Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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601 ATCTGAGCCA
* *
611 CAAGGTGCTAATGCG-ACTCGAGGCTCCT-CGACATCCCAGCAC
1 CAAGGTGCCAATG-GTACTCGAGGCT-CTGC-ACATCCAAGCAC
* *
653 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCTGCACATCCAAGCAC
1 CAAGGTGCCAATGGTACTCGAGGCTCTGCACATCCAAGCAC
694 CAAGGTGCC
1 CAAGGTGCC
703 GATACTACGC
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CAAGGTGCCAATGGTACTCGAGGCTCTGCACATCCAAGCAC
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784 CACCAAGAGA
* * *
794 CCGATGCTGCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAG-CACCAAGGTG
* * * * *
837 CCGATCCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACTAAGGTA
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* *
878 CAGATGCTGCTCGAGGTTCCTGCACA-TCTGAGCCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCC-GCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * *
921 CCGATGCTGCTCGAGGGTCCGTACATCTC-ACCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACAT-TCGAGCACCAAGGTG
* * *
962 CCGATGCTGC-CGAGGGTCCGCACA-TCTGAGCCACCAAGCTA
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * * *
1003 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC-TCCGAACATCAAGG-G
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * * * *
1043 TACAAGTGCTACTCG-GTCTCCCGCACA-TCTGAGCCTCCAAGGT-
1 -CCGA-TGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * * *
1086 ACGATGCAGCTCGAGGCTCCCGCGCA-TCCAGCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * * *
1127 CCGATGCTACTCGAGGCTGCCGTACATCCGAGCAACTAA-GTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGC-ACCAAGGTG
* * * * * * *
1169 CCAATGATGTTCGAGGCTTCCCGTAGA-TCCAGCACC-A-GTT
1 CCGATGCTGCTCGAGGC-T-CCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * * * *
1209 TCAATGGTGCTC-AAGCTCC-CACGCATCCGAGCCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCA--CATTCGAG-CACCAAGGTG
* * * * *
1251 CCGCTGCAGCCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTG
1 CCGATGCTG-CTCGAGGCTC-CGCACAT-TCGAGCACCAAGGTG
* * *
1294 CCGATGCTGCTCGCGGCTTCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTA
1 CCGATGCTGCTCGAGGC-TCCGCACATTCGAG-CACCAAGGTG
* * * *
1337 CCAATGCTGCTCGAGGCTCC-CCCAATCTGAGCCACTAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* *** * * *
1379 CAGATTAGGCTC-AGAGCTCTTGCACATCCCAGAGCACCAAGCTG
1 CCGATGCTGCTCGAG-GCTC-CGCACAT-TC-GAGCACCAAGGTG
* * * *
1423 CTG-TGGTGTTCGA-GCTCCCGCACA-TCCAGCACC-AGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * * * * * *
1461 TCTGATACTGCACGAGCCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGTTG
1 -CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGC-ACCAAGGTG
* * * *
1505 -CAATGGTGCTCAAGGCTCTCGCCACATCTC-AGCACC-A-GTA
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTC-CG-CACAT-TCGAGCACCAAGGTG
* * * * *
1545 TCGATG-TTCTTC-A-GCTCCCGCGC-GTCTGAGTCACTAA-GTG
1 CCGATGCTGC-TCGAGGCT-CCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * * * *
1585 CCGAT-ATGGCTCGAAGCTCCCCAACATCCGACCACCAAGGTG
1 CCGATGCT-GCTCGAGGCTCCGC-ACATTCGAGCACCAAGGTG
* * *
1627 -CGATGCTGCTCGGGGCTCCGCACATTCAAGCTATCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTCGAGC-ACCAAGGTG
** *
1668 CCGATGCTGCTCGAGGCTCC-CACACACCCAG-ACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACA-TTCGAGCACCAAGGTG
* *
1708 CCGAT--TACTGCGAGGCTCTGCACATTCTGAGC-CACAAGGTG
1 CCGATGCTGCT-CGAGGCTCCGCACATTC-GAGCAC-CAAGGTG
* * * * *
1749 CCGATGTTGCTCGAGGCTCCGTATATCCCAGCACCTAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTCGAGCACC-AAGGTG
* *
1791 CCGATGCTACCCGAGGCTCCGCACA-TCTGAGCCACCAAGG-G
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * * *
1832 TACGATGGTGCTCGCGAGGCTCCGCACATTCGAACACCAAGGTA
1 -CCGATGCTGCT--CGAGGCTCCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
** * *
1876 CAAATGCTACTCGAGTCTCCCGCACA-TCTGAGC-CACAA-GT-
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTC-GAGCAC-CAAGGTG
* * * *
1916 CCGATGCGGCTCGAGGCTCCCCACATCCCAGCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * *
1957 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCGAGCCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAG-CACCAAGGTG
* * * *
2000 CCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * *
2042 CCGGTGGTGCTCGAGGGCTCTCGCACA-TCTGAGCCGCCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGA-GGCTC-CGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* * * *
2086 CCGATGGTGCT--AGCGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAACG-G
1 CCGATGCTGCTCGAG-GCT-CCGCACATTC-GAGCACCAAGGTG
* * ** * *
2127 CCGATGCTGCTCGAGACTCTCCGCACA-TCCAATACAAAGTTG
1 CCGATGCTGCTCGAG--GCTCCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
* * * * *
2169 CCGATGGTGCTCGA-GCGTCCCTGCAGGATCCCAGTACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGC-T-CC-GCA-CATTCGAGCACCAAGGTG
* * * * * ** *
2213 CTGATGGTGCTCAATGCCTTCGCGTA-TCTGAGCCATCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGA-GGCTCCGCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* *
2256 CCGATGCAGCTCGAGGCTTCCGCACCTCTC-AGCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGC-TCCGCACAT-TCGAGCACCAAGGTG
* * * * * *
2298 CCGATGCAGCTCGAAGCTGCCGTACACTCCCAGCACCAAGGTA
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACA-TTCGAGCACCAAGGTG
* * *
2341 TCTATGC--CTCGAGGCTCCTGCACA-TCTGAGCCACCAAGGTC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCC-GCACATTC-GAG-CACCAAGGTG
* *
2382 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCGCAC-CTCTGAGCACCAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTC-GAGCACCAAGGTG
* * *
2423 CCGATGCTGCTCAAGTCTCC-CACAAATCCGAGCCAACCAA-GTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCAC--ATTCGAG-C-ACCAAGGTG
* * * * * * * *
2466 CCGATACGGCTCGTGGCTCCCCGACATCCCAGTACTAAGGTG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGC-ACATTCGAGCACCAAGGTG
2508 CCGATG
1 CCGATG
2514 GTGGTCAAGA
Statistics
Matches: 1252, Mismatches: 290, Indels: 271
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.00
37 2 0.00
38 15 0.01
39 46 0.04
40 112 0.09
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CCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATTCGAGCACCAAGGTG
Found at i:1779 original size:81 final size:81
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814 CGCACATTCA
* * * * *
824 AGCCATCAAGGTGCCGATCCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACTAAGGTACAGATGCTGCT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TACT
*
889 CGAGGTTCCTGCACATCTG
64 CGAGGCTCC-GCACATCTG
* * * * *
908 AGCCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGGTCCGTACATCTCACCACCAAGGTGCCGATGCTGC-
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TACT
*
972 CGAGGGTCCGCACATCTG
64 CGAGGCTCCGCACATCTG
* * * * * * * *
990 AGCCACCAAGCTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC-TCCGAACATCAAGG-GTACAAGTGCT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTG-CCGA-TG-T
*
1053 ACTCG-GTCTCCCGCACATCTG
61 ACTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * *
1074 AGCCTCCAAGGT-ACGATGCAGCTCGAGGCTCCCGCGCAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCTAC
1 AGCC-ACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TAC
* *
1137 TCGAGGCTGCCGTACATCCG
63 TCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * * * ** * *
1157 AGCAACTAA-GTGCCAATGATGTTCGAGGCTTCCCGTAGAT-CCAGCACC-A-GTTTCAATGGTG
1 AGCCAC-AAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-T-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTA
* *
1218 CTC-AAGCTCC-CACGCATCCG
62 CTCGAGGCTCCGCA--CATCTG
* * *
1238 AGCCACCAAGGTGCCGCTGCAGCCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTGCCGATGCT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTC-CGCACATCCC-AGCACCAAGGTGCCGATG-T
* * *
1302 GCTCGCGGCTTCCGCACATCCG
61 ACTCGAGGC-TCCGCACATCTG
* * * ** * *
1324 AGCCACCAAGGTACCAATGCTGCTCGAGGCTCC-CCCAATCTGAGCCACTAAGGTGCAGAT-TAG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCAC-ATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGTA-
* *
1387 GCTC-AGAGCTCTTGCACATCCCAG
62 -CTCGAG-GCTC-CGCACAT--CTG
* * * * * * *
1411 AG-CACCAAGCTGCTG-TGGTGTTCGA-GCTCCCGCACAT-CCAGCACC-AGGTGTCTGATACTG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTG-CCGAT-GTA
* * * *
1471 CACGAGCCTCCCCCACATCCG
62 CTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * * * ** *
1492 AGCAACCAAGTTG-CAATGGTGCTCAAGGCTCTCGCCACATCTCAGCACC-A-GTATCGATGTTC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTC-CG-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTAC
* *
1554 TTC-A-GCTCCCGCGCGTCTG
63 -TCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * * * *
1573 AGTCACTAA-GTGCCGAT-ATGGCTCGAAGCTCCCCAACATCCGACCACCAAGGTG-CGATGCTG
1 AGCCAC-AAGGTGCCGATGCT-GCTCGAGGCTCCGC-ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TA
* *
1635 CTCGGGGCTCCGCACAT-TCA
62 CTCGAGGCTCCGCACATCT-G
* *
1655 AGCTATCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-CACACACCCAG-ACCAAGGTGCCGAT-TACT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACA-TCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTACT
*
1717 GCGAGGCTCTGCACATTCTG
64 -CGAGGCTCCGCACA-TCTG
* * * *
1737 AGCCACAAGGTGCCGATGTTGCTCGAGGCTCCGTATATCCCAGCACCTAAGGTGCCGATGCTACC
1 AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACC-AAGGTGCCGATG-TACT
1802 CGAGGCTCCGCACATCTG
64 CGAGGCTCCGCACATCTG
* * * * * * **
1820 AGCCACCAAGG-GTACGATGGTGCTCGCGAGGCTCCGCACATTCGAACACCAAGGTACAAATGCT
1 AGCCA-CAAGGTG-CCGATGCTGCT--CGAGGCTCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-T
*
1884 ACTCGAGTCTCCCGCACATCTG
61 ACTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * *
1906 AGCCACAA-GT-CCGATGCGGCTCGAGGCTCCCCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTACTC
* *
1969 GAGGCTCCCGCACGTCCG
65 GAGGCT-CCGCACATCTG
* * * *
1987 AGCCACCAAGGTGCCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGGTGGTGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTAC
2052 TCGAGGGCTCTCGCACATCTG
63 TCGA-GGCTC-CGCACATCTG
* * * *
2073 AGCCGCCAAGGTGCCGATGGTGCT--AGCGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAACG-GCCGATGCT
1 AGCC-ACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAG-GCT-CCGCACATCC-CAGCACCAAGGTGCCGATG-T
* * **
2135 GCTCGAGACTCTCCGCACATCCA
61 ACTCGAG--GCTCCGCACATCTG
** * * * * *
2158 ATACA-AAGTTGCCGATGGTGCTCGA-GCGTCCCTGCAGGATCCCAGTACCAAGGTGCTGATGGT
1 AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-T-CC-GCA-CATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GT
* * * * **
2221 GCTCAATGCCTTCGCGTATCTG
61 ACTCGA-GGCTCCGCACATCTG
* * * *
2243 AGCCATCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTTCCGCACCTCTCAGCACCAAGGTGCCGATGCAGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-TCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTA-C
* * **
2308 TCGAAGCTGCCGTACACTCCC
63 TCGAGGCT-CCGCACA-TCTG
** * ** * *
2329 AG-CACCAAGGTATCTATGC--CTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTCCCGATGGTG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-GCACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGAT-GTA
*
2391 CTCGAGGCTCCGCACCTCTG
62 CTCGAGGCTCCGCACATCTG
* * *
2411 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCC-CACAAATCCGAGCCAACCAA-GTGCCGATAC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCAC--ATCCCAG-C-ACCAAGGTGCCGAT--
* * * **
2473 G-GCTCGTGGCTCCCCGACATCCC
59 GTACTCGAGGCTCCGC-ACATCTG
* * * * * *
2496 AG-TACTAAGGTGCCGATGGTGGTCAAGAGC-CAC-CA-AGGTACCGATGCAACTCAAGCT-CC-
1 AGCCAC-AAGGTGCCGATGCTGCTCGAG-GCTC-CGCACA--T-CCCA-GC-AC-CAAGGTGCCG
* * * * * *
2555 -CGCACATCCAAGC-AC-CA-A--AG
57 ATGTAC-TCGAGGCTCCGCACATCTG
* * * * * * * * * * * *
2575 TGCC-GATGCTGCTTGAGGCTG--C-AGCACATCCG-AGAAACCAATTG-ACGATGGTG-C----
1 AGCCACAAGGTGC-CGATGCTGCTCGAG-GC-TCCGCA-CATCCCA--GCACCAAGGTGCCGATG
* * **
2629 ---TCGAGGCTCTCGTAGATCCC
60 TACTCGAGGCTC-CGCACATCTG
* ** * *
2649 AG-CACCAAGTTTATTCG-TG-TGCTCGAGGCTCC-CACGCATCCGAGCCACCAA-GTACCGAAT
1 AGCCA-CAAG-GT-GCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCA--CATCCCAG-CACCAAGGTGCCG-AT
* *
2709 GCAGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC
59 GTA-CTCGAGGCTC-CGCACATCTG
* * * *
2734 TG-CACCAAGGTGTCGATGCGGCTCGAGGCTCTCCCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGTATGGT-
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTC-CGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCG-AT-GTA
* * * **
2797 GTCGAGGCTCTCGTACGTCCA
62 CTCGAGGCTC-CGCACATCTG
* * * * * *
2818 AG-CACCAAGGTGCCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAATGTGCCGGTGGTGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTAC
2882 TCGAGGC-CTCGC-CATCTG
63 TCGAGGCTC-CGCACATCTG
* * * *
2900 AGCCGCCAAGGTGCCGATG--GCT--AGGGTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTAC
1 AGCC-ACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TAC
* **
2961 TCGAGACTCTCGCACATCCA
63 TCGAGGCTC-CGCACATCTG
** * * * * * * *
2981 AGTAACAAAGTTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGCAGATTCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGC
1 AGCCAC-AAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-GCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTAC
* * **
3046 TCGATGCTTCTGCGTATCTG
63 TCGAGGC-TCCGCACATCTG
* * * * * *
3066 AGCCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTTTCGCACCTCTCAGCACCAA-GTACCG-TGTAGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-TCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTA-C
*
3129 TCGAGGCTGCCGTACATC-G
63 TCGAGGCT-CCGCACATCTG
* ** * * *
3148 TA--C-CAAGGTGTCGATGCTGCTCG-GGCTCCCGCACATCTAAGCCACCAATGTCCCGATAGTG
1 -AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGAT-GTA
3209 CTCGAGGCTGCCGCAC-TCTG
62 CTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * **
3229 AG-CACCAA-GTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCA-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCGG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATG-TA
* **
3291 CTCGAGGCTCCCCCACATCCC
62 CTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * *** *
3312 AG-CACCAAGGTACCGATG-GGCTCGA-G---AG-ACA-CCAAGGTTTC--GATG-CG--G--CT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCA-GCACCAAGGTGCCGATGTACT
* * * **
3362 CAAAGCTCCCGTACATCCA
64 CGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * *
3381 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTCCCGCACATCCGAGCAACCAAGTTGCCGATGGTG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGC-ACCAAGGTGCCGAT-GTA
* **
3445 CTCGAGGCTCCCGCAGATCCC
62 CTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * ** * *
3466 AG-CACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC-CACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGCTGCA
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCA--CATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGTA
*
3529 GCTCGAGGCTCTCGCACATC-C
62 -CTCGAGGCTC-CGCACATCTG
* * * * * * * *
3550 CG-CACCAGGTGCCGATGCTACTCG-GGATGCCGCA-ATCCCAACACCAAGGTGTCGATAACTGC
1 AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT--GTAC
* *
3612 TCGAGGCTCCCGCATATCCG
63 TCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * * * * * * *
3632 ACCCATCAAGGTCCCGATGGTGCTCGAGGCTCTCGCACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTC-CGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TAC
* *
3697 TCGAGTCTTCCGCACATCCG
63 TCGAGGC-TCCGCACATCTG
* * *
3717 AGACACCAAGGTGACGATGC-GTCTCGAGGCTCC-CTTACAT-CTAGCACCAAGGTGCCGATGGT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTCCGC--ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GT
*
3779 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTG
61 ACTCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * *
3801 AGCCACCAAGGTACCAATGCGGCTCGAGGCTCC-CGACATCCCTG-ACCAAGGTGCCGATGCTGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGC-ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TAC
3864 TC-AGGCTCCCGCACATCTG
63 TCGAGGCT-CCGCACATCTG
* * * * *
3883 AACTC-CAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACAT-CAAGCACCAAGGTGTC-ATGCTA
1 AGC-CACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-T-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TA
**
3945 CTCGAGGCTCCCGCACATCCAC
62 CTCGAGGCT-CCGCACAT-CTG
* * * * *
3967 AGCAACCAAGAGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGAACCATCCCTGCCACCAA-GTGTCGATGG
1 AGCCA-CAAG-GTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-GCA-CATCCCAG-CACCAAGGTGCCGAT-G
* * ***
4031 TGCTCGACGCTCTCGTGTATCTG
60 TACTCGAGGCTC-CGCACATCTG
* * * **
4054 AGCCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCATCAA-GTACCGATGCTGG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TAC
*
4118 TTG-GTGCTCTCGCCACAT-TCG
63 TCGAG-GCTC-CG-CACATCT-G
* *** * * *
4139 AGCCACCAA-GTG-CGATTC-GCTCGAGGCTGCTATACATCCAAGGCACTATA-GTGTCGATGTT
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCA-GCACCA-AGGTGCCGATG-T
* * *
4200 GCTCGAAGATCCGCCACATCTG
61 ACTCGAGGCTCCG-CACATCTG
* * * *
4222 AGCCACTAAAGGTGCTGATGCGGC-CGAGGCTCCCCCACAT-CCAGCACCAAGGTG-CGATGGTG
1 AGCCAC--AAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTA
*
4284 CACGAGGCTCC-CACA-CGTTCG
62 CTCGAGGCTCCGCACATC--T-G
* * *
4305 AGCCACCAAGGTGCCGATGCGGCT-GAGGCTTCCGCACAATCCCAGCACCAAGGTGCCGAGGTGC
1 AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-TCCGCAC-ATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTAC
* *
4369 TCGAGGCGCCGCACATTTG
63 TCGAGGCTCCGCACATCTG
* * * * * *
4388 AGCCGCCAAGGTGCCGATAG-TGCGTAGCGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTACCGATGCT
1 AGCC-ACAAGGTGCCGAT-GCTGC-TCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-T
* * *
4452 GCTCGAGACTCCTACACATCTG
61 ACTCGAGGCTCC-GCACATCTG
* * * * * * * *
4474 AGCAACAAAGTTGCCGATACAG-TGCGTGGCTCCCGTACATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCTG
1 AGCCAC-AAGGTGCCGATGCTGCT-CGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-TA
*
4538 CTCGAGGCTCCGCACATCCG
62 CTCGAGGCTCCGCACATCTG
* *
4558 AGCCACCAAGGTGCC-AGTTCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTG
1 AGCCA-CAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGAT-GTA
*
4621 CTCAAGGCTCCCGCACATC-G
62 CTCGAGGCT-CCGCACATCTG
*
4641 CAG-CACCAAGGTGCCGGTGCTG
1 -AGCCA-CAAGGTGCCGATGCTG
4663 GCCATTGACG
Statistics
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0.70 0.15 0.15
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69 33 0.01
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ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (81 bp):
AGCCACAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGTACTCG
AGGCTCCGCACATCTG
Found at i:2104 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 794--2433 Score: 829
Period size: 84 Copynumber: 19.6 Consensus size: 84
784 CACCAAGAGA
* * * * **
794 CCGATGCTGCTCGGGGCTCCCGCACAT-TCAAGCCATCAAGGTGCCGATCCTGCTCGAGGCT-CC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCT-GAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
* *
857 GCACATCCCAGCACTAAGGTA
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * *
878 CAGATGCTGCTCGAGGTTC-CTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGGT-CC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTC-GCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
* * *
941 GTACATCTCACCACCAAGGTG
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * *
962 CCGATGCTGC-CGAGGGTC-CGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCCG
* * *
1025 CAC-TCCGAACATCAAGG-G
65 CACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * * * * **
1043 TACAAGTGCTACTCG-GTCTCCCGCACATCTGAGCCTCCAAGGT-ACGATGCAGCTCGAGGCTCC
1 -CCGA-TGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCC
*
1106 CGCGCAT-CCAGCACCAAGGTG
63 CGCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * * * * *
1127 CCGATGCTACTCGAGGCTGC-CGTACATCCGAGCAACTAA-GTGCCAATGATGTTCGAGGCTTCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGC-TCC
* * *
1190 CGTAGAT-CCAGCACC-A-GTT
63 CGCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * * * * * * ** *
1209 TCAATGGTGCTC-AAGCTCCCACGCATCCGAGCCACCAAGGTGCCGCTGCAGCCTCGAGGCTCTC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTG-CT-GAGGCTCCC
*
1273 GGACATCCCTA-CACCAAGGTG
64 GCACATCCC-AGCACCAAGGTG
* * * * *
1294 CCGATGCTGCTCGCGGCT-TCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCAATGCTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCT-CGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
* ** *
1358 CCA-ATCTGAGCCACTAAGGTG
64 GCACATCCCAG-CACCAAGGTG
* *** * * * * *
1379 CAGATTAGGCTC-AGAGCTCTTGCACATCCCAGAG-CACCAAGCTGCTG-TGGTGTTCGA-GCTC
1 CCGATGCTGCTCGAG-GCTCTCGCACAT--CTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTC
1440 CCGCACAT-CCAGCACC-AGGTG
62 CCGCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * * * * * * * * *
1461 TCTGATACTGCACGAGCCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGTTG-CAATGGTGCTCAAGGCTCTC
1 -CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
* *
1525 GCCACATCTCAGCACC-A-GTA
64 G-CACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * * * * * *
1545 TCGATG-TTCTTC-A-GCTCCCGCGCGTCTGAGTCACTAA-GTGCCGAT-ATGGCTCGAAGCTCC
1 CCGATGCTGC-TCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGT-GCT-GAGGCTCC
* *
1605 C-CAACATCCGACCACCAAGGTG
63 CGC-ACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * *
1627 -CGATGCTGCTCGGGGCTC-CGCACAT-TCAAGCTATCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCT-GAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
*
1689 ACACA-CCCAG-ACCAAGGTG
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* *
1708 CCGAT--TACTGCGAGGCTCT-GCACATTCTGAGCCA-CAAGGTGCCGATGTTGCTCGAGGCT-C
1 CCGATGCTGCT-CGAGGCTCTCGCACA-TCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCC
* *
1768 CGTATATCCCAGCACCTAAGGTG
63 CGCACATCCCAGCACC-AAGGTG
* * *
1791 CCGATGCTACCCGAGGCTC-CGCACATCTGAGCCACCAAGG-GTACGATGGTGCTCGCGAGGCT-
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTG-CCGATGGTGCT---GAGGCTC
* * * *
1853 CCGCACATTCGAACACCAAGGTA
62 CCGCACATCCCAGCACCAAGGTG
** * * *
1876 CAAATGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCA-CAA-GT-CCGATGCG-GCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATG-GTGCT-GAGGCTCCC
1937 -CACATCCCAGCACCAAGGTG
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * *
1957 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTTGAGGCTCCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATG-GTGC-TGAGGCTCCC
2021 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * *
2042 CCGGTGGTGCTCGAGGGCTCTCGCACATCTGAGCCGCCAAGGTGCCGATGGTGCT-AGCGCTCCC
1 CCGATGCTGCTCGA-GGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCTGAG-GCTCCC
* *
2106 GCACATCCAAAGCACCAACG-G
64 GCACATCC-CAGCACCAAGGTG
* * ** * *
2127 CCGATGCTGCTCGAGACTCTCCGCACATC-CA-ATACAAAGTTGCCGATGGTGCTCGA-GCGTCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCT-CGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGC-TCC
* *
2189 CTGCAGGATCCCAGTACCAAGGTG
63 C-GCA-CATCCCAGCACCAAGGTG
* * * * ** * ** *
2213 CTGATGGTGCTCAATGC-CTTCGCGTATCTGAGCCATCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTTCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTC-TCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCCC
* *
2277 GCACCTCTCAGCACCAAGGTG
64 GCACATCCCAGCACCAAGGTG
* * * ** ** * *
2298 CCGATGCAGCTCGAAGCTGC-CGTACACTCCCAG-CACCAAGGTATCTAT-G-CCTCGAGGCTCC
1 CCGATGCTGCTCGAGGCT-CTCGCACA-TCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-GAGGCTCC
* ** *
2359 TGCACATCTGAGCCACCAAGGTC
63 CGCACATCCCAG-CACCAAGGTG
* * *
2382 CCGATGGTGCTCGAGGCTC-CGCACCTCTGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCT
1 CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCT
2434 CAAGTCTCCC
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 269, Indels: 188
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 21 0.02
81 162 0.14
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ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGCTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCTGAGGCTCCCGC
ACATCCCAGCACCAAGGTG
Found at i:2209 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 1937--4095 Score: 311
Period size: 127 Copynumber: 17.4 Consensus size: 127
1927 CGAGGCTCCC
* * *
1937 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCGAGCCACCAAGGTGCC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGCC
* * * * * *
2002 GATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGGTGGTGCTCGAGGGCTCTCG
65 GATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCTCG
** *
2065 CACATCTGAGCCGCCAAGGTGCCGATGGTGCT-AGCGCTCCCGCACATCCAAAG-CACCAACG-G
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAG-GCTCCCGCACATCC-AAGCCACCAACGTG
* * * *
2127 CCGATGCTGCTCGAGACTCTCCGCACAT-CCAATACAAAGTTGCCGATGGTGCTCGAGCGTCCCT
63 CCGATGCGGCTCGAGACTC-CCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG-GGCCCT
2191 -G
126 CG
* * * * * ** ** * *
2192 CAGGATCCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGCTCAATGC-CTTCGCGTATCTGAGCCATCAAGGTG
1 CA-CATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTC-CCGCACATCCAAGCCACCAACGTG
* * * * * * * ** * *
2256 CCGATGCAGCTCGAGGCTTCCGCACCTCTCAGCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGA-AGCTGC-C
63 CCGATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCTC
2319 G
127 G
* ** * * * ** * *
2320 TACACTCCCAGCACCAAGGTATCTAT-G-CCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTCC
1 CACA-TCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGC
* * ** * * * * *
2383 CGATG-GTGCTCGAGGCT-CCGCACCTCTGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-AAGTCTCC-C
64 CGATGCG-GCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCTC
*
2444 A
127 G
* * * * * * * *
2445 CAAATCCGAGCCAACCAA-GTGCCGATACG-GCTCGTGGCTCCC-CGACATCCCAG-TACTAAGG
1 CACATCCCAG-C-ACCAAGGTGCCGAT-GGTGCTC-AGGCTCCCGC-ACATCCAAGCCACCAACG
* * * * *** *
2506 TGCCGAT--GG-T-G-G--T--C-AAGA-GCC-AC-C-AAGGTACCGATGCAACTC-A-AGCTCC
61 TGCCGATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CC
2555 -CG
125 TCG
* * * * * * * ** * *
2557 CACATCCAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTGCAGCACATCCGAGAAACCAA-TTGAC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-TCAGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGCC
* * * * * * * **
2621 GATG-GTGCTCGAGGCTCTCGTAGATCCCAGCACCAAGTTTATTCG-T-GTGCTCGA-GGCTCC-
65 GATGCG-GCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAG-GT-GCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCT
*
2681 CA
126 CG
* * * ** * * *
2683 CGCATCCGAGCCACCAA-GTACCGAATGCAGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-TG-CACCAAGGT
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCG-ATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATC-CAAGCCACCAACGT
* * * * *
2745 GTCGATGCGGCTCGAGGCTCTCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGTATGGTG-TCGA-GGCTC
62 GCCGATGCGGCTCGAGACTC-CCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCG-ATGGTGCTCGAGGGCCC
2807 TCG
125 TCG
* * * * *
2810 TACGTCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAA--CACCAATGTG
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATG-GTGC-TCAGGCTCCCGCACAT-CCAAGCCACCAACGTG
* * * ** * * * *
2872 CCGGTG-GTGCTCGAGGC-CTCGC-CATCTGAGCCGCCAAGGTGCCGAT-G-GCT--AGGGTCC-
63 CCGATGCG-GCTCGAGACTCCCGCACATCCCA-ACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCT
2929 CG
126 CG
* * * * * * * * *
2931 TACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGACTCTCGCACATCCAAG-TAACAAAGTTGC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACG-TGC
* * * * ** * * * *
2995 CGATG-GTGCTCGAGGCTCCTGCAGATTCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGCTCGA-TG-CTTCT
64 CGATGCG-GCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCTC-
3057 G
127 G
** ** * ** ** * *
3058 CGTATCTGAGCCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTTTCGCACCTCTC-AG-CACCAA-GTA
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATC-CAAGCCACCAACGTG
** * * * ** * *
3120 CCG-TGTAGCTCGAGGCTGCCGTACAT-CGTAC-C-AAGGTGTCGATGCTGCTC--GGGCTCC-C
63 CCGATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCTC
3178 G
127 G
** * * * * **
3179 CACATCTAAGCCACCAATGTCCCGATAGTGCTCGAGGCTGCCGCAC-TCTGAG-CACCAA-GTGC
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGC
* * * * * *
3241 CGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCA-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGA-GGCTCC-
64 CGATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCA-ACACAAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAGGGC-CCT
*
3302 CC
126 CG
* * **
3304 CACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGG-GCTC-GAG----AG-ACA-CCAAG--------GTTTC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAG-GCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGCC
* * * * *
3353 GATGCGGCTC-AAAGCTCCCGTACAT-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTTGA-GGCTCC-C
65 GATGCGGCTCGAGA-CTCCCGCACATCCCAA-CACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCTC
3414 G
127 G
* * * * * *
3415 CACATCCGAGCAACCAAGTTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAGATCCCAG-CACCAAGGTGT
1 CACATCCCAGC-ACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGC
* * * ** * * * ** *
3479 CGATG-GTGCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGCTGCAGCTCGA-GGCTCTC
64 CGATGCG-GCTCGAGACTCCCGCACATCCCA-ACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCTC
3542 G
127 G
* * * * * * *
3543 CACATCCC-GCACC-AGGTGCCGATGCTACTCGGGATGCCGCA-ATCCCAA--CACCAAGGTGTC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAGGCTCCCGCACAT-CCAAGCCACCAACGTGCC
* * * * * * * *
3603 GATAACTGCTCGAGGCTCCCGCATAT-CCGACCCATCAAGGTCCCGATGGTGCTCGA-GGCTCTC
65 GAT-GCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACA--AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCTC
3666 G
127 G
* * * * * * * * * * * * *
3667 CACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGCTCGAGTCTTCCGCACATCCGAGACACCAAGGTGAC
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGCC
* * ** * * *
3732 GATGCGTCTCGAGGCTCCCTTACAT-CTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA-GGCTCC-CG
65 GATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC-CCTCG
** * * ** *
3793 CACATCTGAGCCACCAAGGTACCAATGCG-GCTCGAGGCTCCCG-ACATCCCTG--ACCAAGGTG
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTG
* * ** * * *
3854 CCGATGCTGCTC-AGGCTCCCGCACATCTGAACTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGA-GGCTTCC-
63 CCGATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGC--CCT
3916 CG
126 CG
* * * * * *
3918 CACAT-CAAGCACCAAGGTGTC-ATGCTACTCGAGGCTCCCGCACATCCACAGCAACCAAGAGTG
1 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC-AGGCTCCCGCACATCCA-AGCCACCAA-CGTG
* * * ** * * * *
3981 CCGATG-GTGCTCGAGGCTCCTGAACCATCCCTGCCACCAA-GTGTCGATGGTGCTCGA-CGCTC
63 CCGATGCG-GCTCGAGACTCCCGCA-CATCCC-AACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCC
4043 TCG
125 TCG
*** **
4046 TGTATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCCCGCACATCC
1 CACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTC-AGGCTCCCGCACATCC
4096 CAGCATCAAG
Statistics
Matches: 1512, Mismatches: 367, Indels: 301
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
110 6 0.00
111 89 0.06
112 36 0.02
113 21 0.01
114 3 0.00
115 3 0.00
116 1 0.00
117 6 0.00
118 4 0.00
119 3 0.00
120 27 0.02
121 105 0.07
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124 153 0.10
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128 198 0.13
129 99 0.07
130 16 0.01
131 23 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (127 bp):
CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAGGCTCCCGCACATCCAAGCCACCAACGTGCCG
ATGCGGCTCGAGACTCCCGCACATCCCAACACAAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGGCCCTCG
Found at i:2758 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2694--4656 Score: 557
Period size: 42 Copynumber: 47.3 Consensus size: 42
2684 GCATCCGAGC
* * *
2694 CACCAA-GTACCGAATGCAGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCTG
1 CACCAAGGTGCCG-ATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * *
2736 CACCAAGGTGTCGATGCGGCTCGAGGCTCTCCCACATCCCAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* *
2778 CACCAAGGTGCCGTATG-GTG-TCGAGGCTCTCGTACGTC-CAAG
1 CACCAAGGTGCCG-ATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * * *
2820 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAA
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * *
2862 CACCAATGTGCCGGTG-GTGCTCGAGGC-CTCGC-CATCTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
2902 CCGCCAAGGTGCCGAT--GGCT--AGGGTCCCGTACATC-CAAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
** *
2941 CACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGACTCTCGCACATC-CAAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * * *
2983 TAACAAAGTTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTC-CTGCAGAT-TCCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTC-GCACATCT-CAG
* * * ** *
3026 TACCAAGGTGCTGATG-GTGCTCGATGCT-TCTGCGTATCTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTC-GCACATCTCAG
* * * *
3068 CCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTTTCGCACCTCTCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* ** *
3111 CACCAA-GTACCG-TGTAGCTCGAGGCTGC-CGTACA--TC-G
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCT-CTCGCACATCTCAG
* * * * *
3148 TACCAAGGTGTCGATGCTGCTCG-GGCTCCCGCACATCTAAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
3189 CCACCAATGTCCCGATAG-TGCTCGAGGCTGC-CGCAC-TCTGAG
1 -CACCAAGGTGCCGAT-GCGGCTCGAGGCT-CTCGCACATCTCAG
* * * *
3231 CACCAA-GTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCA-ATC-CGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * *
3271 CCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCCCACATCCCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
3314 CACCAAGGTACCGATG-GGCTCGAGAG-ACAC-CA-AGGTTTCGATG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAG-GCTCTCGCACA--TCTC-A-G
* * * * * * * * **
3357 CGGCTCAAAGCTCCCG-TAC--ATCCAAG--CAC-CA-AGGT--G
1 C-AC-C-AAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * * * ** * *
3393 C-CGATGCTG-C-TTGAGGCTC-CCGCACATC-CGAGCAAC-CAAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTC-TCGC-A-CATCTC-AG
** * * * * *
3433 TTGCC--GATG--G-TGC--T-CGAGGCTCCCGCAGATCCCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * * *
3468 CACCAAGGTGTCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * *
3510 CCACCAAGGTGCCGCTGCAGCTCGAGGCTCTCGCACATC-CCG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
** * * *
3552 CACC-AGGTGCCGATGCTACTCG-GGATGC-CGCA-ATCCCAA
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCT-CTCGCACATCTCAG
* * * * * *
3591 CACCAAGGTGTCGATAACTGCTCGAGGCTCCCGCATATC-CGACC
1 CACCAAGGTGCCGAT-GCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-A-G
* * *
3635 CATCAAGGTCCCGATG-GTGCTCGAGGCTCTCGCACCT-TCGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * * * *
3677 CATCAAAGTACCGATGCTGCTCGAGTCT-TCCGCACATC-CGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCT-CGCACATCTC-AG
* * * **
3719 ACACCAAGGTGACGATGCGTCTCGAGGCTCCCTTACATCT-AG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* *
3761 CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * * *
3803 CCACCAAGGTACCAATGCGGCTCGAGGCTCCCG-ACATCCCTG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
3845 -ACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-AGGCTCCCGCACATCTGAA
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
3885 CTCCAAGGTGCTGATG-GTGCTCGAGGCTTCCCGCACATC-AAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGC-TCTCGCACATCTCAG
* ** * *
3927 CACCAAGGTGTC-ATGCTACTCGAGGCTCCCGCACATCCACAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACAT-CTCAG
* * *
3969 CAACCAAGAGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTC-CTGAACCATCCCTG
1 C-ACCAAG-GTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTC-GCA-CATCTCAG
* * *** *
4014 CCACCAA-GTGTCGATG-GTGCTCGACGCTCTCGTGTATCTGAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* *
4056 CCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * *
4099 CATCAA-GTACCGATGCTGG-TTG-GTGCTCTCGCCACAT-TCGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGC-GGCTCGAG-GCTCTCG-CACATCTC-AG
* **
4141 CCACCAA-GTG-CGATTC-GCTCGAGGCTGCT-ATACATC-CAAGG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCT-CTCGCACATCTC-A-G
* * ** * * *
4182 CACTATA-GTGTCGATGTTGCTCGAAGATC-CGCCACATCTGAG
1 CACCA-AGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCG-CACATCTCAG
* * * *
4224 CCACTAAAGGTGCTGATGCGGC-CGAGGCTCCCCCACATC-CAG
1 -CAC-CAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * *
4266 CACCAAGGTG-CGATG-GTGCACGAGGCTCCCACACGT-TCGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
*
4307 CCACCAAGGTGCCGATGCGGCT-GAGGCT-TCCGCACAATCCCAG
1 -CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCT-CGCAC-ATCTCAG
* * *
4350 CACCAAGGTGCCGA-G-GTGCTCGAGGCGC-CGCACATTTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * * * *
4390 CCGCCAAGGTGCCGATAG-TGCGTAGCGGCTCCCGCACATC-CAAG
1 -CACCAAGGTGCCGAT-GCGGC-TCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * * * * *
4434 TACCAAGGTACCGATGCTGCTCGAGACTC-CTACACATCTGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTC-GCACATCTCAG
* * * * * * * *
4476 CAACAAAGTTGCCGATACAG-TGCGTGGCTCCCGTACATCCCAG
1 C-ACCAAGGTGCCGATGCGGCT-CGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* *
4519 CACTAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTC-CGCACATC-CGAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC-AG
* * *
4560 CCACCAAGGTGCC-AGTTCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG
1 -CACCAAGGTGCCGA-TGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
* * *
4602 CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCAAGGCTCCCGCACATCGCAG
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
4644 CACCAAGGTGCCG
1 CACCAAGGTGCCG
4657 GTGCTGGCCA
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 301, Indels: 350
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.00
32 5 0.00
33 2 0.00
34 4 0.00
35 6 0.00
36 10 0.01
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46 11 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCTCGCACATCTCAG
Found at i:2823 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 2561--3337 Score: 304
Period size: 84 Copynumber: 9.4 Consensus size: 83
2551 CTCCCGCACA
* * * * * * * * *
2561 TCCAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTGCAGCACATCCGAGAAACCAA-TTGACGATG
1 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCA-ACACCAAGGTGCCGATG
2625 GTGCTCGAGGCTCTCGTA-G
65 GTGCTCGAGGC-CTCGTACG
* * ** * * * * * *
2644 ATCCCAGCACCAAGTTTATTCG-TG-TGCTCGAGGCTCCCACGCATCCGAGCCACCAA-GTACCG
1 -TCCAAGCACCAAG-GT-GCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCA-ACACCAAGGTGCCG
** * *
2706 AATGCAGCTCGAGGCTCTCGCACA
62 -ATGGTGCTCGAGGC-CTCGTACG
* * *
2730 TCTC-TGCACCAAGGTGTCGATGCGGCTCGAGGCTCTCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGTA
1 TC-CAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTC-CCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCG-A
2793 TGGTG-TCGAGGCTCTCGTACG
63 TGGTGCTCGAGGC-CTCGTACG
* * *
2814 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAATGTGCCGGTGG
1 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATGG
* *
2879 TGCTCGAGGCCTCG-CCA
66 TGCTCGAGGCCTCGTACG
** * * *
2896 TCTGAGCCGCCAAGGTGCCGAT--GGCT--AGGGTCCCGTACAT-CCAAGCACCAAGGTGCCGAT
1 TCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAA-CACCAAGGTGCCGAT
* * * * *
2956 GCTACTCGAGACTCTCGCACA
64 GGTGCTCGAGGC-CTCGTACG
* * * * * * ** *
2977 TCCAAGTAACAAAGTTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTCCTGCAGATTCCAGTACCAAGGTGCTGAT
1 TCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGAT
*
3041 GGTGCTCGATGCTTCTGCGTA--
64 GGTGCTCGAGGC--CT-CGTACG
** * * ** * * * *
3062 TCTGAGCCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTTTCGCACCTCTCAGCACCAA-GTACCG-T-
1 TCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATG
*
3124 GTAGCTCGAGG-CTGCCGTACA
65 GT-GCTCGAGGCCT--CGTACG
* * * * * *
3145 T-C--GTACCAAGGTGTCGATGCTGCTCG-GGCTCCCGCACAT-CTAAGCCACCAATGTCCCGAT
1 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAA--CACCAAGGTGCCGAT
* *
3205 AGTGCTCGAGG-CTGCCGCAC-
64 GGTGCTCGAGGCCT--CGTACG
** * * * * *
3225 TCTGAGCACCAA-GTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCA-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATG
1 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCA-ACACCAAGGTGCCGATG
* ** *
3288 CG-GCTCGAGGCTCCCCCACA
65 -GTGCTCGAGGC-CTCGTACG
* *
3308 TCCCAGCACCAAGGTACCGATG-GGCTCGAG
1 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAG
3338 AGACACCAAG
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 120, Indels: 89
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
77 1 0.00
78 14 0.03
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ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.27, T:0.19
Consensus pattern (83 bp):
TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATGG
TGCTCGAGGCCTCGTACG
Found at i:3170 original size:79 final size:81
Alignment explanation
Indices: 3070--3221 Score: 186
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
3060 TATCTGAGCC
** * *
3070 ACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTTTCGCACCTCTCAG-CACCAA-GTACCG-T-GTAGCTC
1 ACCAAGGTACCGATGCAGCTCG-GGCTCCCGCACATCTAAGCCACCAATGTACCGATAGT-GCTC
3131 GAGGCTGCCGTACATCGT
64 GAGGCTGCCGTACATCGT
** * *
3149 ACCAAGGTGTCGATGCTGCTCGGGCTCCCGCACATCTAAGCCACCAATGTCCCGATAGTGCTCGA
1 ACCAAGGTACCGATGCAGCTCGGGCTCCCGCACATCTAAGCCACCAATGTACCGATAGTGCTCGA
3214 GGCTGCCG
66 GGCTGCCG
3222 CACTCTGAGC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 8, Indels: 6
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 14 0.23
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ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (81 bp):
ACCAAGGTACCGATGCAGCTCGGGCTCCCGCACATCTAAGCCACCAATGTACCGATAGTGCTCGA
GGCTGCCGTACATCGT
Found at i:3452 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3366--4656 Score: 899
Period size: 43 Copynumber: 30.7 Consensus size: 42
3356 GCGGCTCAAA
* * * *
3366 GCTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTTGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
*
3408 GCTCCCGCACATCCGAGCAACCAAGTTGCCGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * *
3451 GCTCCCGCAGATCCCAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * * **
3493 GCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGCTGCAGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * *
3536 GCTCTCGCACATCC-CGCACC-AGGTGCCGATGCTACTCG-G
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * * * **
3575 GATGCCGCA-ATCCCAACACCAAGGTGTCGATAACTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCTCGAG
* * * *
3617 GCTCCCGCATATCCGACCCATCAAGGTCCCGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGA-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * * * * *
3660 GCTCTCGCACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * *
3702 TCTTCCGCACATCCGAGACACCAAGGTGACGATGCGT-CTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAG
** *
3745 GCTCCCTTACAT-CTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * *
3786 GCTCCCGCACATCTGAGCCACCAAGGTACCAATGCG-GCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAG
** *
3829 GCTCCCG-ACATCCCTG-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-AG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * *
3868 GCTCCCGCACATCTGAACTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * *
3910 GCTTCCCGCACAT-CAAGCACCAAGGTGTC-ATGCTACTCGAG
1 GC-TCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
*
3951 GCTCCCGCACATCCACAGCAACCAAGAGTGCCGATGGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCC-GAGC-ACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAG
* * ** * *
3996 GCTCCTGAACCATCCCTGCCACCAA-GTGTCGATGGTGCTCGAC
1 GCTCCCGCA-CATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* *** *
4039 GCTCTCGTGTATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAG
* * * * * *
4082 GCTCCCGCACATCCCAGCATCAA-GTACCGATGCTGGTTG-G
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* *
4122 TGCTCTCGCCACATTCGAGCCACCAA-GTG-CGAT--TCGCTCGAG
1 -GCTCCCG-CACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAG
* *** * * * * *
4164 GCTGCTATACATCCAAGGCACTATA-GTGTCGATGTTGCTCGAA
1 GCTCCCGCACATCCGA-GCACCA-AGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * * *
4207 GAT-CCGCCACATCTGAGCCACTAAAGGTGCTGATGCG-GC-CGAG
1 GCTCCCG-CACATCCGAG-CAC-CAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAG
* *
4250 GCTCCCCCACATCC-AGCACCAAGGTG-CGATGGTGCACGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* * *
4290 GCTCCCACACGTTCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCT-GAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAG
* *
4332 GCTTCCGCACAATCCCAGCACCAAGGTGCCGA-GGTGCTCGAG
1 GCTCCCGCAC-ATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* ** * * * *
4374 GC-GCCGCACATTTGAGCCGCCAAGGTGCCGATAGTGCGTAGCG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGC-TCGAG
* * * *
4417 GCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTACCGATGCTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
* ** * * * * *
4459 ACTCCTACACATCTGAGCAACAAAGTTGCCGATACAGTG--CGTG
1 GCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGAT--GGTGCTCGAG
* * * *
4502 GCTCCCGTACATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
**
4544 GCT-CCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCC-AGTTCTGCTCGAG
1 GCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGA-TGGTGCTCGAG
*
4586 GCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAAG
1 GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
4627 GCTCCCGCACAT-CGCAGCACCAAGGTGCCG
1 GCTCCCGCACATCCG-AGCACCAAGGTGCCG
4657 GTGCTGGCCA
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 214, Indels: 138
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 5 0.01
39 26 0.03
40 99 0.10
41 172 0.18
42 277 0.29
43 312 0.32
44 43 0.04
45 26 0.03
46 6 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
GCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
Found at i:3921 original size:209 final size:209
Alignment explanation
Indices: 621--4662 Score: 1453
Period size: 209 Copynumber: 19.4 Consensus size: 209
611 CAAGGTGCTA
* *
621 ATGCGACTCGAGGCTCCTCG-ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCT-CTGCAC
1 ATGCGTCTCGAGGCTCC-CGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC
* * * * * ** * *
684 ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACTACGC-AAGCTCCCCCACATCTGAGCAACCGACGGTGGCGA
64 ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACC-AAGGTGCCGA
* * * * * *
748 TGGTGCTCGAGGCTCTCGGCTCTCGCGCATCTGAGCCACCAAGAG-ACCGATGCTGCTCGGGGC-
126 TGGTGCTCGAGG--CT---C-C-CGCACATCTGAG-CTCCAAG-GTGCTGATGGTGCTCGAGGCT
* * * *
811 TCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTGCCG
182 TCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* * * * * * *
840 AT-CCTGCTCGAGGCT-CCGCACATCCCAGCACTAAGGTACAGATGCTGCTCGAGGTTCCTGCAC
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC
** * * * *
903 ATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGGT-CCGTACATCTCACCACCAAGGTGCCGAT
64 ATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCA-GACCAAGGTGCCGAT
* * * * * *
967 GCTGC-CGAGGGT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGTGCTCGAGGC-TCCCGCAC-
127 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG-CTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACA
* * *
1028 TCCGAACATCAAGG-GTACA
191 TCCGAGCACCAAGGTG-ACG
* * * * **
1047 AGTGC-TACTCG-GTCTCCCGCACATCTGAGCCTCCAAGGT-ACGATGCAGCTCGAGGCTCCCGC
1 A-TGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGC
* * * * * * *
1109 GCATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGGCTGCCGTACATCCGAGCAACTAA-GTGCCA
62 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCG
* * * * * * * * * * * *
1172 ATGATGTTCGAGGCTTCCCGTAGATC-CAGCACC-AGTTTC-AATGGTGCTC-AAGC-TCCCACG
125 ATGGTGCTCGAGGC-TCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCA
*
1232 CATCCGAGCCACCAAGGTGCCG
189 CATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* * * * * * *
1254 CTGCAGCCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGCGGCTTCCGCA
1 ATGC-GTCTCGAGGCTCCCGCACAT-CC-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA
* * * * ** * *
1318 CATCCGAGCCACCAAGGTACCAATGCTGCTCGAGGCTCCCCCA-ATCTGAGCCACTAAGGTGCAG
63 CATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCG
* ** * * * *
1382 ATTAG-GCTC-AGAGCTCTTGCACATCCCAGAGCACCAAGCTGCTG-TGGTGTTCGA-GC-TCCC
125 A-TGGTGCTCGAG-GCTCCCGCACAT--CTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCC
*
1442 GCACATCC-AGCACC-AGGTGTCTG
186 GCACATCCGAGCACCAAGGTGAC-G
* * * * * * * *
1465 ATAC-TGCACGAGCCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGTTG-CAATGGTGCTCAAGGCTCTCGCC
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG-C
** * * * ** *
1528 ACATCTC-AGCACC-A-GTATCGATG-TTCTTC-A-GCTCCCGCGCGTCTGAGTCACTAA-GTGC
62 ACATC-CAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGC-TCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGC
* * * * * * *
1586 CGAT-ATGGCTCGAAGCTCCC-CAACATCCGACCACCAAGGTGC-GATGCTGCTCGGGGC-T-CC
123 CGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGC-ACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCC
* * * *
1646 GCACATTCAAGCTATCAAGGTGCCG
186 GCACATCCGAGC-ACCAAGGTGACG
* * * *
1671 ATGC-TGCTCGAGGCTCCCACACACCCAG-ACCAAGGTGCCGAT--TACTGCGAGGCT-CTGCAC
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCAC
** * * *
1731 ATTCTGAGC-CACAAGGTGCCGATGTTGCTCGAGGCT-CCGTATATCCCAGCACCTAAGGTGCCG
64 A-TCCAAGCAC-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACC-AAGGTGCCG
* * * * *
1794 ATGCTACCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGGGTAC-GATGGTGCTCGCGAGGC-T-CC
125 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG-CTCCAA-GGTGCTGATGGTGCT--CGAGGCTTCCC
* * *
1855 GCACATTCGAACACCAAGGT-ACAA
186 GCACATCCGAGCACCAAGGTGAC-G
* *
1879 ATGC-TACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGC-CACAA-GT-CCGATGCG-GCTCGAGGCTCCC-C
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGCAC-CAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCGC
* * * *
1938 ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCGAGCCACCAAGGTGCCG
62 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCG
* ** * * * *
2003 ATGCG-GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGGTGGTGCTCGAGGGC-TCTCGC
125 ATG-GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGA-GGCTTCCCGC
* * *
2066 ACATCTGAGCCGCCAAGGTGCCG
188 ACATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* * *
2089 ATG-GTGCT--AGCGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAACG-GCCGATGCTGCTCGAGACTCTCCG
1 ATGCGT-CTCGAG-GCTCCCGCACATCC--AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTC-CCG
* * * * *
2150 CACATCCAA-TACAAAGTTGCCGATGGTGCTCGA-GCGTCCCTGCAGGATCCCAGTACCAAGGTG
61 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-TCCC-GCA-CATCCCAG-ACCAAGGTG
* * * * ** * **
2213 CTGATGGTGCTCAATGC-CTTCGCGTATCTGAGC-CATCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTT-
122 CCGATGGTGCTCGAGGCTC-CCGCACATCTGAGCTC--CAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTC
* *
2275 CCGCACCTCTC-AGCACCAAGGTGCCG
184 CCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGACG
* * * ** * * *
2301 ATGCAG-CTCGAAGCTGCCGTACACTCCCAGCACCAAGGTATCTAT-G-CCTCGAGGCTCCTGCA
1 ATGC-GTCTCGAGGCTCCCGCACA-T-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA
** * * * **
2363 CATCTGAGCCACCAAGGTCCCGATGGTGCTCGAGGCT-CCGCACCTCTGAGCACCAAGGTGCCGA
63 CATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACCAAGGTGCCGA
* * * * * * * * * * *
2427 TGCTGCTCAAGTCTCCCACAAATCCGAGCCAACCAA-GTGCCGATACG-GCTCGTGGCTCCCCG-
126 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG-C-TCCAAGGTGCTGAT-GGTGCTCGAGGCTTCCCGC
* * * *
2489 ACATCCCAGTACTAAGGTGCCG
188 ACATCCGAGCACCAAGGTGACG
* * *** *
2511 ATG-G--T---GG-T----CA-A--GAGCCACCAAGGTACCGATGCAACTC-AAGCTCCCGCACA
1 ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACA
* * * * * * *
2561 TCCAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTGCAGCACATCCGAGAAACCAA-TTGACGATG
65 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCGATG
* * * ** * * * *
2625 GTGCTCGAGGCTCTCGTAGATCCCAGCACCAA-GT--TTATTCGTGTGCTCGAGGC-TCCCACGC
128 GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGA-T-G-GTGCTCGAGGCTTCCCGCAC
2686 ATCCGAGCCACCAA-GT-ACCG
190 ATCCGAG-CACCAAGGTGA-CG
* * *
2706 AATGCAG-CTCGAGGCTCTCGCACATCTCTGCACCAAGGTGTCGATGCG-GCTCGAGGCTCTCC-
1 -ATGC-GTCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTC-CCG
* * * * * *
2768 CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGTATGGTG-TCGAGGCTCTCGTACGTCCAAGCACCAAGGTGCC
61 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCG-ATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACCAAGGTGCC
* ** * * * * * *
2832 GATGCG-GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAATGTGCCGGTGGTGCTCGAGGC--CTCGC
124 GATG-GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGC
* * *
2894 -CATCTGAGCCGCCAAGGTGCCG
188 ACATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* * * * * *
2916 ATG-G-CT--AGGGTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGACTCTCGCACA
1 ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACA
* * * * * * * *
2977 TCCAAGTAACAAAGTTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGCAGATTCCAGTACCAAGGTGCTGATG
65 TCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACCAAGGTGCCGATG
* * * ** * * * ** * *
3042 GTGCTCGATGCTTCTGCGTATCTGAGCCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTT-TCGCACCT
128 GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG-CTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACAT
3106 CTC-AGCACCAA-GT-ACCG
192 C-CGAGCACCAAGGTGA-CG
* * * * * *
3123 -TGTAG-CTCGAGGCTGCCGTACAT-C-GTACCAAGGTGTCGATGCTGCTCG-GGCTCCCGCACA
1 ATG-CGTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACA
* * * * **
3183 TCTAAGCCACCAATGTCCCGATAG-TGCTCGAGGCTGCCGCAC-TCTGAGCACCAA-GTGCCGAT
65 TCCAAG-CACCAAGGTGCCGAT-GCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACCAAGGTGCCGAT
* * * * * * *
3245 GCTGCTCAAGTCTCCCGCA-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCTCGAGGC-TCCCCCAC
127 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAG-CTCCAAGGTGCTGATG-GTGCTCGAGGCTTCCCGCAC
*
3307 ATCCCAGCACCAAGGT-AC-
190 ATCCGAGCACCAAGGTGACG
* * * ** * * *
3325 ---CG-AT-G-GGCT--CG-AGA--GA-CACCAAGGTTTCGATGCG-GCTCAAAGCTCCCGTACA
1 ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCGCACA
* * *
3377 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTCCCGCACATCCGAGCAACCAAGTTGCCGATG
65 TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCGATG
* ** * * *
3442 GTGCTCGAGGCTCCCGCAGATCCCAGCACCAAGGTG-TCGATGGTGCTCGAGGC-TCCCACGCAT
128 GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCT-GATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACAT
* *
3505 CTGAGCCACCAAGGTGCCG
192 CCGAG-CACCAAGGTGACG
* * * * * * *
3524 CTGCAG-CTCGAGGCTCTCGCACATCCCGCACC-AGGTGCCGATGCTACTCG-GGATGCCGCA-A
1 ATGC-GTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACA
* * * ** * *
3585 TCCCAA-CACCAAGGTGTCGATAACTGCTCGAGGCTCCCGCATATCCGACCCATCAAGGTCCCGA
65 T-CCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC--CAGACCAAGGTGCCGA
* * * * * * *
3649 TGGTGCTCGAGGCTCTCGCACCT-TCGAGCAT-CAAAGTACCGATGCTGCTCGAGTCTT-CCGCA
126 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCT-GAGC-TCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCA
3711 CATCCGAGACACCAAGGTGACG
189 CATCCGAG-CACCAAGGTGACG
** *
3733 ATGCGTCTCGAGGCTCCCTTACATCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT
1 ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT
** * * * * *
3798 CTGAGCCACCAAGGTACCAATGCGGCTCGAGGCTCCCG-ACATCCCTGACCAAGGTGCCGATGCT
66 CCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGACCAAGGTGCCGATGGT
* *
3862 GCTC-AGGCTCCCGCACATCTGAACTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACAT-CA
130 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACATCCG
*
3925 AGCACCAAGGTGTC-
195 AGCACCAAGGTGACG
*
3939 ATGC-TACTCGAGGCTCCCGCACATCCACAGCAACCAAGAGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTG
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACAT-C-CAGC-ACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG
* ** * * * * *** **
4003 AACCATCCCTGCCACCAA-GTGTCGATGGTGCTCGACGCTCTCGTGTATCTGAGCCACCAAGGTG
61 CA-CATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTG
** * * * * *
4067 CCGATGCG-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCAT-CAA-GTACCGATGCTGGTTG-GTGC-TC
122 CCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGC-TCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAG-GCTTC
* *
4127 TCGCCACATTCGAGCCACCAA-GTG-CG
184 CCG-CACATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* * *** * * * * *
4153 ATTCG-CTCGAGGCTGCTATACATCCAAGGCACTATA-GTGTCGATGTTGCTCGAAGAT-CCGCC
1 ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A-GCACCA-AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCG-C
** * * * *
4215 ACATCTGAGCCACTAAAGGTGCTGATGCGGC-CGAGGCTCCCCCACAT-CCAGCACCAAGGTG-C
62 ACATCCAAG-CAC-CAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-ACCAAGGTGCC
* * * * *
4277 GATGGTGCACGAGGCTCCCACACGT-TCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG-GCT-GAGGCTT-CC
124 GATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCT-GAG-CTCCAAGGTGCTGATG-GTGCTCGAGGCTTCCC
* *
4338 GCACAATCCCAGCACCAAGGTGCCG
186 GCAC-ATCCGAGCACCAAGGTGACG
* ** * * * *
4363 A-G-GTGCTCGAGGC-GCCGCACATTTGAGCCGCCAAGGTGCCGATAGTGCGTAGCGGCTCCCGC
1 ATGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGC-TCGAGGCTCCCGC
* * * ** ** * *
4425 ACATCCAAGTACCAAGGTACCGATGCTGCTCGAGACTCCTACACATCTGAGCAACAAAGTTGCCG
62 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG--ACCAAGGTGCCG
* * * ** * * * *
4490 ATACAGTG--CGTGGCTCCCGTACATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGC-T-CCGC
125 AT--GGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGC
*
4551 ACATCCGAGCCACCAAGGTG-CC
188 ACATCCGAG-CACCAAGGTGACG
* *
4573 AGTTC-TGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAAGGCTCCCGCAC
1 A-TGCGT-CTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC
*
4637 ATCGC-AGCACCAAGGTGCCGGTGCTG
64 ATC-CAAGCACCAAGGTGCCGATGCTG
4663 GCCATTGACG
Statistics
Matches: 2891, Mismatches: 645, Indels: 583
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
192 2 0.00
193 48 0.02
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ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (209 bp):
ATGCGTCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT
CCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGACCAAGGTGCCGATGGTG
CTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCTCCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTTCCCGCACATCCGA
GCACCAAGGTGACG
Found at i:4280 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 3383--4665 Score: 783
Period size: 84 Copynumber: 15.3 Consensus size: 82
3373 TACATCCAAG
* * *
3383 CACCAAGGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTCCCGCACATCCGAGCAACCAAGTTGCCGATGGTGCTC
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
* **
3448 GAGGCTCCCGCAGATCCCAG-
63 GAGGCT-CCGCACATCTGAGC
* * * * * **
3468 CACCAAGGTGTCGATG-GTGCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGCTGCAGCT
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GC-CGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCT
**
3532 CGAGGCTCTCGCACATC-CCG-
62 CGAGGCTC-CGCACATCTGAGC
** * * * * **
3552 CACC-AGGTGCCGATGCTACTCG-GGATGCCGCA-ATCCCAACACCAAGGTGTCGATAACTGCTC
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCTC
* * *
3614 GAGGCTCCCGCATATCCGACC
63 GAGGCT-CCGCACATCTGAGC
* * * * * * * * *
3635 CATCAAGGTCCCGATG-GTGCTCGAGGCTCTCGCACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGCTC
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GC-CGAGGCTCCCGCA-CATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
* * *
3699 GAGTCTTCCGCACATCCGAGA
63 GAGGC-TCCGCACATCTGAGC
* * ** *
3720 CACCAAGGTGACGATGCGTCTCGAGGCTCCCTTACATCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA
3785 GGCTCCCGCACATCTGAGC
65 GGCT-CCGCACATCTGAGC
* * * *
3804 CACCAAGGTACCAATGCGGCTCGAGGCTCCCG-ACATCCCTG-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCG
*
3866 AGGCTCCCGCACATCTGA-A
64 AGGCT-CCGCACATCTGAGC
* * * * * *
3885 CTCCAAGGTGCTGATG-GTGCTCGAGGCTTCCCGCACATCAAGCACCAAGGTGTC-ATGCTACTC
1 CACCAAGGTGCCGATGCG-GC-CGAGGC-TCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
**
3948 GAGGCTCCCGCACATCCACAGC
63 GAGGCT-CCGCACAT-CTGAGC
* * * * *
3970 AACCAAGAGTGCCGATG-GTGCTCGAGGCTCCTGAACCATCCCTGCCACCAA-GTGTCGATGGTG
1 CACCAAG-GTGCCGATGCG-GC-CGAGGCTCCCGCA-CAT-CCAG-CACCAAGGTGCCGATGGTG
* ***
4033 CTCGACGCTCTCGTGTATCTGAGC
60 CTCGAGGCTC-CGCACATCTGAGC
* * * * *
4057 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCATCAA-GTACCGATGCTGGTTG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCG
4121 -GTGCTCTCGCCACAT-TCGAGC
64 AG-GCTC-CG-CACATCT-GAGC
* * *** * * *
4142 CACCAA-GTG-CGATTC-GCTCGAGGCTGCTATACATCCAAGGCACTATA-GTGTCGATGTTGCT
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGC-CGAGGCTCCCGCACATCC-A-GCACCA-AGGTGCCGATGGTGCT
* *
4203 CGAAGATCCGCCACATCTGAGC
62 CGAGGCTCCG-CACATCTGAGC
* * * *
4225 CACTAAAGGTGCTGATGCGGCCGAGGCTCCCCCACATCCAGCACCAAGGTG-CGATGGTGCACGA
1 CAC-CAAGGTGCCGATGCGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA
4289 GGCTCC-CACA-CGTTCGAGC
65 GGCTCCGCACATC--T-GAGC
* *
4308 CACCAAGGTGCCGATGCGGCTGAGGCTTCCGCACAATCCCAGCACCAAGGTGCCGA-GGTGCTCG
1 CACCAAGGTGCCGATGCGGCCGAGGCTCCCGCAC-AT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCG
* *
4372 AGGCGCCGCACATTTGAGC
64 AGGCTCCGCACATCTGAGC
* * ** * * * *
4391 CGCCAAGGTGCCGATAGTGCGTAGCGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTACCGATGCTGCTC
1 CACCAAGGTGCCGAT-GCG-GCCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
* *
4456 GAGACTCCTACACATCTGAGC
63 GAGGCTCC-GCACATCTGAGC
* * * * * * * *
4477 AACAAAGTTGCCGATACAGTG-CGTGGCTCCCGTACATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCTGCTC
1 CACCAAGGTGCCGATGC-G-GCCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
*
4541 GAGGCTCCGCACATCCGAGC
63 GAGGCTCCGCACATCTGAGC
* * *
4561 CACCAAGGTGCC-AGTTCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCA
1 CACCAAGGTGCCGA-TGCGGC-CGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCG
4625 AGGCTCCCGCACATC-GCAG-
64 AGGCT-CCGCACATCTG-AGC
*
4644 CACCAAGGTGCCGGTGCTGGCC
1 CACCAAGGTGCCGATGC-GGCC
4666 ATTGACGCCA
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 189, Indels: 138
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
80 15 0.02
81 48 0.05
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83 185 0.20
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88 22 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (82 bp):
CACCAAGGTGCCGATGCGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
GCTCCGCACATCTGAGC
Found at i:5537 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5418--11383 Score: 3982
Period size: 42 Copynumber: 141.3 Consensus size: 41
5408 GTGCAAAAAC
* * *
5418 GCTCGAGGCTCCAC-AACATCCTGCACCAAGGTGCTGATGCT
1 GCTCGAGGCTCC-CGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
5459 GCTCG-GGCTCTCGCACATTCAGCATCAAGGTACCGATGTT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
5499 GCTCGAGGCTCCCGCACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * **
5541 GCTCGAGG-GCCTGCAC--CCGAGCCACCAAGGTGATGATG-T
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* ** * * *
5580 ACTCGAGGCTCCCATACATCCCACCATCAAGG-GCCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
5621 -CTGCCGAGGCT-CCACACATCCGAGCACCAATGT-ACAATGCT
1 GCT--CGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
5662 GCTCGAGG-TCTCCACAGATCTGAGCACCAAGGTGCTGATGC-
1 GCTCGAGGCTC-CCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
5703 GACTCGAGGTTCCTCG-ACATCCAGCA-CAAGCGTG-CGATGGT
1 G-CTCGAGGCTCC-CGCACATCCAGCACCAAG-GTGCCGATGCT
* * * * *
5744 ACTCGAGGCTCTCGTCTCCCACGCATCGGAGCAACCAAGGTGCCGATACG
1 GCTCGAGG--CTC--C-CGCA--CATC-CAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
5794 GC-CTGAAGCTCCCACACATCTGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
** * * *
5836 TTTCGGGGCTCCCGCAGCATTCAAGCCATCAAGGTGCCGATCGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCA-CA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGAT-GCT
*
5881 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
5923 GCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCCATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
5966 GCTCGAGGGTCCCGTACATCTCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
6008 GCCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6050 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGT-ACAAGTGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGA-TGCT
* * * * * *
6092 ACTCGAGTCTCTCGCACATCTGAGCCTCCAAGGTGCCGATGCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
6135 GCTCGAGGCTCCACG--CATCCAGCACCAAGGTGTCC-ATGC-
1 GCTCGAGGCTCC-CGCACATCCAGCACCAAGGTG-CCGATGCT
* * * *
6174 ACTCGA-GCTGCCGCATATCCCAGCACCAAGGTGCCAATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6215 GCTCGAGGCTCCCGTACATCCGAGCCACCAAGGTCCCGATGTT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
6258 GCTCGAGGGTCCCGTACCTCCGAGCACTAAGGTGCTGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
6300 GCTCGAGTCTCCCGCACAGCCCAGCACCAAGGTGCCAATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6342 TCTCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6385 GCTCGAAGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6427 GCGCGAGGCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * ** *
6470 GCTCAAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGTTATCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * ** * ** ** *
6512 GCTCGCGACTCCCGCGTATCCGATCTACCAAGGTGCAAAAACG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6555 GCTCGAGGCTCCCACACATTCCTGTACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
6597 GCTCGGGGCTCTCGCACATTCAAGCCATCAAGGTACCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
6640 GCTCGAGGCTCCCGCACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6682 GCTCGAGGGTCCTGCACATCCGAGCCACCAAGGTGACGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * * *
6725 GCTCGAGGCTCCCATACATCCCACCATCAAGGTGCCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * **
6767 GGC-CGAGGCT-CCACACATCCGAGCACCAAGGTACAAATGCT
1 -GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
6808 GCTCGAGTCTCCCACACATCTGAGCCACCAAGGTGCTGATGC-
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
6850 GACTCGAGGCTCCTCG-ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATTG-T
1 G-CTCGAGGCTCC-CGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGA-TGCT
* *
6893 GCTCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
6935 ACGCAAGGCTCCCCCATATCCGAGCAACCGAGGTGGCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
6978 GCTCGAGGCTCTCGGCTCCGCGCATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATACG
1 GCTCGAGG--CT---C-CCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7027 GC-CTGAAGCTTCCACACATCTGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
7069 GCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTGCCGAT-CTT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGATGC-T
*
7112 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
7154 GC-CTGAGGCT-CCTCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGAT
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
7196 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGT-ACAAGTGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGA-TGCT
* * * * *
7238 ACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCTCCAAGGTGCCGATGCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
*
7281 GCTCGAGGCTCCCGCGCATCCAAGCACCAAGGTGTCC-ATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTG-CCGATGCT
* * * *
7323 ACTCGAGGCTGCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGGCAATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
7365 GCTCGAGGCTCCCGTACATCCGAGCCACCAAGGTCCCGATGTT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7408 GCTCGAGGGTCCCGCGCCTCCGAGCACTAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7450 GCTCGAGTCTCCCGCACAACCCAGCACCAAGGTGCCAATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
7492 GCCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * ** *
7535 GCTCAAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGTTATCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * ** ** *
7577 GCTCGCGACTCCCGCGCATCCGATCCACCAAGGTACAAAAACG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A-GCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * **
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
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* * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * **
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7873 GCTCGAGTCTCCCACACATCTGAGCCACCAAGGTGCTGATGC-
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
*
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1 G-CTCGAGGCTCC-CGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
7958 GCTCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
8000 ACGCAAGGCTCCCCCACATCTGAGCAACCGAGGTGGCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* *
8043 GCTCGAGGCTCTCGGCTCTCGCGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGG--CT---C-C-CGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
8093 GCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTGCCGATCCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
*
8136 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
8178 GCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
8221 GCTCGAGGGTCCCGTACATCTCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8263 GCCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
8305 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAACATCAAGGT-ACAAGTGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGA-TGCT
* * * * * *
8347 ACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCTCCAAGGTACCGATGCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
*
8390 GCTCGAGGCTCCCGCGCATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
8432 ACTCGAGGCTGCCGTACATCCGAGCAACTAAGTTGCCAATGAT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * ** * *
8475 GTTCGAGGCTCCCGTAGATCCCAGCACCAAGGTTTCAATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
8517 GCTCGAGGCTCCCACGCATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
8560 GCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTGCCGATGCT
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* *
8602 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCAATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * ***
8645 GCTCAAGGCTCCCACACATCTGAGCCACTAAGGTGCAGATTAG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * * *
8688 GCTCGAGGCTCTTGCACATCCCAGCACCAAGCTGCTGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
8730 GTTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATACT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8772 GCACGAGCCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGGTTG-CAATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGG-TGCCGATGCT
* * * ** *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8857 GCTCTCA-GCTCCCGCGCGTCCGAGTCACTAAGGTGCCGAT-AT
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
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* * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* *
8985 GCTCGAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATACT
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* * *
9027 GCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGTT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
9070 GCTCGAGGCTCCCGTATATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
9112 ACCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGGTACCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * **
9154 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGTACAAATGCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
9196 ACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
*
9239 GCTCGAGGCTCCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
9280 GCTCGAGGCTCCCGTACGTCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
9323 GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
9365 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCCGCCAAGGTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* *
9408 GCTAGCGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCT
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* * * *
9450 GCTCGAGACTCCCGCACATCCAAGCAACAAAGTTGCCGATGGT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * ** *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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** * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
10821 GCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCA
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* *
10864 GCTCGAGGCTCTCGCACATCCCTGCACCAAGGTGCCGATGCT
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
11033 GCTCGAGTCTTCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGACGATGC-
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** *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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*
11373 GCTCGACGCTC
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Statistics
Matches: 4615, Mismatches: 1007, Indels: 605
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Consensus pattern (41 bp):
GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
Found at i:5991 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 5418--11383 Score: 3810
Period size: 85 Copynumber: 70.6 Consensus size: 84
5408 GTGCAAAAAC
* * * *
5418 GCTCGAGGCTCCAC-AACATCC-TGCACCAAGGTGCTGATGCTGCTCG-GGCTCTCGCACAT-TC
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* * *
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* * * * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
**
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* ** * * * * *
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* * *
5641 CGAGCACCAATGT-ACAATGCT
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* * * * *
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*
5724 -CAGCA-CAAGCGTG-CGATGGT
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* * * * * * *
5744 ACTCGAGGCTCTCGTCTCCCACGCATCGGAGCAACCAAGGTGCCGATACGGC-CTGAAGCTCCCA
1 GCTCGAGG--CTC--C-CGCA--CATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-GAGGCTCCCG
*
5808 CACATCTGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
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** * * * *
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* *
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63 TCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
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* * * * *
6008 GCCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
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* * *
6071 GAACACCAAGGT-ACAAGTGCT
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* * * * * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-CGCACATCT
6154 CAGCACCAAGGTGTCC-ATGC-
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* * * * * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* *
6237 AGCCACCAAGGTCCCGATGTT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
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* *
6323 GCACCAAGGTGCCAATACT
66 GCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
6342 TCTCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAAGCTCCCGCACATC-C
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* *
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* * * * * *
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* ** *
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* * ** * ** ** * *
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* *
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*
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* * * ** *
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* * *
6747 ACCATCAAGGTGCCGATACT
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* * ** * * *
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*
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*
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* *
7000 CATC-CGAGCCACCAAGGTGCCGATACG
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* * * * *
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*
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* * * *
7112 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCTGC-CTGAGGCT-CCTCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-GAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
7175 AGCCACCAAGCTACCGATGAT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
7196 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGT-ACAAGTGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* *
7260 AGCCTCCAAGGTGCCGATGCA
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
7281 GCTCGAGGCTCCCGCGCATCCAAGCACCAAGGTGTCC-ATGCTACTCGAGGCTGCCGCACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTG-CCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* *
7345 AGCACCAAGGTGGCAATGCT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
7365 GCTCGAGGCTCCCGTACATCCGAGCCACCAAGGTCCCGATGTTGCTCGAGGGTCCCGCGCCTC-C
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
*
7429 GAGCACTAAGGTGCCGATGCT
65 -AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
7450 GCTCGAGTCTCCCGCACAACCCAGCACCAAGGTGCCAATACTGCCCAAGGCTCCCGCACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
7514 AGCCACCAAGGTGCCGATGGT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * ** * * * *
7535 GCTCAAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGTTATCGATGGTGCTCGCGACTCCCGCGCATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * ** ** *
7599 ATCCACCAAGGTACAAAAACG
65 A-GCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7620 GCTCGAGGCTCCCACACATTCC-TGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCTCGCACAT-TC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * **
7683 AAGCCATCAAGGTACCGATTTT
65 -AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
7705 GCTCGAGGCTCCCGTACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGGTCCTGCACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
7769 AGCCACCAAGGTGACGATGCT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * * * * *
7790 GCTCGAGGCTCCCATACATCCCACCATCAAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCT-CCACACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* **
7853 AGCACCAAGGTACAAATGCT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
7873 GCTCGAGTCTCCCACACATCTGAGCCACCAAGGTGCTGATGC-GACTCGAGGCTCCTCG-ACATC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTCC-CGCACATC
* *
7936 CCAGCACCAAGGTGCCGATGGT
63 TCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
7958 GCTCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACTACGCAAGGCTCCCCCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
* * *
8023 GCAACCGAGGTGGCGATGGT
66 GC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
8043 GCTCGAGGCTCTCGGCTCTCGCGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCCCGC
1 GCTCGAGG--CT---C-C-CGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGC
* *
8108 ACAT-TCAAGCCATCAAGGTGCCGATCCT
58 ACATCTC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
8136 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCTGCTCGAGGCTCCTGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
8201 GCCACCAAGGTGCCGATGCT
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
8221 GCTCGAGGGTCCCGTACATCTC-AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCT-CCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
8284 AGCCACCAAGCTACCGATGGT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
8305 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAACATCAAGGT-ACAAGTGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
8369 AGCCTCCAAGGTACCGATGCA
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8390 GCTCGAGGCTCCCGCGCATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGGCTGCCGTACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * * *
8454 AGCAACTAAGTTGCCAATGAT
65 AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * ** * * * *
8475 GTTCGAGGCTCCCGTAGATCCCAGCACCAAGGTTTCAATGGTGCTCGAGGCTCCCACGCATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
8539 AGCCACCAAGGTGCCGATGCA
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
8560 GCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
1 GCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* *
8623 GAGCCACCAAGGTACCAATGCT
65 -AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *** ** *
8645 GCTCAAGGCTCCCACACATCTGAGCCACTAAGGTGCAGATTAGGCTCGAGGCTCTTGCACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
8710 AGCACCAAGCTGCTGATGGT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
8730 GTTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATACTGCACGAGCCTCCCCCACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* *
8794 AGCAACCAAGGTTG-CAATGGT
65 AGC-ACCAAGG-TGCCGATGCT
* * * ** * * * *
8815 GCTCAAGGCTCTCGCACATCTC-AGCACCAAGTTATCGATGGTGCTCTCA-GCTCCCGCGCGTC-
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-GAGGCTCCCGCACATCT
* *
8877 CGAGTCACTAAGGTGCCGAT-AT
64 C-AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
8899 GGCTCGAAGCTCCCACACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCCCGCACAT-TC
1 -GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
*
8963 AAGCTATCAAGGTGCCGATGCT
65 -AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8985 GCTCGAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATACTGCTCGAGGCTCCTGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
*
9050 GCCACCAAGGTGCCGATGTT
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
9070 GCTCGAGGCTCCCGTATATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCTACCCGAGGCT-CCGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
* *
9134 GCCACCAAGGTACCGATGGT
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * ** * * *
9154 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGTACAAATGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
*
9219 GCCACCAAGGTGCCGATGCG
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
9239 GCTCGAGGCTCCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGTACGTC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
9302 AGCCACCAAGGTGCCGATGCG
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
9323 GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
* *
9388 GCCGCCAAGGTGCCGATGGT
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
9408 GCTAGCGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGACTCCCGCACATC-CA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * *
9472 AGCAACAAAGTTGCCGATGGT
65 AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * * * ** *
9493 GCTCGAGGCTCCTGCAGATCCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGCTCAATGCTTCCGCGTATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
* *
9558 GCCATCAAGGTGCCGATGCA
66 G-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
9578 GCTCGAGGCTTCCGCACCTCTC-AGCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAAGCTGCCGTACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
** *
9642 AGCACCAAGGTATCTATGCT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
9662 GCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTCCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACCTCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
9727 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
9747 GCTCAAGTCTCCCACAAATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATACGGCTCGTGGCTCCC-CGACATCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGC-ACATCT
*
9811 CAGCACCAAGGTGCCGATGGT
64 CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
9832 GGTCAAGAGC-CAC-CA-AGGTACCGATGCAACTCAAAGCTCCCGCA--CAT-C-C-AAG--CAC
1 GCTCGAG-GCTCCCGCACA--T-CCGA-GC-AC-C-AAGGTGCCG-ATGC-TGCTCGAGGCTCCC
** * * * * *
9887 -CA-AAGT--GC-CGATGCTGCTTGAGGCT
56 GCACATCTCAGCACCAAGGTGC-CGATGCT
* * * ***** * * * * *
9912 G--C-A-GCACATCCG-AGAAACC-AATTTGACGATG--G-TGCT---CGAGGCTCTCGTAGATC
1 GCTCGAGGCTC--CCGCA-CATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC
* ** *
9965 CCAGCACCAAGGTTTCGATGGT
63 TCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
9987 GCTCGAGGCTCCCACGCATCCGAGCCACCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTCTCGCACATCTC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * * *
10052 TGCACCAAGGTGTCAATGCG
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
10072 GCTCGAGGCTCTCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGTACGTC-C
1 GCTCGAGGCTC-CCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
*
10135 AAGCCACCAAGGTGCCGATGCG
65 -AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
10157 GCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAATGTGCC-AGTGGTGCTCGAGGCTCTCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
10221 AGCCGCCAATGTGCCGATGGT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
10242 GCTAGCGGGTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGACTCTCGCACATC-CA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * * *
10306 AGTAACAAAGTTGCCGATGGT
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * * * ** *
10327 GCTCGAGGCTCCTGCAGATCCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGCTCGATGCTTCTGCGTATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
* *
10392 GCTACCAAGGTACCGATGCA
66 GC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
10412 GCTCGAGGCTTCCGCACCTCTC-AGCACCAAGGTACCGATG-TAGCTCGAGGCTGCCGTACATCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCT
* *
10475 CAGTACCAAGGTGTCGATGCT
64 CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
10496 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCCACCAATGTCCCGATAG-TGCTCGAGGCTACCGCACCTCT
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGAT-GCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCT
*
10560 GAGCACCAAGGTGCCGATGCT
64 CAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
10581 GCTCAAGTCTCCCGCAAATCCGAGCTACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCCCACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* *
10646 AGCACCAAGGTACCGATGGT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * * * * *
10666 GCTCGAGAGACACCAAGGTATCGATGCG-GCTCAAAGCTCCCG-TACAT-C-C-AAG--CAC-CA
1 GCTCGAG-G-CTCC--CGCA-C-ATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGC-TGCTCGAGGCTCCCGCA
** * * * * *
10723 -AGGT--GC-CGATGCTGCTTGAGGCT
59 CATCTCAGCACCAAGGTGC-CGATGCT
* * * * ** * * * * *
10746 AC-CGCA--CAT-CCG-AGAAACCAAGTTGCC--GATG--G-TGCT---CAAGGCTCTCGTAGAT
1 GCTCG-AGGC-TCCCGCA-CATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT
* * *
10798 CCCAGCACCAAGGTTCCGATGGT
62 CTCAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
10821 GCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTCTCGCACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
*
10886 TGCACCAAGGTGCCGATGCT
65 AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
10906 ACTCGAGGATGCCGCACATCCCAACACCAAGGTGTCGATACTGCTCGAGGCTCCCGCATATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * * *
10970 ACCCATCAAGGTCCCGATGGT
65 A-GCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
10991 GCTCGAGGCTCTCGCACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGCTCGAGTCTTCCGCACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
11055 AGCCACCAAGGTGACGATGC-
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * * *
11075 GTCTCGAGGCTCCCTTACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTG
1 G-CTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC
* * *
11140 AGCCACCAAGGTACCAATGCG
65 AG-CACCAAGGTGCCGATGCT
** * *
11161 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCCTGGACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCGCACATC-CG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
* * * *
11225 AACCTCCAAGGTGCTGATGGT
65 -AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
11246 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGCTACTCGAGGCTCCCGCACATC-CA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTC-
*
11310 AGCAACCAAGGTGCCGATGGT
65 AGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * ** * * *
11331 GCTCGAGGCTCCTGAACATCCCTGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGACGCTC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTC
11384 TCGTGTATCT
Statistics
Matches: 4575, Mismatches: 1054, Indels: 508
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
68 2 0.00
69 6 0.00
70 5 0.00
71 4 0.00
72 9 0.00
73 4 0.00
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75 17 0.00
76 16 0.00
77 18 0.00
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87 70 0.02
88 9 0.00
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94 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.35, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (84 bp):
GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCTCA
GCACCAAGGTGCCGATGCT
Found at i:6044 original size:127 final size:125
Alignment explanation
Indices: 5418--11383 Score: 4515
Period size: 127 Copynumber: 47.1 Consensus size: 125
5408 GTGCAAAAAC
* * * * *
5418 GCTCGAGGCTCCAC-AACATCC-TGCACCAAGGTGCTGATGCTGCTCG-GGCTCTCGCACATTCA
1 GCTCGAGGCTCC-CGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA
* * * * * *
5480 GCATCAAGGTACCGATGTTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCT
65 GCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * ** * **
5541 GCTCGAGG-GCCTGCAC--CCGAGCCACCAAGGTGATGATG-TACTCGAGGCTCCCATACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CC
* * * * * * *
5602 ACCATCAAGG-GCCGATACT-CTGCCGAGGCT-CCACACATCCGAGCACCAATGT-ACAATGCT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCT--CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
5662 GCTCGAGG-TCTCCACAGATCTGAGCACCAAGGTGCTGATGC-GACTCGAGGTTCCTCG-ACATC
1 GCTCGAGGCTC-CCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTCC-CGCACATC
* * * *
5724 CAGCA-CAAGCGTG-CGATGGTACTCGAGGCTCTCGTCTCCCACGCATCGGAGCAACCAAGGTGC
63 CAGCACCAAG-GTGCCGATGCTGCTCGAGG--CTC--C-CGCA--CATCCGAGC-ACCAAGGTGC
* *
5787 CGATACG
119 CGATGCT
* * * ** *
5794 GC-CTGAAGCTCCCACACATCTGAGCACCAAGGTGCCGATGCTTTTCGGGGCTCCCGCAGCATTC
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCA-CA-TC
* * * *
5858 AAGCCATCAAGGTGCCGATCGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCT
63 CAG-CACCAAGGTGCCGAT-GCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
5923 GCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCCATACTGCTCGAGGGTCCCGTACATCTC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
* * * * *
5988 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGGT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
6050 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGT-ACAAGTGCTACTCGAGTCTCTCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
* *
6114 AGCCTCCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTCCACG--CATCC-AGCACCAAGGTGTCC-ATGC-
64 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCC-CGCACATCCGAGCACCAAGGTG-CCGATGCT
* * * * * *
6174 ACTCGA-GCTGCCGCATATCCCAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCTCCCGTACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * * * *
6238 GCCACCAAGGTCCCGATGTTGCTCGAGGGTCCCGTACCTCCGAGCACTAAGGTGCTGATGCT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
6300 GCTCGAGTCTCCCGCACAGCCCAGCACCAAGGTGCCAATACTTCTCAAGGCTCCCGCACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * *
6365 GCCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAAGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGATACT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
6427 GCGCGAGGCTCCCCCACATCCGAGCAACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAAGGCTCCCACACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CC
* ** * * * ** * ** ** *
6492 AGCACCAAGTTATCGATGGTGCTCGCGACTCCCGCGTATCCGATCTACCAAGGTGCAAAAACG
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
6555 GCTCGAGGCTCCCACACATTCC-TGTACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCTCGCACATTCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACA-TCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACA-TCC
* * * * *
6619 AGCCATCAAGGTACCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCT
64 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * **
6682 GCTCGAGGGTCCTGCACATCCGAGCCACCAAGGTGACGATGCTGCTCGAGGCTCCCATACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CC
* * * * * **
6747 ACCATCAAGGTGCCGATACTGGC-CGAGGCT-CCACACATCCGAGCACCAAGGTACAAATGCT
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* * * *
6808 GCTCGAGTCTCCCACACATCTGAGCCACCAAGGTGCTGATGC-GACTCGAGGCTCCTCG-ACATC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTCC-CGCACAT-
* * *
6871 CCAGCACCAAGGTGCCGATTG-TGCTCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACT
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* * * * * * * * *
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1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGG--CT---C-CCGCA
* * * * * *
7000 CATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATACGGC-CTGAAGCTTCCACACATCTGAGCACCAAGGTGCCG
59 CATCC-AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-GAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCG
7064 ATGCT
121 ATGCT
* * * *
7069 GCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTGCCGAT-CTTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGC-TGCTCGAGGCTCCCGCACAT-C
* * * * * *
7133 CAGCACCAAGGTACCGATGCTGC-CTGAGGCT-CCTCACATCTGAGCCACCAAGCTACCGATGAT
63 CAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTC-GAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
7196 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAACACCAAGGT-ACAAGTGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
* * * *
7260 AGCCTCCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTCCCGCGCATCCAAGCACCAAGGTGTCC-ATGCT
64 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTG-CCGATGCT
* * * * * *
7323 ACTCGAGGCTGCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGGCAATGCTGCTCGAGGCTCCCGTACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * * *
7388 GCCACCAAGGTCCCGATGTTGCTCGAGGGTCCCGCGCCTCCGAGCACTAAGGTGCCGATGCT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
7450 GCTCGAGTCTCCCGCACAACCCAGCACCAAGGTGCCAATACTGCCCAAGGCTCCCGCACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * * ** *
7515 GCCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCAAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGTTATCGATGGT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * ** ** * *
7577 GCTCGCGACTCCCGCGCATCCGATCCACCAAGGTACAAAAACGGCTCGAGGCTCCCACACATTCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGA-GCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACA-TCC
* * * * * * * **
7642 TGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCTCGCACATTCAAGCCATCAAGGTACCGATTTT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
7705 GCTCGAGGCTCCCGTACGTCCCAGGACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGGTCCTGCACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* ** * * *
7770 GCCACCAAGGTGACGATGCTGCTCGAGGCTCCCATACATCCCACCATCAAGGTGCCGATGCT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * ** * * *
7832 GCCCGAGGCT-CCACACATCCGAGCACCAAGGTACAAATGCTGCTCGAGTCTCCCACACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CA
* * *
7896 GCCACCAAGGTGCTGATGC-GACTCGAGGCTCCTCG-ACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTG-CTCGAGGCTCC-CGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * *
7958 GCTCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACTACGCAAGGCTCCCCCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CA
* * * * *
8023 GCAACCGAGGTGGCGATGGTGCTCGAGGCTCTCGGCTCTCGCGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCG
65 GC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGG--CT---C-C-CGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCG
8088 ATGCT
121 ATGCT
* * * * *
8093 GCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCCATCAAGGTGCCGATCCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCC
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CC
* * *
8158 AGCACCAAGGTACCGATGCTGCTCGAGGCTCCTGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
8221 GCTCGAGGGTCCCGTACATCTC-AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCT-CCGCACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
* * * * * * * *
8284 AGCCACCAAGCTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAACATCAAGGT-ACAAGTGCT
64 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA-TGCT
* * * * * * *
8347 ACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCTCCAAGGTACCGATGCAGCTCGAGGCTCCCGCGCATCCA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-
* * * * * * *
8412 AGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAGGCTGCCGTACATCCGAGCAACTAAGTTGCCAATGAT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * ** * * * *
8475 GTTCGAGGCTCCCGTAGATCCCAGCACCAAGGTTTCAATGGTGCTCGAGGCTCCCACGCATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * *
8540 GCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTCTCGGACATCCCTA-CACCAAGGTGCCGATGCT
65 G-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8602 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCAATGCTGCTCAAGGCTCCCACACATCTG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-C
* * *** ** * * * *
8667 AGCCACTAAGGTGCAGATTAGGCTCGAGGCTCTTGCACATCCCAGCACCAAGCTGCTGATGGT
64 AG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
8730 GTTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATACTGCACGAGCCTCCCCCACATCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * * ** *
8795 GCAACCAAGGTTG-CAATGGTGCTCAAGGCTCTCGCACATCTC-AGCACCAAGTTATCGATGGT
65 GC-ACCAAGG-TGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
8857 GCTCTCA-GCTCCCGCGCGTCCGAGTCACTAAGGTGCCGAT-ATGGCTCGAAGCTCCCACACATC
1 GCTC-GAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT-GCTCGAGGCTCCCGCACATC
* * * *
8920 CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGGGGCTCCCGCACATTCAAGCTATCAAGGTGCCGATGCT
63 C-AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * *
8985 GCTCGAGGCTCCCACACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATACTGCTCGAGGCTCCTGCACATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CA
* * * * *
9050 GCCACCAAGGTGCCGATGTTGCTCGAGGCTCCCGTATATCCCAGCACTAAGGTGCCGATGCT
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* * * * *
9112 ACCCGAGGCT-CCGCACATCTGAGCCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCG
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-
* * ** * * * *
9176 AACACCAAGGTACAAATGCTACTCGAGTCTCCCGCACATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCG
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
9239 GCTCGAGGCTCCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGTACGTCCGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * * *
9303 GCCACCAAGGTGCCGATGCGGCTTGAGGCTCCCGCACATCCCAACACCAAGGTGCCGATGGT
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* * * * *
9365 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCCGCCAAGGTGCCGATGGTGCTAGCGGCTCCCGCACATCCA
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* * * * *
9430 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGACTCCCGCACATCCAAGCAACAAAGTTGCCGATGGT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-ACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * * * * ** *
9493 GCTCGAGGCTCCTGCAGATCCCAGTACCAAGGTGCTGATGGTGCTCAATGCTTCCGCGTATCTGA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATC-CA
* * * * *
9558 GCCATCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAGGCTTCCGCACCTCTC-AGCACCAAGGTGCCGATGCA
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
9860 ACTCAAAGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCTTGAGGCTGCAGCACATCCGA
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* ** * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
10052 TGCACCAAGGTGTCAATGCGGCTCGAGGCTCTCC-CACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
10434 AGCACCAAGGTACCGATG-TAGCTCGAGGCTGCCGTACATCCCAGTACCAAGGTGTCGATGCT
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* * * * *
10496 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCCACCAATGTCCCGATAG-TGCTCGAGGCTACCGCACCTCT
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* * * * *
10560 GAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCAAATCCGAGCTACCAAGGTGCCGATGCG
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* * * * *
10624 GCTCGAGGCTCCCCCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATG--G-T----GCT--CG-AGA--GA-
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAG
** * * * * *
10676 CACCAAGGTATCGATGCGGCTCAAAGCTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCT
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
10801 AGCACCAAGGTTCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCA
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* ** * * *
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* * * * * * * *
10929 ACACCAAGGTGTCGATACTGCTCGAGGCTCCCGCATATCCGACCCATCAAGGTCCCGATGGT
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* * * * * * * *
10991 GCTCGAGGCTCTCGCACCTTCGAGCATCAAAGTACCGATGCTGCTCGAGTCTTCCGCACATCCGA
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* ** * *
11056 GCCACCAAGGTGACGATGC-GTCTCGAGGCTCCCTTACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGT
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* * * *
11118 GCTCGAGGCTCCCGCACATCTGAGCCACCAAGGTACCAATGCGGCTCGAGGCTCCCGCACATCCC
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* * * * * * *
11183 TGGACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCGCACATCCGAACCTCCAAGGTGCTGATGGT
64 AGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCG-AGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * *
11246 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGCTACTCGAGGCTCCCGCACATCCAA
1 GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCC-A
* * * ** * *
11311 GCAACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGAACATCCCTGCACCAAGGTGTCGATGGT
65 GC-ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
*
11373 GCTCGACGCTC
1 GCTCGAGGCTC
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CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGATGCT
Found at i:10059 original size:240 final size:240
Alignment explanation
Indices: 9602--10063 Score: 548
Period size: 240 Copynumber: 1.9 Consensus size: 240
9592 CACCTCTCAG
* * * * * * * * *
9602 CACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAAGCTGCCGTACATCCCAGCACCAAGGTATCTATGCTGCTCG
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* * ** * * **
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* * * *
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* *
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* ** * * * *
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** * * ** *
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* * *
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10064 TCAATGCGGC
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 40, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AGGCTCCAGCACATCCGAGAAACCAAGGTCACGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCAC
CAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCACAAATCCGAGCCACCAAGGTACCGATACAGCTCGAG
GCTCCCCGACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAAGAGC
Found at i:10720 original size:70 final size:70
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Indices: 10607--10738 Score: 183
Period size: 70 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
10597 AATCCGAGCT
* * * * *
10607 ACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAGGCTCCCCCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGA
1 ACCAAGGTACCGATGCGGCTCAAAGCTCCCCCACATCCAAGCACCAAGGTACCGATGCTGCTCGA
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66 GAGAC
* ** *
10677 ACCAAGGTATCGATGCGGCTCAAAGCTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCT
1 ACCAAGGTACCGATGCGGCTCAAAGCTCCCCCACATCCAAGCACCAAGGTACCGATGCTGCT
10739 TGAGGCTACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACCAAGGTACCGATGCGGCTCAAAGCTCCCCCACATCCAAGCACCAAGGTACCGATGCTGCTCGA
GAGAC
Found at i:10766 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 10563--10782 Score: 282
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10553 CACCTCTGAG
* * *
10563 CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCAAATCCGAGCTACCAAGGTGCCGATGCGGCTC
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* *
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* * * *
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1 CACCAAGGTACCGATGCGGCTC-AAGTCTCCCGCAAATCCAAGCTACCAAGGTGCCGATGCGGCT
* * * * *
10739 TGAGGCTACCGCACATCCGAGAAACCAAGTTGCCGATGGTGCTC
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10783 AAGGCTCTCG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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GAGGCTACCCCACATCCCAGAACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGAGA
Found at i:10860 original size:240 final size:240
Alignment explanation
Indices: 10436--10912 Score: 580
Period size: 240 Copynumber: 2.0 Consensus size: 240
10426 CACCTCTCAG
* * * * * * *
10436 CACCAAGGTACCGATGTAGCTCGAGGCTGCCGTACATCCCAGTACCAAGGTGTCGATGCTGCTCG
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* * ** * * **
10501 AGGCTCCCGCACATCTGAGCCACCAATGTCCCGATAGTGCTCGAGGCTACCGCACCTCTGAGCAC
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* * * *
10566 CAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGTCTCCCGCAAATCCGAGCTACCAAGGTGCCGATGCGGCTCGAG
131 CAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCACAAATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAG
* *
10631 GCTCCCCCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGAGA
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* * *
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* * * *
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66 AGGCTACCGCACATCCGAGAAACCAATG-TCCCGATAGTGCTCAAGGCTAC-CGCACATCCCAGC
* * * ** *
10804 ACCAAGGTTCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCACGCATCTGAGCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCG
129 ACCAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCACAAATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCG
* * * *
10869 AGGCTCTCGCACATCCCTGCACCAAGGTGCCGATGCTACTCGAG
194 AGGCTCCCCCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCTACTCGAG
10913 GATGCCGCAC
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 38, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
239 2 0.01
240 195 0.99
ACGTcount: A:0.22, C:0.34, G:0.26, T:0.17
Consensus pattern (240 bp):
CACCAAGGTACCGATGCAGCTCAAAGCTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCG
AGGCTACCGCACATCCGAGAAACCAATGTCCCGATAGTGCTCAAGGCTACCGCACATCCCAGCAC
CAAGGTGCCGATGCTGCTCAAGGCTCCCACAAATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCAGCTCGAG
GCTCCCCCACATCCCAGCACCAAGGTACCGATGCTACTCGAGAGA
Done.