Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3455
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28348
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.21, T:0.31
Found at i:283 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 214--709 Score: 724
Period size: 47 Copynumber: 10.5 Consensus size: 46
204 AAAGTGTAAT
* *
214 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA-GCCAATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATG
259 TGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
* *
308 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
*
355 TGAAAGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
402 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
449 TGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATG
* *
497 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
544 TGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
*
593 TGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
* * * * * *
640 TGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATGGATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
*
687 TGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAG
710 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 23, Indels: 16
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 8 0.02
46 21 0.05
47 276 0.66
48 24 0.06
49 90 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (46 bp):
TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAATG
Found at i:375 original size:94 final size:95
Alignment explanation
Indices: 214--709 Score: 813
Period size: 94 Copynumber: 5.2 Consensus size: 95
204 AAAGTGTAAT
214 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA--GCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG-GTATATATATG
277 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
65 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
308 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAA-GTATATATATGT
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGGTATATATATGT
372 GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
66 GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
* *
402 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG-GTATATATATG
467 TGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATG
65 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
497 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAG-GTATATATATG
562 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
65 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
* * * *
593 TGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA-GTGTATATATGT
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGGTATATATATGT
* * * * * *
657 GACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATGGATG
66 GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
*
687 TGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 TGAAAGTGTATATATGTGATAAG
710 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 16, Indels: 10
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 177 0.46
95 93 0.24
96 111 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (95 bp):
TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGGTATATATATGT
GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
Found at i:3202 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2921--3190 Score: 414
Period size: 40 Copynumber: 6.8 Consensus size: 40
2911 GTCTCGACGA
*
2921 TGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
* *
2961 TGATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
*
3001 TGATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
*
3041 TGATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
* *
3081 TGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
* * * *
3121 TGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAATAGCATTTGTGCTGG
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
* * *
3161 TGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
3191 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 18, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 212 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
TGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAG
Found at i:6742 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 6597--6758 Score: 186
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
6587 ATGTCTGGGC
* **
6597 TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAG
1 TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGAACGAG
6662 TTA-CTAAATCCGGGT
66 -TAGCTAAATCC-GGT
* * * * *
6677 TAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTATAACCGGGCTATG-TCCCGAAGGCATTTGAACG
1 TAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGAACG
*
6740 AGTAGCTATATCCGGT
64 AGTAGCTAAATCCGGT
6756 TAA
1 TAA
6759 ATTCCGAATG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 7
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 9 0.13
80 54 0.77
81 7 0.10
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.26, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGAACGAG
TAGCTAAATCCGGT
Found at i:6749 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 6593--6735 Score: 175
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
6583 AATGATGTCT
* * * *
6593 GGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTATAACC
*
6633 GGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AATCC
1 GGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA-CC
*
6673 GGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
*
6713 GGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
6736 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 9, Indels: 10
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.02
40 77 0.87
41 10 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
Found at i:7091 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6960--7464 Score: 794
Period size: 47 Copynumber: 10.6 Consensus size: 47
6950 AAGGGTTGGT
* *
6960 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7007 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
7056 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7103 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7152 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7201 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
7248 AATGTGAAATTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7295 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7344 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * *
7391 AATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
7438 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
7465 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 25, Indels: 12
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 243 0.57
49 184 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:7124 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 6960--7464 Score: 838
Period size: 96 Copynumber: 5.3 Consensus size: 96
6950 AAGGGTTGGT
6960 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
7025 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7056 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
7121 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
7152 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
7215 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
64 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7248 AATGTGAAATTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
7313 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
7344 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * * * *
7407 TATGTGACAGGGCCGAATGGCCAACGTGATG
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
7438 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
7465 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 19, Indels: 10
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 99 0.26
96 242 0.63
98 45 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (96 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:13923 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13879--13949 Score: 83
Period size: 26 Copynumber: 2.8 Consensus size: 26
13869 CTCTTTTAAT
* *
13879 AACTGGGG-TAAAGCCCTTTT-GATA
1 AACTGGGGCAAAAGCCATTTTCGATA
*
13903 AACTGGGGCAAAAGCCATTTTCGGTA
1 AACTGGGGCAAAAGCCATTTTCGATA
* *
13929 TACTGGGGCAAAAGCCTTTTT
1 AACTGGGGCAAAAGCCATTTT
13950 TGCACTTCCT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.20
25 10 0.25
26 22 0.55
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
AACTGGGGCAAAAGCCATTTTCGATA
Found at i:17959 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17902--18076 Score: 232
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 40
17892 CGGATGATAA
* *
17902 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTA-ATT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA-T
*
17942 CTGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
*
17982 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTT-TGCGAGTTACTATAA
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* * *
18021 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGAGCAAG-TAGTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* *
18060 TC-GGCTAAATCCCGAAG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAG
18077 ATGCTTGGGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 11, Indels: 6
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 14 0.11
39 45 0.37
40 62 0.51
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
Found at i:18344 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18303--18346 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18293 GAATGTGCAT
18303 ATATGAAGTTATCCATTTAGCC
1 ATATGAAGTTATCCA-TTAGCC
18325 ATATGAATGTTATACC-TTAGCC
1 ATATGAA-GTTAT-CCATTAGCC
18347 GAAACTAATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.65
23 5 0.25
24 2 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
ATATGAAGTTATCCATTAGCC
Found at i:25262 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 25072--25288 Score: 278
Period size: 40 Copynumber: 5.5 Consensus size: 40
25062 CGGATGATAA
* *
25072 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTA-ATT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATA-T
* **
25112 TCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATAT
* *
25152 CCAGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATAT
* *
25192 CTGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATAA
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATAT
* *
25232 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGCGCAAG-TAGTTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTA-CTATAT
* *
25272 TC-GGCTAAATCCCGAAG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAG
25289 ATGCTTGGGT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 17, Indels: 5
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.10
40 141 0.89
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.26, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCAAGTTACTATAT
Found at i:25556 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 25515--25558 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
25505 GAATGTGCAT
25515 ATATGAAGTTATCCATTTAGCC
1 ATATGAAGTTATCCA-TTAGCC
25537 ATATGAATGTTATACC-TTAGCC
1 ATATGAA-GTTAT-CCATTAGCC
25559 GAAACTAATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.65
23 5 0.25
24 2 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
ATATGAAGTTATCCATTAGCC
Done.