Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3245
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 52093
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.18, T:0.33
Found at i:1325 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1221--1328 Score: 144
Period size: 44 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
1211 TGTCTTTGAC
** * * *
1221 ATGGACTTACATGAATTATTCCTGTCTCCAATGCCATATATAAT
1 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATATAAT
*
1265 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATTTCTAAT
1 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATA--TATAAT
1311 ATGGACTTACATGGCTCA
1 ATGGACTTACATGGCTCA
1329 TTTCTGTTCT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 33 0.59
46 23 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (44 bp):
ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATATAAT
Found at i:8669 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 8565--8672 Score: 144
Period size: 44 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
8555 TGTCTTTGAC
** * * *
8565 ATGGACTTACATGAATTATTCCTGTCTCCAATGCCATATATAAT
1 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATATAAT
*
8609 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATTTCTAAT
1 ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATA--TATAAT
8655 ATGGACTTACATGGCTCA
1 ATGGACTTACATGGCTCA
8673 TTTCTGTTCT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 33 0.59
46 23 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (44 bp):
ATGGACTTACATGGCTCAATCCTGTCTCCAAAGCCATATATAAT
Found at i:18144 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18086--18149 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
18076 TGTGAGGGCA
18086 ATTTTTTGATTATTTACCGAAATGGGCCC
1 ATTTTTTGATTATTTACCGAAATGGGCCC
* *
18115 ATTTTTTGATTATTTACCGGAAT-GGTCC
1 ATTTTTTGATTATTTACCGAAATGGGCCC
18143 ATTTTTT
1 ATTTTTT
18150 AAGAAATCGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 11 0.33
29 22 0.67
ACGTcount: A:0.22, C:0.14, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
ATTTTTTGATTATTTACCGAAATGGGCCC
Found at i:18583 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 18417--18609 Score: 368
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
18407 TTTTTTGACA
*
18417 TTTCTAAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGGGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTAAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
18482 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
*
18514 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTAAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
18579 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
18610 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 94 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (97 bp):
TTTCTAAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
Found at i:20269 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 20049--20276 Score: 359
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
20039 TTATTTCGAG
*
20049 TTGACGTTTCTGGTCAAATAATATAAAATCACTTCTACCAGGATACTATTTGAGAAGAAATTATG
1 TTGACATTTCTGGTCAAATAATATAAAATCACTTCTACCAGGATACTATTTGAGAAGAAATTATG
20114 AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
66 AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
* * * * * *
20173 TTGACATTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACTAGGATGCTATTTGGGAAGAAATTGT
1 TTGACATTTCTG-GTCAAATAATATAAAATCACTTCTACCAGGATACTATTTGAGAAGAAATTAT
* *
20237 GAAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGT
65 GAAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGT
20277 TTCTGAGCAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 9, Indels: 2
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 93 0.99
125 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (124 bp):
TTGACATTTCTGGTCAAATAATATAAAATCACTTCTACCAGGATACTATTTGAGAAGAAATTATG
AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
Found at i:20345 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 20179--20371 Score: 359
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
20169 TTTTTTGACA
* * *
20179 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACTAGGATGCTATTTGGGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
20244 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
20276 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
20341 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
20372 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 93 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (97 bp):
TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
Found at i:22028 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 21808--22035 Score: 386
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
21798 TTATTTCAAG
*
21808 TTGACGTTTCTAGTCAAATAATATAAAATCGCTTATACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
1 TTGACATTTCTAGTCAAATAATATAAAATCGCTTATACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
21873 AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
66 AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
* * *
21932 TTGACATTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGCGAAGAAATTGT
1 TTGACATTTCT-AGTCAAATAATATAAAATCGCTTATACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGT
* *
21996 GAAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGT
65 GAAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGT
22036 TTCTGAGCAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 6, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 95 0.98
125 2 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (124 bp):
TTGACATTTCTAGTCAAATAATATAAAATCGCTTATACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
AAATCGCACCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
Found at i:22104 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 21938--22130 Score: 368
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
21928 TTTTTTGACA
* *
21938 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGCGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
22003 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
22035 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
22100 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
22131 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 94 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (97 bp):
TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
Found at i:23412 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 23381--23433 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
23371 TTTTTTCAAA
23381 ATTTACCGAAATGGGCCCATTTTTTATT
1 ATTTACCGAAAT-GGCCCATTTTTTATT
* * *
23409 ATTTGCCGGAATGGTCCATTTTTTA
1 ATTTACCGAAATGGCCCATTTTTTA
23434 GTAAATCGCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.55
28 10 0.45
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
ATTTACCGAAATGGCCCATTTTTTATT
Found at i:23863 original size:96 final size:97
Alignment explanation
Indices: 23699--23890 Score: 359
Period size: 96 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
23689 TTTTTTGACA
* *
23699 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGGGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
23764 CGCCCTCGTGGACGCGA-TTTGCTACAGTAGG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
23795 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
23860 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
23891 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
96 80 0.86
97 13 0.14
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (97 bp):
TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAATCG
CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
Found at i:25549 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 25329--25556 Score: 359
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
25319 TTATTTCGAG
* *
25329 TTGACGTTTCTGGTCAAATAATATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGCG
1 TTGACATTTCTGGTCAAATAATATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGCG
* *
25394 AATTTGCGCCCTCGTGGACGCGATTTAGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
66 AAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTAGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
* * *
25453 TTGACATTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGGGAAGAAATTGT
1 TTGACATTTCTG-GTCAAATAATATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGC
* *
25517 GAAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGT
65 GAAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTAGCTACAGCAGGT
25557 TTCTGGGCAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 9, Indels: 2
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 93 0.99
125 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (124 bp):
TTGACATTTCTGGTCAAATAATATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTGCG
AAATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTAGCTACAGCAGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
Found at i:25625 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 25459--25651 Score: 350
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
25449 TTTTTTGACA
* *
25459 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGGGAAGAAATTGTGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
25524 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
* *
25556 TTTCTGGGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
1 TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
25621 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
25652 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 92 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (97 bp):
TTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAAGATGCTATTTGAGAAGAAATTATGAAATCG
CGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGG
Found at i:28859 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 28775--29062 Score: 531
Period size: 55 Copynumber: 5.2 Consensus size: 55
28765 GTAAAATTAT
28775 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
28830 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
28886 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
28942 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
* * *
28997 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
29052 AATTATTAAGT
1 AATTATTAAGT
29063 TAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 3, Indels: 2
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
55 118 0.52
56 111 0.48
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:28978 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 28775--29062 Score: 533
Period size: 111 Copynumber: 2.6 Consensus size: 111
28765 GTAAAATTAT
28775 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
28840 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
66 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
28886 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
28951 GT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
* * *
28997 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
29062 T
66 T
29063 TAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 3, Indels: 3
0.97 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
110 52 0.30
111 66 0.38
112 55 0.32
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (111 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:29097 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 29056--29332 Score: 346
Period size: 29 Copynumber: 9.7 Consensus size: 29
29046 ATGTAGAATT
*
29056 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29085 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAAGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
29114 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
29143 ATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29172 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29201 ATTATGCTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTA
* *
29231 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
** *
29260 ATTTGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29289 ATTACG---GTTTA-GGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29314 ATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
29333 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 26, Indels: 10
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.08
26 3 0.01
28 4 0.02
29 166 0.76
30 26 0.12
ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.30, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:29262 original size:88 final size:86
Alignment explanation
Indices: 29056--29332 Score: 364
Period size: 88 Copynumber: 3.2 Consensus size: 86
29046 ATGTAGAATT
* ** * * *
29056 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAAGGTTTTTAATTAAGT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-AGC
29121 TAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
65 TAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
29143 ATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGC
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-GC
29208 TAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTA
65 TAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTA
* * *
29231 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-C-
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGCT
29294 -GGTTTA-GGTTAGGGTTTTTA
66 AGG-TTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29314 ATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
29333 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 17, Indels: 10
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 28 0.16
84 4 0.02
85 3 0.02
86 2 0.01
87 63 0.37
88 70 0.41
ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.30, T:0.47
Consensus pattern (86 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGCT
AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:29339 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 29275--29336 Score: 88
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
29265 GTTATGTTAG
**
29275 GGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTA--AATTA
29300 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
29323 GGTTAGGGTTTTTA
1 GGTTAGGGTTTTTA
29337 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.49
25 18 0.51
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.27, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:29514 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 29451--29683 Score: 425
Period size: 56 Copynumber: 4.2 Consensus size: 56
29441 GTAAAATTAT
29451 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
29506 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
29562 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
* * *
29618 AATTATTAAGT-CAAAAAATTGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAG
1 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
29673 AATTATTAAGT
1 AATTATTAAGT
29684 TAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 3, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
55 63 0.36
56 111 0.64
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:29579 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 29451--29683 Score: 414
Period size: 111 Copynumber: 2.1 Consensus size: 111
29441 GTAAAATTAT
29451 AATTATTAAGTC-AAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
*
29515 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
66 GT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAA
*
29562 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
* *
29627 GTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAG
66 GTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAA
29673 AATTATTAAGT
1 AATTATTAAGT
29684 TAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 3, Indels: 2
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
111 64 0.54
112 54 0.46
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (111 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
GTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:29718 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 29677--29953 Score: 355
Period size: 29 Copynumber: 9.7 Consensus size: 29
29667 ATGTAGAATT
*
29677 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29706 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29735 ATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
29764 ATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29793 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29822 ATTATGCTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTA
* *
29852 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29881 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
29910 ATTACG---GTTTA-GGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29935 ATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
29954 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 23, Indels: 10
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.08
26 3 0.01
28 4 0.02
29 169 0.77
30 26 0.12
ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.30, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:29883 original size:88 final size:86
Alignment explanation
Indices: 29677--29953 Score: 373
Period size: 88 Copynumber: 3.2 Consensus size: 86
29667 ATGTAGAATT
* ** * *
29677 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-AGC
*
29742 TAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
65 TAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
29764 ATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGC
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-GC
29829 TAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTA
65 TAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTA
* *
29852 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-C-
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGCT
29915 -GGTTTA-GGTTAGGGTTTTTA
66 AGG-TTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
29935 ATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
29954 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 16, Indels: 10
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 28 0.16
84 4 0.02
85 3 0.02
86 2 0.01
87 63 0.37
88 71 0.42
ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.30, T:0.46
Consensus pattern (86 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGCT
AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:29960 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 29896--29957 Score: 88
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
29886 GTTATGTTAG
**
29896 GGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTA--AATTA
29921 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
29944 GGTTAGGGTTTTTA
1 GGTTAGGGTTTTTA
29958 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.49
25 18 0.51
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.27, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:30011 original size:621 final size:620
Alignment explanation
Indices: 28830--31176 Score: 3910
Period size: 621 Copynumber: 3.8 Consensus size: 620
28820 AATTATGTAA
28830 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
28895 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
28960 ATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAAT
130 ATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAAT
29025 GGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
195 GGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
*
29090 ATTAGGTTAGGGTTAAGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
260 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
29155 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTT
325 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTT
*
29220 TAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTGGTTATGTTAGGGTTAGGGTT
390 TAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTT
29285 TTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAA
455 TTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAA
29350 ACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTCA
520 ACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTCA
*
29415 AAACATTTTACCAAATCTAAAATTATGTAAAATTAT
585 AAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
29451 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
29516 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAA
66 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGT-CAAAAAA
29581 ATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAAT
130 ATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAAT
29646 GGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
195 GGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
*
29711 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
260 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
29776 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTT
325 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTT
29841 TAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTT
390 TAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTT
29906 TTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAA
455 TTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAA
29971 ACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTCA
520 ACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTCA
30036 AAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
585 AAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
*
30072 AATTATTAAGTCAAAAAAAT-TAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAT
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGT-GTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
30136 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
* * *
30201 TTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGT-------TAG-GTT-A-
130 ATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAAT
* *** *
30256 GG--------GTTA--GGGTT-TGT--AATTA--AA-TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
195 GGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
* * * * * *
30305 GTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGT
260 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
* * ** * * * *
30370 TAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGT
325 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGG-TTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGT
* * * *
30435 TT-GGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGT
389 TTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGT
*
30499 TTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATA
454 TTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATA
*
30564 AACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATC
519 AACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTC
30629 AAAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
584 AAAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
30666 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
* * *
30731 T-CAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAT
66 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAA
*
30795 TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAATTGTGTTAATG
131 TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATG
* * * *
30860 GTTAGTAAAGTTATCAAATTATG-AAATATTATTAAGTAAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
196 GTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGA-ATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAA
**
30924 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTTGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
260 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGT
*
30989 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTAGGTTAGGGTT
325 TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTT
* * * * *
31054 TAGGGTTTTTAATTTGGTTATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTTGGTTATGTTAGGGTTTGGGTT
390 TAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTT
**
31119 TTTAATTA-GGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTA
455 TTTAATTACGG---T-TTA-GGTTAGGGTTTTTAATTA--AATTAGGTTAGGGTTTTTA
31177 ATTAAATTAG
Statistics
Matches: 1620, Mismatches: 67, Indels: 74
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
593 107 0.07
594 401 0.25
595 32 0.02
597 5 0.00
599 3 0.00
600 4 0.00
601 3 0.00
602 4 0.00
603 2 0.00
610 2 0.00
611 5 0.00
612 3 0.00
613 4 0.00
614 2 0.00
615 1 0.00
616 4 0.00
618 34 0.02
619 177 0.11
620 165 0.10
621 625 0.39
622 3 0.00
623 18 0.01
625 16 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.19, T:0.43
Consensus pattern (620 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAA
TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATG
GTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAA
TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTT
AGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTAGGTTAGGGTTT
AGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTT
TTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAA
CTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAGTCAA
AACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
Found at i:30106 original size:565 final size:566
Alignment explanation
Indices: 29506--31067 Score: 2349
Period size: 565 Copynumber: 2.7 Consensus size: 566
29496 AATTATGTAA
29506 AATTATTAAGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
29571 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
* *
29636 TTGTGTTAATGGTTAATAAAATTATCAAATTATGTAGAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGT
130 TTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGT
29701 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
195 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
*
29766 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGCTA
260 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTA
29831 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
325 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
*
29896 GG-TTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATT
390 GGTTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATT
29960 ACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTT
455 ACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTT
*
30025 AGTACCAGTCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
520 AGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
*
30072 AATTATTAAGTCAAAAAAAT-TAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAT
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGT-GTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
30136 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
*
30201 TTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGT
130 TTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGT
*
30266 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
195 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
*
30331 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTA
260 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTA
*
30396 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
325 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTA-
30461 GGTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
389 ------GG-----------G-T-T-T-A--G---G-GTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
30526 TTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
427 TTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
30591 ATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTAT
492 ATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTAT
30656 GTAAAATTAT
557 GTAAAATTAT
30666 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
* *
30731 T-CAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAT
66 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAT
* ** * *
30795 TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAATT-GTGTTAAT
131 TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGT---TAGGTTAGGGTT-AG
* * * ** *** *
30859 GGTTAGT-A--AAGTTA--TCA-AATTATGAAATATT-ATTAAG-TAAGGTTAGGGTTAGGGTTT
192 GGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTA-GGGTTTTTAATTAAGTTAA-GTTAGGGTTAGGGTTT
* ** * * * ** *
30916 GTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTTGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
255 TTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
* * * * *
30981 GGTTACGTTAGAGTTT-GGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTAG
320 TGTTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAT
31045 GTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATT
385 GTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATT
31068 TGGTTATATT
Statistics
Matches: 914, Mismatches: 45, Indels: 79
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
561 10 0.01
562 1 0.00
564 1 0.00
565 368 0.40
566 11 0.01
567 1 0.00
568 1 0.00
569 1 0.00
570 1 0.00
571 1 0.00
572 2 0.00
582 2 0.00
583 1 0.00
586 1 0.00
587 1 0.00
588 1 0.00
589 51 0.06
590 94 0.10
591 6 0.01
593 113 0.12
594 230 0.25
595 6 0.01
596 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.19, T:0.43
Consensus pattern (566 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAT
TGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTT
TGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
AGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTAG
GTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGG
GTTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTA
CATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAATATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTA
GTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTATGTAAAATTAT
Found at i:30155 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 30072--30248 Score: 302
Period size: 55 Copynumber: 3.2 Consensus size: 55
30062 GTAAAATTAT
30072 AATTATTAAGTCAAAAAAAT-TAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGT-GTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
*
30127 AATTATTATGTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGT-CAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
* *
30183 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
30238 AATTATTAAGT
1 AATTATTAAGT
30249 TAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 4, Indels: 4
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 63 0.54
56 52 0.45
57 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (55 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:30283 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30242--30547 Score: 361
Period size: 29 Copynumber: 10.7 Consensus size: 29
30232 ATGTAAAATT
*
30242 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
30271 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
30300 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
30329 ATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
30358 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
30387 ATTATA-TTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTA
1 ATTA-AGTTAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTA
* * *
30417 ATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * *
30446 ATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
30475 ATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
30504 ATTACG---GTTTA-GGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
30529 ATTAAATTAGGCTAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
30548 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 27, Indels: 14
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.07
26 2 0.01
28 3 0.01
29 195 0.80
30 26 0.11
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:30447 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 30242--30547 Score: 419
Period size: 117 Copynumber: 2.7 Consensus size: 117
30232 ATGTAAAATT
* * *
30242 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTAATTAAG
1 ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAAG
30306 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
66 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
* *
30358 ATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGG
1 ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAAG
* * * *
30423 TTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTA
66 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
* * * *
30475 ATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAA-T-TA--CGGTTTA-GG-TTAGGGTTTTTAATTAA
1 ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGG-TTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
30534 ATTAGGCTAGGGTT
65 GTTAGGTTAGGGTT
30548 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 17, Indels: 8
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
112 27 0.16
113 4 0.02
114 3 0.02
115 2 0.01
116 43 0.25
117 92 0.54
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (117 bp):
ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAAG
TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTA
Found at i:30733 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 30666--30896 Score: 410
Period size: 55 Copynumber: 4.2 Consensus size: 55
30656 GTAAAATTAT
*
30666 AATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
30721 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
*
30776 AATTATTAAGTCCAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
* *
30831 AATTATTAAGTCCAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAGTTATCAAATTATG-AA
1 AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
30885 ATATTATTAAGT
1 A-ATTATTAAGT
30897 AAGGTTAGGG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 3, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
54 3 0.02
55 169 0.98
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (55 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:30834 original size:648 final size:649
Alignment explanation
Indices: 30072--31244 Score: 2154
Period size: 648 Copynumber: 1.8 Consensus size: 649
30062 GTAAAATTAT
*
30072 AATTATTAAGTCAAAAAAATTAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTATG
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATTAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
30137 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAT
66 TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAT
*
30202 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAA-ATTATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGT
131 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATG-AAATATTATTAAGTAAGGTTAGGGTTAGGGT
30266 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
195 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
30331 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTA
260 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTA
*
30396 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
325 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
30461 GGTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
390 GGTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
30526 TTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
455 TTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
30591 ATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTAT
520 ATCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTAT
30656 GTAAAATTATAATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
585 GTAAAATTATAATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
*
30721 AATTATTAAGTC-AAAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
1 AATTATTAAGTCAAAAAAATT-AGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAA
* *
30785 GTCC-AAAAATTGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAA
65 GTCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAA
* *
30849 TTGTGTTAATGGTTAGTAAAGTTATCAAATTATGAAATATTATTAAGTAAGGTTAGGGTTAGGGT
130 TTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGAAATATTATTAAGTAAGGTTAGGGTTAGGGT
**
30914 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTTGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
195 TTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
*
30979 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTA
260 TAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTA
* *
31044 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTTATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTTGGTTATGTTAG
325 GGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAG
* * *
31109 GGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
390 GGTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
*
31174 TTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
455 TTAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAAT
31239 ATCAAA
520 ATCAAA
31245 ATAACTCGAC
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 17, Indels: 5
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
647 3 0.01
648 445 0.88
649 57 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (649 bp):
AATTATTAAGTCAAAAAAATTAGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
TCCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCAAAAAAT
TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGAAATATTATTAAGTAAGGTTAGGGTTAGGGTT
TGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
AGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATATTAG
GTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTAGGTTATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTATGTTAGG
GTTTGGGTTTTTAATTACGTTATGTCAGGGTTAGAGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTTT
TAATTAAATTAGGCTAGGGTTTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACATCAAATAATA
TCAAATTAGTTTAATTTTTTAATTGTTAGTACCAATCAAAACATTTTACCAAATCTAACATTATG
TAAAATTATAATTATTAAGTCAAAAAAATGTGTTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATGTAA
Found at i:30923 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30898--31195 Score: 363
Period size: 29 Copynumber: 10.4 Consensus size: 29
30888 TTATTAAGTA
* **
30898 AGGTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAATT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
**
30927 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTTTGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
30956 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
* * *
30985 ACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
* *
31014 ATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
*
31043 AGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTT
1 AGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTAATTAGGTT
** * *
31073 ATATTAGGGTTTGGGTTTTTAATTTGGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
* *
31102 ATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
*
31131 ATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTACGG-T
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-GGTT
**
31160 ---TTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAAATT
1 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
31185 AGGTTAGGGTT
1 AGGTTAGGGTT
31196 TTTATTACAT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 24, Indels: 14
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.08
26 3 0.01
28 3 0.01
29 186 0.78
30 27 0.11
ACGTcount: A:0.20, C:0.01, G:0.30, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTT
Found at i:31095 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 30900--31173 Score: 424
Period size: 117 Copynumber: 2.3 Consensus size: 117
30890 ATTAAGTAAG
* * * *
30900 GTTAGGGTTAGGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTAGGGTTTTTAATTTTGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTTAGATTAGG
30964 GTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTAT
66 GTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTAT
* *
31016 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTATGTTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTTATATTAGG
1 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTTAGATTAGG
* * * *
31081 GTTTGGGTTTTTAATTTGGTTATGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTAT
66 GTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTAT
*
31133 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTAGGTTAGGGTTT
1 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA-AG-TTAGGTTAGGGTTT
31174 TTAATTAAAT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 11, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
116 33 0.23
117 96 0.67
118 1 0.01
119 14 0.10
ACGTcount: A:0.19, C:0.01, G:0.31, T:0.49
Consensus pattern (117 bp):
GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTAGGGTTTTTAATTTGGTTAGATTAGG
GTTAGGGTTTTTAATTAGGTTACGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAGGTTAT
Found at i:31190 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 31138--31204 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
31128 GTTATGTTAG
**
31138 GGTTAGGGTTTTTAATTACGGTTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAC-AATTA
31163 GGTTAGGGTTTTTAATTA-AATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTACAATTA
31186 GGTTAGGGTTTTT-ATTACA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTACA
31205 TCAAATAAAC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 4
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.10
23 17 0.44
25 18 0.46
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.25, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTACAATTA
Found at i:31740 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 31713--31747 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
31703 CGAAAAAGGA
* *
31713 TACATGTAAGGGTTAGGG
1 TACATATAAGGGCTAGGG
31731 TACATATAAGGGCTAGG
1 TACATATAAGGGCTAGG
31748 AAACGCACCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.34, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
TACATATAAGGGCTAGGG
Found at i:32409 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 32399--32437 Score: 69
Period size: 7 Copynumber: 5.6 Consensus size: 7
32389 TTATATACAT
32399 AATACTA
1 AATACTA
32406 AATACTA
1 AATACTA
32413 AATACTA
1 AATACTA
32420 AATACTA
1 AATACTA
*
32427 AATACAA
1 AATACTA
32434 AATA
1 AATA
32438 TCTATTTGCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 31 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.13, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (7 bp):
AATACTA
Found at i:32617 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 32580--32617 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
32570 TTTATTTTTA
*
32580 AAAATCTACATAATAATTGT
1 AAAATCTACATAAAAATTGT
32600 AAAATCTA-ATATAAAATT
1 AAAATCTACATA-AAAATT
32618 TACCTCGTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.19
20 13 0.81
ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
AAAATCTACATAAAAATTGT
Found at i:33607 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 33548--33671 Score: 187
Period size: 51 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
33538 TATTTTAAAA
* * *
33548 AAGGAAATTGAGAGCAAATTGAAATTAAATATGGGTTTGA-GAGATTTTTGG
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTT-ATGAGAATTTTGG
* *
33599 AATGAAATTGAGAGGAAATTGAAATTAAATATGGATTTATGAGAATTTTGG
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTTATGAGAATTTTGG
33650 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGA
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGA
33672 GAGGAAATTG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 1 0.02
51 65 0.98
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (51 bp):
AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTTATGAGAATTTTGG
Found at i:33670 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 33654--33698 Score: 63
Period size: 11 Copynumber: 4.0 Consensus size: 11
33644 TTTTGGAAGG
33654 AAATTGAGAGA
1 AAATTGAGAGA
*
33665 AAATTGAGAGG
1 AAATTGAGAGA
*
33676 AAATTGAGAGG
1 AAATTGAGAGA
33687 AAATATGAGAGA
1 AAAT-TGAGAGA
33699 GGATTTGTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 25 0.81
12 6 0.19
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (11 bp):
AAATTGAGAGA
Found at i:33695 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 33651--33697 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
33641 GAATTTTGGA
33651 AGGAAATTGAGAGAAAATTGAG
1 AGGAAATTGAGAGAAAATTGAG
*
33673 AGGAAATTGAGAGGAAATATGAG
1 AGGAAATTGAGAGAAAAT-TGAG
33696 AG
1 AG
33698 AGGATTTGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.74
23 6 0.26
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (22 bp):
AGGAAATTGAGAGAAAATTGAG
Found at i:34023 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 33963--34024 Score: 81
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
33953 GCGATTTCCC
33963 GAAAAATGGACCATTCCGGTAAATAATT
1 GAAAAATGGACCATTCCGGTAAATAATT
* * *
33991 AAAAAATGGACCCATTTCGGTAAAT-TTT
1 GAAAAATGGA-CCATTCCGGTAAATAATT
34019 GAAAAA
1 GAAAAA
34025 AAATAGCTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.55
29 13 0.45
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (28 bp):
GAAAAATGGACCATTCCGGTAAATAATT
Found at i:42767 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42760--42786 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
42750 TCTTTATTAA
42760 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
42787 AACATAACTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.