Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19511
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.22, T:0.31
Found at i:2102 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 1895--2308 Score: 645
Period size: 49 Copynumber: 8.5 Consensus size: 49
1885 GTGTGTATAC
**
1895 GTGAAAGTG--TATATATGTGATATA-GCGGATATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATA-AGGCCTA-ATGGCCGATGTGATGAAT
1943 GTGAGAAAGTGTA-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAATGAAT
1 GT--GAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG-ATGAAT
1994 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
2041 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
2088 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
2137 GTGAAA-TGTGATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGT-ATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
2186 GTG-AAGTGTATATATTATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATA-TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
2235 GTGAAAGTGTATATATAT-TGAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTG-ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
2284 GTGAAAGTGT-TATATATGTTATAAG
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAG
2309 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 3, Indels: 30
0.91 0.01 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 62 0.18
48 57 0.16
49 175 0.50
50 31 0.09
51 23 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (49 bp):
GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
Found at i:3504 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 3439--3537 Score: 119
Period size: 28 Copynumber: 3.5 Consensus size: 28
3429 CATGAGATTG
* * *
3439 GCACTAAGTGTGCGGGTTCAAATTGTATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTT-AGATTATATA
*
3468 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATATA
* *
3496 GCACTAAGTGTGCGAGTTCGACTAT-TAA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATAT-A
3524 GCACTAAGTGTGCG
1 GCACTAAGTGTGCG
3538 GGCTTATTAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 45 0.71
29 17 0.27
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATATA
Found at i:8473 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 8400--9045 Score: 1065
Period size: 47 Copynumber: 13.5 Consensus size: 49
8390 GTGTGTATAC
*
8400 GTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCGTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8447 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGGCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8496 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8543 GTGAAA--GTACATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8590 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8639 GTGAAAGTG--TATATATGTGTTAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8686 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8735 GTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8783 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8830 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8879 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8928 GTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
* * * * * *
8975 GTGAAAGTGTATA-A-ATGTGACAGGGCCTAGTGGCCAACGTGATGGAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
9022 GTGAAAGTGTATA-A-ATGTGATAAG
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAG
9046 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 17, Indels: 22
0.94 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 288 0.50
48 45 0.08
49 237 0.42
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (49 bp):
GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
Found at i:8602 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 8400--9045 Score: 1047
Period size: 96 Copynumber: 6.8 Consensus size: 96
8390 GTGTGTATAC
*
8400 GTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCGTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTATATAT
*
8463 ATGTGATAAGGGCTAATGGCCGATGTGATGAAT
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8496 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTACATATAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTATATATAT
8559 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8590 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTATATATAT
*
8655 GTGTTAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
8686 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATA
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT-ATATATA
*
8751 TGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAAT
65 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8783 GTGAAA--GTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTATATAT
8846 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
*
8879 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTATATATAT
8944 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
* * * * * * * *
8975 GTGAAAGTGTATA-A-ATGTGACAGGGCCTAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTATATATAT
9038 GTGATAAG
66 GTGATAAG
9046 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 20, Indels: 20
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 96 0.18
95 47 0.09
96 288 0.55
97 44 0.08
98 46 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (96 bp):
GTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTATATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAAT
Found at i:15428 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 15363--15461 Score: 119
Period size: 28 Copynumber: 3.5 Consensus size: 28
15353 CATGAGATTG
* * *
15363 GCACTAAGTGTGCGGGTTCAAATTGTATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTT-AGATTATATA
*
15392 GCACTAAGTGTGCGAGTTTGATTATATA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATATA
* *
15420 GCACTAAGTGTGCGAGTTCGACTAT-TAA
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATAT-A
15448 GCACTAAGTGTGCG
1 GCACTAAGTGTGCG
15462 GGCTTATTAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 45 0.71
29 17 0.27
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTTAGATTATATA
Done.