genome.fa.s142.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1896
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235474

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9768--9814	19	2.5	19	80	13	53	74	6	4	14	1.17
10256--10293	14	2.7	14	84	8	51	68	0	0	31	0.90
10258--10291	11	3.4	10	88	11	52	70	0	0	29	0.87
16792--16829	19	2.0	19	100	0	76	26	21	10	42	1.85
18477--18559	38	2.1	40	88	6	125	28	0	16	54	1.43
18496--18556	19	3.0	22	62	26	53	27	0	16	55	1.41
25847--26164	47	6.7	46	74	11	216	28	18	29	22	1.98
25849--26072	94	2.3	95	84	6	283	27	19	31	22	1.98
25847--26071	47	4.7	49	78	9	234	27	19	31	22	1.98
27318--27363	21	2.2	21	92	0	74	8	26	30	34	1.86
28143--28242	45	2.2	45	94	0	173	38	14	24	24	1.92
35585--35801	48	4.5	48	72	2	175	23	26	18	30	1.98
37389--37448	30	2.0	30	100	0	120	16	23	13	46	1.82
43151--43470	48	6.7	48	73	7	240	23	28	19	29	1.98
43151--43470	96	3.3	96	80	1	302	23	28	19	29	1.98
43151--43472	144	2.2	144	82	3	389	23	27	19	29	1.98
45696--45728	14	2.3	15	90	10	52	33	0	3	63	1.10
49935--50552	155	4.0	155	97	0	1173	34	19	13	32	1.90
52476--52531	25	2.4	22	77	14	58	30	3	5	60	1.36
58359--58485	60	2.1	60	83	2	157	50	4	11	33	1.59
59452--59487	16	2.3	16	90	4	56	58	0	22	19	1.40
60855--60896	22	1.9	22	85	0	57	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61083--61118	17	2.1	17	89	0	54	38	5	0	55	1.23
61055--61108	22	2.5	22	82	5	67	42	1	3	51	1.30
61627--61678	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
61648--61699	21	2.5	20	81	12	59	63	5	0	30	1.18
61968--62007	18	2.2	18	90	4	62	62	7	10	20	1.50
62300--62405	40	2.7	38	77	14	115	28	18	24	28	1.98
62315--62680	154	2.4	153	83	1	453	29	19	23	26	1.98
62611--62724	40	2.8	42	78	7	128	31	21	23	22	1.98
62991--63047	15	3.7	15	74	4	51	42	29	0	28	1.56
63415--63461	23	2.1	21	84	7	58	21	0	29	48	1.50
63415--63461	7	6.4	7	83	9	58	21	0	29	48	1.50
63436--63609	80	2.2	79	79	12	196	24	1	27	47	1.62
63675--63842	73	2.3	72	79	8	194	25	1	35	38	1.66
63983--64035	16	3.1	16	78	10	61	41	7	5	45	1.56
64148--64183	17	2.2	17	95	5	65	22	0	5	72	1.05
66164--66193	15	1.9	16	93	6	53	20	10	26	43	1.83
67883--67912	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
68369--68397	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
68621--69302	358	1.9	358	98	0	1321	35	14	10	39	1.81
71189--71217	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
72024--72209	43	4.3	43	93	0	302	19	26	21	32	1.97
73088--73124	19	1.9	19	88	0	56	21	5	35	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73360--73785	88	4.8	87	84	5	509	22	23	21	32	1.98
73547--73773	44	5.2	44	63	17	121	24	22	18	33	1.97
77821--77866	19	2.4	19	85	7	58	43	15	21	19	1.87
79901--79945	15	3.3	14	82	14	58	66	0	4	28	1.11
79891--79950	15	3.5	18	73	17	56	66	1	5	26	1.21
80130--80221	30	3.3	29	73	17	86	59	7	3	29	1.41
80127--80178	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
80471--80510	18	2.2	18	90	4	62	62	7	10	20	1.50
85637--85707	24	2.8	25	78	10	72	49	35	1	14	1.52
86708--86992	3	95.7	3	69	9	145	27	7	2	63	1.32
86909--86994	23	3.8	21	82	13	91	22	0	2	75	0.91
86915--86995	28	2.9	27	85	7	90	22	0	2	75	0.92
87011--87052	21	1.9	22	85	9	59	19	14	4	61	1.49
89904--90007	53	2.0	53	90	0	163	21	16	9	52	1.71
90797--91216	44	9.4	44	67	14	198	32	17	20	29	1.95
90659--90967	96	3.3	95	69	12	255	32	16	20	31	1.94
90570--91091	181	2.9	179	84	3	650	32	17	20	29	1.96
92768--93073	3	102.3	3	71	9	187	27	8	1	62	1.34
92845--93073	53	4.5	53	77	8	174	26	7	1	63	1.31
93086--93148	5	11.6	5	77	12	54	17	0	4	77	0.93
93104--93147	16	2.7	17	93	6	74	13	0	4	81	0.83
93081--93147	22	3.0	22	88	4	89	16	1	4	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105931--105956	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
106490--106548	31	1.9	31	96	0	109	28	15	5	50	1.65
106711--106737	14	1.9	14	100	0	54	40	7	22	29	1.81
106899--106925	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
109774--109844	25	2.8	25	93	0	115	23	22	26	26	2.00
112609--112669	25	2.4	25	78	10	63	32	19	27	19	1.96
112651--112792	24	5.7	25	70	10	96	35	19	24	19	1.95
113662--113729	32	2.2	31	81	7	75	29	5	2	61	1.34
118147--118186	19	2.0	20	90	4	64	35	0	5	60	1.19
121252--121294	22	2.0	22	85	0	59	55	16	4	23	1.59
126505--126567	32	2.0	32	83	0	81	44	17	6	31	1.74
126929--126965	19	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
129459--129504	14	3.3	14	79	11	58	39	0	6	54	1.26
131765--131797	17	2.0	16	94	5	57	66	0	3	30	1.06
131912--132021	4	25.8	4	72	20	73	69	4	23	2	1.20
133257--133321	18	3.6	17	72	4	58	38	13	15	32	1.87
135657--135703	18	2.9	16	77	20	53	46	2	0	51	1.13
136221--136245	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
137090--137174	10	8.9	9	73	15	64	61	1	2	35	1.17
137099--137176	19	4.2	18	75	14	77	60	1	2	35	1.19
137186--137238	21	2.5	20	82	8	61	56	1	5	35	1.34
140593--140645	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141057--141099	20	2.2	20	87	8	61	53	0	41	4	1.21
142865--142897	17	1.9	17	93	0	57	48	6	9	36	1.60
145098--145235	62	2.2	63	79	10	140	31	23	19	26	1.98
145797--145836	12	3.5	11	86	10	53	77	0	5	17	0.94
145803--145841	6	6.5	6	82	11	53	82	0	2	15	0.79
145803--145841	18	2.1	19	90	4	62	82	0	2	15	0.79
145797--145840	11	3.8	11	85	11	52	79	0	4	15	0.89
152959--152989	16	1.9	16	93	0	53	80	3	12	3	0.95
152959--153019	6	10.0	6	74	13	54	77	3	14	4	1.07
161618--161675	29	2.0	29	82	0	71	36	31	10	22	1.88
166525--166556	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
166526--166556	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
171453--171559	17	6.3	17	77	4	99	33	11	14	40	1.82
179705--179737	17	2.0	17	94	5	59	33	30	18	18	1.94
183034--183074	20	1.9	23	85	14	61	65	29	0	4	1.13
186538--186602	30	2.2	30	97	0	121	58	12	3	26	1.49
193266--193304	20	2.0	21	90	10	64	51	7	5	35	1.53
194248--194491	40	6.1	40	84	0	272	34	15	27	22	1.94
194517--194550	15	2.4	14	86	13	52	73	5	5	14	1.21
201282--201459	72	2.5	72	81	1	205	30	27	17	24	1.97
207458--207531	22	3.2	22	75	21	71	35	17	24	22	1.95
207483--207544	25	2.5	25	86	0	88	38	17	22	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208573--208597	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
208650--208725	5	15.0	5	75	19	61	55	3	0	40	1.18
208648--208689	21	2.0	21	90	9	68	54	0	0	45	0.99
208650--208729	29	2.9	27	79	20	85	53	3	0	42	1.18
209338--209507	85	2.0	85	86	2	234	28	15	19	37	1.92
212416--212640	48	4.8	48	73	9	178	25	28	17	28	1.98
212416--212647	96	2.5	96	78	6	228	26	28	17	28	1.97
214486--214679	74	2.7	70	85	6	237	42	5	8	42	1.59
216801--216831	13	2.4	13	100	0	62	48	0	0	51	1.00
221002--221069	6	12.8	5	76	14	50	76	1	4	17	1.03

Tables:   1   2