Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1222
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11265
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.23, T:0.31
Found at i:2384 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2332--2677 Score: 500
Period size: 47 Copynumber: 7.3 Consensus size: 47
2322 TGTACAAGTA
* * *
2332 TATATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTA
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG
2379 TATATATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATAT--GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
2428 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
2475 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
2522 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
2569 CATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG
* *
2616 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAA-GTG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGT-GAACATG
*
2663 TATAAATGTGATAAG
1 TATATATGTGATAAG
2678 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 14, Indels: 10
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 235 0.84
48 3 0.01
49 40 0.14
50 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
Found at i:2555 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2528--2649 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 5.3 Consensus size: 22
2518 CATGTGTATG
2528 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * *
2550 TGTGATGAATG-TGAACAT-GCATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-A-ATGGC-CA-A
*
2575 TGAGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * ***
2597 TGTGATGAATG-TGAAAGTGTATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-AA-TGGCCA-A
2622 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
2644 TGTGAT
1 TGTGAT
2650 GGATGTGGAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 18, Indels: 24
0.62 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.30
23 17 0.24
24 17 0.24
25 15 0.21
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Found at i:5170 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 5106--5180 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
5096 AATCCGAGTT
*
5106 TAAAGACCCGCTGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
* *
5144 TAAAGACCCGATGGCTATGT-ACAGAGATTATGTCCGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGA-AGAGATTATGTCCGG
5181 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
Found at i:5293 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5234--5592 Score: 544
Period size: 40 Copynumber: 9.1 Consensus size: 40
5224 AGGTCTCGAC
5234 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
5273 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
5313 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* *
5352 GATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
5392 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
5431 GATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* *
5471 GATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * ** *
5511 GATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* * * * *
5551 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
5591 GA
1 GA
5593 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 24, Indels: 5
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 80 0.27
40 213 0.73
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
Found at i:5370 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 5234--5592 Score: 540
Period size: 79 Copynumber: 4.5 Consensus size: 79
5224 AGGTCTCGAC
5234 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
5298 AGCATTCATGCTAGT
65 AGCATTCATGCTAGT
* *
5313 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
5378 GCATTCATGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
*
5392 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
*
5457 GCATTCGTGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
* * * **
5471 GATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
* *
5536 AGCATTCGTGCTGGT
65 AGCATTCATGCTAGT
* * * * *
5551 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA
5593 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 19, Indels: 5
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
79 155 0.60
80 103 0.40
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
GCATTCATGCTAGT
Found at i:5455 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 5240--5592 Score: 535
Period size: 119 Copynumber: 3.0 Consensus size: 118
5230 CGACGATGAT
5240 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTC
*
5305 ATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAC
65 GTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAC
*
5359 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCG
* *
5424 TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT
66 TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTC-CGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAC
* * * * **
5478 CCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTC
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCT-AAGTCCGAAGAGCATTC
* * * * *
5543 GTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTAGTGA
65 GTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
5593 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 17, Indels: 5
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
118 39 0.18
119 117 0.55
120 57 0.27
121 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (118 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCG
TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTAC
Found at i:8981 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 8929--9327 Score: 579
Period size: 47 Copynumber: 8.4 Consensus size: 47
8919 TGTACAAGTA
* * *
8929 TATATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTA
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG
8976 TATATATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATAT--GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
9025 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
9072 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
9119 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
9166 TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
* *
9213 CATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG
* *
9260 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAA-GTG
1 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGT-GAACATG
* *
9307 TATAAATGTGATAAGTCCGAA
1 TATATATGTGATAAGGCCGAA
9328 GGGCAATTGT
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 15, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 287 0.86
48 3 0.01
49 40 0.12
50 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG
Found at i:9199 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9172--9293 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 5.3 Consensus size: 22
9162 CATGTGTATG
9172 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * *
9194 TGTGATGAATG-TGAACAT-GCATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-A-ATGGC-CA-A
*
9219 TGAGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * ***
9241 TGTGATGAATG-TGAAAGTGTATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-AA-TGGCCA-A
9266 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
9288 TGTGAT
1 TGTGAT
9294 GGATGTGGAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 18, Indels: 24
0.62 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.30
23 17 0.24
24 17 0.24
25 15 0.21
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Done.