Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3541
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23761
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.18, T:0.31
Found at i:265 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 28--719 Score: 1106
Period size: 48 Copynumber: 14.9 Consensus size: 48
18 AATATATGTG
*
28 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
74 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATG--TA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
120 TGTGGTAAAG-CGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTA-A
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
166 TGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
212 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
260 AGTGGTAAAG-CGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
307 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
355 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG-G-T-TG--TA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
398 TGT-GTAAAG-C-AATCGACTAATGTG-AATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAAT-GGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
443 TATGGTAAA-CCGAATGGCT-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
489 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
537 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGAT-TGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
584 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATAT-AGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
631 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATTATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAA-TATGTATGAGATATGTATA
* *
680 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-GTGTGAAATATGTAGGAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGAT
720 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 17, Indels: 47
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 13 0.02
41 11 0.02
42 7 0.01
43 7 0.01
45 59 0.10
46 117 0.19
47 164 0.27
48 196 0.32
49 31 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Found at i:524 original size:277 final size:281
Alignment explanation
Indices: 28--719 Score: 1104
Period size: 277 Copynumber: 2.5 Consensus size: 281
18 AATATATGTG
*
28 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
* *
91 GCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATGTGGTAAAGCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATGTGGTAAAGCGAATGACTAATGTGAAATATGTATG
* *
156 AGATATGTAATGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAA
131 AGATATGTAATATGGTGAAACCGAATGGCTAATGTGAAATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAA
*
221 GCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATAAGTGGTAAAG-CGAATGGCTAATGTG
196 GCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATAAGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG
285 AAATATGTATGAGATATGTATA
261 AAATATGTATGAGAT-TGTATA
307 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
372 GCTAATGTGAAATATGTATG-G-T-TGTATGT-GTAAAGC-AATCGACTAATGTG-AATATGTAT
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATGTGGTAAAGCGAAT-GACTAATGTGAAATATGTAT
431 GAGATATGTATATATGGT-AAACCGAATGGCT-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGG
130 GAGATATGTA-ATATGGTGAAACCGAATGGCTAATGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATATGTGG
*
494 TAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAA
192 TAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATAAGTGGTAAAGCCGAATGGCTAA
559 TGTGAAATATGTATGAGATTGTATA
257 TGTGAAATATGTATGAGATTGTATA
*
584 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATAT-AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
* * *
648 GCTAGTGTGAAATTATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-GTGTGAAATATG
66 GCTAATGTGAAA-TATGTATGAGATATG--TATGTGGTAAAG-CGAATGACTAATGTGAAATATG
*
712 TAGGAGAT
127 TATGAGAT
720 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 12, Indels: 29
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
275 5 0.01
276 75 0.20
277 145 0.38
278 38 0.10
279 27 0.07
280 5 0.01
281 54 0.14
282 5 0.01
283 10 0.03
284 17 0.04
285 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (281 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATGTGGTAAAGCGAATGACTAATGTGAAATATGTATG
AGATATGTAATATGGTGAAACCGAATGGCTAATGTGAAATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAA
GCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATAAGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG
AAATATGTATGAGATTGTATA
Found at i:754 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 28--719 Score: 1059
Period size: 95 Copynumber: 7.4 Consensus size: 95
18 AATATATGTG
*
28 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
*
91 GCTAATGTGAAATATATATGAGATATG--TA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
120 TGTGGTAAAG-CGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTA-ATGTGGTGAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
183 GCTAATGTG-AA-ATGTATGAGATATGTATA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
* *
212 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATAAGTGGTAAAG-CGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
276 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
307 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
372 GCTAATGTGAAATATGTATG-G-T-TG--TA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
* * *
398 TGT-GTAAAG-C-AATCGACTAATGTG-AATATGTATGAGATATGTATATATGGTAAACCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAAT-GGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAGCCGAATG
459 GCT-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
489 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
554 GCTAATGTGAAATATGTATGAGAT-TGTATA
65 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
584 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATAT-AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATG
*
648 GCTAGTGTGAAATTATGTATGAGATATGTATA
65 GCTAATGTGAAA-TATGTATGAGATATGTATA
* *
680 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-GTGTGAAATATGTAGGAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGAT
720 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 19, Indels: 44
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 16 0.03
87 13 0.02
88 30 0.05
89 12 0.02
90 19 0.03
91 26 0.05
92 56 0.10
93 77 0.14
94 80 0.14
95 152 0.27
96 76 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (95 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAGCCGAATGG
CTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Found at i:921 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 861--962 Score: 179
Period size: 37 Copynumber: 2.8 Consensus size: 37
851 GGAAATATAT
861 TCCGGGTAAGA-CCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
*
897 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
*
934 TCCGGGTAAGACCCGATAACTACGTGTGG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGG
963 GGACTATTCG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 2, Indels: 1
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 11 0.17
37 52 0.83
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:2279 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2226--2532 Score: 524
Period size: 40 Copynumber: 7.7 Consensus size: 40
2216 TTGAGAGTTA
* *
2226 TATAGCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTTGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
2266 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
2306 TATGTCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
2346 TATATCCGGGCAAAGTCCCGAAAAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
2386 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
2426 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
2466 TATATCCAGGCTAAGTCCCGAAAAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
2506 TATATCCGGGCTAGGTCCCAAAGAGCA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
2533 ATCATGCTAG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 16, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 251 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
Found at i:3381 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 3365--3396 Score: 64
Period size: 11 Copynumber: 2.9 Consensus size: 11
3355 ATTATACATG
3365 TTAATATGTGC
1 TTAATATGTGC
3376 TTAATATGTGC
1 TTAATATGTGC
3387 TTAATATGTG
1 TTAATATGTG
3397 TTTGAAATGC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 21 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.06, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (11 bp):
TTAATATGTGC
Found at i:4986 original size:147 final size:148
Alignment explanation
Indices: 4717--5011 Score: 565
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
4707 AGTGTATTCG
4717 GCTTAGGGCATAAAGGATATGAAAAATTTGGTATTTATTTTTGATTGTGTGTGTATGACCATGGA
1 GCTTAGGGCATAAAGGATATGAAAAATTTGGTATTTATTTTTGATTGTGTGTGTATGACCATGGA
*
4782 TAATTGGCTGCACAAATATTATAAATACATAATGTATGTTAAATTTATTAAGCTAC-AAATATTA
66 TAATTGGCTGCACAAATATTATAAATACATAATGTATGTTAAATTTATTAAGCTACAAAACATTA
4846 TACATGATCGGCCAAGGT
131 TACATGATCGGCCAAGGT
4864 GCTTAGGGCATAAAGGATATGAAAAATTTGGTATTTATTTTTGATTGTGTGTGTATGACCATGGA
1 GCTTAGGGCATAAAGGATATGAAAAATTTGGTATTTATTTTTGATTGTGTGTGTATGACCATGGA
*
4929 TAATTGGCTGCACAAATATTATAAATACATAATGTATGTTAAATTTATTAAGGTACAAAACATTA
66 TAATTGGCTGCACAAATATTATAAATACATAATGTATGTTAAATTTATTAAGCTACAAAACATTA
4994 TACATGATCGGCCAAGGT
131 TACATGATCGGCCAAGGT
5012 AAATTATTTG
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 2, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
147 120 0.83
148 25 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (148 bp):
GCTTAGGGCATAAAGGATATGAAAAATTTGGTATTTATTTTTGATTGTGTGTGTATGACCATGGA
TAATTGGCTGCACAAATATTATAAATACATAATGTATGTTAAATTTATTAAGCTACAAAACATTA
TACATGATCGGCCAAGGT
Found at i:6422 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 6392--6442 Score: 93
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
6382 ACCAATGAAC
*
6392 CGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCT
1 CGGGGAATCAGCACATAGCAACCCCT
6418 CGGGGAATCAGCACATAGCAACCCC
1 CGGGGAATCAGCACATAGCAACCCC
6443 CTTTCATTTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.35, G:0.24, T:0.12
Consensus pattern (26 bp):
CGGGGAATCAGCACATAGCAACCCCT
Found at i:6511 original size:99 final size:102
Alignment explanation
Indices: 6255--6516 Score: 422
Period size: 104 Copynumber: 2.6 Consensus size: 102
6245 TAACCGTTAT
* **
6255 TGGTGGATCTCGCACTTAGCACCACCGCTGAATCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCTCGGGGG
1 TGGTGGAT-ACGCACTTAGCACCACCAATGAATCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCTCGGGGG
6320 AATCAGCACATAGCAACCCCCTTTCACATTTCAAAGATA
65 AATCAGCACATAGCAACCCCCTTT-ACATTTCAAAGATA
*
6359 TGGTGGATATCGCACTTAGCACCACCAATGAACCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCTC-GGGG
1 TGGTGGATA-CGCACTTAGCACCACCAATGAATCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCTCGGGGG
6423 AATCAGCACATAGCAACCCCCTTT-CATTTCAAAGATA
65 AATCAGCACATAGCAACCCCCTTTACATTTCAAAGATA
**
6460 TGGTGGATACGCAC-TAGCACCACCAATGAATCGGGGAATCAGCACACAGCAACCCCT
1 TGGTGGATACGCACTTAGCACCACCAATGAATCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCT
6517 TTATATACAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 7, Indels: 7
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
99 40 0.27
100 5 0.03
101 22 0.15
103 28 0.19
104 55 0.37
ACGTcount: A:0.30, C:0.31, G:0.21, T:0.19
Consensus pattern (102 bp):
TGGTGGATACGCACTTAGCACCACCAATGAATCGGGGAATCAGCACTTAGCAACCCCTCGGGGGA
ATCAGCACATAGCAACCCCCTTTACATTTCAAAGATA
Found at i:6876 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 6843--6906 Score: 76
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
6833 TAATCCACCA
6843 CCCAACTTTTTG-AAAATTACAATTTTGCC
1 CCCAAC-TTTTGCAAAATTACAATTTTGCC
* * *
6872 CCCAAACTTTTGCATAATTACACTTTTGTC
1 CCC-AACTTTTGCAAAATTACAATTTTGCC
6902 CCCAA
1 CCCAA
6907 GCTCGGAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.33
30 20 0.67
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
CCCAACTTTTGCAAAATTACAATTTTGCC
Found at i:6880 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6850--6906 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
6840 CCACCCAACT
6850 TTTTG-AAAATTACAATTTTGCCCCCAAAC
1 TTTTGCAAAATTACAATTTTGCCCCCAAAC
* * *
6879 TTTTGCATAATTACACTTTTGTCCCCAA
1 TTTTGCAAAATTACAATTTTGCCCCCAA
6907 GCTCGGAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.21
30 19 0.79
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
TTTTGCAAAATTACAATTTTGCCCCCAAAC
Found at i:11516 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 11468--11630 Score: 100
Period size: 40 Copynumber: 4.1 Consensus size: 39
11458 CGGAATTTAA
* * *
11468 CCGGATATAGCT-CCTCGTTCAAGTGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCATTCAA-TGCCTTCGGGACATAAC
*
11508 CCGG-TATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACATAAC
* * *** *
11546 CCGGATTTTA-AAACTCGCACGAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGA-TATAGTAACTCATTC-AATGCCTTCGGGACATAAC
* *** * *
11586 CCGGA-ATTAGTATCTCGCACAAAGGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATA-TAGTAACTCATTC-AATGCCTTCGGGACATAAC
11626 CCGGA
1 CCGGA
11631 ATTAATAACT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 14, Indels: 12
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
38 20 0.19
39 21 0.20
40 62 0.60
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CCGGATATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACATAAC
Found at i:11629 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 11530--11710 Score: 219
Period size: 80 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
11520 CTCATTCAAT
* * *
11530 GCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTTAA-AACTCGCACGAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGA-A
1 GCCTTCGGGACTTAACCCGGA-ATTAATAACTCGCACAAATACCTTC-GGATCTTAACCCGGATA
*
11592 TTAGT-A-TCTCGCACAAA
64 -TAGTCACT-TAGCACAAA
**
11609 GGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAGTCCGGATAT
1 -GCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAACCCGGATAT
11674 AGTCACTTAGCACAAA
65 AGTCACTTAGCACAAA
*
11690 GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 GCCTTCGGGACTTAACCCGGA
11711 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 7, Indels: 10
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
79 7 0.08
80 71 0.80
81 10 0.11
82 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
GCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAACCCGGATATA
GTCACTTAGCACAAA
Found at i:11670 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11527--11710 Score: 196
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
11517 TAACTCATTC
* *
11527 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTTAA-AACTCGCACG
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA-ATTAATAACTCGCACA
* *
11567 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAGTATCTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
*
11607 AAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
* ** * * *
11647 AATACCTTC-GGATCTTAGTCCGG-ATATAGTCACTTAGCACA
1 AATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGAAT-TAATAAC-TCGCACA
*
11688 AA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
11711 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 16, Indels: 11
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 8 0.07
40 103 0.84
41 11 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
Found at i:19414 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19366--19528 Score: 100
Period size: 40 Copynumber: 4.1 Consensus size: 39
19356 CGGAATTTAA
* * *
19366 CCGGATATAGCT-CCTCGTTCAAGTGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCATTCAA-TGCCTTCGGGACATAAC
*
19406 CCGG-TATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACATAAC
* * *** *
19444 CCGGATTTTA-AAACTCGCACGAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGA-TATAGTAACTCATTC-AATGCCTTCGGGACATAAC
* *** * *
19484 CCGGA-ATTAGTATCTCGCACAAAGGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATA-TAGTAACTCATTC-AATGCCTTCGGGACATAAC
19524 CCGGA
1 CCGGA
19529 ATTAATAACT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 14, Indels: 12
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
38 20 0.19
39 21 0.20
40 62 0.60
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CCGGATATAGTAACTCATTCAATGCCTTCGGGACATAAC
Found at i:19527 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 19428--19608 Score: 219
Period size: 80 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
19418 CTCATTCAAT
* * *
19428 GCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTTAA-AACTCGCACGAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGA-A
1 GCCTTCGGGACTTAACCCGGA-ATTAATAACTCGCACAAATACCTTC-GGATCTTAACCCGGATA
*
19490 TTAGT-A-TCTCGCACAAA
64 -TAGTCACT-TAGCACAAA
**
19507 GGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAGTCCGGATAT
1 -GCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAACCCGGATAT
19572 AGTCACTTAGCACAAA
65 AGTCACTTAGCACAAA
*
19588 GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 GCCTTCGGGACTTAACCCGGA
19609 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 7, Indels: 10
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
79 7 0.08
80 71 0.80
81 10 0.11
82 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
GCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACAAATACCTTCGGATCTTAACCCGGATATA
GTCACTTAGCACAAA
Found at i:19568 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 19425--19608 Score: 196
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
19415 TAACTCATTC
* *
19425 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTTAA-AACTCGCACG
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA-ATTAATAACTCGCACA
* *
19465 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAGTATCTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
*
19505 AAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
* ** * * *
19545 AATACCTTC-GGATCTTAGTCCGG-ATATAGTCACTTAGCACA
1 AATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGAAT-TAATAAC-TCGCACA
*
19586 AA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
19609 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 16, Indels: 11
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 8 0.07
40 103 0.84
41 11 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
Done.