Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

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AGGCTGACAC-AATTCTTCCACGGGAGTATCGCCCAATATTTTCCTCTTTCCTTTCCAGACCACC 385 AGGCTGACACAAATTCTTCCACGGGAGTATCGCCCAATATTTTCCTCTTTCCTTTCCAGACCACC 20995 AAATTCTGCTTAT-TTTGATAGAAGCT-C-C--TCACAATCCTAATTGTCCAAAC 450 AAATTCTGCTTATCTTTGATAGAAGCTCCTCGATCACAATCCTAATTGTCCAAAC 21045 CTACTTGTAATCGCAAATTTTCCAAAGTATGTTGTGCTTGTAACGCCCT-AAAATAGGTCTACTA 1 CTACTTGTAATCGCAAATTTTCCAAAGTATGTTGT-CTTGTAACGCCCTAAAAATAGGTCTACTA * 21109 GTTTTGAGTAAGTTTATCGGGTTCC-GG-GAAAGCTAGGAGTT-ATCGGGCTTACAGTCATTTCC 65 GTTTTGAGTAAGTTTATCGGGTTCCGGGTGAAAGCTAGGAGTTAATCGGG-TT-TAGTCA--T-- * * 21171 TTTTAAAAAAAATTCGTTATCTTAATTTCATTTAAAAATCGGTAAATAATA--CCGGAAAATAAA 124 TTTT-AAAAAAATTAGTTAGCTTAATTTCATTTAAAAATC-GTAAATAATATTCCGGAAAATAAA * * 21234 AATATTTTTAGAGAAAGCAATTTTATGGTTTTAAATA-TTTTTGGTTAAAATAAATATTTTCTTG 187 AATATTTTTAGAGAAATCAATTTTATGGTTTTAAATATTTTTTGGTTAAAATAAATATTTTATTG * * 21298 TAAAATAAATTAAAATGGGGTTTCATTAAGAGAAGTTACAATATTAACTAAATAGGTATATAATA 252 AAAAATAAATTAAAATGGGGTTTCATTGAGAGAAGTTACAATATTAACTAAATAGGTATATAATA * * 21363 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21805 ATAAATTGAAATGGGGTTTAATTGAGAGAAGTTACAATATTAACTAAATAGGTATATAATATTCA 256 ATAAATTAAAATGGGGTTTCATTGAGAGAAGTTACAATATTAACTAAATAGGTATATAATATTCA 21870 GAAAATAAAAATATTTTTAG-AAAATATCACGAATATCATGAATACTAATA-CCCCATCCTTTTA 321 GAAAATAAAAATATTTTTAGAAAAATATCACGAATATCATGAATACTAATACCCCCATCCTTTTA * 21933 GGCTGACACAAATTCTTCCACGGGAGTATCGCCCAATATTTTCCTGTTTCCTTTCCAGACCACCA 386 GGCTGACACAAATTCTTCCACGGGAGTATCGCCCAATATTTTCCTCTTTCCTTTCCAGACCACCA * * * 21998 GATTCTGCTTATCTTTGATAGAAGCTCTTCGATCACAATCCTAATTGTGCAAAC 451 AATTCTGCTTATCTTTGATAGAAGCTCCTCGATCACAATCCTAATTGTCCAAAC 22052 CTACTTGTAATCGCAAATTTTCCAAAGTATGTTGTGCTTGTAACGCC 1 CTACTTGTAATCGCAAATTTTCCAAAGTATGTTGT-CTTGTAACGCC Statistics Matches: 20456, Mismatches: 638, Indels: 1009 0.93 0.03 0.05 Matches are distributed among these distances: 476 17 0.00 477 47 0.00 478 118 0.01 479 53 0.00 480 31 0.00 481 13 0.00 482 12 0.00 483 26 0.00 484 128 0.01 485 1 0.00 486 491 0.02 487 264 0.01 488 75 0.00 489 230 0.01 490 132 0.01 491 133 0.01 492 224 0.01 493 211 0.01 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Indices: 2196--2239 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 2186 TTTATGGTTT 2196 TAAATATTTT-TTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTT-G-TAAAA 2216 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTTGTAAAA 2235 TAAAT 1 TAAAT 2240 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 11 0.48 21 2 0.09 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTTGTAAAA Found at i:2225 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 2196--2239 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 2186 TTTATGGTTT 2196 TAAATATTTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGG-TAAAA * 2216 TAAATA-TTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGGTAAAA 2235 TAAAT 1 TAAAT 2240 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 14 0.64 20 8 0.36 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTCTGGTAAAA Found at i:4757 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 4720--4762 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 4710 TTTATGGTTT * 4720 TAAATATTTTTTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 4740 TAAATATTTTTT-G-AAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 4758 TAAAT 1 TAAAT 4763 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 19 1 0.05 20 12 0.55 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTTGGTAAAAA Found at i:5268 original size:19 final size:19 Alignment explanation

Indices: 5231--5274 Score: 63 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 5221 TTTATGGTTT 5231 TAAATATTTTTTGATTAAAA 1 TAAATATTTTTTGA-TAAAA 5251 TAAATATTTTCTTG-TAAAA 1 TAAATATTTT-TTGATAAAA 5270 TAAAT 1 TAAAT 5275 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 10 0.43 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.05, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTTTGATAAAA Found at i:7251 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 7226--7269 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 7216 TTTATGGTTT 7226 TAAATATTTT-TTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTT-G-TAAAA 7246 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTTGTAAAA 7265 TAAAT 1 TAAAT 7270 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 11 0.48 21 2 0.09 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTTGTAAAA Found at i:7255 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 7226--7269 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 7216 TTTATGGTTT 7226 TAAATATTTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGG-TAAAA * 7246 TAAATA-TTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGGTAAAA 7265 TAAAT 1 TAAAT 7270 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 14 0.64 20 8 0.36 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTCTGGTAAAA Found at i:9242 original size:19 final size:19 Alignment explanation

Indices: 9220--9262 Score: 61 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 9210 TTTATGGTTT 9220 TAAATATTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTGG-TAAAA * 9239 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTGGTAAAA 9258 TAAAT 1 TAAAT 9263 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 19 20 0.91 20 2 0.09 ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTGGTAAAA Found at i:9731 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 9706--9749 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 9696 TTTATGGTTT 9706 TAAATATTTT-TTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTATT-G-TAAAA 9726 TAAATATTTTATTGTAAAA 1 TAAATATTTTATTGTAAAA 9745 TAAAT 1 TAAAT 9750 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 11 0.48 21 2 0.09 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTATTGTAAAA Found at i:9735 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 9706--9749 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 9696 TTTATGGTTT 9706 TAAATATTTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTATGG-TAAAA * 9726 TAAATA-TTTTATTGTAAAA 1 TAAATATTTTTATGGTAAAA 9745 TAAAT 1 TAAAT 9750 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 14 0.64 20 8 0.36 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTATGGTAAAA Found at i:10240 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 10215--10258 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 10205 TTTATGGTTT 10215 TAAATATTTT-TTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTT-G-TAAAA 10235 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTTGTAAAA 10254 TAAAT 1 TAAAT 10259 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 11 0.48 21 2 0.09 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTTGTAAAA Found at i:10244 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 10215--10258 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 10205 TTTATGGTTT 10215 TAAATATTTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGG-TAAAA * 10235 TAAATA-TTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGGTAAAA 10254 TAAAT 1 TAAAT 10259 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 14 0.64 20 8 0.36 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTCTGGTAAAA Found at i:11263 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 11238--11281 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 11228 TTTATGGTTT 11238 TAAATATTTT-TTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTT-G-TAAAA 11258 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTTGTAAAA 11277 TAAAT 1 TAAAT 11282 TAAAATGGGG Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.43 20 11 0.48 21 2 0.09 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTTGTAAAA Found at i:11267 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 11238--11281 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 11228 TTTATGGTTT 11238 TAAATATTTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGG-TAAAA * 11258 TAAATA-TTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTTCTGGTAAAA 11277 TAAAT 1 TAAAT 11282 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 14 0.64 20 8 0.36 ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTCTGGTAAAA Found at i:11781 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 11744--11786 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 11734 TTTATGGTTT * 11744 TAAATATTTTTTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 11764 TAAATATTTTTT-G-AAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 11782 TAAAT 1 TAAAT 11787 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 19 1 0.05 20 12 0.55 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTTGGTAAAAA Found at i:12282 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 12245--12287 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 12235 TTTATGGTTT * 12245 TAAATATTTTTTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 12265 TAAATATTTTTT-G-AAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 12283 TAAAT 1 TAAAT 12288 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 19 1 0.05 20 12 0.55 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTTGGTAAAAA Found at i:13279 original size:16 final size:16 Alignment explanation

Indices: 13260--13293 Score: 50 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16 13250 TTTAAATATT * 13260 TTTTGGTTAAAATAAA 1 TTTTGATTAAAATAAA * 13276 TTTTTATTAAAATAAA 1 TTTTGATTAAAATAAA 13292 TT 1 TT 13294 AAAATGCGGT Statistics Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 16 16 1.00 ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.06, T:0.50 Consensus pattern (16 bp): TTTTGATTAAAATAAA Found at i:14279 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 14250--14293 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 14240 TTTATGGTTT * 14250 TAAATATTTTTTGGTT-AAAA 1 TAAATATTTTTT-ATTAAAAA 14270 TAAATA-TTTTTATTAAAAA 1 TAAATATTTTTTATTAAAAA 14289 TAAAT 1 TAAAT 14294 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 18 2 0.09 19 14 0.64 20 6 0.27 ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.05, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTTATTAAAAA Found at i:15287 original size:17 final size:19 Alignment explanation

Indices: 15249--15290 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 15239 TTTATGGTTT 15249 TAAATATTTTTTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTTGG-TAAAA 15269 TAAATATTTTTT-G-AAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAA 15286 TAAAT 1 TAAAT 15291 TGAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 17 9 0.41 19 1 0.05 20 12 0.55 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTTTGGTAAAA Found at i:18283 original size:19 final size:19 Alignment explanation

Indices: 18259--18301 Score: 61 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 18249 TTTATGGTTT 18259 TAAATATTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTGG-TAAAA * 18278 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTGGTAAAA 18297 TAAAT 1 TAAAT 18302 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 19 20 0.91 20 2 0.09 ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTGGTAAAA Found at i:19300 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 19263--19305 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 19253 TTTATGGTTT * 19263 TAAATATTTTTTGGTTAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 19283 TAAATATTTTTT-G-AAAAA 1 TAAATATTTTTTGGTAAAAA 19301 TAAAT 1 TAAAT 19306 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 19 1 0.05 20 12 0.55 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (20 bp): TAAATATTTTTTGGTAAAAA Found at i:21289 original size:19 final size:19 Alignment explanation

Indices: 21265--21307 Score: 61 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 21255 TTTATGGTTT 21265 TAAATATTTT-TGGTTAAAA 1 TAAATATTTTCTGG-TAAAA * 21284 TAAATATTTTCTTGTAAAA 1 TAAATATTTTCTGGTAAAA 21303 TAAAT 1 TAAAT 21308 TAAAATGGGG Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 19 20 0.91 20 2 0.09 ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.07, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): TAAATATTTTCTGGTAAAA Done.