Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1827
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 44996
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.22, T:0.25
Found at i:4760 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4726--4775 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
4716 CCCAACATCA
*
4726 ATTTAAATAAAAAAAAATATTT
1 ATTT-AATTAAAAAAAATATTT
* *
4748 ATTTAATTTAAAAATATATTT
1 ATTTAATTAAAAAAAATATTT
*
4769 TTTTAAT
1 ATTTAAT
4776 ATAGAACTTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.83
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
ATTTAATTAAAAAAAATATTT
Found at i:4766 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4736--4775 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
4726 ATTTAAATAA
4736 AAAAAAATATTTATTTAATTT
1 AAAAAAATATTTATTTAATTT
* *
4757 AAAAATATATTTTTTTAAT
1 AAAAAAATATTTATTTAAT
4776 ATAGAACTTG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAATATTTATTTAATTT
Found at i:8487 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8171--8521 Score: 486
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
8161 TTTTAATTGA
* * * * * * * *
8171 AAATTTTTTCTGTTGGCCCAAAAGAAATATAAGAAGCCGAATGAAATATGGCATGATGGCATGGT
1 AAATTTTTTCTGTTCGCCCAAAACAAATACAAGAAGCCAAATGAAATATGGCAGGACGGCACGGC
* * * * ** * *
8236 AGAAAATTGAACAAGTTCCCGGACCACCAATAGTTGGGAGCTCGCACTCGTACCACTGCGGCTCC
66 AGAAAATTGAACAAGTGCCCCGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACTCGCACCACCACGACCCC
* * * *
8301 CGTTGTGCCATGTTTCCCGAGGGGGCGGCACGGTCAAGTGTCTAACTTAG
131 CGTTGTGCCATATTCCCCGAGGGGGCGGCAAGGCCAAGTGTCTAACTTAG
* *
8351 AAATTTTTTCTGTTCGCCCAAAACAAATACAAGAGGCCAAATGAAGTATGGCACGGCACGGCACG
1 AAATTTTTTCTGTTCGCCCAAAACAAATACAAGAAGCCAAATGAAATATGGCA-GG-ACGGCACG
8416 GCAGAAAATTGAACAAGTGCCCCGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACTCGCACCACCACGACC
64 GCAGAAAATTGAACAAGTGCCCCGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACTCGCACCACCACGACC
8481 CCCGTTGTGCCATATTCCCCGAGGGGGCGGCAAGGCCAAGT
129 CCCGTTGTGCCATATTCCCCGAGGGGGCGGCAAGGCCAAGT
8522 ATTTAACTAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 22, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 47 0.32
181 1 0.01
182 99 0.67
ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (180 bp):
AAATTTTTTCTGTTCGCCCAAAACAAATACAAGAAGCCAAATGAAATATGGCAGGACGGCACGGC
AGAAAATTGAACAAGTGCCCCGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACTCGCACCACCACGACCCC
CGTTGTGCCATATTCCCCGAGGGGGCGGCAAGGCCAAGTGTCTAACTTAG
Found at i:16224 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 16157--16329 Score: 201
Period size: 46 Copynumber: 3.7 Consensus size: 46
16147 TGTAACCCGC
16157 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGGCGTTCGCAT
1 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGGCGTTCGCAT
* *
16203 CCATAAGTGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGATGCCTAGTT-ACAT
1 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGG--G-C--GTTCGCAT
* * * ** *
16253 -C-TCA-CGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGAACATTCGCAT
1 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGGCGTTCGCAT
16296 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTC
1 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTC
16330 AGATGCCTAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 13, Indels: 18
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.02
43 3 0.03
44 2 0.02
45 2 0.02
46 60 0.57
47 25 0.24
48 3 0.03
49 2 0.02
50 3 0.03
51 3 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.31, G:0.19, T:0.20
Consensus pattern (46 bp):
CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGGCGTTCGCAT
Found at i:16277 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 16165--16338 Score: 294
Period size: 93 Copynumber: 1.9 Consensus size: 93
16155 GCCCATAAGT
** *
16165 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGGGCGTTCGCATCCATAAGTGAACTCAGACTCAACTCAA
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGAACATTCGCATCCATAAGTGAACTCAGACTCAACTCAA
*
16230 CGAGCTCGGATGCCTAGTTACATCTCAC
66 CGAGCTCAGATGCCTAGTTACATCTCAC
* *
16258 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGAACATTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAA
1 GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGAACATTCGCATCCATAAGTGAACTCAGACTCAACTCAA
16323 CGAGCTCAGATGCCTA
66 CGAGCTCAGATGCCTA
16339 AATATCCCAG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 75 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.30, G:0.20, T:0.20
Consensus pattern (93 bp):
GAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGAACATTCGCATCCATAAGTGAACTCAGACTCAACTCAA
CGAGCTCAGATGCCTAGTTACATCTCAC
Found at i:16351 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 16162--16351 Score: 125
Period size: 46 Copynumber: 4.1 Consensus size: 45
16152 CCCGCCCATA
* * *** *
16162 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCG-GGCGTTCGCATCCATA
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGATGCCTAAACATCC--C
* * *
16208 AGTGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGATGCCTAGTTACATCTC
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTC-GATGCCTA--AACATCCC
* * * * *** *
16256 A-CGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGA-ACATTCGCATCCATA
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGATGCCTAAACATCC--C
*
16301 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCAGATGCCTAAATATCCC
1 AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTC-GATGCCTAAACATCCC
16347 AGTGA
1 AGTGA
16352 CATGTCACTT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 27, Indels: 18
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.04
45 3 0.03
46 60 0.56
47 27 0.25
48 10 0.09
50 4 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.29, G:0.19, T:0.21
Consensus pattern (45 bp):
AGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGCTCGATGCCTAAACATCCC
Found at i:19400 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19347--19446 Score: 121
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
19337 CCTATGGTAT
*
19347 CCGAGGCTCCCGCATATCC-AAGCACCATGGTGCCAATGCTGC
1 CCGAGGCTCCCGCATATCCGAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGC
* * * * * * *
19389 TCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCAGCAAGGTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCATATCCGAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGC
19432 CCGAGGCTCCCGCAT
1 CCGAGGCTCCCGCAT
19447 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 10, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 17 0.36
43 30 0.64
ACGTcount: A:0.19, C:0.36, G:0.29, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
CCGAGGCTCCCGCATATCCGAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGC
Found at i:19470 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19423--20196 Score: 748
Period size: 43 Copynumber: 18.2 Consensus size: 43
19413 AGCAAGGTGT
* * *
19423 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGCTAC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
19466 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTAC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * * ** **
19509 CGATTGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
* * ** * *
19551 CGGTGGTGCCGGAGGCTCCCATACGACCAGGGGCCTAGGTTGT
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * * * *
19594 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGAACGACCAGGGGCCCAGG-TGT
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* *
19636 CGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * **
19679 CGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTCAC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * *
19722 CGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTATGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * *
19765 CGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGT
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * * *
19807 CGATGGTGTCTGAGGCTTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTACGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
* * * * *
19850 CGATGGTGTCTGAGGCTCCCGTAC-ACCCAAGCGCCAAGG-TGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
* *
19892 CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * *
19935 CGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAAGGCCTGGGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * ** *
19977 CAATGGTGCCCGAGGATCCCGTGCGACCAAGGGCCTAGGTTAC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* *
20020 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGTCCTAGGTTGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
* * ** ** *
20063 CAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC-ATCCTTGCACCAAGG-TGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
* * ** *
20104 CGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCACCAAGG-TGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
* * * * *
20146 TGATGGT-CACCGAGGCTCCTGCACAACCAAGAGCCTAGTTTGC
1 CGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
20189 CGATGGTG
1 CGATGGTG
20197 TTTGAGGTGT
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 99, Indels: 29
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.02
42 258 0.42
43 347 0.56
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (43 bp):
CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
Found at i:19548 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 19423--20196 Score: 714
Period size: 128 Copynumber: 6.1 Consensus size: 129
19413 AGCAAGGTGT
* * *
19423 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGCTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * * * ** **
19488 ACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATTGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TGC
66 ACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAGGGGCCTAGGTTGC
* * ** * * * *
19551 CGGTGGTGCCGGAGGCTCCCATACGACCAGGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGA
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * *
19616 ACGACCAGGGGCCCAGGTGT--CGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
66 ACGACCAAGGGCCTAGGT-TACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
* * ** *
19679 CGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTCACCGATGGTGCCCGACGCTCCCGC
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * * * *
19744 ACGACCAGGGGCCTATGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGT
66 ACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
* * * * * *
19807 CGATGGTGTCTGAGGCTTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTACGTTGCCGATGGTGTCTGAGGCTCCCG
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * * * * * *
19871 TAC-ACCCAAGCGCCAAGG-TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTG
19934 C
129 C
* * * * * *
19935 CGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAAGGCCTGGGTTGCCAATGGTGCCCGAGGATCCCGT
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * * *
19999 GCGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGTCCTAGGTTGC
66 ACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
* * ** ** * *
20063 CAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC-ATCCTTGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCG
1 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* ** * * * * * * * *
20125 CAC-ATCCGAGCACCAAGG-TGCTGATGGT-CACCGAGGCTCCTGCACAACCAAGAGCCTAGTTT
65 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTT
20187 GC
128 GC
20189 CGATGGTG
1 CGATGGTG
20197 TTTGAGGTGT
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 98, Indels: 30
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
125 1 0.00
126 44 0.08
127 130 0.24
128 350 0.66
129 9 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (129 bp):
CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGC
Found at i:19577 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 19328--20196 Score: 704
Period size: 85 Copynumber: 10.2 Consensus size: 84
19318 CATCCAACGT
* * * * * * * *
19328 CCTAGGTTGCCTATGGTATCCGAGGCTCCCGCA-TATCCAAGCACCATGGTGCCAATGCTGCTCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
*
19392 AGGCTCCCGCAC-ATCCGA-GG
64 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * *
19412 CAGCAAGG-TGTCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGCTACCGATGGTGCC
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
19476 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
62 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * * *
19499 CCTAGGTTACCGATTGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCACGAAGGTGCCGGTGGTGCCGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
** *
19563 AGGCTCCCATACGACCAGGGG
64 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * *
19584 CCTAGGTTGTCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGAACGACCAGGGGCCCAGGTGTCGATGGTGCCCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCGA
* *
19649 GGCTCTCGCACGACCAGGGG
65 GGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * *
19669 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTCACCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCAAGGT-GCCGATGGTGCCCG
* *
19734 ACGCTCCCGCACGACCAGGGG
64 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * * * *
19755 CCTATGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGTCTGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGA
*
19820 GGCTTCCGCAC-ATCCAAGGG
65 GGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * *
19840 CCTACGTTGCCGATGGTGTCTGAGGCTCCCGTAC-ACCCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
*
19904 AGGCTCCCGTACGACCAAGGG
64 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* ** *
19925 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACGACCAAAG-GCCTGGGTTGCCAATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACC-AAGCGCCAAGG-TGCCGATGGTGCCCG
* **
19989 AGGATCCCGTGCGACCAAGGG
64 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
20010 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAG-GTCCTAGGTTGCCAATGGTG-CC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCG-CCAAGG-TGCCGATGGTGCCC
* ** **
20073 GAGGCTCTCGCAC-ATCCTTGCA
63 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * *
20095 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCACCAAGGTGCTGATGGT-CACC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGC-CC
* * *
20157 GAGGCTCCTGCACAACCAAGAG
63 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
20179 CCTAGTTTGCCGATGGTG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG
20197 TTTGAGGTGT
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 114, Indels: 59
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
83 9 0.01
84 76 0.12
85 383 0.60
86 169 0.26
87 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAG
GCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:20120 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 20060--20170 Score: 123
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
20050 GGTCCTAGGT
* * * **
20060 TGCCAATGGTGCCGAGGCTCTCGCACATCCTTGCACCAAGG
1 TGCCGATGGTGCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGG
20101 TGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGG
1 TGCCGATGGTG-CCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGG
* * * *
20143 TGCTGATGGTCACCGAGGCTCCTGCACA
1 TGCCGATGGT-GCCAAGGCTCCCGCACA
20171 ACCAAGAGCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 9, Indels: 3
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.17
42 49 0.83
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (41 bp):
TGCCGATGGTGCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGG
Found at i:21477 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21166--21518 Score: 501
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
21156 TTTTAATTGA
** * * * *
21166 AAATTTTTCCTGTTGGCCCAAAAGAAATACAAGAAGCCGAATGAAATATGGCATGATGGCATGGT
1 AAATTTTTCCTGTTCACCCAAAACAAATACAAGAAGCCGAATGAAATATGGCACGACGGCATGGC
* * **
21231 AGAAAGTTGAACAAGTGCCCGGACCACCAATAGTTGGGAGCTCGCACCCGCACCACTGCGGCCCC
66 AGAAAATTGAACAAGTGCCCGGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACCCGCACCACCACGGCCCC
* * * *
21296 CGTTGTGCCATGTTTCCC-GAGGGGGCGGCACGGTCAAGTGTCTAATTTAG
131 CGTTGTGCCAT-ATTCCCTGAGGGGACGGCAAGGCCAAGTGTCTAATTTAG
* * *
21346 AAATTTTTTCTGTTCACCCAAAACAAATACAAGAGGCCGAATGAAGTATGGCACGACACGGCATG
1 AAATTTTTCCTGTTCACCCAAAACAAATACAAGAAGCCGAATGAAATATGGCACG--ACGGCATG
* *
21411 GCAGAAAATTGAACAAGTGCCCGGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACTCGCATCACCACGGCC
64 GCAGAAAATTGAACAAGTGCCCGGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACCCGCACCACCACGGCC
21476 CCCGTTGTGCCATATTCCCTGAGGGGACGGCAAGGCCAAGTGT
129 CCCGTTGTGCCATATTCCCTGAGGGGACGGCAAGGCCAAGTGT
21519 TTAACTAACT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 19, Indels: 4
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 48 0.32
181 5 0.03
182 98 0.65
ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (180 bp):
AAATTTTTCCTGTTCACCCAAAACAAATACAAGAAGCCGAATGAAATATGGCACGACGGCATGGC
AGAAAATTGAACAAGTGCCCGGACCACCAACAGTTGGGAGCTCGCACCCGCACCACCACGGCCCC
CGTTGTGCCATATTCCCTGAGGGGACGGCAAGGCCAAGTGTCTAATTTAG
Found at i:28850 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 28630--29472 Score: 814
Period size: 128 Copynumber: 6.6 Consensus size: 127
28620 CATCCAACGT
* * ** * * *
28630 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-C
* * * ** *
28693 GAGGCTCTCGTAC-ATCCGA-GGCAGCAAGG-TGCCGATGGTATCCGAGGCTCCCGCATGACCAA
64 GAGGCTC-CGCACGA-CCAAGGGC--CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
28755 GGG
125 GGG
* *
28758 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCG
* ** ** * *
28823 AGGCTCCAGTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
65 AGGCTCC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
28886 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTTCCGTACGACCAGGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCG
* * * * *
28950 AGGCTGTCGCACGACCAGGGGCCTAGGCTACCGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACC-AGGAG
65 AGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-G
* * * * *
29014 CTTAGGTTGCCGACGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-GCCG
* * * * * *
29079 AGGCTCCCGTACGACCAGGGGCCTTGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCACACGACCAAGCG
65 AGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * * *
29142 CCTAAGTTACCGATGGTG-CCGAGACTCCCGCACGTCCAAGTGTCTAGGTTGCCAATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCG
* * * * *
29206 AGGCTTCTGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGT
65 AGGC-TCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG
29269 G
127 G
* * * *
29270 CCAAGG-TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTGCCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGA
* * * *
29334 GGCTCTCGCACGACGAAGGGTCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
66 GGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* ** *
29397 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGATCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGA
29462 GGCTCTCGCAC
66 GGCTC-CGCAC
29473 ATCCTTGTAC
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 93, Indels: 44
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
126 3 0.00
127 168 0.28
128 352 0.59
129 75 0.12
130 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (127 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGA
GGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:28881 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 28630--29472 Score: 781
Period size: 85 Copynumber: 9.9 Consensus size: 86
28620 CATCCAACGT
* * * ** * * * *
28630 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
* * *
28694 AGGCTCTCGTAC-ATCCGA-GG
66 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* ** *
28714 CAGCAAGG-TGCCGATGGTATCCGAGGCTCCCG--CATGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTG
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACAT--CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
*
28776 CCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGG
62 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * ** ** *
28801 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCAGTACATCCAAGCACGAAGG-TGCCGATGGTACCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
*
28865 AGGCTCCCGCACGACCAGGGG
66 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
28886 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTTCCGTACGA-CCAGGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
** *
28949 GAGGCTGTCGCACGACCAGGGG
65 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * *
28971 CCTAGGCTACCGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGA-CC-AGGAGCTTAGGTTGCCGACGGTGCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
29034 CGACGCTCCCGCACGACCAGGGG
64 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
29057 CCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAGGGGCCTTGGTTGCCGATGGTG-CC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
* * *
29120 GAGGCTCTCACACGACCAAGCG
65 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * * * * *
29142 CCTAAGTTACCGATGGTG-CCGAGACTCCCGCACGTCCAAGTGTCTAGGTTGCCAATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
* *
29206 AGGCTTCTGCAC-ATCCAAGGG
66 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * *
29227 CCTAGGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGTGCCAAGG-TGCCGATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
*
29291 AGGCTCCCGTACGACCAAGGG
66 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * * *
29312 CCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGA-CGAAGGGTCTAGGTTACCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
29375 GAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
65 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
** *
29397 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGATCCTAGGTTGCCAATGGTG-CC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
29460 GAGGCTCTCGCAC
65 GAGGCTCCCGCAC
29473 ATCCTTGTAC
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 110, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.00
84 59 0.09
85 356 0.57
86 200 0.32
87 6 0.01
88 3 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (86 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:28908 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 28630--29472 Score: 827
Period size: 43 Copynumber: 19.8 Consensus size: 43
28620 CATCCAACGT
* * **
28630 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * * *
28673 CCAAGG-TGCCAATGCTGCTCGAGGCTCTCGTAC-ATCCGA-GG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* ** *
28714 CAGCAAGG-TGCCGATGGTATCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGG
1 C--CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
28758 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * **
28801 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCAGTAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
** * *
28844 CGAAGG-TGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
28886 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTTCCGTACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
** *
28929 CCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTGTCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
28971 CCTAGGCTACCGATGGTGCCCGAGGATCCCGCACGACC-AGGAG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-G
* * * *
29014 CTTAGGTTGCCGACGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
29057 CCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGTACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
29100 CCTTGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCACACGACCAAGCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * *
29142 CCTAAGTTACCGATGGTG-CCGAGACTCCCGCACGTCCAAGTG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * *
29184 TCTAGGTTGCCAATGGTGTCCGAGGCTTCTGCAC-ATCCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * *
29227 CCTAGGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGTG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * *
29270 CCAAGG-TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
29312 CCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACGAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
29354 TCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* **
29397 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGAT
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
29440 CCTAGGTTGCCAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
29473 ATCCTTGTAC
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 118, Indels: 33
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.00
42 255 0.38
43 404 0.61
44 6 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:36222 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 36204--36243 Score: 62
Period size: 13 Copynumber: 3.1 Consensus size: 13
36194 ACGCTACGCT
*
36204 CGCTACCAAGCGA
1 CGCTACCAGGCGA
*
36217 CGCTACTAGGCGA
1 CGCTACCAGGCGA
36230 CGCTACCAGGCGA
1 CGCTACCAGGCGA
36243 C
1 C
36244 ATTCTTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 24 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.38, G:0.28, T:0.10
Consensus pattern (13 bp):
CGCTACCAGGCGA
Found at i:44649 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 44524--44992 Score: 609
Period size: 42 Copynumber: 11.5 Consensus size: 41
44514 GCCACCAAGG
44524 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC--GG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
44564 TACCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGCCTA--T
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
44603 TACCGATGGTGCCCGAGGCTCCG-AC-ATCCAA-GGCACAAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCGCACGA-CCAAGGGC-CTAGGT
44643 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
44686 TGCCGATGGTGCCGAGGCT-CGCACGACC-AGAGGCCTA-G-
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGCACGACCAAG-GGCCTAGGT
*
44724 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGCGAC-ACCAGGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGC-ACGACCAAGGGCCTAGGT
44765 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
44807 TGCCGATGGTGCCGA-GCTCCGCA-GACCAAGGGCCTAGGTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
44847 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
44889 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGG-
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
44929 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
44971 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
44993 CGCA
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 6, Indels: 58
0.86 0.01 0.13
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.00
38 32 0.08
39 67 0.17
40 100 0.25
41 49 0.12
42 114 0.29
43 30 0.08
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.35, T:0.15
Consensus pattern (41 bp):
TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:44876 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 44524--44992 Score: 616
Period size: 82 Copynumber: 5.8 Consensus size: 82
44514 GCCACCAAGG
*
44524 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC--GGTACCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCT-CCG
44587 CACGA-CAAGGGCCTA--T
64 CACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
44603 TACCGATGGTGCCCGAGGCTCCG-AC-ATCCAA-GGCACAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGA-CCAAGGGC-CTAGGTGCCGATGGTG-CCGAGGCT-C
44665 CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
62 CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
44686 TGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CGCACGACC-AGAGGCCTA-GTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAG-GGCCTAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGC
*
44747 GAC-ACCAGGGGCCTAGGT
65 -ACGACCAAGGGCCTAGGT
44765 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGA-GCTCCGC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGC
44829 A-GACCAAGGGCCTAGGTT
65 ACGACCAAGGGCCTAGG-T
44847 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCGAGGCTC-C
44911 GCACGACCAA-GGCCTAGG-
63 GCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
44929 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
44993 CGCA
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 6, Indels: 51
0.86 0.01 0.12
Matches are distributed among these distances:
76 4 0.01
77 7 0.02
78 3 0.01
79 60 0.17
80 35 0.10
81 64 0.18
82 114 0.32
83 52 0.15
84 12 0.03
85 6 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.35, T:0.15
Consensus pattern (82 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCGCA
CGACCAAGGGCCTAGGT
Done.