Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold768
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21238
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.21, T:0.31
Found at i:9231 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9173--9706 Score: 932
Period size: 47 Copynumber: 11.4 Consensus size: 47
9163 TTCAGCCAAG
9173 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9220 AAGTGTATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9268 AAGTG--TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9313 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* *
9360 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9407 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9454 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
9501 AGGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9547 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
9594 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* * * * * *
9641 AAGTGTATATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* *
9687 AAGTGCATAAATGTGATAAG
1 AAGTGTATATATGTGATAAG
9707 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 15, Indels: 10
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 41 0.09
46 87 0.19
47 298 0.64
48 41 0.09
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
Found at i:9304 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9232--9304 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
9222 GTGTATATAT
9232 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
1 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
* * ***
9254 TGTGATGAATG--TGAAAGTGTATA
1 TGTGAT-AAGGCCT-AATG-GCCGA
9277 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
1 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
9299 TGTGAT
1 TGTGAT
9305 GAATGTGAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 10, Indels: 10
0.64 0.18 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.03
22 20 0.56
23 14 0.39
24 1 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.32, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
Found at i:9582 original size:234 final size:233
Alignment explanation
Indices: 9173--9706 Score: 928
Period size: 234 Copynumber: 2.3 Consensus size: 233
9163 TTCAGCCAAG
9173 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATTGTGAT
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-TGTGAT
9238 AAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
65 AAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
9303 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
130 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
*
9368 ATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGA
195 ATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGA
9407 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
*
9472 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAGGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
9536 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
129 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
9601 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
194 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGA
* * * * * * * *
9641 AAGTGTATATATGTGA-CAGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGCATAAATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
9705 AG
66 AG
9707 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 11, Indels: 5
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
233 82 0.29
234 185 0.64
235 20 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (233 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
TATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGA
Found at i:9639 original size:140 final size:141
Alignment explanation
Indices: 9173--9706 Score: 932
Period size: 140 Copynumber: 3.8 Consensus size: 141
9163 TTCAGCCAAG
9173 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATTGTGAT
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-TGTGAT
9238 AAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
65 AAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
9301 TGATGAATGTGA
130 TGATGAATGTGA
*
9313 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
*
9378 AGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
9443 GATGAATGTGA
131 GATGAATGTGA
*
9454 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAGGTGTATATATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
9519 AGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
9583 GATGAATGTGA
131 GATGAATGTGA
*
9594 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA-C
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
* * * * * * *
9658 AGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGCATAAATGTGATAAG
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
9707 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 13, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 47 0.12
140 219 0.58
141 112 0.30
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (141 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
GATGAATGTGA
Found at i:9881 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9825--9903 Score: 115
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
9815 CCGAGCTCTA
* *
9825 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GAATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAG-ATTATGTCCGGGT
*
9862 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
9899 AAGAC
1 AAGAC
9904 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 37 0.97
38 1 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:11815 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 11767--11869 Score: 206
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
11757 TTGGTTTTCA
11767 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
11810 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
11853 GCACTAAGTGTGCGGGC
1 GCACTAAGTGTGCGGGC
11870 TTGAAATGCA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 60 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.36, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
Found at i:11886 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 11851--11924 Score: 105
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
11841 GTTGTGAGAT
* *
11851 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
*
11880 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
11909 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
11925 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.12
29 36 0.88
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:12356 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 12313--12502 Score: 237
Period size: 39 Copynumber: 4.9 Consensus size: 39
12303 GAGTTACTAA
12313 ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
12352 ATCCGGGCTAAGTCCCG-AGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* *
12391 ATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATAT
1 ATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * * *
12431 ATCCGTGCTAA--CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTTATG-
1 ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * *
12467 -TCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 ATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
12503 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 11, Indels: 13
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.06
37 22 0.16
38 20 0.15
39 50 0.37
40 34 0.25
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
Found at i:12376 original size:79 final size:75
Alignment explanation
Indices: 12234--12502 Score: 226
Period size: 79 Copynumber: 3.5 Consensus size: 75
12224 TTGAATGATG
** * *
12234 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCCGA-AGGCA
1 TCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCT-AGTGA-TATATCCGGGCTAAG-TCCGAGA-GCA
*
12296 TTGGTGCGAGTTACTAAA
61 TTCGTGCGAGTTA-T--A
* *
12314 TCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAGAGCATTCA
1 TCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGT-CCGAGAGCATTCG
* *
12379 TGCTAGTGATGTA
65 TGCGAGT--TATA
* *
12392 TCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAA--CCGAAGAGCATTC
1 TCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCG-AGAGCATTC
*
12455 GTGCTG-GTTATG
64 GTGC-GAGTTATA
* * *
12467 TCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 TCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
12503 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 20, Indels: 25
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
74 1 0.01
75 32 0.20
76 3 0.02
77 14 0.09
78 13 0.08
79 68 0.43
80 21 0.13
81 7 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (75 bp):
TCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCGAGAGCATTCGT
GCGAGTTATA
Found at i:12424 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12234--12489 Score: 255
Period size: 40 Copynumber: 6.6 Consensus size: 40
12224 TTGAATGATG
* *
12234 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GC-TTTGTGCTAAGTGACCATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT-AGTGA-TATA
* * * * *
12274 TCCGGACTAAGAT-CCGAAG-GCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA-TATA
* *
12314 TCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
* *
12353 TCCGGGCTAAGTCCCG-AGAGCATTCATGCTAGTGATGTA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
*
12392 TCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
* * *
12432 TCCGTGCTAA---CCGAAGAGCATTCGTGCT-G-GTTATG
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
*
12467 TCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
12490 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 21, Indels: 18
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 12 0.06
36 1 0.01
37 18 0.10
38 10 0.05
39 59 0.32
40 80 0.43
41 7 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATA
Found at i:15301 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 15159--15738 Score: 1015
Period size: 47 Copynumber: 12.4 Consensus size: 47
15149 TTCAGCCAAG
15159 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15206 AAGTGTATAT-TGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
15251 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
15298 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
15345 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15391 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15438 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
15485 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15531 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15578 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15625 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* * * * * * *
15672 AAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* *
15719 AAGTGCATAAATGTGATAAG
1 AAGTGTATATATGTGATAAG
15739 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 14, Indels: 8
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
45 29 0.06
46 122 0.24
47 364 0.71
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
Found at i:15412 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 15159--15738 Score: 1036
Period size: 140 Copynumber: 4.1 Consensus size: 140
15149 TTCAGCCAAG
15159 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT-TGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
*
15223 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
15288 ATGAATGTGA
131 ATGAATGTGA
*
15298 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
15363 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
15428 ATGAATGTGA
131 ATGAATGTGA
15438 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
15503 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
15568 ATGAATGTGA
131 ATGAATGTGA
*
15578 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
* * * * * *
15643 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGT
66 AGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
*
15708 GATGGATGTGA
130 GATGAATGTGA
* *
15719 AAGTGCATAAATGTGATAAG
1 AAGTGTATATATGTGATAAG
15739 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 13, Indels: 2
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
139 56 0.13
140 293 0.69
141 77 0.18
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATA
AGGCCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
ATGAATGTGA
Found at i:15473 original size:187 final size:188
Alignment explanation
Indices: 15159--15738 Score: 1024
Period size: 187 Copynumber: 3.1 Consensus size: 188
15149 TTCAGCCAAG
15159 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT-TGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
*
15223 AGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
15287 GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
131 GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
*
15345 AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
15409 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
15474 GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGA
131 GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
15531 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
1 AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
15596 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
66 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
* * * * * * * *
15661 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGA
131 GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
* *
15719 AAGTGCATAAATGTGATAAG
1 AAGTGTATATATGTGATAAG
15739 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 13, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
185 29 0.08
186 87 0.23
187 227 0.60
188 34 0.09
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (188 bp):
AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
GATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
Found at i:15913 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 15857--15935 Score: 115
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
15847 CCGAGCTCTA
* *
15857 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GAATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAG-ATTATGTCCGGGT
*
15894 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
15931 AAGAC
1 AAGAC
15936 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 37 0.97
38 1 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:19290 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19221--19281 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
19211 AAAGGGCTAT
*
19221 GCCCCAGTTTA-CGAAAAGGGACTTTTG
1 GCCCAAGTTTATC-AAAA-GGACTTTTG
19248 GCCCAAGTTTATCAAAAGGACTTTT-
1 GCCCAAGTTTATCAAAAGGACTTTTG
*
19273 GCCCTAGTT
1 GCCCAAGTT
19282 ATTTAAAAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.26
26 8 0.26
27 14 0.45
28 1 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (26 bp):
GCCCAAGTTTATCAAAAGGACTTTTG
Done.