Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15768
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.23, T:0.32
Found at i:2733 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2665--2882 Score: 234
Period size: 46 Copynumber: 4.7 Consensus size: 47
2655 TTTTATGTGT
*
2665 ATATATGCGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGA-ACATGC
1 ATATATGTG-TAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAGACATGC
2712 ATATATGTGTAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGA-ACATGC
1 ATATATGTGTAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAGACATGC
* *
2758 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAAAT-AGTATGAGATAT--
1 ATATATGTG-TAAGGCCGAATGGCCAATGTG--ATGAATATGAGACATGC
* * * * *
2805 ATATATGTATAA-GCCGAATGGCTAATGTGAAGTATGTATGAGATATGC
1 ATATATGTGTAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG-A-ATATGAGACATGC
* * *
2853 ATATGTG-GTAAAGCCGAATGGCTAATGTGA
1 ATATATGTGTAAGGCCGAATGGCCAATGTGA
2883 AATATGTATG
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 8, Indels: 19
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
45 17 0.11
46 60 0.39
47 40 0.26
48 30 0.20
49 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.26, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
ATATATGTGTAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAGACATGC
Found at i:2777 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 2665--2979 Score: 264
Period size: 93 Copynumber: 3.4 Consensus size: 93
2655 TTTTATGTGT
* *
2665 ATATATGCGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGA-ACATGCATATATGTGTAAGGCCG
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT-AATATGAGACAT--ATATATGTATAA-GCCG
*
2729 AATGGCCAATGTGATG-A-ATATGA-ACATGC
62 AATGGCCAATGTGAAGTATATATGAGACATGC
* *
2758 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAAATAGTATGAGATATATATATGTATAAGCCGAA
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTG--ATAATATGAGACATATATATGTATAAGCCGAA
* * *
2823 TGGCTAATGTGAAGTATGTATGAGATATGC
64 TGGCCAATGTGAAGTATATATGAGACATGC
* * * *
2853 --ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGA-AATATGTATGAGATATGCATATGGGTA-AAGC
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATAATATG-A-GACATAT--ATAT--GTATAAGC
* * *
2914 CGAATGG-TAATGTGAAATATATATGAGATATG-
60 CGAATGGCCAATGTGAAGTATATATGAGACATGC
* *
2946 -TATATG-G-TAAAGCCGAATGG-CAGTGTGA-AATATG
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATAATATG
2980 TATGAGATAT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 17, Indels: 28
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
90 5 0.03
91 14 0.07
92 37 0.19
93 69 0.36
94 43 0.22
95 21 0.11
96 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (93 bp):
ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATAATATGAGACATATATATGTATAAGCCGAATG
GCCAATGTGAAGTATATATGAGACATGC
Found at i:3013 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 2772--3029 Score: 414
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
2762 ATGTGATAAG
* *
2772 GCCGAATGGCCAATGTGAAATAGTATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGAAG
1 GCCGAATGGCCAATGTGAAATAATATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA
2837 TATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGCA
66 TATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGCA
2902 TATGGGTAAA
131 TATGGGTAAA
* * *
2912 GCCGAATGG-TAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGGTA-AAGCCGAATGGC-AGTGTGA
1 GCCGAATGGCCAATGTGAAATA-ATATGAGATATATATAT-GTATAAGCCGAATGGCTAATGTGA
* *
2974 AATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTA
64 AATATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTA
3030 GGCGATGTGC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 7, Indels: 5
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 70 0.64
140 36 0.33
141 3 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.27, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
GCCGAATGGCCAATGTGAAATAATATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA
TATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGCA
TATGGGTAAA
Found at i:3065 original size:139 final size:138
Alignment explanation
Indices: 2770--3069 Score: 383
Period size: 139 Copynumber: 2.2 Consensus size: 138
2760 ATATGTGATA
*
2770 AGGCCGAATGGCCAATGTGAAATAGTATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGA
1 AGGCCGAAT-GCCAATGTGAAATAATATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGA
* *
2835 AGTATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
65 AATATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTAGGAGATATG
*
2900 CATATGGGT
130 CATATGCGT
* ** * *
2909 AAAGCCGAATGGTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGGTA-AAGCCGAATGGC-AGTGT
1 -AGGCCGAATGCCAATGTGAAATA-ATATGAGATATATATAT-GTATAAGCCGAATGGCTAATGT
* * * *
2972 GAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTAGGCGATG
63 GAAATATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTAGGAGATA
3037 TGCGTATAT-CGT
128 TGC--ATATGCGT
*
3049 -GGCCGAACGACCAATGTGAAA
1 AGGCCGAATG-CCAATGTGAAA
3070 GGTGTGTATT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
138 7 0.05
139 87 0.63
140 37 0.27
141 7 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (138 bp):
AGGCCGAATGCCAATGTGAAATAATATGAGATATATATATGTATAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
ATATGTATGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTAGGAGATATGC
ATATGCGT
Found at i:3261 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3175--3282 Score: 182
Period size: 37 Copynumber: 2.9 Consensus size: 37
3165 GGAAATATAT
*
3175 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
3212 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
* *
3249 T-CGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTT
3283 CGTCTGAGCT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 1
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
36 31 0.46
37 37 0.54
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
Found at i:4597 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 4543--4962 Score: 598
Period size: 39 Copynumber: 10.7 Consensus size: 39
4533 GAGAATTGAG
*
4543 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGGGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
4582 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT
*
4622 AGTGATGTATCC-GGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
4660 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTC-AGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
4698 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
4737 AGTGATATA-CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
4775 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
4814 AGTGATATATCCGGG-TAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
4853 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAG--TCCGAAGAGCATTCGTGCT
* **
4894 AGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCT-AAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * *
4934 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGA
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGA
4963 CAATCATGCT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 28, Indels: 23
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 104 0.30
39 132 0.39
40 71 0.21
41 31 0.09
42 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:4731 original size:77 final size:78
Alignment explanation
Indices: 4543--4928 Score: 636
Period size: 77 Copynumber: 4.9 Consensus size: 78
4533 GAGAATTGAG
* * *
4543 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAAGGGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
1 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
*
4608 AGAGCATTCGTGCT
66 AGAGCATTC-AGCT
4622 AGTGATGTATCCGG-CTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGA
1 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
4685 AGAGCATTCAGCT
66 AGAGCATTCAGCT
4698 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA-CCGGGCTAAGTCCCGA
1 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
*
4762 AGAGCATTCTGCT
66 AGAGCATTCAGCT
4775 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGG-TAAGTCCCGA
1 AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
4839 AGAGCATTCATGCT
66 AGAGCATTCA-GCT
* **
4853 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCC
1 AGTGATGTATCCGGACTAAG--TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCC
4918 GAAGAGCATTC
64 GAAGAGCATTC
4929 GTGCTGGTGT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 8, Indels: 12
0.94 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
76 28 0.10
77 129 0.44
78 72 0.25
79 13 0.04
80 33 0.11
81 17 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (78 bp):
AGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGA
AGAGCATTCAGCT
Found at i:5330 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5304--5347 Score: 79
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
5294 TGAGATAGTG
*
5304 TGTAAGACCATGTCTGGGACA
1 TGTAAGACCATGTCGGGGACA
5325 TGTAAGACCATGTCGGGGACA
1 TGTAAGACCATGTCGGGGACA
5346 TG
1 TG
5348 GCATCGCTCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.32, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TGTAAGACCATGTCGGGGACA
Found at i:9136 original size:45 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9029--9152 Score: 207
Period size: 47 Copynumber: 2.7 Consensus size: 47
9019 TTTTATGTGT
*
9029 ATATATGCGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAACATGC
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAACATGC
*
9076 ATATATGTGTTAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATG-A-ATGC
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAACATGC
*
9121 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCTAATGTGA
1 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGA
9153 ATATGTGAGA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 34 0.47
46 1 0.01
47 38 0.52
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAACATGC
Found at i:9141 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9072--9142 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
9062 GAATATGAAC
*
9072 ATGCATATATGTGTTAAGGCCGA
1 ATGCATATATGTGATAAGGCCGA
* ***
9095 ATGGC-CA-ATGTGATGAA-TATGA
1 AT-GCATATATGTGAT-AAGGCCGA
9117 ATGCATATATGTGATAAGGCCGA
1 ATGCATATATGTGATAAGGCCGA
9140 ATG
1 ATG
9143 GCTAATGTGA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 9, Indels: 10
0.64 0.17 0.19
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.06
22 13 0.38
23 17 0.50
24 2 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (23 bp):
ATGCATATATGTGATAAGGCCGA
Found at i:9321 original size:50 final size:48
Alignment explanation
Indices: 9122--9393 Score: 368
Period size: 48 Copynumber: 5.8 Consensus size: 48
9112 TATGAATGCA
* *
9122 TATATGTGATAAGGCCGAATGGCTAATGTG-AATATG--TGAGATATG
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
9167 TATATGTGGT-AAGCCGAATGGCT-ATGTG-AA-ATGTAT--GATATG
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
*
9209 CATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAT-
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
*
9256 TCATATGTGGTAAAGCCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATGAGATATG
1 T-ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-AATGTG-AA-ATATGTATGAGATATG
* *
9307 TAAATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATG
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
*
9355 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTA
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTA
9394 GGCGATGTGC
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 9, Indels: 25
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 18 0.09
43 20 0.10
44 18 0.09
45 11 0.05
46 6 0.03
47 1 0.00
48 85 0.42
49 4 0.02
50 39 0.19
51 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
Found at i:9329 original size:98 final size:95
Alignment explanation
Indices: 9077--9390 Score: 359
Period size: 98 Copynumber: 3.4 Consensus size: 95
9067 TGAACATGCA
* * * * *
9077 TATATGTGTTAAGGCCGAATGGCCAATGTG--AT-GA-ATATGA-ATGCATATATGTGATAAGGC
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGG-CAATGTGAAATATATATATGATATGCA-A-ATGTGGTAAAGC
9137 CGAATGGCTAATGTG-AATATG--TGAGATATG
63 CGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
* * *
9167 TATATGTGGT-AAGCCGAATGGCTATGTG--A-A-ATGTATGATATGCATATGTGGTAAAGCCGA
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCAATGTGAAATATATATATGATATGCAAATGTGGTAAAGCCGA
9227 ATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATAT-
66 ATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
*
9256 TCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTAAATGTGGTAAAG
1 T-ATATGTGGTAAAGCCGAATGG-CAATGTGAAATATATATAT--GATATGCAAATGTGGTAAAG
*
9321 CCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATG
62 CCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
*
9355 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATAT
1 TATATGTGGTAAAGCCGAATGGC-AATGTGAAATAT
9391 GTAGGCGATG
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 13, Indels: 26
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
87 26 0.13
88 18 0.09
89 16 0.08
90 26 0.13
91 11 0.06
92 6 0.03
94 1 0.01
95 1 0.01
96 5 0.03
97 1 0.01
98 82 0.42
99 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (95 bp):
TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCAATGTGAAATATATATATGATATGCAAATGTGGTAAAGCCGA
ATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATG
Found at i:9648 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9540--9648 Score: 182
Period size: 37 Copynumber: 2.9 Consensus size: 37
9530 GGAAATATAT
*
9540 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
*
9577 TCCGGGAAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
* *
9614 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTT
9649 CGTCTGAGCT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 67 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
Found at i:12179 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11941--12165 Score: 305
Period size: 40 Copynumber: 5.7 Consensus size: 40
11931 TTGAATGATG
* * * *
11941 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAA
* * *
11981 TCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
12021 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
12060 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
12100 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AA
*
12141 -CCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
12166 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 13, Indels: 10
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.21
40 122 0.73
41 10 0.06
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
Found at i:12187 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 11941--12198 Score: 292
Period size: 119 Copynumber: 2.2 Consensus size: 119
11931 TTGAATGATG
* *
11941 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
* ** *
12006 GTGCGAGATACTAATTCCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
66 GTGCGAGATACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTTGAACGAGTGACTAAA
* * * **
12060 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCAT
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCAT
* * *
12123 TTGTGCGAGTTACT-ATAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-GAGCTATA
64 TTGTGCGAGATACTAAT-ACCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGAACGAGTGA-CTAAA
* *
12180 TCC-GGTTAAATTCCGAAGG
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG
12199 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
118 3 0.03
119 83 0.70
120 32 0.27
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (119 bp):
TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTT
GTGCGAGATACTAATACCGGGCTAAGCCCGAAGGCATTTGAACGAGTGACTAAA
Done.