Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1137
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22552
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.21, T:0.33
Found at i:8285 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8238--8289 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
8228 CATCTGATAT
*
8238 TGATTTTGTATTAGGCTTAGGCCCACC
1 TGATTTTGTAATAGGCTTAGGCCCACC
*
8265 TGATTTTGTTAATGGGC-TAGGCCCA
1 TGATTTTG-TAATAGGCTTAGGCCCA
8290 ACTGTTACTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.73
28 6 0.27
ACGTcount: A:0.19, C:0.19, G:0.25, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TGATTTTGTAATAGGCTTAGGCCCACC
Found at i:11143 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 11116--11422 Score: 200
Period size: 24 Copynumber: 12.8 Consensus size: 24
11106 AATTTGAACA
*
11116 GCACTATGTGTACGGATTTGTATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* *
11140 GCACTATGTGTGTGGATTTGAATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* * * ** * ** *
11164 TCAATATGTATATGAATTACTAAG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
*
11188 GCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* *
11212 GCACTATATGTGCGGATTTATATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* * * *
11236 GCAATATGTGTACGAATTTGAATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* * * * * * ** *
11260 TCAATGTGTATGTGAATTACTAAG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
*
11284 GCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* *
11308 GCACTATATGTGCGGATTTATATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
*
11332 GCACTATGTGTGCGGATTTGAATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* * * * * ** *
11356 TCAATATGTATGTGAATTACTAAG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* ***
11380 GCACTATGTGTGCGGGTTAACATG
1 GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
* *
11404 GCACTATGGGTGCGAATTT
1 GCACTATGTGTGCGGATTT
11423 CCTTGCTTGA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 74, Indels: 0
0.74 0.26 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 209 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
GCACTATGTGTGCGGATTTGTATG
Found at i:11394 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 11139--11393 Score: 275
Period size: 48 Copynumber: 5.3 Consensus size: 48
11129 GGATTTGTAT
* * *
11139 GGCACTATGTGTGTGGATTTGAATGTCAATATGTATATGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
* * ** * *
11187 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCG-GATTTA-TAT
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCA--ATATGTATGTGAATTACTAA
* * *
11235 GGCAATATGTGTACGAATTTGAATGTCAATGTGTATGTGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
* * ** * *
11283 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCG-GATTTA-TAT
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCA--ATATGTATGTGAATTACTAA
*
11331 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
11379 GGCACTATGTGTGCG
1 GGCACTATGTGTGCG
11394 GGTTAACATG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 34, Indels: 16
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
46 13 0.08
47 10 0.06
48 120 0.73
49 10 0.06
50 12 0.07
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
GGCACTATGTGTGCGAATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
Found at i:11417 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 11116--11393 Score: 475
Period size: 96 Copynumber: 2.9 Consensus size: 96
11106 AATTTGAACA
* * * * *
11116 GCACTATGTGTACGGATTTGTATGGCACTATGTGTGTGGATTTGAATGTCAATATGTATATGAAT
1 GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAAT
11181 TACTAAGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
66 TACTAAGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
* * * *
11212 GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCAATATGTGTACGAATTTGAATGTCAATGTGTATGTGAAT
1 GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAAT
11277 TACTAAGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
66 TACTAAGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
11308 GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAAT
1 GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAAT
11373 TACTAAGGCACTATGTGTGCG
66 TACTAAGGCACTATGTGTGCG
11394 GGTTAACATG
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 13, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
96 169 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (96 bp):
GCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAAT
TACTAAGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATG
Found at i:18579 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18560--18591 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
18550 ATGTCCAAAA
18560 ATATATATGTGTTTAT
1 ATATATATGTGTTTAT
*
18576 ATATATGTGTGTTTAT
1 ATATATATGTGTTTAT
18592 TTGAAGTAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.16, T:0.56
Consensus pattern (16 bp):
ATATATATGTGTTTAT
Found at i:19045 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19018--19350 Score: 236
Period size: 24 Copynumber: 13.9 Consensus size: 24
19008 GAAATGACTT
*
19018 TGGCACTATGTGTGCTAATTTGAA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
* * *
19042 TGGCACTATGTGTACTAATTTGTA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
*
19066 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
* * * *
19090 TGTCAATATGTATGTGAATTACT-AA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATT--TGAA
*
19115 -GGCACTATGTGTGCGAATTTGTA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
*
19138 TGGCACTATATGTGC-AGATTT-ATA
1 TGGCACTATGTGTGCGA-ATTTGA-A
*
19162 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
* * * *
19186 TGTCAATATGTATGTGAATTACT-AA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATT--TGAA
* *
19211 -GGCACTATGTGTGCGGATTTGTA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
* *
19234 TGGCACTATATGTGCGGATTT-ATA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGA-A
*
19258 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
* * * *
19282 TGTCAATATGTATGTGAATTACT-AA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATT--TGAA
* ** *
19307 -GGTACTATGTGTGCG-GGTTAACA
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTTGA-A
*
19330 TGGCACTATGGGTGCGAATTT
1 TGGCACTATGTGTGCGAATTT
19351 CCTTGCTTGA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 50, Indels: 39
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 3 0.01
23 5 0.02
24 217 0.91
25 10 0.04
26 3 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
TGGCACTATGTGTGCGAATTTGAA
Found at i:19074 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 19018--19292 Score: 263
Period size: 48 Copynumber: 5.7 Consensus size: 47
19008 GAAATGACTT
** * *
19018 TGGCACTATGTGTGCTAATTTGAATGGCACTATGTGTACTAATTTGTA
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCAATATGTGT-CTAATTTATA
* * *
19066 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAA-TTACTA
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCAATATGTGTCT-AATTTA-TA
* * *
19114 AGGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTG-C-AGATTTATA
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCA--ATATGTGTCTA-ATTTATA
* * *
19162 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAA-TTACTA
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCAATATGTGTCT-AATTTA-TA
* * **
19210 AGGCACTATGTGTGCGGATTTGTATGGCACTATATGTG-CGGATTTATA
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCA--ATATGTGTCTAATTTATA
*
19258 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGT
1 TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCAATATGT
19293 ATGTGAATTA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 29, Indels: 28
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
46 12 0.06
47 7 0.04
48 147 0.79
49 7 0.04
50 12 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (47 bp):
TGGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGGCAATATGTGTCTAATTTATA
Found at i:19314 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 19067--19322 Score: 324
Period size: 48 Copynumber: 5.3 Consensus size: 48
19057 TAATTTGTAT
19067 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
* * * * *
19115 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTA--TATGTGCAGATTTA-TAT
1 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTG-A-A-TTACTAA
19163 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
* * ** * *
19211 GGCACTATGTGTGCGGATTTGTATGGCACTATATGTGCG-GATTTA-TAT
1 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCA--ATATGTATGTGAATTACTAA
19259 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
1 GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
*
19307 GGTACTATGTGTGCGG
1 GGCACTATGTGTGCGG
19323 GTTAACATGG
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 23, Indels: 20
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
46 13 0.07
47 9 0.05
48 131 0.75
49 9 0.05
50 13 0.07
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
GGCACTATGTGTGCGGATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
Found at i:19322 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 19019--19321 Score: 518
Period size: 96 Copynumber: 3.2 Consensus size: 96
19009 AAATGACTTT
* * * * *
19019 GGCACTATGTGTGCTAATTTGAATGGCACTATGTGTACTA-ATTTGTATGGCACTATGTGTGCGG
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGC-AGATTTATATGGCACTATGTGTGCGG
19083 ATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
65 ATTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
19115 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCAGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGA
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCAGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGA
19180 TTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
66 TTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
* *
19211 GGCACTATGTGTGCGGATTTGTATGGCACTATATGTGCGGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGA
1 GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCAGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGA
19276 TTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
66 TTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
*
19307 GGTACTATGTGTGCG
1 GGCACTATGTGTGCG
19322 GGTTAACATG
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 8, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
95 1 0.01
96 197 0.99
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (96 bp):
GGCACTATGTGTGCGAATTTGTATGGCACTATATGTGCAGATTTATATGGCACTATGTGTGCGGA
TTTGAATGTCAATATGTATGTGAATTACTAA
Done.