*
27467980 TAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCTA
521 TAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCA
*
27468045 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCTCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
586 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
*
27468110 CAGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
651 CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
*
27468175 CCTTTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
716 CCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
* *
27468231 TCACCGATCCTTGTACTACTGTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* *
27468296 TATTAGTGCTGGTATAATCACA-CCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTGTATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* *
27468360 GATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGTGTTGCGAGTGATTTATTTC
131 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
27468425 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATG-AAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
27468489 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
261 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
27468554 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
326 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
* *
27468619 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAAGCTACGCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
391 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
27468684 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
456 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
*
27468749 GAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCA
521 TAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCA
* *
27468814 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCTCGATTAGCTACGGAGTTCTGATGGGATC
586 GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
*
27468879 CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATATAGGCTA
651 CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
* *
27468944 CCTCTAATTGCGCTTGAGCCTTAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
716 CCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
* *
27469000 TCACCGATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
1 TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
27469065 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27469130 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTCTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
131 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
*
27469195 ATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
27469260 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
261 ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
*
27469325 ACGCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
326 ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
* *
27469390 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATTTCACTTAAGCCTCGAATTTGATTTTAA
391 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
27469455 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
456 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
27469520 TAAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCC
521 T-AAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCC
* * *
27469585 AGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCTCGATTAACTACGAATTTCTGATGGGAT
585 AGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGAT
* * *
27469650 CCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCGGTCAATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAGGCT
650 CCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCT
* * * *
27469715 ACAC-CTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTT
715 AC-CTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTT
27469770 TCGAGTGATT
Statistics
Matches: 2922, Mismatches: 126, Indels: 44
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
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760 189 0.06
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777 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (771 bp):
TCACCGATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
GATCGCACTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTTC
GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATGAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATAAT
ATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCTCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGC
ACTCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAAT
TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGAATTTGAATTTAA
ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
TAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCA
GGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTTGCCCAGGCTCGATTAACTACGGAGTTCTGATGGGATC
CGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTA
CCTCTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
Found at i:27468376 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27468085--27468410 Score: 555
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
27468075 TCAGGCTCGA
* *
27468085 TTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCAGTGTATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTT
1 TTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCAGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCGGTCAATTCTT
** *
27468150 GCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTTTAATCGCGCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATAC
66 GCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTAATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATAC
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131 GACCAAATAGCGTTGCTCACCGATCCTTGTACTACTGTCGCCCAAGCACGT
* *
27468266 TTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACC-GTCAATTCTT
1 TTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCAGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCGGTCAATTCTT
* *
27468330 GCGCATTCTATTTGTATAAAGGCTACCCCTGATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATAC
66 GCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTAATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATAC
*
27468395 GACCAAATAGTGTTGC
131 GACCAAATAGCGTTGC
27468411 GAGTGATTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 10, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 85 0.63
181 50 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (181 bp):
TTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCAGTGTATTAGTGCTGGTATAATCACACCGGTCAATTCTT
GCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTAATCGCCCTTGAGCCTCAAATTTTAATTTAAATAC
GACCAAATAGCGTTGCTCACCGATCCTTGTACTACTGTCGCCCAAGCACGT
Found at i:27469143 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27468819--27469180 Score: 571
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
27468809 TCCCAGGAGG
* * * * * *
27468819 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCTCGATTAGCTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCCATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
* * *
27468884 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCGGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATATAGGCTACCTCT
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* * * *
27468949 AATTGCGCTTGAGCCTTAAATTTTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
131 AATCGCACTTGAGCCTCAAATTCTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
* * *
27469000 TCACCGATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
1 TCACCCATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
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66 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27469130 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTCTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
131 AATCGCACTTGAGCCTCAAATTCTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
27469181 GAGTGATTTA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 17, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 164 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (181 bp):
TCACCCATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGATTAACTACGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
AATCGCACTTGAGCCTCAAATTCTAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGC
Found at i:27469770 original size:297 final size:296
Alignment explanation
Indices: 27469000--27469950 Score: 1417
Period size: 297 Copynumber: 3.2 Consensus size: 296
27468990 ATAGCGTTGC
* * * *
27469000 TCACCGATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCACGTTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGATG
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* * *
27469065 TATTAGTGCTGGTATAATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
66 CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
* *
27469130 GATCGCACTTGAGCCTCAAATTCT-AATTTAAATACGACCAAATAGCGTTGCGAGTGATTTATTT
131 GATCGCACTTGAGCCTCGAATT-TGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTT
* * *
27469194 CATAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT-GAAAAAAAATAGAAAAAAATTAAATGAGATATA
195 CGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATA
*
27469258 ATATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGG
260 AAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGG
* * * * **
27469295 TC-TCCATCCTAGTACTACTCTCGCTCAAGCACGCTTAACTGCAAATTTCTGATGGGATCTAGTG
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
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* ** * *
27469424 TATTTCACTTAAGCCTCGAATTTGATTTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
131 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
*
27469489 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATGAGATATA
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATA
* *
27469554 AAATTA-GAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCAGGAGG
260 AAA-TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGG
* * * * *
27469591 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCTCGATTAACTACGAATTTCTGATGGGATCCGGTG
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
* * *
27469656 CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCGGTCAATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAGGCTACACCT
66 CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
*
27469721 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTT
131 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
* *
27469786 GTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATAT-TAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATA
196 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGG-AAAAAAATTAAATGAGATATA
* ** *
27469850 AAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAG
260 AAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGG
* * * *
27469887 TCACCCATCCTGGTACTACTCTCGCCCAAGCCCGCTTAATTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGT
1 TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGT
27469951 TCTCGCGCAT
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 62, Indels: 13
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
293 1 0.00
294 199 0.34
295 13 0.02
296 167 0.28
297 207 0.35
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (296 bp):
TCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGAAGTTCTGATGGGATCCGGTG
CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCT
GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGG
Found at i:27470169 original size:264 final size:265
Alignment explanation
Indices: 27469694--27470214 Score: 893
Period size: 264 Copynumber: 2.0 Consensus size: 265
27469684 AATTCTTGCA
* *
27469694 CATTCTATTTATATAAAGGCTACACCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGAC
1 CATTCTATTTATATAAAGACTACACCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTAAATTTAAATACGAC
* * *
27469759 CAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATTAAAAA
66 CAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAA
*
27469824 ATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTC
131 ATAGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTC
* * * *
27469889 ACCCATCCTGGTACTACTCTCGCCCAAGCCCGCTTAAT-TGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTTC
196 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGGTTC
27469953 TCGCG
261 TCGCG
* *
27469958 CATTCTATTTATATAAAGACTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTAAATTTAAATATGAC
1 CATTCTATTTATATAAAGACTACACCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTAAATTTAAATACGAC
27470023 CAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAA
66 CAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATAT-AAAAA
*
27470088 AATAG-AAAAATATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGT
130 AATAGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGT
*
27470152 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACTCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGG
195 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGG
27470215 CGCATTAGCG
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 14, Indels: 3
0.93 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
264 212 0.88
265 29 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (265 bp):
CATTCTATTTATATAAAGACTACACCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTAAATTTAAATACGAC
CAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGATATAAAAAA
ATAGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTC
ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGATCCGGTTC
TCGCG
Found at i:27471998 original size:295 final size:296
Alignment explanation
Indices: 27471100--27472248 Score: 1612
Period size: 294 Copynumber: 3.9 Consensus size: 296
27471090 TAGGATTTGG
* *
27471100 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTGATCGCATTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * * *
27471165 AATACGAACAAATAGCGTTTCGAGTGATTTGTTTAGTAAATAACTAATTAGGTAAACGATGAGAT
66 AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
* * *
27471230 ATAAAAAAAAATGGTAAAAAATTAAATGGGATATAAAATTAGAGGGGTGCAACCCGAGGACTTCC
131 AT-AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
* * * *
27471295 CAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAATTTCGGAGCTCTGATGGGA
195 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA
27471360 TCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
260 TCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
** * * *
27471397 TTCTTGCTTATTCTATTTATATAAAGGTTACCACTAATCGAACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * *
27471462 AATGCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTAT--GAC
66 AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
* *
27471525 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAAGATATAAAATTAGAGGGGTGCAACAAC-AGAACTTCC
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCAAC-ACGAGGACTTCC
* * * **
27471589 AAGGAGGTTACCCATCCTAGAACTACTCTCGCCCAAGCATACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA
195 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA
* * * *
27471654 TCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCACACCTGTCAA
260 TCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
* * *
27471691 TTCTTTCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCCCGAATTTGAATTAA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
*
27471756 AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGTT
66 AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
* * * *
27471821 ATAAAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATATAATTGGCA-GGGTGCAGCACGAGGATTTCC
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAG-AGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
* * * *
27471884 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTAGTACTCTCGCCGAAGAACGCTTAACTGTGGAGTTCTGATGGGA
195 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA
27471949 TCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
260 TCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
** * * * ** * *
27471986 CCCTTGCGCATTCTATTTGTATAAAGACTACCCCTTTTCTCAATTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * * * *
27472051 AATATGACGAAATAGCCTTTCGAGTG-TTTATTTCGTAAATTACTAATTAGTTAAACTATGAGAT
66 AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
* *
27472115 AT-AAAAAAATGGAAAAGAATTAAATGAGATATAAAA-TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTA-GAGGGGTGCAACACGAGGACTTCC
** * *
27472178 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGA
195 CAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA
27472243 TCCGGT
260 TCCGGT
27472249 TCTTGCGCAT
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 97, Indels: 19
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
293 12 0.02
294 401 0.54
295 208 0.28
296 15 0.02
297 111 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (296 bp):
TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
AATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTAGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCC
AGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGAT
CCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAA
Found at i:27472796 original size:265 final size:262
Alignment explanation
Indices: 27471988--27473037 Score: 1579
Period size: 262 Copynumber: 4.0 Consensus size: 262
27471978 CCCGTCAACC
* * ** * *
27471988 CTTGCGCATTCTATTTGTATAAAGACTACCCCTTTTCTCAATTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
1 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
* * * * * *
27472053 TATGACGAAATAGCCTTTCGAGTG-TTTATTTCGTAAATTACTAATTAGTTAAACTATGAGATAT
66 -ACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
*
27472117 AAAAAAATGGAAAAGAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACC
130 AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACC
*
27472182 AAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCG
195 AAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCG
27472247 GTT
260 GTT
*
27472250 CTTGCGCATTCTATTTATGTAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAG
1 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA-
* * * * * *
27472315 TACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTGAAGGATGATATAT
65 AACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
*
27472380 AAAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGA-GGG-GCAACAGGAGGACTTCTCAC
130 -AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCAC
*
27472442 CAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCCCGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
194 CAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
27472507 CGGTT
258 CGGTT
* *
27472512 CTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCTAATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
1 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
* * *
27472577 ACCGACCAAATAGCATTTCAAGTGACTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
66 A-CGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
* ** * *
27472642 AAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAACAGGATCGGTGCAACACGAGGACTTTTGAC
130 -AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCAC
27472707 CAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
194 CAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
27472772 CGGTT
258 CGGTT
*
27472777 CTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTGAA
1 CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTT-AA
*
27472842 TACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
65 AACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
* * * * *
27472907 AAAAAATTGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACACGAGGAATTCCCA-G
130 AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACC
** * * * *
27472971 GGGTCACCCATCTTAGTACTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATACG
195 AAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCG
27473036 GT
260 GT
27473038 GCATTAGAGC
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 62, Indels: 18
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
261 60 0.08
262 258 0.36
263 125 0.17
264 66 0.09
265 205 0.29
266 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (262 bp):
CTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
ACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATA
AAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCA
AGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGG
TT
Found at i:27473406 original size:295 final size:294
Alignment explanation
Indices: 27472776--27473623 Score: 1179
Period size: 294 Copynumber: 2.9 Consensus size: 294
27472766 GGGATCCGGT
* *
27472776 TCTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTGA
1 TCTTGCT-ATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
*
27472841 ATACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
65 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
* * *
27472906 TAAAAAATTGGAAAAAAATT-AAATGAGATATAAAATTGGAGGGGTGCAACACGAGGAATTCCCA
130 TAAAAAAATGGAAAAAAATTAAAATGAGATATAAAATTGGA-GGGTGCAACACGAGGACTTTCCA
* * * *
27472970 G-GGGTCACCCATCTTAGTACTACTCTCGCCGAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATA
194 GAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
* **
27473034 CGGTGCATTAGAGCGGGTATGATCGCACCCGTCAGT
259 CGGTGCATTAGACCGGGTATGATCGCACCCGTCAAA
* * * *
27473070 TATTTCTTATTCTATTTATATAAATGCTACAACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
1 TCTTGC-TATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
* * * *
27473135 ATACGACCAAATAGCATTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATA
65 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATA
* *
27473200 TAAAAAAAATGG-AAAAAATTAAAATAAGATTTAAAATTGGAGGGTGCAACACGAGGACTTTCCA
130 T-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAAATGAGATATAAAATTGGAGGGTGCAACACGAGGACTTTCCA
* * *
27473264 GAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTCACTGCAGATTTCTGATGGGATC
194 GAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATC
* * *
27473329 CGTTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAAA
259 CGGTGCATTAGACCGGGTATGATCGCACCCGTCAAA
* * *
27473365 TCTTGCATATTCTATTTATAT-AAGGACTACCTCTTATCGCACTTGAGCCTCGAGTTTGAATTTA
1 TCTTGC-TATTCTATTTATATAAAGG-CTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* *
27473429 AATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTTTTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
64 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
*
27473494 ATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAAA-GAGATATAAAATAGGAGGGTGCAACACGAGGAC-TTCTC
129 ATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAAATGAGATATAAAATTGGAGGGTGCAACACGAGGACTTTC-C
* * * * * * * * *
27473557 ACCAA-GTCAACCATCCTAGTGCTACTGTCGCCTAAGCCCGCTTAATTGCGGAGTTCTGAAGGGA
193 A-GAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGA
27473621 TCC
257 TCC
27473624 AATTCTTGCG
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 58, Indels: 16
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
293 3 0.01
294 244 0.50
295 241 0.49
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
TCTTGCTATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAA
TACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT
AAAAAAATGGAAAAAAATTAAAATGAGATATAAAATTGGAGGGTGCAACACGAGGACTTTCCAGA
AGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCG
GTGCATTAGACCGGGTATGATCGCACCCGTCAAA
Found at i:27474399 original size:265 final size:264
Alignment explanation
Indices: 27473923--27474451 Score: 891
Period size: 265 Copynumber: 2.0 Consensus size: 264
27473913 GCACCCTTCA
* *
27473923 GTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTT
1 GTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTT
* * * * *
27473988 AAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGA
66 AAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGA
*
27474053 TATAAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
131 TATAAAAAAATAGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
* *
27474118 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTCTGATGGG
196 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCAGAGTTCTGATGGG
27474183 ATCCG
260 ATCCG
* *
27474188 GTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCAAATTTGAATTT
1 GTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTT
*
27474253 AAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGA
66 AAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGA
27474318 TATAAAAAAAATAG-AAAAAAATTGAAA-GAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
131 TAT-AAAAAAATAGAAAAAAAATT-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
*
27474381 CTCACCAAGTCTCCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGG
194 CTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGG
27474446 GATCCG
259 GATCCG
27474452 ATATATTAGT
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 14, Indels: 5
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
264 24 0.10
265 212 0.85
266 12 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (264 bp):
GTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCAAATTTGAATTT
AAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGA
TATAAAAAAATAGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
CACCAAGTCACCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGA
TCCG
Found at i:27474794 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 27474190--27475040 Score: 1195
Period size: 294 Copynumber: 2.9 Consensus size: 294
27474180 GGGATCCGGT
* * *
27474190 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTAA
1 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
* * * *
27474255 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGATA
66 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAAC--TATGACA
*
27474320 TAAAAAAAATAGAAAAAAATTGAAAGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCA
129 TATAAAAAATAGAAAAAAATTGAAAGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCA
* *
27474385 CCAAGTCTCCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATC
194 CCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATC
* * * *
27474450 CGATATATTAGTGCTGGTATGATCGCACCGGTTAAT
259 CGATACATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAAA
*
27474486 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGAGTCTCGAATTTGAATTTAA
1 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAA
*
27474551 ATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATA
66 ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATA
* * * * * *
27474616 TAAAAAATAGTAAAAAATT-AAATAAGATATAAAATTGGAGGGATGCAACACGAGGACTTCCCAG
131 TAAAAAATAGAAAAAAATTGAAA-GAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCAC
* * * * * * *
27474680 GAGGTCAACTATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTAGATTTCTGATGGGATCT
195 CAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCC
* *
27474745 GTTGCATTAGT-CTTGGTATGATCGCACCCGTCAAA
260 GATACATTAGTGC-TGGTATGATCGCACCCGTCAAA
* * * * *
27474780 TCTTGCGTATTCTATTTATAT-AAGTACTACCTCTTATCGCACTTGAGCCTCGAGTTTGATTTTA
1 TCTTGCGCATTCTATTTATATAAAG-GCTACCCCTTATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * * *
27474844 AATACAACCAAAGAGCGTTTCGAGTGATTTTTTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
65 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACAT
*
27474909 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTGAAAGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTC
130 AT--AAAAAATAGAAAAAAATTGAAAGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTC
* * * * *
27474974 ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTGTCGCCCAAGCCCGCTTAATTGCGGAGTTCTGAAGGGAT
193 ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGAT
27475039 CC
258 CC
27475041 AATTCTTGCG
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 62, Indels: 12
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
293 7 0.01
294 258 0.53
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ATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATA
TAAAAAATAGAAAAAAATTGAAAGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACC
AAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGATCCG
ATACATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAAA
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*
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* *
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* * * *
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130 TATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
** * * * ** *
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195 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCT-ATGGGA
27469352 TCTAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
259 TC----G-ATTA--GCTGGTATGAT-GCACC-GT-AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
* ** * *
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314 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
*
27469482 TTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAAATGGAAAAAAACTAAATG
379 TTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAAATGGAAAAAAATTAAATG
* * *
27469547 AGATATAAAATTA-GAGGGGTGCACCAAGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACT
441 AGATATAAAA-TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTACT
* * * *
27469611 CTCGCCCAGGCTCGATTAAC--TACGAATTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAT
505 CTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTA-G-AGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGAT
* *
27469674 CGCACCGGTCAATTCTTGCACATTCTATTTATATAAAGGCTA-CACCTGATCGCACTTGAGCCTC
568 CGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCA-CTGATCGCACTTGAGCCTC
*
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* *
27469803 TAAATGATGAGATATTAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAAC
697 TAAACGATGAGATATAAAAAAATGG-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAAC
* * *
27469868 ACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTGGTACTACTCTCGCCCAAGCCCGCTTAATTGCGGA
761 ACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGA
27469933 GTTCTGATGGGATCCGG
826 GTTCTGATGGGATCCGG
* * *
27469950 TTCTCGCGCATTCTATTTATATAAAGACTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTAAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * *
27470015 AATATGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAATGATGAGAT
66 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
* *
27470080 ATAAAAAAAATAGAAAAATATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTC
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTC
* * *
27470145 ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACTCTTAATCTACAGAGTTCTGATGGGA
196 ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA-CTGCGGAGTTCT-ATGGGA
* *
27470210 TCCGGCGCATTAGCGCTGGTATGATCGCACCTTTCAGTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
259 T----CG-ATTA--GCTGGTATGAT-GCACC-GT-AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
*
27470275 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAAATTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
314 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
* *
27470340 TTATTTCGTAAAAAACTAATTAGTTAAACAATGAGATATAAAAAGAAAGTGGAAAAAAATTAAAT
379 TTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAA-AAA-TGGAAAAAAATTAAAT
* * * * * *
27470405 GAGATATGAAATAGGAGGGCTGCAACACGAGGACTTCCTAGGAGGACACCCATCCTAGTACAACT
440 GAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTACT
* * * * * ** * *
27470470 CTCGCCCGAGCACACTCAACTG-CGAAGTTATGATGGGATCTAGTGTATTAGTGCTAGTATGATC
505 CTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTAG-AGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATC
* * * * *
27470534 GCACCAGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTTATCTCACTTAAGCCTCGA
569 GCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGA
27470599 ATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTA
634 ATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTA
* *
27470664 AACGATGAGATAT-AAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAAGA-GGGTGCAACAAG
699 AACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACG
* * * * *
27470727 AGGCCTT-TC-CAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTGCAGAT
764 AGGACTTCTCACCA-A-GTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAG
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827 TTCTGATGGGATCCG--G
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1 ---T--TC----T----T-G----CG-C-A---TT-C-TA-TTTA--TATA-AAGG-CTACCCCT
* * ** **
27470873 TATCGCACTTGAGGCTCGAATTTGCCTTTAAATACGACCAAATAGAATTTCGAGTGATTTATTTC
36 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
* **
27470938 GTAAATAACTATTTAGTTAAATTATGAGATAT-AAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATAA
101 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
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166 AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
*
27471066 GCACGCTTAACTGCGGAGTTC-------T-GA-TA---GG-AT-TTG----G---TTCTTGCGCA
231 GCACGCTTAACTGCGGAGTTCTATGGGATCGATTAGCTGGTATGATGCACCGTAATTCTTGCGCA
* * *
27471110 TTCTATTTATATAAAGGCTACCTCTGATCGCATTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGAACA
296 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
* * *
27471175 AATAGCGTTTCGAGTGATTTGTTTAGTAAATAACTAATTAGGTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
361 AATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAA
* * * *
27471240 ATGGTAAAAAATTAAATGGGATATAAAATTA-GAGGGGTGCAACCCGAGGACTTCCCAAGAGGTC
423 ATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA-TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTC
* * *
27471304 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA-TTTCGGAGCTCTGATGGGATCCGGTGC
487 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGT-AGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
* ** * *
27471368 ATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCTTATTCTATTTATATAAAGGTTACCACTA
551 ATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTG
* * *
27471433 ATCGAACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATGCGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCG
616 ATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCG
* * *
27471498 TAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATA-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATAAGATATAAAA
681 TAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
* ** * * *
27471562 TTA-GAGGGGTGCAACAAC-AGAACTTC-CAAGGAGGTTACCCATCCTAGAACTACTCTCGCCCA
746 -TAGGAGGGGTGCAAC-ACGAGGACTTCTC-ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCA
**
27471624 AGCATACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCACACCTG
808 AGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGA-----T-C-------C------G---------G
* * *
27471687 TCAATTCTTTCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCCCGAATTTGAA
1 ----TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAA
* *
27471752 TTAAAATACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATG
62 TTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATG
* * * * *
27471817 AGTTATAAAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATATAATTGGCA-GGGTGCAGCACGAGGAT
127 AGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGG-AGGGGTGCAACACGAGGAC
* ** * * * * *
27471880 TTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTAGTACTCTCGCCGAAGAACGCTTAACTGTGGAGTTCTGAT
191 TTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCT-AT
** *
27471945 GGGATCCGGTGCATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAACCCTTGCGCATTCTATTTGTATAA
255 GGGAT-C---G-ATTAG--CTGGTATGAT-GCA-CCGT-AATTCTTGCGCATTCTATTTATATAA
* ** * * * * *
27472010 AGACTACCCCTTTTCTCAATTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACGAAATAGCCTTTCGAG
310 AGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAG
* * *
27472075 TG-TTTATTTCGTAAATTACTAATTAGTTAAACTATGAGATATAAAAAAATGGAAAAGAATTAAA
375 TGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAATGGAAAAAAATTAAA
* * *
27472139 TGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTAC
439 TGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTAC
*
27472204 TCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTC---T--GAT--GG-G----A-T-C---------C
504 TCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATC
* *
27472246 G-----G----TTCTTGCGCATTCTATTTATGTAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGA
569 GCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGA
* * *
27472302 ATTTGAATTTAAGTACGACCAAATAACGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTG
634 ATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTA
* * *
27472367 AAGGATGATATATAAAAAAAATGG-AAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGA-GGG-GCAACAG
699 AACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACAC
*
27472429 GAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCCCGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAG
763 GAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAG
27472494 TTCTGATGGGATCCGG
827 TTCTGATGGGATCCGG
* *
27472510 TTCTTGCGCATTTTATTTATATAAAGGCTACCCCTAATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * *
27472575 AA-ACCGACCAAATAGCATTTCAAGTGACTTATTTTGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGA
66 AATA-CGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGA
* ** *
27472639 TATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAACAGGATCGGTGCAACACGAGGACTTTT
130 TATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
*
27472704 GACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTC-------
195 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAGTTCTATGGGA
* *
27472762 T-G---A--TGG---GAT---CCG--GTTCTTGCTCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGAT
259 TCGATTAGCTGGTATGATGCACCGTAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGAT
* *
27472813 CGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTGAATACGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTA
324 CGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTA
*
27472878 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAATTGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATT
389 AATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAA-TGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATA
* * * *
27472943 GGAGGGGTGCAACACGAGGAATTCCCA-GGGGTCACCCATCTTAGTACTACTCTCGCCGAAGCAC
453 GGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCAC
* ** * * * * *
27473007 GCTTCACTGCGGAGTTCTGATGGGATACGGTGCATTAGAGCGGGTATGATCGCACCCGTCAGTTA
518 GCTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTC
* ** * *
27473072 TTTCTTATTCTATTTATATAAATGCTACAACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
583 TTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAAT
* * * *
27473137 ACGACCAAATAGCATTTTGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATATA
648 ACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-
* * *
27473202 AAAAAAATGG-AAAAAATTAAAATAAGATTTAAAATTGGA-GGGTGCAACACGAGGACTT-TC-C
712 AAAAAAATGGAAAAAAATT-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCAC
* * * * *
27473263 AGAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTCACTGCAGATTTCTGATGGGAT
776 -CAA-GTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGAT
27473328 CCGTTG
839 CCG--G
*
27473334 CATTAGTCCTGGTATGATCGCACCCGTCAAATCTTGCATATTCTATTTATATAAGGACTACCTCT
1 ---T--T-C-----T--T-G----CG-C--A--TT-C-TATT-TA--TATA-AAGG-CTACCCCT
* * * *
27473399 TATCGCACTTGAGCCTCGAGTTTGAATTTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTTTTTC
36 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
*
27473464 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATTAAAAGAGATATAA
101 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
* * * *
27473528 AATAGGA-GGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCAACCATCCTAGTGCTACTGTCGCCTAA
166 AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
* *
27473592 GCCCGCTTAATTGCGGAGTTC-------T-GA--A---GG---GAT---CC--AATTCTTGCGCA
231 GCACGCTTAACTGCGGAGTTCTATGGGATCGATTAGCTGGTATGATGCACCGTAATTCTTGCGCA
* * * *
27473636 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCTTAATCGCACTTCAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACTA
296 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
*
27473701 AATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAA
361 AATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT---AAAAA
* * * * *
27473766 AAGGAAAAATATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCA
423 ATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCA
* * * * **
27473831 CCCATCCTGGTACTACTCTCTCCCAAGCACGCTTAAACTGCAGAGTTCTTATGGGATCCGGCACA
488 CCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCA
* * * *
27473896 TTAGTGCTGGTATGATTGCACCCTTCAGTTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTTA
552 TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGA
* *
27473961 TCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATATGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATATCGT
617 TCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGT
27474026 AAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
682 AAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAATGG-AAAAAAATTAAATGAGATATAAAA
27474091 TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC
746 TAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGC
27474156 ACGCTTAAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGG
811 ACGCTT-AACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGG
* *
27474189 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGTACTTGAGCCTCAAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * *
27474254 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACGAACTAGTTAAACAATAAGAT
66 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
*
27474319 ATAAAAAAAATAGAAAAAAATTGAAA-GAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATT-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCT
* * *
27474383 CACCAAGTCTCCCATCCTAGTACCACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGGA
195 CACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCT-ATGGGA
27474448 TCCGATATATTAGTGCTGGTATGATCGCACCGGTTAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
259 T-CG----ATTA--GCTGGTATGAT-GCACC-G-TAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGC
* * *
27474513 TACCCCTTATCGCACTTGAGTCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCATTTCGAGTGAT
314 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
* * * * *
27474578 TTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACTATGACATATAAAAAATAGTAAAAAATTAAATAAGA
379 TTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGA
* * * * *
27474643 TATAAAATTGGAGGGATGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCAACTATCCTAGTACTACTCTCG
444 TATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG
* * *
27474708 CCCAAGCACGCTTAACTGTAGATTTCTGATGGGATCTGTTGCATTAGT-CTTGGTATGATCGCAC
509 CCCAAGCACGCTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGC-TGGTATGATCGCAC
* * * * * *
27474772 CCGTCAAATCTTGCGTATTCTATTTATAT-AAGTACTACCTCTTATCGCACTTGAGCCTCGAGTT
573 CCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAG-GCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATT
* * * *
27474836 TGATTTTAAATACAACCAAAGAGCGTTTCGAGTGATTTTTTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAAC
637 TGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAAC
27474901 GATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTGAAA-GAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGA
702 GATGAGATAT-AAAAAAATGGAAAAAAATT-AAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGA
* * *
27474965 GGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTGTCGCCCAAGCCCGCTTAATTGCGGAGTTC
765 GGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTC
* **
27475030 TGAAGGGATCCAA
830 TGATGGGATCCGG
* * *
27475043 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCTTGATCGCACTTCAGCCTCAAATTTGAATTTA
1 TTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTA
* * * *
27475108 AATAAGACCAAATAGCGTTTCAAGTGATTTATTTCGTAAATAACAAATTAGTTAAACGACGAGAT
66 AATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGAT
*
27475173 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGAAACACGAGGACTTCTC
131 ATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTC
* * *
27475238 ACCAAGTCACCCATCCTGGTACTACTCTCTCCCAAGCACGCTTAAACTGCAGAGTTCTTATGGGA
196 ACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAGTTC-TATGGGA
* *
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* *
27475368 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAACGTTTTGAGTGAT
314 TACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGAT
*
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* * * *
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* ** *
27475563 TTGCCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTCTGCTGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTAT-ATCG
506 TCGCCCAAGCACGCTT-AACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCG
* * * * *
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570 CACCCGTCAATTCTTGCGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAA
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635 TTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAA
* * * * *
27475757 ACTATGACACATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATTGGAGGAGTGCAACACGA
700 ACGATGAGATATAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGA
* * ** * * * * *
27475822 GGTCTTCCCAGGAGGTTACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAACTGCAGATTTC
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830 TGATGGGATCC-G-G
*
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1 ---T--T-C---T-TG--CGCA----T----TC---T--ATT-TA--TATA-AAGG-CTACCCCT
* *
27475967 TATCGCACTTGAGCCTCGAGTTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
36 GATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTC
*
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101 GTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAA
* *
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166 AATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
*
27476162 GCACGCTTAATTGCGGAGTTC-------T-G---A--TGG---GAT---CCG--ATTCTTGCGCA
231 GCACGCTTAACTGCGGAGTTCTATGGGATCGATTAGCTGGTATGATGCACCGTAATTCTTGCGCA
* * *
27476206 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTAAGCCTCGAATTTAAATTTAAATAAGACCA
296 TTCTATTTATATAAAGGCTACCCCTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACGACCA
* *
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361 AATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATAT--AAAAAA
* * * *
27476336 TGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCTCACCAAGTCTC
424 TGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCAC
* * **
27476401 CCATCCTAGTACTACTCTCTCCCAAGCACGCCTAAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGCACAT
489 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG-CTTAACTGTAGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAT
* * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCACGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
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CGCATTCTATTTATATAAAGGCTACCACTGATCGCACTTGAGCCTCGAATTTGAATTTAAATACG
ACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGATGAGATATAAAA
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CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGG
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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** *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * *
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TTAAATACGACCAAATAGCGTTTCGAGTGATTTATTTCGTAAATAACTAATTAGTTAAACGACGA
GATATAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAGGGGTGCAACACGAGGACTT
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GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGT
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27476187 GGGATCCGAT
* *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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* * * *
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*
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* * *
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** *
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Statistics
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TAAAAAAAATGGAAAAAAATTAAATGAGATATAAAATAGGAAGGGTGCAACACGAGGACTTCTCA
CCAAGTCTCCCATCCTAGTACTACTATCTCCCAAGCACGCCTAAACGGTAGAGTTCTGATGGGAT
CCGGCACATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCGTCAAG
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* * *
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* *
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1 CCTA
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Statistics
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CCTAGGGGTAAATCAGTAAATTTACA
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27489428 AATTGAATGA
* * *
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* * *
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*
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*
27489558 TATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGC
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Statistics
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* * *
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** * *
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1 ATTATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TG
*
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1 ATTATATCCGG
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*
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* *** **
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1 CCTTCGGGTCTTAACC
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Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 4
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27493383 ATAACCACAA
* *
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* *
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GCACAATTGCCTTCGGGTCTTAACCCGGATTTAGTAACTC
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* * * * * *
27493393 GCACAATTGCCTTCGGGTCTTAACCCGGATTTGGTAACTTGCAC-AATTGCCTTCGGGTCTTAAC
1 GCACAA-TGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCACGAA-CGCCTTCGGATC-TAAC
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63 CCGGATATAGTAACTC
* **
27493471 GCACAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGATTTATTAACTCGCACGAACGCCTTCGGATCTAGTCCG
1 GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCACGAACGCCTTCGGATCTAACCCG
* *
27493535 GATATAGTCACTT
66 GATATAGTAACTC
* *
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1 GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
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GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCACGAACGCCTTCGGATCTAACCCG
GATATAGTAACTC
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27493383 ATAACCACAA
* * * *
27493393 GCACAATTGCCTTCGGGTCTTAACCCGGATTTGGTAACTT
1 GCACAA-TGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTC
* *
27493433 GCACAATTGCCTTCGGGTCTTAACCCGG--TTAGTAACTC
1 GCACAA-TGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTC
*
27493471 GCACAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGATTTATTAACTC
1 GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTC
* * * * *
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* *
27493548 ACACAAAGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
27493576 CATCATTCAA
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GCACAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTC
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27499509 CAAAACCCAA
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*
27499541 CCCATA-CCAACTAC-TACAC
1 CCCATATCCAACCACATACAC
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CCCATATCCAACCACATACACC
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27499580 GGCTACTAGA
*
27499590 ACAGATAATGTGACAGAGTCACCAGAT
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*
27499617 ACAGATAATCGTGGCAGAGCCACCAGA-
1 ACAGATAAT-GTGACAGAGCCACCAGAT
*
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1 ACAGATA-ATGTGACAGAGCCACCAGAT
*
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ACAGATAATGTGACAGAGCCACCAGAT
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27499577 CTTGGCTACT
* *
27499587 AGAACAGATAATGTGACAGAGTCACCAGATACAGATAATCGTGGCAGAGCCACC
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* * *
27499641 AGAACAGATATATGTGGCAGAGCCACCAGATA-AGATAATTGTGACATAGCCACC
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27499695 AG
1 AG
27499697 GACACTTCGT
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AGAACAGATAATGTGACAGAGCCACCAGATACAGATAATCGTGACAGAGCCACC
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27506217 ATTGAATGAA
27506227 ATGTAT ATGTAT ATGTAT ATGTAT ATGTAT ATGTAT
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ATGTAT
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27506373 TGTGAATATT
**
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*
27506448 CATATCTGGGATATGGCATCAGCATCGATAA
66 CATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGATAA
* * * **
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1 GAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGACATCGAGATGAGATCCCGTGTAAGAC
*
27506544 CATATTTGGGATATGGCATCGGCATCGATAA
66 CATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGATAA
* * *
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1 GAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGACATCGAG-ATGAGATCCCGTGTAAGA
* * * *
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* *
27506671 GAGGTCCCGTATAAGACCATGTCTGGGA
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27506699 CATAGCATTA
Statistics
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27506372 ATGTGAATAT
* *
27506382 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGACATCGAGA
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** * *
27506430 TGAGATTTCGTGTAAGACCATATCTGGGATATGGCATCAGCATCGATA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGATA
* * * * * *
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* *
27506526 TGAGATCCCGTGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATCGGCATCGATA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGATA
* * * *
27506574 AGAGATCCCGTATAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACATC-AGTA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGA-TA
* * * * *
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1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGGCATCGATA
* *
27506670 TGAGGTCCCGTATAAGACCATGTCTGGGA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGA
27506699 CATAGCATTA
Statistics
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Found at i:27506720 original size:48 final size:48
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* * * * *
27506382 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGACATCGAGA
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** * * ** *
27506430 TGAGATTTCGTGTAAGACCATATCTGGGATATGGCATCAGCATCGATA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * * * * * * *
27506478 AGAGATCCCATATAAGACCATATCTAGTATATGGCATCGGTATCGAGA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * * *
27506526 TGAGATCCCGTGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATCGGCATCGATA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * * *
27506574 AGAGATCCCGTATAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGACATC-AGTA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGA-TA
* * * * **
27506622 TGAGATCCCATGTAAGACCATATCTGGAATATGGCATTGGCATTGATA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * * *
27506670 TGAGGTCCCGTATAAGACCATGTCTGGGACATAGCATTAGCACCGTTA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * * * *
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1 TGAGATC-CCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
* * * ** *
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1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCA
27506803 TCCTATTATG
Statistics
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0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 28 0.09
44 2 0.01
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46 1 0.00
47 3 0.01
48 260 0.88
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (48 bp):
TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGACATGGCATTGGCACCGATA
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Indices: 27506382--27506745 Score: 410
Period size: 144 Copynumber: 2.5 Consensus size: 143
27506372 ATGTGAATAT
* *
27506382 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCA-TCGACATCGAGATGAGATTTCGTGTAAG
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATTAG-CATCGATATGAGA-TTCGTGTAAG
* *
27506446 ACCATATCTGGGATATGGCATCAGCATCGATAAGAGATCCCATATAAGACCATATCTAGTATATG
64 ACCATATCTGGGACATGGCATCAGCATCGATAAGAGATCCCATATAAGACCATATCTAGAATATG
*
27506511 GCATCGGTATCGAGA
129 GCATCGGCATCGAGA
* * ** * * *
27506526 TGAGATCCCGTGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATCGGCATCGATAAGAGATCCCGTATAAGA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATTAGCATCGATATGAGAT-TCGTGTAAGA
* * * *
27506591 CCATGTCTGGGACATGGCATC-GACATC-AGTATGAGATCCCATGTAAGACCATATCTGGAATAT
65 CCATATCTGGGACATGGCATCAG-CATCGA-TAAGAGATCCCATATAAGACCATATCTAGAATAT
* * *
27506654 GGCATTGGCATTGATA
128 GGCATCGGCATCGAGA
* * * * * *
27506670 TGAGGTCCCGTATAAGACCATGTCTGGGACATAGCATTAGCACCGTTATGAGACTTCGTGTAAGA
1 TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATTAGCATCGATATGAGA-TTCGTGTAAGA
* *
27506735 CCGTAGCTGGG
65 CCATATCTGGG
27506746 CTATTGGCAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 34, Indels: 10
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
143 3 0.02
144 176 0.97
145 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.25, T:0.26
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TGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATTAGCATCGATATGAGATTCGTGTAAGAC
CATATCTGGGACATGGCATCAGCATCGATAAGAGATCCCATATAAGACCATATCTAGAATATGGC
ATCGGCATCGAGA
Found at i:27519576 original size:43 final size:43
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Indices: 27519507--27519682 Score: 284
Period size: 43 Copynumber: 4.1 Consensus size: 43
27519497 GATAAATCCC
* * *
27519507 GCAGGCCTAGTGCTGGT-AT-TATATTCGGGCCTTCGTGCCTA
1 GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
*
27519548 GCAAGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
1 GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
*
27519591 GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCAGGCCTTCGTGCCTA
1 GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
*
27519634 GCAGGCTTCGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
1 GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
27519677 GCAGGC
1 GCAGGC
27519683 GTAATGCCTG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 8, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
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42 2 0.02
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GCAGGCTTAGTGCCGGTGATGTGTATTCGGGCCTTCGTGCCTA
Found at i:27529961 original size:22 final size:24
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Indices: 27529936--27529981 Score: 62
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27529926 ATTCTATGCT
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1 AATT-ATAATAGATATAATTATATA
27529958 AATTATAATAGATATAATTATATA
1 AATTATAATAGATATAATTATATA
27529982 TTAAAGATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.19
22 8 0.38
23 3 0.14
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Consensus pattern (24 bp):
AATTATAATAGATATAATTATATA
Found at i:27539758 original size:25 final size:25
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Indices: 27539729--27539776 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
27539719 TTATAATATG
* * *
27539729 AAAATGACCGTTTTGCCCCTAGGTA
1 AAAATGACCATTATACCCCTAGGTA
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1 AAAATGACCATTATACCCCTAGG
27539777 GTTTATGTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 20 1.00
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AAAATGACCATTATACCCCTAGGTA
Found at i:27539845 original size:20 final size:20
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Indices: 27539820--27539878 Score: 109
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
27539810 TAAATATGGT
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1 ATGTATGATATGCACATGAA
*
27539840 ATGTATGATATGCACATGAT
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1 ATGTATGATATGCACATGA
27539879 GGTAATCATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 38 1.00
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ATGTATGATATGCACATGAA
Found at i:27539860 original size:11 final size:11
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Indices: 27539824--27539878 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 5.4 Consensus size: 11
27539814 TATGGTATGT
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* *
27539835 ATGAAATG--T
1 ATGATATGCAC
27539844 ATGATATGCAC
1 ATGATATGCAC
*
27539855 ATGATATG--T
1 ATGATATGCAC
27539864 ATGATATGCAC
1 ATGATATGCAC
27539875 ATGA
1 ATGA
27539879 GGTAATCATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 8
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
9 15 0.44
11 19 0.56
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ATGATATGCAC
Found at i:27539956 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 27539929--27540070 Score: 200
Period size: 24 Copynumber: 6.0 Consensus size: 24
27539919 GAGGAAGTGA
27539929 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
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1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
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1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
*
27539999 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
* * *
27540023 GAAAGGGCTTTTGCCCCAGTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
*
27540047 AAAAGAGGC-TAGGCCTCCAGTTAT
1 AAAAG-GGCTTATGCC-CCAGTTAT
27540071 ATGATAAAGC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 5, Indels: 7
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.12
23 18 0.17
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AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
Found at i:27540014 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 27539929--27540070 Score: 198
Period size: 46 Copynumber: 3.0 Consensus size: 47
27539919 GAGGAAGTGA
27539929 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATCAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTAT-AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
*
27539977 AAAAGGGCTTATG-CCCAGTTATAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATAAAAGGGCTTATGCCCCAGTTATC
* * *
27540023 GAAAGGGCTTTTGCCCCAGTTATTAAAAGAGGC-TAGGCCTCCAGTTAT
1 AAAAGGGCTTATGCCCCAGTTA-TAAAAG-GGCTTATGCC-CCAGTTAT
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*
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1 AA
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* * *
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*
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* * *
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*
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**
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* *
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27548343 ATGATAAAGC
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**
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* *
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27548343 ATGATAAAGC
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1 AA
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* * * *
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* *
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* *
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*
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*
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1 TGCAC-AATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATAGACAAC
*
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27556582 TAATCACGTT
* * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* ** * *
27564620 CCGGATGTAGCCACTAGCACAATTGCCTTCGGGTCTTAAC
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** * * * *
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CCGGATATAATCACTAGCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGC
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27564546 ATAATCACGT
*
27564556 GCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATAGAATATCTCGCACGAATGCCTTCGGG-TCTTAGC
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* * * * *
27564636 GCACAATTGCCTTCGGGTCTTAACCCGGATATAATTTC-CAGCA-TAATTGTCTTCGGGATTTAG
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64 CCCGGAT
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CGGATGTAGCCACTA
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27567402 AGGAAGCATC
*
27567412 CTGGTGGCTATGCCACAATTATCTGAT
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*
27567439 CTGGTGGCTCTGCCACATATATCTGTT
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1 CTGGTGGCTCTGCCAC-ATTATCTG-AT
* * * *
27567494 CTAGTGACTCTGTCACATTATCTGTT
1 CTGGTGGCTCTGCCACATTATCTGAT
27567520 CTGG
1 CTGG
27567524 CAGCCATGCT
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27567402 AGGAAGCATC
* *
27567412 CTGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATCTGGTGGCTCTGCCACATATATCTGTT
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* * *
27567466 CTGGTGGCTCTGCCACGATTATCTGTATCTAGTGACTCTGTCACAT-TATCTGTT
1 CTGGTGGCTATGCCACAATTATCTG-ATCTAGTGACTCTGCCACATATATCTGTT
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1 CTGG
27567524 CAGCCATGCT
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* *
27576106 CGCACACTAAGTGTCGTACATAGCTGAAGCTATCTCAAAT
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* * **
27576146 CGCACACTAAGTGCAATATATAGCCGAAGCTATGTCGTAT
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*
27576186 CACACACTAAGTGC
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27576200 CACAAATAAC
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Indices: 27579792--27580012 Score: 347
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*
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1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGTT
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1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGTT
*
27579912 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGCT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGTT
* * * * * *
27579952 ATGTCCGGGTTAAGACCCGAAGGCAATTGGGCGTGTGGTT
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTGTT
27579992 ATATCC-GGCTAA-ATCCCGAAG
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*
27583442 TTTTTCTC
1 TTCTTCTC
*
27583450 ATCTTCTC
1 TTCTTCTC
27583458 TTCTTCTC
1 TTCTTCTC
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1 TTCTTCT
27583472 GTGCTTGAAT
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TTCTTCTC
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27586341 TCCTTAACTC
27586351 AAACTTTGGAAAAATTACAATTTTGCCCCT
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* * * * *
27586381 AAACTTTTGCATATTTACACTTTTGCCCCT
1 AAACTTTGGAAAAATTACAATTTTGCCCCT
27586411 A
1 A
27586412 GGCTCAGGAA
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27588289 GTATGCATTT
27588299 CTGATATTG-TACTAAAATGGGCTAAGGCCCACA
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* ** * *
27588332 CTGATATTGTTACTGTATTGGGCTAAGGCCCATA
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*
27588366 CTGATATTGCGACTAAAATGGGCT
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Indices: 27590804--27590876 Score: 146
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1 TTTTGGAGAGTTCAACTTGATACTGGGTATGGATTG
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TTTTGGAGAGTTCAACTTGATACTGGGTATGGATTGT
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* * * *
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* * *
27594393 TATTGGGCTAAGGCCCACACGGATATTACTACTA
1 AAATGGGCTAAGGCCCACACGGATACTACTACTA
*
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AAATGGGCTAAGGCCCACACGGATACTACTACTA
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* * *
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* * **
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* * * **
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* *
27599349 TCGCACGCTAAGTGCCA
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TCACACACTAAGTGCCATATATAGCCGAAGCTATCTCAAA
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27607666 TTTACGATAA
* **
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* *
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*
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* * *
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* * *
27607887 TCAGCATACCATGATAATGTCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAAAACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
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131 CTGAATGTTACCATCTTC
* * *
27607970 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTGACCAAAAAATTTACGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
* * *
27608035 TCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATAACAGTTGCTCATCTAGGGAATCATTCTAAATACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
27608100 CTGAATGTTACCATCTTC
131 CTGAATGTTACCATCTTC
** *
27608118 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTGTCCAAAAAATTTACGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
* * *
27608183 TCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATAACAGTTGCTCATCTAGGGAATCATTCTAAATACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
*
27608248 CTAAATGTTACCATCTTC
131 CTGAATGTTACCATCTTC
* * *
27608266 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGTTTAGGTGGCAG-AACCCACTAA-CAAAAAACTTTATGAT
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* *
27608329 ATCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAAGTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATAC
65 ATCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATAC
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130 ACTGAATGTTACCATCTTC
* * *
27608413 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAACAATCCACGAACCAAAAAATTTATGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
* * * *
27608478 TTAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGTTCATCTAGGAAATCATTCTGAATACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
*
27608543 CTGAATATTACCATCTTC
131 CTGAATGTTACCATCTTC
* * * *
27608561 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGAAACAATCCACCAACCAAAAACTTTATGATA
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* * * *
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Statistics
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0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
146 106 0.14
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Consensus pattern (148 bp):
ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
CTGAATGTTACCATCTTC
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27607666 TTTACGATAA
*
27607676 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTAACTTAAAAATTTATGATA
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* *
27607741 TCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTGAATACA
65 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
* * *
27607806 CTGAATATTACCATC-TCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGCTTAGGTGGCAG-AATCCACTA
130 CTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTG
* * ** *
27607869 ACCAAAAACTTTATAATATCAGCATACCATGATAATGTCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAG
195 ACCAAAAAATTTATGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAG
*
27607934 GAAATCATTCTAAAAACACTGAATGTTACCATCTTC
260 GAAATCATTCTAAATACACTGAATGTTACCATCTTC
* *
27607970 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTGACCAAAAAATTTACGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACT-AACAAAAAATTTATGATA
* * *
27608035 TCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATAACAGTTGCTCATCTAGGGAATCATTCTAAATACA
65 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
27608100 CTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTG
130 CTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTG
* * *
27608165 TCCAAAAAATTTACGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATAACAGTTGCTCATCTAG
195 ACCAAAAAATTTATGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAG
* *
27608230 GGAATCATTCTAAATACACTAAATGTTACCATCTTC
260 GAAATCATTCTAAATACACTGAATGTTACCATCTTC
* * * *
27608266 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGTTTAGGTGGCAG-AACCCACTAACAAAAAACTTTATGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTAACAAAAAA-TTTATGATA
* *
27608330 TCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAAGTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
65 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
* *
27608395 CTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAACAATCCAC-G
130 CTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTG
* *
27608459 AACCAAAAAATTTATGATATTAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGTTCATCTA
195 -ACCAAAAAATTTATGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTA
* *
27608524 GGAAATCATTCTGAATACACTGAATATTACCATCTTC
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* * * * *
27608561 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGAAACAATCCACCAACCAAAAACTTTATGATA
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* * * *
27608626 TCAACATACCACGATAATGTCATGGTAACTAATAGTTGCTCATCT
65 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCT
27608671 TCAATTCGAG
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 56, Indels: 12
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
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297 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.15, T:0.31
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ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTAACAAAAAATTTATGATAT
CAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACAC
TGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTGA
CCAAAAAATTTATGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGG
AAATCATTCTAAATACACTGAATGTTACCATCTTC
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Indices: 27607676--27608670 Score: 1641
Period size: 443 Copynumber: 2.2 Consensus size: 442
27607666 TTTACGATAA
* **
27607676 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGGTGGCAGCAATCCACTAACTTAAAAATTTATGATA
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* *
27607741 TCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTGAATACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
* *
27607806 CTGAATATTACCATCTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGCTTAGGTGGCAGAATCCACTAAC
131 CTAAATATTACCATCTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGCTTAGGTGGCAGAACCCACTAAC
* *
27607871 CAAAAACTTTATAATATCAGCATACCATGATAATGTCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGA
196 AAAAAACTTTATAATATCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGA
27607936 AATCATTCTAAAAACACTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGG
261 AATCATTCTAAAAACACTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGG
*
27608001 TGGCAGCAATCCACTGACCAAAAAATTTACGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATA
326 TGGCAACAATCCACTGACCAAAAAATTTACGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATA
* *
27608066 ACAGTTGCTCATCTAGGGAATCATTCTAAATACACTGAATGTTACCATCTTC
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** *
27608118 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTGTCCAAAAAATTTACGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
* * *
27608183 TCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATAACAGTTGCTCATCTAGGGAATCATTCTAAATACA
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
* *
27608248 CTAAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGTTTAGGTGGCAGAACCCACTAA
131 CTAAATATTACCATC-TCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGCTTAGGTGGCAGAACCCACTAA
* *
27608313 CAAAAAACTTTATGATATCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAAGTAACAGTTGCTCATCTAGG
195 CAAAAAACTTTATAATATCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGG
*
27608378 AAATCATTCTAAATACACTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAG
260 AAATCATTCTAAAAACACTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAG
* * *
27608443 GTGGCAACAATCCAC-GAACCAAAAAATTTATGATATTAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAC
325 GTGGCAACAATCCACTG-ACCAAAAAATTTACGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAA
* *
27608507 TAACAGTTGTTCATCTAGGAAATCATTCTGAATACACTGAATATTACCATCTTC
389 TAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACACTGAATATTACCATCTTC
* * * *
27608561 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGAAACAATCCACCAACCAAAAACTTTATGATA
1 ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
* * * *
27608626 TCAACATACCACGATAATGTCATGGTAACTAATAGTTGCTCATCT
66 TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCT
27608671 TCAATTCGAG
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 41, Indels: 3
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
442 133 0.26
443 377 0.74
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (442 bp):
ATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTTAGGTGGCAGCAATCCACTAACCAAAAAATTTATGATA
TCAGCATACCACGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACA
CTAAATATTACCATCTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTAAGCTTAGGTGGCAGAACCCACTAAC
AAAAAACTTTATAATATCAGCATACCATGATAATGCCATGGCAACTAACAGTTGCTCATCTAGGA
AATCATTCTAAAAACACTGAATGTTACCATCTTCATTTCCTTCATCTTTGATTGGTGAGCTCAGG
TGGCAACAATCCACTGACCAAAAAATTTACGATATCAGCATACCACAATAATGCCATGGCAAATA
ACAGTTGCTCATCTAGGAAATCATTCTAAATACACTGAATATTACCATCTTC
Found at i:27609704 original size:298 final size:298
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Indices: 27608992--27620851 Score: 22297
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27608982 TCAAGTACTA
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*
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261 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
*
27609289 CACTCGAAACTTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
*
27609354 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAAAGCACCGGATC
66 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
*
27609419 CCATCAGAACTCCGCAATTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
131 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
27609484 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
196 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
27609549 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
261 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
27609587 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
27609652 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
66 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
*
27609717 CCATCAGAACTCCGCAATTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
131 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
* * ** **
27609782 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATGAGAAGTCCTCGTCTATTTTTTTTAAT
196 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAG-ATTTTTTTTCTATTTTTTTTAAT
27609847 ATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
260 ATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
27609886 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
27609951 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
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*
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131 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
27610081 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
196 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
27610146 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
261 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
27610184 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
27610249 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
66 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
*
27610314 CCATCAGAACTCCGCAATTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
131 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
27610379 AAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
196 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTTTTTTCTATTTTTTTTAATA
27610443 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
261 TCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
27610481 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
27610546 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
66 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
*
27610611 CCATCAGAACTCCGCAATTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
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* **
27610676 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTTCCTCGTCTATTTTTTTTAAT
196 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAGATTT-TTTTTCTATTTTTTTTAAT
27610741 ATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
260 ATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
27610780 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
1 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
*
27610845 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCATCGGATC
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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**
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**
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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** * *
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*
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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* * *
27633514 GTGAGATCATACCAGCACTAATGCACCAGATCCCTTCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC
195 GTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC
* * *
27633579 CAGAGTAGTACTCA-GATGGGTTACCTCCTGGGAAGTC
260 GAGAGTAGTACT-AGGATGGGTGACCTCCTGAGAAGTC
*
27633616 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTATATTTTTTTTCTATTTTTTTTTATATCTCA
1 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATT-TAATTTTTTTCTA-TTTTTTTTATATCTCA
* *
27633681 TCATTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACTTTATTTGGTCGTATTTAAATT
64 TCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATT
* * *
27633746 CAAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGATAGCCTTTATATAAATAGAATGTGAAAGAATTGACG
129 CAAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACG
* *
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194 GGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTT-GG
* *
27633875 GCAAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTC
258 GCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGAGAAGTC
* *
27633914 TTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAATTGTTTTCTATTTTTTTTCTTATATCTC
1 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAATTTTTTTCTA--TTTTTT-TTATATCTC
* * *
27633979 ATCTTTTAACTAATAAGTTATTTACAGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAAT
63 ATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAAT
* * * *
27634044 TGAAATTAGAGGCTCAAGTGCGATCAAGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAGGAATTGAC
128 TCAAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGAC
* * * * *
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193 GGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGG
27634174 GCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-AGGAAGTC
258 GCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGA-GAAGTC
* * *
27634213 CTCGTGTTGCACCGCTCCAATTTTATATCTCATTT-ATTTTTTTCTTTTTTTTTTTGTATCTCAT
1 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAATTTTTTTC-TATTTTTTTTATATCTCAT
* *
27634277 CGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCAAAACGTTATTTGGTCGTATATAAATTC
65 CGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTC
* *
27634342 ATATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCC-TTATAGTAATTAGAATGCGCAAGAATTGACG
130 AAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATA-TAAATAGAATGCGCAAGAATTGACG
* * * * **
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194 GGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGG
*
27634470 CTGAGAGTAGTACAAGGATGGGTGACCTCCTG-GAATGTC
259 C-GAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGAGAA-GTC
*
27634509 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTGTATCTCATTTAATTTTTTTC-------TTTATATCTCATC
1 CTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAATTTTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATC
* *
27634567 GTTTAACTAATTAGTTATTTGCGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTAGTCGTATTTAAATTCA
66 GTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCA
* * *
27634632 AATTCGAGGCTCAAATGCGATCA-GGGTAGCCTTTATATAAATAGAATACGCAAGAATTGACAGG
131 AATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGG
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GTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCA
AATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGG
TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCG
AGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGAGAAGTC
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* * * * *
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* *
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1 GCACTAAGTGTGCGAG-CTGAAAATTATATA
27640815 GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAA-TATATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAATTATATA
27640844 GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAATTATATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAATTATATA
27640874 GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAA-TATATA
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GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAATTATATA
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27640747 GACAAGATTG
* * * * * *
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*
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GCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAATATATAGCACTAAGTGTGCGAGTCTGATTATACA
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * **
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** *
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*
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* * * *
27644167 CTAGGATGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCATTTTGCACCCCTTCAATTTTATATCTCATTTAAT
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* *
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** * * * * *
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*
27644361 ATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACAGGTGCGATCAT
260 ATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCAT
* *
27644398 ACCAGCAATAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTG-AGCGTGCTTGGGTGAGAGTAGTA
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* * * * * * *
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66 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAAT
* *
27644527 TTTTTTCTA-TTTTTTTATATCTTATCGTTAAACTAATTAGTTATTTACGAAATAAATCACTCGA
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* * * * *
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* * *
27644656 TAAATAGAATGCGCAAGAATTGACTGGTGCGGTCAG
261 TAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCAT
* * * * * *
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1 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGA-ACTCCGCAGTGAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
* * *
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65 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAA
* *
27644821 TTTTTTTCTATTTTTTTTATATCCCATCGTTTAACTAATTACTTATTTACGAAATAAATCACTCG
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* * * *
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195 AAACGCTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTAT
* * *
27644951 ATAAATAGAATGCACATGAATTGACGGGTGTGATCAT
260 ATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCAT
* * * * *
27644988 ACCAGCTCTAATGCACCGGATCCTATAAGAACTCCGCAG-GTAAGCGTGCTTTGGCGATAGTAGT
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65 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAA
*
27645117 TTTTTTTTTATTTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGAAATAAATCACTCG
130 TTTTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGAAATAAATCACTCG
* * *
27645182 CAACGCTATTTGTTCGTATTTAAATTC-AATTATGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTA
195 AAACGCTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATT-CGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTA
*
27645246 TATAAATAGAATGCGCAAGAATGGACGGGTGCGATCAT
259 TATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCAT
* * * *
27645284 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATTAGAACTCCGTAGTTAAGCATGCTTGGGCGAGAGTAGTA
1 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTGAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* * *
27645349 CTAGGATGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCATGTTGCACCCCTTCAATTTTATATCTCATTTAAT
66 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAAT
* * * *
27645414 TCTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATCGTTAAACTAATTAGTTATATATGAAATAAATCACTCGA
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* * * * * *
27645479 AACGTTATTT-CTCTGTATTTAAATTCAAATTCGAGACTTAACTGCGAACAGGGGTAGCCTTTAT
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*
27645543 ATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACAGGTGCGATCAT
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* *
27645580 ACCAGCAATAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTGAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTTGTA
1 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTGAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* * * * *
27645645 CAAGGATGGGTGACCTTCAGGGAAGTCCTCGAGCTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAAT
66 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAAT
* *
27645710 TTTTTTCTA--TTTTTTATATCTCATCG-TTAAATAACTAGTTATTTACGAAATAAATCACTCGA
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* * * *
27645772 AACGCTATATGGTCG-ATTTCAATTCAAATTCGAGGCTTAAGTGCGA-CAGGGTTAGCCTTTATA
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* *
27645835 TAAATAGAGTGCGGAAGAAATTGACGGGTGCGATCAT
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27645906 TGCTGTTAGG
Statistics
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0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (296 bp):
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CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTTAAT
TTTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGAAATAAATCACTCGA
AACGCTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGTGCGATCAGGGGTAGCCTTTATA
TAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCAT
Found at i:27646739 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 27646694--27646860 Score: 185
Period size: 40 Copynumber: 4.2 Consensus size: 40
27646684 CGGAATATAA
27646694 CCGGATATAATCACGT-GCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGC
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* * * *
27646734 CCGGATAGAATAACTCGCACGAATGCCTTCGGGTCTTAGC
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** * *
27646774 CCGGATATAGCCACTAGCACAATTGCCTTCGGGTCTTAAC
1 CCGGATATAATCACTAGCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGC
** * * * *
27646814 CCGGATATAATTTCCAGCATAATTGTCTTCGGG-CTTAGC
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27646861 TATTCAATTT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 19, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (40 bp):
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Found at i:27654737 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 27654692--27654858 Score: 185
Period size: 40 Copynumber: 4.2 Consensus size: 40
27654682 CGGAATATAA
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* * * *
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** * *
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** * * * *
27654812 CCGGATATAATTTCCAGCATAATTGTCTTCGGG-CTTAGC
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27654859 CATTCAATTT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 19, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:27658299 original size:46 final size:46
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Indices: 27658249--27658421 Score: 210
Period size: 46 Copynumber: 3.7 Consensus size: 46
27658239 TGGTTGAGCA
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1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* * * *
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*
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* *
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TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
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* *
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*
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TGAGTCCGAGTTCGTGAAATGTAACTAG
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* ** * * * * *
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*
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62 TA-A
* * * *
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* * * * *
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63 AA
* * *
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ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGGTACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
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27661070 ATGACATGTG
27661080 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
27661111 GACTAGTCTC
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TA
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27661604 CGAACCTTTT
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1 CTA
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CTAAAGTATGTTTTGGGCTTCGTAGACTCAAATAAGGGA
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* * * *
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GCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATCATAACTCGCACAATT
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27672205 TCGTTCAAAC
* * ** * **
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* * * *
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*
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GCCTTCGGGCTTAGCCCGGATATCATAACTCGCACAATT
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
27681455 CCGGATATAATTACTAGCATAAATGTCTTCGGGACTTAGC
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27681457 GGATATAATT
* * * * * * *
27681467 ACTAGCATAAATGTCTTCGGGACTTAGCCCGGGTATCATTCAATTGCTCATGCACACATAAATCA
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*
27681532 ATAATCATTACACATCCATATTTCATTTTCGTTACTAACGCTCGAACACAAACATATC
66 ATAATCATTACACATCCA-ATTTCATTTTCGTTACTAACGCTCAAACACAAACATATC
27681590 ACTAGCATAATTGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGTACCATTCAAATACTCATACACACATATATCA
1 ACTAGCATAATTGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGTACCATTCAAATACTCATACACACATATATCA
*
27681655 ATAATCATTACACATCC-ATTTCATTTTCGTTACTAAGGCTCAAACACAAACATATC
66 ATAATCATTACACATCCAATTTCATTTTCGTTACTAACGCTCAAACACAAACATATC
*
27681711 ACTAGCATAATTGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGTACCATTCAAATACTCATACACACATATGTCA
1 ACTAGCATAATTGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGTACCATTCAAATACTCATACACACATATATCA
27681776 ATAATCATTACACATCCATATTTCATTT
66 ATAATCATTACACATCCA-ATTTCATTT
27681804 CACATAATTC
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* * * ** *
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*
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* * *
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**
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65 TTCGTGCGAGTGGTT
* *
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27684854 TACGTGAATT
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Indices: 27684673--27684839 Score: 187
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* * *
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*
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* * **
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* * * *
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ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCAATTGTGCTAGTGATT
Done.