Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3642
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29925
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.21, T:0.32
Found at i:4833 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4802--4979 Score: 196
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
4792 TAAATTGTAC
*
4802 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* * *
4829 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
4855 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
4883 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
* *
4910 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-ATTGACTATGT
* * * *
4938 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
*
4965 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
4980 GACTAATATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 104 0.81
28 24 0.19
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGT
Found at i:4863 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 4802--4979 Score: 236
Period size: 54 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
4792 TAAATTGTAC
* **
4802 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* * * *
4857 -GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTTGACTATG-T
1 AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
* *
4910 AGCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTAT-AT
1 AGCACTAAGTGTGCGA-TTTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
*
4965 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
4980 GACTAATATA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 13, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 60 0.56
55 46 0.43
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAATATGAT
Found at i:7977 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 7854--8041 Score: 247
Period size: 82 Copynumber: 2.3 Consensus size: 82
7844 AGATACGTGC
* * * * *
7854 CCCTA-TTTGTACTTCGGTACCCTTGAATTGTACATATGTGCCTCTATTTGTATTTCGGTACC-C
1 CCCTAGTTTGTACTTCGGTACCCCTGAATTGCACATATGTGCCCCTATTTGTACTTCAGTACCAC
* *
7917 TTGAATTGCACAGACATG
66 -TAAATTGCACAAACATG
* *
7935 CCCGT-GTTTGTACTTCGGTACCCCTGAATTGCACATTTGTGCCCCTATTTTTACTTCAGTACCA
1 CCC-TAGTTTGTACTTCGGTACCCCTGAATTGCACATATGTGCCCCTATTTGTACTTCAGTACCA
*
7999 CTAAATTGCACAAACGTG
65 CTAAATTGCACAAACATG
8017 CCCTAGTTTGTACTTCGGTACCCCT
1 CCCTAGTTTGTACTTCGGTACCCCT
8042 AAATGTACTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 10, Indels: 7
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 4 0.04
82 88 0.95
83 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (82 bp):
CCCTAGTTTGTACTTCGGTACCCCTGAATTGCACATATGTGCCCCTATTTGTACTTCAGTACCAC
TAAATTGCACAAACATG
Found at i:8045 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7840--8041 Score: 215
Period size: 41 Copynumber: 4.9 Consensus size: 40
7830 AAATGATAAG
* *
7840 TTGCAGATACGTGCCCCTATTTGTACTTCGGTACCCTTGAA
1 TTGCACATACGTG-CCCTATTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
* * * *
7881 TTGTACATATGTGCCTCTATTTGTATTTCGGTACCCTTGAA
1 TTGCACATACGTGCC-CTATTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
* * *
7922 TTGCACAGACATGCCCGTGTTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
1 TTGCACATACGTGCCC-TATTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
** * * * *
7963 TTGCACATTTGTGCCCCTATTTTTACTTCAGTACCACTAAA
1 TTGCACATACGTG-CCCTATTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
*
8004 TTGCACAAACGTGCCCTAGTTTGTACTTCGGTACCCCT
1 TTGCACATACGTGCCCTA-TTTGTACTTCGGTACCCCT
8042 AAATGTACTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 26, Indels: 8
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 8 0.06
41 120 0.92
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
TTGCACATACGTGCCCTATTTGTACTTCGGTACCCCTGAA
Found at i:8799 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8779--8814 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
8769 TGGGACACGG
*
8779 GTGTGTGACTCAGCC
1 GTGTGTGACACAGCC
*
8794 GTGTGTGACACGGCC
1 GTGTGTGACACAGCC
8809 GTGTGT
1 GTGTGT
8815 CCTTTGTAGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.22, G:0.39, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
GTGTGTGACACAGCC
Found at i:16355 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 16319--16396 Score: 111
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
16309 CCCATCACAG
* * *
16319 TATCAATTGAGCCTAACCCATATCAGAATCAA
1 TATCAGTTGGGCCTAACCCATATCAG-ACCAA
*
16351 TATCAGTTGGGCCTAGCCCATATCAGACCAA
1 TATCAGTTGGGCCTAACCCATATCAGACCAA
16382 TATCAGTTGGGCCTA
1 TATCAGTTGGGCCTA
16397 GCCCTTTTCA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 19 0.45
32 23 0.55
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (31 bp):
TATCAGTTGGGCCTAACCCATATCAGACCAA
Found at i:16386 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 16319--16400 Score: 121
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
16309 CCCATCACAG
* * * *
16319 TATCAATTGAGCCTAACCCATATCAGAATCAA
1 TATCAGTTGGGCCTAGCCCATATCAGAACCAA
16351 TATCAGTTGGGCCTAGCCCATATCAG-ACCAA
1 TATCAGTTGGGCCTAGCCCATATCAGAACCAA
16382 TATCAGTTGGGCCTAGCCC
1 TATCAGTTGGGCCTAGCCC
16401 TTTTCAATTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 1
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 23 0.50
32 23 0.50
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (32 bp):
TATCAGTTGGGCCTAGCCCATATCAGAACCAA
Found at i:18739 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18655--18839 Score: 194
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
18645 TCGAATGATG
* * * * *
18655 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTCTGCTAAGTGACCATA
1 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAA
* * *
18695 TCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT
1 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
* *
18735 TCCGGGCTAAGCCCAAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
18774 TCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AA
*
18815 -CCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTG
18840 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 34 0.28
40 80 0.66
41 8 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
TCCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
Found at i:18861 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 18708--18862 Score: 199
Period size: 79 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
18698 GGACTAAGAT
* **
18708 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGCCCAAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCAAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
18773 ATCCGGGTTAAGCC
66 ATCCGGGTTAAGCC
* * *
18787 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-TAGC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-ACCGGGCTAAG-CCCAAAGGCATTGGAACGAGTTA-C
*
18850 TATATCC-GGTTAA
63 TAAATCCGGGTTAA
18863 ATTTCGAAGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 6
0.84 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.03
79 41 0.62
80 23 0.35
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCAAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
ATCCGGGTTAAGCC
Found at i:21937 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 21807--22379 Score: 678
Period size: 45 Copynumber: 12.6 Consensus size: 47
21797 TATTTGAATA
* * *
21807 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
21853 AATGTGAAAGTGTATATA--TGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
21898 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
21945 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
21994 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
22040 AATGT----GTATATATATGTGATAAGGCCGAAT-GCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
22082 AATGTGAACA-TG--TGTATGTGATAATGGCCGAATGGCCAATGTGA-G
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAA-GGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
22127 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGG-CGAATGGCC-ATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
22172 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG-TGATG
* *
22220 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAA-GCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
22266 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAA-GCCGAATGGCCAATGTGAT-
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
22311 AATGTGAAA--GTATATATGTGATAAGGCCGAAT-GCCAATGT-ATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
22354 GATGTG-AAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
22380 TCCAAGGGCA
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 19, Indels: 48
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.01
42 41 0.08
43 26 0.05
44 46 0.09
45 101 0.21
46 99 0.20
47 91 0.19
48 31 0.06
49 47 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:22263 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22238--22312 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
22228 CATGTGTATG
22238 TGTGATAAGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGCCGAATGGCCAA
* *
22259 TGTGATGAATG-TGAACAT-GCATATA
1 TGTGAT-AA-GCCG-A-ATGGC-CA-A
*
22284 TGAGATAAGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGCCGAATGGCCAA
22305 TGTGATAA
1 TGTGATAA
22313 TGTGAAAGTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 16
0.65 0.10 0.26
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.35
22 6 0.15
23 8 0.20
24 6 0.15
25 6 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
TGTGATAAGCCGAATGGCCAA
Found at i:22298 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 21807--22379 Score: 699
Period size: 229 Copynumber: 2.5 Consensus size: 229
21797 TATTTGAATA
* * *
21807 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 AATGTGAAA-TG-ATATATGTGATAAGCCGAATAGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGT
* * * * *
21872 GATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
64 GATAAGGCCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCG
* *
21937 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
128 ATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
22002 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
192 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
* *
22040 AATGTG-TAT-ATATATGTGATAAGGCCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTATGT
1 AATGTGAAATGATATATGTGATAA-GCCGAATAGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATGT
22101 GATAATGGCCGAATGGCCAATGTGA-GAATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGG-CGAATGGC
64 GATAA-GGCCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGC
* *
22163 C-ATGTGATGAATGTGAACA-TG-TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTTGATGAATGT
126 CGATGTGATGAATGTGAA-AGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG-TGATGAATGT
* *
22225 GAACA-TGTGTATGTGTGATAA-GCCGAATGGCCAATGTGATG
189 GAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
* * *
22266 AATGTGAACATGCATATATGAGATAAGCCGAATGGCCAATGTGAT-AATGTGAAAGTATATATGT
1 AATGTGAA-ATG-ATATATGTGATAAGCCGAATAGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGT
* * * *
22330 GATAAGGCCGAATGCCAATGT-ATGGATGTG-AAGTGTATAAATGTGATAAG
64 GATAAGGCCGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATATGAGATAAG
22380 TCCAAGGGCA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 25, Indels: 39
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
225 38 0.13
226 57 0.19
227 33 0.11
228 20 0.07
229 96 0.32
230 47 0.16
231 1 0.00
232 1 0.00
233 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (229 bp):
AATGTGAAATGATATATGTGATAAGCCGAATAGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGA
TAAGGCCGAATGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCGATG
TGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG
TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
Found at i:24851 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 24787--24861 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
24777 AATCCGAGTT
*
24787 TAAAGACCCGCTGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
* *
24825 TAAAGACCCGATGGCTATGT-ACAGAGATTATGTCCGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGA-AGAGATTATGTCCGG
24862 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
Found at i:25026 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 24915--25269 Score: 518
Period size: 39 Copynumber: 9.1 Consensus size: 39
24905 AGGTCTCGAC
24915 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
24954 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
24994 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
25033 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
25073 GATGTATCCGGG-TAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
25111 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
25150 GATG-ATCCGAGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * ** * *
25189 GATATATCCGTGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
25228 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
25268 GA
1 GA
25270 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 17, Indels: 13
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 43 0.15
39 135 0.46
40 113 0.39
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:25129 original size:78 final size:79
Alignment explanation
Indices: 24915--25269 Score: 522
Period size: 79 Copynumber: 4.5 Consensus size: 79
24905 AGGTCTCGAC
*
24915 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
24979 AGCATTCATGCTAGT
65 AGCATTCATGCTAGT
24994 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
25059 GCATTCATGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
*
25073 GATGTATCCGGG-TAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
25136 GCATTCATGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
* * * * *
25150 GATG-ATCCGAGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAA-ACCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
* *
25213 AGCATTCGTGCTGGT
65 AGCATTCATGCTAGT
* * * * *
25228 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
25270 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 15, Indels: 12
0.90 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
76 6 0.02
77 29 0.11
78 101 0.40
79 106 0.42
80 13 0.05
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
GCATTCATGCTAGT
Found at i:27937 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 27862--28397 Score: 790
Period size: 47 Copynumber: 11.6 Consensus size: 47
27852 TATTTGAATA
* * *
27862 AATGTGAAAGTG--TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
27907 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
27954 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
28001 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
28048 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
28095 AATGTGAAA-TG--TGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
28139 AATGTGAACA-TGCATATA--TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
28184 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
28231 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
28278 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
28324 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
28371 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
28398 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 17, Indels: 16
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 40 0.09
45 58 0.12
46 44 0.09
47 323 0.69
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:28235 original size:230 final size:231
Alignment explanation
Indices: 27862--28397 Score: 778
Period size: 230 Copynumber: 2.3 Consensus size: 231
27852 TATTTGAATA
* * * *
27862 AATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
1 AATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATA-G
* * *
27927 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC
65 TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC
*
27992 GATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
130 AATGTGATGAATGTGAACA-TGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
* *
28056 -AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
194 CA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
*
28095 AATGTGAAA-TGTGTATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGCATATA-
1 AATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGCATATAG
* *
28157 TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGC
65 TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
* *
28221 CAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
129 CAATGTGATGAATGTGAACATGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
28286 CATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
194 CATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
* * * *
28324 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATAAA
1 AATGTGAAAGTG--TATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATA
28389 TGTGATAAG
64 -GTGATAAG
28398 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 20, Indels: 19
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
229 17 0.06
230 145 0.53
231 4 0.01
232 90 0.33
233 10 0.04
234 7 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (231 bp):
AATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATAGT
GATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
ATGTGATGAATGTGAACATGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCATGTGATG
Done.