Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 102106374
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 3186644 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 203 of 311
Found at i:69950461 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 69950431--69950463 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
69950421 TGGGTCCTAA
69950431 AAATGCTTCATCTCCTC
1 AAATGCTTCATCTCCTC
69950448 AAAT-CTTCAGTCTCCT
1 AAATGCTTCA-TCTCCT
69950464 ATGTGGCTTG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.24, C:0.33, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATGCTTCATCTCCTC
Found at i:69950766 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 69950746--69950780 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
69950736 TCTAAAAGTG
69950746 CTTTTGGAGCCA-AAGCA
1 CTTTTGGAGCCATAAGCA
*
69950763 CTTTTGGCGCCATAAGCA
1 CTTTTGGAGCCATAAGCA
69950781 ATAAAGAACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.69
18 5 0.31
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTGGAGCCATAAGCA
Found at i:69953072 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 69952807--69953132 Score: 573
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
69952797 TTGATGATTC
* *
69952807 ACCTGATGATTTCAAACATGAAGCATTAATAACATTGAAAGTCAAAGAACCAACGGTAGCCTGAT
1 ACCTGATGATTTCAAACATGAAGCATCAATAACATTGAAAGTCAAAGAACCAACAGTAGCCTGAT
*
69952872 CTACAAAGGTAACATTATTTGTATGTTTATCTTTCCAGGGAAAACCACCATTCTTACTACTATCG
66 CTACAAAGGTAACATTATTTGGATGTTTATCTTTCCAGGGAAAACCACCATTCTTACTACTATCG
69952937 CTGCAGTTTGAGGATT-GTCTTTAATGGCAAT
131 CTGCAGTTTGAGGATTCGTCTTTAATGGCAAT
69952968 ACCTGATGATTTCAAACATGAAGCATCAATAACATTGAAAGTCAAAGAACCAACAGTAGCCTGAT
1 ACCTGATGATTTCAAACATGAAGCATCAATAACATTGAAAGTCAAAGAACCAACAGTAGCCTGAT
* ** *
69953033 CTACAAATGTGGCATTATTTGGATGTTTATCTTTCCAGGGAAAACCACCATTCTTGCTACTATCG
66 CTACAAAGGTAACATTATTTGGATGTTTATCTTTCCAGGGAAAACCACCATTCTTACTACTATCG
*
69953098 CTGCAGTTTGAGGTTTCGTCTTTAATGGCAAT
131 CTGCAGTTTGAGGATTCGTCTTTAATGGCAAT
69953130 ACC
1 ACC
69953133 ACCAATATCA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 8, Indels: 1
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
161 138 0.88
162 18 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (162 bp):
ACCTGATGATTTCAAACATGAAGCATCAATAACATTGAAAGTCAAAGAACCAACAGTAGCCTGAT
CTACAAAGGTAACATTATTTGGATGTTTATCTTTCCAGGGAAAACCACCATTCTTACTACTATCG
CTGCAGTTTGAGGATTCGTCTTTAATGGCAAT
Found at i:69954653 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 69954597--69954653 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
69954587 ACACATAGGT
69954597 TTAAATCATTTT--AAACCATA
1 TTAAAT-ATTTTCCAAACCATA
*
69954617 -TAAATATTTACACAAA-CATA
1 TTAAATATTTTC-CAAACCATA
69954637 TTAAATAATTTTCCAAA
1 TTAAAT-ATTTTCCAAA
69954654 AAATTATATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 9
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.13
19 5 0.17
20 4 0.13
21 12 0.40
22 5 0.17
ACGTcount: A:0.49, C:0.14, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
TTAAATATTTTCCAAACCATA
Found at i:69956939 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 69956920--69956950 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
69956910 ACTATCTTTA
69956920 CATTGAGAGTCCGC
1 CATTGAGAGTCCGC
*
69956934 CATTGATAGTCCGC
1 CATTGAGAGTCCGC
69956948 CAT
1 CAT
69956951 GACTATTCGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (14 bp):
CATTGAGAGTCCGC
Found at i:69958697 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 69958630--69958724 Score: 109
Period size: 35 Copynumber: 2.7 Consensus size: 35
69958620 ATATTTTGAT
* * ** *
69958630 TATGATTCACATGTTAAGTATGCTATTGTTCTGCC
1 TATGATTCACATGTTAAGCATGCCATAATTCTGAC
*
69958665 TATGATTCACATGTTAAGCATGCCATAATTCTGAT
1 TATGATTCACATGTTAAGCATGCCATAATTCTGAC
* * *
69958700 TCTGATTCGCATGTTAAACATGCCA
1 TATGATTCACATGTTAAGCATGCCA
69958725 CTGTGTTAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 51 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
TATGATTCACATGTTAAGCATGCCATAATTCTGAC
Found at i:69967308 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 69967277--69967327 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
69967267 GGTCAAAATG
*
69967277 CCCATGTGGAGGAAGGCACACA
1 CCCATGTGGAAG-AGGCACACA
* *
69967299 CCCATTTGGAAGAGGTACACA
1 CCCATGTGGAAGAGGCACACA
*
69967320 CCCGTGTG
1 CCCATGTG
69967328 AAACAAGGAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 1
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.58
22 10 0.42
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.29, T:0.16
Consensus pattern (21 bp):
CCCATGTGGAAGAGGCACACA
Found at i:69977232 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 69977084--69977299 Score: 235
Period size: 46 Copynumber: 4.7 Consensus size: 46
69977074 TTTGTATGCT
* * *
69977084 AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCCAC-ATTATGAGAGCC
1 AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCAGCCTCGA-GATGAGAGCC
* * * *
69977130 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGGATCAGCATTGAGATGAGAGCT
1 AGTGTAAGA-CATGTCTGGGACAT-GCATCAGCCTCGAGATGAGAGCC
*
69977178 AGTATAAGACATGTCTGGGACATGCATCAGCCTCGAGATGTA-AGCC
1 AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCAGCCTCGAGATG-AGAGCC
* *
69977224 AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCAG-CTACGAGAT--GTGTC
1 AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCAGCCT-CGAGATGAGAGCC
*
69977268 AGTGTAAGACCATGTTTGGGACATGGCATCAG
1 AGTGTAAGA-CATGTCTGGGACAT-GCATCAG
69977300 ATGTGTTAAT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 16, Indels: 16
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 11 0.08
45 15 0.10
46 68 0.47
47 29 0.20
48 22 0.15
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (46 bp):
AGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCAGCCTCGAGATGAGAGCC
Found at i:69979023 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 69979004--69979035 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
69978994 TGACAGAGTA
69979004 TGAGCGTGAGTTTG
1 TGAGCGTGAGTTTG
69979018 TGAGCGTGAGTTTG
1 TGAGCGTGAGTTTG
69979032 TGAG
1 TGAG
69979036 ACTCAGCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.06, G:0.44, T:0.34
Consensus pattern (14 bp):
TGAGCGTGAGTTTG
Found at i:69986017 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 69985999--69986024 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
69985989 TAAGAAATCG
69985999 CACACGGGCGTGT
1 CACACGGGCGTGT
69986012 CACACGGGCGTGT
1 CACACGGGCGTGT
69986025 TCCTGCCGAG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.38, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
CACACGGGCGTGT
Found at i:69992265 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 69992155--69992286 Score: 126
Period size: 47 Copynumber: 2.8 Consensus size: 47
69992145 TTATTTGTGT
* * * *
69992155 GCTAGTGTAAGACATGTCTAGGACAT-GCATCAGCA-ACATTATGAGA
1 GCTAGTGTAAGACATGTCT-GGACATGGCATCGGCATTCATGACGAGA
* * *
69992201 GCCAGTGTTAGACCATGTCTGGCACATGGCATCGGCATTGA-GACGAGA
1 GCTAGTGTAAGA-CATGTCTGG-ACATGGCATCGGCATTCATGACGAGA
* *
69992249 GCTAGTGTAAGACATGTTTGGGACATGGCATTGGCATT
1 GCTAGTGTAAGACATGTCT-GGACATGGCATCGGCATT
69992287 ATACCCTATG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 11, Indels: 9
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
46 12 0.17
47 32 0.46
48 25 0.36
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (47 bp):
GCTAGTGTAAGACATGTCTGGACATGGCATCGGCATTCATGACGAGA
Found at i:69994189 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 69994150--69994253 Score: 124
Period size: 27 Copynumber: 3.9 Consensus size: 27
69994140 GGAAGCGTCT
*
69994150 TGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATC
1 TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTGATC
69994177 TGGTGGCTCTGCCACATATT-TCT-ATTC
1 TGGTGGCTCTGCCACA-ATTATCTGA-TC
*
69994204 TGGTGGCTCTGCCACGATTATCTGTATC
1 TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTG-ATC
* *
69994232 TGGTGACTCTGTCAC-ATTATCT
1 TGGTGGCTCTGCCACAATTATCT
69994254 ATTCTGGCAG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 10
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.06
27 45 0.66
28 18 0.26
29 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.24, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
TGGTGGCTCTGCCACAATTATCTGATC
Found at i:69994255 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 69994150--69994260 Score: 161
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
69994140 GGAAGCGTCT
* *
69994150 TGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATCTGGTGGCTCTGCCACATATTTCTATTC
1 TGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATCTGGTGACTCTGCCACATATATCTATTC
* * *
69994204 TGGTGGCTCTGCCACGATTATCTGTATCTGGTGACTCTGTCACAT-TATCTATTC
1 TGGTGGCTATGCCACAATTATCTG-ATCTGGTGACTCTGCCACATATATCTATTC
69994258 TGG
1 TGG
69994261 CAGCCATGCT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
54 33 0.65
55 18 0.35
ACGTcount: A:0.17, C:0.23, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (54 bp):
TGGTGGCTATGCCACAATTATCTGATCTGGTGACTCTGCCACATATATCTATTC
Found at i:70000643 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 70000566--70000739 Score: 194
Period size: 46 Copynumber: 3.7 Consensus size: 47
70000556 CATTAGGTGG
* * *
70000566 TATGTGAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATTGGCCA-CGT
1 TATGAGAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCCATCGA
* * *
70000612 TATGAGAGCCAGTGTAAGACATGTCTAGGACATGCATCAG-CATTGA
1 TATGAGAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCCATCGA
* *
70000658 TACGAGAGCTAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCC-TCAGAA
1 TATGAGAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCCATC-G-A
* * *
70000706 TAT-ACAAGCTAGTGTAAGACCTGTCTGGGACATG
1 TATGA-GAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATG
70000740 GCGTCAGCTT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
45 2 0.02
46 74 0.68
47 3 0.03
48 30 0.28
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (47 bp):
TATGAGAGCCAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGCATCGGCCATCGA
Found at i:70002188 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 70002169--70002207 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
70002159 AAATCATAAG
70002169 ATAAATAA-AAATAAAA-
1 ATAAATAATAAATAAAAT
*
70002185 ATAAATAATATATAAAAT
1 ATAAATAATAAATAAAAT
70002203 ATAAA
1 ATAAA
70002208 GTTCAACGTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 7 0.35
18 5 0.25
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
ATAAATAATAAATAAAAT
Found at i:70008102 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 70008092--70008116 Score: 50
Period size: 5 Copynumber: 5.0 Consensus size: 5
70008082 TATCTCCTGA
70008092 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT
1 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT
70008117 TATAAAAACC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 20 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (5 bp):
ATTTT
Found at i:70009107 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70009082--70009122 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
70009072 ATTACCTAAT
70009082 ACTCATTACAAACCTAGCCA
1 ACTCATTACAAACCTAGCCA
*
70009102 ACTCATTACAAACCTGGCCA
1 ACTCATTACAAACCTAGCCA
70009122 A
1 A
70009123 GATATATATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.34, G:0.07, T:0.20
Consensus pattern (20 bp):
ACTCATTACAAACCTAGCCA
Found at i:70010222 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 70010147--70010248 Score: 186
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
70010137 ACTTAGTAAG
*
70010147 TTCGTATTAACTTAAACATAAACTTACCCTTATTAAACTCAATTTATAAA
1 TTCGTATTAACTCAAACATAAACTTACCCTTATTAAACTCAATTTATAAA
*
70010197 TTCGTATTAACTCAAACATAAACTTACCCTTCTTAAACTCAATTTATAAA
1 TTCGTATTAACTCAAACATAAACTTACCCTTATTAAACTCAATTTATAAA
70010247 TT
1 TT
70010249 ATGCATAACA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 50 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (50 bp):
TTCGTATTAACTCAAACATAAACTTACCCTTATTAAACTCAATTTATAAA
Found at i:70010235 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 70010151--70010238 Score: 80
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
70010141 AGTAAGTTCG
*
70010151 TATT-AACTTAAACATAAACTTACCCT
1 TATTAAACTCAAACATAAACTTACCCT
** *
70010177 TATTAAACTCAATTTATAAA-TT---CG
1 TATTAAACTCAA-ACATAAACTTACCCT
70010201 TATT-AACTCAAACATAAACTTACCCT
1 TATTAAACTCAAACATAAACTTACCCT
*
70010227 TCTTAAACTCAA
1 TATTAAACTCAA
70010239 TTTATAAATT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 13
0.69 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.11
23 9 0.19
24 5 0.11
26 8 0.17
27 15 0.32
28 5 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.22, G:0.01, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
TATTAAACTCAAACATAAACTTACCCT
Found at i:70012861 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 70012820--70012965 Score: 206
Period size: 37 Copynumber: 4.0 Consensus size: 37
70012810 GGCGAATGTA
*
70012820 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCGTGTTTACGGTTGGAT
1 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCATGTTTACGGTTGGAT
* *
70012857 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCGTGTTTATGGTTGGAT
1 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCATGTTTACGGTTGGAT
* * *
70012894 TAGATCTTATGAGCATTTGGCACG-TTATTGGTTGGAT
1 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCATGTTTA-CGGTTGGAT
*
70012931 TAGCTCTTATGAGCGTTTGGCATGTTT-CGGTTGGA
1 TAGCTCTTATGAGCATTTGGCATGTTTACGGTTGGA
70012966 CTATTTGTGT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 8, Indels: 5
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 10 0.10
37 87 0.88
38 2 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.12, G:0.29, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
TAGCTCTTATGAGCATTTGGCATGTTTACGGTTGGAT
Found at i:70016517 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 70016493--70016529 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
70016483 CAGTATACCT
*
70016493 TAGACTTTGAAAACTA
1 TAGATTTTGAAAACTA
*
70016509 TAGATTTTGAAAATTA
1 TAGATTTTGAAAACTA
70016525 TAGAT
1 TAGAT
70016530 ACTGTTACTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
TAGATTTTGAAAACTA
Found at i:70021247 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 70021180--70021441 Score: 382
Period size: 39 Copynumber: 6.7 Consensus size: 39
70021170 ACAAAGCATG
* * *
70021180 CGGGACTTTAAGCCCGGATATAATACCAGCAC-AAAGCCTG
1 CGGGAC-TT-AGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
*
70021220 CGGGAGTTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGA-CTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* *
70021260 CGGGGCTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAAAGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
*
70021299 CGGGACTTAGCCCAGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* *
70021338 CGGGACTTAGCCCGGGTATAACACCAGCATGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
* * *
70021377 CAGGACTTAGCCTGGATATAACACCAACACGAATGCCTT
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
70021416 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCA
1 CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCA
70021442 TTATAAAGTC
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 20, Indels: 5
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 183 0.92
40 17 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.29, G:0.23, T:0.18
Consensus pattern (39 bp):
CGGGACTTAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCCTT
Found at i:70021547 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 70021514--70021586 Score: 110
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
70021504 ATTTAATCAT
*
70021514 TCAATATTTTGCACACTAAGTGTCATTC
1 TCAATATTTCGCACACTAAGTGTCATTC
* *
70021542 TCAATATCTCGCACATTAAGTGTCATTC
1 TCAATATTTCGCACACTAAGTGTCATTC
*
70021570 TCAATATTTCGTACACT
1 TCAATATTTCGCACACT
70021587 GAGTACCATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 39 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (28 bp):
TCAATATTTCGCACACTAAGTGTCATTC
Found at i:70026936 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 70026870--70026999 Score: 154
Period size: 55 Copynumber: 2.4 Consensus size: 55
70026860 TCTGTGTTAA
* *
70026870 TTTAACAGGTTCGACCACGGGTGTTCCATACGGGCGTGTC-AAACGCCCGTGCTGT
1 TTTAACAGGTTCGACCACGGGTCTTCCACACGGGCGTGTCGAAA-GCCCGTGCTGT
* * * * *
70026925 TTTAACAGGTTCGCCCACGGTTCTTCCACACGGGTGTGTCGCAAGCCCGTGTTGT
1 TTTAACAGGTTCGACCACGGGTCTTCCACACGGGCGTGTCGAAAGCCCGTGCTGT
** *
70026980 TTTGGCAGGCTCGACCACGG
1 TTTAACAGGTTCGACCACGG
70027000 CCATATCGTA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 61 0.97
56 2 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (55 bp):
TTTAACAGGTTCGACCACGGGTCTTCCACACGGGCGTGTCGAAAGCCCGTGCTGT
Found at i:70037655 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 70037589--70037757 Score: 168
Period size: 49 Copynumber: 3.6 Consensus size: 49
70037579 CAACAAAGTC
** * * *
70037589 GATGCCATGTCAAAGACATGTCTTACACTGACTTTCATGTATCGAGGCT
1 GATGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACACTGACTCTCATCTATCGAGGCT
* * * *
70037638 GATGCCGTGTCCCAGACAGGTCTTACACTGGCTCTCATCTATCGATGTT
1 GATGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACACTGACTCTCATCTATCGAGGCT
* * * * *
70037687 GATGCCATGTCTCAGACAGGTATTACACTGA-T-ACA-C-AAC-AAGCT
1 GATGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACACTGACTCTCATCTATCGAGGCT
*
70037731 GACGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACA
1 GATGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACA
70037758 GTAGCTTGTA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 20, Indels: 5
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 27 0.27
45 2 0.02
46 1 0.01
47 2 0.02
48 1 0.01
49 67 0.67
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (49 bp):
GATGCCATGTCCCAGACAGGTCTTACACTGACTCTCATCTATCGAGGCT
Found at i:70040035 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 70040004--70040067 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
70039994 ACAAATTTTC
*
70040004 TCAAAATTTTACCGATG-GTAAAATCG
1 TCAAAATTTTACCG-GGAGTAAAATCG
* *
70040030 TTAAAATTTTATCGGGAGTAAAATCG
1 TCAAAATTTTACCGGGAGTAAAATCG
70040056 TCAAAATTTTAC
1 TCAAAATTTTAC
70040068 TAGACTAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.03
26 31 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
TCAAAATTTTACCGGGAGTAAAATCG
Found at i:70048080 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 70048043--70048109 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 25
70048033 TCATGTACAT
* *
70048043 GTATGCTCATACGAGTTGTGAATCG
1 GTATGCTCATACGAGCTGTAAATCG
*
70048068 GTATGCTCTTACGAGCTGTAAATCG
1 GTATGCTCATACGAGCTGTAAATCG
* * *
70048093 GTAAGCTTATATGAGCT
1 GTATGCTCATACGAGCT
70048110 AAGAATCAGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 35 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
GTATGCTCATACGAGCTGTAAATCG
Found at i:70053962 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 70053939--70053975 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
70053929 TTTAACTTTA
70053939 TATAATCTTTA-GATTTTT
1 TATAAT-TTTATGATTTTT
70053957 TATAATTTTATGATTTTT
1 TATAATTTTATGATTTTT
70053975 T
1 T
70053976 TAAAATATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.22
18 14 0.78
ACGTcount: A:0.27, C:0.03, G:0.05, T:0.65
Consensus pattern (18 bp):
TATAATTTTATGATTTTT
Found at i:70054007 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 70053984--70054019 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
70053974 TTTAAAATAT
*
70053984 AAATTTTATAAA-TATTTA
1 AAATTTTAAAAATTATTTA
70054002 AAATTTTAAAAATTATTT
1 AAATTTTAAAAATTATTT
70054020 TGAATTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.69
19 5 0.31
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
AAATTTTAAAAATTATTTA
Found at i:70056427 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 70056368--70056476 Score: 123
Period size: 46 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
70056358 GATGTCTTGT
* *
70056368 CCAAACATGGTCTTACACTGAC-ATCTCTCGTA-GCCGATGAATGTC
1 CCAAACAT-GTCTTACACTGACTACCTCTCG-AGGCCGAAGAATGTC
* * *
70056413 CCAGACATGTCTTACACTGGCTTACCTCTCGAGGCCGAAGCATGTC
1 CCAAACATGTCTTACACTGAC-TACCTCTCGAGGCCGAAGAATGTC
*
70056459 CCAAACAAGTCTTACACT
1 CCAAACATGTCTTACACT
70056477 AGCACTCGTC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 7, Indels: 5
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 12 0.22
45 8 0.15
46 34 0.63
ACGTcount: A:0.27, C:0.31, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (45 bp):
CCAAACATGTCTTACACTGACTACCTCTCGAGGCCGAAGAATGTC
Found at i:70056458 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 70056408--70056570 Score: 120
Period size: 46 Copynumber: 3.5 Consensus size: 46
70056398 TAGCCGATGA
70056408 ATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACCTCTCGAGGCCGAAGC
1 ATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACCTCTCGAGGCCGAAGC
* * * * * *
70056454 ATGTCCCAAACAAGTCTTACACTAGC--ACTCGTCCCAATGCC-AATGC
1 ATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTAC-C-TCTCGAGGCCGAA-GC
* * * * * *
70056500 TATATCCCAGACATGGTCTTACACTGGCTCT-CATAAT-GTGGTCGATGC
1 -ATGTCCCAGACAT-GTCTTACACTGGCT-TACCT-CTCGAGGCCGAAGC
70056548 ATGTCCCAGACATGTCTTACACT
1 ATGTCCCAGACATGTCTTACACT
70056571 AGCTCAAACA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 19, Indels: 20
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.02
45 3 0.03
46 42 0.48
47 22 0.25
48 17 0.19
49 1 0.01
50 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (46 bp):
ATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACCTCTCGAGGCCGAAGC
Found at i:70062961 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 70062943--70062967 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
70062933 GCACACGTCC
70062943 GTGTGCCTGGCCA
1 GTGTGCCTGGCCA
70062956 GTGTGCCTGGCC
1 GTGTGCCTGGCC
70062968 CATGTCCTTC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.32, G:0.40, T:0.24
Consensus pattern (13 bp):
GTGTGCCTGGCCA
Found at i:70065466 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 70065405--70065582 Score: 207
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 39
70065395 CAGATGATAA
*
70065405 CCGGGCTAAGTCCTGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCC-CAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
70065445 CCGGGCTAAGTCCCAAGGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCAA-GGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
** * *
70065485 TTGGGCTAAGTTCCGAAGGCATTTGTGCCAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAG-TCCCAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* * *
70065525 CCGGGCTAAGTCCCGAAAGCATTTGAGTGAG-TAGCTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCC-AAGGCATTTGTGCGAGTTA-CTATAT
*
70065565 CC-GGCTAAATCCCGAAGG
1 CCGGGCTAAGTCCC-AAGG
70065583 TACTTGGGTT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 14, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 21 0.17
40 94 0.78
41 5 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
CCGGGCTAAGTCCCAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
Found at i:70065563 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 70065407--70065564 Score: 232
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
70065397 GATGATAACC
* * *
70065407 GGGCTAAGTCCTGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCCCAAGGGCATTTGTG
1 GGGCTAAGTCCTGAAGGCATTTGTGCCAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCCCAAGAGCATTTGAG
70065472 CGAGTTACTATATTT
66 CGAGTTACTATATTT
70065487 GGGCTAAGTTCC-GAAGGCATTTGTGCCAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCCCGAA-AGCATTTG
1 GGGCTAAG-TCCTGAAGGCATTTGTGCCAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCCC-AAGAGCATTTG
*
70065550 AGTGAG-TAGCTATAT
64 AGCGAGTTA-CTATAT
70065565 CCGGCTAAAT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 4, Indels: 6
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
79 2 0.03
80 64 0.90
81 5 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (80 bp):
GGGCTAAGTCCTGAAGGCATTTGTGCCAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCCCAAGAGCATTTGAG
CGAGTTACTATATTT
Found at i:70065850 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 70065810--70065851 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
70065800 GAATGTGCAT
*
70065810 ATATGAAGTTATTCATTTAGCC
1 ATATGAAGTTATACATTTAGCC
70065832 ATATGAATGTTATAC-TTTAG
1 ATATGAA-GTTATACATTTAG
70065852 TCAAAACTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.67
23 6 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATATGAAGTTATACATTTAGCC
Found at i:70073336 original size:47 final size:49
Alignment explanation
Indices: 70073220--70073398 Score: 198
Period size: 46 Copynumber: 3.8 Consensus size: 49
70073210 TGTAACCCGC
* * * *
70073220 CCATAAGCGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGGTG---TTCGCAT
1 CCATAAGCGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCATTAGCAT
*
70073266 CCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCTAGTTA-CAT
1 CCATAAGCGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCC-A-TTAGCAT
*
70073316 -C-TCA-CGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGA---CATTAGCAT
1 CCATAAGCGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCATTAGCAT
* *
70073359 CCATAAGTGAACTCGAACTCAACTCAACGAGTTCGGATGC
1 CCATAAGCGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGC
70073399 TCAACCATCT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 10, Indels: 21
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.03
43 4 0.04
44 2 0.02
45 2 0.02
46 63 0.57
47 29 0.26
48 2 0.02
49 1 0.01
50 3 0.03
51 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.20, T:0.21
Consensus pattern (49 bp):
CCATAAGCGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGATGCCATTAGCAT
Found at i:70073340 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 70073227--70073398 Score: 281
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
70073217 CGCCCATAAG
*** * *
70073227 CGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGGTGTTCGCATCCATAAGTGAACTCGGACTCAACTCA
1 CGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGACATTAGCATCCATAAGTGAACTCGAACTCAACTCA
70073292 ACGAGTTCGGATGCCTAGTTACATCTCA
66 ACGAGTTCGGATGCCTAGTTACATCTCA
* *
70073320 CGAACTCGGACTCAACTCAACGAGTTCGGACATTAGCATCCATAAGTGAACTCGAACTCAACTCA
1 CGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGACATTAGCATCCATAAGTGAACTCGAACTCAACTCA
70073385 ACGAGTTCGGATGC
66 ACGAGTTCGGATGC
70073399 TCAACCATCT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 7, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 72 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (93 bp):
CGAACTCAGACTCAACTCAACGAGCTCGGACATTAGCATCCATAAGTGAACTCGAACTCAACTCA
ACGAGTTCGGATGCCTAGTTACATCTCA
Found at i:70076246 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 70076190--70076326 Score: 204
Period size: 40 Copynumber: 3.5 Consensus size: 39
70076180 GGATGATAAC
70076190 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
70076229 CTGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 C-GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* *
70076269 CCGGGCTAAGTCCCCAAGGCATTTGAGCGAG-TAGCTATAT
1 -CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTA-CTATAT
* *
70076309 CCGGCTAAATCCCGAAGG
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGG
70076327 TACTTGGGTT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 5, Indels: 6
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 18 0.20
40 71 0.79
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
Found at i:70076594 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 70076554--70076595 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
70076544 GAATGTGCAT
*
70076554 ATATGAAGTTATTCATTTAGCC
1 ATATGAAGTTATACATTTAGCC
70076576 ATATGAATGTTATAC-TTTAG
1 ATATGAA-GTTATACATTTAG
70076596 TCAAAACTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.67
23 6 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATATGAAGTTATACATTTAGCC
Found at i:70078692 original size:51 final size:49
Alignment explanation
Indices: 70078559--70078699 Score: 174
Period size: 51 Copynumber: 2.8 Consensus size: 49
70078549 GAAGCTATCT
* *
70078559 GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACATGCGACCAACTGTCT
1 GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGCGACCAACTGTCG
* * * * ** *
70078608 AGTACACGTAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGTGATCACAGTTTTCG
1 GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGCGA-C-CAACTGTCG
*
70078659 GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACATGCGACC
1 GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGCGACC
70078700 TCACAATAGA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 4
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
49 35 0.46
50 2 0.03
51 39 0.51
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (49 bp):
GGTACGCATAGTAGCCTGCACTTAGTACTACACACGCGACCAACTGTCG
Found at i:70081082 original size:46 final size:44
Alignment explanation
Indices: 70080988--70081108 Score: 154
Period size: 46 Copynumber: 2.7 Consensus size: 44
70080978 ATATCTGTGT
* *
70080988 CGATGCCATGTCCTAGACATGGTCTTACACTGACACCTCTCGTAGC
1 CGATG-CATGTCCCAGACAT-GTCTTACACTGACACATCTCGTAGC
*
70081034 CGATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACATCTCG-AGGC
1 CGATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGAC--ACATCTCGTA-GC
*
70081080 CGAAGCATGTCCCAGACATGTCTTACACT
1 CGATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACT
70081109 AGCACTCGTC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 6
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 12 0.18
45 14 0.21
46 42 0.62
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (44 bp):
CGATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGACACATCTCGTAGC
Found at i:70083105 original size:510 final size:511
Alignment explanation
Indices: 70082345--70083291 Score: 1707
Period size: 510 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
70082335 ATCTAAGAAA
* * * * *
70082345 TTATAAAATAATTTATTTGACTCTAGATTTATGGTCCCGAGACCACTATTTCGACTAGGCCCTAA
1 TTATAAAATAATTTATTCGAATCCAGATTTATAGTCCCGAGACCACTATTCCGACTAGGCCCTAA
* * *
70082410 ATCGGGCAGTTACAGAAATATTGTCACATCCCAAAAATCAAGAGTTAGTAAAATCGAGTTTGTGA
66 ATCGGGCAGTTACAAAAAAACTGTCACATCCCAAAAATCAAGAGTTAGTAAAATCGAGTTTGTGA
70082475 ATCGAGAGAGAGTGGTCATGCCCAAATTTTTGAGATTATCTGTATGTTTTAAGAAATAAATGAGG
131 ATCGAGAGAGAGTGGTCATGCCCAAATTTTTGAGATTATCTGTATGTTTTAAGAAATAAATGAGG
*
70082540 TATTGGTTTGTTGGTTAACTGTTAGTGAAATGTTCCTTGAAACCTAAGCTCAAATCCCTTCTCTC
196 TATTAGTTTGTTGGTTAACTGTTAGTGAAATGTTCCTTGAAACCTAAGCTCAAATCCCTTCTCTC
*
70082605 ATATTATTTTTATTATTTTGCAAATTTTGCATCAAACCCTAGTATAAGACATGCCTTGTTTTTAA
261 ATATTATTTTTATTATTTTGAAAATTTTGCATCAAACCCTAGTATAAGACATGCCTTGTTTTTAA
**
70082670 AATAAACATTGCAAATTTA-TTTTTGAATGAGAAAATAGCCTAGTGGCTAAAAGAAATATGAGAA
326 AATAAACATTGCAAATTTACTTTAAGAATGAGAAAATAGCCTAGTGGCTAAAAGAAATATGAGAA
*
70082734 AGTATGGAAATTAAAATAAGGTTCTAGGTTCAATTCCCTTGCCTTGCTTGTTGAAGAATGAGCCG
391 AGTATGGAAATTAAAATAAGGTTCTAGGTTCAATTCCCTTACCTTGCTTGTTGAAGAATGAGCCG
70082799 GCGACTCATAGGCAATGGCTTGGTTAAGGGAACCCACTGGAGCCGTAGTATAAGAC
456 GCGACTCATAGGCAATGGCTTGGTTAAGGGAACCCACTGGAGCCGTAGTATAAGAC
70082855 TTATAAAATAATTTATTCGAATCCAGATTTATAGTCCCGAGACCACTATTCCGACTAGGCCCTAA
1 TTATAAAATAATTTATTCGAATCCAGATTTATAGTCCCGAGACCACTATTCCGACTAGGCCCTAA
* *
70082920 ATCGGGTAGTTACAAAAAAACTGTCACATCCCAAAAATCGAGAGTTAGTAAAATCGAGTTTGTGA
66 ATCGGGCAGTTACAAAAAAACTGTCACATCCCAAAAATCAAGAGTTAGTAAAATCGAGTTTGTGA
* *
70082985 ATCGAGAGAGAGTGGTCATGCCCTAATTTTTGAGATTATCTTTATGTTTTAAGAAATAAATGAGG
131 ATCGAGAGAGAGTGGTCATGCCCAAATTTTTGAGATTATCTGTATGTTTTAAGAAATAAATGAGG
* *
70083050 TATTAGTTTGTTGGTTAACTGTTAGTGAAATGTTCCTTGAAACCTAAGTTCAAATCTCTTCTCTC
196 TATTAGTTTGTTGGTTAACTGTTAGTGAAATGTTCCTTGAAACCTAAGCTCAAATCCCTTCTCTC
*
70083115 ATATTATTTTTATTATTTTGAAAATTTTGCATCAAAGCCTAGTATAAGACATGCCTTGTTTTTAA
261 ATATTATTTTTATTATTTTGAAAATTTTGCATCAAACCCTAGTATAAGACATGCCTTGTTTTTAA
70083180 AATAAACATTGCAAATTTACTTTAAGAATGAGAAAATAGCCTAGTGGCTAAAAGAAATATGAGAA
326 AATAAACATTGCAAATTTACTTTAAGAATGAGAAAATAGCCTAGTGGCTAAAAGAAATATGAGAA
70083245 AGTATGGAAATTAAAATAAGGTTCTAGGTTCAATTCCCTTACCTTGC
391 AGTATGGAAATTAAAATAAGGTTCTAGGTTCAATTCCCTTACCTTGC
70083292 ATTTAAGTCA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 20, Indels: 1
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
510 327 0.79
511 89 0.21
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (511 bp):
TTATAAAATAATTTATTCGAATCCAGATTTATAGTCCCGAGACCACTATTCCGACTAGGCCCTAA
ATCGGGCAGTTACAAAAAAACTGTCACATCCCAAAAATCAAGAGTTAGTAAAATCGAGTTTGTGA
ATCGAGAGAGAGTGGTCATGCCCAAATTTTTGAGATTATCTGTATGTTTTAAGAAATAAATGAGG
TATTAGTTTGTTGGTTAACTGTTAGTGAAATGTTCCTTGAAACCTAAGCTCAAATCCCTTCTCTC
ATATTATTTTTATTATTTTGAAAATTTTGCATCAAACCCTAGTATAAGACATGCCTTGTTTTTAA
AATAAACATTGCAAATTTACTTTAAGAATGAGAAAATAGCCTAGTGGCTAAAAGAAATATGAGAA
AGTATGGAAATTAAAATAAGGTTCTAGGTTCAATTCCCTTACCTTGCTTGTTGAAGAATGAGCCG
GCGACTCATAGGCAATGGCTTGGTTAAGGGAACCCACTGGAGCCGTAGTATAAGAC
Found at i:70087230 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70087184--70087231 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
70087174 TACAGAACTG
*
70087184 AATGGAACACTACCAAAGTAAGT
1 AATGGAACACTACCAAAGCAAGT
* * *
70087207 AATGGAATACTACTAAAGCGAGT
1 AATGGAACACTACCAAAGCAAGT
70087230 AA
1 AA
70087232 ACAGAGGGCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.15, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (23 bp):
AATGGAACACTACCAAAGCAAGT
Found at i:70089711 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 70089681--70089730 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
70089671 AAATAAAAAA
*
70089681 ATTTAAAAATATAATAAATCAAATAT
1 ATTTAAAAACATAA-AAA-CAAATAT
70089707 ATTTAAAAACATAAAAACAAATAT
1 ATTTAAAAACATAAAAACAAATAT
70089731 TAAAACAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.30
25 3 0.13
26 13 0.57
ACGTcount: A:0.64, C:0.06, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
ATTTAAAAACATAAAAACAAATAT
Found at i:70089750 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 70089701--70089759 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
70089691 ATAATAAATC
*
70089701 AAAT-ATATTTAAAA-ACATAA
1 AAATAATA-TTAAAACAAATAA
*
70089721 AAACAAATATTAAAACAAATAA
1 AAA-TAATATTAAAACAAATAA
*
70089743 AAATAATACTAAAACAA
1 AAATAATATTAAAACAA
70089760 TTCTTAAAAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 5
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.09
21 18 0.56
22 11 0.34
ACGTcount: A:0.69, C:0.08, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
AAATAATATTAAAACAAATAA
Found at i:70090489 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 70090465--70090503 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
70090455 ACTTGTTTCA
70090465 AATTATTCTTCTAAAAAAT
1 AATTATT-TTCTAAAAAAT
* *
70090484 AATTATTTTTTCAAAAAT
1 AATTATTTTCTAAAAAAT
70090502 AA
1 AA
70090504 CATAATTTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTTTCTAAAAAAT
Found at i:70091110 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 70091102--70091130 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
70091092 CCCAAGGCCA
70091102 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
70091131 CGAAATATCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:70096971 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 70096963--70096995 Score: 57
Period size: 3 Copynumber: 11.0 Consensus size: 3
70096953 AGATGATTAA
*
70096963 ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GTG ATG
1 ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG
70096996 GTGACAAACC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.36, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
ATG
Found at i:70105378 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 70105208--70105449 Score: 457
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
70105198 CATCCAAAAC
70105208 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
1 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
*
70105273 GATGACAGCTTATAACATTTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAACT
66 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAACT
70105328 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
1 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
* *
70105393 GTTGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTGTTCAATATATTCATATGTATAACT
66 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAACT
70105448 AA
1 AA
70105450 CTTATATGCA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 119 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAACT
Found at i:70106522 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 70106352--70106593 Score: 466
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
70106342 CATCCAAAAC
70106352 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
1 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
70106417 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCAAATGTATAACT
66 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCAAATGTATAACT
70106472 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
1 AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
* *
70106537 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTGTTCAATATATTCATATGTATAACT
66 GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCAAATGTATAACT
70106592 AA
1 AA
70106594 CTTATATGCA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 120 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (120 bp):
AAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTCA
GATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCAAATGTATAACT
Found at i:70107667 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 70107496--70107738 Score: 459
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
70107486 ACATCCAAAA
*
70107496 TAAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTT
1 TAAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTC
70107561 AGATGACAACTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAAC
66 AGATGACAACTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAAC
70107616 TAAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTC
1 TAAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTC
* *
70107681 AGATGACAGCTTATAACATGTGTATTCATGTGTTCAATATATTCATATGTATAAC
66 AGATGACAACTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAAC
70107736 TAA
1 TAA
70107739 CTTATATGCA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 120 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
TAAGTAAAATCAATCTTTAAACATGTAGTATATTCACATACAACCAATATGCCTTTAGACACCTC
AGATGACAACTTATAACATGTGTATTCATGTATTCAATATATTCATATGTATAAC
Found at i:70109158 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 70109126--70109208 Score: 103
Period size: 21 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
70109116 CGAACACGCC
70109126 AACAGAAGCTCATAAGAGCTG
1 AACAGAAGCTCATAAGAGCTG
* * * * *
70109147 AACAGGACCTCAAAAGGGTTG
1 AACAGAAGCTCATAAGAGCTG
*
70109168 AACAGAAGCTCATGAGAGCTG
1 AACAGAAGCTCATAAGAGCTG
*
70109189 AACAGAAGCTCGTAAGAGCT
1 AACAGAAGCTCATAAGAGCT
70109209 AATCCACCCG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 13, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 49 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.27, T:0.14
Consensus pattern (21 bp):
AACAGAAGCTCATAAGAGCTG
Found at i:70114363 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 70114339--70114384 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
70114329 CTCTCCTTCT
70114339 TTTGCATT-CATTCCACACA
1 TTTGCATTGCATTCCA-ACA
* *
70114358 TTTGCATTGCATTGCATCA
1 TTTGCATTGCATTCCAACA
70114377 TTTGCATT
1 TTTGCATT
70114385 AGATTTTCCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 18 0.75
20 6 0.25
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTTGCATTGCATTCCAACA
Found at i:70118361 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 70118317--70118361 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
70118307 TAGGAGCATT
70118317 TAATTCATTTCGATCATAGCATCC
1 TAATTCATTTCGATCATAGCATCC
70118341 TAATT-ATTT-GA-CATAAGCATC
1 TAATTCATTTCGATCAT-AGCATC
70118362 ATATCTAGTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.15
22 8 0.40
23 4 0.20
24 5 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (24 bp):
TAATTCATTTCGATCATAGCATCC
Found at i:70118414 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 70118235--70118420 Score: 309
Period size: 64 Copynumber: 2.9 Consensus size: 64
70118225 ATTCATAACG
* * *
70118235 CATCTAGTTAGGAGCATTTGATTCATTTCGATCATAGCATCTTAATTATTTAACATAAGCATCA
1 CATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTCGATCATAGCATCCTAATTATTTGACATAAGCATCA
70118299 CATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTCGATCATAGCATCCTAATTATTTGACATAAGCATCA
1 CATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTCGATCATAGCATCCTAATTATTTGACATAAGCATCA
* * * *
70118363 TATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTTGATCATAGCATCCTAATCATTTGGCATAA
1 CATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTCGATCATAGCATCCTAATTATTTGACATAA
70118421 ACATAGGCAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 115 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (64 bp):
CATCTAGTTAGGAGCATTTAATTCATTTCGATCATAGCATCCTAATTATTTGACATAAGCATCA
Found at i:70118814 original size:89 final size:87
Alignment explanation
Indices: 70118499--70119387 Score: 870
Period size: 89 Copynumber: 10.2 Consensus size: 87
70118489 CCCTAAACAG
* * * *
70118499 TAGTGGAGTAGAT-AGAAGAAAGCAAGCCTTAACCTCCTAAATAGTAGGGTAACAGGCTGAAGAT
1 TAGTGGAGCAGATCA-AAG-AAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGAT
* *
70118563 TGTAGATCTTGTCTCCCTAA-ATA
64 TGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* * *
70118586 GTAGTGGAGCAGATCGAAGAAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGGAGAT
1 -TAGTGGAGCAGATCAAAG-AAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGAT
* *
70118651 TTCAGATCTTGTCTCCCTAA-ATA
64 TGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* ** * *
70118674 GTAGTGGAGCAGATCGAAA-AAGCAAGCCTTAATTCCCAAAGTAGTAGGGTAACAAGCTGAAGAT
1 -TAGTGGAGCAGATC-AAAGAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGAT
*
70118738 TGCAAATCTTGTCTCCCTGAAGTTA
64 TGCAGATCTTGTCTCCCT-AAGTTA
* * *
70118763 CAGTGGAACAGATCAAAGACGGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
1 TAGTGGAGCAGATCAAAGA-AGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
* * *
70118828 GTAAATCTTGTCTCCCTAA-ATA
65 GCAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* * * * * * *
70118850 GTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCTTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGTTAAAGATT
1 -TAGTGGAGCAGATCAAAGAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
* * **
70118915 ACAGATC-T-TATCCCTAA-ACA
65 GCAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* *
70118935 GTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
1 -TAGTGGAGCAGATCAAAGAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
*
70119000 GCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTG
65 GCAGATCTTGTCTCCCT-AAGTTA
* ** * * * * * *
70119024 CAGTGGAATAGATTAAAGACGGCGAACCTTAACCCCCTAAGTAGTAGTGTAATAGTCTGAAGATT
1 TAGTGGAGCAGATCAAAGA-AGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
*
70119089 GCAGATCTTGTCTCCCTGAAGTTG
65 GCAGATCTTGTCTCCCT-AAGTTA
* *
70119113 TAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
1 TAGTGGAGCAGATCAAAGAAG-CGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT
* ***
70119178 GTAGATCTTGTCTCCCTAAACAA
65 GCAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* * * * * * *
70119201 TAGTGGACCAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCTTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTAAAGATTA
1 TAGTGGAGCAGATCAAAGAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTG
*
70119266 CAGA-----TCTCCCTAAG-CA
66 CAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
* * * * * *
70119282 GTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGTGAACCTTAACCCCCTAAGCAGTAAGGTAACAGACTGAAGAT
1 -TAGTGGAGCAGATCAAAGA-AGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGAT
* * * *
70119347 AGCAGATCTTATCTCCTTGAAGTTG
64 TGCAGATCTTGTCTCCCT-AAGTTA
* *
70119372 CAATGGAGCAGATCAA
1 TAGTGGAGCAGATCAA
70119388 GCTATAATTG
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 110, Indels: 43
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.00
82 25 0.04
83 39 0.06
85 76 0.11
86 2 0.00
87 152 0.23
88 165 0.25
89 209 0.31
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (87 bp):
TAGTGGAGCAGATCAAAGAAGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTG
CAGATCTTGTCTCCCTAAGTTA
Found at i:70118816 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 70118488--70119362 Score: 973
Period size: 176 Copynumber: 5.0 Consensus size: 174
70118478 ACAAATCTTA
* * * * *
70118488 TCCCTAAACAGTAGTGGAGTAGATAGAAGAAAGCAAGCCTTAACCTCCTAAATAGTAGGGTAACA
1 TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAA-AAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACA
* * * **
70118553 GGCTGAAGATTGTAGATCTTGTCTCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAAGCGAGCCTTA
65 GGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTA-TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGCCTTA
* *
70118618 ACCCCCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGGAGATTTCAGATCTTGTC
129 ACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTTCAGATCTTGTC
** * *
70118664 TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAATTCCCAAAGTAGTAGGGTAACAA
1 TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
* * *
70118729 GCTGAAGATTGCAAATCTTGTCTCCCTGAAGTTACAGTGGAACAGATCAAAGACGGCGAGCCTTA
66 GCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCT-AAG-TATAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGCCTTA
*
70118794 ACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGT-AAATCTTGTC
129 ACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT-TCAGATCTTGTC
* * * *
70118840 TCCCTAAATAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCTTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
1 TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
* * * * ** * * *
70118905 GTTAAAGATTACAGATC-T-TATCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGA-AGCAAGCCTTAA
66 GCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTA-TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGCCTTAA
*
70118967 CCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTC
130 CCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTTCAGATCTTGTC
* * ** * * *
70119012 TCCCTAAAGTTGCAGTGGAATAGAT-TAAAGACGGCGAA-CCTTAACCCCCTAAGTAGTAGTGTA
1 TCCCTAAA-TAGTAGTGGAGCAGATCGAAA-A-AGC-AAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTA
* * * * *
70119075 ATAGTCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGC
62 ACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCT-AAG-TATAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGC
70119140 CTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGT-AGATCTTGTC
125 CTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATT-TCAGATCTTGTC
* * * * * *
70119190 TCCCTAAACAATAGTGGACCAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCTTAAGTAGTAGGGTAACAG
1 TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
* * * * *
70119255 GCTAAAGATTACAGA-----TCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGTGAACCTTAA
66 GCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTA-TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGCCTTAA
* * * ** *
70119315 CCCCCTAAGCAGTAAGGTAACAGACTGAAGATAGCAGATCTTATC
130 CCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTTCAGATCTTGTC
70119360 TCC
1 TCC
70119363 TTGAAGTTGC
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 95, Indels: 44
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 72 0.12
171 7 0.01
172 63 0.11
173 30 0.05
174 47 0.08
175 62 0.11
176 210 0.36
177 32 0.05
178 62 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (174 bp):
TCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
GCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAGTATAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCGAGCCTTAAC
CCCCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTTCAGATCTTGTC
Found at i:70118981 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 70118841--70118981 Score: 103
Period size: 43 Copynumber: 3.3 Consensus size: 43
70118831 AATCTTGTCT
* * *
70118841 CCCTAAATAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCTTTAACC
1 CCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACC
* * * ** * *
70118884 CCCTAAGTAGTAG-GGTAACAGGTTAAAGATTA-C-AGATCTT-A-T
1 CCCTAAATAGTAGTGG-AGCAGATCGAAGA--AGCAAG-CCTTAACC
*
70118926 CCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACC
1 CCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACC
*
70118969 CCCTAAGTAGTAG
1 CCCTAAATAGTAG
70118982 GGTAACAGGC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 20, Indels: 18
0.64 0.19 0.17
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.01
41 4 0.06
42 25 0.36
43 35 0.51
44 3 0.04
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
CCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACC
Found at i:70119121 original size:350 final size:348
Alignment explanation
Indices: 70118488--70119385 Score: 1207
Period size: 350 Copynumber: 2.6 Consensus size: 348
70118478 ACAAATCTTA
* * * * *
70118488 TCCCTAAACAGTAGTGGAGTAGATAGAAGAAAGCAAGCCTTAACCTCCTAAATAGTAGGGTAACA
1 TCCCTAAACAGTAGTGGAGAAAATCGAAG-AAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACA
* ** * *
70118553 GGCTGAAGATTGTAGATCTTGTCTCCCTAAATAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAAGCGAGCCTTA
65 GGCTAAAGATTACAGATC-T-T-TCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAG-AAGCAAGCCTTA
* * * *
70118618 ACCCCCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGGAGATTTCAGATCTTGTCTCCCTAAA-TAGTAGTGGA
126 ACCCCCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTGCAGTGGA
* **
70118682 GCAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAATTCCCAAAGTAGTAGGGTAACAAGCTGAAGATTGCAAATCT
191 ACAGATCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCAAAGTAGTAGGGTAACAAGCTGAAGATTGCAAATCT
*
70118747 TGTCTCCCTGAAGTTACAGTGGAACAGATCAAAGACGGCGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGG
256 TGTCTCCCTGAAGTTACAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGG
70118812 TAACAGGCTGAAGATTGTAAATCTTGTC
321 TAACAGGCTGAAGATTGTAAATCTTGTC
* *
70118840 TCCCTAAATAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCTTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
1 TCCCTAAACAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
*
70118905 GTTAAAGATTACAGATCTTATCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCC
66 GCTAAAGATTACAGATCTT-TCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCC
* *
70118970 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAATAG
130 CCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAACAG
* * * * * *
70119035 AT-TAAAGACGGCGAA-CCTTAACCCCCTAAGTAGTAGTGTAA-TAGTCTGAAGATTGCAGATCT
195 ATCGAAA-A-AGC-AAGCCTTAACCCCCAAAGTAGTAGGGTAACAAG-CTGAAGATTGCAAATCT
**
70119097 TGTCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGG
256 TGTCTCCCTGAAGTTACAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGG
*
70119162 TAACAGGCTGAAGATTGTAGATCTTGTC
321 TAACAGGCTGAAGATTGTAAATCTTGTC
* ** *
70119190 TCCCTAAACAATAGTGGACCAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCTTAAGTAGTAGGGTAACAG
1 TCCCTAAACAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
* * * *
70119255 GCTAAAGATTACAGATC--TCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGTGAA-CCTTAACC
66 GCTAAAGATTACAGATCTTTCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGA-AG-CAAGCCTTAACC
* * * * * * * *
70119317 CCCTAAGCAGTAAGGTAACAGACTGAAGATAGCAGATCTTATCTCCTTGAAGTTGCAATGGAGCA
129 CCCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAACA
70119382 GATC
194 GATC
70119386 AAGCTATAAT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 54, Indels: 19
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
347 28 0.06
348 132 0.27
349 46 0.10
350 205 0.42
351 48 0.10
352 25 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (348 bp):
TCCCTAAACAGTAGTGGAGAAAATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACAG
GCTAAAGATTACAGATCTTTCCCTAAACAGTAGTGGAGCAGATCGAAGAAGCAAGCCTTAACCCC
CTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAACAGA
TCGAAAAAGCAAGCCTTAACCCCCAAAGTAGTAGGGTAACAAGCTGAAGATTGCAAATCTTGTCT
CCCTGAAGTTACAGTGGAACAGATCAAAGACGACGAGCCTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGTAACA
GGCTGAAGATTGTAAATCTTGTC
Found at i:70119195 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 70118534--70119196 Score: 169
Period size: 44 Copynumber: 15.1 Consensus size: 44
70118524 GCCTTAACCT
* *
70118534 CCTAAATAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGTAGATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * * ** * ** *
70118578 CCTAAATAGTAGTGG-AGCA-GATCGAAGAAAGC-GAGCCTTAACCC
1 CCTAAGTAGTAG-GGTAACAGGCT-GAAGATTGCAGA-TCTTGTCTC
* * *
70118622 CCTAAGTAGTAAGGTAACAGGCTGGAGATTTCAGATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * * ** * *
70118666 CCTAAATAGTAGTGG-AGCA-GATCGAA-AAAGCA-AGCCTTAAT-TC
1 CCTAAGTAGTAG-GGTAACAGGCT-GAAGATTGCAGA-TCTT-GTCTC
* * *
70118709 CCAAAGTAGTAGGGTAACAAGCTGAAGATTGCAAATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * * ** * ** *
70118753 CCTGAAGTTA-CAGTGG-AACA-GATCAAAGACGGC-GAGCCTTAACCC
1 CCT-AAG-TAGTAG-GGTAACAGGCT-GAAGATTGCAGA-TCTTGTCTC
* *
70118798 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGTAAATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * ** * * *
70118842 CCTAAATAGTAGTGG-AGAAAATC-GAAGA-AGCA-AGCTT-TAACCC
1 CCTAAGTAGTAG-GGTA-ACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGT--CTC
* * * *
70118885 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGTTAAAGATTACAGATC-T-TATC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
** * * * * ** *
70118927 CCTAAACAGTAGTGG-AGCA-GATCGAAGA-AGCA-AGCCTTAACCC
1 CCTAAGTAGTAG-GGTAACAGGCT-GAAGATTGCAGA-TCTTGTCTC
70118970 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * * ** * ** * ** *
70119014 CCTAAAGTTGCAGTGG-AATAGATTAAAGACGGC-GAACCTTAACCC
1 CCT-AAGTAGTAG-GGTAACAGGCTGAAGATTGCAG-ATCTTGTCTC
* * *
70119059 CCTAAGTAGTAGTGTAATAGTCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
* * * * * ** *
70119103 CCTGAAGTTGTAGTGG-AACA-GATCAAAGA-CG-ACGAGCCTTAACCC
1 CCT-AAGTAGTAG-GGTAACAGGCT-GAAGATTGCA-GA-TCTTGTCTC
*
70119148 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGTAGATCTTGTCTC
1 CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
70119192 CCTAA
1 CCTAA
70119197 ACAATAGTGG
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 143, Indels: 110
0.62 0.21 0.16
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.00
41 6 0.01
42 32 0.08
43 82 0.19
44 193 0.46
45 99 0.24
46 8 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (44 bp):
CCTAAGTAGTAGGGTAACAGGCTGAAGATTGCAGATCTTGTCTC
Found at i:70128309 original size:130 final size:132
Alignment explanation
Indices: 70127886--70128400 Score: 408
Period size: 131 Copynumber: 3.9 Consensus size: 132
70127876 TAGGAAATAC
* * * * * * * * * *
70127886 AAGTGAAATTTCGAAGGGATCTTCGATTGTTTTGAA-CAAATGAAAAACTGCAATCCAGCACGAT
1 AAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTT-AAGCAAACGAGAAATTGCAACCCAACACGTT
* * * * * *
70127950 AGGGCTCGATTCTCA--AATCGCCAAACATCAAACATCGCCTTCGTTTTGAAAGG-TTTTTAATA
65 AGGGCACGATTC-CACGAATTGCCAAATATCACACATCACTTTCGTTTT-AAAGGATTTTTAA-A
70128012 A-ACAT
127 AGACAT
*** * * * * ** * **
70128017 GAA-TGAAAACCTAAAGGAATATTCGATTGTTTTGAA-CAAACGAGAAATCACAACCCAGCACAA
1 -AAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTT-AAGCAAACGAGAAATTGCAACCCAACACGT
* *** * * * * *
70128080 TAGGGCATGATTCC-CGAATTATTAAACA-C-CGAGTATTACCTTCGTTTTAAAGGATTTTTAGA
64 TAGGGCACGATTCCACGAATTGCCAAATATCAC-A-CATCACTTTCGTTTTAAAGGATTTTTAAA
*
70128142 AGACCT
127 AGACAT
* *
70128148 TAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTTAAGCAATCGAGAAATTGCAACCCAACACGTTA
1 AAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTTAAGCAAACGAGAAATTGCAACCCAACACGTTA
*
70128213 GGGCACGATTCCACGAATTGCCAAATATCACACATCACTTTCG-TTTAAGGGA-TTTTAAAAGAC
66 GGGCACGATTCCACGAATTGCCAAATATCACACATCACTTTCGTTTTAAAGGATTTTTAAAAGAC
70128276 AT
131 AT
* * * *
70128278 AAGTGAAATTTTGAAGTGATATTTGATTATTTTGAGCAAACGCGAAATTGCAACCCAGCACGTTA
1 AAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTTAAGCAAACGAGAAATTGCAACCCAACACGTTA
* * * * *
70128343 GGGCACGATTCCGCGAATTGCCAAATATCAAATC-TCGCATTCGTTTTAAAGAATTTTT
66 GGGCACGATTCCACGAATTGCCAAATATCACA-CATCACTTTCGTTTTAAAGGATTTTT
70128401 GAATGAATGA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 63, Indels: 28
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
130 120 0.39
131 159 0.52
132 24 0.08
133 2 0.01
134 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (132 bp):
AAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTTAAGCAAACGAGAAATTGCAACCCAACACGTTA
GGGCACGATTCCACGAATTGCCAAATATCACACATCACTTTCGTTTTAAAGGATTTTTAAAAGAC
AT
Found at i:70129242 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 70129223--70129253 Score: 62
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
70129213 CAAAGGTAGG
70129223 TATCGATAAATGTA
1 TATCGATAAATGTA
70129237 TATCGATAAATGTA
1 TATCGATAAATGTA
70129251 TAT
1 TAT
70129254 ACGCTTGCAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (14 bp):
TATCGATAAATGTA
Found at i:70129310 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70129280--70129319 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
70129270 GATTTAAAAG
* *
70129280 ATATATTATAGGAATTATGTA
1 ATATAATATAAGAA-TATGTA
70129301 ATATAATATAAGAATATGT
1 ATATAATATAAGAATATGT
70129320 TTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.29
21 12 0.71
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATATAATATAAGAATATGTA
Found at i:70131094 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 70131072--70131111 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
70131062 ATTATGTGGG
*
70131072 TTTTTACTATTTATTTGTT
1 TTTTTACTATTTATTTATT
* *
70131091 TTTTTATTTTTTATTTATT
1 TTTTTACTATTTATTTATT
70131110 TT
1 TT
70131112 GTACTTTTGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.03, G:0.03, T:0.80
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTACTATTTATTTATT
Found at i:70131627 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 70131458--70131888 Score: 702
Period size: 132 Copynumber: 3.3 Consensus size: 132
70131448 GGTGGCTTAA
* *
70131458 ATCTGCTTCACTGCGACTTCAGGAAAACAGGATCTAAAATTTCAGCCTACTCC-TCTACAACTTT
1 ATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCTAAAATTTCAGCCTACTCCAT-TACAACTTT
* *
70131522 AGGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAAGAAGCCAAGATCCACCGTCT
65 AGGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCACCGTCT
70131587 TCG
130 TCG
* * *
70131590 ATCTACTTCACTGCAACTTTAGGGAAACAGGATCTAAAATTTCAACCTACTCCATTACAACTTTA
1 ATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCTAAAATTTCAGCCTACTCCATTACAACTTTA
* * *
70131655 GAGAGCTAGGTTGATGGCTTAAATCTGCTTTACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCACCGTCTT
66 GGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCACCGTCTT
*
70131720 GG
131 CG
* *
70131722 ATCTGCTTCACTGCAACTTTAGGGAAACAGGATCTAAAATTTTAGCCTACTCCATTACAACTTTA
1 ATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCTAAAATTTCAGCCTACTCCATTACAACTTTA
**
70131787 GGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCGTCGTCTT
66 GGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCACCGTCTT
70131852 CG
131 CG
*
70131854 ATCTGCTTCATTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCT
1 ATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCT
70131889 GTAGGATTCG
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 22, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
132 275 1.00
133 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (132 bp):
ATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGGAAACAGGATCTAAAATTTCAGCCTACTCCATTACAACTTTA
GGGAGCTAGGTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCACTGCAACTTCAGGAAGCCAAGATTCACCGTCTT
CG
Found at i:70143669 original size:131 final size:130
Alignment explanation
Indices: 70143397--70143860 Score: 372
Period size: 131 Copynumber: 3.6 Consensus size: 130
70143387 GTGAAACTCC
* * * * * ** *
70143397 AAAGGGATCTTCAATTGTTTTGAACAAATGAAAAAGCGCAACCCAGCACGATAGGGCTCGATTCT
1 AAAGGGATATTCGATTATTTTGAACAAACGAGAAATTGCAACCCAGCACGATAGGGCACGATTC-
** * * *
70143462 CA--AATCGCCAAACATCGA-ACATCGCCTTCGTTTTGAAAGGTTTTTAATAA-ACATGAA-TGA
65 CACGAATTACAAAACATC-ACACATCACCTTCG-TTT-AAAGGATTTTAA-AAGACAT-AAGTGA
***
70143522 AAACCT
125 AATTTT
* * ** *
70143528 AAAGGAATATTCGATTGTTTTGAACAAACGAGAAATCACAACCCAGCACGATAGGGCATGATTCC
1 AAAGGGATATTCGATTATTTTGAACAAACGAGAAATTGCAACCCAGCACGATAGGGCACGATTCC
* ** * * * * * *
70143593 -TGAATTATTAAACA-C-CGAGTATTACCTTCATTTTAAAGGATTTTTAGAAGACCTGAGTGAAA
66 ACGAATTACAAAACATCAC-A-CATCACCTTC-GTTTAAAGGA-TTTTAAAAGACATAAGTGAAA
70143655 TTTT
127 TTTT
* * * *
70143659 GAAGGGATATTTGATTATTTT-AAGCAATCGAGAAATTGCAACCCAACAC-ATTAGGGCACGATT
1 AAAGGGATATTCGATTATTTTGAA-CAAACGAGAAATTGCAACCCAGCACGA-TAGGGCACGATT
* * *
70143722 CCACGAATTGCAAAATATCACACATCACCTTCGTTTAAGGGATTTTAAAAGACATAAGTGAAATT
64 CCACGAATTACAAAACATCACACATCACCTTCGTTTAAAGGATTTTAAAAGACATAAGTGAAATT
70143787 TT
129 TT
* * * *
70143789 AAAGTGATATTCGATTATTTTGAGCAAACGCGAAATTGCAACCCAGCACGTTAGGGCACGATTCC
1 AAAGGGATATTCGATTATTTTGAACAAACGAGAAATTGCAACCCAGCACGATAGGGCACGATTCC
*
70143854 GCGAATT
66 ACGAATT
70143861 GCCAAATATC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 54, Indels: 33
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
130 96 0.37
131 147 0.56
132 17 0.06
133 2 0.01
134 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (130 bp):
AAAGGGATATTCGATTATTTTGAACAAACGAGAAATTGCAACCCAGCACGATAGGGCACGATTCC
ACGAATTACAAAACATCACACATCACCTTCGTTTAAAGGATTTTAAAAGACATAAGTGAAATTTT
Found at i:70143887 original size:130 final size:131
Alignment explanation
Indices: 70143624--70143871 Score: 363
Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
70143614 TTACCTTCAT
* * * * * *
70143624 TTTAAAGGATTTTTAGAAGACCTGAGTGAAATTTTGAAGGGATATTTGATTATTTTAAGCAATCG
1 TTTAAAGGATTTTTAAAAGACATAAGTGAAATTTTAAAGGGATATTCGATTATTTTAAGCAAACG
70143689 AGAAATTGCAACCCAACACATTAGGGCACGATTCCACGAATTGCAAAATATCACACATCACCTTC
66 AGAAATTGCAACCCAACACATTAGGGCACGATTCCACGAATTGCAAAATATCACACATCACCTTC
70143754 G
131 G
* * *
70143755 TTTAAGGGA-TTTTAAAAGACATAAGTGAAATTTTAAAGTGATATTCGATTATTTTGAGCAAACG
1 TTTAAAGGATTTTTAAAAGACATAAGTGAAATTTTAAAGGGATATTCGATTATTTTAAGCAAACG
* * * * *
70143819 CGAAATTGCAACCCAGCACGTTAGGGCACGATTCCGCGAATTGCCAAATATCA
66 AGAAATTGCAACCCAACACATTAGGGCACGATTCCACGAATTGCAAAATATCA
70143872 AATCTCGCAT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 14, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
130 95 0.92
131 8 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (131 bp):
TTTAAAGGATTTTTAAAAGACATAAGTGAAATTTTAAAGGGATATTCGATTATTTTAAGCAAACG
AGAAATTGCAACCCAACACATTAGGGCACGATTCCACGAATTGCAAAATATCACACATCACCTTC
G
Found at i:70144790 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70144760--70144799 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
70144750 GATTTAAAAG
*
70144760 ATATATTATAAGAATTATGTA
1 ATATAATATAAGAA-TATGTA
70144781 ATATAATATAAGAATATGT
1 ATATAATATAAGAATATGT
70144800 TTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 13 0.72
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
ATATAATATAAGAATATGTA
Found at i:70146567 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 70146544--70146587 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
70146534 ATTATGTGGG
*
70146544 TTTTTACTATTTATTTGT
1 TTTTTACTATTTATTTAT
* *
70146562 TTTTTATTTTTTATTTAT
1 TTTTTACTATTTATTTAT
*
70146580 TTTGTACT
1 TTTTTACT
70146588 TTTTCTCTTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.05, G:0.05, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTACTATTTATTTAT
Found at i:70154181 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 70154162--70154201 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
70154152 TTCCAAATTA
*
70154162 AATTTTATATATTCAT
1 AATTTTATATATGCAT
*
70154178 AATTTTATATGTGCAT
1 AATTTTATATATGCAT
*
70154194 TATTTTAT
1 AATTTTAT
70154202 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.05, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
AATTTTATATATGCAT
Found at i:70159540 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 70159508--70159566 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
70159498 AATTATAAAT
* * *
70159508 TTTTGAGATATTAAAATATAATTTTATTA
1 TTTTGAAAGATTAAAATATAATTTAATTA
*
70159537 TTTTGAAAGGTTAAAATATAATTTAATTA
1 TTTTGAAAGATTAAAATATAATTTAATTA
70159566 T
1 T
70159567 ATATTAATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 26 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
TTTTGAAAGATTAAAATATAATTTAATTA
Found at i:70159573 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70159547--70159596 Score: 66
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
70159537 TTTTGAAAGG
70159547 TTAAAATATAATTTAATTATAT-A
1 TTAAAATATAATTTAATTA-ATCA
**
70159570 TTAATTTATAATTTAATTAATCA
1 TTAAAATATAATTTAATTAATCA
70159593 TTAA
1 TTAA
70159597 GTGATTGTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.08
23 22 0.92
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (23 bp):
TTAAAATATAATTTAATTAATCA
Found at i:70174259 original size:13 final size:11
Alignment explanation
Indices: 70174223--70174253 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 11
70174213 CAGCCTGTAT
70174223 TAATTTTTATA
1 TAATTTTTATA
*
70174234 TTATTTTTATA
1 TAATTTTTATA
70174245 TAATTTTTA
1 TAATTTTTA
70174254 AATATATATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (11 bp):
TAATTTTTATA
Found at i:70174412 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 70174378--70174441 Score: 103
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
70174368 ACTTAACAAG
70174378 CAAATGCATCT-AAAATAATAACAAAATTAA
1 CAAATGCAT-TGAAAATAATAACAAAATTAA
*
70174408 CAAATGCCTTGAAAATAATAACAAAATTAA
1 CAAATGCATTGAAAATAATAACAAAATTAA
70174438 CAAA
1 CAAA
70174442 AAAATAAGTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 31 0.97
ACGTcount: A:0.59, C:0.14, G:0.05, T:0.22
Consensus pattern (30 bp):
CAAATGCATTGAAAATAATAACAAAATTAA
Found at i:70176125 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 70176052--70176127 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
70176042 TTAATATACT
*
70176052 ATTTAGTATTTGA-ATTTAGTTTCGATACTCA
1 ATTTAGTATTTGAGATTTAGTTTCAATACTCA
* ** * *
70176083 AATTAAAATTTGAGATTT-GTTTCAATATTTA
1 ATTTAGTATTTGAGATTTAGTTTCAATACTCA
70176114 ATTTAGTATTTGAG
1 ATTTAGTATTTGAG
70176128 TTTTTTTAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 9, Indels: 2
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 31 0.89
32 4 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (32 bp):
ATTTAGTATTTGAGATTTAGTTTCAATACTCA
Found at i:70176424 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 70176313--70176426 Score: 158
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
70176303 ATAAGTACTT
* *
70176313 TAATTGGAACTAGAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCTAAACTCAGGTGCC
1 TAATTGGAACTAAAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCAGGTGCC
* * **
70176373 TAATTGGAA-TAAAAGAAAACTTAAATACCAATTTGAATATTGAAGCCAAACTCA
1 TAATTGGAACTAAAA-AAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCA
70176427 TGTATTAAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
59 4 0.09
60 43 0.91
ACGTcount: A:0.48, C:0.16, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (60 bp):
TAATTGGAACTAAAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCAGGTGCC
Found at i:70176438 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 70176313--70176449 Score: 150
Period size: 60 Copynumber: 2.3 Consensus size: 59
70176303 ATAAGTACTT
* * *
70176313 TAATTGGAACTAGAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCTAAACTCAGGTGCC
1 TAATTGGAA-TAAAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCAGGTGAC
* * ** * *
70176373 TAATTGGAATAAAAGAAAACTTAAATACCAATTTGAATATTGAAGCCAAACTCATGT-AT
1 TAATTGGAATAAAA-AAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCAGGTGAC
*
70176432 TAAATTGGAACAAAAAAA
1 T-AATTGGAATAAAAAAA
70176450 TCAAGTGTCA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 10, Indels: 5
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
59 8 0.12
60 57 0.88
ACGTcount: A:0.50, C:0.14, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (59 bp):
TAATTGGAATAAAAAAAACTTAAATACCAAATTGAACATCAAAGCCAAACTCAGGTGAC
Found at i:70182384 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 70182363--70182400 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
70182353 AATTATAAAA
*
70182363 AAATAA-GATAAATTAT
1 AAATAAGGATAAAGTAT
*
70182379 AAATAAGGTTAAAGTAT
1 AAATAAGGATAAAGTAT
70182396 AAATA
1 AAATA
70182401 TTAAAAACTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
17 13 0.68
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.11, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
AAATAAGGATAAAGTAT
Found at i:70184904 original size:286 final size:286
Alignment explanation
Indices: 70184392--70184941 Score: 895
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 286
70184382 TATCTATCGC
*
70184392 CGGACTAGGGTTAAAGGTGTTACCAGACAAATCAGAACATTTTACGAACAATTCATATACTTCAT
1 CGGACTAGGGTTAAAGGCGTTACCAGACAAATCAGAACATTTTACGAACAATTCATATACTTCAT
* * * *
70184457 GAACAATCATATTCAAACATTACCATAGAGTCCCTAAAATAGGTCATTAAGACCTTAAACATGTA
66 CAACAATCATATTCAAACACTACCATAGAGTCCATAAAATAGGTCATTAAGACCTTAAACATGCA
* * * * *
70184522 TTAAAAATGGGTTAGGACTAAACCATGTTCATACAAATTTTTTCAAAGCTTAAACACTTTTCAAA
131 TTAAAAAGGGGTCAGGACTAAACCATGCTCATACAAAATTTTTCAAAACTTAAACACTTTTCAAA
* * *
70184587 GTTGTACAGGTCACACACCCGTGTAAACAGGCCGTGTGCCTCACACGACTTTAGACACGCCCGTG
196 GTTGTACAGGTCACACACACGTGTAAACAGGCCATGTGCCTCACACGACTTTAGACACGCCCATG
70184652 TGTCACCCTAAACCCGTATCCGTCGT
261 TGTCACCCTAAACCCGTATCCGTCGT
*
70184678 CGGACTAGGGTTAAAGGCGTTACCAGACAAATCAGAATATTTTACGAACAATTCATATACTTCAT
1 CGGACTAGGGTTAAAGGCGTTACCAGACAAATCAGAACATTTTACGAACAATTCATATACTTCAT
*
70184743 CAACAATCATATTCAAACACTACCATAGAGTCTATAAAATAGGTCATTAAGACCTTAAACATGCA
66 CAACAATCATATTCAAACACTACCATAGAGTCCATAAAATAGGTCATTAAGACCTTAAACATGCA
* * *
70184808 TTAAAAAGGGGTCGGGACTAATCCGA-GCTCATACAAAATTTTTCAAAACTTAAACATTTTTCAA
131 TTAAAAAGGGGTCAGGACTAAACC-ATGCTCATACAAAATTTTTCAAAACTTAAACACTTTTCAA
* * *
70184872 AGTTGTACAGGTCACACGCACGTGTGAACAGGCCATGTGCCTTACACGACTTTAGACACGCCCAT
195 AGTTGTACAGGTCACACACACGTGTAAACAGGCCATGTGCCTCACACGACTTTAGACACGCCCAT
70184937 GTGTC
260 GTGTC
70184942 TAGGCCGTGT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 21, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
286 241 1.00
287 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (286 bp):
CGGACTAGGGTTAAAGGCGTTACCAGACAAATCAGAACATTTTACGAACAATTCATATACTTCAT
CAACAATCATATTCAAACACTACCATAGAGTCCATAAAATAGGTCATTAAGACCTTAAACATGCA
TTAAAAAGGGGTCAGGACTAAACCATGCTCATACAAAATTTTTCAAAACTTAAACACTTTTCAAA
GTTGTACAGGTCACACACACGTGTAAACAGGCCATGTGCCTCACACGACTTTAGACACGCCCATG
TGTCACCCTAAACCCGTATCCGTCGT
Found at i:70186896 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 70186801--70186919 Score: 123
Period size: 46 Copynumber: 2.5 Consensus size: 46
70186791 CTCGTAGCCG
* * * * *
70186801 ATGCATGTCCTCGACATGTCTTACGCTGGCTTACGTCACGAGGCTA
1 ATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCTTACGTCACAAGGCCA
** *
70186847 ATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCTCT-CGTTTCAATGCCA
1 ATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCT-TACGTCACAAGGCCA
*
70186893 ATGCTATGTCCCAGACATGGTCTTACA
1 ATGC-ATGTCCTAGACAT-GTCTTACA
70186920 ATGACTCTCA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 9, Indels: 4
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
46 40 0.66
47 13 0.21
48 8 0.13
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (46 bp):
ATGCATGTCCTAGACATGTCTTACACTAGCTTACGTCACAAGGCCA
Found at i:70189812 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 70189668--70189838 Score: 179
Period size: 47 Copynumber: 3.7 Consensus size: 47
70189658 TGTGTAAGCT
* ** *
70189668 AGTGTAAGA-CATGTCTGAGACATGA-ATCGACTACATTATGAGAGCC
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGACATCGACTTGA-GATGAGAGCC
* * * * *
70189714 ATTGTAAGACCATGTCTGGGATAT-AGCATCGGCATTGAGACGAGAGCT
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGA-CATCGAC-TTGAGATGAGAGCC
* *
70189762 AGTGTAAGA-CATGTCTGGGACATGACATCTACTTGAGATGTGAGCC
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGACATCGACTTGAGATGAGAGCC
*
70189808 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCG
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGACATCG
70189839 GCACTTTACC
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 18, Indels: 11
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
46 29 0.29
47 49 0.49
48 21 0.21
49 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGACATCGACTTGAGATGAGAGCC
Found at i:70189825 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 70189664--70189841 Score: 259
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 94
70189654 TTTGTGTGTA
* *
70189664 AGCTAGTGTAAGACATGTCTGAGACATGAATCGACTACATTATGAGAGCCATTGTAAGACCATGT
1 AGCTAGTGTAAGACATGTCTGAGACATGAATCGACTACATGATGAGAGCCAGTGTAAGACCATGT
*
70189729 CTGGGATATAGCATCGGCATTGAGACGAG
66 CTGGGACATAGCATCGGCATTGAGACGAG
* * ** *
70189758 AGCTAGTGTAAGACATGTCTGGGACATGACATCTACTTGA-GATGTGAGCCAGTGTAAGACCATG
1 AGCTAGTGTAAGACATGTCTGAGACATGA-ATCGACTACATGATGAGAGCCAGTGTAAGACCATG
*
70189822 TCTGGGACATGGCATCGGCA
65 TCTGGGACATAGCATCGGCA
70189842 CTTTACCCAT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 67 0.91
95 7 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (94 bp):
AGCTAGTGTAAGACATGTCTGAGACATGAATCGACTACATGATGAGAGCCAGTGTAAGACCATGT
CTGGGACATAGCATCGGCATTGAGACGAG
Found at i:70197987 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 70197971--70211228 Score: 15362
Period size: 8 Copynumber: 1647.4 Consensus size: 8
70197961 CATTATAAAT
*
70197971 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70197979 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70197987 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70197995 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70198003 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198011 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198019 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198027 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198035 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198043 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198051 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70198061 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70198071 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198079 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198087 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70198095 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198103 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198111 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70198119 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198127 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198135 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70198141 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198149 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70198157 TGTATGT-
1 TGTATGTG
*
70198164 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70198172 TGAATGTG
1 TGTATGTG
70198180 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198188 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198196 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
*
70198206 TATGTATGTA
1 --TGTATGTG
70198216 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198224 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70198232 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198240 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198248 TGTATATG
1 TGTATGTG
70198256 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198264 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70198274 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70198284 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70198292 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198300 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198308 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70198316 TGTATGCGTA
1 TGTAT--GTG
70198326 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70198336 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198344 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70198352 TGTGTATG
1 TGTATGTG
* *
70198360 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70198368 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198376 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198384 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70198392 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198400 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198408 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70198416 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198424 CGTATGTG
1 TGTATGTG
* * *
70198432 TGCAAGTA
1 TGTATGTG
* *
70198440 TGCATGTA
1 TGTATGTG
* **
70198448 TGTGTGCA
1 TGTATGTG
* **
70198456 AGTATGCA
1 TGTATGTG
70198464 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198472 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198480 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198488 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198496 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198504 TGTATTTG
1 TGTATGTG
*
70198512 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70198520 TGTCTGTG
1 TGTATGTG
70198528 TGTA----
1 TGTATGTG
70198532 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198540 TGTACGTG
1 TGTATGTG
* *
70198548 TGCATGTA
1 TGTATGTG
* *
70198556 TATGTGTG
1 TGTATGTG
*
70198564 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70198572 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70198580 TGTATGCATG
1 TGTATG--TG
70198590 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
* *
70198600 TGCATGTA
1 TGTATGTG
70198608 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70198614 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70198622 CGTATGTA
1 TGTATGTG
70198630 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198638 TGTATCTGTA
1 TGTA--TGTG
*
70198648 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70198656 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198664 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198672 TGTATCTG
1 TGTATGTG
70198680 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198688 TGAATGTG
1 TGTATGTG
70198696 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198704 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198712 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70198720 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70198728 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70198736 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198744 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70198752 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70198760 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70198768 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198776 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198784 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198792 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198800 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70198810 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70198820 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70198828 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198836 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198844 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70198852 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198860 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198868 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198876 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70198884 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198892 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198900 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70198908 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198916 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198924 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70198932 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70198940 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198948 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70198956 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70198964 TGTATGCATATA
1 TGTATG----TG
*
70198976 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70198984 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70198992 TGTATATA
1 TGTATGTG
* *
70199000 AGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70199008 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199016 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199024 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199032 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199040 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
*
70199050 TATGTATGTA
1 --TGTATGTG
*
70199060 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199068 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199076 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199084 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199092 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70199100 TGTATATA
1 TGTATGTG
70199108 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199116 TATGTATGTATG
1 --TGTATG--TG
70199128 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199136 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70199144 TGTGTATG
1 TGTATGTG
* *
70199152 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70199160 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199168 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70199176 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70199184 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70199192 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70199200 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70199208 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199216 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199224 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70199232 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70199242 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70199250 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70199258 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199266 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199274 TG--TGTG
1 TGTATGTG
* *
70199280 TATGTGTG
1 TGTATGTG
*
70199288 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70199296 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70199304 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70199312 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199320 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199328 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199336 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70199344 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70199352 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199360 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199368 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199376 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199384 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199392 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199400 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199408 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199416 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* *
70199422 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70199430 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70199438 TGTATATG
1 TGTATGTG
*
70199446 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199454 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199462 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70199470 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70199478 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70199486 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199494 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70199502 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70199510 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199518 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199526 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199534 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199542 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199550 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199558 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199566 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199574 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199582 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199590 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199598 CGTATGTG
1 TGTATGTG
70199606 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199614 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199622 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199630 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199638 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199646 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70199654 TGCATGTATG
1 TGTATG--TG
70199664 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70199674 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199682 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199690 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199698 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199706 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199714 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199722 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199730 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199738 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199746 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199754 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199762 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199770 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199778 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199786 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199794 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70199802 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70199810 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199818 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199826 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199834 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199842 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199850 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199858 TGTATGAG
1 TGTATGTG
70199866 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199874 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199882 TGTAT-T-
1 TGTATGTG
*
70199888 TGTA--TA
1 TGTATGTG
70199894 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199902 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199910 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199918 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199926 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70199934 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70199944 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199952 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70199960 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70199968 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70199976 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70199984 TGTATATG
1 TGTATGTG
70199992 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200000 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200008 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200016 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200024 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
*
70200034 TATGTATGTA
1 --TGTATGTG
*
70200044 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70200052 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200060 TTTATGTG
1 TGTATGTG
70200068 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200076 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200084 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200092 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200100 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200108 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70200114 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70200120 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200128 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70200136 TACATGTG
1 TGTATGTG
*
70200144 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200152 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200160 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200168 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200176 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200184 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200192 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200200 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200208 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200216 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200224 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200232 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70200240 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70200248 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200256 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200264 TG--TGTA
1 TGTATGTG
*
70200270 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70200278 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200286 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70200294 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70200302 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200310 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200318 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200326 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200334 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200342 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200350 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200358 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200366 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200374 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200382 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200390 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200398 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200406 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200414 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200422 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70200430 TGTCGGTG
1 TGTATGTG
*
70200438 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200446 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200454 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200462 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200470 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200478 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70200486 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200494 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
* *
70200502 TGCAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200510 TGGATGTG
1 TGTATGTG
70200518 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200526 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200534 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200542 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200550 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200558 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200566 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200574 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200582 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200590 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200598 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200606 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200614 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200622 TGTATGAG
1 TGTATGTG
*
70200630 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200638 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200646 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200654 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200662 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70200670 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70200676 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200684 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
*
70200694 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70200702 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70200710 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200718 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200726 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* * *
70200732 TGCACGTA
1 TGTATGTG
* *
70200740 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70200748 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200756 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
* *
70200764 TGTATATA
1 TGTATGTG
70200772 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200780 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200788 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200796 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70200804 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70200812 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70200820 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200828 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200836 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200844 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200852 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200860 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200868 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200876 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200884 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200892 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200900 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200908 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200916 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200924 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200932 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70200940 TGTCGGTG
1 TGTATGTG
*
70200948 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70200956 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70200964 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200972 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70200980 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70200988 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70200996 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201004 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
* *
70201012 TGCAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201020 TGGATGTG
1 TGTATGTG
70201028 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201036 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201044 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201052 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201060 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201068 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201076 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201084 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201092 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201100 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201108 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201116 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201124 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201132 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* *
70201138 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70201146 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70201154 TGTATATG
1 TGTATGTG
*
70201162 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201170 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201178 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70201186 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70201194 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70201202 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201210 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70201218 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70201226 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201234 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201242 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201250 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201258 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201266 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201274 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201282 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201290 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201298 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201306 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201314 CGTATGTG
1 TGTATGTG
70201322 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201330 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201338 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201346 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201354 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201362 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201370 TGCATGTATG
1 TGTATG--TG
70201380 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70201390 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201398 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201406 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201414 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201422 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201430 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201438 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201446 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201454 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201462 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201470 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201478 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201486 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201494 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70201502 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70201510 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201518 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201526 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201534 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201542 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201550 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201558 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201566 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201574 TGTATGAG
1 TGTATGTG
*
70201582 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70201590 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201598 TGTAT-T-
1 TGTATGTG
*
70201604 TGTA--TA
1 TGTATGTG
70201610 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201618 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201626 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201634 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201642 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201650 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201658 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201666 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70201676 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201684 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70201692 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70201700 TGTATGTT
1 TGTATGTG
70201708 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201716 TGTATATG
1 TGTATGTG
70201724 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201732 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201740 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201748 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201756 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70201766 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70201776 ATGTACGTG
1 -TGTATGTG
70201785 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70201795 TTTATGTG
1 TGTATGTG
70201803 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201811 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201819 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201827 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201835 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201843 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70201849 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201857 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70201863 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201871 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201879 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201887 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201895 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201903 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201911 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201919 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201927 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201935 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201943 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201951 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70201959 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70201967 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70201975 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70201983 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70201991 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70201999 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202007 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70202015 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70202023 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202031 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202039 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202047 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202055 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202063 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202071 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202079 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202087 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202095 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202103 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202111 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202119 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202127 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202135 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202143 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70202151 TGTCGGTG
1 TGTATGTG
*
70202159 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202167 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202175 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202183 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202191 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202199 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70202207 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202215 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
* *
70202223 TGCAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202231 TGGATGTG
1 TGTATGTG
70202239 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202247 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202255 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202263 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202271 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202279 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202287 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202295 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202303 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202311 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202319 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202327 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202335 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202343 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202351 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202359 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202367 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70202375 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202383 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202391 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
*
70202401 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70202409 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70202417 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202425 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202433 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* * *
70202439 TGCACGTA
1 TGTATGTG
* *
70202447 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70202455 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202463 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
* *
70202471 TGTATATA
1 TGTATGTG
70202479 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202487 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202495 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202503 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70202511 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70202519 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70202527 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202535 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202543 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202551 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202559 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202567 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70202573 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70202579 TGTA-GTG
1 TGTATGTG
70202586 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202594 TGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70202602 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202610 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202618 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202626 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202634 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202642 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202650 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202658 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202666 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202674 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202682 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202690 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70202698 TGTATATG
1 TGTATGTG
*
70202706 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70202714 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70202722 TG--TGTT
1 TGTATGTG
*
70202728 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70202736 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202744 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202752 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202760 TGTATCTG
1 TGTATGTG
70202768 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202776 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70202784 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202792 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202800 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202808 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202816 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202824 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202832 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202840 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70202848 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202856 TGTA----
1 TGTATGTG
70202860 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202868 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202876 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70202882 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202890 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70202898 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202906 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70202914 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70202922 TGTATGCG
1 TGTATGTG
70202930 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70202938 TGTAGGTT
1 TGTATGTG
*
70202946 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202954 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70202962 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202970 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70202978 TGTAGGTA
1 TGTATGTG
*
70202986 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70202994 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203002 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203010 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203018 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70203026 TACATGTGTGTC
1 ----TGTATGTG
*
70203038 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70203046 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203054 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70203062 CGTACGTG
1 TGTATGTG
70203070 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203078 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203086 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203094 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70203102 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203110 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70203116 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70203124 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70203130 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203138 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203146 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203154 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203162 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203170 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70203178 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203186 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203194 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203202 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70203212 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70203222 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203230 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203238 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203246 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70203254 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70203262 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203270 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70203278 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203286 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203294 TGTATATG
1 TGTATGTG
70203302 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203310 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70203318 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70203326 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70203336 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203344 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203352 TGTATTGTA
1 TGTA-TGTG
* *
70203361 TGCATATG
1 TGTATGTG
* *
70203369 CGTATGTA
1 TGTATGTG
70203377 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203385 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203393 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70203401 TGCATGTA
1 TGTATGTG
*
70203409 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203417 TGTA----
1 TGTATGTG
70203421 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203429 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203437 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70203445 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203453 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203461 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203469 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203477 CGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70203485 TGCAAGTATGCA
1 T----GTATGTG
70203497 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203505 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203513 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203521 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203529 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203537 TGTATTTG
1 TGTATGTG
*
70203545 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70203553 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203561 TGTA----
1 TGTATGTG
70203565 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203573 TGTACGTG
1 TGTATGTG
* *
70203581 TGCATGTA
1 TGTATGTG
* *
70203589 TATGTGTG
1 TGTATGTG
*
70203597 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70203605 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70203613 TGTATGCATG
1 TGTATG--TG
70203623 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
* *
70203633 TGCATGTA
1 TGTATGTG
70203641 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70203647 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70203655 CGTATGTA
1 TGTATGTG
70203663 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203671 TGTATCTGTA
1 TGTA--TGTG
*
70203681 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70203689 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203697 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203705 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203713 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203721 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203729 TGAATGTG
1 TGTATGTG
70203737 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203745 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203753 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70203761 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70203769 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70203777 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203785 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70203793 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70203801 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70203809 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70203817 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203825 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203833 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203841 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203849 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70203857 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203865 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70203873 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203881 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203889 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70203897 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203905 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203913 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203921 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70203929 TATATGTG
1 TGTATGTG
70203937 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203945 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70203953 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203961 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70203969 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70203977 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70203985 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70203993 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204001 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204009 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* * *
70204017 TGCATATA
1 TGTATGTG
*
70204025 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70204033 TGTATATA
1 TGTATGTG
* *
70204041 AGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70204049 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204057 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204065 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204073 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204081 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204089 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204097 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204105 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204113 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204121 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204129 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204137 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70204145 TGTATATA
1 TGTATGTG
70204153 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70204161 CGTATGTA
1 TGTATGTG
70204169 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204177 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204185 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204193 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204201 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204209 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70204217 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70204225 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70204233 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70204241 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70204249 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204257 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204265 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70204273 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70204283 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204291 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70204297 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70204305 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70204313 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204321 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
*
70204331 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204339 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204347 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70204355 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204363 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204371 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204379 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70204387 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70204395 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204403 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204411 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204419 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204427 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204435 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204443 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204451 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204459 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* *
70204465 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70204473 TGTATATA
1 TGTATGTG
*
70204481 TGTATATG
1 TGTATGTG
*
70204489 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204497 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204505 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204513 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204521 TGTA----
1 TGTATGTG
70204525 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204533 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70204541 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70204549 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204557 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204565 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70204573 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204581 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204589 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70204597 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204605 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204613 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204621 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204629 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204637 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204645 TGCA-GTG
1 TGTATGTG
*
70204652 -GCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204659 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204667 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204675 TGCATGTG
1 TGTATGTG
* * *
70204683 TGTGTATA
1 TGTATGTG
*
70204691 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70204699 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204707 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70204713 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70204719 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204727 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204735 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204743 TGGATGTG
1 TGTATGTG
70204751 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204759 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204767 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204775 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204783 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70204791 TGGATGTG
1 TGTATGTG
*
70204799 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70204807 TGTATGTGAG
1 TGTATGT--G
70204817 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* * *
70204825 TGTGTATA
1 TGTATGTG
*
70204833 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70204841 TATATGTG
1 TGTATGTG
* *
70204849 TGTATATA
1 TGTATGTG
*
70204857 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70204865 TGTCTGTA
1 TGTATGTG
*
70204873 TACACATATGTG
1 T----GTATGTG
70204885 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204893 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204901 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204909 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204917 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204925 TGTA----
1 TGTATGTG
70204929 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204937 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70204945 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204953 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70204961 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204969 TGTATATG
1 TGTATGTG
70204977 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70204985 TGTATATG
1 TGTATGTG
70204993 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205001 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70205011 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70205021 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205029 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70205037 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70205045 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205053 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70205063 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70205073 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205081 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205089 TGTATGTACG
1 TGTATGT--G
* *
70205099 TATATATGTA
1 --TGTATGTG
*
70205109 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70205117 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205125 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205133 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205141 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70205147 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70205155 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205163 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70205171 TGCATGTT
1 TGTATGTG
70205179 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205187 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205195 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205203 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205211 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205219 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205227 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205235 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205243 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205251 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70205259 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205267 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70205275 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70205283 TG--TGTT
1 TGTATGTG
70205289 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205297 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205305 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205313 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205321 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205329 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205337 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205345 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70205353 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70205361 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70205369 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205377 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70205385 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70205393 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205401 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205409 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205417 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205425 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
*
70205435 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70205443 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205451 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70205457 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205465 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205473 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205481 TGTATATG
1 TGTATGTG
70205489 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205497 TGTATATG
1 TGTATGTG
70205505 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205513 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70205523 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70205533 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205541 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70205549 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70205557 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70205565 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205573 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70205581 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205589 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205597 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70205605 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70205613 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205621 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70205629 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205637 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205645 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205653 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205661 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205669 TGTATGTT
1 TGTATGTG
* *
70205677 TATATGTA
1 TGTATGTG
70205685 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205693 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205701 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205709 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70205717 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205725 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205733 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70205741 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205749 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205757 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70205765 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205773 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205781 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205789 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205797 TGGATGTG
1 TGTATGTG
*
70205805 TGTATGTT
1 TGTATGTG
70205813 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205821 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205829 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205837 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70205845 TGCATGTATG
1 TGTATG--TG
70205855 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70205865 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205873 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205881 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205889 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205897 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205905 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70205913 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70205921 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205929 TCTATGTG
1 TGTATGTG
70205937 TGTA-GCTG
1 TGTATG-TG
*
70205945 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205953 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205961 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205969 TGTATGTT
1 TGTATGTG
*
70205977 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205985 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70205993 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206001 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70206009 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206017 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206025 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206033 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70206041 TGTATGT-
1 TGTATGTG
70206048 TGGTATGTG
1 T-GTATGTG
*
70206057 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70206065 TGCATGTATG
1 TGTATG--TG
70206075 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70206085 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206093 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206101 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206109 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206117 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206125 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206133 TGTGTGTACG
1 TGTATGT--G
*
70206143 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70206151 TATATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70206161 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70206169 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70206177 TGCATGTA
1 TGTATGTG
70206185 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206193 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206201 TATATGTG
1 TGTATGTG
70206209 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70206215 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70206221 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206229 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206237 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206245 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206253 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70206261 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206269 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206277 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206285 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206293 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70206301 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206309 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206317 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206325 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70206333 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206341 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206349 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206357 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70206365 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206373 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70206383 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70206393 TGTATGAG
1 TGTATGTG
70206401 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206409 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206417 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70206425 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206433 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70206441 TACATGTG
1 TGTATGTG
70206449 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206457 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206465 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206473 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70206481 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206489 TGTA-GTA
1 TGTATGTG
*
70206496 TGGATGTG
1 TGTATGTG
70206504 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206512 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206520 TGTATGTACG
1 TGTATGT--G
*
70206530 TATGTATGTA
1 --TGTATGTG
*
70206540 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206548 TGTATATG
1 TGTATGTG
70206556 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206564 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206572 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206580 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206588 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70206596 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206604 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206612 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206620 TGTATGCG
1 TGTATGTG
70206628 TACGTATGTATG
1 T--GTATG--TG
70206640 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206648 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70206656 TGTGTATG
1 TGTATGTG
* *
70206664 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70206672 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70206680 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206688 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206696 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70206704 TGCGTGTG
1 TGTATGTG
70206712 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206720 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206728 TGCATGTAG
1 TGTATGT-G
70206737 CCATGTATGTG
1 ---TGTATGTG
70206748 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206756 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206764 TGTATATG
1 TGTATGTG
70206772 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206780 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70206788 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70206796 TGTCTGTG
1 TGTATGTG
*
70206804 TGTATGTT
1 TGTATGTG
* *
70206812 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70206820 CGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70206828 TGTATATG
1 TGTATGTG
* *
70206836 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70206844 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
**
70206852 TGTATGCA
1 TGTATGTG
*
70206860 TGTATGTA
1 TGTATGTG
**
70206868 TGTATGCA
1 TGTATGTG
70206876 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70206886 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* * *
70206894 CGTATATA
1 TGTATGTG
70206902 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206910 TGTATATGTG
1 TG--TATGTG
70206920 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206928 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206936 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206944 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70206952 TGTA-GTTG
1 TGTATG-TG
70206960 TGTA-GTTG
1 TGTATG-TG
*
70206968 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206976 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70206984 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70206992 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70207000 TGTAGGTA
1 TGTATGTG
*
70207008 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70207016 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207024 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207032 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207040 TGTATGTT
1 TGTATGTG
70207048 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207056 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70207066 CCTGTATGTG
1 --TGTATGTG
*
70207076 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70207084 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207092 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207100 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70207108 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207116 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70207124 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70207132 GGCATGTG
1 TGTATGTG
70207140 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207148 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207156 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207164 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207172 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207180 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207188 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207196 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207204 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207212 TGTATATA
1 TGTATGTG
*
70207220 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207228 TGTATATA
1 TGTATGTG
*
70207236 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207244 TGTATATA
1 TGTATGTG
70207252 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207260 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207268 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207276 TGTGA-GTA
1 TGT-ATGTG
* *
70207284 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70207292 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207300 TCTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207308 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207316 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207324 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207332 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207340 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207348 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207356 AGTATGTG
1 TGTATGTG
70207364 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207372 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207380 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70207388 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207396 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207404 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207412 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207420 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70207428 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* * *
70207436 TATTTGTA
1 TGTATGTG
*
70207444 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207452 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207460 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207468 TCTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207476 TGTATATG
1 TGTATGTG
*
70207484 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207492 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207500 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207508 TGAATGTG
1 TGTATGTG
*
70207516 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207524 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70207532 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207540 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207548 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207556 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207564 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207572 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207580 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207588 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207596 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207604 TGT-T-TG
1 TGTATGTG
*
70207610 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207618 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70207624 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207632 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70207640 TGTGTATG
1 TGTATGTG
* *
70207648 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70207656 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70207664 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207672 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70207680 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207688 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
*
70207698 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70207706 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207714 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70207722 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207730 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207738 TGTATGCG
1 TGTATGTG
70207746 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207754 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70207762 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207770 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207778 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207786 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207794 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207802 TGTATGTG
1 TGTATGTG
**
70207810 TGTATGCA
1 TGTATGTG
70207818 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207826 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207834 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207842 TGT-T-TA
1 TGTATGTG
* *
70207848 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70207856 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207864 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207872 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207880 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207888 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207896 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70207904 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70207912 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207920 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207928 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70207936 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207944 CGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207952 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70207960 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207968 TTTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207976 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70207984 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70207992 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70208000 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70208008 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70208016 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208024 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208032 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208040 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208048 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70208056 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208064 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208072 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208080 TGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70208088 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70208096 TGTATGCGTA
1 TGTAT--GTG
70208106 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70208116 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208124 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208132 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
* *
70208142 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70208150 TGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70208158 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
*
70208166 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70208174 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208182 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70208190 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208198 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208206 TGCATGTATG
1 TGTATG--TG
70208216 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70208226 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208234 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208242 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208250 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208258 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208266 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70208274 TGCATGTA
1 TGTATGTG
*
70208282 TGTCTGTG
1 TGTATGTG
*
70208290 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208298 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70208306 CGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70208314 TGTATATG
1 TGTATGTG
* *
70208322 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70208330 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70208338 TGTATGCG
1 TGTATGTG
*
70208346 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* **
70208354 TGTGTGCA
1 TGTATGTG
70208362 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70208372 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70208380 CGTATGTA
1 TGTATGTG
70208388 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208396 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70208402 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70208408 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208416 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208424 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208432 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208440 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70208448 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208456 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208464 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208472 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208480 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208488 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208496 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208504 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208512 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208520 TGTA--TG
1 TGTATGTG
70208526 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70208532 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70208540 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70208548 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208556 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70208564 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70208572 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208580 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70208588 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70208596 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208604 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208612 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70208620 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70208628 GGCATGTG
1 TGTATGTG
70208636 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208644 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208652 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208660 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208668 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208676 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208684 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208692 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208700 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208708 TGTATATA
1 TGTATGTG
*
70208716 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* * *
70208724 TATATATA
1 TGTATGTG
*
70208732 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208740 TGTATATA
1 TGTATGTG
70208748 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208756 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208764 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208772 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208780 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208788 TGTATCTA
1 TGTATGTG
*
70208796 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70208804 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70208812 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208820 TTTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208828 TATATGTA
1 TGTATGTG
*
70208836 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70208844 TATATGTG
1 TGTATGTG
*
70208852 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208860 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208868 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70208876 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70208884 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208892 TATGTATGTATG
1 --TGTATG--TG
70208904 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208912 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70208920 TGTGTATG
1 TGTATGTG
* *
70208928 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70208936 TGTATGTT
1 TGTATGTG
*
70208944 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70208952 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70208960 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
*
70208968 TGTATGTA
1 TGTATGTG
** *
70208976 TGCGTGTA
1 TGTATGTG
70208984 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70208992 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209000 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70209006 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70209014 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70209022 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209030 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209038 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* *
70209044 TATATGTA
1 TGTATGTG
70209052 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209060 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209068 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70209078 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70209088 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209096 TGTA-GTTG
1 TGTATG-TG
70209104 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209112 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70209120 AGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209128 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70209136 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209144 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70209152 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209160 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209168 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209176 TG--TGTA
1 TGTATGTG
* *
70209182 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70209190 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70209198 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209206 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70209214 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209222 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209230 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* * *
70209238 TGTGTATA
1 TGTATGTG
70209246 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209254 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70209262 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209270 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209278 TGTATGTT
1 TGTATGTG
70209286 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209294 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209302 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209310 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209318 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70209326 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70209334 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209342 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209350 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209358 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209366 TGTATATG
1 TGTATGTG
70209374 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209382 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209390 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209398 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209406 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209414 TGCATGTGTG
1 TG--TATGTG
70209424 CATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70209434 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209442 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209450 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209458 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209466 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209474 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209482 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209490 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70209498 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209506 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209514 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209522 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209530 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70209538 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70209546 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209554 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209562 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209570 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209578 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209586 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209594 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209602 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209610 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209618 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209626 TGTA----
1 TGTATGTG
70209630 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209638 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70209646 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209654 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209662 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209670 TGTATATG
1 TGTATGTG
70209678 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209686 TGTATATG
1 TGTATGTG
70209694 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209702 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70209712 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70209722 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209730 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70209738 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70209746 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209754 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70209764 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70209774 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209782 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209790 TGTATGTACG
1 TGTATGT--G
* *
70209800 TATATATGTA
1 --TGTATGTG
*
70209810 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70209818 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209826 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209834 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209842 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70209848 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70209856 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70209864 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70209872 TGCATGTT
1 TGTATGTG
70209880 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209888 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209896 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209904 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209912 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209920 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209928 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209936 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209944 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209952 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70209960 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70209968 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70209976 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70209984 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70209992 TG--TGAT-
1 TGTATG-TG
70209998 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210006 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210014 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210022 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210030 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210038 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210046 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210054 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210062 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70210070 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70210078 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70210086 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210094 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70210102 TGTATGTC
1 TGTATGTG
70210110 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210118 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210126 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210134 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210142 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
*
70210152 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70210160 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210168 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70210174 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210182 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210190 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210198 TGTATATG
1 TGTATGTG
70210206 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210214 TGTATATG
1 TGTATGTG
70210222 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210230 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70210240 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70210250 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210258 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70210266 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
*
70210274 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70210282 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210290 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70210298 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210306 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210314 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70210322 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70210330 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210338 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70210346 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210354 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210362 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210370 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210378 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210386 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210394 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210402 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70210410 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210418 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70210426 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70210434 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210442 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70210450 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210458 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
*
70210466 TGTAGGTG
1 TGTATGTG
70210474 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210482 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210490 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210498 TGTTTGTG
1 TGTATGTG
70210506 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210514 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210522 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210530 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210538 TGTATGTT
1 TGTATGTG
*
70210546 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70210554 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70210562 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210570 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210578 TGTATGGG
1 TGTATGTG
*
70210586 TGTATATG
1 TGTATGTG
70210594 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210602 TGTATATG
1 TGTATGTG
70210610 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210618 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70210628 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70210638 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210646 TGTATGTA
1 TGTATGTG
* *
70210654 TGTGTGTT
1 TGTATGTG
70210662 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210670 TGTATGTATG
1 TGTATG--TG
70210680 TATGTATGTG
1 --TGTATGTG
70210690 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210698 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210706 TGTATGTACG
1 TGTATGT--G
*
70210716 TATGTATGTA
1 --TGTATGTG
*
70210726 TGTACGTG
1 TGTATGTG
70210734 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210742 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210750 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210758 TG--TGTG
1 TGTATGTG
70210764 TG--TGTG
1 TGTATGTG
*
70210770 TGTGTGTG
1 TGTATGTG
70210778 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210786 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70210794 TGCATGTT
1 TGTATGTG
70210802 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210810 TGGATGTG
1 TGTATGTG
*
70210818 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70210826 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70210834 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70210842 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70210850 TGCATGTG
1 TGTATGTG
*
70210858 TGCATGTG
1 TGTATGTG
70210866 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210874 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70210882 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70210890 TG--TGTT
1 TGTATGTG
70210896 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210904 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210912 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210920 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210928 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210936 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70210944 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70210952 TGTATGTT
1 TGTATGTG
70210960 TGTATGTGTG
1 TGTA--TGTG
70210970 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70210978 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
* *
70210986 TGTGTGTA
1 TGTATGTG
70210994 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211002 TGTATGTA
1 TGTATGTG
*
70211010 TGTATGTC
1 TGTATGTG
*
70211018 TATATGTG
1 TGTATGTG
70211026 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211034 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211042 TGTATGTG
1 TGTATGTG
* *
70211050 TGTTTGTA
1 TGTATGTG
70211058 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211066 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211074 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70211082 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211090 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211098 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211106 CGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211114 CGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211122 CGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211130 CGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211138 CGTATGTG
1 TGTATGTG
70211146 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211154 CGTATGTG
1 TGTATGTG
70211162 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211170 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211178 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211186 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70211194 TGTATGTG
1 TGTATGTG
*
70211202 TGTATGTA
1 TGTATGTG
70211210 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211218 TGTATGTG
1 TGTATGTG
70211226 TGT
1 TGT
70211229 CCGTTATATT
Statistics
Matches: 11748, Mismatches: 1169, Indels: 666
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
4 28 0.00
5 2 0.00
6 253 0.02
7 37 0.00
8 10807 0.92
9 20 0.00
10 423 0.04
11 1 0.00
12 177 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.02, G:0.36, T:0.47
Consensus pattern (8 bp):
TGTATGTG
Found at i:70215686 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 70215636--70215692 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
70215626 AAGCCAAACC
* *
70215636 AAGCCTTTGTGATGAATTATCTGAA
1 AAGCCTTTATGATGAATTATCTCAA
* *
70215661 AAGCTTTTATGATGTATTAT-TCAAA
1 AAGCCTTTATGATGAATTATCTC-AA
70215686 AAGCCTT
1 AAGCCTT
70215693 AATGGCGAAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.04
25 25 0.96
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
AAGCCTTTATGATGAATTATCTCAA
Found at i:70220355 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 70220322--70220380 Score: 109
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
70220312 GCTCCGGGAC
70220322 TAGTGACCACACGTTGAAGTAAAAACTTA
1 TAGTGACCACACGTTGAAGTAAAAACTTA
*
70220351 TAGTGACCACACTTTGAAGTAAAAACTTA
1 TAGTGACCACACGTTGAAGTAAAAACTTA
70220380 T
1 T
70220381 CTTTGCATTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 29 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
TAGTGACCACACGTTGAAGTAAAAACTTA
Found at i:70222502 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 70222477--70222511 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
70222467 AATCCTTAAT
70222477 TCGTCAAATTCCCCAAA
1 TCGTCAAA-TCCCCAAA
*
70222494 TCGTGAAATCCCCAAA
1 TCGTCAAATCCCCAAA
70222510 TC
1 TC
70222512 CATAACATCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.59
17 7 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.34, G:0.09, T:0.23
Consensus pattern (16 bp):
TCGTCAAATCCCCAAA
Found at i:70222562 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 70222543--70222595 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 3.3 Consensus size: 16
70222533 TGAATTCCTA
70222543 AAATCTTGAAATCCCT
1 AAATCTTGAAATCCCT
* * *
70222559 AAATATTAAAAT-CTT
1 AAATCTTGAAATCCCT
*
70222574 CAAATTTTGAAATCCCT
1 -AAATCTTGAAATCCCT
70222591 AAATC
1 AAATC
70222596 ATTAGTATTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 7, Indels: 4
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.07
16 24 0.86
17 2 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
AAATCTTGAAATCCCT
Found at i:70222992 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 70222782--70222992 Score: 359
Period size: 117 Copynumber: 1.8 Consensus size: 117
70222772 TTTGGTTTGT
* *
70222782 TGGTTATTTGTGATTTATTATTGCAATTTCAGTGCCACAATATAGGGCTTGTTTTGTCGATTTGT
1 TGGTTATTTGTGATTTATTATTGCAATTTCAGTGCCACAATATAGGGCTTGTTTTATCAATTTGT
70222847 GATGCGACAATGGTCCCGATGTTATTGATAAAGCTGTTATTAAAATTGTTTA
66 GATGCGACAATGGTCCCGATGTTATTGATAAAGCTGTTATTAAAATTGTTTA
* *
70222899 TGGTTATTTGTGATTTATTATTGCAATTTCAGTGCCACAATGTAGGGTTTGTTTTATCAATTTGT
1 TGGTTATTTGTGATTTATTATTGCAATTTCAGTGCCACAATATAGGGCTTGTTTTATCAATTTGT
* * *
70222964 GATGCGACAGTGGTCTCGATGTTGTTGAT
66 GATGCGACAATGGTCCCGATGTTATTGAT
70222993 TTCTGTTACC
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
117 87 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.11, G:0.23, T:0.44
Consensus pattern (117 bp):
TGGTTATTTGTGATTTATTATTGCAATTTCAGTGCCACAATATAGGGCTTGTTTTATCAATTTGT
GATGCGACAATGGTCCCGATGTTATTGATAAAGCTGTTATTAAAATTGTTTA
Found at i:70224343 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 70224326--70224350 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
70224316 CTGTTGTTAT
70224326 ATAGTGAAGAAA
1 ATAGTGAAGAAA
70224338 ATAGTGAAGAAA
1 ATAGTGAAGAAA
70224350 A
1 A
70224351 AATGGCTGGG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.24, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
ATAGTGAAGAAA
Found at i:70229138 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 70229091--70229194 Score: 111
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
70229081 TCACGGTCAG
** * *
70229091 GGTCTTACACGAAAT-GGAATAACGATGCCAATGTCCTAGATAA
1 GGTCTTACACGAAATCACAAT-AC-ATGCCAATGTCCCAGACAA
* *
70229134 GGTCTTACACGTAATCACAATACATGCCAATGTCCCAGACAT
1 GGTCTTACACGAAATCACAATACATGCCAATGTCCCAGACAA
* *
70229176 GGTCTTACATGTAATCACA
1 GGTCTTACACGAAATCACA
70229195 TCTCAGTAAC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 34 0.64
43 16 0.30
44 3 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (42 bp):
GGTCTTACACGAAATCACAATACATGCCAATGTCCCAGACAA
Found at i:70229167 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 70229115--70229194 Score: 124
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
70229105 TGGAATAACG
* *
70229115 ATGCCAATGTCCTAGATAAGGTCTTACACGTAATCACAATAC
1 ATGCCAATGTCCCAGACAAGGTCTTACACGTAATCACAATAC
* *
70229157 ATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACATGTAATCACA
1 ATGCCAATGTCCCAGACAAGGTCTTACACGTAATCACA
70229195 TCTCAGTAAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 34 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.25, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (42 bp):
ATGCCAATGTCCCAGACAAGGTCTTACACGTAATCACAATAC
Found at i:70232581 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 70232438--70232616 Score: 358
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
70232428 GGCCGGCCAT
70232438 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
70232503 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
70232523 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
70232588 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
70232608 GAGCATGGG
1 GAGCATGGG
70232617 CAATAAAGTA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 94 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:70233918 original size:79 final size:81
Alignment explanation
Indices: 70233782--70233964 Score: 232
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 81
70233772 TCGAATGATG
* *
70233782 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
70233846 TGTGCGAGTTACTA-A
66 TGTGCGAGTTACTATA
* * * **
70233861 TTCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGC-GAGTTACTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCA
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCA
70233923 TTTGTGCGAGTTACTATA
64 TTTGTGCGAGTTACTATA
* *
70233941 ACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
70233965 TGAACGAGTA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 9, Indels: 8
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 1 0.01
79 59 0.66
80 30 0.33
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (81 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
TGTGCGAGTTACTATA
Found at i:70233980 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 70233783--70233966 Score: 216
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
70233773 CGAATGATGT
* * * *
70233783 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTATAA
* *
70233823 CCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-ATT
1 CCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA-A
*
70233863 CCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTA-AA
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
*
70233901 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 -CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
*
70233942 CCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
70233967 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 11, Indels: 14
0.83 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.28
40 81 0.64
41 10 0.08
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
Found at i:70233988 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 70233835--70233999 Score: 210
Period size: 79 Copynumber: 2.1 Consensus size: 79
70233825 GGACTAAGAT
* **
70233835 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
*
70233900 ATCCGGGTTAAGTC
66 ATCCGGGTTAAATC
* *
70233914 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-TAGC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-ACCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGAACGAGTTA-C
* *
70233977 TATATCC-GGTTAAATT
63 TAAATCCGGGTTAAATC
70233993 CCGAAGG
1 CCGAAGG
70234000 TACGTGATTC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 6
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.03
79 49 0.65
80 24 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
ATCCGGGTTAAATC
Found at i:70240559 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 70240416--70240594 Score: 358
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
70240406 GGCCGGCCAT
70240416 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
70240481 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
70240501 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
70240566 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
70240586 GAGCATGGG
1 GAGCATGGG
70240595 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 94 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:70241895 original size:79 final size:81
Alignment explanation
Indices: 70241759--70241941 Score: 223
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 81
70241749 TCGAATGATG
* *
70241759 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
70241823 TGTGCGAGTTACTA-A
66 TGTGCGAGTTACTATA
* * * **
70241838 TTCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGC-GAGTTACTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCA
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCA
70241900 TTTGTGCGAGTTACTATA
64 TTTGTGCGAGTTACTATA
* * *
70241918 ACTGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
70241942 TGAACGAGTA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 10, Indels: 8
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 1 0.01
79 58 0.65
80 30 0.34
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (81 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
TGTGCGAGTTACTATA
Found at i:70241950 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 70241760--70241943 Score: 203
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
70241750 CGAATGATGT
* * * *
70241760 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTA-AA
* *
70241800 CCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATT
1 CCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAA-A
*
70241840 CCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
70241878 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 -CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AA
* *
70241919 CTGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
70241944 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 12, Indels: 14
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.28
40 80 0.64
41 10 0.08
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
Found at i:70241965 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 70241812--70241976 Score: 201
Period size: 79 Copynumber: 2.1 Consensus size: 79
70241802 GGACTAAGAT
* **
70241812 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATTCCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
*
70241877 ATCCGGGTTAAGTC
66 ATCCGGGTTAAATC
* * *
70241891 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATAACTGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-TAGC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAT-ACCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGAACGAGTTA-C
* *
70241954 TATATCC-GGTTAAATT
63 TAAATCCGGGTTAAATC
70241970 CCGAAGG
1 CCGAAGG
70241977 TACGTGATTC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.03
79 48 0.65
80 24 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTGGAACGAGTTACTAA
ATCCGGGTTAAATC
Found at i:70243855 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 70243837--70243861 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
70243827 ATACACCAGA
70243837 AACATATCAAAGG
1 AACATATCAAAGG
70243850 AACATATCAAAG
1 AACATATCAAAG
70243862 CAAACTACAG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.16, G:0.12, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
AACATATCAAAGG
Found at i:70263189 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 70263098--70263220 Score: 124
Period size: 49 Copynumber: 2.5 Consensus size: 49
70263088 TGTGTGTGCT
* * * * * * *
70263098 AGTGTAAGACCTGTCTAGGACATGGCATCGGTATCGATATATG-AGAGCC
1 AGTGTAAGTCCTGTATGGGACATGGCATCAGCATCAAGATATGTA-AGCC
* *
70263147 TGTGTAAGTCCTGTATGGGACATGGCATCAGCCTCAAGATATGTAAGCC
1 AGTGTAAGTCCTGTATGGGACATGGCATCAGCATCAAGATATGTAAGCC
*
70263196 AGTGTAAGAT-CTGTTTGGGACATGG
1 AGTGTAAG-TCCTGTATGGGACATGG
70263221 TATCGGCTTG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 4
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 59 0.97
50 2 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (49 bp):
AGTGTAAGTCCTGTATGGGACATGGCATCAGCATCAAGATATGTAAGCC
Found at i:70263355 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 70263091--70263367 Score: 321
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
70263081 TGGGTGATGT
* *** * **
70263091 GTGTGCTAGTGTAAGACCTGTCTAGGACATGGCATCGGTATCGATATATGAGAGCCTGTGTAAGT
1 GTGTGCTAGTGTAAGACCTGTCTAGGACATAGCATCAACATCGATATATGAGAGCCAGTGTAAAA
* * *
70263156 CCTGTATGGGACATGGCATCAGCCTCAAGATATGTAAGCCAGTGTAAGATCTGTTTGGGACATGG
66 CCTGTATGGGACATGGCATCAGCCTCAAGATATGTAAGCCAGTATAAGACCTATTTGGGACATGG
*
70263221 TATCGGCTTGAG
131 CATCGGCTTGAG
* *
70263233 GTGTGTTAGTGTAAGACCTGTCTGGGACATAGCATCAACA-CAGATA-AGTGAGAGCCAGTGTAA
1 GTGTGCTAGTGTAAGACCTGTCTAGGACATAGCATCAACATC-GATATA-TGAGAGCCAGTGTAA
* * * *
70263296 AACCTGTCTGGGACATGGCAT-AGGCCTCGATG-TATAG-ATGTCAGTATAAGACCTATTTGGGA
64 AACCTGTATGGGACATGGCATCA-GCCTC-AAGATAT-GTAAGCCAGTATAAGACCTATTTGGGA
70263358 CATGGCATCG
126 CATGGCATCG
70263368 ACTTAGATGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
141 3 0.03
142 107 0.95
143 3 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (142 bp):
GTGTGCTAGTGTAAGACCTGTCTAGGACATAGCATCAACATCGATATATGAGAGCCAGTGTAAAA
CCTGTATGGGACATGGCATCAGCCTCAAGATATGTAAGCCAGTATAAGACCTATTTGGGACATGG
CATCGGCTTGAG
Found at i:70264441 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 70264435--70264485 Score: 102
Period size: 3 Copynumber: 17.0 Consensus size: 3
70264425 TCCAGGTAAG
70264435 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
70264483 TCT
1 TCT
70264486 ATTCTTCAAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 48 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:70266490 original size:448 final size:448
Alignment explanation
Indices: 70265655--70266552 Score: 1760
Period size: 448 Copynumber: 2.0 Consensus size: 448
70265645 TTTATTCCAC
70265655 TGCCCCCTCCTACCTTATGAAATCTACTAGGATAGAGAAGCTTTAGATTTGGTTTTAAGTTTGGA
1 TGCCCCCTCCTACCTTATGAAATCTACTAGGATAGAGAAGCTTTAGATTTGGTTTTAAGTTTGGA
70265720 ATCAAGTTTGAATACCTTTTTTAATTACTTCATTGTTAAAAAAATTTGGAGGCATGACCAATTGT
66 ATCAAGTTTGAATACCTTTTTTAATTACTTCATTGTTAAAAAAATTTGGAGGCATGACCAATTGT
*
70265785 GGTAAGTGATATTTGATGCAACAAGTCAAATTTGGATAGGATAAAGACCAAGGAATTCTATCAGC
131 GGTAAGTGATATTTGATGCAACAAGTCAAATTTGGATAGGATAAAGACCAAGGAATCCTATCAGC
70265850 ACTAGGGAATAAGTACATTGGTCTCAAGGTATCAGAAAAAGACCTAAAAATAGTAGGTTTTTGGT
196 ACTAGGGAATAAGTACATTGGTCTCAAGGTATCAGAAAAAGACCTAAAAATAGTAGGTTTTTGGT
*
70265915 GGAATGGAACCTGAATAAGCCGCTTATTTTTCCTAGAGTTTGACCATACTTTTTAAACCTTAGTA
261 GGAATGGAACCTGAATAAGCCGCTTATTTTGCCTAGAGTTTGACCATACTTTTTAAACCTTAGTA
*
70265980 ATACTTCATAACCTAGTTGTACTGCATTGTGCTAACTACGTTTAGAGAACCATTTGAAGGGGGAA
326 ATACTTCATAACCTAGTTGTACTGCATTGTGCTAACAACGTTTAGAGAACCATTTGAAGGGGGAA
70266045 AGAGATATGAATGCCTATTGTTGTTGCCTTAATTATATTGTTCTCAATTATCTTTTGT
391 AGAGATATGAATGCCTATTGTTGTTGCCTTAATTATATTGTTCTCAATTATCTTTTGT
70266103 TGCCCCCTCCTACCTTATGAAATCTACTAGGATAGAGAAGCTTTAGATTTGGTTTTAAGTTTGGA
1 TGCCCCCTCCTACCTTATGAAATCTACTAGGATAGAGAAGCTTTAGATTTGGTTTTAAGTTTGGA
70266168 ATCAAGTTTGAATACCTTTTTTAATTACTTCATTGTTAAAAAAATTTGGAGGCATGACCAATTGT
66 ATCAAGTTTGAATACCTTTTTTAATTACTTCATTGTTAAAAAAATTTGGAGGCATGACCAATTGT
70266233 GGTAAGTGATATTTGATGCAACAAGTCAAATTTGGATAGGATAAAGACCAAGGAATCCTATCAGC
131 GGTAAGTGATATTTGATGCAACAAGTCAAATTTGGATAGGATAAAGACCAAGGAATCCTATCAGC
70266298 ACTAGGGAATAAGTACATTGGTCTCAAGGTATCAGAAAAAGACCTAAAAATAGTAGGTTTTTGGT
196 ACTAGGGAATAAGTACATTGGTCTCAAGGTATCAGAAAAAGACCTAAAAATAGTAGGTTTTTGGT
70266363 GGAATGGAACCTGAATAAGCCGCTTATTTTGCCTAGAGTTTGACCATACTTTTTAAACCTTAGTA
261 GGAATGGAACCTGAATAAGCCGCTTATTTTGCCTAGAGTTTGACCATACTTTTTAAACCTTAGTA
70266428 ATACTTCATAACCTAGTTGTACTGCATTGTGCTAACAACGTTTAGAGAACCATTTGAAGGGGGAA
326 ATACTTCATAACCTAGTTGTACTGCATTGTGCTAACAACGTTTAGAGAACCATTTGAAGGGGGAA
*
70266493 AGAGATGTGAATGCCTATTGTTGTTGCCTTAATTATATTGTTCTCAATTATCTTTTGT
391 AGAGATATGAATGCCTATTGTTGTTGCCTTAATTATATTGTTCTCAATTATCTTTTGT
70266551 TG
1 TG
70266553 GTTCCTATGC
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 4, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
448 446 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (448 bp):
TGCCCCCTCCTACCTTATGAAATCTACTAGGATAGAGAAGCTTTAGATTTGGTTTTAAGTTTGGA
ATCAAGTTTGAATACCTTTTTTAATTACTTCATTGTTAAAAAAATTTGGAGGCATGACCAATTGT
GGTAAGTGATATTTGATGCAACAAGTCAAATTTGGATAGGATAAAGACCAAGGAATCCTATCAGC
ACTAGGGAATAAGTACATTGGTCTCAAGGTATCAGAAAAAGACCTAAAAATAGTAGGTTTTTGGT
GGAATGGAACCTGAATAAGCCGCTTATTTTGCCTAGAGTTTGACCATACTTTTTAAACCTTAGTA
ATACTTCATAACCTAGTTGTACTGCATTGTGCTAACAACGTTTAGAGAACCATTTGAAGGGGGAA
AGAGATATGAATGCCTATTGTTGTTGCCTTAATTATATTGTTCTCAATTATCTTTTGT
Found at i:70270302 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 70270254--70270329 Score: 116
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
70270244 TTGAATTTGT
70270254 TTGATATTGATTATGTTTTAAGCTTGTTAGATA
1 TTGA-ATTGATTATGTTTTAAGCTTGTTAGATA
* *
70270287 TTGAATTTATTATGTTTTAAGCTTGTTCGATA
1 TTGAATTGATTATGTTTTAAGCTTGTTAGATA
*
70270319 TTGAAATGATT
1 TTGAATTGATT
70270330 GACAATGACA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.90
33 4 0.10
ACGTcount: A:0.28, C:0.04, G:0.17, T:0.51
Consensus pattern (32 bp):
TTGAATTGATTATGTTTTAAGCTTGTTAGATA
Found at i:70271890 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 70271853--70271879 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
70271843 CCAGAAAAGT
70271853 AAATCATTTTCCAA
1 AAATCATTTTCCAA
70271867 AAATCATTTTCCA
1 AAATCATTTTCCA
70271880 GAGAATATTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.22, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
AAATCATTTTCCAA
Found at i:70272376 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 70272336--70272376 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
70272326 TTAAGAAGGG
70272336 CACACGGGCGTGTCGCCCCTTC
1 CACACGGGCGTGTCGCCCCTTC
*
70272358 CACACTGGCGTGT-GCCCCT
1 CACACGGGCGTGTCGCCCCT
70272377 GTTTCAACAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.33
22 12 0.67
ACGTcount: A:0.10, C:0.44, G:0.27, T:0.20
Consensus pattern (22 bp):
CACACGGGCGTGTCGCCCCTTC
Found at i:70281904 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 70281848--70282066 Score: 173
Period size: 49 Copynumber: 4.6 Consensus size: 48
70281838 TATGTGTGCT
*
70281848 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACACGGCATCGGCACCGATAGATGAGAGCC
1 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCATCGGCACCGATA-ATGAGAGCC
* * * *
70281897 AGTGTAAGACCTATCTAGGACACGGCATCGGC-CTCAAGAT-ATGCA-AGCT
1 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCATCGGCAC-C--GATAATG-AGAGCC
* * * * * *
70281946 AGTGTAAGACCTGTCTGAGACATGGCATC-G-A-C-TTAAGGTGTGTC
1 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCATCGGCACCGATAATGAGAGCC
* * * * *
70281990 AATGTAAGACCTATCTGGGATATGGCATCGACACAGATAAGTGAGAGCC
1 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCATCGGCACCGATAA-TGAGAGCC
* *
70282039 AGTGTAAGAGCTGTCTAGGACATGGCAT
1 AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCAT
70282067 AAGCCTCAAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 29, Indels: 24
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 28 0.22
46 2 0.02
48 5 0.04
49 89 0.69
50 1 0.01
51 3 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (48 bp):
AGTGTAAGACCTGTCTGGGACATGGCATCGGCACCGATAATGAGAGCC
Found at i:70282229 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 70282206--70282261 Score: 85
Period size: 16 Copynumber: 3.5 Consensus size: 16
70282196 CGTTTGGTTG
*
70282206 GCTGTAATGGAATAGG
1 GCTGTAATGGAATAGA
* *
70282222 GTTGTAATTGAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
70282238 GCTGTAATGGAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
70282254 GCTGTAAT
1 GCTGTAAT
70282262 AAGTAATTCA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 35 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
GCTGTAATGGAATAGA
Found at i:70282336 original size:44 final size:46
Alignment explanation
Indices: 70282243--70282336 Score: 138
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
70282233 ATAGAGCTGT
*
70282243 AATGGAATAGAGCTGTAATAAGTAATTCAACTGTTTGGTTGAATGG
1 AATGGAATAGAACTGTAATAAGTAATTCAACTGTTTGGTTGAATGG
***
70282289 AATGGAATAGAACTGTAAT-AGT-ATTCTTGTGTTTGGTTGAATGG
1 AATGGAATAGAACTGTAATAAGTAATTCAACTGTTTGGTTGAATGG
70282333 AATG
1 AATG
70282337 ATGTTGTAAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 23 0.52
45 3 0.07
46 18 0.41
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (46 bp):
AATGGAATAGAACTGTAATAAGTAATTCAACTGTTTGGTTGAATGG
Found at i:70286869 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 70286810--70286868 Score: 84
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
70286800 AAATTCTAAT
*
70286810 AAAAATCTTTAAAAATGAAAAAATTAC
1 AAAAATATTTAAAAATGAAAAAATTAC
*
70286837 AAAAATATATTAAAAAT-ATAAAATTAC
1 AAAAATAT-TTAAAAATGAAAAAATTAC
70286864 AAAAA
1 AAAAA
70286869 AACTATAAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 21 0.72
28 8 0.28
ACGTcount: A:0.68, C:0.05, G:0.02, T:0.25
Consensus pattern (27 bp):
AAAAATATTTAAAAATGAAAAAATTAC
Found at i:70286877 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 70286810--70286880 Score: 83
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
70286800 AAATTCTAAT
* *
70286810 AAAAATCTTTAAAAATGAAAAAATTACA
1 AAAAAACTATAAAAATGAAAAAATTACA
* *
70286838 AAAATA-TATTAAAAAT-ATAAAATTACA
1 AAAAAACTA-TAAAAATGAAAAAATTACA
70286865 AAAAAACTATAAAAAT
1 AAAAAACTATAAAAAT
70286881 TTACTAAAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 5
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 23 0.64
28 13 0.36
ACGTcount: A:0.68, C:0.06, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (28 bp):
AAAAAACTATAAAAATGAAAAAATTACA
Found at i:70288425 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 70288407--70288443 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
70288397 GAATGAAGAA
70288407 GAAGGAAGATGA-T
1 GAAGGAAGATGAGT
70288420 GAAGGAAGATGATGT
1 GAAGGAAGATGA-GT
70288435 GAAGGAAGA
1 GAAGGAAGA
70288444 AGAAGCAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 12 0.55
15 10 0.45
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.41, T:0.14
Consensus pattern (14 bp):
GAAGGAAGATGAGT
Found at i:70291560 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 70291515--70291561 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
70291505 ATAAAATAGC
*
70291515 AAATAATAAAGAATAAAG
1 AAATAATATA-AATAAAG
* *
70291533 AAATAAAATAAATAAAT
1 AAATAATATAAATAAAG
70291550 AAATAATATAAA
1 AAATAATATAAA
70291562 AGATAAGGGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.68
18 8 0.32
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.04, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
AAATAATATAAATAAAG
Found at i:70295419 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70295358--70295419 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
70295348 AAAACAAACA
* *
70295358 AAATAAAAATTAGAAAACAAAATT
1 AAATAAAAA-TAAAAAACAAAATG
*
70295382 AAACTAAAAA-CAAAAACAAAATG
1 AAA-TAAAAATAAAAAACAAAATG
*
70295405 CAATAAAAATAAAAA
1 AAATAAAAATAAAAA
70295420 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 5
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.19
23 16 0.52
24 3 0.10
25 6 0.19
ACGTcount: A:0.74, C:0.08, G:0.03, T:0.15
Consensus pattern (23 bp):
AAATAAAAATAAAAAACAAAATG
Found at i:70295427 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 70295409--70295433 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
70295399 AAAATGCAAT
70295409 AAAAATAAAAATA
1 AAAAATAAAAATA
70295422 AAAAATAAAAAT
1 AAAAATAAAAAT
70295434 CTAGTGTTCC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
AAAAATAAAAATA
Found at i:70297345 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70297318--70297362 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
70297308 AAAAGATTAA
*
70297318 GGATTTCACGATTTGGGTCTAAG
1 GGATTTCAAGATTTGGGTCTAAG
*
70297341 GGATTTCAAGATTTGGTTCTAA
1 GGATTTCAAGATTTGGGTCTAA
70297363 AAGATTAAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.11, G:0.27, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
GGATTTCAAGATTTGGGTCTAAG
Found at i:70297368 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70297319--70297368 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
70297309 AAAGATTAAG
* **
70297319 GATTTCACGATTTGGGTCTAAGG
1 GATTTCAAGATTTGGGTCTAAAA
*
70297342 GATTTCAAGATTTGGTTCTAAAA
1 GATTTCAAGATTTGGGTCTAAAA
70297365 GATT
1 GATT
70297369 AAGGATGTAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
GATTTCAAGATTTGGGTCTAAAA
Found at i:70299914 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 70299866--70299916 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
70299856 AGGTCATGAT
*
70299866 CGTGGTCGTGGT
1 CGTGGTCGTGGA
70299878 CGTGGTCGTGGA
1 CGTGGTCGTGGA
* * *
70299890 CGTAGTAGGGGA
1 CGTGGTCGTGGA
*
70299902 CGTGGTCGAGGA
1 CGTGGTCGTGGA
70299914 CGT
1 CGT
70299917 ACTAGTAATC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 32 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.16, G:0.49, T:0.24
Consensus pattern (12 bp):
CGTGGTCGTGGA
Found at i:70308197 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 70308177--70308208 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
70308167 GATACTGATC
70308177 CACCGTACCGATCAT
1 CACCGTACCGATCAT
70308192 CACCGTACCGATCAT
1 CACCGTACCGATCAT
70308207 CA
1 CA
70308209 AATCGTCACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.41, G:0.12, T:0.19
Consensus pattern (15 bp):
CACCGTACCGATCAT
Done.