Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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TTAAAATATATTATAA
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Statistics
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ATTATAATTAAATAT
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*
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1 A
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AAATATATTATAATTA
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* * *
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*
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CATGCTGCTATGATGATTTTGTTAAGTG
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* *
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TTTCTCTTTCG
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* *
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* *
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1 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTTA
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* * *
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* * *
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1 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTTA
* *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
*
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*
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1 GGTTTGG
*
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*
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*
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
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1 GGTTTGG
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1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
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1 GGTTTGG
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*
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*
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*
30766 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
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1 GGTTTGG
30780 GGT
1 GGT
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Statistics
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6 78 0.14
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30892 TCAGGGGTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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*
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*
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1 GGGTTCG
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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1 GGGTTCG
*
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*
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1 GGGTTCG
* **
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**
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*
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*
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*
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTC-G
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1 GGGTTC-G
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1 GGGTTCG
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1 GGGTTCG
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1 GGGTTC-G
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1 GGGTTCG
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1 GGGTTCG
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1 GGGTTC-G
*
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
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1 GGGTT-CG
* **
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**
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1 GGGTTCG
* *
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
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1 GGGTTCG
* *
30961 AGGTTCA
1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
30989 GGGTTCA
1 GGGTTCG
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1 GGGTTCG
* *
31002 AGG-TCA
1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
31022 GGGTTCA
1 GGGTTCG
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1 GGGTTCG
* *
31035 AGGTT-T
1 GGGTTCG
*
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1 GGGTTCG
*
31048 GGGTTTG
1 GGGTTCG
*
31055 GGGTTTG
1 GGGTTCG
31062 GGGTT
1 GGGTT
31067 TGGGTTTTGG
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 34, Indels: 46
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
5 7 0.01
6 111 0.20
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10 4 0.01
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30842 GGGGGTTCGG
* * * * * * *
30852 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCGGGGGTTCGGGGTTCGGGGTTCAGGGGTTCAGGGTTCGGGGTTCC
1 GGGTTCAGGGTTCAGGGTTC--AGGTTCAGGGTTCAGGGTTCA-GGGTTCAGGGTTCAGGGTTCA
* * *
30917 GGGTTCCGTTGGTTTTAGGGTTTTAGGTTCAGGGTTCAGGGTTCA-GGTTCAGGGTTCAGGGTTC
1 GGGTTCAG--GG-TTCAGGG-TTCAGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTC
30981 A
62 A
30982 GGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGG-TCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGG
1 GGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGGGTTCAGG
31038 TTTGGGTTTG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 12, Indels: 14
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
60 17 0.16
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65 32 0.31
67 20 0.19
68 5 0.05
69 2 0.02
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Statistics
Matches: 3360, Mismatches: 89, Indels: 423
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5 58 0.02
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ACGTcount: A:0.43, C:0.43, G:0.02, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
AACCCTA
Done.