Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2328
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Indices: 6496--6541 Score: 74
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6486 GTATGCAAAT
*
6496 TTTTTTTTTCAA
1 TTTTTTTTTCGA
6508 TTTTTTTTTCGA
1 TTTTTTTTTCGA
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1 TTTTTTTTTCGA
6532 TTTCTTTTTT
1 TTT-TTTTTT
6542 TTTTGAATCT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
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12 26 0.81
13 6 0.19
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TTTTTTTTTCGA
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Indices: 12108--12816 Score: 866
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12098 CATCCAACTT
* * ** * * * *
12108 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCG
* * * * *
12172 AGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAATG
65 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
12235 G
128 G
* * ** *
12236 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCG
* *
12300 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCC-AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGC
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG
*
12363 A
128 G
* * *
12364 CCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTACCGATGGT-CCCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGA
* * * *
12427 GGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGG
66 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
12489 CCTAGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCG
*
12554 AGGCTCCCGCACGA-CAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAA-GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * *
12617 ACTAGGTTGCCAATGGTGTCCGA-GCTCCCGGACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCG
* *
12681 AGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCACGACCAAGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
12745 CCTAGGTTTCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGGTTGCCGATGGTGTCCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCG
12810 AGGCTCC
65 AGGCTCC
12817 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 53, Indels: 29
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
124 3 0.01
125 29 0.06
126 71 0.14
127 134 0.26
128 221 0.43
129 55 0.11
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Consensus pattern (128 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGA
GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:12829 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12108--12816 Score: 872
Period size: 43 Copynumber: 16.7 Consensus size: 43
12098 CATCCAACTT
* * **
12108 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * *
12151 CCAAGG-TGCCAATGCTGCTCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-G
* * *
12194 CCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAATGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * **
12236 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
*
12279 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* **
12321 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCC-AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* *
12364 CCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
12406 CCTAGG-TACCGATGGT-CCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
12447 CCTAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
12489 CCTAGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
12532 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGG
*
12575 CCTAGGTTGCCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * * *
12617 ACTAGGTTGCCAATGGTGTCCGA-GCTCCCGGACGACCAGGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
12659 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
12702 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
12745 CCTAGGTTTCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
12788 CTTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
12817 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 65, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 41 0.07
42 216 0.37
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44 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:12858 original size:86 final size:87
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Indices: 12108--12816 Score: 850
Period size: 85 Copynumber: 8.3 Consensus size: 87
12098 CATCCAACTT
* * ** * * * *
12108 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAA-GCACCAAGG-TGCCAATGCTGCT
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
12170 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCA
65 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-G
* * * * *
12194 CCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-TGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
**
12257 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
66 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* *
12279 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CC
**
12342 C-AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
65 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * *
12364 CCAAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGGCCTAGG-TACCGATGGT-CCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
12425 GAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
66 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
12447 CCTAGG-TGCTGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACC-AGGGGCCTAGGGTGCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
12510 GAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
66 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
12532 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
12595 GAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
66 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
12617 ACTAGGTTGCCAATGGTGTCCGA-GCTCCCGGACGACC-AGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
12680 GAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
66 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
12702 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCACGACCAA-GGGCCTAGGTTTCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
12766 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
66 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
12788 CTTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
12817 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 47, Indels: 28
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
82 4 0.01
83 60 0.11
84 53 0.09
85 279 0.50
86 165 0.29
87 1 0.00
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GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
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* *
13571 GGACGATTCATTCATTGTTGGGTACCGAACATGCAATGGTATCTGAATTCTAGCTTTA
1 GGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAATGGTATCTGAATTCTACCTTTA
* *
13629 GGACGGTTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGTAATGGTATCTGAATTCTACCTTT
1 GGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAATGGTATCTGAATTCTACCTTT
13686 TGGGATTGGA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
58 53 1.00
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GGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAATGGTATCTGAATTCTACCTTTA
Found at i:13778 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 13725--13778 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
13715 TTTGTATATC
* *
13725 CCGGGATGGATCGCCGGATCATCG
1 CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
* *
13749 CTGGGATGGATCGTCGGAGCACCG
1 CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
13773 CCGGGA
1 CCGGGA
13779 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.41, T:0.15
Consensus pattern (24 bp):
CCGGGATGGATCGCCGGAGCACCG
Done.