Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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3724 TCTTCTTTAG
*
3734 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
3778 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
3820 CCCGCAC
1 CCCGCAC
3827 CTCCTAGCCA
Statistics
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0.90 0.06 0.04
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43 18 0.39
44 9 0.20
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
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3804 GATGGTGTCC
* *
3814 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
3839 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
3863 CAAGGTGCCG
Statistics
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25 22 1.00
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GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
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Indices: 3839--4876 Score: 858
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3829 CCTAGCCACT
* * *
3839 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
3882 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
3916 GAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
3958 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
4001 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
4043 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
4086 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
4128 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
4171 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
4214 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
4257 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
4299 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
4342 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
4384 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
4427 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
4470 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
4513 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
4556 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
4598 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
4641 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
4683 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
4726 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
4768 GAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
4809 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
4851 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
4877 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 150, Indels: 88
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 11 0.01
34 18 0.02
35 3 0.00
40 8 0.01
41 23 0.03
42 272 0.34
43 465 0.58
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:3930 original size:33 final size:34
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Indices: 3861--3938 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
3851 CATCCGAGCC
3861 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
*
3896 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
3929 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
3939 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 18 0.43
34 17 0.40
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.37, G:0.36, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
Found at i:4036 original size:85 final size:85
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Indices: 3946--4863 Score: 761
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 85
3936 GCCTATTTTA
* * * * * *
3946 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
4011 CACATCCAAGCACCAAGGTG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * *
4031 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
4096 CACATCCCAGCACCTAGGAG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
4116 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
4181 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
66 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
4202 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
4267 GACATCCAAGCACCAAGGTG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * ** *
4287 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
4352 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
66 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
* *
4372 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
4437 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
66 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * * *
4458 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
4523 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
66 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * * ** * * *
4544 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
4607 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * * ** * * *
4629 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
4692 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
4714 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** ** *
4776 GCATA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 GCACATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * ** *
4797 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
4860 GCAC
65 GCAC
4864 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 112, Indels: 29
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
82 2 0.00
83 64 0.09
84 14 0.02
85 448 0.63
86 179 0.25
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
CACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:4314 original size:256 final size:254
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Indices: 3839--4738 Score: 1085
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
3829 CCTAGCCACT
* * *
3839 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
3903 -------GCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* *
3960 GCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
4024 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
4086 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
4151 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
4216 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
4281 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
4342 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
4406 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
4471 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
4535 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
4598 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
4661 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
4726 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
4739 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 63, Indels: 33
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
246 38 0.07
247 21 0.04
255 19 0.03
256 423 0.74
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
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GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
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Indices: 4072--4805 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
4062 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
4072 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
4136 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
4201 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
4266 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
4331 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
4370 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
4435 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
4500 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
4565 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
4630 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
4669 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
4734 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
4795 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
4806 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 24, Indels: 10
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
296 26 0.06
297 5 0.01
298 54 0.13
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:4957 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4881--4959 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
4871 GGCCTATGCT
* *
4881 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
4905 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
4929 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
4953 ACCGGGA
1 ACCGGGA
4960 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:5223 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5168--5459 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
5158 ACTTTAGCTT
* *
5168 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
5210 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
5252 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
5294 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
5336 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
5378 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
5421 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
5460 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:13430 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 13360--13452 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
13350 TCTTCTTTAG
*
13360 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
13404 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
13446 CCCGCAC
1 CCCGCAC
13453 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:13471 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 13439--13487 Score: 80
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
13429 CGATGGTGTC
* *
13439 CGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCA
1 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
13463 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
1 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
13487 C
1 C
13488 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.49, G:0.22, T:0.10
Consensus pattern (24 bp):
CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
Found at i:13511 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 13463--14501 Score: 784
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
13453 CTCCTAGCCA
* * *
13463 CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
*
13506 CGAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* * ** *
13540 CGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCC
* * * * *
13583 CGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * * * *
13626 CGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* * *
13668 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCC
* * * *
13711 CGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* **
13753 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCC
* * *
13796 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCC
* * * * *
13839 CGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCG
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * * * *
13882 CGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* * ** *
13924 CGAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * * *
13966 CGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGC
1 CGAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* * *
14008 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCC
* ** *
14051 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCC
* * *
14094 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCC
* * * * *
14137 CGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACG
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * * *
14180 CGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* ** *
14222 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * *
14265 CGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* *
14307 CGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * *
14350 CGAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
* * * * *
14392 CGAGGCT-CCGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCC
* * * *
14433 CGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
*
14475 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 CGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
14502 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 158, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
40 7 0.01
41 34 0.04
42 268 0.34
43 455 0.57
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
CGAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCC
Found at i:13534 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 13486--13564 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
13476 CATCCGAGCC
*
13486 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
13521 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
13555 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
13565 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:13701 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 13572--14488 Score: 716
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
13562 GCCTATTTTA
* * * * * * *
13572 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
13637 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
13657 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
13722 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
*
13742 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
13807 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
13828 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
13893 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* ** *
13913 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
13977 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
13997 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
14062 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
14083 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
14148 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
14169 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
14232 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
14254 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
14317 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
14339 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** ** *
14401 GCATA-CCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCACATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
14422 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
14485 GCAC
64 GCAC
14489 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 102, Indels: 45
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 2 0.00
83 66 0.09
84 82 0.12
85 377 0.53
86 181 0.26
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:13714 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 13493--14501 Score: 911
Period size: 128 Copynumber: 8.0 Consensus size: 128
13483 GCCACCAAGG
*
13493 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG--C-A-C--G-ACCAAGG-GCCGATGGTGGC-CGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCC
* * * * * *
13549 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
13613 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * **
13677 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** *** *
13740 AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * *
13805 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * *
13869 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* ** * * * ** *
13933 CGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* ** * *
13995 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * * *
14059 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
64 CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * ** * * * * *
14124 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** * * *
14189 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
14252 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTAC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * ** *
14316 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** ** * *
14379 TGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGGGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * ** *
14441 CTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
64 CCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
14502 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 140, Indels: 63
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
120 22 0.03
122 2 0.00
124 1 0.00
125 44 0.06
126 73 0.10
127 157 0.22
128 316 0.44
129 100 0.14
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:14057 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 13698--14430 Score: 1181
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
13688 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
13698 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
13762 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
13827 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
13892 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
13956 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
13995 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
14060 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
14125 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
14190 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
14255 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
14294 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
14359 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
14420 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
14431 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 24, Indels: 11
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
296 26 0.06
297 40 0.10
298 213 0.52
299 127 0.31
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:14582 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 14506--14584 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
14496 GGCCTATGCT
* *
14506 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
14530 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
14554 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
14578 ACCGGGA
1 ACCGGGA
14585 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:14848 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14793--15042 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
14783 ACTTTAGCTT
14793 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
14835 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
14877 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
14919 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
14961 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
15004 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
15043 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:26614 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 26544--26636 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
26534 TCTTCTTTAG
*
26544 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
26588 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
26630 CCCGCAC
1 CCCGCAC
26637 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:26658 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 26624--26672 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
26614 GATGGTGTCC
* *
26624 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
26649 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
26673 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:26697 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26649--27686 Score: 775
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
26639 CCTAGCCACT
* * *
26649 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
26692 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
26726 GAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
26768 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
26811 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26853 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
26896 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
26938 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
26981 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
27024 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
27067 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
27109 GAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
27151 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
27193 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
27236 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
27279 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
27322 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
27365 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
27407 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
27450 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
27492 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
27535 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
27577 GAGGCT-CCGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
27619 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
27661 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
27687 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 156, Indels: 86
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 11 0.01
34 18 0.02
35 3 0.00
40 1 0.00
41 22 0.03
42 297 0.37
43 443 0.56
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:26740 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 26671--26748 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
26661 CATCCGAGCC
26671 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
*
26706 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
26739 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
26749 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 18 0.43
34 17 0.40
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.37, G:0.36, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
Found at i:26846 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 26756--27673 Score: 736
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 85
26746 GCCTATTTTA
* * * * * * *
26756 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
26821 CACATCCAAGCACCAAGGTG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * *
26841 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
26906 CACATCCCAGCACCTAGGAG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
26926 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
26991 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
66 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
27012 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
27077 GACATCCAAGCACCAAGGTG
66 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * ** *
27097 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
27161 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
66 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
* *
27181 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
27246 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
66 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * * *
27267 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
27332 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
66 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * * ** * * *
27353 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
27416 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * * ** * * *
27438 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
27501 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
27523 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** ** *
27585 GCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTG
65 GCACAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * * ** *
27607 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
27670 GCAC
65 GCAC
27674 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 112, Indels: 35
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 4 0.01
84 139 0.20
85 381 0.54
86 179 0.25
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
CACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:27240 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 26882--27615 Score: 1183
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
26872 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
26882 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
26946 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
27011 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
27076 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
27140 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
27179 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
27244 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
27309 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
27374 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
27439 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
27478 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** *
27543 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-GTACCAAGGGCTTAGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCTTAGT
27604 TTGCCGATGGTG
128 TTGCCGATGGTG
27616 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 23, Indels: 12
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
296 1 0.00
297 66 0.16
298 213 0.52
299 127 0.31
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:27767 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 27691--27769 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
27681 GGCCTATGCT
* *
27691 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
27715 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
27739 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
27763 ACCGGGA
1 ACCGGGA
27770 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:28033 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 27978--28269 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
27968 ACTTTAGCTT
* *
27978 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
28020 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
28062 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
28104 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
28146 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
28188 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
28231 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
28270 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Done.