Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

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T--TTCAATTGGAATGCCACAGGAAATGTTTTAAAGAAG-AAAGAAATTGTGAATTG-ATTTTTT 40526 AAAC-GTTAAGTTTTTTTTGTGGATAACGACCC 370 AAACGGTTAAG-TTTTTTTGTGG-TAAC-ACCC * * * 40558 G-AATCTAGATCCCCATGAATCATGTCG-GTT-ATAGG-GTTACATGTAGAACTGCATATTT--A 1 GAAATCTAGAT-CCCATGAATCAGGTCGAGTTGA-GGGTGTTACAT-TATAACT-CATATTTAAA * * * * 40617 ATTATTTGAGAAGTAGTTCTCAT-GTATTTCGATGAGT-AATTCGAGC-TTTAGGCGTTG-TTTT 62 ATTATTT-A-AAATAGTTCTCATAGTATTTC-AGGAGTAAATTCTAGCTTTTAGGC-TAGTTTTT * * 40678 ATTA-ATGTTTTATGAA-ATTTCAAAGTTTGTTT-TTTTCACAGTTAA-TAGTGTTTTTA-TTAT 123 ATTAGA--TTTTAT-AACTTTTCAAA-TTTGTTTGTTTTCA-AATTAATTA-TGTTTTTATTTAT * * 40738 TTTGTGCAGTAATCTTAGGAATTACGCGCGCCTTTGTTGTGTCTGATTTTT-TT-AACTTCTTTT 182 TTTG-GCA-TAATC-TAGGAA-TACAC-C-CC-TT-TT-AGTCTG-TTTTTGTTAAACTTCTTTT * * * * * * 40801 CGTAAATTAGTGTTGTGTATAG-TTCAGCGGATGGATTAAACTATT-TAGAGCATTTGCTTGACC 237 CGTAAA-GA-T-TTGTATCTAGATTCA-C--AT-GA-TAAACTATTGTAGGGCATTTTCTTTACC * * 40864 TTCATAGTGATTTAAGCATTTCGA-T-GAATGCCACAGGAAA-GTTTTGAAGAGAA-CAAGAAAT 294 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Indices: 44330--46608 Score: 1062 Period size: 423 Copynumber: 5.2 Consensus size: 415 44320 TTTCGAGGCT 44330 TGTTACCCACAAAAAAAACCTTAACCGTTTAACAA-AAT-AT-AATTCACAATTTCTTTC-TTCT 1 TGTTA-CCACAAAAAAAA-CTTAACCG-TT-ACAAGAATAATCAATTCACAATTTCTTTCTTTCT 44391 TTAAAACATTTCCAGTGTGGCATTCCAATTGAAATGCCCTTATATGTATGCCAAGGTAAAGAAAT 62 TTAAAACATTTCC--TGTGGCATTCCAATTGAAATG-CCTTATATGTATG-CAAGGTAAAGAAAT * * 44456 TGGCCCTAAATAGTTTATAATGTGAATCCAGATACAAATCTTTATGCGAAGAAGAAGTTTACAAA 123 TGGCCCTAAATAGTTTATAATGTGAATCCAGATACAAATCTTTATACGAAGAAGAAGTTTAAAAA * * * 44521 AACAGCCACTTTAACAGGGGTGTCATTCCTAGATTATGCAAAAATAAATAAAAACATAATTTTAA 188 AACAGACAC--TAACAGGGGTGTCATTCCTAAATTATGCAAAAATAAATAAAAACATAATATTAA * 44586 TTTGAAATCAAACAAATTGAAAGTTATAAAATCTTAATAAAAACTAGCCTAAAGCTAGAGATTTA 251 TTTGAAAGCAAACAAATTGAAAGTTATAAAATCTTAATAAAAACTAGCCTAAAGCTAGAGATTTA * * 44651 CTCCTGAAATACTATGAAGAACTATTGTAATAATTTTAAATGATGATTTATAATGTAACACCTCA 316 CTCCTCAAATACTATGAAGAACTATTGTAATAAGTTTAAATGATGATTTATAATGTAACACCTCA * 44716 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GC--TAGAGATTTACT--CC-TCAAAT-A-CTA-TGAAGAACTATTGT-AA---TAAGTTTAAAT * * * * 45550 -ATGAGTTACCTAATGTAACAACCCGTCAAGTCGACCGT-G-ATTCATGCGGATCTTAG-TTTCG 357 GATGATTTA--TAATGTAAC-A-CC-TCAACTCGACC-TCGCATTCAT--GGATCTAAGATTTTG 45611 GG 414 GG ** * 45613 TGTTACCACACAAAAATAACTTAACCGATTTTGAACAA-AATTCAGATTCAACAATTTTCTTTC- 1 TGTTACCACA-AAAAA-AACTTAACCG--TTACAAGAATAA-TCA-ATTC-ACAA-TTTCTTTCT * * * * 45676 TTCTTT-AAACATTTCCTGTGGCATT-CAATTTGAAATG-CTTAAATATATGGAACGTAAAGGAA 58 TTCTTTAAAACATTTCCTGTGGCATTCCAA-TTGAAATGCCTTATATGTATGCAAGGTAAA-G-A * ** * * * 45738 AAATGCGCTGTGACAATAGATTTATCTATTTGAAAATGGCTAGATACAAATC-TT-TACG-A-AA 120 AATTG-GCCCT-A-AATAG-TTTAT-AATGTG--AAT--CCAGATACAAATCTTTATACGAAGAA * * * 45799 GAAG-TT--AAAAACAGAC-CTAGAAAGGGAGGTGT-ATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATTAA 176 GAAGTTTAAAAAAACAGACACTA-ACA-GG-GGTGTCATTCCTAAATTATGCAAAAATAAA-TAA * 45859 AAACAT-A-ATTAATTTTGAAAACAAACAAATTTAGAAAGAGTTTATTAAAA-CTCTAATAAAAA 237 AAACATAATATTAA-TTTGAAAGCAAACAAA-TT-G-AA-AG-TTA-TAAAATCT-TAATAAAAA * * 45921 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Indices: 45805--46632 Score: 954 Period size: 452 Copynumber: 1.8 Consensus size: 449 45795 GAAAGAAGTT * * * 45805 AAAAACAGACCTAGAAAGGGAGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAATAAATTAAAAACATAATTA 1 AAAAACAGACCTAAAAAAGGAGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAAGAAATTAAAAACATAATTA ** * 45870 ATTTTGAAAACAAACAAATTTAGAAAGAGTTTATTAAAACTCTAATAAAAACTAGCCTAAAGCCT 66 ATTTTGAAAACAAACAAATTTAGAAAGAGTCCACTAAAACTCTAATAAAAACTAGCCTAAAGCCT * * * * 45935 AGAATGTTACTCCCTGAAATACTATGAGAACTATTTCAAAATAATTTTAAATTTTGATTTATCAA 131 AGAATGTTACTCCCTGAAATAATATGAGAACTATTTCAAAATAATTTTAAATTGTGAGTTATAAA * * 46000 TGTAAACACCCTCAACTCGACCCTGATTGTTCATTGGGATCTAGATTTGGGGTAGTTTACCACAA 196 TGTAAACACCCTCAACTCGACCCTGA-T-TTCATTGGGATCTAGATTTCGGGTAGTGTACCAC-A * 46065 AAAAACACTTAACCGTTT-A-GAAAAT-CCAAGGTCCACAATT-TCTTTCCTCT-TTGATGAAAG 258 AAAAA-ACTTAACCGTTTAATGAAAATCCCAA-GTCAACAATTATCTTTCCTCTCTT--T-AAA- * 46125 AACA-TTTCCGTGTGGCATTCCAATTGAA-ATGCCT-TAATATTATTGAAGGT-AAAGAACCATT 317 AACATTTTCCATGTGGCATTCCAATTGAATATGCCTCTAATATTA-TGAAGGTGAAAGAACCATT 46186 AGGCCCCTACGAAAGAGTTGGTTATAATGTGAATCAGGATACAATCTTTTACGAAAAGAAGTTTT 381 AGGCCCCTACGAAAGAGTTGGTTATAATGTGAATCAGGATACAATCTTTTACGAAAAGAAGTTTT 46251 TGAA 446 TGAA * 46255 AAAAACAGA-CTAAAAAAGGCGGTGTATTCCGGTATG-TTACTGCCAAAAGAAA-TAAAAACATA 1 AAAAACAGACCTAAAAAAGGAGGTGTATTCC--TA-GATTA-TGCCAAAAGAAATTAAAAACATA 46317 ATGTAA-TTTG-AAACTATAACAAATTT-GAAA-AGTACCACTAAAA-TCTAACTAAAAAACTAG 62 AT-TAATTTTGAAAAC-A-AACAAATTTAGAAAGAGT-CCACTAAAACTCTAA-T-AAAAACTAG * * 46377 CCTAAAATGGCTAGAAT-TTAC-CTCCTGAAGATAATA-GAGATGACT-TTTCTTTAAATAATTT 121 CCT-AAA-GCCTAGAATGTTACTC-CCTGAA-ATAATATGAGA--ACTATTTC--AAAATAATTT * * * 46438 TAAATATGT-AGTTATAAATCCGTACCACACCCTCAAGTCGA-CCTGA-TTCA-T-GGATCTATA 178 TAAAT-TGTGAGTTATAAAT--GTA-AACACCCTCAACTCGACCCTGATTTCATTGGGATCTAGA * * 46498 TTTCGGGT-GTGTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAATTAAAATCCCAATTCAACAATTATCTT 239 TTTCGGGTAGTGTACCACAAAAAAACTTAACCGTTTAATGAAAATCCCAAGTCAACAATTATCTT * * * 46562 TTCTGTCTTTAAAAACATTTTCCATGTGGCATTCCAATTGAATATGCTTCTAATATTATGAAGGT 304 TCCTCTCTTTAAAAACATTTTCCATGTGGCATTCCAATTGAATATGCCTCTAATATTATGAAGGT 46627 GAAAGA 369 GAAAGA 46633 TGAAATGCCC Statistics Matches: 322, Mismatches: 25, Indels: 59 0.79 0.06 0.15 Matches are distributed among these distances: 449 18 0.06 450 37 0.11 451 66 0.20 452 71 0.22 453 57 0.18 454 20 0.06 455 7 0.02 456 22 0.07 457 2 0.01 458 8 0.02 459 14 0.04 ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.14, T:0.30 Consensus pattern (449 bp): AAAAACAGACCTAAAAAAGGAGGTGTATTCCTAGATTATGCCAAAAGAAATTAAAAACATAATTA ATTTTGAAAACAAACAAATTTAGAAAGAGTCCACTAAAACTCTAATAAAAACTAGCCTAAAGCCT AGAATGTTACTCCCTGAAATAATATGAGAACTATTTCAAAATAATTTTAAATTGTGAGTTATAAA TGTAAACACCCTCAACTCGACCCTGATTTCATTGGGATCTAGATTTCGGGTAGTGTACCACAAAA AAACTTAACCGTTTAATGAAAATCCCAAGTCAACAATTATCTTTCCTCTCTTTAAAAACATTTTC CATGTGGCATTCCAATTGAATATGCCTCTAATATTATGAAGGTGAAAGAACCATTAGGCCCCTAC GAAAGAGTTGGTTATAATGTGAATCAGGATACAATCTTTTACGAAAAGAAGTTTTTGAA Done.