Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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3966 GAGCCTCCAT
* *
3976 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTC-AGCCACCATCGG
1 CACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGG
* *
4019 TAACCTTGATGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 -CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
* * *
4062 CACCTTGGTGCATGGATGTGCGGGAGCATCGA-CA-CACCGG
1 CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
* * ** *
4102 CAAACTAGGCCCTTGGTTGTG-GGGAGCCTCGAG-ACCATC-G
1 C-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
*
4142 CACCTCGGTGCTAT-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 CACCTTGGTGCT-TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
4184 CACCTTGGTGCTTGGATGTGCCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 CACCTTGGTGCTTGGATGTG-CGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
* *
4227 CACCTTGGTGCATGGATGAGCGGGAGCCTTC-AGCACCA
1 CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCC-TCGAGCACCA
4265 AAGCTAAAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
39 12 0.06
40 32 0.15
41 25 0.12
42 61 0.29
43 70 0.33
44 9 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
Found at i:4496 original size:24 final size:24
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Indices: 4469--4547 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
4459 CCGGTTAGGT
*
4469 TCCCGGTGGTGCTCCGGCGATCCG
1 TCCCGGTGGTGCTCCGGCGAACCG
*
4493 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGAACCG
1 TCCCGGTGGTGCTCCGGCGAACCG
*
4517 TCCC-GTCGGTGCTCCGGTGAACCG
1 TCCCGGT-GGTGCTCCGGCGAACCG
*
4541 TTCCGGT
1 TCCCGGT
4548 AGCATAGCCC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.02
24 45 0.94
25 2 0.04
ACGTcount: A:0.06, C:0.38, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGTGGTGCTCCGGCGAACCG
Found at i:4717 original size:42 final size:43
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Indices: 4554--5555 Score: 804
Period size: 42 Copynumber: 23.9 Consensus size: 43
4544 CGGTAGCATA
4554 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCT-G
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * * * * * *
4596 GTGCTAGGAT-GTGCAGAAGCCCCGGACACCATCGGCAAACTAA
1 GCCCTTGG-TCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* * * *
4639 GCCCTTGGTACTCTGCTCTGGAGCCTCGGGCGCCATCGGC-ACCTCG
1 GCCCTTGGT-C-GTG--CGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** *
4685 GTGCTTCGAT-GTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
1 GCCCTT-GGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* *
4728 GCCCTTGGTCGTGCGGTAGCCTCGGGCACCATCGGC-ACCTCG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * **
4770 GTGCTATGAT-GTGCGGGAGCCTCGGACACTGTCGGCAACCTAG
1 GCCCT-TGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* *
4813 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * *
4855 GTGCTTGGAT-GTGCGAGA-CCTCGCGTACCATCGGCAACCTAG
1 GCCCTTGG-TCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* * * *
4897 GCCCTTGGTCGTGCGAGAGGCTCGGGCACCATCGGCAAACTAA
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
**
4940 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTC-GGCACCATCGGCAAAATAG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* *
4982 GCCCTTGGTCGTGC-GGAGCCTCGGACACCATCGGCAAACTAG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* *
5024 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTC-GCCACCATCGGC-ACCTCG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * * **
5065 GTGCTATGAT-GGGCGGGAGCCTCGGACACTGTCGGCAACCTAG
1 GCCCT-TGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* ** *
5108 GCCCTTGGCCGTGCGGGA-CCTCTAGCACCATCGGC-ACCTTG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * * * *
5149 GTGCTTGGAT-GTCCGAGAACCTCGCGC-CCATCAGACAACCTAG
1 GCCCTTGG-TCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATC-GGCAACCTAG
* * *
5192 GCCCTTGGTCGTGCGAGAG-CTC-GGCACCATCGGCAAACTAA
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
**
5233 GCCCTTGGTCGTGC-GGAGCCTCGGGCACCATCGGCAAAATAG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* * *
5275 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATTGGC-TCCTAG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * * *
5317 GTGCTGGGAT-GTGCGGGAGCCTCGGACACCATCGGCAAAACTAG
1 GCCCTTGG-TCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGC-AACCTAG
* * *
5361 G-CCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGAC-A-CTTG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
** * *
5401 GTGCTTGGAT-GTGCCGGAACCTTC-GGCACC-TCGGCAACCTAG
1 GCCCTTGG-TCGTGCGGGAGCC-TCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* * * * * **
5443 ACCCTTGGTCATGCGAGAGGCTCGGGCA-CATCGGTAAAATAG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
* *
5485 GCCCTTGGTCGTGCGGGGGCCTC-GG--CCA-C--C-A--TCG
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
5519 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCA
1 GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCA
5556 CCTTGGTGGC
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 153, Indels: 105
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
34 24 0.03
35 2 0.00
36 1 0.00
37 3 0.00
38 1 0.00
39 1 0.00
40 14 0.02
41 118 0.16
42 353 0.47
43 202 0.27
44 7 0.01
45 2 0.00
46 7 0.01
47 20 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
GCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATCGGCAACCTAG
Found at i:5527 original size:34 final size:34
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Indices: 5484--5562 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
5474 CGGTAAAATA
*
5484 GGCCCTTGGTCGTGCGGGGGCCTCGGCCACCATC
1 GGCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATC
*
5518 GGCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGGCACCATC
1 GGCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATC
5552 GGCACCTTGGT
1 GGC-CCTTGGT
5563 GGCTCGGATG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.08, C:0.35, G:0.38, T:0.19
Consensus pattern (34 bp):
GGCCCTTGGTCGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATC
Found at i:5641 original size:42 final size:42
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Indices: 5585--5685 Score: 150
Period size: 42 Copynumber: 2.4 Consensus size: 42
5575 CGGAGCCTCA
* *
5585 GTGCTAGGAGGTGCGGGAGCCTCGG-ACACCATCGGCAACTTG
1 GTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGGCAC-CCATCGGCAACTTG
*
5627 GTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGGCACCCATCGGCACCTTG
1 GTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGGCACCCATCGGCAACTTG
*
5669 GTGCCTGGATGTGCGGG
1 GTGCTTGGATGTGCGGG
5686 CTAAAGAAGA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 52 0.96
43 2 0.04
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.40, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
GTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGGCACCCATCGGCAACTTG
Found at i:16391 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 16321--16413 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
16311 TCTTCTTTAG
*
16321 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
16365 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
16407 CCCGCAC
1 CCCGCAC
16414 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:16435 original size:25 final size:25
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Indices: 16401--16449 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
16391 GATGGTGTCC
* *
16401 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
16426 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
16450 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:16474 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 16426--17467 Score: 743
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
16416 CCTAGCCACT
* * *
16426 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
16469 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
16503 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16546 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
16589 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
16631 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16674 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
16716 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
16759 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16802 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
16845 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
16887 GAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16929 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
16971 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
17014 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
17057 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
17100 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
17143 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
17185 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
17228 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
17270 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
17313 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
17355 GAGGCTCCAGAGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCA-CACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
17400 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
17442 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
17468 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 86
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 11 0.01
42 263 0.33
43 456 0.58
44 11 0.01
45 20 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:16496 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 16448--16526 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
16438 CATCCGAGCC
*
16448 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
16483 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
16517 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
16527 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:16676 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 16455--17467 Score: 881
Period size: 128 Copynumber: 8.0 Consensus size: 128
16445 GCCACCAAGG
*
16455 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG--C-A-C--G-ACCAAGG-GCCGATGGTGGC-CGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCC
* * * * * *
16511 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
16575 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * **
16639 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * ** *** *
16702 AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * *
16767 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
16831 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* ** * * * ** *
16895 CGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* ** * *
16957 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * * *
17021 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
64 CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * ** * * * * *
17086 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** * * *
17151 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
17214 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTAC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * ** *
17278 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** ** * *
17341 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGGGG
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGG
* * ** *
17404 CTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
61 CTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
17467 A
125 A
17468 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 145, Indels: 65
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
120 22 0.03
122 2 0.00
124 1 0.00
126 37 0.05
127 159 0.22
128 315 0.44
129 143 0.20
130 32 0.05
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:17024 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 16660--17396 Score: 1151
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
16650 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
16660 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
16724 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
16789 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
16854 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
16918 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
16957 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
17022 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
17087 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
17152 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
17217 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
17256 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
17321 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTA
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCTTA
17383 GTTTGCCGATGGTG
126 GTTTGCCGATGGTG
17397 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 26, Indels: 13
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 36 0.09
298 215 0.53
299 128 0.32
300 27 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:17326 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 16490--17467 Score: 860
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 84
16480 ACGACCAAGG
* * ** * * *
16490 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
16555 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCA-CACCAAGGGCCTAGG-T
* * ** * * *
16576 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
16639 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCAC-ACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** * * *
16661 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
16724 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCAC-ACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
16746 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
16811 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCAC-ACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** * **
16832 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
16895 CGCACGCCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** * *
16916 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
16979 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCAC-ACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
17001 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
17066 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCAC-ACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * *
17087 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
17152 GCACATCCAAGCACCAAGGT
66 GCACA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** *
17172 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
17237 GCACATCATAGCACCGAGGT
66 GCACACCA-AGGGCCTAGGT
*
17257 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
17322 GCACATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
17342 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * **
17406 CCTGCACATCCTAGCACC-AGGTT
63 CCCGCACA-CCAAGGGCCTAGG-T
17429 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
17468 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 128, Indels: 45
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.00
84 68 0.09
85 385 0.52
86 216 0.29
87 69 0.09
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:17548 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17472--17550 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
17462 GGCCTATGCT
* *
17472 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
17496 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
17520 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
17544 ACCGGGA
1 ACCGGGA
17551 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:17814 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17759--18050 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
17749 ACTTTAGCTT
* *
17759 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
17801 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
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*
17843 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
17885 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
17927 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
17969 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
18012 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
18051 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
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44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:26022 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 25952--26044 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
25942 TCTTCTTTAG
*
25952 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
25996 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
26038 CCCGCAC
1 CCCGCAC
26045 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:26066 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 26032--26080 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
26022 GATGGTGTCC
* *
26032 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
26057 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
26081 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:26105 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26057--27099 Score: 736
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
26047 CCTAGCCACT
* * *
26057 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
26100 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
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1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26177 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
26220 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26262 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
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1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
26347 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26390 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26433 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
26476 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
26518 GAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26561 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26603 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
26646 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26689 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26732 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26775 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
26817 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
26860 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
26902 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
26945 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
26987 GAGGCTCCAGAGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCA-CACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
27032 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
27074 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
27100 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 88
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 1 0.00
42 252 0.32
43 477 0.60
44 11 0.01
45 20 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:26127 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 26079--26157 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
26069 CATCCGAGCC
*
26079 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
26114 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
26148 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
26158 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:26600 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 26057--26957 Score: 1047
Period size: 256 Copynumber: 3.5 Consensus size: 254
26047 CCTAGCCACT
* * *
26057 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
26121 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
64 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
26179 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
* *
26243 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
26305 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
26370 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
26435 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
* * **
26500 AAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
194 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* *
26561 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
26626 CTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * * ** * **
26691 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCAC
* * * * * ** *
26755 CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CTC
193 CAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-C
* ** ** * * *
26817 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * ** * *
26881 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
63 GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
*
26946 AGGCTCCCGCAC
128 AGCCTCCCGCAC
26958 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 72, Indels: 28
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 37 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 435 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC
TATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:26650 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 26291--27028 Score: 1151
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
26281 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
26291 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
26355 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
26420 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
* *
26485 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
26550 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
26589 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
26654 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
26719 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
26784 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
26849 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
26888 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
26953 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTA
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCTTA
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126 GTTTGCCGATGGTG
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Statistics
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298 58 0.14
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Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:26958 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 26121--27099 Score: 888
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 85
26111 ACGACCAAGG
* * ** * * *
26121 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
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* * ** * * *
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1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
26270 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** * * *
26292 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
26355 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
26377 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
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66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** * **
26463 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
26526 CGCACGGCCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** * *
26548 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
26611 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
26633 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
26698 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * *
26719 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
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* ** *
26804 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
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* ** *
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66 GCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
26889 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
26954 GCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
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1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * **
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27100 TGCTACCGGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
84 6 0.01
85 453 0.61
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ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:27180 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 27104--27182 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
27094 GGCCTATGCT
* *
27104 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
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1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
27152 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
27176 ACCGGGA
1 ACCGGGA
27183 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
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Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:27446 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 27391--27682 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
27381 ACTTTAGCTT
* *
27391 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
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*
27475 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
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* ** * * *
27517 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
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* *
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* *
27601 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
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* *
27644 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
27683 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
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ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
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TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:39254 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 39184--39276 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
39174 TCTTCTTTAG
*
39184 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
39228 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
39270 CCCGCAC
1 CCCGCAC
39277 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
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ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:39298 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 39264--39312 Score: 80
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39254 GATGGTGTCC
* *
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1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:39337 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 39289--40330 Score: 736
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
39279 CCTAGCCACT
* * *
39289 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
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*
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
39494 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
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* * * *
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* **
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* * *
39621 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
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* * * * *
39664 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
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* * * * * **
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* * ** *
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* * * * *
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1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
39834 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
39877 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
39920 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
39963 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
40006 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
40048 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
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1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
40133 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
40176 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
40218 GAGGCTCCAGAGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
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* * * *
40263 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
40305 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
40331 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 161, Indels: 90
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
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43 476 0.60
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ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:39359 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 39311--39389 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
39301 CATCCGAGCC
*
39311 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
39346 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
39380 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
39390 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
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ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:39915 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 39523--40259 Score: 1151
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
39513 GGGCCTAGTT
* * ** * * *
39523 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
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* *
39651 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
* *
39716 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
39781 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
39820 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
39885 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
39950 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
40015 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
40080 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
40119 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
40184 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTA
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCTTA
40246 GTTTGCCGATGGTG
126 GTTTGCCGATGGTG
40260 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 26, Indels: 13
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 36 0.09
298 24 0.06
299 319 0.79
300 27 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:40189 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 39353--40330 Score: 888
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 85
39343 ACGACCAAGG
* * ** * * *
39353 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
39418 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * ** * * *
39439 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
39502 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** * *
39524 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
39586 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
39608 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
39673 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** * **
39694 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
39757 CGCACGGCCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** * *
39779 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
39842 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
39864 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
39929 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * *
39950 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
40015 GCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** *
40035 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
40100 GCAC-ATCATAGCACCGAGGT
66 GCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
40120 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
40185 GCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
40205 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * **
40269 CCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
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1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
40331 TGCTACCGGA
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GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGT
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* *
40335 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
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1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
40383 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
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1 ACCGGGA
40414 ACCTAACCGG
Statistics
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ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
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Alignment explanation
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40612 ACTTTAGCTT
* *
40622 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
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*
40706 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
40748 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
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* *
40832 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
40875 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
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40914 ATGGAGGCTC
Statistics
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TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
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48795 TCTTCTTTAG
* *
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* * *
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* * *
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1 CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
48934 CCCGTACATCCGAGCCACTAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
*** * ** * *
48977 CCCGCACGA-CCAAG-GGTCGAGGTGCCGATGGTGGTCAAGGCC
1 CCCGCAC-ATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *** *
49019 CCCGCATGA-CCAAGGGC-CTATTTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCA-CATCCAA-GCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** ** * * *
49062 CCCACACGA-CCAAG-GGCTTAGTTTGCCGATAGTGCCCGAGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * ** *
49105 CTCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGCTGCCGATGGTGTGCGAGGTT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** *
49148 CTCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGAAAGTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * ** * *
49190 CCCGTACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCTGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
49233 CCCGCACAT-CATAG-CACCGAGGTGCTGATGGTGCCCAAGGCT
1 CCCGCACATCCA-AGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * *
49275 CTCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGATTGCCGATGGTGCCCGAGTCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * **
49318 CCCGCACATCGAAG-CACCGAGGTGCCGATGGCACCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * **
49360 CTCGTACATCGAAG-CACCGAGGTGCCGATGGCACCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
49402 CC
1 CC
49404 TGCATGACCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCCGCACATCCAAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:49210 original size:85 final size:84
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48795 TCTTCTTTAG
* * * * * * ** *
48805 CCCGCACATCTAATGCACCAAGGTGCCGATGGGTTCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGCACC-AA
1 CCCGCACATCCAA-GCACCGAGGTGCCGAT-AGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAG
*
48869 GTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
64 GTTGCCGATGGTGT-CGAGGTT
* * * * * * *
48891 CCCGCACCTCCTAGCCACCAAGGTGCCGAT-GCTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCGA-GCCACT
1 CCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGATAG-TGCCCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAGGGC-CT
* *
48953 AAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
62 -AGGTTGCCGATGGTG-TCGAGGTT
*** * ** * * * * **
48977 CCCGCACGA-CCAAGGGTCGAGGTGCCGATGGTGGTCAAGGCCCCCGCATGACCAAGGGCCTATT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG
* * *
49041 TTACCGATGGTGCCCGAGGCT
65 TTGCCGATGGTG-TCGAGGTT
* ** ** * *
49062 CCCACACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATAGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAG
*
49126 GCTGCCGATGGTGTGCGAGGTT
64 GTTGCCGATGGTGT-CGAGGTT
* * * * * *
49148 CTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGAAAGTGCTCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGT
1 CCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** *
49213 TGCCGACAGTGTCTGAGGCT
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* * * *
49233 CCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCTGATGGTGCCCAAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGA
1 CCCGCACATCCA-AGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG
*
49297 TTGCCGATGGTGCCCGA-GTCT
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* * **
49318 CCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCCGAGGCTCTCG
1 CCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCG
49364 TACATCGAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
TGCCGATGGTGTCGAGGTT
Found at i:49344 original size:127 final size:127
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49217 GACAGTGTCT
* **
49227 GAGGCTCCCGCACATC-ATAGCACCGAGGTGCTGATGGTGCCCAAGGCT-CTCGCACGACCAAGG
1 GAGGCTCCCGCACATCGA-AGCACCGAGGTGCCGATGGCACCCAAGGCTCCT-GCACGACCAAGG
* **
49290 GCCTAGATTGCCGATGGTG-CCCGAGTCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
64 GCCTAGATTGCCGATGGTGTCCCGAG-CTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGACAGCACCC
* * * *
49354 GAGGCTCTCGTACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCCAAGGCTCCTGCACGACCAAGGGC
* * * * *
49419 TTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGAGCTCCTGCACATCCTAGCACCGAGGTGCC
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49471 CGAGGCTCCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
127 93 0.92
128 8 0.08
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GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCCAAGGCTCCTGCACGACCAAGGGC
CTAGATTGCCGATGGTGTCCCGAGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGACAGCACCC
Found at i:49369 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 49227--49403 Score: 178
Period size: 42 Copynumber: 4.2 Consensus size: 42
49217 GACAGTGTCT
* **
49227 GAGGCTCCCGCACATC-ATAGCACCGAGGTGCTGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACATCGA-AGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
* * * ** * * **
49269 AAGGCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGATTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCACCC
*
49312 GAGTCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
1 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
* *
49354 GAGGCTCTCGTACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
1 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
49396 GAGGCTCC
1 GAGGCTCC
49404 TGCATGACCA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 21, Indels: 8
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 77 0.70
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GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCACCC
Found at i:49435 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 49044--49435 Score: 387
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
49034 GCCTATTTTA
* * *
49044 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCACACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATAGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-GACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCAAGCCTCTCG
* ** *
49109 CACGACCAAGGGCCTAGGCTGCCGATGGTGTGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC
65 CACGACCAAGGGCCTAGACTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC
** * ** *
49174 GAAAGTGCTCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTG
130 GAAAGCACCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGCACCGAGGTTG
** * * * * ** ** * * *
49215 CCGACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAG-GTGCTGATGGTGCCCAAGGCTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGACCA-AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCAAGCCTCTCG
* * *
49279 CACGACCAAGGGCCTAGATTGCCGATGGTGCCCGA-GTCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGC
65 CACGACCAAGGGCCTAGACTGCCGATGGTGCCCGAGGT-TCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGC
** * *
49343 CGATGGCACCCGAGGCTCTCGTAC-ATCGAAGCACCGAGG-TG
129 CGAAAGCACCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGCACCGAGGTTG
** *
49384 CCGATGGCACCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-GACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG
49436 TCCGGAGCTC
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 48, Indels: 11
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.16
170 117 0.70
171 24 0.14
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CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCAAGCCTCTCGC
ACGACCAAGGGCCTAGACTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
AAAGCACCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGCACCGAGGTTG
Found at i:49536 original size:24 final size:24
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Indices: 49508--49572 Score: 103
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49498 TGCTACCGGA
*
49508 ACGGTTCGCCGGAGTACCGACGGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
*
49532 ACGGTTCGCCGGAGCACCGCCGGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
*
49556 ACGGATCGCCGGAGCAC
1 ACGGTTCGCCGGAGCAC
49573 TACCGGAACC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.17, C:0.34, G:0.40, T:0.09
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ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
Found at i:49578 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 49500--49578 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
49490 AGGGCCTATG
* *
49500 CTACCGGAACGGTTCGCCGGAGTA
1 CTACCGGGACGGTTCGCCGGAGCA
*
49524 CCGA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCA
1 -CTACCGGGACGGTTCGCCGGAGCA
** *
49548 CCGCCGGGACGGATCGCCGGAGCA
1 CTACCGGGACGGTTCGCCGGAGCA
49572 CTACCGG
1 CTACCGG
49579 AACCTAACGG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 3
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.02
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CTACCGGGACGGTTCGCCGGAGCA
Found at i:54896 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 54848--55137 Score: 225
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
54838 ACTTTAGCTT
* * *
54848 TGGTGCTCAAGGCTCCCGCTCATCCATA-CACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCAA
54890 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAA
* ** * * *
54932 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCATGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGCACCAAGG-TGCCAA
** * * *
54975 CAGTG-TCCGAGGGTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCAA
* ** * * *
55017 TGGT-CTCTGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGA
1 TGGTGCTC-GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCAA
* * *
55059 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCACGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAA
* * *
55101 TGGTGCTCGAAGCTCCCGAACATCCAAGCATCAAGGT
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGT
55138 TACTGATGGT
Statistics
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0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.06
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TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAA
Found at i:55090 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 54884--55128 Score: 309
Period size: 84 Copynumber: 2.9 Consensus size: 85
54874 TACACCAAGG
*
54884 TGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
**
54948 CGCATGACCAAGGGCCTAGGT
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* ** * *
54969 TGTCGACAGTGTCCGAGGGTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGT-CTCTGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-GAGGCTC
*
55032 CC-CACAACCAAGGGCCTAGTT
64 CCGCACAACCAAGGGCCTAGGT
* * *
55053 TGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCACGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAAGCTCCC
1 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
* *
55118 GAACATCCAAG
66 GCACAACCAAG
55129 CATCAAGGTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 12
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 71 0.53
85 63 0.47
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ACGTcount: A:0.20, C:0.33, G:0.29, T:0.18
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GCACAACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:66469 original size:620 final size:622
Alignment explanation
Indices: 65273--66516 Score: 1653
Period size: 622 Copynumber: 2.0 Consensus size: 622
65263 GTAGGACAAT
* * * *
65273 TTTTAGCCGATTTGCATACACCTTTGAGATGATCTTGTATACAAACCTACACAAACTTATAGGGC
1 TTTTAACCGATTTGCATACACCTTAGAGATGATCTTGTACACAAACCTACACAAACTAATAGGGC
* * * * * *
65338 GATAGTTAGTAATCTCACAGGGATCTCTAATCTTAGGGATTAATATGATCATAGTATCATTAAGA
66 AAAAGTTAGTAAGCTCACAAGGATCTCTAATCTTAGGAATTAAAATGATCATAGTATCATTAAGA
* * * *
65403 CTAGAAATATCCTTTTCCCCGTTAAGAACGTCTAAGCAAGTCCGAATGGTATCCTTTCCCACTAT
131 CAAGAAATATCCTTTTCCCCGTTAAGAACATCCAAGCAAGTCCGAATAGTATCCTTTCCCACTAT
* * * * *
65468 CTCCCAGTGGTGCTTGAAAAAATTTCCCGATAGCCCATCAATACCAGGGGCTTTGTTTGGGTTCA
196 CTCCCAATGGTGCTTGAAAAAATTGCCCGATAGACCATCAATACCAGGGGCTTTATTAGGGTTCA
* *
65533 TTTGCTTGATAGCTAGAAGAACTTCTTCCTCTGTATAGGTCATATTGAGCCATTCATTTGTTTCC
261 TCTGCTTGATAGCTAGAAGAACTTCTTCCTCTGTATAGATCATATTGAGCCATTCATTTGTTTCC
* * * * * *
65598 CTCGTCACGCACTCCTTCATGTATCCCATACCTTGGATTTCAACATTTTGGCCGTTAGCCCGGAA
326 CTCGTAACGCACTCCTTCATATACCCCATACCTTGGATTTCAACATTTTGACCATTAGACCGGAA
*
65663 CAGACTCACAAAATAATCTTTAGCCACCTTACAAATGTCTTTACTATTTGTCACCCAATTTCCTT
391 CAAACTCACAAAATAATCTTTAGCCACCTTACAAATGTCTTTACTATTTGTCACCCAATTTCCTT
* * ** * *
65728 CCACATCTTTGACCCTCTCAATATTGTTTTTTTTCAGGCGACCAGTAGCTTTAGCATGGAAATAC
456 CCACATCTTTGACCCTCTCAATATTATTTTCTTTCAAACGACCAGTAGCCTTAGCATGGAAAAAC
65793 CTAGTATTTCGATCTCCCTCCCTAAGCCATCTCGACCTAGACCTTTGAGCCCAGTAGCTTTCTTC
521 CTAGTATTTCGATCTCCCTCCCTAAGCCATCTCGACCTAGACCTTTGAGCCCAGTAGCTTTCTTC
65858 CCTAGCATAGAGAAAGTCAAGCCTTCTGCGAGCTTCC
586 CCTAGCATAGAGAAAGTCAAGCCTTCTGCGAGCTTCC
* *
65895 TTTTAACCGATTTGCATACACCTTAGAGATGATCTTGTACACAAACCTGCACAAACTAATAGGTC
1 TTTTAACCGATTTGCATACACCTTAGAGATGATCTTGTACACAAACCTACACAAACTAATAGGGC
* * * * *
65960 AAAAGTTAGTAAGCTCACAAGGATCTCTAGTTTTAGGAATTAAAATGATCATAGTATCGTTGAGG
66 AAAAGTTAGTAAGCTCACAAGGATCTCTAATCTTAGGAATTAAAATGATCATAGTATCATTAAGA
* * * * * *
66025 CAAGAGATATCCTTTTTCCCGTTTAA-AATATCCAAGC-AGTATCTAATAGTGTCCTTTCCCACT
131 CAAGAAATATCCTTTTCCCCG-TTAAGAACATCCAAGCAAGT-CCGAATAGTATCCTTTCCCACT
* * * *
66088 ATCTCCCAATGGTGTTTGAAGAAATTGCCCGATAGACCATCGATGCCAGGGGCTTTATTAGGG-T
194 ATCTCCCAATGGTGCTTGAAAAAATTGCCCGATAGACCATCAATACCAGGGGCTTTATTAGGGTT
* *
66152 CATCTGCTTGATTGCCT-G-AGTAA-TCTCTTCCTCTGTATAGATCATATTGAGCCTTTCATTTG
259 CATCTGCTTGATAG-CTAGAAG-AACT-TCTTCCTCTGTATAGATCATATTGAGCCATTCATTTG
* * * * *
66214 TTTCCCTCGTAACGCACTCCTTTATATGCCCCAT-CTCTTGGATGTT-AGCATTTTGACTATTTG
321 TTTCCCTCGTAACGCACTCCTTCATATACCCCATAC-CTTGGAT-TTCAACATTTTGACCATTAG
* * * * *
66277 ACTGGAACAAACTCACAAAGTAATC-TTGGCCACCTTACATATTTCTTTACTATTTGTCACCCAA
384 ACCGGAACAAACTCACAAAATAATCTTTAGCCACCTTACAAATGTCTTTACTATTTGTCACCCAA
* * * *
66341 TTTCCTTCCGCATCTTTGAGCCTCTCAATGTTATTCTTCTTT-AAACGACCAGTTGCCTTAGCAT
449 TTTCCTTCCACATCTTTGACCCTCTCAATATTATT-TTCTTTCAAACGACCAGTAGCCTTAGCAT
* * * * *
66405 GGAAAAACCTGGTATTTCTATCTCCCTCCCTCAGCCATCTTGACCTAGACCTTTGGGCCCAGTAG
513 GGAAAAACCTAGTATTTCGATCTCCCTCCCTAAGCCATCTCGACCTAGACCTTTGAGCCCAGTAG
* * * * *
66470 CTTTCTTCCTTAGCGTATAGAAAGTCGAGCCTTCTGCGAGTTTCC
578 CTTTCTTCCCTAGCATAGAGAAAGTCAAGCCTTCTGCGAGCTTCC
66515 TT
1 TT
66517 GAGAGTTTTT
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 77, Indels: 18
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
620 190 0.35
621 128 0.24
622 215 0.40
623 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (622 bp):
TTTTAACCGATTTGCATACACCTTAGAGATGATCTTGTACACAAACCTACACAAACTAATAGGGC
AAAAGTTAGTAAGCTCACAAGGATCTCTAATCTTAGGAATTAAAATGATCATAGTATCATTAAGA
CAAGAAATATCCTTTTCCCCGTTAAGAACATCCAAGCAAGTCCGAATAGTATCCTTTCCCACTAT
CTCCCAATGGTGCTTGAAAAAATTGCCCGATAGACCATCAATACCAGGGGCTTTATTAGGGTTCA
TCTGCTTGATAGCTAGAAGAACTTCTTCCTCTGTATAGATCATATTGAGCCATTCATTTGTTTCC
CTCGTAACGCACTCCTTCATATACCCCATACCTTGGATTTCAACATTTTGACCATTAGACCGGAA
CAAACTCACAAAATAATCTTTAGCCACCTTACAAATGTCTTTACTATTTGTCACCCAATTTCCTT
CCACATCTTTGACCCTCTCAATATTATTTTCTTTCAAACGACCAGTAGCCTTAGCATGGAAAAAC
CTAGTATTTCGATCTCCCTCCCTAAGCCATCTCGACCTAGACCTTTGAGCCCAGTAGCTTTCTTC
CCTAGCATAGAGAAAGTCAAGCCTTCTGCGAGCTTCC
Done.