Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

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TTTAGGGCGTTACAAGACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAG 389 TTTAGGGCGTTACAAGACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAG 14336 GATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 454 GATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 14389 AGGAAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGAT-GGGG 1 AGG-AAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG 14453 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATATA 65 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATA * 14517 -CTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATTAAACCCCATTTTAATTTATTTTAC---AAAAT 130 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAAT 14578 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC 195 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC * * 14643 CGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGATAACGAATTTCTTTT--A-AAA-G---- 259 CGGAATATTATTTATCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAAC-AATTT-TTTTAAAGAAATGACTA * * * 14700 G--AA----A-TGA---CT-G-GT-A-----AGCCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTA 322 GTAAACCCGATTAACTCCTAGTTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTA 14747 TTTTTA-GGCGTTACAAGCACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAAT 387 TTTTTAGGGCGTTACAAG-ACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAAT * * 14811 TAGGATTGTGATCGAGAAGCTTTTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 451 TAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA * 14867 AGGAAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGAAAGAAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGG 1 AGG-AAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAG-AATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGG * 14932 GTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGAAATATTATAT 64 GTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATAT * 14997 ACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAAGAAAA 129 ACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAA 15062 TATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGCTTTCTCTAAAAATATTTTTATTTT 194 TATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTT * * 15127 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TACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAAGAAA 128 TACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAA 16050 ATATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGCTTTCTCTAAAAATATTTTTATTT 193 ATATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTT * 16115 TCC-GAATATTATTTA-CGATTTTTAAATGAAATTAAGATAACGAATTTCTTTT--A-AAA-G-- 257 TCCGGAATATTATTTATCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAAC-AATTT-TTTTAAAGAAATGAC * * * 16172 --G--AA----A-TGA---CT-G-GT-A-----AGCCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACC 320 TAGTAAACCCGATTAACTCCTAGTTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACC 16217 TATTTTTAGGGCGTTACAAGCACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACA 385 TATTTTTAGGGCGTTACAAG-ACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACA 16282 ATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 449 ATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA * 16340 AGGAAAAGAAAAATATT-GG-GATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGT 1 AGGAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGT * 16403 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AGGAAGAA-GAAAATATTGGGC-ATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG 1 AGGAA-AAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG * 16897 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGAAATATTATATA 65 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATA * 16962 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAAGAAAAT 130 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAAT 17027 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGCTTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC 195 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC * * 17092 CGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGATAACGAATTTCTTTT--A-AAA-G---- 259 CGGAATATTATTTATCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAAC-AATTT-TTTTAAAGAAATGACTA * * * 17149 G--AA----A-TGA---CT-G-GT-A-----AGCCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTA 322 GTAAACCCGATTAACTCCTAGTTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTA 17196 TTTTTAGGGCGTTACAAGCACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAAT 387 TTTTTAGGGCGTTACAAG-ACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAAT 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--G--AA----A-TGA---CT-G-GT-A-----AGCCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACC 320 TAGTAAACCCGATTAACTCCTAGTTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACC 18179 TATTTTTAGGGCGTTACAAG-CAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAA 385 TATTTTTAGGGCGTTACAAGACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAA 18243 TTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 450 TTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 18300 AGGAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGT-GAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGT 1 AGGAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGT 18364 ATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATAC 66 ATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATAC * * * 18429 CTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCAATTAAACCCCATTTTAATTTATTTTTCAATAAAATA 131 CTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAATA * 18494 TTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCGCTAAAAATATTTTTATTTTCC 196 TTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTCC * * * * 18559 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ATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCTGGAATATTATATAC 66 ATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATAC * * * 19928 CTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCAATTAAACCCCATTTCAATTTATTTTTA-AATAAAAT 131 CTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTA-TTTTACAATAAAAT * 19992 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCTAAAAATATTTTTAATTTC 195 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC * 20057 CAGAATATTATTTATC-AGTTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAGAAATG---A 259 CGGAATATTATTTATCGA-TTTTTAAATGAAATTAAGCTAAC-AATTTTTTTAAAGAAATGACTA * * 20118 GTAAACCCGATTAAGTCCTAGCTTTCACCCGGAACCCGATAAATTTACTCAAAACTAGTAGACCT 322 GTAAACCCGATTAACTCCTAG-TTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCT * 20183 ATTTTTAGGGCGTTACAAACACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAA 386 ATTTTTAGGGCGTTAC-AAGACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAA * 20248 TTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATCTGGTGGTCTGGAA 450 TTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 20305 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20750 AGAATTGTGATCGAGGATCTTCTAT-AAATGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 452 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAA-GATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA * * 20805 AGGAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCTCGTGGAAGAATTTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG 1 AGGAAAAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAA-TTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG * 20870 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCTGGAATATTATATA 65 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATA * * 20935 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTC-TAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTTCACTAAAAT 130 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAAT 20999 ATTTATTTTAACC-AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC 195 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC * * 21063 CGGAATATTA-TTATC-ATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTATTTTTTT-AA-AAATGAGTAG- 259 CGGAATATTATTTATCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACAATTTTTTTAAAGAAATGACTAGT * 21123 -AACCCGATTAACTCCTAGCTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTATT 324 AAACCCGATTAACTCCTAGTTTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTATT 21187 TTT-GGGCGTTACAA-ACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAG 389 TTTAGGGCGTTACAAGACAACATACTTTGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAG 21250 GATTGTGATCGAGGAGCTTCTATC---GATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA 454 GATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAA * 21300 AGGAAAGAGGAAAATATT-GGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG 1 AGGAAA-AGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGG * 21364 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCT-AAAATATTTTTATTTTCTGGAATATTATATA 65 TATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATATA * * 21428 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATTAAACCCCATTTTAATTTATTTTTCAATAAAAT 130 CCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCATTTTAATTTATTTTACAATAAAAT 21493 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCTAAAAA-ATTTTTATTTTC 195 ATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTG-TTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTC * 21557 C-GAATATTATTTATCG-TTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTT----AAATCACT-G 259 CGGAATATTATTTATCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAAC-AATTTTTTTAAAGAAATGACTAG * * 21615 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Indices: 2700--2743 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 2690 CCCCATTTTA 2700 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 2719 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 2739 ATTTA 1 ATTTA 2744 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:3707 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 3684--3726 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 3674 CCCCATTTTA * 3684 ATTTATTTT-TCAAAAAAT 1 ATTTATTTTACCAAAAAAT 3702 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTT-ACCAAAAAAT 3722 ATTTA 1 ATTTA 3727 AAACCATAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 20 13 0.59 ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTACCAAAAAAT Found at i:4219 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 4195--4238 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 4185 CCCCATTTTA 4195 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 4214 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 4234 ATTTA 1 ATTTA 4239 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:5204 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 5180--5223 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 5170 CCCCATTTTA 5180 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 5199 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 5219 ATTTA 1 ATTTA 5224 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:6238 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 6204--6245 Score: 52 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 6194 ACCCCATTTA * 6204 ATTTATTTTCAA-TAAAAT 1 ATTTATTTTCAACAAAAAT 6222 ATTTATTTT-AACCAAAAAT 1 ATTTATTTTCAA-CAAAAAT 6241 ATTTA 1 ATTTA 6246 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3 0.84 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 17 2 0.10 18 9 0.43 19 10 0.48 ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTCAACAAAAAT Found at i:8219 original size:17 final size:18 Alignment explanation

Indices: 8197--8238 Score: 59 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18 8187 ACCCCATTTA 8197 ATTTATTTT-CAAAAAAT 1 ATTTATTTTACAAAAAAT 8214 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTT-A-CAAAAAAT 8234 ATTTA 1 ATTTA 8239 AAACCATAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 17 9 0.41 20 13 0.59 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (18 bp): ATTTATTTTACAAAAAAT Found at i:9193 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 9170--9212 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 9160 CCCCATTTTA * 9170 ATTTATTTT-TCAAAAAAT 1 ATTTATTTTACCAAAAAAT 9188 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTT-ACCAAAAAAT 9208 ATTTA 1 ATTTA 9213 AAACCATAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 20 13 0.59 ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTACCAAAAAAT Found at i:10675 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 10651--10694 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 10641 CCCCATTTTA 10651 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 10670 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 10690 ATTTA 1 ATTTA 10695 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:11657 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 11633--11676 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 11623 CCCCATTTTA 11633 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 11652 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 11672 ATTTA 1 ATTTA 11677 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:12634 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 12611--12653 Score: 72 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 12601 ACCCATTTTA 12611 ATTTATTTT-A-CAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 12629 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 12649 ATTTA 1 ATTTA 12654 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.39 19 1 0.04 20 13 0.57 ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:13124 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 13090--13131 Score: 52 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 13080 CCCCATTTTA * 13090 ATTTATTTTCAA-TAAAAT 1 ATTTATTTTCAACAAAAAT 13108 ATTTATTTT-AACCAAAAAT 1 ATTTATTTTCAA-CAAAAAT 13127 ATTTA 1 ATTTA 13132 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3 0.84 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 17 2 0.10 18 9 0.43 19 10 0.48 ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTCAACAAAAAT Found at i:15068 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 15044--15087 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 15034 CCCCATTTTA 15044 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 15063 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 15083 ATTTA 1 ATTTA 15088 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:16057 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 16033--16076 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 16023 CCCCATTTTA 16033 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 16052 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 16072 ATTTA 1 ATTTA 16077 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:17032 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 17008--17051 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 16998 CCCCATTTTA 17008 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 17027 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 17047 ATTTA 1 ATTTA 17052 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:18017 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 17993--18036 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 17983 CCCCATTTTA 17993 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 18012 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 18032 ATTTA 1 ATTTA 18037 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:21015 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 20980--21022 Score: 54 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 20970 CCCCATTTTA * * 20980 ATTTATTTTTCA-CTAAAAT 1 ATTTATTTTTAACCAAAAAT 20999 ATTTA-TTTTAACCAAAAAT 1 ATTTATTTTTAACCAAAAAT 21018 ATTTA 1 ATTTA 21023 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 5 0.24 19 16 0.76 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTTAACCAAAAAT Found at i:22484 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 22461--22503 Score: 72 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 22451 ACCCATTTCA 22461 ATTTATTTT-A-CAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 22479 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 22499 ATTTA 1 ATTTA 22504 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.39 19 1 0.04 20 13 0.57 ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:22996 original size:19 final size:17 Alignment explanation

Indices: 22960--23000 Score: 55 Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17 22950 CCCCATTTCA * 22960 ATTTATTTTAATAAAAT 1 ATTTATTTTAAAAAAAT 22977 ATTTATTTTAACCAAAAAT 1 ATTTATTTTAA--AAAAAT 22996 ATTTA 1 ATTTA 23001 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 17 11 0.52 19 10 0.48 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (17 bp): ATTTATTTTAAAAAAAT Found at i:24487 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 24452--24495 Score: 54 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 24442 CCCCATTTTA * 24452 ATTTATTTTTCACAAAAAT 1 ATTTATTTTTAACAAAAAT 24471 ATTTA-TTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTTAA-C-AAAAAT 24491 ATTTA 1 ATTTA 24496 AAACCATAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 18 5 0.23 19 6 0.27 20 11 0.50 ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTTAACAAAAAT Found at i:25478 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 25454--25497 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 25444 CCCCATTTTA 25454 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 25473 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 25493 ATTTA 1 ATTTA 25498 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:26986 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 26952--26986 Score: 52 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18 26942 ACCCATTTTA * * 26952 ATTTATTTTTACTAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAT 26970 ATTTATTTTAACCAAAA 1 ATTTATTTTAACCAAAA 26987 AATATTTAAA Statistics Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 15 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (18 bp): ATTTATTTTAACCAAAAT Found at i:27975 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 27952--27993 Score: 68 Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19 27942 CCCCATTTTA 27952 ATTTATTTTAA-AAAAAAT 1 ATTTATTTTAACAAAAAAT 27970 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAA-CAAAAAAT 27990 ATTT 1 ATTT 27994 TAAACCATAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 11 0.50 20 11 0.50 ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTAACAAAAAAT Found at i:27994 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 27973--28006 Score: 52 Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 27963 AAAAAATATT 27973 TATTTT-AACCAAAAAA 1 TATTTTAAACCAAAAAA * 27989 TATTTTAAACCATAAAA 1 TATTTTAAACCAAAAAA 28006 T 1 T 28007 TGCTTTCTCT Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.38 17 10 0.62 ACGTcount: A:0.53, C:0.12, G:0.00, T:0.35 Consensus pattern (17 bp): TATTTTAAACCAAAAAA Found at i:29472 original size:16 final size:19 Alignment explanation

Indices: 29453--29492 Score: 59 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 29443 CCTCATTTTA 29453 ATTTATTTT-A-C-AAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAT 29469 ATTTATTTTAACCAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAT 29488 ATTTA 1 ATTTA 29493 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 9 0.43 17 1 0.05 18 1 0.05 19 10 0.48 ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAT Found at i:30473 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 30449--30492 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 30439 CCCCATTTTA 30449 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 30468 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 30488 ATTTA 1 ATTTA 30493 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:32475 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 32451--32494 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 32441 CCCCATTTTA 32451 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 32470 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 32490 ATTTA 1 ATTTA 32495 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:33481 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 33457--33500 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 33447 CCCCATTTTA 33457 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 33476 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 33496 ATTTA 1 ATTTA 33501 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:35886 original size:17 final size:18 Alignment explanation

Indices: 35850--35893 Score: 54 Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18 35840 ATTTATTTTT * 35850 CAAAAAATATTTATTTAAC 1 CAAAAAATATTTA-TAAAC 35869 CAAAAAATATTTA-AAAC 1 CAAAAAATATTTATAAAC * 35886 CATAAAAT 1 CAAAAAAT 35894 TGCTTTCTCT Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.07 0.07 Matches are distributed among these distances: 17 10 0.43 19 13 0.57 ACGTcount: A:0.59, C:0.11, G:0.00, T:0.30 Consensus pattern (18 bp): CAAAAAATATTTATAAAC Found at i:36861 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 36838--36880 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 36828 ACCCATTTTA * 36838 ATTTATTTT-TCAAAAAAT 1 ATTTATTTTACCAAAAAAT 36856 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTT-ACCAAAAAAT 36876 ATTTA 1 ATTTA 36881 AACCATAAAT Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.41 20 13 0.59 ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTACCAAAAAAT Found at i:39335 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 39312--39352 Score: 64 Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18 39302 ACCCATTTTA ** 39312 ATTTATTTTTCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAAAAAAAAT 39330 ATTTATTTTAAAAAAAAT 1 ATTTATTTTAAAAAAAAT 39348 ATTTA 1 ATTTA 39353 AACCATAAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 21 1.00 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (18 bp): ATTTATTTTAAAAAAAAT Done.