Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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2063 TCTTCTTTAG
*
2073 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
2117 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
2159 CCCGCAC
1 CCCGCAC
2166 CTCCTAGCCA
Statistics
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0.90 0.06 0.04
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42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
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2143 GATGGTGTCC
* *
2153 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
2178 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
2202 CAAGGTGCCG
Statistics
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0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
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GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
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Indices: 2178--3219 Score: 743
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2168 CCTAGCCACT
* * *
2178 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
2221 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
2255 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2298 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
2341 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
2383 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2426 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
2468 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
2511 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2554 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
2597 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
2639 GAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2682 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
2724 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
2767 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
2810 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2853 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
2896 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
2938 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
2981 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
3023 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
3066 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
3108 GAGGCTCCAGAGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCACACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
3152 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
3194 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
3220 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 86
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 1 0.00
42 255 0.32
43 481 0.61
44 24 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:2248 original size:34 final size:34
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Indices: 2200--2278 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
2190 CATCCGAGCC
*
2200 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
2235 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
2269 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
2279 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:2415 original size:85 final size:84
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Indices: 2286--3206 Score: 693
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
2276 GCCTATTTTA
* * * * * * *
2286 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
2351 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
2371 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
2436 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
2456 CCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
2521 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
2542 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
2607 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * * ** *
2627 CCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
2692 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
2712 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
2777 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
2798 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
2863 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
2884 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
2947 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
2969 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
3032 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * * *
3054 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCA
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** *
3117 G-AGCATACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCA-CAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
3140 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
3203 GCAC
64 GCAC
3207 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 109, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 445 0.63
86 249 0.35
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:2721 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 2178--3078 Score: 1047
Period size: 256 Copynumber: 3.5 Consensus size: 254
2168 CCTAGCCACT
* * *
2178 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
2242 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
64 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
2300 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
* *
2364 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
2426 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
2491 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
2556 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
* * **
2621 AAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
194 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* *
2682 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
2747 CTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * * ** * **
2812 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCAC
* * * * * ** *
2876 CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CTC
193 CAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-C
* ** ** * * *
2938 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * ** * *
3002 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
63 GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
*
3067 AGGCTCCCGCAC
128 AGCCTCCCGCAC
3079 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 72, Indels: 28
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 37 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 435 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC
TATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:2771 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 2412--3148 Score: 1149
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
2402 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
2412 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
2476 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
2541 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
* *
2606 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
2671 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
2710 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
2775 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
2840 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
2905 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
2970 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
3009 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * *
3074 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCATACCAAGGGCTTAG
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-GACCAAGGGCTTAG
3136 TTTGCCGATGGTG
127 TTTGCCGATGGTG
3149 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 28, Indels: 11
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 1 0.00
298 58 0.14
299 345 0.85
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:3143 original size:256 final size:256
Alignment explanation
Indices: 2242--3219 Score: 697
Period size: 256 Copynumber: 3.8 Consensus size: 256
2232 ACGACCAAGG
* ** ** * * *
2242 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *** * * ** ** *
2307 GCATGACCAAGGGTCTAG-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG
66 GCACGACCAAGCACCGAGTG-TGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGG
* * ** * *
2369 -TGTCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGC
128 TTGCCGATGGTGAC-CGAGGCTCCTGCAC-ATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * * ** * * ** *
2431 TCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCT
190 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCG
**
2493 ATTTT
253 A-GGT
* * * * *
2498 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * * * * ** * ** *
2563 GCACGACCAAGGGCCTAG-GTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-
66 GCACGACCAAGCACCGAGTG-TGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** ** ** *
2625 TGCCGATGGTG-CTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTC
129 TGCCGATGGTGAC-CGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * ** * ** * * ** *
2689 CCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAG
192 CCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG
*
2751 TTT
255 -GT
* * ** *
2754 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** * *
2819 GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
66 GCACGACCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* *
2884 CCGATGGT-ACGCGAGG-TTCTCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
131 CCGATGGTGAC-CGAGGCTCCT-GCACATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
2946 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
193 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
3010 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * *
3075 GCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTC-CAG-AGCATACCAAGGGCTTAG
66 GCACGA-CCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTC-GCA-C-GACCAAGGGCCTAG
* * * *
3136 TTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
127 GTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
3201 CCGCACGACCAAGGGCCTA
192 CCGCACGACCAAGGGCCTA
3220 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 85, Indels: 40
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
254 2 0.00
255 27 0.04
256 519 0.84
257 69 0.11
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (256 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
CCGATGGTGACCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
Found at i:3257 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3230--3296 Score: 98
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
3220 TGCTACCGGA
*
3230 ACGGTTCACCGGAGCACCGACGGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
*
3254 ACGGTTCGCCGGAGCACCGCCGGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
*
3278 ACGAGATCGCCGGAGCACC
1 ACG-GTTCGCCGGAGCACC
3297 ACCGGGAACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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25 14 0.36
ACGTcount: A:0.19, C:0.36, G:0.37, T:0.07
Consensus pattern (24 bp):
ACGGTTCGCCGGAGCACCGACGGG
Found at i:3293 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3238--3303 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
3228 GAACGGTTCA
* *
3238 CCGGAGCACCGACGGGACGGTTCG
1 CCGGAGCACCGCCGGGACGGATCG
3262 CCGGAGCACCGCCGGGACGAGATCG
1 CCGGAGCACCGCCGGGACG-GATCG
*
3287 CCGGAGCACCACCGGGA
1 CCGGAGCACCGCCGGGA
3304 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
24 18 0.47
25 20 0.53
ACGTcount: A:0.20, C:0.36, G:0.39, T:0.05
Consensus pattern (24 bp):
CCGGAGCACCGCCGGGACGGATCG
Found at i:3566 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3511--3802 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
3501 ACTTTAGCTT
* *
3511 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
3553 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
3595 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
3637 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
3679 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
3721 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
3764 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
3803 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
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Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:11776 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 11706--11798 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
11696 TCTTCTTTAG
*
11706 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
11750 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
11792 CCCGCAC
1 CCCGCAC
11799 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
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ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:11820 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11786--11834 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
11776 GATGGTGTCC
* *
11786 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
11811 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
11835 CAAGGTGCCG
Statistics
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0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:11859 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 11811--12850 Score: 851
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
11801 CCTAGCCACT
* * *
11811 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
11854 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
11888 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
11931 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
11974 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
12016 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
12059 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
12101 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
12144 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
12187 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
12230 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
12272 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
12315 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
12357 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
12400 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
12443 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
12486 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
12529 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
12571 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
12614 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
12656 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
12699 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
12741 GAGGCT-CCGCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACG-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
12783 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
12825 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
12851 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 154, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 13 0.02
42 271 0.34
43 482 0.60
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:11881 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 11833--11911 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
11823 CATCCGAGCC
*
11833 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
11868 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
11902 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
11912 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:12048 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 11919--12837 Score: 718
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
11909 GCCTATTTTA
* * * * * * *
11919 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
11984 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
12004 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
12069 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
*
12089 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
12154 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
12175 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
12240 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* ** *
12260 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
12325 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
12345 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
12410 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
12431 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
12496 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
12517 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
12580 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
12602 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
12665 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
12687 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** ** *
12749 GCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCACAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
12771 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
12834 GCAC
64 GCAC
12838 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 101, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.00
84 74 0.10
85 450 0.63
86 183 0.26
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:12287 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 11811--12711 Score: 1076
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
11801 CCTAGCCACT
* * *
11811 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
11875 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
11933 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
11997 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
12059 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
12124 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
12189 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
12254 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
12315 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
12379 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
12444 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
12508 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
12571 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
12634 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
12699 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
12712 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 65, Indels: 32
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 439 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:12393 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 12045--12779 Score: 1192
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
12035 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
12045 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
12109 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
12174 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
12239 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
12304 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
12343 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
12408 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
12473 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
12538 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
12603 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
12642 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** *
12707 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-GTACCAAGGGCTTAGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCTTAGT
12768 TTGCCGATGGTG
128 TTGCCGATGGTG
12780 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 23, Indels: 11
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
296 1 0.00
297 31 0.08
298 54 0.13
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:12931 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 12855--12933 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
12845 GGCCTATGCT
* *
12855 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
12879 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
12903 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
12927 ACCGGGA
1 ACCGGGA
12934 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:13197 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 13142--13433 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
13132 ACTTTAGCTT
* *
13142 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
13184 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
13226 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
13268 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
13310 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
13352 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
13395 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
13434 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
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44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:21406 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 21336--21428 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
21326 TCTTCTTTAG
*
21336 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
21380 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
21422 CCCGCAC
1 CCCGCAC
21429 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:21450 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 21416--21464 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
21406 GATGGTGTCC
* *
21416 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
21441 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
21465 CAAGGTGCCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
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Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:21489 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 21441--22481 Score: 858
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
21431 CCTAGCCACT
* * *
21441 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
21484 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
21518 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
21561 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
21604 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
21646 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
21689 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
21731 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
21774 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
21817 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
21860 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
21902 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
21945 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
21987 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
22030 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
22073 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
22116 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
22159 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
22201 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
22244 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
22286 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
22329 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** * * * *
22371 GAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
22414 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
22456 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
22482 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 155, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
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42 265 0.33
43 503 0.63
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:21511 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 21463--21541 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
21453 CATCCGAGCC
*
21463 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
21498 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
21532 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
21542 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:21917 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 21441--22341 Score: 1085
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
21431 CCTAGCCACT
* * *
21441 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
21505 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* *
21563 GCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
21627 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
21689 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
21754 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
21819 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
21884 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
21945 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
22009 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
22074 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
22138 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
22201 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
22264 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
22329 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
22342 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:22023 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 21675--22410 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
21665 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
21675 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
21739 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
21804 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
21869 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
21934 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
21973 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
22038 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
22103 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
22168 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
22233 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
22272 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
22337 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
22400 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
22411 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 26, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 85 0.21
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:22474 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 21505--22481 Score: 933
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
21495 ACGACCAAGG
* * ** * * *
21505 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
***
21570 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
21591 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
21654 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * *
21676 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** **
21739 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
21761 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
21826 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
21847 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
21910 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
21932 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
21995 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
22017 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
22082 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
22103 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
22168 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
22188 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
22253 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
22273 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
22338 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
22358 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
22423 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
22443 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
22482 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 125, Indels: 25
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 533 0.71
86 213 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:22562 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22486--22564 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
22476 GGCCTATGCT
* *
22486 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
22510 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
22534 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
22558 ACCGGGA
1 ACCGGGA
22565 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:22828 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 22773--23064 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
22763 ACTTTAGCTT
* *
22773 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
22815 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
22857 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
22899 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
22941 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
22983 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
23026 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
23065 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:31037 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 30967--31059 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
30957 TCTTCTTTAG
*
30967 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
31011 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
31053 CCCGCAC
1 CCCGCAC
31060 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:31081 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 31047--31095 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
31037 GATGGTGTCC
* *
31047 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
31072 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
31096 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:31120 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 31072--32111 Score: 833
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
31062 CCTAGCCACT
* * *
31072 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
31115 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
31149 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
31192 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
31235 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
31277 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * *
31320 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CC
* **
31361 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
31404 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
31447 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
31490 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
31532 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
31575 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
31617 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
31660 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
31703 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
31746 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
31789 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
31831 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
31874 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
31916 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
31959 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** * * * *
32001 GAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
32044 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
32086 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
32112 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 156, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 32 0.04
42 233 0.29
43 498 0.62
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:31142 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 31094--31172 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
31084 CATCCGAGCC
*
31094 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
31129 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
31163 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
31173 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:31699 original size:299 final size:297
Alignment explanation
Indices: 31306--32040 Score: 1172
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
31296 GGGCCTAGTT
* * ** * *
31306 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
31369 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
31434 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
31499 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
31564 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
31603 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
31668 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
31733 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
31798 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
31863 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
31902 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
31967 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
32030 TGCCGATGGTG
128 TGCCGATGGTG
32041 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 25, Indels: 11
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 35 0.09
298 52 0.13
299 319 0.78
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:32104 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 31136--32111 Score: 908
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
31126 ACGACCAAGG
* * ** * * *
31136 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ***
31201 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
31222 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
31285 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** *
31307 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGT-CGCCGAGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTC
** **
31368 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
64 CCGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
31391 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
31456 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
31477 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
31540 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
31562 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
31625 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
31647 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
31712 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
31733 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
31798 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
31818 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
31883 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
31903 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
31968 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
31988 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
32053 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
32073 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
32112 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 123, Indels: 31
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 79 0.11
85 461 0.61
86 210 0.28
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:32192 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 32116--32194 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
32106 GGCCTATGCT
* *
32116 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
32140 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
32164 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
32188 ACCGGGA
1 ACCGGGA
32195 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:32458 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 32403--32694 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
32393 ACTTTAGCTT
* *
32403 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
32445 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
32487 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
32529 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
32571 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
32613 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
32656 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
32695 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Done.