genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3072
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139873

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9120--9154	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
9731--9854	26	4.8	26	84	3	144	31	20	20	27	1.98
9762--9854	27	3.6	27	85	8	122	33	21	17	27	1.96
17005--17053	25	2.0	25	87	0	71	34	20	16	28	1.94
17090--17147	21	2.7	22	84	10	77	32	12	24	31	1.91
17199--17244	25	1.9	24	82	8	58	28	21	23	26	1.99
19150--19216	29	2.3	29	80	7	66	37	19	2	40	1.67
20144--20271	63	2.0	63	98	0	247	34	20	25	20	1.96
23097--23122	10	2.6	10	100	0	52	38	11	7	42	1.70
25007--25038	15	2.1	15	100	0	64	28	12	6	53	1.62
25010--25046	15	2.5	15	90	0	56	27	16	5	51	1.66
28363--28402	21	1.9	21	85	10	55	7	25	15	52	1.68
30046--30214	44	3.9	45	75	10	145	32	24	18	24	1.97
31968--32078	39	2.8	39	88	0	168	32	26	18	22	1.97
34466--34496	11	2.8	11	100	0	62	70	9	0	19	1.14
37163--37220	28	2.1	29	87	6	84	27	31	17	24	1.97
41143--41173	14	2.2	14	94	0	53	16	16	51	16	1.77
45548--45768	39	5.7	39	83	1	255	31	17	22	28	1.97
45549--45769	117	1.9	117	84	1	300	31	17	22	28	1.96
56319--56686	27	13.6	27	85	0	475	41	20	7	30	1.79
56319--56687	54	6.8	54	91	0	585	41	20	7	30	1.79
56319--56821	27	18.7	27	78	6	360	40	20	7	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56805--57025	27	8.3	27	84	4	270	33	19	20	26	1.96
56803--57025	80	2.8	81	81	7	283	34	18	20	26	1.96
57452--57512	22	2.8	22	73	9	61	19	21	22	36	1.95
57675--57773	27	3.7	26	83	5	99	20	23	20	36	1.95
57921--57980	31	1.9	31	100	0	120	18	16	15	50	1.79
57913--58031	6	19.3	6	65	23	52	19	15	15	49	1.79
61800--61840	20	2.0	20	95	0	73	39	14	17	29	1.89
62010--62140	48	2.8	48	87	3	158	22	14	28	34	1.94
64546--64584	10	3.8	10	90	6	60	33	17	15	33	1.92
64545--64584	21	1.9	21	94	0	71	35	17	15	32	1.91
65933--65977	22	2.0	22	100	0	90	33	17	26	22	1.96
69971--70113	27	5.3	27	88	1	180	30	25	5	39	1.78
70145--70322	27	6.6	28	80	7	190	42	20	7	30	1.79
70112--70298	54	3.5	54	85	2	189	39	19	10	31	1.85
70300--70385	27	3.1	27	80	11	102	39	15	9	36	1.79
70426--70499	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
70439--70503	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
70816--70856	20	2.0	22	85	9	59	24	17	36	21	1.94
71307--71375	25	2.8	24	93	2	111	26	26	23	24	2.00
71307--71388	24	3.4	24	89	5	112	29	23	23	24	1.99
71307--71400	49	1.9	49	80	8	111	27	24	23	24	2.00
71593--71757	30	5.7	31	84	13	221	30	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73335--73408	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
73348--73412	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
74213--74280	24	2.8	24	91	4	102	26	25	23	25	2.00
74213--74307	24	4.0	23	86	6	93	28	23	23	25	1.99
74500--74610	31	3.7	30	91	8	183	28	16	26	28	1.97
76819--76919	27	3.9	27	84	7	136	29	22	7	39	1.83
76819--76918	51	1.9	53	87	4	150	30	22	8	40	1.82
76896--76936	19	2.2	19	91	4	66	31	26	4	36	1.78
76970--77069	27	3.8	26	86	4	146	42	21	9	28	1.83
76972--77097	54	2.4	53	86	1	171	42	21	7	27	1.80
76970--77110	27	5.2	27	78	8	137	41	20	8	29	1.82
77110--77159	26	1.9	26	88	8	75	38	14	12	36	1.83
77200--77273	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
77213--77277	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
78254--78345	42	2.2	42	90	0	148	31	15	19	33	1.93
78369--78452	31	2.7	31	90	1	125	29	15	27	27	1.96
80725--80880	54	2.9	54	90	0	249	32	19	7	41	1.78
80725--80881	81	1.9	81	84	0	206	31	19	7	41	1.78
80680--81137	27	17.0	27	76	5	183	38	17	7	36	1.79
80860--81110	81	3.1	81	70	11	219	42	16	7	33	1.78
82042--82111	25	2.8	24	84	4	86	25	25	22	25	2.00
82040--82124	25	3.5	24	77	7	82	28	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82259--82350	42	2.2	42	96	0	166	31	16	20	31	1.95
82374--82457	31	2.7	31	92	1	134	27	15	27	29	1.96
84646--84829	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
89641--89743	44	2.3	44	94	0	179	28	26	18	27	1.98
93777--93803	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
104086--104118	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
109495--109553	6	9.5	6	83	7	73	16	3	0	79	0.86
109493--109553	20	3.1	19	84	11	70	16	3	0	80	0.84
109496--109573	6	14.8	5	77	19	63	19	3	0	76	0.93
109495--109573	38	2.1	37	86	6	106	18	3	0	77	0.92
109492--109573	32	2.6	31	83	7	103	19	3	0	76	0.93
113787--113866	40	2.0	40	97	0	151	22	6	22	48	1.72
122802--122945	40	3.6	40	85	5	202	26	22	26	24	2.00
122802--122981	80	2.3	79	86	5	240	25	22	26	25	2.00
130111--130377	40	6.7	40	88	5	364	26	27	21	24	1.99
130111--130368	119	2.2	120	87	5	380	26	27	21	24	1.99
132967--133144	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
132988--133143	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1

The End!