Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 62811768
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Warning! 736185 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 38 of 211
Found at i:10172022 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10171961--10172059 Score: 121
Period size: 47 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
10171951 TTTACAATTT
* *
10171961 TTTTTATAATTTTTTACAATTTTATA-CTTTTTTCTAAATTTTAAAT-A
1 TTTTTATAATTTTTT-CAATTTAATATCTTTTTTATAAATTTT-AATGA
* * *
10172008 TTTTTATAGTTTTTTTAATTTAATATTTTTTTTATAAATTTTAATGA
1 TTTTTATAATTTTTTCAATTTAATATCTTTTTTATAAATTTTAATGA
10172055 TTTTT
1 TTTTT
10172060 TTTTTATTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 4
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
46 11 0.24
47 34 0.76
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.02, T:0.66
Consensus pattern (47 bp):
TTTTTATAATTTTTTCAATTTAATATCTTTTTTATAAATTTTAATGA
Found at i:10172039 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 10171980--10172037 Score: 79
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
10171970 TTTTTTACAA
10171980 TTTTATACTTTTTTCTAAATTTTAAATAT
1 TTTTATACTTTTTTCTAAATTTTAAATAT
*
10172009 TTTTATAGTTTTTT-T-AA-TTT-AATAT
1 TTTTATACTTTTTTCTAAATTTTAAATAT
10172034 TTTT
1 TTTT
10172038 TTTATAAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.32
26 3 0.11
27 2 0.07
28 1 0.04
29 13 0.46
ACGTcount: A:0.28, C:0.03, G:0.02, T:0.67
Consensus pattern (29 bp):
TTTTATACTTTTTTCTAAATTTTAAATAT
Found at i:10172070 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10172017--10172069 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
10172007 ATTTTTATAG
*
10172017 TTTTTTTAATTTAATATTT
1 TTTTTTTATTTTAATATTT
*
10172036 TTTTTATAAATTTTAATGATTT
1 TTTTT-T-TATTTTAAT-ATTT
10172058 TTTTTTTATTTT
1 TTTTTTTATTTT
10172070 TTATCATTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 5
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.18
20 6 0.21
21 8 0.29
22 9 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.02, T:0.74
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTTATTTTAATATTT
Found at i:10172091 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 10172081--10172108 Score: 56
Period size: 7 Copynumber: 4.0 Consensus size: 7
10172071 TATCATTTTT
10172081 TGCCACA
1 TGCCACA
10172088 TGCCACA
1 TGCCACA
10172095 TGCCACA
1 TGCCACA
10172102 TGCCACA
1 TGCCACA
10172109 CTATGGTTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 21 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.43, G:0.14, T:0.14
Consensus pattern (7 bp):
TGCCACA
Found at i:10174205 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10174169--10174229 Score: 113
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
10174159 TTTCCTTTAC
*
10174169 ATAACAAATAAACTTACTTTTATGACTCAT
1 ATAACAAACAAACTTACTTTTATGACTCAT
10174199 ATAACAAACAAACTTACTTTTATGACTCAT
1 ATAACAAACAAACTTACTTTTATGACTCAT
10174229 A
1 A
10174230 CAAAATAGTG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 30 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.18, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
ATAACAAACAAACTTACTTTTATGACTCAT
Found at i:10175654 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10175608--10175665 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
10175598 TCCGAACTTT
*
10175608 GGGGTAAAAGTGTAATTATGCAAAAGTTTA
1 GGGGCAAAAGTGTAATTATGCAAAAGTTTA
* * *
10175638 GGGGCAAAATTGTAATTTTTCAAAAGTT
1 GGGGCAAAAGTGTAATTATGCAAAAGTT
10175666 CGAGTCAAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 24 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
GGGGCAAAAGTGTAATTATGCAAAAGTTTA
Found at i:10176075 original size:56 final size:50
Alignment explanation
Indices: 10175996--10176237 Score: 202
Period size: 50 Copynumber: 4.7 Consensus size: 50
10175986 GTGAATGAGA
* *
10175996 TCCCATGTAAGACCATG-CTTGGGACCTGGCATTGGCATCATTGAGATTGTGAGAGG
1 TCCCATGTAAGACCATGTC-TGGGACATGGCATTGGCA-C--CGAGA---TGAGAGG
* *
10176052 TCTCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGATGAGAGG
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGG
** * * * **
10176102 TCCCCCGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATGGGCACTGATATGAGAAC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGG
** * * * * * **
10176152 TCCCATGTAAGACCACATCTAGGATATGGCATTGGCA--GTACAAGAAACA
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCG-AGATGAGAGG
*
10176201 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCTTTGGCA
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA
10176238 TGTTATTATC
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 30, Indels: 11
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
48 1 0.01
49 37 0.24
50 78 0.51
53 4 0.03
55 1 0.01
56 32 0.21
57 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGG
Found at i:10183750 original size:61 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10183646--10183765 Score: 154
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
10183636 ATTGGTATAA
* * * * **
10183646 TAATAAATTTAGCTCTTAATACTTTTCACATTCTATCAGTTTAGTCTTAATTCTAAAAAAAT
1 TAATAAATTTAACCCTCAATACTTTTCACATTCTATCAATTTAGTCCAAATTCTAAAAAAAT
*
10183708 TAATAAATTTAACCCTCAATA-TTTAT-ACATTTTATCAATTTAGTCCAAATTCTAAAAA
1 TAATAAATTTAACCCTCAATACTTT-TCACATTCTATCAATTTAGTCCAAATTCTAAAAA
10183766 TGTATAATTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 3
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
61 31 0.62
62 19 0.38
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (62 bp):
TAATAAATTTAACCCTCAATACTTTTCACATTCTATCAATTTAGTCCAAATTCTAAAAAAAT
Found at i:10196536 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 10196497--10196532 Score: 63
Period size: 5 Copynumber: 7.2 Consensus size: 5
10196487 CGCCTAAAAC
*
10196497 CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CTTTT C
1 CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT CCTTT C
10196533 TTTTACGAGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.39, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (5 bp):
CCTTT
Found at i:10199200 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10199174--10199228 Score: 92
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
10199164 ATAGCGGCGG
*
10199174 CGGTGAGATTAGTTACTATAA
1 CGGTGAGATTAGATACTATAA
*
10199195 CGGTGAGATTAGATACTATAG
1 CGGTGAGATTAGATACTATAA
10199216 CGGTGAGATTAGA
1 CGGTGAGATTAGA
10199229 AACAATGGTG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 32 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
CGGTGAGATTAGATACTATAA
Found at i:10202334 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10202297--10202370 Score: 96
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
10202287 TATATGGCTA
* *
10202297 TTCGGTGCTTCCCGTTAAGTGCTC
1 TTCGGAGCTACCCGTTAAGTGCTC
*
10202321 TTCGGAGCTACCCGTTAATTGCTC
1 TTCGGAGCTACCCGTTAAGTGCTC
*
10202345 TTTGGAGCTACCCGTTATAG-GCTC
1 TTCGGAGCTACCCGTTA-AGTGCTC
10202369 TT
1 TT
10202371 TGTGAGCTTC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 43 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
TTCGGAGCTACCCGTTAAGTGCTC
Found at i:10202371 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10202307--10202378 Score: 90
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
10202297 TTCGGTGCTT
*
10202307 CCCGTTAAGTGCTCTTCGGAGCTA
1 CCCGTTAAG-GCTCTTTGGAGCTA
*
10202331 CCCGTTAATTGCTCTTTGGAGCTA
1 CCCGTTAA-GGCTCTTTGGAGCTA
10202355 CCCGTTATAGGCTCTTTGTGAGCT
1 CCCGTTA-AGGCTCTTTG-GAGCT
10202379 TCTCGTTATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 36 0.86
25 6 0.14
ACGTcount: A:0.15, C:0.26, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
CCCGTTAAGGCTCTTTGGAGCTA
Found at i:10202385 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10202307--10202388 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 3.4 Consensus size: 24
10202297 TTCGGTGCTT
*
10202307 CCCGTTA-AGTGCTCTTCGGAGCTA
1 CCCGTTATAG-GCTCTTTGGAGCTA
*
10202331 CCCGTTA-ATTGCTCTTTGGAGCTA
1 CCCGTTATA-GGCTCTTTGGAGCTA
*
10202355 CCCGTTATAGGCTCTTTGTGAGCTT
1 CCCGTTATAGGCTCTTTG-GAGCTA
*
10202380 CTCGTTATA
1 CCCGTTATA
10202389 TTGCCCGGAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 5
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 36 0.72
25 14 0.28
ACGTcount: A:0.16, C:0.26, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (24 bp):
CCCGTTATAGGCTCTTTGGAGCTA
Found at i:10204630 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10204600--10204646 Score: 69
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
10204590 AAATTAAATC
10204600 TCTAAGATTACA-AAATCATATCT
1 TCTAAGATTACATAAATCATATCT
* *
10204623 TCTAAGATTGCATATATCATATCT
1 TCTAAGATTACATAAATCATATCT
10204647 AAGATTGCAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.52
24 10 0.48
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (24 bp):
TCTAAGATTACATAAATCATATCT
Found at i:10204649 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10204623--10204677 Score: 96
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
10204613 AATCATATCT
10204623 TCTAAGATTGCATATATCATA
1 TCTAAGATTGCATATATCATA
10204644 TCTAAGATTGC--ATATCATA
1 TCTAAGATTGCATATATCATA
10204663 TCTAAGATTGCATAT
1 TCTAAGATTGCATAT
10204678 CCTTGAAGAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 4
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 19 0.59
21 13 0.41
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TCTAAGATTGCATATATCATA
Found at i:10208607 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10208582--10208616 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
10208572 ATTAATGGTG
10208582 ATTAAGTTTAATTA
1 ATTAAGTTTAATTA
10208596 ATTAAGGTTTAATTA
1 ATTAA-GTTTAATTA
10208611 AGTTAA
1 A-TTAA
10208617 ATAAGTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.26
15 10 0.53
16 4 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
ATTAAGTTTAATTA
Found at i:10216049 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10216032--10216480 Score: 146
Period size: 9 Copynumber: 50.2 Consensus size: 9
10216022 TAAGTATAAT
*
10216032 TAAGCTATG
1 TAAGTTATG
10216041 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
10216050 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
10216057 TAAGTTAT-
1 TAAGTTATG
*
10216065 TTA-TTATG
1 TAAGTTATG
* *
10216073 AAAATTATG
1 TAAGTTATG
*
10216082 TAAGTTGTG
1 TAAGTTATG
10216091 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
* *
10216098 AAAATTATG
1 TAAGTTATG
10216107 CT-A-TATATG
1 -TAAGT-TATG
10216116 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
* *
10216125 TAAGTCATA
1 TAAGTTATG
10216134 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
10216143 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
10216150 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216159 TAGGTTAT-
1 TAAGTTATG
*
10216167 TTA-TTATG
1 TAAGTTATG
* *
10216175 AAAATTAATG
1 TAAGTT-ATG
10216185 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216194 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216203 -AA-TAAT-
1 TAAGTTATG
*** *
10216209 TAAAAAAAAG
1 T-AAGTTATG
10216219 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
10216228 TAAG-T-TG
1 TAAGTTATG
10216235 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
10216244 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216253 TATA-ATAT-
1 TA-AGTTATG
10216261 TAA-TTAAT-
1 TAAGTT-ATG
10216269 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216278 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216287 TATTGCATTAATG
1 TA-AG--TT-ATG
10216300 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216309 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216318 TATAATATTAATG
1 --TAA-GTT-ATG
*
10216331 CAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216340 CAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216349 TATA-ATAT-
1 TA-AGTTATG
10216357 TAA-TTAAT-
1 TAAGTT-ATG
10216365 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216374 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216383 TATTGCATTAATG
1 TA-AG--TT-ATG
10216396 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216405 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216414 TATAATATTAATG
1 --TAA-GTT-ATG
*
10216427 CAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216436 CAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216445 TATA-ATAT-
1 TA-AGTTATG
10216453 TAA-TTAAT-
1 TAAGTT-ATG
10216461 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
10216470 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
10216479 TA
1 TA
10216481 TAATATTAAT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 54, Indels: 98
0.69 0.11 0.20
Matches are distributed among these distances:
7 39 0.12
8 46 0.14
9 196 0.58
10 20 0.06
11 10 0.03
12 10 0.03
13 16 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.15, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
TAAGTTATG
Found at i:10216058 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10216037--10216160 Score: 109
Period size: 16 Copynumber: 7.9 Consensus size: 16
10216027 ATAATTAAGC
10216037 TATGTAAGTTATGTAT
1 TATGTAAGTTATGTAT
*
10216053 TATGTAAGTTATTTAT
1 TATGTAAGTTATGTAT
10216069 TATG-AA---A---AT
1 TATGTAAGTTATGTAT
*
10216078 TATGTAAGTTGTGTAT
1 TATGTAAGTTATGTAT
* *
10216094 TATGAAAATTATGCTAT
1 TATGTAAGTTATG-TAT
10216111 ATATGTAAGTTATGTAAGT
1 -TATGTAAGTTATGT-A-T
* *
10216130 CATATAAGTTATGTAT
1 TATGTAAGTTATGTAT
10216146 TATGTAAGTTATGTA
1 TATGTAAGTTATGTA
10216161 GGTTATTTAT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 22
0.72 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.07
10 2 0.02
12 1 0.01
15 2 0.02
16 45 0.52
17 5 0.06
18 24 0.28
19 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.17, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TATGTAAGTTATGTAT
Found at i:10216079 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10216051--10216210 Score: 126
Period size: 25 Copynumber: 6.2 Consensus size: 25
10216041 TAAGTTATGT
10216051 ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
1 ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
* *
10216076 ATTATGTAAGTTGTGTATTATGAAA
1 ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
* *
10216101 ATTATGCT-A-TATATGTAAGTTATGTAA
1 ATTATG-TAAGT-TAT-TTA-TTATGAAA
* * * * *
10216128 GTCATATAAGTTATGTATTATGTAA
1 ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
* *
10216153 GTTATGTAGGTTATTTATTATGAAA
1 ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
*
10216178 ATTAATGTAAGTTATGTAATTTATGAATA
1 ATT-ATGTAAGTTAT-TTA-TTATGAA-A
10216207 ATTA
1 ATTA
10216211 AAAAAAAGTA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 19, Indels: 17
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.01
25 62 0.58
26 14 0.13
27 16 0.15
28 9 0.08
29 4 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.01, G:0.16, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
ATTATGTAAGTTATTTATTATGAAA
Found at i:10216239 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10216218--10216249 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
10216208 TTAAAAAAAA
10216218 GTAAGTTATGTAAGTT
1 GTAAGTTATGTAAGTT
10216234 GTAAGTTATGTAAGTT
1 GTAAGTTATGTAAGTT
10216250 ATGTATAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.25, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
GTAAGTTATGTAAGTT
Found at i:10216307 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10216258--10216627 Score: 357
Period size: 31 Copynumber: 11.8 Consensus size: 31
10216248 TTATGTATAA
10216258 TATTA-ATTAAT-TAAGTTATGTAATTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
**
10216287 TATTGCATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
* * * *
10216318 TATAATATTAATGCAAGTTATGCAAGTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
10216349 TATAATATTAATTAAT-TAAGTTATGTAATTTATG
1 TAT--TA-T-ATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
**
10216383 TATTGCATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
* * * *
10216414 TATAATATTAATGCAAGTTATGCAAGTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
10216445 TATAATATTAATTAAT-TAAGTTATGTAATTTATG
1 TAT--TA-T-ATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
*
10216479 TATAATATTAATTAAT-TAATATTAATGTAATTTATG
1 TAT--TA-T-ATTAATGTAA-GTT-ATGTAATTTATG
* ***
10216515 TATAATATTAATGTAAGTTATGTAATTCCGG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
*
10216546 T-GT-T-TTAAT-TAA-TTATGTAATTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
*
10216572 TATAATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
1 TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
10216603 T-TTAATATTAATGTAAGTTATGTAA
1 TATT-ATATTAATGTAAGTTATGTAA
10216628 GTTGTAAGTT
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 37, Indels: 38
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.04
27 3 0.01
28 6 0.02
29 10 0.04
30 16 0.06
31 138 0.49
32 9 0.03
33 6 0.02
34 55 0.19
35 14 0.05
36 15 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
TATTATATTAATGTAAGTTATGTAATTTATG
Found at i:10216349 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 10216236--10216630 Score: 538
Period size: 96 Copynumber: 4.1 Consensus size: 96
10216226 TGTAAGTTGT
10216236 AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
1 AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
10216301 AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
66 AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
*
10216332 AAGTTATGCAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
1 AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
10216397 AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
66 AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
* **
10216428 AAGTTATGCAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATTA
1 AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATG--T-AT-TGCATTA
* *
10216493 AT-TAATATTAATGTAATTTATGTATAATATTAATGT
62 ATGTAA-GTT-ATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
** * * ***
10216529 AAGTTATGTAA-TTCCG----GTGTT--TTAATTAA-TTATGTAATTTATGTATAATATTAATGT
1 AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
* *
10216586 AAGTTATGTAATTTATGTTTAATATTAATGT
66 AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
10216617 AAGTTATGTAAGTT
1 AAGTTATGTAAGTT
10216631 GTAAGTTATG
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 15, Indels: 23
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
88 36 0.13
89 10 0.04
90 5 0.02
91 1 0.00
93 14 0.05
94 8 0.03
96 149 0.54
98 1 0.00
99 5 0.02
100 12 0.04
101 35 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (96 bp):
AAGTTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAATTTATGTATTGCATTAATGT
AAGTTATGTAATTTATGTATAATATTAATGC
Found at i:10216500 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10216447--10216510 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 4.1 Consensus size: 14
10216437 AAGTTATGTA
10216447 TAATATTAATTAAT
1 TAATATTAATTAAT
*
10216461 TAAGTTATGTAATTTATGT
1 TAA--TAT-TAA-TTA-AT
10216480 ATAATATTAATTAAT
1 -TAATATTAATTAAT
10216495 TAATATTAATGTAAT
1 TAATATTAAT-TAAT
10216510 T
1 T
10216511 TATGTATAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 13
0.73 0.04 0.23
Matches are distributed among these distances:
14 13 0.32
15 6 0.15
16 6 0.15
17 6 0.15
18 6 0.15
19 1 0.02
20 3 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.06, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
TAATATTAATTAAT
Found at i:10216523 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10216495--10216538 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
10216485 ATTAATTAAT
*
10216495 TAATATTAATGTAATTTATGTA
1 TAATATTAATGTAAGTTATGTA
10216517 TAATATTAATGTAAGTTATGTA
1 TAATATTAATGTAAGTTATGTA
10216539 ATTCCGGTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (22 bp):
TAATATTAATGTAAGTTATGTA
Found at i:10216596 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10216582--10216681 Score: 68
Period size: 9 Copynumber: 11.1 Consensus size: 9
10216572 TATAATATTA
10216582 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
10216591 ATGTAATTT
1 ATGTAAGTT
*
10216600 ATGTTTAATATT
1 ATG--TAA-GTT
10216612 AATGTAAGTT
1 -ATGTAAGTT
10216622 ATGTAAG-T
1 ATGTAAGTT
10216630 -TGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
10216638 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
10216647 ATATATA-AT
1 ATGTA-AGTT
10216656 AT-TAA-TT
1 ATGTAAGTT
10216663 AAT-TAAGTT
1 -ATGTAAGTT
10216672 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
10216681 A
1 A
10216682 ACTATTTTAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 6, Indels: 20
0.74 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
7 8 0.11
8 11 0.15
9 42 0.56
10 3 0.04
11 6 0.08
12 2 0.03
13 3 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.15, T:0.47
Consensus pattern (9 bp):
ATGTAAGTT
Found at i:10216635 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10216614--10216646 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
10216604 TTAATATTAA
10216614 TGTAAGTTATGTAAGT
1 TGTAAGTTATGTAAGT
10216630 TGTAAGTTATGTAAGT
1 TGTAAGTTATGTAAGT
10216646 T
1 T
10216647 ATATATAATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.24, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TGTAAGTTATGTAAGT
Found at i:10216635 original size:47 final size:49
Alignment explanation
Indices: 10216583--10216680 Score: 137
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 49
10216573 ATAATATTAA
* * *
10216583 TGTAAGTTATGTAATTTATGTTTAATATTAA-T-GTAAGTTATGTAAGT
1 TGTAAGTTATGTAAGTTATATATAATATTAATTAGTAAGTTATGTAAGT
*
10216630 TGTAAGTTATGTAAGTTATATATAATATTAATTAATTAAGTTATGTAAGT
1 TGTAAGTTATGTAAGTTATATATAATATTAATT-AGTAAGTTATGTAAGT
10216680 T
1 T
10216681 AACTATTTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 3
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 28 0.64
48 1 0.02
50 15 0.34
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (49 bp):
TGTAAGTTATGTAAGTTATATATAATATTAATTAGTAAGTTATGTAAGT
Found at i:10216766 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10216745--10216777 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
10216735 AACTCAATTA
10216745 TATCTTCAAACTTATT
1 TATCTTCAAACTTATT
10216761 TATCTTCAAACTTATT
1 TATCTTCAAACTTATT
10216777 T
1 T
10216778 CTACAAGTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TATCTTCAAACTTATT
Found at i:10217674 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 10217637--10217700 Score: 103
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
10217627 GAAAAATAAT
**
10217637 AATTAAACTATAC-AACTAAAATATAACCAAAAA
1 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAAAAA
10217670 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAA
1 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAA
10217701 CTTAAAGATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 13 0.46
34 15 0.54
ACGTcount: A:0.66, C:0.14, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (34 bp):
AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAAAAA
Found at i:10218100 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10218056--10218142 Score: 165
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
10218046 AATTTGTAAT
10218056 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
*
10218094 GATAAATGACTGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
10218132 GATAAATGACA
1 GATAAATGACA
10218143 AGATTATCTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 47 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (38 bp):
GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
Found at i:10219489 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10219463--10219509 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
10219453 TATACAACTA
10219463 AAATATAACCAAAAAAATT
1 AAATATAACCAAAAAAA-T
10219482 AAACTAT-A-CAAAAAAA-
1 AAA-TATAACCAAAAAAAT
10219498 AAATATAACCAA
1 AAATATAACCAA
10219510 CTTAAAGATC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 8
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.12
16 4 0.16
17 3 0.12
18 8 0.32
19 4 0.16
20 3 0.12
ACGTcount: A:0.70, C:0.13, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
AAATATAACCAAAAAAAT
Found at i:10219508 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10219445--10219509 Score: 94
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
10219435 GAAAAATAAT
**
10219445 AATTAAACTATACAACTAAAATATAACCAAAAA
1 AATTAAACTATACAAAAAAAATATAACCAAAAA
10219478 AATTAAACTATACAAAAAAAAAATATAACCAA
1 AATTAAACTATAC--AAAAAAAATATAACCAA
10219510 CTTAAAGATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 13 0.46
35 15 0.54
ACGTcount: A:0.66, C:0.14, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
AATTAAACTATACAAAAAAAATATAACCAAAAA
Found at i:10219907 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10219863--10219949 Score: 165
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
10219853 AATTTGTAAT
10219863 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
*
10219901 GATAAATGACTGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
10219939 GATAAATGACA
1 GATAAATGACA
10219950 AGATTATCTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 47 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (38 bp):
GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
Found at i:10220848 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 10220785--10220883 Score: 189
Period size: 44 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
10220775 CTATTCTTCC
*
10220785 ACTGAAACGGCACCATTTTTCCAAATTTTAAATTTTATCCATAA
1 ACTGAAACGACACCATTTTTCCAAATTTTAAATTTTATCCATAA
10220829 ACTGAAACGACACCATTTTTCCAAATTTTAAATTTTATCCATAA
1 ACTGAAACGACACCATTTTTCCAAATTTTAAATTTTATCCATAA
10220873 ACTGAAACGAC
1 ACTGAAACGAC
10220884 GTCGTATCAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 54 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (44 bp):
ACTGAAACGACACCATTTTTCCAAATTTTAAATTTTATCCATAA
Found at i:10221333 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 10221296--10221359 Score: 103
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
10221286 GAAAAATAAT
**
10221296 AATTAAACTATAC-AACTAAAATATAACCAAAAA
1 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAAAAA
10221329 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAA
1 AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAA
10221360 CTTAAAGATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 13 0.46
34 15 0.54
ACGTcount: A:0.66, C:0.14, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (34 bp):
AATTAAACTATACAAAAAAAAATATAACCAAAAA
Found at i:10221757 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10221713--10221799 Score: 165
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
10221703 AATTTGTAAT
10221713 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
*
10221751 GATAAATGACTGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
1 GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
10221789 GATAAATGACA
1 GATAAATGACA
10221800 AGATTATCTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 47 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (38 bp):
GATAAATGACAGGAAGTTGAAATTATTCAAACAAACCG
Found at i:10223331 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 10223206--10223454 Score: 423
Period size: 89 Copynumber: 2.8 Consensus size: 89
10223196 CCAAACCCCT
* *
10223206 ACCCTTAAACCCTAAACATTGTTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
1 ACCCTTAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
*
10223271 CCCTAAATTGACCCCGAATCACTA
66 CCCTAAATCGACCCCGAATCACTA
*
10223295 ACCCCTAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
1 ACCCTTAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
*
10223360 CCCTAACTCGACCCCGAATCACTA
66 CCCTAAATCGACCCCGAATCACTA
*
10223384 ACCCTTAACCCCTAAATATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAAT--T-AA
1 ACCCTTAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
10223446 CCCTAAATC
66 CCCTAAATC
10223455 CCTAACCCCT
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 8, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 10 0.07
87 1 0.01
89 141 0.93
ACGTcount: A:0.45, C:0.24, G:0.02, T:0.29
Consensus pattern (89 bp):
ACCCTTAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATCCTAAA
CCCTAAATCGACCCCGAATCACTA
Found at i:10223531 original size:71 final size:66
Alignment explanation
Indices: 10223389--10223527 Score: 158
Period size: 68 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
10223379 CACTAACCCT
*
10223389 TAACCCCTAAATATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAAATTAACCCTAAAT
1 TAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCT-AA-TAACCCTAAAT
10223454 CCC
64 CCC
* * * *
10223457 TAACCCCTAAACATTATTTAATATTATATAATTTAAAATATATTAATTAGTCT-A-AACCCTAAA
1 TAACCCCTAAACATTATTTAATA-TATA-AA-TTAAAAAACACTAATTAATCTAATAACCCTAAA
*
10223520 -CTC
63 TCCC
10223523 TAACC
1 TAACC
10223528 TAACACTGAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 8
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
66 7 0.11
67 9 0.15
68 22 0.35
69 5 0.08
70 2 0.03
71 17 0.27
ACGTcount: A:0.46, C:0.19, G:0.01, T:0.35
Consensus pattern (66 bp):
TAACCCCTAAACATTATTTAATATATAAATTAAAAAACACTAATTAATCTAATAACCCTAAATCC
C
Found at i:10224359 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 10224296--10224491 Score: 304
Period size: 41 Copynumber: 4.8 Consensus size: 41
10224286 TTTCGGGGGC
*
10224296 TTTAGCGGCGTTTTTATGTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
1 TTTAGCGGCGTTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
10224337 TTTAGCGGCGTTTTGT-TTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
1 TTTAGCGGCGTTTT-TATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
*
10224378 TTTAGCGGCATTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
1 TTTAGCGGCGTTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
* * *
10224419 TTTAGTGGCGTTTTTAATTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGC
1 TTTAGCGGCGTTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
* * *
10224460 TTTAGCGGCGTTTTTATTGATGCACCGCTAAT
1 TTTAGCGGCGTTTTTATTTAAGCGCCGCTAAT
10224492 TCGCAGGCCT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 11, Indels: 4
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.01
41 140 0.99
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.27, T:0.39
Consensus pattern (41 bp):
TTTAGCGGCGTTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
Found at i:10224545 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 10224296--10224556 Score: 289
Period size: 123 Copynumber: 2.1 Consensus size: 123
10224286 TTTCGGGGGC
* * *
10224296 TTTAGCGGCGTTTTTATGTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGATTTAGCGGCGTTTTGTTTTAAGCG
1 TTTAGTGGCGTTTTTATGTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGATTTAGCGGCGTTTTGTTTGAAGCA
* * * ** * * *
10224361 CCGCTAATGTTCTGGGATTTAGCGGCATTTTTATTTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGA
66 CCGCTAATGTGCAGGCATTTAGCGGCATTTTTATAAAAACGCCGCTAATGCTCTGGCA
* *
10224419 TTTAGTGGCGTTTTTAAT-TAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGCTTTAGCGGCGTTTT-TATTGATG
1 TTTAGTGGCGTTTTT-ATGTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGATTTAGCGGCGTTTTGT-TTGAAG
* * *
10224482 CACCGCTAAT-TCGCAGGCCTTTAGCGGCGCTTTTT-TAAAAAACGCCGCTAATGCTCT-TCA
64 CACCGCTAATGT-GCAGGCATTTAGCGGC-ATTTTTAT-AAAAACGCCGCTAATGCTCTGGCA
*
10224542 TTTAGTGGCATTTTT
1 TTTAGTGGCGTTTTT
10224557 GGAAAGAGCC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 17, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
122 2 0.02
123 91 0.78
124 23 0.20
ACGTcount: A:0.18, C:0.19, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (123 bp):
TTTAGTGGCGTTTTTATGTAAGCGCCGCTAATGTTCTGGGATTTAGCGGCGTTTTGTTTGAAGCA
CCGCTAATGTGCAGGCATTTAGCGGCATTTTTATAAAAACGCCGCTAATGCTCTGGCA
Found at i:10224948 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10224927--10224996 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 4.4 Consensus size: 16
10224917 CTATAGTATG
10224927 TAGTTTAAGGGTTTTA
1 TAGTTTAAGGGTTTTA
*
10224943 TAGTTTAA-GGTTTAA
1 TAGTTTAAGGGTTTTA
** * *
10224958 T-GTTTACTATAG-TATG
1 TAGTTTA--AGGGTTTTA
10224974 TAGTTTAAGGGTTTTA
1 TAGTTTAAGGGTTTTA
10224990 TAGTTTA
1 TAGTTTA
10224997 TGGTTTAGGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 9, Indels: 10
0.68 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.12
15 9 0.22
16 20 0.50
17 6 0.15
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.21, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
TAGTTTAAGGGTTTTA
Found at i:10224955 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10224929--10225009 Score: 80
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
10224919 ATAGTATGTA
10224929 GTTTAAGGGTTTTATAGTTTAAG
1 GTTTAAGGGTTTTATAGTTTAAG
*
10224952 GTTTAA-TGTTTACTATAGTATGT-A-
1 GTTTAAGGGTTT--TATAGT-T-TAAG
*
10224976 GTTTAAGGGTTTTATAGTTTATG
1 GTTTAAGGGTTTTATAGTTTAAG
10224999 GTTT-AGGGTTT
1 GTTTAAGGGTTT
10225010 GTTATATTGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 15
0.73 0.05 0.23
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.02
22 12 0.25
23 16 0.33
24 12 0.25
25 6 0.12
26 1 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.25, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
GTTTAAGGGTTTTATAGTTTAAG
Found at i:10225045 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10225020--10225060 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
10225010 GTTATATTGG
10225020 GTTTGTGA-TTTAGTGTTTTAAA
1 GTTTG-GAGTTTAGT-TTTTAAA
10225042 GTTTGGAGTTTAGTTTTTA
1 GTTTGGAGTTTAGTTTTTA
10225061 TAGTCAGAGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.39
22 11 0.61
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.24, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
GTTTGGAGTTTAGTTTTTAAA
Found at i:10229377 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10229346--10229402 Score: 57
Period size: 9 Copynumber: 6.7 Consensus size: 9
10229336 TTAAAGTTCA
10229346 AATTT-CAT
1 AATTTACAT
* *
10229354 AACTTACGT
1 AATTTACAT
*
10229363 ATTTTACAT
1 AATTTACAT
10229372 AATTTACAT
1 AATTTACAT
10229381 AA-TT-CAT
1 AATTTACAT
*
10229388 AATTTACAA
1 AATTTACAT
10229397 AATTTA
1 AATTTA
10229403 AATATATAAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 5
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.13
8 8 0.21
9 26 0.67
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (9 bp):
AATTTACAT
Found at i:10229390 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10229369--10229400 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
10229359 ACGTATTTTA
*
10229369 CATAATTTACATAATT
1 CATAATTTACAAAATT
10229385 CATAATTTACAAAATT
1 CATAATTTACAAAATT
10229401 TAAATATATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
CATAATTTACAAAATT
Found at i:10229527 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10229495--10229564 Score: 81
Period size: 12 Copynumber: 6.0 Consensus size: 12
10229485 CATAATATCC
*
10229495 TAACTTACATAG
1 TAACTTACATAA
* *
10229507 TATCGTACATAA
1 TAACTTACATAA
10229519 TAACTTACA-AA
1 TAACTTACATAA
10229530 -AACTTACATAA
1 TAACTTACATAA
*
10229541 TAACCTACATAA
1 TAACTTACATAA
*
10229553 TAACTTATATAA
1 TAACTTACATAA
10229565 CAATACATAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 4
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.17
11 4 0.08
12 36 0.75
ACGTcount: A:0.49, C:0.17, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (12 bp):
TAACTTACATAA
Found at i:10229540 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10229512--10229564 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
10229502 CATAGTATCG
*
10229512 TACATAATAACTTACA-AA-AACT
1 TACATAATAACCTACATAATAACT
10229534 TACATAATAACCTACATAATAACT
1 TACATAATAACCTACATAATAACT
*
10229558 TATATAA
1 TACATAA
10229565 CAATACATAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.56
23 2 0.07
24 10 0.37
ACGTcount: A:0.53, C:0.17, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
TACATAATAACCTACATAATAACT
Found at i:10229632 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10229618--10229966 Score: 357
Period size: 9 Copynumber: 38.2 Consensus size: 9
10229608 CACAAAAACA
10229618 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10229627 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10229636 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10229645 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10229654 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229663 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10229673 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
*
10229682 ATAACTTGC
1 ATAACTTAC
* *
10229691 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10229700 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10229709 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229718 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10229727 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229736 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10229744 AGTAACTTTAC
1 A-TAAC-TTAC
10229755 GGA-AACTTAC
1 --ATAACTTAC
10229765 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229774 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10229783 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10229792 GTAAATTA-
1 ATAACTTAC
10229800 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10229810 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229819 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10229829 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10229838 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10229847 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229856 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10229865 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229874 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10229882 AGTAACTTTAC
1 A-TAAC-TTAC
**
10229893 GGAACTTAC
1 ATAACTTAC
10229902 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229911 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10229920 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10229929 GTAAATTA-
1 ATAACTTAC
10229937 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10229947 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10229956 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10229965 AT
1 AT
10229967 TAGAGGTGCT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 47, Indels: 30
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.01
9 240 0.86
10 31 0.11
11 3 0.01
13 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.19, G:0.04, T:0.32
Consensus pattern (9 bp):
ATAACTTAC
Found at i:10229776 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 10229619--10229959 Score: 287
Period size: 55 Copynumber: 6.4 Consensus size: 54
10229609 ACAAAAACAA
* * *
10229619 TAACTTACATAACTTACATAAATTAAATAACTTACATAACTTACATAAACTTGCA
1 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTACATAACTTACAT-AACTTACA
** * *
10229674 TAAATTAAATAACTTGCATAAA-T---T-A---A-ATAACTTACATAACTTACA
1 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTACATAACTTACATAACTTACA
10229719 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTTACGGA-AACTTACATAACTTACA
1 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAAC-TTAC--ATAACTTACATAACTTACA
* *
10229775 TAACCTACATAACTTACGTAAATTAAGTAACTTACATAACTTACATAAACTTGCA
1 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTACATAACTTACAT-AACTTACA
** * * * *
10229830 TAAATTAAATAACTTACATAACTTACA-TAACCTACATAACTTACATAAATTA-A
1 TAACCTACATAACTTACATAAATTA-AGTAACTTACATAACTTACATAACTTACA
* ** * * * *
10229883 GTAACTTTACGGAACTTACATAACTTACA-TAACCTACATAACTTACGTAAATTA-A
1 -TAAC-CTACATAACTTACATAAATTA-AGTAACTTACATAACTTACATAACTTACA
*
10229938 GTAACTTACATAACTTACATAA
1 -TAACCTACATAACTTACATAA
10229960 CCTACATTAG
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 25, Indels: 35
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
45 25 0.10
46 12 0.05
47 1 0.00
49 1 0.00
50 2 0.01
51 1 0.00
53 2 0.01
54 33 0.14
55 118 0.48
56 48 0.20
57 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.18, G:0.04, T:0.32
Consensus pattern (54 bp):
TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTACATAACTTACATAACTTACA
Found at i:10230183 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 10230138--10230302 Score: 192
Period size: 41 Copynumber: 3.9 Consensus size: 41
10230128 AATATAGTTA
* *
10230138 TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTTACATACTTTTTTAAT
1 TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATACTTTTTTAAT
*
10230179 TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATACTTTTTTTACTTTTTT
1 TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATAC-TTTTTTA-----AT
*
10230226 TAATTTTTTTAATTTTAAAATA-TTTTAAAATACTTTTTTAAT
1 T--TTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATACTTTTTTAAT
*
10230268 TTTTTTT-AATTTTAAAATTTTTTTAAAATA-TTTTT
1 TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATACTTTTT
10230303 AAAATACTTT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 6, Indels: 20
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.15
40 16 0.15
41 30 0.28
42 9 0.08
47 9 0.08
48 11 0.10
49 18 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (41 bp):
TTTTTTTAAATTTTAAAATATTTTTAAAATACTTTTTTAAT
Found at i:10230203 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10230189--10230351 Score: 88
Period size: 11 Copynumber: 15.9 Consensus size: 11
10230179 TTTTTTTAAA
10230189 TTTTAAAATAT
1 TTTTAAAATAT
10230200 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATA-T
** *
10230212 TTTTTTACT-T
1 TTTTAAAATAT
*
10230222 TTTT-TAAT-T
1 TTTTAAAATAT
*
10230231 TTTT-TAA--T
1 TTTTAAAATAT
10230239 TT-TAAAATA-
1 TTTTAAAATAT
10230248 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATA-T
*
10230260 TTTT-TAAT-T
1 TTTTAAAATAT
**
10230269 TTTTTTAA--T
1 TTTTAAAATAT
*
10230278 TT-TAAAATTT
1 TTTTAAAATAT
10230288 TTTTAAAATAT
1 TTTTAAAATAT
10230299 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATA-T
10230311 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATA-T
10230323 TTTT-AAA-AT
1 TTTTAAAATAT
*
10230332 TTTTAAAA-AA
1 TTTTAAAATAT
10230342 TTTTAAAATA
1 TTTTAAAATA
10230352 AAAATGGGCC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 10, Indels: 28
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
7 1 0.01
8 8 0.06
9 26 0.20
10 31 0.24
11 34 0.27
12 28 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (11 bp):
TTTTAAAATAT
Found at i:10230232 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10230211--10230241 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 3.4 Consensus size: 9
10230201 TTTAAAATAC
*
10230211 TTTTTTTAC
1 TTTTTTTAA
10230220 TTTTTTTAA
1 TTTTTTTAA
10230229 TTTTTTTAA
1 TTTTTTTAA
10230238 TTTT
1 TTTT
10230242 AAAATATTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 21 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTTAA
Found at i:10230302 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10230221--10230302 Score: 130
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
10230211 TTTTTTTACT
10230221 TTTTTTAATTTTTTTAATTTTAAAATATTTTAAAATAC
1 TTTTTTAATTTTTTTAATTTTAAAATATTTTAAAATAC
*
10230259 TTTTTTAATTTTTTTTAATTTTAAAATTTTTTTAAAATA-
1 TTTTTTAA-TTTTTTTAATTTTAAAA-TATTTTAAAATAC
10230298 TTTTT
1 TTTTT
10230303 AAAATACTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 3
0.91 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.20
39 22 0.54
40 11 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.01, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (38 bp):
TTTTTTAATTTTTTTAATTTTAAAATATTTTAAAATAC
Found at i:10230313 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10230277--10230331 Score: 87
Period size: 12 Copynumber: 4.8 Consensus size: 12
10230267 TTTTTTTTAA
*
10230277 TTTTAAAAT-TT
1 TTTTAAAATACT
10230288 TTTTAAAATA-T
1 TTTTAAAATACT
10230299 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATACT
10230311 TTTTAAAATACT
1 TTTTAAAATACT
10230323 TTTTAAAAT
1 TTTTAAAAT
10230332 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 3
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 20 0.48
12 22 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (12 bp):
TTTTAAAATACT
Found at i:10230558 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10230546--10231118 Score: 562
Period size: 9 Copynumber: 63.0 Consensus size: 9
10230536 CATAAATAAA
10230546 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230555 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230564 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10230573 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230582 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230591 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10230601 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10230610 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230619 ATAACGTAC
1 ATAACTTAC
* *
10230628 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10230637 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230646 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10230654 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10230664 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230673 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10230683 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
*
10230692 ATAACTTGC
1 ATAACTTAC
* *
10230701 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10230710 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230719 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230728 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
10230737 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230746 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10230754 AGTAACTTTAC
1 A-TAAC-TTAC
**
10230765 GGAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230774 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
**
10230783 ATAACCCAC
1 ATAACTTAC
10230792 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10230801 GTAAATTA-
1 ATAACTTAC
10230809 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10230819 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230828 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
* * *
10230837 ATAAATAAA
1 ATAACTTAC
10230846 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230855 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10230864 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10230873 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230882 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230891 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10230901 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10230910 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10230919 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230928 ATAACGTAC
1 ATAACTTAC
* *
10230937 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
*
10230946 ATAACTTGC
1 ATAACTTAC
10230955 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230964 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10230972 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10230982 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10230991 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
10231001 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10231010 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10231019 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10231028 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
* *
10231037 ATAAATTTC
1 ATAACTTAC
***
10231046 AATGGGTTAC
1 -ATAACTTAC
10231056 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
10231065 ATAACCTAT
1 ATAACTTAC
* *
10231074 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
10231083 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
10231092 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
10231101 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
10231109 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
10231119 CCGTGCAAAT
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 98, Indels: 31
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.01
9 400 0.89
10 46 0.10
ACGTcount: A:0.48, C:0.17, G:0.03, T:0.32
Consensus pattern (9 bp):
ATAACTTAC
Found at i:10230729 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 10230529--10231118 Score: 711
Period size: 100 Copynumber: 5.9 Consensus size: 99
10230519 TGAGCACCTC
* * *
10230529 TAACCTACATAAATAAAATAACTTACATAACTTACATAACCTACATAACTTACATAACTTACATA
1 TAACCTACATAAATTAAATAAATTA-ATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATA
*
10230594 AACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACGTACA
65 AACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
** * * * * * *
10230629 TAAATTAAATAACTTACATAAATTAAGTAACTTACATAACTTACATAAACTTGCATAAATTAAAT
1 TAACCTACATAAATTAAATAAATTAA-TAACTTACATAACTTACAT-AACTTACATAACTTACAT
10230694 -AACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
64 AAACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
* * ** **
10230729 TAACCTACATAACTTACATAAATTAAGTAACTTTACGGAACTTACATAACTTACATAACCCACAT
1 TAACCTACATAAATTAAATAAATTAA-TAAC-TTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACAT
* * *
10230794 -AACTTACGTAAATTAAGTAACTTACATAACTTACA
64 AAACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
* * * *
10230829 TAACCTACATAAATAAAATAACTTACATAACTTACATAAATTAAATAACTTACATAACTTACATA
1 TAACCTACATAAATTAAATAAATTA-ATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATA
10230894 AACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
65 AACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
* * * *
10230929 TAACGTACATAAATTAAATAACTTGCATAACTTACATAAATTA-AGTAACTTACATAACTTACAT
1 TAACCTACATAAATTAAATAAATT-AATAACTTACATAACTTACA-TAACTTACATAACTTACAT
10230993 AAACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
64 AAACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
* *** * * * *
10231029 TAACCTACATAAATTTCAATGGGTTACATAACTTACATAACCTATATAAATTAAATAACTTACAT
1 TAACCTACATAAA-TTAAATAAATTA-ATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACAT
* *
10231094 -AACTTACATAAATTAAGTAACTTAC
64 AAACTTGCATAAATTAAATAACTTAC
10231119 CCGTGCAAAT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 53, Indels: 20
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
99 29 0.07
100 329 0.77
101 68 0.16
102 1 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.17, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (99 bp):
TAACCTACATAAATTAAATAAATTAATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAA
ACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACA
Found at i:10236551 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 10236481--10236616 Score: 227
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
10236471 GACCACAGTT
* * *
10236481 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCTACAACTTAGAGCAGATGCGGCAGCGAGAGAAGC
1 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCAACAACTTAAAGCAGATGCGGCAGCCAGAGAAGC
10236546 A
66 A
* *
10236547 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCAACAACTTAAAGCTGATGCGGCATCCAGAGAAGC
1 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCAACAACTTAAAGCAGATGCGGCAGCCAGAGAAGC
10236612 A
66 A
10236613 GAGG
1 GAGG
10236617 CTGCAGCGAG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 65 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.26, T:0.14
Consensus pattern (66 bp):
GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCAACAACTTAAAGCAGATGCGGCAGCCAGAGAAGC
A
Found at i:10237014 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10236966--10237270 Score: 495
Period size: 43 Copynumber: 7.1 Consensus size: 43
10236956 AACAAAAAGT
* * * *
10236966 GGCGTTTGTGAAAAAAGCGCCGCTAAAGAATAT-TAGCTTTGGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGT-TCTTTAGC
* *
10237009 GGCGTTTGTGTTAGAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
10237052 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
* *
10237095 GGCGGTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTGCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
* *
10237138 GGCGGTTGTGTAAAAAGCGCCGGTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
10237181 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
*
10237224 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTTGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
10237267 GGCG
1 GGCG
10237271 CTTTTAAAAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 15, Indels: 2
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
43 245 1.00
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (43 bp):
GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
Found at i:10237471 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 10237424--10237584 Score: 243
Period size: 41 Copynumber: 3.9 Consensus size: 41
10237414 TGGTGTTGTG
*
10237424 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACTTGA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
*
10237465 GAATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
* * *
10237506 GCATTAGTGGCGCTTATTCAAAAACGCCGCTAAAGACCTAA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
* *
10237547 GCATTAGCGGCGCTT-TTCAGAAAATGCCGCTAAAGACC
1 GCATTAGCGGCGCTTATT-AAAAAACGCCGCTAAAGACC
10237585 CCAAAAAACT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 10, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.02
41 107 0.98
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (41 bp):
GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
Found at i:10237746 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 10237622--10237756 Score: 136
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 40
10237612 GGGCTTAGGC
*
10237622 TTTTT-GCGGCG-CTTTCCAAAAAACGCCGCTAATGCTT-A
1 TTTTTAGCGGCGTTTTTCC-AAAAACGCCGCTAATGCTTCA
* *
10237660 TTTTTAGCGGCGTTTTT-TAAAAATCGCCGCTAATG-ATCGA
1 TTTTTAGCGGCGTTTTTCCAAAAA-CGCCGCTAATGCTTC-A
** * *
10237700 CCTTTAGCGGCGTTTTTCCAAAAGCGCCGCTACTGCTTCA
1 TTTTTAGCGGCGTTTTTCCAAAAACGCCGCTAATGCTTCA
*
10237740 TTTTTAGTGGCGTTTTT
1 TTTTTAGCGGCGTTTTT
10237757 TGTCCAAACG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 12, Indels: 12
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 11 0.14
39 17 0.22
40 44 0.56
41 6 0.08
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
TTTTTAGCGGCGTTTTTCCAAAAACGCCGCTAATGCTTCA
Found at i:10241469 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10241444--10241478 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
10241434 ATTAATGGTG
10241444 ATTAAGTTTAATTA
1 ATTAAGTTTAATTA
10241458 ATTAAGGTTTAATTA
1 ATTAA-GTTTAATTA
10241473 AGTTAA
1 A-TTAA
10241479 ATAAGTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.26
15 10 0.53
16 4 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
ATTAAGTTTAATTA
Found at i:10244090 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10244051--10244098 Score: 53
Period size: 6 Copynumber: 7.8 Consensus size: 6
10244041 AAAAATACAC
* *
10244051 ATTTTA ATTTTA ATTTTT -TTTCTT ATTATTT ATTTTT ATTTTT ATTTT
1 ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTT-TT ATT-TTT ATTTTT ATTTTT ATTTT
10244099 GCAAGGAGAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.13
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.08
6 27 0.71
7 7 0.18
8 1 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (6 bp):
ATTTTT
Found at i:10244899 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 10244891--10244934 Score: 88
Period size: 3 Copynumber: 14.7 Consensus size: 3
10244881 TACACAAAAA
10244891 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
10244935 AAATAAAAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 41 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:10247585 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 10247330--10247646 Score: 424
Period size: 125 Copynumber: 2.5 Consensus size: 125
10247320 GATAAAATCA
* * * * * * * * *
10247330 AAGCAGGATGATTTATCAGAAGGATTTTTGCAATCGTGCCCATGTGTACGCGTTTTTGCTACAGT
1 AAGCAGGATGCTTTATAAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAGT
10247395 AGGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTT
66 AGGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTT
** * * *
10247455 AAGCAGGATG-TTATATGCGAAGAATTTGTGAAATTGCGCCCTCGTGGACGCGCTTTTGCTATAG
1 AAGCAGGATGCTT-TATAAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAG
* * * *
10247519 TTGGTCCTGGAAGAAATAATTTTGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATTGTAT-AAAATCGCTTCT
65 TAGGTCCTGGAA-AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTT-T
10247581 -AGCAGGATGCTTTATAAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAGT
1 AAGCAGGATGCTTTATAAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAGT
10247645 AG
66 AG
10247647 CATGTTTGGG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 22, Indels: 8
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
124 2 0.01
125 126 0.76
126 38 0.23
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
AAGCAGGATGCTTTATAAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAGT
AGGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTT
Found at i:10250861 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10250826--10250885 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
10250816 TATATTTAAC
10250826 TTAAGGG-TTAGGGTTTCAAAG-
1 TTAAGGGTTTAGGGTTTCAAAGT
**
10250847 TTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
1 TTAAGGGTTTAGGGTTTCAAAGT
*
10250870 TTAA-GGTTTAAGGTTT
1 TTAAGGGTTTAGGGTTT
10250886 GTAGTTTTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.21
22 23 0.68
23 4 0.12
ACGTcount: A:0.25, C:0.02, G:0.30, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TTAAGGGTTTAGGGTTTCAAAGT
Found at i:10250885 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 10250826--10251104 Score: 176
Period size: 43 Copynumber: 6.2 Consensus size: 44
10250816 TATATTTAAC
* * ** *
10250826 TTAAGGGTTAGGGTTTCAAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
1 TTAAGGTTTAAGGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
10250870 TTAAGGTTTAAGGTTTGTAGTTTTTAAGTTTAGGGTTT-GTGGTTTTTAAG-
1 TTAAGGTTTAA-----G--GTTTTTAAGTTTAGGGTTTAG-GGTTTTTAAGT
* * * * *
10250920 TTAAAGATT-AGTGTTTTTAGGTTTAGGGTTTATGATTTTTAAGT
1 TTAAGGTTTAAG-GTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
* ** * *
10250964 TTAGGGTTTGTGGTTTTTAAGTTTAGGGTCTATGGTTTTTTAAGT
1 TTAAGGTTTAAGGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-GGGTTTTTAAGT
* ** *
10251009 TTAGGGTTTGGGGTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGGTTTTTAAG-
1 TTAAGGTTTAAGGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
* *** * *
10251052 TTAAGGGTTACCCTTTTTGA-TTTAAGGG-TTAAGGTTTTTAAG-
1 TTAAGGTTTAAGGTTTTTAAGTTT-AGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
*
10251094 TTAAGGGTTAA
1 TTAAGGTTTAA
10251105 TATTAGGGTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 32, Indels: 28
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 26 0.14
43 44 0.23
44 43 0.23
45 41 0.22
49 2 0.01
50 8 0.04
51 26 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.28, T:0.49
Consensus pattern (44 bp):
TTAAGGTTTAAGGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGGTTTTTAAGT
Found at i:10250900 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10250869--10251060 Score: 233
Period size: 22 Copynumber: 8.7 Consensus size: 22
10250859 GGTTTTTAAG
* *
10250869 TTTAAGGTTTAAGGTTTGTAGTT
1 TTTAA-GTTTAGGGTTTGTGGTT
10250892 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
* * * *
10250914 TTTAAGTTAAAGATTAGT-GTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
* * *
10250935 TTTAGGTTTAGGGTTTATGATT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
10250957 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
* *
10250979 TTTAAGTTTAGGGTCTATGGTTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGG-TT
*
10251002 TTTAAGTTTAGGGTTTGGGGTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
*
10251024 TTTAAGTTTAGGGTTTATGGTT
1 TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
*
10251046 TTTAAGTTAAGGGTT
1 TTTAAGTTTAGGGTT
10251061 ACCCTTTTTG
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 24, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.10
22 104 0.73
23 24 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.01, G:0.28, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTT
Found at i:10251089 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10250889--10251104 Score: 137
Period size: 22 Copynumber: 10.0 Consensus size: 21
10250879 AAGGTTTGTA
* **
10250889 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTGTG
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAAG
* *
10250911 GTTTTTAAGTTAAAGATT-AG
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAAG
* * *
10250931 TGTTTTTAGGTTTAGGGTTTATG
1 -GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAAG
* * **
10250954 ATTTTTAAGTTTAGGGTTTGTG
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAAG
* *
10250976 GTTTTTAAGTTTAGGGTCTATG
1 GTTTTTAAGTTAAGGGT-TAAG
* **
10250998 GTTTTTTAAGTTTAGGGTTTGGG
1 G-TTTTTAAGTTAAGGG-TTAAG
* *
10251021 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATG
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAAG
**
10251043 GTTTTTAAGTTAAGGGTTACC
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAAG
* * *
10251064 CTTTTTGATTTAAGGGTTAAG
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAAG
10251085 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAA
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAA
10251105 TATTAGGGTT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 29, Indels: 13
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.01
21 51 0.32
22 87 0.55
23 19 0.12
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.27, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
GTTTTTAAGTTAAGGGTTAAG
Found at i:10253642 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10253626--10253669 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12
10253616 ATTAAATATG
10253626 AATTTGAGA-GA
1 AATTTGAGAGGA
10253637 AATTTG-GAAGGA
1 AATTTGAG-AGGA
10253649 AA-TTGAGAGGA
1 AATTTGAGAGGA
10253660 AATTTGAGAG
1 AATTTGAGAG
10253670 AGGATTTGTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
10 1 0.03
11 16 0.55
12 12 0.41
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (12 bp):
AATTTGAGAGGA
Found at i:10254724 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10254704--10254739 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
10254694 TCTTCTTTTT
*
10254704 TTCTTCATCCTCTTC
1 TTCTTCATCCTCGTC
*
10254719 TTCTTCATCGTCGTC
1 TTCTTCATCCTCGTC
10254734 TTCTTC
1 TTCTTC
10254740 TTCTCCTTCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.36, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (15 bp):
TTCTTCATCCTCGTC
Found at i:10259813 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10259772--10259835 Score: 119
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
10259762 AACGCACTTA
10259772 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
1 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
*
10259804 ATATTAGGGATTAAAAAGGGAAATAATCCCTT
1 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
10259836 TCCCCAAAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 31 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
Found at i:10261597 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10261550--10261686 Score: 111
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
10261540 CAACCGATAG
10261550 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGA
1 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGA
* * * * * * * *
10261593 AGGCAA-GATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTA-CAAC-CGATGG-
1 AGGCAAGGCTTTG-T-T-TTCGATCTGCTTCGCTATTAACGC-A-GGA
* *
10261637 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGA
1 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGA
10261680 AGGCAAG
1 AGGCAAG
10261687 ATCTGCTATC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 18, Indels: 18
0.65 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
42 16 0.24
43 20 0.30
44 13 0.19
45 18 0.27
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (43 bp):
AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGA
Found at i:10261624 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 10261479--10262092 Score: 937
Period size: 87 Copynumber: 7.1 Consensus size: 87
10261469 ACTTGTAATC
* * ** * *
10261479 TTCGATCTGTTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
*
10261543 CCGATAGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
10261565 TTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
10261630 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
10261652 TTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* *
10261717 TCGATGGAGGCAAGACTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * * * * *
10261739 TTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACT-TCTTTAACCAGCTCTACTGCAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
10261803 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * *
10261825 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
*
10261890 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * * * *
10261912 TTCGATATGCTTCGCAGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCT-TCTTTAACCAGCTCCACTGCAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
10261976 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
10261998 TTCGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
10262063 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
10262085 TTCGATCT
1 TTCGATCT
10262093 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 51, Indels: 5
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
86 182 0.38
87 292 0.62
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (87 bp):
TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
Found at i:10261820 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 10261479--10262092 Score: 978
Period size: 173 Copynumber: 3.5 Consensus size: 173
10261469 ACTTGTAATC
* * ** * *
10261479 TTCGATCTGTTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* * * * *
10261543 CCGATAGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTA
66 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCT-
* *
10261608 TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
130 TCTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
10261652 TTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* * *
10261717 TCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACTT
66 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCTT
*
10261782 CTTTAACCAGCTCTACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
131 CTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * *
10261825 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* *
10261890 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCTT
66 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCTT
10261955 CTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
131 CTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
10261998 TTCGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
*
10262063 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
66 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCT
10262093 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 36, Indels: 2
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
173 320 0.79
174 84 0.21
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (173 bp):
TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTGCTT
CTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
Found at i:10261940 original size:260 final size:260
Alignment explanation
Indices: 10261479--10262092 Score: 953
Period size: 260 Copynumber: 2.4 Consensus size: 260
10261469 ACTTGTAATC
* * * *
10261479 TTCGATCTGTTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
* * * *
10261543 CCGATAGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTA
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTGCTA
* * * * *
10261608 TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTTGCTGTTAA
131 TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAA
*
10261673 CGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAATCGATGGAGGCAAGACTTTGT
196 CGCAGGAAGGCAAGATCTGCT-TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGT
10261738 T
260 T
* * * * *
10261739 TTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACT-TCTTTAACCAGCTCTACTGCAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
* *
10261803 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTA
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTGCTA
10261868 TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAA
131 TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAA
* * * *
10261933 TGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTCTTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
196 CGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTT
* * *
10261998 TTCGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
10262063 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
10262093 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 33, Indels: 4
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
259 77 0.24
260 237 0.74
261 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (260 bp):
TTCGATCTGCTTCGCTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTGCTA
TCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAA
CGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTT
Found at i:10263774 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10263744--10263817 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 25
10263734 TCTTTTCATA
10263744 TTTTATTTTGACTTTGATTGATTTCT
1 TTTTATTTTGACTTTGATT-ATTTCT
* *
10263770 CTTTTGCTTTTGACTTTGATTTTTTCT
1 -TTTT-ATTTTGACTTTGATTATTTCT
*
10263797 TTTCTATCTTTGATTTTGATT
1 TTT-TAT-TTTGACTTTGATT
10263818 TTGATTTTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 6
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.10
27 22 0.55
28 14 0.35
ACGTcount: A:0.12, C:0.11, G:0.11, T:0.66
Consensus pattern (25 bp):
TTTTATTTTGACTTTGATTATTTCT
Found at i:10263814 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10263805--10263833 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 4.8 Consensus size: 6
10263795 CTTTTCTATC
10263805 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGA
1 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGA
10263834 ATCTGAACCC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 23 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.17, T:0.66
Consensus pattern (6 bp):
TTTGAT
Found at i:10272746 original size:15 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10272713--10272759 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
10272703 TTTTAAGGTG
*
10272713 CACACGGCCTTGC
1 CACACGGCCTTGA
10272726 CACACGGCCATGTGA
1 CACACGGCC-T-TGA
*
10272741 CACACGGCCTAGA
1 CACACGGCCTTGA
10272754 CACACG
1 CACACG
10272760 ACCATATGTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 17 0.57
14 2 0.07
15 11 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.40, G:0.23, T:0.11
Consensus pattern (13 bp):
CACACGGCCTTGA
Found at i:10276415 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 10276405--10276469 Score: 58
Period size: 5 Copynumber: 12.2 Consensus size: 5
10276395 TATCTTATAA
* *
10276405 CATAT CATAT CATATTT CATAT CATGT CATGT CATATCT CATAT CATAT
1 CATAT CATAT CATA--T CATAT CATAT CATAT CATA--T CATAT CATAT
* *
10276454 CGTAT CATAT CTTAT C
1 CATAT CATAT CATAT C
10276470 CTACCCCTAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 8
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 41 0.80
7 10 0.20
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (5 bp):
CATAT
Found at i:10276415 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10276393--10276453 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
10276383 TGTAATGGGG
*
10276393 CATATCTTATAACATAT
1 CATATCATATAACATAT
**
10276410 CATATCATATTTCATAT
1 CATATCATATAACATAT
* * * * *
10276427 CATGTCATGTCATATCT
1 CATATCATATAACATAT
10276444 CATATCATAT
1 CATATCATAT
10276454 CGTATCATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 11, Indels: 0
0.75 0.25 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 33 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
CATATCATATAACATAT
Found at i:10276418 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10276393--10276468 Score: 91
Period size: 22 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
10276383 TGTAATGGGG
*
10276393 CATATCTTATAACATATCATAT
1 CATATCTTATATCATATCATAT
* *
10276415 CATAT-TTCATATCATGTCATGT
1 CATATCTT-ATATCATATCATAT
* *
10276437 CATATCTCATATCATATCGTAT
1 CATATCTTATATCATATCATAT
10276459 CATATCTTAT
1 CATATCTTAT
10276469 CCTACCCCTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 8, Indels: 4
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.05
22 41 0.93
23 1 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
CATATCTTATATCATATCATAT
Found at i:10276424 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10276409--10276454 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12
10276399 TTATAACATA
*
10276409 TCATATCATATT
1 TCATATCATATC
*
10276421 TCATATC--ATG
1 TCATATCATATC
*
10276431 TCATGTCATATC
1 TCATATCATATC
10276443 TCATATCATATC
1 TCATATCATATC
10276455 GTATCATATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 4
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.29
12 20 0.71
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (12 bp):
TCATATCATATC
Found at i:10279237 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 10278991--10279260 Score: 425
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 137
10278981 TTCAGAAAAT
* * *
10278991 GGCATGTCTTTCATATTGCACTTTCATGTGAACTTGTTACTACATGACATTGTTAAATTACTTCT
1 GGCATATCTTTCATATTGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTCT
* * *
10279056 GTAGTTAGTGTTATATCCATCTTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACTCATGCCATAAATGATT
66 GTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGATT
10279121 TCATTTG
131 TCATTTG
* *
10279128 GGCATATCTTTCATATCT-CACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGATATTGTTAAATTACTTT
1 GGCATATCTTTCATAT-TGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTC
* * *
10279192 TGTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTTTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATTCCATAATTGAT
65 TGTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGAT
10279257 TTCA
130 TTCA
10279261 ATTTTAAGTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 11, Indels: 2
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 120 0.99
138 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (137 bp):
GGCATATCTTTCATATTGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTCT
GTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGATT
TCATTTG
Found at i:10279389 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10279361--10279412 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
10279351 TTCATTTATA
10279361 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
**
10279386 TTTCACTGGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
10279411 TT
1 TT
10279413 ACTGATTCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.25, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
Found at i:10281021 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 10280956--10281143 Score: 147
Period size: 61 Copynumber: 3.1 Consensus size: 61
10280946 TTATAGTATC
*
10280956 ATATATTATGATTTTAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
* * * * * * * ** *
10281017 ATATATTTTAATTAAAATATATTTA-ATAATAAT-TATG-TTA--AATTATCTTT-TATAGTATC
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATAT-TGATTATTAAGAAT-TTTAT-TA-AAT-
10281076 T
61 T
* * * *
10281077 -TCTATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTAGGAATTTTATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
10281137 ATATATT
1 ATATATT
10281144 TTAATTATAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 26, Indels: 24
0.64 0.19 0.17
Matches are distributed among these distances:
57 5 0.06
58 5 0.06
59 22 0.25
60 19 0.21
61 29 0.33
62 5 0.06
63 4 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (61 bp):
ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
Found at i:10281032 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10281004--10281038 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
10280994 ATTATTAAGA
*
10281004 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAAATATAT
10281021 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTT-ATTAAAATATAT
10281039 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.31
18 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTAAAATATAT
Found at i:10281149 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 10280936--10281180 Score: 420
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 121
10280926 TTTTGACAAG
* *
10280936 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTTAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTA
1 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
10281001 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATG-TT
66 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
* * *
10281056 AAATTATCTTTTATAGTATCTTCTATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
1 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
* *
10281121 GGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTT
66 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
10281177 AAAT
1 AAAT
10281181 ATGATTAAAT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 7, Indels: 1
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
120 111 0.95
121 6 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (121 bp):
AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
Found at i:10281158 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10281137--10281178 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
10281127 TTATTAAATT
*
10281137 ATATATTTTAATTATA
1 ATATATTTTAATAATA
10281153 ATATA-TTTAATAATA
1 ATATATTTTAATAATA
10281168 AT-TATGTTTAA
1 ATATAT-TTTAA
10281179 ATATGATTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.09
15 11 0.48
16 10 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
ATATATTTTAATAATA
Found at i:10281163 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10281128--10281169 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
10281118 TTAGGAATTT
*
10281128 TATTAAATTAT-ATA
1 TATTTAATTATAATA
10281142 T-TTTAATTATAATA
1 TATTTAATTATAATA
*
10281156 TATTTAATAATAAT
1 TATTTAATTATAAT
10281170 TATGTTTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.33
14 5 0.21
15 11 0.46
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (15 bp):
TATTTAATTATAATA
Found at i:10281208 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 10281116--10281385 Score: 248
Period size: 88 Copynumber: 3.2 Consensus size: 88
10281106 GAATATTAAT
*
10281116 TATTAGGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTAAAT
1 TATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTAAAT
10281181 ATGATTAAATTATTTATTATTGA
66 ATGATTAAATTATTTATTATTGA
* * * ** * *
10281204 TATTAATAATCTTATTAAAATT-TA-A--ATAACAATAACA-A--TAATAATAA-TA-ATTTACC
1 TATTAAGAATTTTATT-AAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTA--
* * ** *
10281260 AA-A--A-CAAATT-TCTGCTAAT--
63 AATATGATTAAATTATTTATTATTGA
*
10281279 TATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTAAAT
1 TATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTAAAT
10281344 ATGATTAAATTATTTATTATTGA
66 ATGATTAAATTATTTATTATTGA
* * *
10281367 TAATAATAATCTTATTAAA
1 TATTAAGAATTTTATTAAA
10281386 ATTTAAATAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 29, Indels: 38
0.67 0.14 0.19
Matches are distributed among these distances:
74 5 0.04
75 16 0.12
76 1 0.01
77 5 0.04
78 12 0.09
79 2 0.01
80 4 0.03
81 14 0.10
82 14 0.10
83 4 0.03
84 2 0.01
85 13 0.10
86 5 0.04
87 1 0.01
88 31 0.23
89 5 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (88 bp):
TATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTAAAT
ATGATTAAATTATTTATTATTGA
Found at i:10281291 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 10281112--10281408 Score: 567
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
10281102 ATAAGAATAT
* *
10281112 TAATTATTAGGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTT
1 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
*
10281177 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATATTAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
66 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
10281242 TAATAATAATAATTTACCAAAACAAATTTCTGC
131 TAATAATAATAATTTACCAAAACAAATTTCTGC
10281275 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
1 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
10281340 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
66 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
10281405 TAAT
131 TAAT
10281409 CATTTACCAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
163 131 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (163 bp):
TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
TAATAATAATAATTTACCAAAACAAATTTCTGC
Found at i:10281315 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10281287--10281321 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
10281277 ATTATTAAGA
*
10281287 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAAATATAT
10281304 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTT-ATTAAAATATAT
10281322 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.31
18 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTAAAATATAT
Found at i:10281355 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 10281113--10281357 Score: 181
Period size: 82 Copynumber: 3.1 Consensus size: 75
10281103 TAAGAATATT
* *
10281113 AATTATTAGGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
1 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
10281178 AATATGATTA
66 AATATGATTA
* ** * * * * **
10281188 AATTATTTATTATTGATATTAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATA-ACAATAATAATAAT
1 AATTATTAAGAATT-TTATT-A-AA--TTA-TATATTTTAATTAA-AATATA-TTTAATAATAAT
* * * * *
10281252 AAT-TTACCAAAACAAAT-TTCTGCT
58 TATGTT----TAA-ATATGAT-T--A
10281276 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
1 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
10281341 AATATGATTA
66 AATATGATTA
10281351 AATTATT
1 AATTATT
10281358 TATTATTGAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 30, Indels: 38
0.64 0.16 0.20
Matches are distributed among these distances:
75 17 0.14
76 4 0.03
77 5 0.04
78 5 0.04
80 3 0.02
81 29 0.24
82 30 0.25
83 3 0.02
85 5 0.04
86 5 0.04
87 4 0.03
88 11 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (75 bp):
AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
AATATGATTA
Found at i:10281512 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 10281469--10281573 Score: 115
Period size: 44 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
10281459 TTCTATTATG
10281469 CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACACA-AGA-TTA
1 CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACA-ATAGATTTA
* * *
10281508 CTATTACGCCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACAATTGATTTG
1 CTATTACACCTCTATT-C----CATTCAACCAAACAATAGATTTA
10281553 CTATTACACCTCTATTCCATT
1 CTATTACACCTCTATTCCATT
10281574 ACACCTCTAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 4, Indels: 13
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.27
40 5 0.09
43 1 0.02
44 17 0.31
45 17 0.31
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (40 bp):
CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACAATAGATTTA
Found at i:10281567 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 10281467--10281576 Score: 133
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
10281457 TTTTCTATTA
10281467 TGCTATTACACCTCTATT-C----CATTCAACCAAACACAAGAT
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACAAGAT
* * *
10281506 TACTATTACGCCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACA-ATTGATT
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACA-AGA-T
10281551 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACA
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACA
10281577 CCTCTAATCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 8
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.27
40 1 0.02
43 1 0.02
44 16 0.27
45 25 0.42
ACGTcount: A:0.33, C:0.29, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (44 bp):
TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACAAGAT
Found at i:10281576 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10281555--10281592 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
10281545 TTGATTTGCT
*
10281555 ATTACACCTCTATTCC
1 ATTACACCTCTAATCC
10281571 ATTACACCTCTAATCC
1 ATTACACCTCTAATCC
*
10281587 AATACA
1 ATTACA
10281593 GCGAACCAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.34, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
ATTACACCTCTAATCC
Found at i:10284736 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10284697--10284749 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
10284687 TTCTCTTAAA
10284697 CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
1 CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
* *
10284719 CTCTCAATTTCCTTCAAAAAAT-
1 CTCTCAAATTCCTTC-CAAAATC
10284741 CTCTCAAAT
1 CTCTCAAAT
10284750 CCATATTAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 22 0.81
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.34, C:0.32, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
Found at i:10284814 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10284783--10284836 Score: 83
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
10284773 TCAATTTCAT
*
10284783 TTTTTAAGAA-AATTTTAAATATTTTTA
1 TTTTTAAAAATAATTTTAAA-ATTTTTA
10284810 TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
1 TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
10284837 AAATTTTCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.64
28 9 0.36
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
Found at i:10284957 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10284928--10284961 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
10284918 TAAATTTAAA
10284928 TTTTATTTAAGATAT
1 TTTTATTTAAGATAT
*
10284943 TTTTATTTATG-TAT
1 TTTTATTTAAGATAT
10284957 TTTTA
1 TTTTA
10284962 GATAATTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.44
15 10 0.56
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.06, T:0.68
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATTTAAGATAT
Found at i:10285933 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 10285921--10285957 Score: 74
Period size: 7 Copynumber: 5.3 Consensus size: 7
10285911 TGGATTGATG
10285921 TTTAGTA
1 TTTAGTA
10285928 TTTAGTA
1 TTTAGTA
10285935 TTTAGTA
1 TTTAGTA
10285942 TTTAGTA
1 TTTAGTA
10285949 TTTAGTA
1 TTTAGTA
10285956 TT
1 TT
10285958 ATGTATATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 30 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.14, T:0.59
Consensus pattern (7 bp):
TTTAGTA
Found at i:10286642 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10286609--10286643 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
10286599 AGGTATGTTT
* *
10286609 CCTAACCCTTATATGTAC
1 CCTAACCCGTACATGTAC
10286627 CCTAACCCGTACATGTA
1 CCTAACCCGTACATGTA
10286644 TCCTTTTCCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.34, G:0.09, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
CCTAACCCGTACATGTAC
Found at i:10286836 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10286809--10286864 Score: 112
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
10286799 GCATGGCTTT
10286809 CAAACACCGTCGCCGTTCATGATG
1 CAAACACCGTCGCCGTTCATGATG
10286833 CAAACACCGTCGCCGTTCATGATG
1 CAAACACCGTCGCCGTTCATGATG
10286857 CAAACACC
1 CAAACACC
10286865 TCCACATACA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 32 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.36, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
CAAACACCGTCGCCGTTCATGATG
Found at i:10287257 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10287231--10287302 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
10287221 ACCCATTTGT
*
10287231 ATTAAAAA-TCCTAAACTAATTTA
1 ATTAAAAACT-CTAACCTAATTTA
10287254 ATTAAAAACTCTAACCTAATTTA
1 ATTAAAAACTCTAACCTAATTTA
10287277 ATTAAAAACTCTAACCTAATTTA
1 ATTAAAAACTCTAACCTAATTTA
10287300 ATT
1 ATT
10287303 TAATTAAAAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 46 0.98
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.15, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
ATTAAAAACTCTAACCTAATTTA
Found at i:10287455 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10287213--10288099 Score: 185
Period size: 28 Copynumber: 32.9 Consensus size: 23
10287203 CCTAAACCCT
* *
10287213 AAACCCTAACC-CATTTGTATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTT-AATTAA
* *
10287236 AAATCCTAAACTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
*
10287259 AAACTCTAACCTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
*
10287282 AAACTCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
**
10287310 AAACAATAAACCTAACCCATTTTAATT-A
1 AAACCCT-AACCT-A---A-TTTAATTAA
10287338 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287366 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287394 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287422 AAACCCTAACCCTAACCCATTTTAATTAA
1 AAACCCTAA-CCT-A---A-TTTAATTAA
10287451 AAACCCTAACCCTAATTTAATTTAA
1 AAACCCTAA-CCTAATTTAA-TTAA
** *
10287476 TTTAAGAGCCCTAAACCTTAACCCTAATTTACCCT
1 ---AA-A-CCCT-AACC-TAA-TTTAA-TTA---A
**
10287511 AAA-CCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
10287533 AAACCCTAACCCTAACCTATTTTAATTAA
1 AAACCCTAA-CCT-A---A-TTTAATTAA
* *
10287562 AATCCTTAACCCTAATTTAATTTAA
1 AAACCCTAA-CCTAATTTAA-TTAA
10287587 TTTAAGACCCTAACCCTAACCAATTTTAATTAA
1 ---AA-ACCCTAA-CCT----AA-TTTAATTAA
10287620 AAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTA
1 AAACCCTAA-CCTAATTTAA-TT-A---A
**
10287649 AGAACCCTAAACCCTAACCCTAATT--
1 A-AACCCT-AA-CCTAA-TTTAATTAA
* *
10287674 -TACCCTAAACCTTAA---ACACT--
1 AAACCCT-AACC-TAATTTA-ATTAA
10287694 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
10287717 AAACCCTAACTCTAACCCATTTTAATTAA
1 AAACCCTAAC-CT-A---A-TTTAATTAA
*
10287746 AAACCCTAAACTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
10287769 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287797 AAACCCTAACCCTAACCCACTTTAATTAA
1 AAACCCTAA-CCT-A---A-TTTAATTAA
10287826 AAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTA
1 AAACCCTAA-CCTAATTTAA-TT-A---A
** **
10287855 AGAACCCTAAACCCTAACCCTAATTTGCCCT
1 A-AACCCT-AA-CCTAA-TTTAA-TT---AA
10287886 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
**
10287914 AAAATCTAACCCTAACCCATTTTAATTAA
1 AAACCCTAA-CCT-A---A-TTTAATTAA
10287943 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287971 AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACC-----TAATTTAATTAA
10287999 AAACCCTAACCTAATTTGATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCT-A----ATTTAATTAA
10288027 AAACCCTAACCCTAACCCTTTTTAATTAA
1 AAACCCTAA-CCTAA-----TTTAATTAA
*
10288056 AAACCCTAAACTAATTTAATTAA
1 AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
10288079 AAACCCTAACCTAATTTAATT
1 AAACCCTAACCTAATTTAATT
10288100 TAATTAAAAA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 48, Indels: 246
0.70 0.05 0.25
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.01
20 6 0.01
21 7 0.01
22 6 0.01
23 120 0.17
24 34 0.05
25 26 0.04
26 5 0.01
27 15 0.02
28 211 0.30
29 167 0.24
30 26 0.04
31 28 0.04
32 23 0.03
33 10 0.01
34 5 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.23, G:0.01, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AAACCCTAACCTAATTTAATTAA
Found at i:10287525 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 10287264--10288496 Score: 623
Period size: 57 Copynumber: 21.7 Consensus size: 57
10287254 ATTAAAAACT
* * * * ** *
10287264 CTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACAATAAAC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * * * *
10287321 CTAACCCATTTTAATTAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAACTAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * * *
10287376 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * *
10287433 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAGCCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGA-CCCT-AACC
* * * *
10287493 TTAACCCTAA-TT---T---ACCCTAAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAA-CCTAATTTAACTAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * *
10287544 CTAACCTATTTTAATTAAAATCCTTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAACTAAAA-CCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
*
10287602 CTAACC-AATTTTAATTAAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCTAAACC
1 CTAACCTAA-TTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAG-ACCCT-AACC
* * ** * *
10287662 CTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACACTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC
1 CTAA-CCTAA-TT----T-AA-CTAAAACCCT-AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAAC
*
10287727 T
57 C
* * * *
10287728 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAA-ACTAATTTAA-TTAA---AA-ACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * *** * * *
10287779 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCACTTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * ** ****
10287837 CTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCTAAACCCTAACCCTAATTTGCCCTAA-ACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAA-CTAA-AACCCT-AACCCTAA-TTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * ** *** * * *
10287896 CTAATTTAATTTAATTAAAAAATCTAACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * * *
10287953 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * * *
10288009 CTAATTTGATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCTT--TTTAA-TTAA-A----AACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAA--TTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * * *
10288061 CTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * * * * * *
10288118 CTAACC-CATTTCAATTAAAAACCCCAA-CATAATTTAATTTAATTTAAAACCTTAA-A
1 CTAACCTAATTT-AACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * *** * * * *
10288174 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCTTAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
** * * * ****
10288232 CTAATTTAATTTAATTTAAGAATCCTAAACCCTAACCTTAATTTGCCCTAA-ACCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAA-CTAA-AACCCT-AACCCTAA-TTTAATTTAATTTAAGACCCT-AACC
* *** *
10288293 CTAACCTAATTTAATTAAAACCCTAACCCTAACCCATTTTAA-TTAA-A----AACC
1 CTAACCTAATTTAACTAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * * * *
10288344 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCTTAATC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * * * *
10288401 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
* * *
10288458 CTAACCTATTTTAATTAAAAACCCTAACCC-ATTTTAATT
1 CTAACCTAATTTAACT-AAAACCCTAACCCTAATTTAATT
10288497 AAAAACCCTA
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 134, Indels: 140
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.00
50 4 0.00
51 75 0.08
52 57 0.06
53 35 0.04
54 1 0.00
55 14 0.01
56 167 0.17
57 275 0.28
58 145 0.15
59 60 0.06
60 49 0.05
61 36 0.04
62 5 0.01
64 2 0.00
65 3 0.00
66 8 0.01
67 13 0.01
68 21 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.23, G:0.01, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
CTAACCTAATTTAACTAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
Found at i:10287663 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 10287651--10287702 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 7.1 Consensus size: 7
10287641 TTAATTTAAG
10287651 AACCCTA
1 AACCCTA
10287658 AACCCT-
1 AACCCTA
10287664 AACCCTA
1 AACCCTA
10287671 ATTTACCCTA
1 A---ACCCTA
*
10287681 AACCTTA
1 AACCCTA
*
10287688 AACACTA
1 AACCCTA
10287695 AACCCTA
1 AACCCTA
10287702 A
1 A
10287703 CCTAATTTAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 8
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.16
7 24 0.65
10 7 0.19
ACGTcount: A:0.42, C:0.37, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (7 bp):
AACCCTA
Found at i:10287901 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10287859--10287902 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
10287849 AATTTAAGAA
10287859 CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
1 CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
10287882 CCCTAAACCCTAA-CCTAATTT
1 CCCTAAACCCTAACCCTAATTT
10287903 AATTTAATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.38
23 13 0.62
ACGTcount: A:0.32, C:0.39, G:0.02, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
Found at i:10288114 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10287934--10288196 Score: 140
Period size: 28 Copynumber: 9.6 Consensus size: 25
10287924 CCTAACCCAT
10287934 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAA
1 TTTAATTAAAAA-CC--ACCTAATTTAA
10287962 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAA
1 TTTAATTAAAAA-CC--ACCTAATTTAA
*
10287990 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTGA
1 TTTAATTAAAAA-CC--ACCTAATTTAA
*
10288018 TTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCTT--
1 TTTAATTAAAAA-CC--A-CCTAA--TTTAA
**
10288047 TTTAATTAAAAA-C-CCTAAACTAA
1 TTTAATTAAAAACCACCTAATTTAA
10288070 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAA
1 TTTAATTAAAAA-CC--ACCTAATTTAA
***
10288098 TTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA-CCCA
1 TTTAATTAAAAA-CC--A-CCTAATTTAA
*
10288126 TTTCAATTAAAAACCCCAACATAATTTAA
1 TTT-AATTAAAAA--CC-ACCTAATTTAA
* *
10288155 TTTAATTTAAAACCTTAAACTAATTTAA
1 TTTAATTAAAAACC---ACCTAATTTAA
10288183 TTTAATTAAAAACC
1 TTTAATTAAAAACC
10288197 CTAACCCTAA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 17, Indels: 32
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
23 17 0.08
25 1 0.00
26 2 0.01
27 1 0.00
28 138 0.68
29 37 0.18
30 3 0.01
31 2 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.20, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
TTTAATTAAAAACCACCTAATTTAA
Found at i:10288343 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10288317--10288509 Score: 152
Period size: 23 Copynumber: 7.4 Consensus size: 23
10288307 TTAAAACCCT
10288317 AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
* *
10288340 AACCCTAACCTAATTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
*
10288363 AACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAA
1 AACCCTAACC-CA--T--TTTAATTAAA
10288391 AACCTTAATCCTAACCCATTTTAATTAAA
1 AA-C-----CCTAACCCATTTTAATTAAA
*
10288420 AACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAA
1 AACCCTAACC-CA--T--TTTAATTAAA
10288448 AACCCTAACCCTAACCTATTTTAATTAAA
1 AACCCTAA--C---CC-ATTTTAATTAAA
10288477 AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
10288500 AACCCTAACC
1 AACCCTAACC
10288510 ATTAACAAAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 7, Indels: 44
0.73 0.04 0.23
Matches are distributed among these distances:
23 60 0.43
24 4 0.03
26 1 0.01
27 1 0.01
28 31 0.22
29 31 0.22
30 1 0.01
31 2 0.01
33 3 0.02
34 7 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.24, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
AACCCTAACCCATTTTAATTAAA
Found at i:10288404 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10288350--10288473 Score: 103
Period size: 28 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
10288340 AACCCTAACC
10288350 TAATTTAATTAAAAA-C---CCTAACCTAATT
1 TAATTTAATTAAAAACCTAACCTAACCTAATT
*
10288378 TAATTTAATTAAAAACCTTAATCCTAACC-CA--
1 TAATTTAATTAAAAACC-TAA-CCTAACCTAATT
10288409 T--TTTAATTAAAAA-C---CCTAACCTAATT
1 TAATTTAATTAAAAACCTAACCTAACCTAATT
*
10288435 TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTATTT
1 TAATTTAATTAAAAA-CCTAA-CCTAACCTAATT
10288469 TAATT
1 TAATT
10288474 AAAAACCCTA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 3, Indels: 28
0.71 0.03 0.26
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.09
24 1 0.01
26 1 0.01
28 28 0.37
29 13 0.17
30 1 0.01
31 1 0.01
33 1 0.01
34 23 0.30
ACGTcount: A:0.44, C:0.20, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (32 bp):
TAATTTAATTAAAAACCTAACCTAACCTAATT
Found at i:10288485 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 10287264--10288509 Score: 1009
Period size: 29 Copynumber: 44.0 Consensus size: 29
10287254 ATTAAAAACT
*
10287264 CTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** ** *
10287292 CTAATTTAATTTAATTAAAAACAATAAAC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10287321 CTAACCCATTTTAATT-AAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287348 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287376 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287404 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10287433 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** * *
10287462 CTAATTTAATTTAATTTAAGAGCCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAA-TTAAAAACCCT-AACC
* *
10287493 TTAACCCTAA--T--TT----ACCCTAAAC
1 CTAA-CCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287515 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* * *
10287544 CTAACCTATTTTAATTAAAATCCTTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** * *
10287573 CTAATTTAATTTAATTTAAGACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10287602 CTAACC-AATTTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAA-TTTAATTAAAAACCCTAACC
** *
10287631 CTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAA-TTAAAAACCCT-AACC
* * *
10287662 CTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACACTAAACC
1 CTAA-CCTAATTTA--ATTAA----AAACCCT-AACC
*
10287699 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACT
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10287728 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT-A--
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10287754 --AA-CTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287779 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10287808 CTAACCCACTTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** *
10287837 CTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAA-TTAAAAACCCT-AACC
***
10287868 CTAACCCTAATTTGCCCT--AAACCCTAA-C
1 CTAA-CCTAATTT-AATTAAAAACCCTAACC
** **
10287896 CTAATTTAATTTAATTAAAAAATCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10287925 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287953 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10287981 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** *
10288009 CTAATTTGATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
*
10288038 CTAACCCT-TTTTAATTAAAAACCCT-A--
1 CTAA-CCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10288064 --AA-CTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10288089 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10288118 CTAACC-CATTTCAATTAAAAACCCCAA-C
1 CTAACCTAATTT-AATTAAAAACCCTAACC
* ** * * *
10288146 ATAATTTAATTTAATTTAAAACCTTAA-A
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10288174 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* * *
10288203 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCTTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** * *
10288232 CTAATTTAATTTAATTTAAGAATCCTAAACC
1 CTAACCTAATTTAA-TTAAAAACCCT-AACC
***
10288263 CTAACCTTAATTTGCCCT--AAACCCTAAACC
1 CTAACC-TAATTT-AATTAAAAACCCT-AACC
10288293 CTAACCTAATTTAATT-AAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10288321 CTAACCCATTTTAATT--AAA----AACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10288344 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
** * *
10288372 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCTTAATC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* *
10288401 CTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
**
10288429 CTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
*
10288458 CTAACCTATTTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10288487 C--A--T--TTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
10288510 ATTAACAAAA
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 162, Indels: 131
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.00
22 8 0.01
23 77 0.08
24 6 0.01
25 6 0.01
26 1 0.00
27 29 0.03
28 346 0.35
29 364 0.37
30 69 0.07
31 31 0.03
32 24 0.02
33 3 0.00
34 3 0.00
36 9 0.01
37 14 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.24, G:0.01, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
Found at i:10291924 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 10291702--10291983 Score: 444
Period size: 125 Copynumber: 2.3 Consensus size: 125
10291692 CCACGAGGGC
* *
10291702 GCGATTTGACACTATTTGCTCAGAAACGTCAAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGC
1 GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGC
* **
10291767 GAAATCGCGTCCACGAGGGCGCAATTTCACAATTTCTTCTCAT-ATAGCATCCTAGTATCA
66 GAAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTC-TGATAGCATCCTAGTAGAA
*
10291827 GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAAACGTCAAAAAA-AATTATTTCTTACATGACCAACTGTAG
1 GCGATTTTATACTATTTGCTCAG-AAACGTCAAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAG
* *
10291891 CGAAATCGCGTCCACGAGGGCACGATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTGGTAGAA
65 CGAAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTAGTAGAA
10291952 GCGATTTTATACTATTTGAC-CAGAAACGTCAA
1 GCGATTTTATACTATTTG-CTCAGAAACGTCAA
10291984 CTCGAAATAA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 8, Indels: 7
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
124 10 0.07
125 122 0.84
126 14 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (125 bp):
GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGC
GAAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTAGTAGAA
Found at i:10293048 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 10292820--10293133 Score: 520
Period size: 123 Copynumber: 2.6 Consensus size: 123
10292810 TAATTTCGAG
* * * *
10292820 TTGATGTTTCTGATCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAACAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTG
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
* *
10292885 AAATCGCGCCCTCGTGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAATTTTT
66 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTACTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAATTTTT
* *
10292943 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATTGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTATA
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
* *
10293008 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTACTACAGTCGGTCATGTAAGAAATAATTTTT
66 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTACTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAATTTTT
* *
10293066 TTGACGTTTCTGAGTAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGAATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
10293131 AAA
66 AAA
10293134 ATCGGGCGCA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 14, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
123 177 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (123 bp):
TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTACTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAATTTTT
Found at i:10296485 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 10296437--10296852 Score: 260
Period size: 44 Copynumber: 9.5 Consensus size: 42
10296427 AATTAACTTA
* *
10296437 GTTAGGGTTTTAAAGTTAAGGGTAATGGTTTTTAAGTTAAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGG
*
10296480 TTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGGGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG-GTTTTTAAGTTAA-GGG
10296524 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAG-TAAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGG
* * **
10296566 GTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AA-GGG
* * * **
10296612 GTTAGGGTTTTTAAGTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTA-GGTTTTTAAGTTAA-GGG
* * *
10296658 GTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGGTT-AGGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--GGGTTAGGTTTTTA-AGTTAAGGG
* * **
10296702 GTTAGGATTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTGAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--GGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AA-GGG
* **
10296748 GTTAGGG-TTTTAAGGTTAAGGGTTAGGGTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAA-GTTAAGGGTTAGGTTTTTAAGTT-AA-GGG
* * *
10296791 GTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGGTTAA-GG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--GGGTTAGGTTTTTA-AGTTAAGGG
10296835 GTTAGGGTTTTTAA-TTAA
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA
10296853 ATTAGGTTAG
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 28, Indels: 46
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 24 0.07
43 67 0.21
44 107 0.33
45 39 0.12
46 79 0.25
47 6 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.29, T:0.44
Consensus pattern (42 bp):
GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGTTTTTAAGTTAAGGG
Found at i:10296722 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 10296523--10298297 Score: 1817
Period size: 113 Copynumber: 15.8 Consensus size: 112
10296513 AAGTTAAGGG
* * * **
10296523 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTAGGGTTTTTAAGT-AA-GGGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAA-TTA
*
10296584 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTA
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296634 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGGTT-
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTA--ATTA
** * *
10296698 AGGGGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTGAATTA
64 ATAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296747 GGTTAGGG-TTTTAAGGTTAA--GGGTTAGGG-TTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAATT-
* *
10296808 AATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
63 AA-TAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * *
10296857 GGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAAGGTTTTTATTTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTA--ATTA
*
10296922 A-GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
64 ATAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * *
10296970 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGGTT-
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTA--ATTA
** * *
10297034 AGGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGGGTTAGGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
64 ATAGGTTAGGGTTTTTAATTAA--ATTA--GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297087 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG-GGTTTTAA-TTA
10297152 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-------TT---TTA
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * *
10297192 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG-GGTTTTAATT-A
* * ** *
10297257 ATTAGGTTTGGG-TTTTAGGGTT--A-GGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10297305 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTTATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAATT-A
* * *
10297370 ATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * **
10297418 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTTTTAGGGTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA----ATTA-AATT-A-GGTTAGGG-TTT
* * * *
10297482 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAAGGTTTTTATTTAAATTA
58 TAATT-AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
** *
10297539 GGTTAGGG-TTTTAGGGTTAA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAATT-
* * *
10297601 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
63 AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
** ** *
10297652 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-A-GGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTT
1 GGTTAGGGTTTTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAA-TT
10297714 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
63 AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297765 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG---T--TT--T
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAATTAAT
*
10297823 AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
66 AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * * **
10297870 GTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GGGGTTAGGGTTTTTAATT
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAATT
10297931 AAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
63 AA--TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * * *
10297983 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTTAGGGTT-
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTA--ATTA
** * *
10298047 AGGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
64 ATAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298096 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAA-TTA
*
10298161 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--A
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
* *
10298209 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAATT-A
*
10298274 ATTAGGTTAGGATTTTTAAGTTAA
64 A-TAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAA
10298298 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 1451, Mismatches: 122, Indels: 179
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
103 16 0.01
104 14 0.01
105 148 0.10
106 4 0.00
107 1 0.00
108 4 0.00
109 4 0.00
110 59 0.04
111 55 0.04
112 44 0.03
113 761 0.52
114 45 0.03
115 93 0.06
116 9 0.01
117 79 0.05
118 10 0.01
119 59 0.04
120 15 0.01
121 31 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (112 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAATTAAT
AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:10296766 original size:28 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10296523--10298297 Score: 1732
Period size: 23 Copynumber: 78.8 Consensus size: 23
10296513 AAGTTAAGGG
*
10296523 GGTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTA
* **
10296544 GGTTAGGGTTTTTAAGT-AA-GG
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296565 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10296588 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296611 GGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296634 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10296657 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10296680 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10296701 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296724 GGTTAGGGTTTTTAATTGAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296747 GGTTAGGG-TTTTAAGGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTAA--TTAAATTA
10296768 GGTTAGGG-TTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10296790 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296813 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
10296834 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296857 GGTTAGAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296880 GGTTAAGGTTTTTATTTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296903 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
10296924 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10296947 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10296970 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10296993 GTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10297016 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10297037 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGGGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAA--ATTA
*
10297062 GGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 --GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297087 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297110 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297133 GGTTAGAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297156 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297179 GGTTAGGG-TTTTAGGTT--A--G
1 GGTTAGGGTTTTTA-ATTAAATTA
* * **
10297198 GGTT---TTTAATTAAATTAGGTTA
1 GGTTAGGGTT--TTTAATTAAATTA
*
10297220 GG-----GTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297238 GTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * **
10297261 GGTTTGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10297282 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297305 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
**
10297328 GGTTAGGGTTTTTAATTTTATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297351 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297374 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10297395 GGTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297418 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10297441 GGTTAGGG-TTTTAGGGTTTTAGGGTTAA
1 GGTTAGGGTTTTTA----ATTA-AATT-A
10297469 GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 -GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297493 GGTTAGAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297516 GGTTAAGGTTTTTATTTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297539 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
10297560 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297583 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297606 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297629 GTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10297652 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10297673 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297696 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297719 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297742 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297765 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297788 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297811 GGTTAGGG-TTTTAGGTT--A--G
1 GGTTAGGGTTTTTA-ATTAAATTA
* * **
10297830 GGTT---TTTAATTAAATTAGGTTA
1 GGTTAGGGTT--TTTAATTAAATTA
*
10297852 GG-----GTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
10297870 GTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* **
10297893 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10297914 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297937 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10297960 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10297983 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * *
10298006 GTTTAGAGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * **
10298029 GGTTAGAG-TTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
10298050 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298073 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10298096 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10298119 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298142 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10298165 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298188 GGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--A
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
10298209 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298232 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
10298255 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
10298278 GGTTAGGATTTTTAAGTTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTAA
10298298 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 175, Indels: 225
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.00
18 24 0.02
19 16 0.01
20 31 0.02
21 143 0.10
22 151 0.10
23 1022 0.70
24 29 0.02
25 6 0.00
26 6 0.00
27 21 0.01
28 1 0.00
29 8 0.01
30 5 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:10297194 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10297176--10297203 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
10297166 TTTAATTAAA
10297176 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
10297189 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
10297202 TT
1 TT
10297204 TAATTAAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.36, T:0.50
Consensus pattern (13 bp):
TTAGGTTAGGGTT
Found at i:10297200 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10297153--10297226 Score: 148
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
10297143 TTTAATTTAA
10297153 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
10297189 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
10297225 TT
1 TT
10297227 TAATTTAATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.27, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
Found at i:10297826 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10297808--10297835 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
10297798 TTTAATTAAA
10297808 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
10297821 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
10297834 TT
1 TT
10297836 TAATTAAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.36, T:0.50
Consensus pattern (13 bp):
TTAGGTTAGGGTT
Found at i:10297832 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10297785--10297858 Score: 148
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
10297775 TTTAATTTAA
10297785 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
10297821 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
10297857 TT
1 TT
10297859 TAATTTAATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.27, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
Done.