Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 62811768
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Warning! 736185 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 68 of 211
Found at i:18110335 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 18110277--18110393 Score: 128
Period size: 54 Copynumber: 2.2 Consensus size: 54
18110267 TTTCATCTCC
* *
18110277 TAGGGGTATAATAG-TCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCTTA
1 TAGGGGTAT-ATAGATCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTA
* * * * * **
18110331 TAGGGGTATTTCGATCATTCTACCTTATGGGGGTATTTCGGTTGTTTTACCCTA
1 TAGGGGTATATAGATCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTA
*
18110385 TGGGGGTAT
1 TAGGGGTAT
18110394 TTCGGTCATT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 10, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 2 0.04
54 50 0.96
ACGTcount: A:0.21, C:0.15, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (54 bp):
TAGGGGTATATAGATCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTA
Found at i:18110394 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 18110291--18110403 Score: 145
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
18110281 GGTATAATAG
* *
18110291 TCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCTTATAGGGGTATTTCGA
1 TCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATAGGGGTATTTCGA
* * * ** * *
18110345 TCATTCTACCTTATGGGGGTATTTCGGTTGTTTTACCCTATGGGGGTATTTCGG
1 TCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATAGGGGTATTTCGA
18110399 TCATT
1 TCATT
18110404 ATTTTAGTCA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 50 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.22, T:0.43
Consensus pattern (54 bp):
TCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATAGGGGTATTTCGA
Found at i:18120352 original size:40 final size:36
Alignment explanation
Indices: 18120292--18120377 Score: 93
Period size: 40 Copynumber: 2.3 Consensus size: 36
18120282 AAACTAGTAT
* * *
18120292 TATTATTATGGTTAGTTATTATTTTTAGTA-AAACCC
1 TATTATTATTGTTAGTTATTATTTTGAGTATAAA-AC
18120328 TAATTATTATTGTTAGTTACTATTATTTTGAGTATAAAAC
1 T-ATTATTATTGTTAG-T--TATTATTTTGAGTATAAAAC
18120368 TATTATTATT
1 TATTATTATT
18120378 TTCATTGTGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 7
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.02
37 13 0.31
38 1 0.02
39 9 0.21
40 15 0.36
41 3 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.09, T:0.52
Consensus pattern (36 bp):
TATTATTATTGTTAGTTATTATTTTGAGTATAAAAC
Found at i:18124541 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18124493--18124546 Score: 67
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
18124483 TACATACATA
18124493 TGTATAATAAAAATAATTTAATATAGGT
1 TGTATAATAAAAATAATTTAA-ATAGGT
18124521 TGTATACAT-AAAA-AATATTAAATAGG
1 TGTATA-ATAAAAATAAT-TTAAATAGG
18124547 GATATTATCA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 5
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.33
28 14 0.58
29 2 0.08
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
TGTATAATAAAAATAATTTAAATAGGT
Found at i:18124609 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18124578--18124644 Score: 80
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
18124568 AAAGAGGAAA
* * *
18124578 TATATAAAAATGTCTTTTAAAAGTATAT
1 TATATAAAAAAGT-TATTAAAAATATAT
*
18124606 TATAAAATAAAAGTTATTAAAAATATAT
1 TATATAA-AAAAGTTATTAAAAATATAT
18124634 TATATAAAAAA
1 TATATAAAAAA
18124645 AATAATTCGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 3
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.12
28 24 0.73
29 5 0.15
ACGTcount: A:0.57, C:0.01, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TATATAAAAAAGTTATTAAAAATATAT
Found at i:18124618 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18124595--18124630 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
18124585 AAATGTCTTT
18124595 TAAAAGTATATTATAAAA
1 TAAAAGT-TATTA-AAAA
18124613 TAAAAGTTATTAAAAA
1 TAAAAGTTATTAAAAA
18124629 TA
1 TA
18124631 TATTATATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.33
17 5 0.28
18 7 0.39
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
TAAAAGTTATTAAAAA
Found at i:18125419 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 18125408--18125436 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
18125398 AAGAAAACGC
18125408 AGAGAA AGAGAA AGAGAA AGA-AA AGAGAA
1 AGAGAA AGAGAA AGAGAA AGAGAA AGAGAA
18125437 CCACCTTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.23
6 17 0.77
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.31, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
AGAGAA
Found at i:18125861 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18125832--18125882 Score: 86
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
18125822 CTACATTAGC
*
18125832 TGGGCTAGGTTAATTGGGT-TTTGGTT
1 TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGGTT
18125858 TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGG
1 TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGG
18125883 GATCTGTTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 18 0.78
27 5 0.22
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.41, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGGTT
Found at i:18126309 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 18126253--18126378 Score: 119
Period size: 50 Copynumber: 2.5 Consensus size: 50
18126243 TTAATCTGCT
** * *
18126253 TAACTGCAATGTCGGGGAAGCAAGATTCGTTGTTGTAGCTTCAATCTATTC
1 TAACTGCAATGTCGGGGAAGCAAGATTCACTATTGCAGCTTCAATCT-TTC
* ** * * * * *
18126304 -CACTGCACCGACTGGGCAGTAAGATTTACTATTGCAGCTTCAATCTTTC
1 TAACTGCAATGTCGGGGAAGCAAGATTCACTATTGCAGCTTCAATCTTTC
*
18126353 TAACTGCAATGTTGGGGAAGCAAGAT
1 TAACTGCAATGTCGGGGAAGCAAGAT
18126379 CCACCGTTGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 20, Indels: 3
0.70 0.26 0.04
Matches are distributed among these distances:
49 3 0.06
50 51 0.94
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (50 bp):
TAACTGCAATGTCGGGGAAGCAAGATTCACTATTGCAGCTTCAATCTTTC
Found at i:18126472 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 18126418--18126524 Score: 153
Period size: 46 Copynumber: 2.3 Consensus size: 46
18126408 ACACCGCTTG
18126418 GGAGATAAGGTCTGTAATTTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAA
1 GGAGATAAGGTCTGTAA-TTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAA
* * *
18126465 TGAGATAA-GACTTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAG
1 GGAGATAAGGTC-TGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAA
*
18126511 GGAGATAAGATCTG
1 GGAGATAAGGTCTG
18126525 ATACGATCTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 5
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
46 39 0.75
47 13 0.25
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (46 bp):
GGAGATAAGGTCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAA
Found at i:18126501 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18126430--18126520 Score: 157
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
18126420 AGATAAGGTC
*
18126430 TGTAATTTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAATGAGATAAGACT
1 TGTAATTTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAAGGAGATAAGACT
*
18126477 TGTAA-TTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAGGGAGATAAGA
1 TGTAATTTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAAGGAGATAAGA
18126521 TCTGATACGA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 37 0.88
47 5 0.12
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (47 bp):
TGTAATTTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTCAAGGAGATAAGACT
Found at i:18126749 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 18126444--18127023 Score: 937
Period size: 175 Copynumber: 3.3 Consensus size: 175
18126434 ATTTCTTCGG
* * **
18126444 TCTATTCCACTGTAATCTCAATGAGATAAGA-CTTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCT
1 TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATC-TGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCT
* * *
18126508 CAGGGAGATAAGATCTGATACGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCGTTTATTTT
65 CAGGGAGATAAGACCTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTTATTTT
*
18126573 AATCCGTTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTATTGGCTTCAA
130 AATCCGTTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
* * *
18126619 TCTACTCTGCTTTAATCTCAGGGACATAAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTC
1 TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTC
*
18126684 AGGGAGATAAGACCTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTCATTTTA
66 AGGGAGATAAGACCTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTTATTTTA
* *
18126749 ATCGGTTCCACTGTAATCTTAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
131 ATCCGTTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
* * * *
18126794 TTTTCTCCGCTGTAATCTCAAGGAGATGAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTC
1 TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTC
* *
18126859 AGGGAGATAAAACTTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTTATTTTA
66 AGGGAGATAAGACCTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTTATTTTA
* *
18126924 ATCTGTTCCACTATAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
131 ATCCGTTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
*
18126969 TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATCTGTAATTCGTCGGTCTATTCCA
1 TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCA
18127024 TTGCTGACCA
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 32, Indels: 2
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
175 371 1.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (175 bp):
TCTACTCCGCTGTAATCTCAGGGAGATAAGATCTGTAATTCTTCGGTCTATTCCACTGTAATCTC
AGGGAGATAAGACCTGATGCGATCTACTCTACTGTAACTTCAGAGAGATAAGATCCTTTATTTTA
ATCCGTTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAA
Found at i:18139475 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 18139443--18139497 Score: 78
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
18139433 TACATACATA
18139443 TGTAT-AATAAAAATAAT-TTAATATAGGT
1 TGTATAAATAAAAA-AATATTAA-ATAGGT
18139471 TGTATAAATAAAAAAATATTAAATAGG
1 TGTATAAATAAAAAAATATTAAATAGG
18139498 GATATTATCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 13 0.52
29 12 0.48
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
TGTATAAATAAAAAAATATTAAATAGGT
Found at i:18139568 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18139545--18139580 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
18139535 AAAATGGCTT
18139545 TAAAAGTATATTATAAAA
1 TAAAAGT-TATTA-AAAA
18139563 TAAAAGTTATTAAAAA
1 TAAAAGTTATTAAAAA
18139579 TA
1 TA
18139581 TATTATATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.33
17 5 0.28
18 7 0.39
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
TAAAAGTTATTAAAAA
Found at i:18140539 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 18140529--18140553 Score: 50
Period size: 5 Copynumber: 5.0 Consensus size: 5
18140519 TAGTCAAATC
18140529 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
1 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
18140554 ATACATCTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 20 1.00
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.20, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
GAAAA
Found at i:18140846 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18140809--18140859 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
18140799 CCACATTAGC
*
18140809 TGGGCTAAGTTAATTGGGT-TTTGGTT
1 TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGGTT
*
18140835 TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGG
1 TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGG
18140860 GATCTGTTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.77
27 5 0.23
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.39, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGGTT
Found at i:18143193 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 18143168--18143201 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
18143158 TCAATAAAAA
*
18143168 ATATTATTTTTTT
1 ATATTATTATTTT
*
18143181 ATTTTATTATTTT
1 ATATTATTATTTT
18143194 ATATTATT
1 ATATTATT
18143202 TCAGTACATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (13 bp):
ATATTATTATTTT
Found at i:18143614 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18143531--18143616 Score: 84
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
18143521 ATTACAACAT
18143531 TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
1 TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
* * * *
18143562 TC-AACATACAATTTACATAACATGAATTTTTTCA
1 TCTAA-ATA-AATTT-CATAAAAAGAA-TTTGTAA
18143596 TGCTAAATAAATTTCATAAAA
1 T-CTAAATAAATTTCATAAAA
18143617 TTTATATGCT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 10
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.05
31 5 0.11
32 5 0.11
33 15 0.34
34 11 0.25
35 4 0.09
36 2 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.12, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
Found at i:18143779 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 18143719--18143805 Score: 92
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
18143709 TAAAAAATTA
* *
18143719 CCTTTTCTTTCTTTC-TTTTTCCTTCTTCCCCTCTT
1 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTTTC-TCTTCCCCT-TT
*
18143754 -CTTCTTC-TT-CTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTT
1 CCTT-TTCTTTCCTTCTTTTTTTCTCTTCCCCTTT
18143786 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTT
1 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTT
18143806 CTTTCTTTCC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 11
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.11
33 16 0.36
34 20 0.45
35 3 0.07
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (34 bp):
CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTTTCTCTTCCCCTTT
Found at i:18143822 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18143719--18143823 Score: 108
Period size: 33 Copynumber: 3.2 Consensus size: 33
18143709 TAAAAAATTA
* * *
18143719 CCTTTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC-TTCCCCT
1 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTCTTTCTTTCCTCT
* *
18143751 -CTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT-TTCTCTTCTCCTTT
1 CCTT-TTCTT-TCCTTCTTTTTCTT-TCTT-TCCTCT
18143786 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTCTTTCTTTCCTCT
1 CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTCTTTCTTTCCTCT
18143819 CCTTT
1 CCTTT
18143824 CATTTTCTTT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 13
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.05
32 6 0.10
33 21 0.36
34 15 0.25
35 11 0.19
36 3 0.05
ACGTcount: A:0.00, C:0.34, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (33 bp):
CCTTTTCTTTCCTTCTTTTTCTTTCTTTCCTCT
Found at i:18143833 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18143782--18143860 Score: 65
Period size: 10 Copynumber: 8.1 Consensus size: 10
18143772 TTCTCTTCTC
*
18143782 CTTTCCTTTT
1 CTTTCATTTT
*
18143792 CTTTCCTTCTT
1 CTTTCATT-TT
18143803 -TTTC--TTT
1 CTTTCATTTT
* * *
18143810 CTTTCCTCTC
1 CTTTCATTTT
18143820 CTTTCATTTT
1 CTTTCATTTT
18143830 CTTTCATTTT
1 CTTTCATTTT
18143840 CTTTCATTTT
1 CTTTCATTTT
* *
18143850 TTTTCTTTTT
1 CTTTCATTTT
18143860 C
1 C
18143861 CCTCTCCTTC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 8
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
7 2 0.04
8 5 0.09
10 48 0.84
11 2 0.04
ACGTcount: A:0.04, C:0.27, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (10 bp):
CTTTCATTTT
Found at i:18143833 original size:38 final size:40
Alignment explanation
Indices: 18143757--18143842 Score: 115
Period size: 38 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
18143747 CCCTCTTCTT
* *
18143757 CTTCTTCTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTTCCTTTTCTTTC
1 CTTCTTCTTCTTTCTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCTTTC
*
18143797 CTTCTTTTTCTTTCTTTC-C-TCTCCTTTCATTTTCTTTC
1 CTTCTTCTTCTTTCTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCTTTC
*
18143835 ATT-TTCTT
1 CTTCTTCTT
18143843 TCATTTTTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 3
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 4 0.10
38 20 0.49
39 1 0.02
40 16 0.39
ACGTcount: A:0.02, C:0.30, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (40 bp):
CTTCTTCTTCTTTCTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCTTTC
Found at i:18143962 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18143914--18143980 Score: 73
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
18143904 ATATGGGCAT
* *
18143914 TGCCGCCTATAGGAATGGCACCATCGG
1 TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
* * *
18143941 TGCCGCCTATGGGAAAGACACCTTTGG
1 TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
*
18143968 TGCCTCC-ATAGGA
1 TGCCGCCTATAGGA
18143981 TATCCAGGGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 1
0.80 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.15
27 28 0.85
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
Found at i:18144047 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18144011--18144048 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
18144001 CACCTACAAC
*
18144011 TTTTTTTTGTCTGATTTTTA
1 TTTTTTTTGTATGATTTTTA
*
18144031 TTTTTTTTGTATTATTTT
1 TTTTTTTTGTATGATTTT
18144049 CGTAATTAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.03, G:0.08, T:0.79
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTTTGTATGATTTTTA
Found at i:18148016 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18147998--18148036 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
18147988 GACTTCTGGT
18147998 TTAGGCTAATTGGGC
1 TTAGGCTAATTGGGC
*
18148013 -TAGGGT-ATTGGGC
1 TTAGGCTAATTGGGC
18148026 TTAGGCTAATT
1 TTAGGCTAATT
18148037 TAGTTTAGGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 4
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.35
14 10 0.50
15 3 0.15
ACGTcount: A:0.21, C:0.10, G:0.33, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
TTAGGCTAATTGGGC
Found at i:18149613 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 18149558--18149753 Score: 139
Period size: 50 Copynumber: 3.9 Consensus size: 50
18149548 AATCTGCTCC
18149558 ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCGTCGTTGT-GACTTTAATCCTTTTA
1 ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCG-CGTTGTAG-CTTTAATCCTTTTA
* * * * * * * * **
18149609 ACTGCAATGTC-AGGAAAGCAAAATTCACCGTTGTAGCTTTAAT-CTGCTCC
1 ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTC-GCGTTGTAGCTTTAATCCT-TTTA
* *
18149659 ACTGCACTGCATGGGAGAGTAAGATTCGCTGTTGTAGCTTTAATCTTTTTA
1 ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCGC-GTTGTAGCTTTAATCCTTTTA
* * * * * * *
18149710 ATTGCAATGTCGGGGA-AGCATGATTCGCTGTTGTGGCTTTAATC
1 ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCGC-GTTGTAGCTTTAATC
18149754 TGCTCCACTA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 30, Indels: 13
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.02
50 59 0.54
51 47 0.43
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (50 bp):
ACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCGCGTTGTAGCTTTAATCCTTTTA
Found at i:18149663 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 18149527--18149762 Score: 163
Period size: 51 Copynumber: 4.7 Consensus size: 50
18149517 TCGTATCAGA
* * * * * * *
18149527 AAGATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCCTGGGAGAGT
1 AAGATTCGCCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCAATGTC-AGGAAAGC
* * **
18149578 AAGATTCGTCGTTGT-GACTTTAATCCT-TTTAACTGCAATGTCAGGAAAGC
1 AAGATTCGCCGTTGTAG-CTTTAAT-CTGCTCCACTGCAATGTCAGGAAAGC
* * * * *
18149628 AAAATTCACCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTG-CATGGGAGAGT
1 AAGATTCGCCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCAATGTCA--GGAAAGC
* ** ** * * *
18149679 AAGATTCGCTGTTGTAGCTTTAATCTTTTTAATTGCAATGTCGGGGAAGC
1 AAGATTCGCCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCAATGTCAGGAAAGC
* * *
18149729 ATGATTCGCTGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACT
1 AAGATTCGCCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACT
18149763 ACACTGCTTG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 39, Indels: 15
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
49 4 0.03
50 65 0.47
51 67 0.48
52 3 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (50 bp):
AAGATTCGCCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCAATGTCAGGAAAGC
Found at i:18149709 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 18149530--18149769 Score: 349
Period size: 101 Copynumber: 2.4 Consensus size: 101
18149520 TATCAGAAAG
*
18149530 ATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCCTGGGAGAGTAAGATTCGTCGTTGTGA
1 ATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCATGGGAGAGTAAGATTCGTCGTTGTGA
18149595 CTTTAATCCTTTTAACTGCAATGTCAGGAAAGCAAA
66 CTTTAATCCTTTTAACTGCAATGTCAGGAAAGCAAA
*
18149631 ATTCACCGTTGTAGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCATGGGAGAGTAAGATTCG-CTGTTGT-
1 ATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCATGGGAGAGTAAGATTCGTC-GTTGTG
* * * * **
18149694 AGCTTTAATCTTTTTAATTGCAATGTCGGGGAAGCATG
65 A-CTTTAATCCTTTTAACTGCAATGTCAGGAAAGCAAA
* * *
18149732 ATTCGCTGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTACACTGC
1 ATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGC
18149770 TTGAAAGATA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 12, Indels: 4
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
100 2 0.02
101 123 0.98
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (101 bp):
ATTCACCGTTGTGGCTTTAATCTGCTCCACTGCACTGCATGGGAGAGTAAGATTCGTCGTTGTGA
CTTTAATCCTTTTAACTGCAATGTCAGGAAAGCAAA
Found at i:18149940 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 18149887--18150044 Score: 217
Period size: 44 Copynumber: 3.6 Consensus size: 44
18149877 TTTTAATCCA
* * * *
18149887 CTCCACTGTAATCTCAGGGAAATAGGATTACTGGCTTCAATCTG
1 CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAGATTTCTGGCTTCAATCTG
* * * *
18149931 CTCCGCTGTAATCTCAAGGAGATAAGATTTTTGGCTTCAATCTG
1 CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAGATTTCTGGCTTCAATCTG
* *
18149975 CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAGATTTCTGGCTTAAATTTG
1 CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAGATTTCTGGCTTCAATCTG
*
18150019 CTCCACTGTAACCTTAGGGAGATAAG
1 CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAG
18150045 GTTCACCATT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 101 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (44 bp):
CTCCACTGTAACCTCAGGGAGATAAGATTTCTGGCTTCAATCTG
Found at i:18151499 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18151479--18151537 Score: 59
Period size: 7 Copynumber: 8.0 Consensus size: 7
18151469 TTAGCCTCTC
18151479 CATTTTT
1 CATTTTT
18151486 -ACTTTTT
1 CA-TTTTT
18151493 CATTTTTTT
1 CA--TTTTT
18151502 CATTTTT
1 CATTTTT
18151509 CA-TTTT
1 CATTTTT
18151515 CATTTTTT
1 CA-TTTTT
18151523 CATTTTT
1 CATTTTT
18151530 CATATTTT
1 CAT-TTTT
18151538 TTCCGACTCA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 11
0.79 0.02 0.19
Matches are distributed among these distances:
6 7 0.16
7 20 0.44
8 11 0.24
9 7 0.16
ACGTcount: A:0.15, C:0.14, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (7 bp):
CATTTTT
Found at i:18151507 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18151504--18151540 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
18151494 ATTTTTTTCA
18151504 TTTTTCA-TTTTC-AT
1 TTTTTCATTTTTCAAT
18151518 TTTTTCATTTTTCATAT
1 TTTTTCATTTTTCA-AT
18151535 TTTTTC
1 TTTTTC
18151541 CGACTCAGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.35
15 5 0.25
17 8 0.40
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTCATTTTTCAAT
Found at i:18151522 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18151479--18151532 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
18151469 TTAGCCTCTC
*
18151479 CATTTTTACTTTTTCATTTTTTT
1 CATTTTT-CATTTTCATTTTTTT
18151502 CATTTTTCATTTTCA-TTTTTT
1 CATTTTTCATTTTCATTTTTTT
18151523 CATTTTTCAT
1 CATTTTTCAT
18151533 ATTTTTTCCG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.53
22 7 0.23
23 7 0.23
ACGTcount: A:0.15, C:0.15, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (22 bp):
CATTTTTCATTTTCATTTTTTT
Found at i:18151537 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18151479--18151538 Score: 77
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
18151469 TTAGCCTCTC
* *
18151479 CATTTTTACTTTTTCATTTTTTTCATTTTT
1 CATTTTCACTTTTTCATTTTTATCATTTTT
*
18151509 CATTTTCATTTTTTCATTTTTCAT-ATTTTT
1 CATTTTCACTTTTTCATTTTT-ATCATTTTT
18151539 TCCGACTCAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 25 0.96
31 1 0.04
ACGTcount: A:0.15, C:0.13, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (30 bp):
CATTTTCACTTTTTCATTTTTATCATTTTT
Found at i:18161596 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 18161581--18161605 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
18161571 ACTTGAAAGC
18161581 ACACTTGATTTT
1 ACACTTGATTTT
18161593 ACACTTGATTTT
1 ACACTTGATTTT
18161605 A
1 A
18161606 GAAAGCAATT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
ACACTTGATTTT
Found at i:18162376 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18162354--18162386 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
18162344 TATCATTCTG
18162354 TCATTAT-TTCATTTTAT
1 TCATTATATT-ATTTTAT
18162371 TCATTATATTATTTTA
1 TCATTATATTATTTTA
18162387 ACCTTTATCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.87
18 2 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (17 bp):
TCATTATATTATTTTAT
Found at i:18171300 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18171275--18171310 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
18171265 AGAGTGCCCT
18171275 ATTACAGGCTTATTCC
1 ATTACAGGCTTATTCC
*
18171291 ATTACGGGCTTATTCC
1 ATTACAGGCTTATTCC
18171307 ATTA
1 ATTA
18171311 AATTGTCTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
ATTACAGGCTTATTCC
Found at i:18175907 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18175853--18175927 Score: 150
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
18175843 GCCGTTATTT
18175853 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
1 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
18175892 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAA
1 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAA
18175928 CAAGTAATTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.33, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
Found at i:18177716 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 18177680--18177757 Score: 104
Period size: 29 Copynumber: 2.7 Consensus size: 28
18177670 TCATGAGATT
18177680 GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAATTGTACA
1 GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAA--GTACA
*
18177710 -GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAAGTACA
18177737 TGGCACTAAGTGTGCGCGGTT
1 -GGCACTAAGTGTGCG-GGTT
18177758 GATTATTAAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 6
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.12
29 35 0.81
30 3 0.07
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (28 bp):
GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAAGTACA
Found at i:18178031 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 18177710--18178036 Score: 566
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
18177700 AAATTGTACA
* *
18177710 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTATTAAGCACTATG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTACTAAACACTATG
* *
18177775 TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATTAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCGA
66 TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATGAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCAA
18177840 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGTGTGCGAACTTGAAATGCATG
131 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGTGTGCGAACTTGAAATGCATG
* * * *
18177884 GCACTAAGTGTGTGAGTTTAAAGTGCATGGCACTAAGTGTGCGTGGTTGATTACTAAACATTATG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTACTAAACACTATG
*
18177949 TGTGC-AACCCAGTATATATTTTCTATAAATTATTTACATGAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCAA
66 TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATGAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCAA
18178013 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGT
131 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGT
18178037 ACCTTGAGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 9, Indels: 1
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
173 80 0.56
174 64 0.44
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (174 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTACTAAACACTATG
TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATGAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCAA
TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGTGTGCGAACTTGAAATGCATG
Found at i:18183573 original size:37 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18183488--18183575 Score: 108
Period size: 37 Copynumber: 2.3 Consensus size: 39
18183478 AATAAAAAAA
* * * *
18183488 AATCTTTCAATTTTTATCCAGTCACTTTTTTAAATCTTC
1 AATCTTTCAATCTTTATCCAGACACATATTTAAATCTTC
* *
18183527 AACCCTTCAATCTTTATCCA-AC-CATATTTAAATCTTC
1 AATCTTTCAATCTTTATCCAGACACATATTTAAATCTTC
18183564 AATCTTTCAATC
1 AATCTTTCAATC
18183576 AAGCCCTCCT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
37 23 0.56
38 1 0.02
39 17 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
AATCTTTCAATCTTTATCCAGACACATATTTAAATCTTC
Found at i:18184157 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18184132--18184182 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
18184122 TGAAAAAAAT
* *
18184132 TATTTAACCTAAATAA-CTCAAA
1 TATTAAACCCAAATAATCTC-AA
18184154 TATTAAACCCAAATAATCTCAA
1 TATTAAACCCAAATAATCTCAA
18184176 TATTAAA
1 TATTAAA
18184183 TTTGAATGAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 23 0.88
23 3 0.12
ACGTcount: A:0.51, C:0.18, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
TATTAAACCCAAATAATCTCAA
Found at i:18184439 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18184401--18184476 Score: 102
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
18184391 CTACCTCAAA
* *
18184401 TTTTTTAAAATTCTCATTATA-TT-TTTTAATT
1 TTTTTTAAAATTCTAAATA-AGTTCTTTTAATT
*
18184432 TTTTTTAAAATTTTAAATAAGTTCTTTTAATT
1 TTTTTTAAAATTCTAAATAAGTTCTTTTAATT
18184464 TTTTTTAAAATTC
1 TTTTTTAAAATTC
18184477 ATAACAAAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 3
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.03
31 18 0.46
32 20 0.51
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.01, T:0.62
Consensus pattern (32 bp):
TTTTTTAAAATTCTAAATAAGTTCTTTTAATT
Found at i:18191837 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18191819--18191857 Score: 62
Period size: 7 Copynumber: 5.7 Consensus size: 7
18191809 ATAATATTGT
18191819 GTTTA-G
1 GTTTAGG
*
18191825 GTTTAGA
1 GTTTAGG
18191832 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18191839 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18191846 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18191853 GTTTA
1 GTTTA
18191858 AGAAAAATTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.17
7 25 0.83
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.36, T:0.46
Consensus pattern (7 bp):
GTTTAGG
Found at i:18192115 original size:125 final size:124
Alignment explanation
Indices: 18191892--18192284 Score: 515
Period size: 125 Copynumber: 3.1 Consensus size: 124
18191882 ATTTTATTTT
* *
18191892 TTTTTCTACAGTAGTTCCTGAAAAAATAATTTTGAGAATAC-TGTTCTGAACAAATAGTGTGAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTG-AAAAATAATTTTGAGAAGACGT-TTCTGAACAAATAGTGTGAAA
* *
18191956 AACACTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATTGAAAAAAGCTCCCACTTGGACACTC
64 AACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACTTGGACGCTC
*
18192018 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAATAAATAGTGTGAAAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
* * *
18192083 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTTAGCAAAATTACTAAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
66 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACTTGGACGCTC
* * * *
18192143 TTTTTCTACAGAAG-TTCTTGAAAAATTAATTTTGAGAAGACGATTAT-AAGCAAATAGTGTCAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTC-TGAAAAA-TAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAA-CAAATAGTGTGAA
* * * * * *
18192206 AAACGATTCAAGCAGTATGCACTGTCAGCAAAACTGATGAAAAAAGCTCCCA-TGTCGATGCTC
63 AAACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAA-TTATGAAAAAAGCTCCCACT-TGGACGCTC
18192269 TTTTTCTACAGTAGTT
1 TTTTTCTACAGTAGTT
18192285 CATTTTTGGC
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 24, Indels: 13
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
124 3 0.01
125 117 0.50
126 113 0.48
127 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (124 bp):
TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATGAAAAAAGCTCCCACTTGGACGCTC
Found at i:18194651 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 18194603--18194651 Score: 64
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
18194593 ACTTCTATTT
*
18194603 TATTAAAAATATAAAAATAATTTAC
1 TATTAAAAATATAAAAAAAATTTAC
18194628 TATT-AAAATATTAAAAACAAATTT
1 TATTAAAAATA-TAAAAA-AAATTT
18194652 TATTTTATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.29
25 10 0.48
26 5 0.24
ACGTcount: A:0.59, C:0.04, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (25 bp):
TATTAAAAATATAAAAAAAATTTAC
Found at i:18194655 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18194599--18194655 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
18194589 AAGAACTTCT
*
18194599 ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
1 ATTTTATTAAAAATATAAAAAAA
18194622 ATTTACTATT-AAAATATTAAAAACAA
1 ATTT--TATTAAAAATA-TAAAAA-AA
18194648 ATTTTATT
1 ATTTTATT
18194656 TTATTAAATG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 7
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.14
24 10 0.34
25 10 0.34
26 5 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.04, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (23 bp):
ATTTTATTAAAAATATAAAAAAA
Found at i:18195088 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18195051--18195088 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
18195041 GGAAAAGGAA
*
18195051 ACATATAAGGGTTAGAAT
1 ACATATAAGGGCTAGAAT
*
18195069 ACATATAAGGGCTAGTAT
1 ACATATAAGGGCTAGAAT
18195087 AC
1 AC
18195089 GCACCTGGCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
ACATATAAGGGCTAGAAT
Found at i:18195684 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18195674--18195698 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
18195664 TTATATACAT
18195674 AATACTA
1 AATACTA
18195681 AATACTA
1 AATACTA
18195688 AATACTA
1 AATACTA
18195695 AATA
1 AATA
18195699 TGAAACGACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.12, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (7 bp):
AATACTA
Found at i:18196879 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18196845--18196909 Score: 112
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
18196835 ATTAATTAAA
*
18196845 GAGAGCTTTGAGAAATTTAAGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTAAGAAATTTAAGGAGAAATTT
*
18196875 GAGAGCTTTAAGAAATTTAGGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTAAGAAATTTAAGGAGAAATTT
18196905 GAGAG
1 GAGAG
18196910 TTTTTTGCCA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 33 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
GAGAGCTTTAAGAAATTTAAGGAGAAATTT
Found at i:18199382 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18199343--18199374 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
18199333 ATTTCATAGT
18199343 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
18199358 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
18199373 TT
1 TT
18199375 TTTTTTTACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
TTCTATTTAAAAAGA
Found at i:18205000 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18204957--18205014 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
18204947 AAAGGGTATC
* *
18204957 TACAAATTAAATC-TCTAAGAT
1 TACAAATCATATCTTCTAAGAT
18204978 TACAAAATCATATCTTCTAAGAT
1 TAC-AAATCATATCTTCTAAGAT
* *
18205001 TGCATATCATATCT
1 TACAAATCATATCT
18205015 AAGATTGCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.10
22 18 0.58
23 10 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TACAAATCATATCTTCTAAGAT
Found at i:18205949 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18205895--18205950 Score: 67
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
18205885 CTTATAGATA
* * *
18205895 AGCCCCTGTTGCGAACCCCTATAGGTG
1 AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
*
18205922 AGCCCCTGTATTCAAACACCTAAAGGTG
1 AGCCCCTGT-TGCAAACACCTAAAGGTG
18205950 A
1 A
18205951 ACCTTGAATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.38
28 15 0.62
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
Found at i:18210526 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18210498--18210541 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
18210488 TATAATTTTC
* *
18210498 TAATTTTTATAGT-TTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
18210517 TAATTCTTATAATATTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
18210537 TAATT
1 TAATT
18210542 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.50
20 11 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TAATTCTTATAATATTTTAA
Found at i:18210528 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 18210220--18210544 Score: 61
Period size: 9 Copynumber: 33.7 Consensus size: 9
18210210 TATATTTAAT
18210220 ATTTTTATA
1 ATTTTTATA
*
18210229 A-CTTTACTA
1 ATTTTTA-TA
* *
18210238 AATTTAATA
1 ATTTTTATA
*
18210247 TATTTTTATC
1 -ATTTTTATA
* *
18210257 ATATTAATA
1 ATTTTTATA
*
18210266 AATTTTATA
1 ATTTTTATA
18210275 ACTTATTTCATA
1 A-TT-TTT-ATA
*
18210287 GTTTTCTATA
1 ATTTT-TATA
18210297 ATTTTTTAATAA
1 A-TTTTT-AT-A
*
18210309 ATTATCTATA
1 ATT-TTTATA
* *
18210319 ATTTCTAAA
1 ATTTTTATA
18210328 ATTTTTATA
1 ATTTTTATA
*
18210337 ATATTTCTATT
1 AT-TTT-TATA
18210348 ATTCTTTCATA
1 ATT-TTT-ATA
*
18210359 GTTTTTTCATA
1 -ATTTTT-ATA
*
18210370 ATATATTAATA
1 AT-T-TTTATA
**
18210381 ATAATTATA
1 ATTTTTATA
18210390 TATATTTT-TA
1 -AT-TTTTATA
*
18210400 ATTTTCTATGT
1 ATTTT-TAT-A
*
18210411 TTTTTTATA
1 ATTTTTATA
*
18210420 ATTTTTTACA
1 A-TTTTTATA
*
18210430 ATTTCTA-A
1 ATTTTTATA
*
18210438 A-ATTTATA
1 ATTTTTATA
*
18210446 ATGTTTTATT
1 AT-TTTTATA
18210456 ATTTTTCATA
1 ATTTTT-ATA
*
18210466 ATATATTA-A
1 AT-TTTTATA
* * *
18210475 AATTATACA
1 ATTTTTATA
**
18210484 A-AATTATA
1 ATTTTTATA
*
18210492 A-TTTTCTA
1 ATTTTTATA
18210500 ATTTTTATA
1 ATTTTTATA
*
18210509 GTTTTTAATA
1 ATTTTT-ATA
*
18210519 ATTCTTATA
1 ATTTTTATA
18210528 ATATTTTAATA
1 AT-TTTT-ATA
18210539 ATTTTT
1 ATTTTT
18210545 GGACTTAAAT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 56, Indels: 67
0.65 0.16 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 3 0.01
8 23 0.10
9 69 0.31
10 68 0.30
11 52 0.23
12 11 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (9 bp):
ATTTTTATA
Found at i:18210536 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18210487--18210541 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
18210477 TTATACAAAA
18210487 TTATAATTTTCTAAT--TT-
1 TTATAATTTT-TAATAATTC
*
18210504 TTATAGTTTTTAATAATTC
1 TTATAATTTTTAATAATTC
18210523 TTATAATATTTTAATAATT
1 TTATAAT-TTTTAATAATT
18210542 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.12
17 9 0.28
18 2 0.06
19 6 0.19
20 11 0.34
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (19 bp):
TTATAATTTTTAATAATTC
Found at i:18212648 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 18212639--18212664 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 6.5 Consensus size: 4
18212629 GGATATTAGC
18212639 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
1 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
18212665 TTAGATTAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 22 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (4 bp):
TTAA
Found at i:18216216 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18216190--18216241 Score: 95
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
18216180 TGATTTTTAA
*
18216190 ATTTTGAATTATTTAGTGATAAT
1 ATTTAGAATTATTTAGTGATAAT
18216213 ATTTAGAATTATTTAGTGATAAT
1 ATTTAGAATTATTTAGTGATAAT
18216236 ATTTAG
1 ATTTAG
18216242 TGGTAATATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 28 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (23 bp):
ATTTAGAATTATTTAGTGATAAT
Found at i:18216217 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 18216199--18216250 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 4.2 Consensus size: 13
18216189 AATTTTGAAT
18216199 TATTTAGTGATAA
1 TATTTAGTGATAA
*
18216212 TATTTA--GA-AT
1 TATTTAGTGATAA
18216222 TATTTAGTGATAA
1 TATTTAGTGATAA
*
18216235 TATTTAGTGGTAA
1 TATTTAGTGATAA
18216248 TAT
1 TAT
18216251 CTAGGAAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 6
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.21
11 2 0.06
12 2 0.06
13 22 0.67
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TATTTAGTGATAA
Found at i:18222085 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18222070--18222190 Score: 70
Period size: 10 Copynumber: 11.7 Consensus size: 10
18222060 AATTTTAATT
*
18222070 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
*
18222080 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
18222088 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18222098 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
*
18222108 AAATTATTAAGCCAA
1 AAATTA-T--G--TA
* *
18222123 AAATTTTTTAA
1 AAATTATGT-A
*
18222134 TTAAATTAGGTA
1 --AAATTATGTA
*
18222146 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
18222154 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
*
18222164 AACTTATGTA
1 AAATTATGTA
18222174 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18222184 AAATTAT
1 AAATTAT
18222191 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 13, Indels: 24
0.70 0.11 0.20
Matches are distributed among these distances:
8 14 0.16
10 55 0.64
11 2 0.02
12 1 0.01
13 7 0.08
14 1 0.01
15 6 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:18222093 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222070--18222104 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18222060 AATTTTAATT
18222070 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
18222088 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
18222105 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18222132 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 18222026--18222359 Score: 389
Period size: 66 Copynumber: 5.2 Consensus size: 65
18222016 AATCTAACAC
18222026 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
1 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
18222091 T
65 T
*
18222092 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
1 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAA-ATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC---
18222157 TTATGTAAACT
62 ------AAA-T
18222168 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC---
1 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
18222230 -
65 T
*
18222230 ------AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGG------TA--AAAT
1 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAAT
*
18222281 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
1 TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAA
18222346 T
65 T
18222347 TATGTAAAATTAT
1 TATGTAAAATTAT
18222360 TAAGTCCCAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 3, Indels: 62
0.78 0.01 0.21
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.01
55 21 0.09
56 23 0.10
57 21 0.09
58 24 0.10
64 2 0.01
65 5 0.02
66 72 0.31
75 3 0.01
76 56 0.24
77 5 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (65 bp):
TATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATCAAAT
Found at i:18222171 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 18222088--18222246 Score: 291
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
18222078 TAAAATTATC
**
18222088 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
18222153 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
*
18222164 AACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
18222229 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
18222240 AAATTAT
1 AAATTAT
18222247 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 79 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
CAAATTATGTA
Found at i:18222280 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18222267--18222303 Score: 65
Period size: 10 Copynumber: 3.7 Consensus size: 10
18222257 AAATTTAATT
*
18222267 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
18222277 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18222287 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18222297 AAATTAT
1 AAATTAT
18222304 TAAGCCCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 26 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:18222282 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 18222174--18222423 Score: 357
Period size: 55 Copynumber: 4.5 Consensus size: 56
18222164 AACTTATGTA
18222174 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
18222230 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATGTA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA--TC
*
18222287 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
* ** *
18222343 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTTTGTTAATGGTTA-GTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAA--ATTAGGTAAAATTATC
*
18222398 AAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAA
18222424 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 8, Indels: 13
0.89 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 11 0.06
55 57 0.32
56 57 0.32
57 22 0.12
58 32 0.18
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (56 bp):
AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18222285 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 18222154--18222363 Score: 386
Period size: 113 Copynumber: 1.9 Consensus size: 113
18222144 TAAAATTATC
* *
18222154 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
18222218 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
65 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
18222267 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
18222332 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
66 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
18222364 TCCCAAAATT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 2
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 85 0.90
114 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (113 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
Found at i:18222348 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222325--18222359 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18222315 AAATTTAATT
18222325 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
18222343 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
18222360 TAAGTCCCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18222391 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 18222154--18222423 Score: 379
Period size: 113 Copynumber: 2.4 Consensus size: 112
18222144 TAAAATTATC
* *
18222154 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
18222219 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
66 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTAATT
18222267 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
* **
18222331 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC-CAAAATTTTGTT
65 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTAATT
* * *
18222379 AATGGTTA-GTAAAATTA--TCAAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AA--ATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAA
18222424 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 9, Indels: 10
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
111 25 0.17
112 11 0.08
113 94 0.65
114 14 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (112 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTAATT
Found at i:18222434 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 18222219--18222450 Score: 226
Period size: 55 Copynumber: 4.2 Consensus size: 55
18222209 ATTAAATTAG
* * *
18222219 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATT-TAATTAA--ATTA
1 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTGT-GTTAATGGTTA
* *** **
18222273 GGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCCAAAAAAAT-TTAATTAAATTA
1 -GTAAAATTA--TCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAA-T-GGTTA
*
18222331 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTTTGTTAATGGTTA
1 -GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGGTTA
*
18222387 GTAAAATTATCAAATTATGTTAAATTATTAAGT-CCAACAATTGTGTTAATGGTTA
1 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAA-AATTGTGTTAATGGTTA
18222442 GTAAAATTA
1 GTAAAATTA
18222451 AGTTAGGGTT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 12, Indels: 20
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 8 0.05
55 70 0.45
56 26 0.17
57 33 0.21
58 18 0.12
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGGTTA
Found at i:18222469 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222446--18222522 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 4.7 Consensus size: 18
18222436 TGGTTAGTAA
18222446 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
18222464 AATTAAGTTA-GG---TT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
** *
18222478 -A--GGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
18222493 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
*
18222511 AATTAAATTAGG
1 AATTAAGTTAGG
18222523 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 14
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.07
12 2 0.04
13 1 0.02
14 2 0.04
15 2 0.04
16 1 0.02
17 2 0.04
18 32 0.71
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATTAAGTTAGGGTTTTT
Found at i:18222478 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18222446--18222530 Score: 91
Period size: 23 Copynumber: 3.7 Consensus size: 22
18222436 TGGTTAGTAA
*
18222446 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATT
1 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATT
*
18222468 AAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTT
1 AA-TTAGGTTAGGGTTT---TTAATT
*
18222493 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATT
1 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATT
18222515 AAATTAGGTTAGGGTT
1 -AATTAGGTTAGGGTT
18222531 AGGGTTTTTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 11
0.76 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 27 0.52
24 13 0.25
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
AATTAGGTTAGGGTTTTTAATT
Found at i:18222489 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18222452--18223636 Score: 280
Period size: 29 Copynumber: 42.8 Consensus size: 29
18222442 GTAAAATTAA
18222452 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18222481 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
18222508 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18222528 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AG-TTAG-GTTAGG
*
18222563 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18222592 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AG-TTAG-GTTAGG
*
18222627 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18222656 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18222685 GTTAGGGTTAGGGTTT--TT-ATTTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTT----TTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
18222715 ATT----TTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAGTTA-GGTTAGG
18222744 GTT------TTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
18222765 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18222785 GTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18222814 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
***
18222843 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * *** * **
18222873 ATTA-AG-TTAGGA-TAGAGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTA-AG-TTAGG---TT-A--GG
* *
18222907 GTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18222936 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18222965 GTTAGGGTTAGGGTTT--TT-ATTTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTT----TTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
18222995 GTT----TTTAATTAAGTTAGGTTTGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAG-TTAGGTTAGG
*
18223024 GTT------TTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223047 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18223076 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18223105 GTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
18223129 GTT----TTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAGTTAG-GTTAGG
18223158 GTT------TTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
** * *
18223179 -TTA---AATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18223199 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*** * * * *
18223228 GTTAGGGTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTA-ATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
18223258 GTT----TTTAATTAAGTTAGGTTTGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAG-TTAGGTTAGG
*
18223287 GTT------TTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223310 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223339 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
18223368 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18223397 GTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
18223421 GTT----TTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAGTTAG-GTTAGG
18223450 GTT------TTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
** * * *
18223471 -TTA---AATTAAATTAGGTTAGGGTTACG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* *
18223497 ATT----TTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTAG-GTTAGG
*
18223526 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223555 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223584 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18223613 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
18223637 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 123, Indels: 262
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.02
21 5 0.01
22 16 0.02
23 75 0.08
24 86 0.10
25 24 0.03
26 8 0.01
27 17 0.02
28 18 0.02
29 483 0.54
30 69 0.08
31 14 0.02
32 2 0.00
33 13 0.01
34 7 0.01
35 43 0.05
36 4 0.00
37 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
Found at i:18222712 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222691--18222732 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
18222681 TAGGGTTAGG
* *
18222691 GTTAGGGTTTTTATTTAA
1 GTTAGGATTTTTAATTAA
18222709 GTTAGGATTTTTAATTAA
1 GTTAGGATTTTTAATTAA
18222727 GTTAGG
1 GTTAGG
18222733 TTAGGGTTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.24, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
GTTAGGATTTTTAATTAA
Found at i:18222714 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18222499--18222713 Score: 256
Period size: 35 Copynumber: 6.7 Consensus size: 33
18222489 TTTTAATTAA
18222499 GTTAGGGTTTTTAATT-AA--A-TTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGTTAGGTTAGG
18222528 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG-TTAG-GTTAGG
*
18222563 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGTTAGGTTAGG
18222592 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG-TTAG-GTTAGG
*
18222627 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGTTAGGTTAGG
18222656 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GTTA-GGTTAGG
* *
18222691 GTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
18222714 GATTTTTAAT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 6, Indels: 31
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
29 60 0.37
30 8 0.05
31 6 0.04
32 1 0.01
33 5 0.03
34 12 0.07
35 70 0.43
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (33 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGTTAGGTTAGG
Found at i:18222765 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222742--18222779 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
18222732 GTTAGGGTTT
*
18222742 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
18222760 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
18222778 GG
1 GG
18222780 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:18222939 original size:151 final size:154
Alignment explanation
Indices: 18222606--18222973 Score: 573
Period size: 151 Copynumber: 2.4 Consensus size: 154
18222596 GGGTTTTTAA
* * *
18222606 TTAAATTAGATTAGAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAAATTAAATTAG-GTTAGGGTTA-GGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
* * *
18222671 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAGGATTTTTAATTAAGTTAGGTTA
64 TAAATTAGGTTA-GG-TA-GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGAGTTTTAATTAAGTTAGGATA
*
18222736 GGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT
126 GAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT
*
18222765 TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTAG-GTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
18222830 AAATTAGGTTA-G-A-GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG-GTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGT
65 AAATTAGGTTAGGTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGAGTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGT
18222891 TTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT
130 TTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT
18222916 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTA-GGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTT
18222974 AGGGTTTTTA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 9, Indels: 12
0.90 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
151 101 0.51
152 24 0.12
154 1 0.01
156 1 0.01
157 1 0.01
158 58 0.29
159 12 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (154 bp):
TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
AATTAGGTTAGGTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGAGTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTT
TGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT
Found at i:18223015 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18222842--18223012 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 10.4 Consensus size: 18
18222832 ATTAGGTTAG
18222842 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18222860 AGTTAGGG-TTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18222877 AGTTA-GG------A-TA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18222887 GAGTTTGGGTTTTTAATTA
1 -AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18222906 AGTTAGGGTTTTAAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
* *
18222924 AATTA-GG---TT-A--G
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
* *
18222935 GGTTACGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
* ****
18222953 AATTA-GG-TTAGGGTTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
* *
18222969 GGGTTAGGGTTTTTATTTA
1 -AGTTAGGGTTTTTAATTA
18222988 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223006 AGTTAGG
1 AGTTAGG
18223013 TTTGGGTTTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 23, Indels: 38
0.65 0.13 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.02
11 8 0.07
12 4 0.04
13 1 0.01
14 1 0.01
15 2 0.02
16 8 0.07
17 21 0.19
18 57 0.51
19 7 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:18223127 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18223104--18223193 Score: 88
Period size: 18 Copynumber: 5.4 Consensus size: 18
18223094 ATTAGGTTAG
18223104 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223122 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223140 AGTTA-GG------A-TA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223150 GAGTTTGGGTTTTTAATTA
1 -AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223169 AGTTAGGGTTTTAAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223187 AATTAGG
1 AGTTAGG
18223194 TTAGGGTTAC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 18
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.03
11 5 0.08
12 2 0.03
17 2 0.03
18 46 0.78
19 2 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.24, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:18223252 original size:263 final size:262
Alignment explanation
Indices: 18222760--18223636 Score: 1226
Period size: 263 Copynumber: 3.3 Consensus size: 262
18222750 AATTAAGTTA
*
18222760 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
1 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
18222825 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAATTAAGTTAGGATAGAG
66 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAATTAAGTTAGGATAGAG
18222890 TTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAA
131 TTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAA
*
18222955 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGGT
196 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGGT
18223020 TT
261 TT
18223022 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
1 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
18223087 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGA
66 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGG-TTTTAATTAAGTTAGGATAGA
18223152 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAA
130 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAA
18223217 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGG
195 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGG
18223282 TTT
260 TTT
18223285 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
1 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
* * ** * * ***
18223350 TAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTA
66 TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAATTA-AG-TTAGGA-TA
* * *** * * * * *
18223414 -AGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTT--TTTA-ATTA-AGTTAGGGTTTTA
128 GAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGG---G-TTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTT
** ** * * *
18223474 AATTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
189 AATTAAATTAGGTTAGGGTTA-G--GGTT-A--GGATT---TT-TATTTA-AGTTAGGGTTTTTA
* * *
18223539 ATTAAGTTAGGTTAGAGTTA
243 ATTAAGTTAGGTTTGGGTTT
* * *
18223559 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTGGGTTTT
1 GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
*
18223624 TAATTAAGTTAGG
66 TAATTAAATTAGG
18223637 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 35, Indels: 26
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
261 6 0.01
262 110 0.20
263 314 0.56
264 6 0.01
265 3 0.01
266 3 0.01
267 6 0.01
269 3 0.01
272 2 0.00
273 4 0.01
274 104 0.19
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (262 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTT
TAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAATTAAGTTAGGATAGAG
TTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAA
TTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGGT
TT
Found at i:18223257 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18223234--18223275 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
18223224 TAGGGTTAGG
*
18223234 GTTAGGATTTTTATTTAA
1 GTTAGGATTTTTAATTAA
*
18223252 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGATTTTTAATTAA
18223270 GTTAGG
1 GTTAGG
18223276 TTTGGGTTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.24, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
GTTAGGATTTTTAATTAA
Found at i:18223336 original size:292 final size:299
Alignment explanation
Indices: 18222989--18223726 Score: 1134
Period size: 292 Copynumber: 2.5 Consensus size: 299
18222979 TTTTATTTAA
*
18222989 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
18223054 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
66 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
18223119 TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAA
131 TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAA
* *
18223184 TTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTA-GG-ATTT-TT
196 TTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTATTTATT
* *
18223246 -A-T-TTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGG
261 AAGTGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
* * *
18223281 GTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
18223346 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
66 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
18223411 TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAA
131 TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAA
*
18223476 TTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAAT
196 TTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTATTT-AT
18223541 TAAGTTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
260 TAAG-T--GTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
*
18223584 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
* * *
18223638 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGGG
66 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG----TT-A--GAGTTAGGG
18223703 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTA
124 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTA
18223727 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 16, Indels: 29
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
292 295 0.72
293 2 0.00
294 4 0.01
296 4 0.01
297 2 0.00
298 5 0.01
299 34 0.08
301 3 0.01
302 3 0.01
303 60 0.15
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (299 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAA
TTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTATTTATT
AAGTGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
Found at i:18223419 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18223396--18223485 Score: 88
Period size: 18 Copynumber: 5.4 Consensus size: 18
18223386 ATTAGGTTAG
18223396 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223414 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223432 AGTTA-GG------A-TA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223442 GAGTTTGGGTTTTTAATTA
1 -AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223461 AGTTAGGGTTTTAAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223479 AATTAGG
1 AGTTAGG
18223486 TTAGGGTTAC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 18
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.03
11 5 0.08
12 2 0.03
17 2 0.03
18 46 0.78
19 2 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.24, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:18223593 original size:216 final size:210
Alignment explanation
Indices: 18223234--18223701 Score: 729
Period size: 216 Copynumber: 2.2 Consensus size: 210
18223224 TAGGGTTAGG
* * * * ** *
18223234 GTTAGGATTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTTGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAA
*
18223299 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGT
66 ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGT
18223364 TAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAA
131 TAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAA
*
18223429 TTAAGTTAGGATAGA
196 TTAAATTAGGATAGA
* *
18223444 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATT-A
*
18223509 ATTAGGTTAGAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAA
65 A--A--TTAG-GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAA
* *
18223574 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGT
125 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGT
* *
18223639 TTTTAATTAAATTAGGTTAGG
190 TTTTAATTAAATTAGGATAGA
*
18223660 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
18223702 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 19, Indels: 6
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
210 54 0.23
211 2 0.01
213 1 0.00
215 4 0.02
216 172 0.74
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (210 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGATTTTTAATTAA
ATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGT
TAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAA
TTAAATTAGGATAGA
Found at i:18223636 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18223584--18223701 Score: 200
Period size: 47 Copynumber: 2.5 Consensus size: 47
18223574 TTAGGTTAGG
* *
18223584 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18223631 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18223678 GTTAGGATTTTTAATTAAATTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
18223702 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 67 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:18223638 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18223612--18223726 Score: 127
Period size: 18 Copynumber: 6.8 Consensus size: 18
18223602 GTTAGGTTAG
*
18223612 AGTTTGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223630 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
* *
18223648 AATTA-GG---TT-A--G
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223659 GGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223677 AGTTAGGATTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18223695 AATTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
18223713 AGTTAGGGTTTTTA
1 AGTTAGGGTTTTTA
18223727 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 11, Indels: 14
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.04
12 2 0.03
13 1 0.01
14 2 0.03
15 2 0.03
16 1 0.01
17 2 0.03
18 66 0.84
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.23, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:18223775 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18223722--18223785 Score: 94
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
18223712 AAGTTAGGGT
18223722 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
* * *
18223748 TTTTATTATATTAAATA-AACTTCTA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
18223773 TTTTATTACATCA
1 TTTTATTACATCA
18223786 GATAATAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.55
26 15 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
Found at i:18226028 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18225986--18226049 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
18225976 GCCATTGATG
* *
18225986 AAAATATAAAAAAATTTAAAATTATTTTAA
1 AAAATATAAAAAAATATAAAATTATTTAAA
18226016 AAAATAT-AAAAAATATAAAATTATTTAAA
1 AAAATATAAAAAAATATAAAATTATTTAAA
18226045 AAAAT
1 AAAAT
18226050 GAAATTGAGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 25 0.78
30 7 0.22
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
AAAATATAAAAAAATATAAAATTATTTAAA
Found at i:18241953 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18241927--18241966 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
18241917 TAGTCGATTT
* *
18241927 TCACACAGGCGTGTGCCTTGG
1 TCACACAGCCGTGTCCCTTGG
18241948 TCACACAGCCGTGTCCCTT
1 TCACACAGCCGTGTCCCTT
18241967 AGCCACACGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.35, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
TCACACAGCCGTGTCCCTTGG
Found at i:18241973 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18241928--18241974 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
18241918 AGTCGATTTT
* * * *
18241928 CACACAGGCGTGTGCCTTGGT
1 CACACAGCCGTGTCCCTTAGC
18241949 CACACAGCCGTGTCCCTTAGC
1 CACACAGCCGTGTCCCTTAGC
18241970 CACAC
1 CACAC
18241975 GGGCCTGTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.23, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
CACACAGCCGTGTCCCTTAGC
Found at i:18255376 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 18255352--18255399 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
18255342 GATTTATCAA
18255352 AAAAATTAACATAATT
1 AAAAA-TAACA-AATT
18255368 AAAAATAACGAAAATAT
1 AAAAATAAC--AAAT-T
18255385 AAAAATAACAAATT
1 AAAAATAACAAATT
18255399 A
1 A
18255400 CCATTGCTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.07
15 8 0.28
16 8 0.28
17 11 0.38
ACGTcount: A:0.69, C:0.06, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATAACAAATT
Found at i:18262729 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 18262724--18262748 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
18262714 AATTTTTTCC
18262724 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
18262749 TTTACACTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:18268789 original size:369 final size:369
Alignment explanation
Indices: 18268110--18268833 Score: 1259
Period size: 369 Copynumber: 2.0 Consensus size: 369
18268100 TTTACACGTA
* * *
18268110 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTTGGGTTTTGTATAATTCTCGAAAGCTCATCG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
* *
18268175 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGGAATGTAGCATGAAC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
* *
18268240 TAAGATTATAACAGTTTGCTCTTTTAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
*
18268305 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACATATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
18268370 GATCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTTGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
* *
18268435 TTCGATGCTCCCTTAGTTGTCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
* *
18268479 TACTATTAGGAGTTGGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTTGAAAGCTCATAG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
*
18268544 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAGC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
* *
18268609 TGAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCGGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
* *
18268674 GTACAAACATGCACAATTCTGTTCGTAAGTTCATCTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
18268739 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGTCATGCTACAATTCGTATGGTTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
18268804 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
18268834 AAAATATAAT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 21, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
369 334 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (369 bp):
TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
Found at i:18273442 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 18273377--18273567 Score: 330
Period size: 61 Copynumber: 3.1 Consensus size: 61
18273367 ATTTATCTAG
*
18273377 ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATATTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
*
18273438 ATATTAATATGTGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
* *
18273499 ATATTAATAT-ACGATATTAAATTTAATTTAATATTTAGATAGATAGTATTTTGTTAATTTA
1 ATATTAATATGA-GATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
18273560 ATATTAAT
1 ATATTAAT
18273568 GTGATTAATT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
61 124 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (61 bp):
ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
Found at i:18274626 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18274582--18274668 Score: 97
Period size: 28 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
18274572 AATAAAAATC
*
18274582 AATAAAAAATATAAAAATTATTAAATTTT
1 AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
*
18274611 AATAAAAAATAT-AAAAATATTTAATTTT
1 AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
* * *
18274639 TATTAAAAAT-TAGAAAAAGATTATAATTTT
1 AATAAAAAATATA-AAAAATATTA-AATTTT
18274669 TTTTAAAAAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 5
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 22 0.45
29 20 0.41
30 6 0.12
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (29 bp):
AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
Found at i:18274668 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18274584--18274685 Score: 109
Period size: 29 Copynumber: 3.5 Consensus size: 29
18274574 TAAAAATCAA
* * *
18274584 TAAAAAATAT-AAAAATTATTAAATTTTAA
1 TAAAAATTATAAAAAATTA-TAATTTTTAT
*
18274613 TAAAAAATATAAAAATATT-TAATTTTTAT
1 TAAAAATTATAAAAA-ATTATAATTTTTAT
* *
18274642 TAAAAATTAGAAAAAGATTATAATTTTTTT
1 TAAAAATTATAAAAA-ATTATAATTTTTAT
18274672 TAAAAATTATAAAA
1 TAAAAATTATAAAA
18274686 TTTTATAAAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 5
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 34 0.54
30 26 0.41
31 3 0.05
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (29 bp):
TAAAAATTATAAAAAATTATAATTTTTAT
Found at i:18274689 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18274653--18274696 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
18274643 AAAAATTAGA
** *
18274653 AAAAGATTATAATTTTTTTT
1 AAAA-ATTATAAAATTTTAT
18274673 AAAAATTATAAAATTTTAT
1 AAAAATTATAAAATTTTAT
18274692 AAAAA
1 AAAAA
18274697 ATCGTAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.81
20 4 0.19
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
AAAAATTATAAAATTTTAT
Found at i:18274714 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18274673--18274715 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 4.3 Consensus size: 10
18274663 AATTTTTTTT
18274673 AAAAATTATA
1 AAAAATTATA
**
18274683 AAATTTTATA
1 AAAAATTATA
**
18274693 AAAAATCGTA
1 AAAAATTATA
18274703 AAAAATTATA
1 AAAAATTATA
18274713 AAA
1 AAA
18274716 TATATAGAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 8, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 25 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.02, T:0.30
Consensus pattern (10 bp):
AAAAATTATA
Found at i:18274769 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18274747--18274803 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
18274737 TTATAAAGCC
18274747 GTAAGAAAATGATAAAAAT
1 GTAAGAAAAT-ATAAAAAT
*
18274766 GTAAG-AAATATAAAATT
1 GTAAGAAAATATAAAAAT
* *
18274783 CGTAATATAATTATAAAAAT
1 -GTAAGA-AAATATAAAAAT
18274803 G
1 G
18274804 ATCATACCAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 6
0.76 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.23
18 8 0.26
19 6 0.19
20 10 0.32
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
GTAAGAAAATATAAAAAT
Found at i:18274787 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18274746--18274802 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
18274736 TTTATAAAGC
18274746 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
1 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
*
18274766 -GTAAG-AAAT-ATAAAATT
1 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
* * *
18274783 CGTAATATAATTATAAAAAT
1 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
18274803 GATCATACCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 6
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.23
18 8 0.27
19 8 0.27
20 7 0.23
ACGTcount: A:0.58, C:0.04, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
CGTAAGAAAATGATAAAAAT
Found at i:18275001 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18274988--18275067 Score: 62
Period size: 10 Copynumber: 8.4 Consensus size: 10
18274978 TTTTGATGAA
18274988 TTTTATAATTT
1 TTTTATAA-TT
*
18274999 TTTTATGATT
1 TTTTATAATT
**
18275009 TTTTATAAAA
1 TTTTATAATT
18275019 TTTTAT-A-T
1 TTTTATAATT
18275027 TTTTAT-ATT
1 TTTTATAATT
***
18275036 TTTT-TACGA
1 TTTTATAATT
18275045 TTTTAT-ATT
1 TTTTATAATT
18275054 TTTTATAATT
1 TTTTATAATT
18275064 TTTT
1 TTTT
18275068 TGTCACATGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 11, Indels: 9
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.15
9 16 0.30
10 23 0.43
11 7 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (10 bp):
TTTTATAATT
Found at i:18275002 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18274977--18275057 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 21
18274967 TTAAAGGACC
*
18274977 TTTTTGATGA-ATTTTATAAT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
*
18274997 TTTTTTATGATTTTTTATAA-
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
**
18275017 AATTTTAT-AT-TTTTAT-AT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
*
18275035 TTTTTTACG--ATTTTAT-AT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
18275053 TTTTT
1 TTTTT
18275058 ATAATTTTTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 10
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 24 0.48
19 2 0.04
20 15 0.30
21 8 0.16
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.05, T:0.68
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTATGATATTTTATAAT
Found at i:18275040 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18274988--18275066 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 19
18274978 TTTTGATGAA
*
18274988 TTTTATAATTTTTTTATGATT
1 TTTTAT-ATTTTTTTAT-AAT
***
18275009 TTTTATAAAATTTTAT-AT
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
**
18275027 TTTTATATTTTTTTACGA-
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
18275045 TTTTATA-TTTTTTATAAT
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
18275063 TTTT
1 TTTT
18275067 TTGTCACATG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 10, Indels: 7
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.17
18 24 0.52
19 1 0.02
20 7 0.15
21 6 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (19 bp):
TTTTATATTTTTTTATAAT
Found at i:18275293 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 18275200--18275383 Score: 203
Period size: 88 Copynumber: 2.1 Consensus size: 89
18275190 AATTGAGCGC
* * ** * * *
18275200 AAAAAAGGCA-AGGGTTTAATTACTTTTTTTTGAAAATTTTTTAGGGTTTTTTTGACACATTTTG
1 AAAAAAGGCAGAGGGCTTAATTAC-TGTTTTTGAAAAAGTTTGAGAGTCTTTTTGACACATTTT-
* * *
18275264 GCAA-TTTAAGTACCCAATTGAGTAA
64 GAAAGTTCAAATACCCAATTGAGTAA
* **
18275289 AAAAAA-GCAGGGGGCTTAATTACTGTTTTTGAAAAAGTTTGAGAGTCTTTTTGATGCATTTTGA
1 AAAAAAGGCAGAGGGCTTAATTACTGTTTTTGAAAAAGTTTGAGAGTCTTTTTGACACATTTTGA
*
18275353 AAGTTCAAATATCCAATTGAGTAA
66 AAGTTCAAATACCCAATTGAGTAA
18275377 AAAAAAG
1 AAAAAAG
18275384 AGCTTAATTA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 14, Indels: 6
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
87 3 0.04
88 58 0.74
89 17 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (89 bp):
AAAAAAGGCAGAGGGCTTAATTACTGTTTTTGAAAAAGTTTGAGAGTCTTTTTGACACATTTTGA
AAGTTCAAATACCCAATTGAGTAA
Found at i:18275481 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18275458--18275505 Score: 78
Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
18275448 CGTTTGATTC
18275458 GCTGTAATGGAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
* *
18275474 GGTGTAATGAAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
18275490 GCTGTAATGGAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
18275506 TGCGTAATAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 28 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
GCTGTAATGGAATAGA
Found at i:18275512 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18275461--18275513 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
18275451 TTGATTCGCT
*
18275461 GTAATGGAATAGAGGT
1 GTAATGGAATAGA-GC
*
18275477 GTAATGAAATAGAGC
1 GTAATGGAATAGAGC
18275492 TGTAATGGAATAGATGC
1 -GTAATGGAATAGA-GC
18275509 GTAAT
1 GTAAT
18275514 AGTATTTCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 29 0.91
17 2 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
GTAATGGAATAGAGC
Found at i:18275543 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 18275492--18275587 Score: 122
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
18275482 GAAATAGAGC
* * *
18275492 TGTAATGGAATAGATGCGTAATAGTATTTCAAT-TGTTTGGTTGAA
1 TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATA-TTC-ATGTGTTTAGTTGAA
*
18275537 TGTAATGGAATATAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
1 TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
*
18275581 TGGAATG
1 TGTAATG
18275588 ATGTTGTAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 2 0.04
44 20 0.44
45 23 0.51
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.25, T:0.39
Consensus pattern (44 bp):
TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
Found at i:18275767 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18275745--18276377 Score: 88
Period size: 17 Copynumber: 37.0 Consensus size: 17
18275735 TTATTATTAA
*
18275745 ATATAATTTAGTAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
18275762 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* ***
18275779 -TCTTAATATTAAATATTCTT
1 AT-ATAAT-TT-AATA-AAAT
**
18275799 ATATGAATTTTCTAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
* *
18275817 CATA-AATATAATACTAAAA
1 -ATATAATTTAATA--AAAT
18275836 ATATAA-TT--TAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* *
18275850 A-ATTA-TT-ATTAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
18275864 AT--AATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAAT-AAAAT
18275880 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* *
18275897 -TATTAATATTAAATATTATT
1 ATA-TAAT-TT-AATA-AAAT
18275917 ATATGAATTTAATAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
* * *
18275935 -CATAATAT-ATAATACT
1 ATATAATTTAATAA-AAT
* *
18275951 ATAAAATATAATTTAAAAT
1 ATATAATTTAA--TAAAAT
* *
18275970 A-ATTA-TT-AT-TAA-
1 ATATAATTTAATAAAAT
18275982 ATATAATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAAT-AAAAT
18276000 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* ***
18276017 -TCTTAATATTAAATATTCTT
1 AT-ATAAT-TT-AATA-AAAT
**
18276037 ATATGAATTTTCTAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
* *
18276055 CATA-ATATATAATACTAAAA
1 -ATATA-ATTTAATA--AAAT
18276075 ATATAA-TT--TAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
*
18276089 A-ATAA-TT-AT-TAA-
1 ATATAATTTAATAAAAT
18276101 ATATAATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAAT-AAAAT
18276119 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* * *
18276136 -TCTTAATATTAAATATTATT
1 AT-ATAAT-TT-AATA-AAAT
18276156 ATATGAATTTAATAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
* * *
18276174 -CATAATAT-ATAATACT
1 ATATAATTTAATAA-AAT
* *
18276190 ATAAAATATAATTTAAAAT
1 ATATAATTTAA--TAAAAT
* *
18276209 A-ATTA-TT-AT-TAA-
1 ATATAATTTAATAAAAT
18276221 ATATAATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAAT-AAAAT
*
18276239 AAATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
* * ***
18276256 TTTTAATATTAAATATTCTT
1 ATATAAT-TT-AATA-AAAT
* *
18276276 AAATGAATTTACTAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
* * *
18276294 -CATAATAT-ATAATACT
1 ATATAATTTAATAA-AAT
* *
18276310 ATAAAATATAATTTAAAAT
1 ATATAATTTAA--TAAAAT
*
18276329 A-ATAA-TTATTAAAA-
1 ATATAATTTAATAAAAT
*
18276343 ATATAATTTAGTAAAAAT
1 ATATAATTTAAT-AAAAT
18276361 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
18276378 TCTTAATATT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 99, Indels: 164
0.62 0.14 0.23
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.01
13 28 0.06
14 26 0.06
15 28 0.06
16 39 0.09
17 106 0.24
18 91 0.21
19 59 0.14
20 35 0.08
21 20 0.05
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:18275876 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18275818--18275996 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 12.3 Consensus size: 15
18275808 TTCTAAAATC
*
18275818 ATAAATATAATACTA
1 ATAAATATAATATTA
18275833 A-AAATATAAT-TT-
1 ATAAATATAATATTA
*
18275845 A-AAATA-ATTATTA
1 ATAAATATAATATTA
*
18275858 TTAAATATAAT-TTA
1 ATAAATATAATATTA
*
18275872 ATAAAAATATATAATTTA
1 ATAAATATA-AT-A-TTA
18275890 ATAAA-AT--TATTA
1 ATAAATATAATATTA
*
18275902 AT-ATTA-AATATT-
1 ATAAATATAATATTA
*
18275914 AT-TATATGAAT-TTA
1 ATAAATAT-AATATTA
18275928 ATAAAATCATAATATATA
1 AT-AAAT-ATAATAT-TA
* *
18275946 AT-ACTATAAAATATA
1 ATAAATATAATAT-TA
18275961 ATTTAAA-ATAATTATTA
1 A--TAAATATAA-TATTA
*
18275978 TTAAATATAAT-TTA
1 ATAAATATAATATTA
18275992 ATAAA
1 ATAAA
18275997 AATATATAAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 16, Indels: 49
0.66 0.08 0.26
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.02
12 18 0.15
13 8 0.06
14 37 0.30
15 20 0.16
16 11 0.09
17 12 0.10
18 15 0.12
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
ATAAATATAATATTA
Found at i:18275930 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18275862--18276173 Score: 107
Period size: 18 Copynumber: 15.9 Consensus size: 18
18275852 TTATTATTAA
*
18275862 ATATAATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAATT
18275880 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
**
18275898 AT-TAATATTAAATATTATT
1 ATATAAT-TT-AATAAAATT
*
18275917 ATATGAATTTAATAAAATC
1 ATAT-AATTTAATAAAATT
* *
18275936 ATA-ATATATAATACTATAA-A
1 ATATA-ATTTAATA--A-AATT
18275956 ATATAATTTAAAATAATTATTATT
1 ATATAATTT--AATAA--A--ATT
*
18275980 AAATATAATTTAATAAAAAT
1 --ATATAATTTAATAAAATT
18276000 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
* ***
18276018 CT-TAATATTAAATATTCTT
1 ATATAAT-TT-AATAAAATT
** *
18276037 ATATGAATTTTCTAAAATC
1 ATAT-AATTTAATAAAATT
* *
18276056 ATA-ATATATAATACTAAA-A
1 ATATA-ATTTAATA--AAATT
18276075 ATATAATTTAAAATAATAATTATT
1 ATATAATTT--AAT-A-AA--ATT
*
18276099 AAATATAATTTAATAAAAAT
1 --ATATAATTTAATAAAATT
18276119 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
* **
18276137 CT-TAATATTAAATATTATT
1 ATATAAT-TT-AATAAAATT
18276156 ATATGAATTTAATAAAAT
1 ATAT-AATTTAATAAAAT
18276174 CATAATATAT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 37, Indels: 73
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.06
18 73 0.33
19 51 0.23
20 25 0.11
21 20 0.09
22 8 0.04
23 3 0.01
24 8 0.04
26 18 0.08
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATATAATTTAATAAAATT
Found at i:18276092 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18276056--18276367 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 10.4 Consensus size: 30
18276046 TTCTAAAATC
18276056 ATAATATATAATACTAAAAATATAATTTAA-A
1 ATAATATATAATA-T-AAAATATAATTTAATA
*
18276087 ATAATA-AT--TATTAAATATAATTTAATA
1 ATAATATATAATATAAAATATAATTTAATA
* * *
18276114 AAAATATATAATTTAATAA-A-ATTCTTAATA
1 ATAATATATAATATAA-AATATAAT-TTAATA
* * * * ** *
18276144 TTAA-ATATTATTATATGAATTTAATAAAATC
1 ATAATATA-TAATATA-AAATATAATTTAATA
18276175 ATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAA-A
1 ATAATATAT-A-A-TATAAAATATAATTTAATA
*
18276207 ATAAT-TAT--TATTAAATATAATTTAATA
1 ATAATATATAATATAAAATATAATTTAATA
* * * * *
18276234 AAAATAAATAATTTAATAAAAT-TTTTAATA
1 ATAATATATAATATAA-AATATAATTTAATA
* * ** ** *
18276264 TTAAATATTCTTAA-ATGAATTTACTAAAATCATA
1 AT-AATA-T-ATAATAT-AAAATA-TAATTTAATA
*
18276298 AT-ATATAATACTATAAAATATAATTTAA-A
1 ATAATAT-ATAATATAAAATATAATTTAATA
* *
18276327 ATAATA-ATTAT-TAAAAATATAATTTAGTA
1 ATAATATATAATAT-AAAATATAATTTAATA
*
18276356 AAAATATATAAT
1 ATAATATATAAT
18276368 TTAATAAAAT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 55, Indels: 61
0.63 0.18 0.20
Matches are distributed among these distances:
26 29 0.15
27 13 0.07
28 22 0.11
29 14 0.07
30 43 0.22
31 33 0.17
32 18 0.09
33 15 0.08
34 9 0.05
ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (30 bp):
ATAATATATAATATAAAATATAATTTAATA
Found at i:18276093 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 18276072--18276111 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
18276062 TATAATACTA
18276072 AAAATATAATTT
1 AAAATATAATTT
18276084 AAAATAATAATTAT
1 AAAAT-ATAATT-T
*
18276098 TAAATATAATTT
1 AAAATATAATTT
18276110 AA
1 AA
18276112 TAAAAATATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.29
13 12 0.50
14 5 0.21
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
AAAATATAATTT
Found at i:18276175 original size:239 final size:238
Alignment explanation
Indices: 18275725--18277278 Score: 2642
Period size: 239 Copynumber: 6.5 Consensus size: 238
18275715 TTAATCATAT
* *
18275725 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18275789 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAA-ATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
* * *
18275852 TTATTATT-AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTAT
131 TTATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-C
*
18275916 TATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
18275962 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18276027 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAATATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
* * *
18276091 TAATTATT-AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTAT
131 TTATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-C
*
18276155 TATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18276201 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTTAATAAAATTTTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18276266 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
*
18276331 TAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TTATTATT-AAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
18276396 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18276440 TTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18276505 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
18276570 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TTATTATT-AAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
*
18276635 TTAGAATTTACTAAAAACATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18276679 TTTAAATTAATTATT-TTAAATATAA-TTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* * * *
18276742 AAATATTCTTAAATGAATTTGCTAAAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
18276807 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TTATTATT-AAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
18276872 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18276916 TTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18276981 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
* *
18277046 TTATTATT-AAATATAATTT-TTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
131 TTATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-
*
18277109 TATATGAATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
195 T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18277155 TCTAAAATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18277220 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
18277279 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 1275, Mismatches: 32, Indels: 18
0.96 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
236 41 0.03
237 265 0.21
238 87 0.07
239 799 0.63
240 29 0.02
241 1 0.00
242 53 0.04
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (238 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
TTATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
TAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:18276345 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18276324--18276368 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
18276314 AATATAATTT
*
18276324 AAAATAATAATTATTA
1 AAAATAATAATTAGTA
18276340 AAAAT-ATAATTTAGTA
1 AAAATAATAA-TTAGTA
18276356 AAAATATATAATT
1 AAAATA-ATAATT
18276369 TAATAAAATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.16
16 15 0.60
17 2 0.08
18 4 0.16
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAATAATTAGTA
Found at i:18276364 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18276339--18276376 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18276329 AATAATTATT
*
18276339 AAAAATATAATTTAGTA
1 AAAAATATAATTTAATA
18276356 AAAATATATAATTTAATA
1 AAAA-ATATAATTTAATA
18276374 AAA
1 AAA
18276377 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATTTAATA
Found at i:18276597 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18276551--18276615 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
18276541 ATAATACTAT
18276551 AAAATATAATTTAA-A
1 AAAATATAATTTAATA
* *
18276566 ATAAT-T-A-TTATTA
1 AAAATATAATTTAATA
*
18276579 AAAATATAATTTAGTAA
1 AAAATATAATTTAAT-A
18276596 AAATATATAATTTAATA
1 AAA-ATATAATTTAATA
18276613 AAA
1 AAA
18276616 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 10
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.08
13 6 0.15
14 2 0.05
15 5 0.13
16 4 0.10
17 8 0.21
18 11 0.28
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAAATATAATTTAATA
Found at i:18276603 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18276578--18276615 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18276568 AATTATTATT
*
18276578 AAAAATATAATTTAGTA
1 AAAAATATAATTTAATA
18276595 AAAATATATAATTTAATA
1 AAAA-ATATAATTTAATA
18276613 AAA
1 AAA
18276616 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATTTAATA
Found at i:18276743 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18276703--18276743 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
18276693 TTTAAATATA
18276703 ATTAATAAAAATATATAAT
1 ATTAATAAAAATATATAAT
* *
18276722 -TTAATAAAATTCT-TAAT
1 ATTAATAAAAATATATAAT
18276739 ATTAA
1 ATTAA
18276744 ATATTCTTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 3
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
ATTAATAAAAATATATAAT
Found at i:18276840 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18276815--18276852 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18276805 AATTATTATT
*
18276815 AAAAATATAATTTAGTA
1 AAAAATATAATTTAATA
18276832 AAAATATATAATTTAATA
1 AAAA-ATATAATTTAATA
18276850 AAA
1 AAA
18276853 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATTTAATA
Found at i:18276885 original size:476 final size:478
Alignment explanation
Indices: 18275725--18277278 Score: 2698
Period size: 476 Copynumber: 3.3 Consensus size: 478
18275715 TTAATCATAT
* *
18275725 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* *
18275789 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAA-ATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
* *
18275852 TTATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTA
131 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-
* * * *
18275915 TTATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATT
195 CT-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTT
18275980 AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAAT
258 AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAAT
* *
18276045 TTTCTAAAATCATAATATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAATATAATT
323 TTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATT
* *
18276109 TAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTATTATATGAATTTAATAAAAT
388 TAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-CTATATGAATTTACTAAAAT
18276174 CATAATATATAATACTATAAAATATAA
452 CATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18276201 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTTAATAAAATTTTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18276266 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
*
18276331 TAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
18276396 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAA
196 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAA
*
18276461 TATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTA
261 TATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTA
18276526 CTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAAAATATAATTT
326 CTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTT
* *
18276591 AGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT-TA-GAATTTACTAAAAACA
389 AATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATATGAATTTACTAAAATCA
18276654 TAATATATAATACTATAAAATATAA
454 TAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18276679 TTTAAATTAATTATT-TTAAATATAA-TTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* * *
18276742 AAATATTCTTAAATGAATTTGCTAAAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
18276807 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
18276872 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAA
196 TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAA
18276937 TATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTA
261 TATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTA
*
18277002 CTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTT-T
326 CTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAA
* *
18277066 TAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTACTATAATCAT
391 TAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATATGAATTTACTAAAATCAT
18277131 AATATATAATACTATAAAATATAA
455 AATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18277155 TCTAAAATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18277220 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
66 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
18277279 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 39, Indels: 24
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
473 41 0.04
474 12 0.01
475 2 0.00
476 425 0.41
477 81 0.08
478 302 0.29
479 56 0.05
480 2 0.00
481 105 0.10
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (478 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
TTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
TTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAA
TATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTA
CTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAA
TAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATATGAATTTACTAAAATCATA
ATATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:18276887 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 18276823--18277246 Score: 207
Period size: 56 Copynumber: 7.2 Consensus size: 54
18276813 TTAAAAATAT
*
18276823 AATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT-TAG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATAG
* * * *
18276876 AATTTACT-AAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAA-ATTAATTATTTTTAAATA
1 AATTTACTAAAAAT-AT-ATA-AT-TTA--ATAAAAT-T--CTTAATATTAAATA-TTCT--ATA
*
18276939 T
54 G
*
18276940 AATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
* * * **
18276996 AATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATT-TAAAATAATT-ATTATTAAATA
1 AATTTACT--AA--A-AATATATAAT--T-T--AATAAAATTCT-TAAT-ATTAAATATTCTATA
*
18277059 T
54 G
* *
18277060 AATTT-TTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
* * * **
18277115 AATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAA-AATATAATCTAAAATAATT-ATTATTAAATA
1 AATTTAC--TAA--A-AATATATAAT--T-TAATAA-A-ATTCT-TAAT-ATTAAATATTCTATA
*
18277178 T
54 G
* *
18277179 AATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
18277235 AATTTACTAAAA
1 AATTTACTAAAA
18277247 TCATAATATA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 45, Indels: 97
0.66 0.11 0.23
Matches are distributed among these distances:
52 8 0.03
53 28 0.10
54 15 0.05
55 18 0.07
56 30 0.11
57 11 0.04
58 22 0.08
59 19 0.07
60 10 0.04
61 30 0.11
62 5 0.02
63 8 0.03
64 26 0.09
65 16 0.06
66 24 0.09
67 6 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (54 bp):
AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATAG
Found at i:18277120 original size:715 final size:717
Alignment explanation
Indices: 18275731--18277278 Score: 2654
Period size: 715 Copynumber: 2.2 Consensus size: 717
18275721 ATATTTTAAC
*
18275731 ATAATTATTATTAAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
1 ATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
*
18275795 TCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAA-ATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAATTATTA
66 TCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
*
18275858 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTATTATATGA
131 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTACTATATGA
*
18275923 ATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAA
196 ATTTAATAAAAACATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAA
* *
18275988 TTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTTCTAAA
261 TTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTGCTAAA
* *
18276053 ATCATAATATATAATACTAAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAATATAATTTAATAAAAA
326 ATCATAATATATAACACTAAAAATAAAATTTAAAATAATAATTATTAAATATAATTTAATAAAAA
*
18276118 TATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTATTATATGAATTTAATAAAATCATAATATA
391 TATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTACTATATGAATTTAATAAAATCATAATATA
18276183 TAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTT
456 TAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTT
*
18276248 AATAAAATTTTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATA
521 AATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATA
*
18276313 AAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAAT
586 AAATATAATTTAAAATAATAATTATT-AAAATATAATTTAGTAAAAATAAATAATTTAATAAAAT
*
18276378 TCTTAATATTAAATATTCTTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTT
650 TCTTAATATTAAATATTCTTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATCT
18276443 AAA
715 AAA
* *
18276446 TTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
1 ATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
*
18276511 TCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
66 TCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
* *
18276576 TTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-CT-TA-
131 TT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTACTATAT
* *
18276638 GAATTTACTAAAAACATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATT-TTAAATAT
194 GAATTTAATAAAAACATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATAT
18276702 AA-TTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTGCTA
259 AATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTGCTA
* *
18276766 AAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAATTTAAAATAATTATTATTAAAAATATAATTTAGT
324 AAATCATAATATATAACACTA-AAAATAAAATTTAAAATAATAATTATT--AAATATAATTTAAT
*
18276831 AAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-CT-TA-GAATTTACTAAAATCATA
386 AAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTACTATATGAATTTAATAAAATCATA
* * *
18276893 ATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATAT
451 ATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAAT
*
18276958 AATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATA
516 AATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATA
* *
18277023 CTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATT-AAATATAATTT-TTAAAAATAAATAATTTAATA
581 CTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATAAATAATTTAATA
*
18277086 AAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAAAAT
646 AAATTCTTAATATTAAATATTC-T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAAT
18277151 ATAATCTAAA
708 ATAATCTAAA
*
18277161 ATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
1 ATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
18277226 TCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
66 TCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
18277279 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 33, Indels: 22
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
712 41 0.05
713 12 0.02
714 2 0.00
715 434 0.55
716 100 0.13
717 65 0.08
718 82 0.10
719 1 0.00
720 52 0.07
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (717 bp):
ATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATAT
TCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATTAAATATTACTATATGA
ATTTAATAAAAACATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAA
TTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTGCTAAA
ATCATAATATATAACACTAAAAATAAAATTTAAAATAATAATTATTAAATATAATTTAATAAAAA
TATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTACTATATGAATTTAATAAAATCATAATATA
TAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTT
AATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATA
AAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAAATATAATTTAGTAAAAATAAATAATTTAATAAAATT
CTTAATATTAAATATTCTTAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATCTA
AA
Done.