genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14178863--14178912	20	2.5	20	77	9	57	50	2	6	42	1.38
14178863--14178918	19	2.8	20	81	7	62	50	1	7	41	1.40
14181602--14181671	34	2.1	34	100	0	140	28	34	22	14	1.93
14189481--14189515	17	2.1	17	100	0	70	31	11	28	28	1.92
14191053--14191133	22	3.8	20	80	9	74	55	1	2	40	1.21
14193175--14193228	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
14194321--14194365	20	2.2	20	100	0	90	11	13	31	44	1.78
14194784--14194975	44	4.4	44	69	15	130	30	21	17	30	1.96
14194729--14195022	129	2.3	129	92	0	489	29	22	18	29	1.97
14194823--14195716	44	20.2	44	68	12	451	27	21	19	31	1.97
14194817--14195548	175	4.2	175	92	1	1157	28	20	19	30	1.97
14195610--14195717	43	2.5	44	81	6	139	25	25	19	30	1.98
14195723--14196137	88	4.8	88	90	3	617	24	24	24	27	2.00
14195723--14196137	174	2.4	175	89	2	629	24	24	24	27	2.00
14197295--14197326	7	4.9	7	85	14	50	15	12	0	71	1.14
14198159--14198232	8	9.4	8	76	12	64	2	14	0	82	0.78
14198192--14198232	13	3.2	13	80	12	50	2	12	0	85	0.70
14198160--14198231	30	2.4	30	77	11	76	2	15	0	81	0.79
14198159--14198232	31	2.4	29	76	8	76	2	14	0	82	0.78
14198216--14198262	22	2.2	21	88	3	67	10	0	8	80	0.89
14198239--14198265	14	1.9	14	100	0	54	11	0	14	74	1.08
14203177--14203227	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14211773--14211819	24	2.0	24	82	0	58	40	2	2	55	1.24
14215643--14215681	5	7.8	5	91	0	60	41	0	23	35	1.55
14221231--14221261	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
14228339--14228719	192	2.0	192	95	1	692	39	16	15	28	1.89
14229362--14229476	59	1.9	59	94	0	203	40	19	13	27	1.88
14242827--14243082	84	2.9	89	80	9	297	33	17	26	22	1.96
14242906--14243243	84	4.1	83	81	8	381	36	16	24	22	1.95
14243013--14243243	75	2.9	76	80	9	261	36	17	22	23	1.94
14242929--14243243	159	2.0	158	85	4	420	36	16	23	23	1.94
14243858--14243906	24	2.1	24	88	7	75	28	4	4	63	1.31
14243876--14243915	20	2.0	20	85	14	55	30	2	5	62	1.29
14244174--14244326	78	2.0	78	97	0	288	41	12	16	28	1.85
14244623--14244957	84	4.1	82	82	6	387	22	25	17	35	1.95
14244623--14244934	159	2.0	159	87	3	459	22	25	16	35	1.95
14248713--14248758	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
14257485--14257512	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
14273783--14274862	76	14.2	76	85	2	1339	27	17	19	34	1.95
14273789--14274819	151	6.8	152	86	2	1363	27	17	20	34	1.95
14275162--14275271	30	3.7	29	80	4	130	34	19	3	42	1.68
14275709--14275783	28	3.0	24	78	21	82	73	0	26	0	0.84
14275756--14275790	15	2.3	15	90	9	54	82	0	14	2	0.77
14276122--14276157	15	2.3	15	90	4	54	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14276292--14276333	16	2.7	16	77	3	50	23	2	0	73	0.94
14279338--14279675	84	4.1	83	78	8	345	35	17	25	21	1.95
14279447--14279675	75	2.9	75	81	7	217	34	17	24	22	1.96
14279364--14279675	159	2.0	159	84	4	407	35	17	24	22	1.95
14280482--14280642	78	2.1	78	97	0	304	41	13	16	28	1.86
14280922--14281080	84	1.9	84	89	0	246	22	28	18	31	1.97
14282981--14283011	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
14285302--14285938	31	21.2	31	71	12	393	33	8	15	42	1.78
14285302--14285938	61	10.6	61	72	12	388	33	8	15	42	1.78
14285309--14285934	92	6.9	92	81	5	695	33	8	15	42	1.79
14285517--14285775	82	3.0	83	79	11	315	33	6	16	42	1.74
14285430--14285775	174	2.0	173	95	0	620	33	6	17	42	1.76
14285609--14285934	91	3.6	92	79	5	286	33	9	15	42	1.78
14287588--14287636	3	16.3	3	95	0	89	65	0	2	32	1.04
14287767--14287814	15	3.3	14	77	8	51	41	2	6	50	1.39
14289626--14289718	30	3.1	30	84	6	125	34	20	2	43	1.64
14298262--14298341	29	2.8	29	100	0	160	28	11	10	50	1.70
14304822--14304982	23	7.0	23	73	8	116	42	36	4	16	1.70
14304822--14304978	48	3.4	45	78	13	142	43	35	5	16	1.70
14309045--14309089	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
14313002--14313079	22	3.4	22	77	15	70	39	20	24	15	1.91
14313002--14313105	25	4.4	24	80	13	110	39	21	24	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14313002--14313091	47	2.0	44	85	10	119	38	21	24	15	1.92
14315783--14315837	21	2.6	21	85	0	74	27	29	32	10	1.91
14317593--14317731	46	3.0	45	90	2	197	28	23	10	36	1.89
14319217--14319271	22	2.5	21	85	11	67	27	21	18	32	1.96
14321729--14321788	21	2.8	21	83	14	70	25	23	31	20	1.98
14325281--14325335	28	1.9	29	85	3	76	34	3	1	60	1.25
14325546--14325580	13	2.7	13	100	0	70	60	0	0	40	0.97
14352484--14352508	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
14358612--14358856	118	2.1	119	96	2	458	27	10	8	53	1.65
14358730--14359116	155	2.5	153	89	3	589	30	8	7	52	1.60
14359114--14359914	153	5.2	152	89	4	1209	53	7	9	29	1.61
14359114--14359925	307	2.6	308	91	4	1329	53	7	9	29	1.61
14374326--14374364	17	2.2	18	86	13	55	25	7	15	51	1.70
14387041--14387198	82	1.9	82	89	0	244	39	3	3	53	1.35
14387142--14387189	24	2.0	25	87	4	71	37	0	0	62	0.95
14387136--14387196	25	2.3	27	73	23	67	40	0	1	57	1.08
14387175--14387219	18	2.3	20	85	11	67	44	0	2	53	1.13
14387629--14387760	66	2.0	66	92	0	219	21	18	15	44	1.86
14392842--14392870	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
14401373--14401397	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
14401561--14401627	9	7.4	9	82	0	80	40	19	11	28	1.87
14401561--14401627	27	2.5	26	87	4	89	40	19	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14401743--14401777	13	2.7	13	95	0	61	11	0	45	42	1.40
14402750--14402787	20	1.9	20	100	0	76	28	10	0	60	1.30
14402882--14402929	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
14404254--14404297	16	2.6	17	89	10	72	38	0	0	61	0.96
14407793--14408357	126	4.5	126	86	2	742	30	16	23	29	1.97
14411480--14411882	43	9.3	42	73	16	229	27	1	26	44	1.62
14411477--14411769	21	14.0	21	75	8	258	27	1	26	44	1.63
14411610--14411642	15	2.1	16	88	5	50	21	0	30	48	1.50
14411545--14412058	80	6.5	80	71	17	326	25	0	26	46	1.58
14411567--14411696	59	2.2	58	85	6	165	27	1	26	43	1.64
14411759--14411804	16	2.9	15	81	9	56	15	0	39	45	1.46
14411764--14412077	22	14.7	21	65	21	93	24	0	27	47	1.54
14411790--14411882	44	2.1	43	84	2	114	27	1	24	46	1.60
14411870--14411904	15	2.3	15	90	0	52	20	0	25	54	1.45
14411834--14411955	59	2.1	58	84	7	158	22	0	27	50	1.50
14411909--14411968	29	2.1	29	81	6	68	21	0	28	50	1.49
14411884--14411998	50	2.3	51	78	6	126	21	0	26	52	1.47
14411875--14412028	72	2.1	74	84	6	206	22	0	27	50	1.50
14411938--14412020	43	1.9	43	87	4	123	21	0	26	51	1.48
14411946--14412077	21	6.5	21	69	19	100	24	0	28	47	1.52
14411980--14412060	37	2.2	37	90	2	126	24	0	28	46	1.53
14412039--14412078	14	2.8	14	80	3	53	22	0	32	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14412975--14413257	21	13.5	21	74	8	245	28	1	25	44	1.63
14412975--14413285	43	7.5	42	77	11	236	27	1	25	45	1.61
14413115--14413156	15	2.9	15	82	3	50	26	0	23	50	1.50
14414607--14414849	50	4.8	50	89	0	351	21	30	20	26	1.98
14416014--14416136	22	5.4	22	82	11	149	22	0	30	47	1.52
14417008--14417368	180	2.0	180	97	0	677	23	26	21	29	1.99
14417685--14417722	20	2.0	20	89	5	60	55	7	2	34	1.43
14418616--14418664	11	4.8	10	80	12	55	67	0	0	32	0.91
14418621--14418667	10	4.8	10	81	2	60	68	0	0	31	0.90
14418662--14418761	51	2.0	51	90	4	157	44	3	26	27	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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