Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3302
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31378
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.33
Found at i:2041 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 1986--2161 Score: 250
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 39
1976 CGGATGATAA
*
1986 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTA-ATTC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT-ACTATA-TC
2026 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TACTATATC
2066 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGCTACTATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAG-TACTATATC
*
2106 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAG-GAGTAGCTATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTA-CTATATC
* *
2145 C-GGTTAAATCCCGAAGG
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGG
2162 TACTTGGTTT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 5, Indels: 8
0.91 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 16 0.12
39 11 0.09
40 99 0.77
41 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTACTATATC
Found at i:10303 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 10245--10368 Score: 194
Period size: 40 Copynumber: 3.1 Consensus size: 40
10235 CGGATGATAA
10245 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* **
10285 CCGGGCTAAGTCCTGAAGGCATTTGTGCGAACTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* **
10325 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAGCGAGTGGCTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
10365 CCGG
1 CCGG
10369 TTAAAGCCCG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 9, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 75 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
Found at i:13117 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 13032--13297 Score: 295
Period size: 50 Copynumber: 5.3 Consensus size: 50
13022 GCTAAATGAC
* * * * * *
13032 CTTGTATATTCGGCCACATAGGTATGTACATATGTGATGTTGTATTGGAT
1 CTTGTATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTATATTTGAT
* * *
13082 CTTGAATATTCGGCCATGA-AGGTATGCACAAATGTGATATTATATTTGAAT
1 CTTGTATATTCGGCCAT-ATAGGTAAGCACATATGTGATATTATATTTG-AT
* * * * * *
13133 -TTGTATATTCGGCCTTATAAGTAAGTACATATGGGATGTTAAATTTGAT
1 CTTGTATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTATATTTGAT
* **
13182 CTTGCATATTCAACCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTA-ATTTTGAT
1 CTTGTATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTATA-TTTGAT
* *
13232 CTTGCATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATATGATATTATATTTGAT
1 CTTGTATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTATATTTGAT
*
13282 CTTGTATATTTGGCCA
1 CTTGTATATTCGGCCA
13298 AATCAATGAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 29, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 4 0.02
50 173 0.96
51 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (50 bp):
CTTGTATATTCGGCCATATAGGTAAGCACATATGTGATATTATATTTGAT
Found at i:16870 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 16824--16883 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
16814 GCGAGGCTGC
16824 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGATA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGA-A
* * * *
16851 CAGATATTGTGGCTAGGCCACTAGAA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
16877 CAGATAT
1 CAGATAT
16884 ATATATGTGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.28
27 21 0.72
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (26 bp):
CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
Found at i:21544 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 21490--21666 Score: 158
Period size: 46 Copynumber: 3.9 Consensus size: 44
21480 ATATTTGGGC
*
21490 ATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGA
1 ATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCGA
** * *
21534 ATGTCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGAGAGATGTAACTAG-GC
1 A--TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-ACTGATG-GA-T-GCGA
* * * *
21583 ATCCGAGCTCGTTAAGTTGAGTCTGAGTTCACTGATGGATTCGAA
1 ATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCG-A
* * * *
21628 CACCCGAGCTCATTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGG
1 -ATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGG
21667 GCGGGTTACA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 18, Indels: 16
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.03
45 1 0.01
46 67 0.63
47 30 0.28
48 1 0.01
49 3 0.03
50 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (44 bp):
ATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCGA
Found at i:21646 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 21487--21658 Score: 254
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
21477 AGGATATTTG
* * *** *
21487 GGCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCCGAACTCGTTGAG
1 GGCATCCGAACTCGTTAAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCGAACACCCGAACTCATTGAG
21552 TTGAGTCCGAGTTCGAGAGATGTAACTA
66 TTGAGTCCGAGTTCGAGAGATGTAACTA
* * * *
21580 GGCATCCGAGCTCGTTAAGTTGAGTCTGAGTTCACTGATGGATTCGAACACCCGAGCTCATTGAG
1 GGCATCCGAACTCGTTAAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCGAACACCCGAACTCATTGAG
21645 TTGAGTCCGAGTTC
66 TTGAGTCCGAGTTC
21659 ACTTATGGGC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 10, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 69 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (93 bp):
GGCATCCGAACTCGTTAAGTTGAGTCCGAGTTCACTGATGGATGCGAACACCCGAACTCATTGAG
TTGAGTCCGAGTTCGAGAGATGTAACTA
Found at i:24573 original size:649 final size:649
Alignment explanation
Indices: 23336--25266 Score: 3745
Period size: 649 Copynumber: 3.0 Consensus size: 649
23326 GATACGAATG
*
23336 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCGAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
1 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
23401 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
66 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
*
23466 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATCTATGTTTGT
131 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
23531 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
196 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
23596 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAGC
261 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAGC
23661 CAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGGA
326 CAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGGA
23726 GTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACCG
391 GTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACCG
*
23791 AAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTTCGGTTGAGAACCCAAA
456 AAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAAA
23856 GAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTCA
521 GAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTCA
23921 GAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCAATATCCCAATTGAAGTA
586 GAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCAATATCCCAATTGAAGTA
23985 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
1 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
24050 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
66 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
24115 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
131 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
*
24180 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGTATAAGTAAAGCTATC
196 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
24245 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAGC
261 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAGC
24310 CAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGGA
326 CAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGGA
24375 GTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACCG
391 GTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACCG
24440 AAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAAA
456 AAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAAA
24505 GAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTCA
521 GAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTCA
24570 GAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCAATATCCCAATTGAAGTA
586 GAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCAATATCCCAATTGAAGTA
24634 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
1 AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
*
24699 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTAAATTATATGATTGT
66 AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
24764 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
131 AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
*
24829 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGAATTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
196 TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
24894 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAG
261 TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAAT-GGACAATAGGAAAATTTGTGTAAG
*
24959 CCAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGA
325 CCAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGG
* *
25024 AGTTGTGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAACCCCTCCCCCTTACC
390 AGTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACC
25089 GAAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAA
455 GAAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAA
* *
25154 AGAGTTCAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGCTGATAAGTAAAGTC
520 AGAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTC
*
25219 AGAGCCAGTAAAGTATCGGATTGACGTAAAGATTATTGGAGTTATGCA
585 AGAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCA
25267 CTGTCCCATT
Statistics
Matches: 1268, Mismatches: 13, Indels: 1
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
649 942 0.74
650 326 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (649 bp):
AAAATGTCCTTGTCTTGATTTGGACGTCAAATGTTGATGAATGCTAATGATATATAATTTTTATG
AGATAAAGGATTATAATGAAATGAACTTATCTATGTTAAATTGTTGGACTGAATTATATGATTGT
AATGATATGTACATGATGATGCACGAAATGAAAGTTGTGATTGTGATGCAAATATTTATGTTTGT
TTGGTCTTATATGATGTCATGAGCATGACTTAATTTAATTAAATGAATGGATAAGTAAAGCTATC
TAGAAAACATAGAATGTATGCATAAGTATATTGTCTAAATGGACAATAGGAAAATTTGTGTAAGC
CAACATGAATGTTGCATTGCCTGAATGAATGACATGATTTTGATGATGTTGCTATGATGATGGGA
GTTATGTCATATGTGTATGTATAAGAAAGTCGAGTCAGAGGTCCTACAATCCCTCCCCCTTACCG
AAGTGGTACTTATAATGGAATTTCATGAGATTTGTATTGAATAAGTTTCCGGTTGAGAACCCAAA
GAGTTTAGTGATAGAATAATTATAAGTATGATCAGAGATTGAAAATGAGATGATAAGTAAAGTCA
GAGCCAGTAAAGTATCGGATTGAAGTAAAGATTATTGGAGTTATGCAATATCCCAATTGAAGTA
Found at i:25916 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25893--25928 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
25883 CTTGGGTTTC
*
25893 TTATCCTGGATCTCT
1 TTATTCTGGATCTCT
*
25908 TTATTCTGGATTTCT
1 TTATTCTGGATCTCT
25923 TTATTC
1 TTATTC
25929 GGGTTTCTCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.19, G:0.11, T:0.56
Consensus pattern (15 bp):
TTATTCTGGATCTCT
Found at i:25966 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 25900--25966 Score: 71
Period size: 15 Copynumber: 4.6 Consensus size: 14
25890 TTCTTATCCT
*
25900 GGATCTCTTTATTC
1 GGATTTCTTTATTC
25914 TGGATTTCTTTATTC
1 -GGATTTCTTTATTC
* * *
25929 GGGTTTCTCTATCTT
1 GGATTTCTTTAT-TC
25944 GGATTTCTTTATTC
1 GGATTTCTTTATTC
*
25958 GGTTTTCTT
1 GGATTTCTT
25967 GTTATCTTTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 3
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 19 0.44
15 24 0.56
ACGTcount: A:0.10, C:0.16, G:0.16, T:0.57
Consensus pattern (14 bp):
GGATTTCTTTATTC
Done.