Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold758
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21016
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.33
Found at i:3148 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3072--3149 Score: 79
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
3062 ACGTATATAT
3072 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * **
3096 ATGTGATGATAATG-TGAACAT-GCGT
1 ATGTG-TGATAAGGCCG-A-ATGGCCA
3121 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
3145 ATGTG
1 ATGTG
3150 ATGAATGTAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 10
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.05
24 21 0.51
25 16 0.39
26 2 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:3246 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 3001--3386 Score: 487
Period size: 49 Copynumber: 8.1 Consensus size: 47
2991 TTAGGATTTT
* *
3001 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGAT-AGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
**
3047 ATGTGATGAATGTGAACGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAC--ATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
3096 ATGTGATGATAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATG--AATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
** *
3145 ATGTGATGAATGT-AACCTGTATATATTATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAA-C---ATGCA-TATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
3196 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTCGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGT-GTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
3244 ATGTGATGAATGTGAAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTG-AACATGCATATGTGTGATAAGGCC-GAATGGCCA
* *
3293 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGAT-AGGCCGAAT-GCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
3338 ATGTGATGAATGTGAACATGAAATATGTG-G-TAAGGCCGAATGGCTA
1 ATGTGATGAATGTGAACATG-CATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
3384 ATG
1 ATG
3387 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 21, Indels: 34
0.85 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.00
45 34 0.11
46 34 0.11
47 15 0.05
48 74 0.25
49 93 0.31
50 2 0.01
51 47 0.16
52 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:3248 original size:148 final size:143
Alignment explanation
Indices: 3001--3386 Score: 520
Period size: 148 Copynumber: 2.7 Consensus size: 143
2991 TTAGGATTTT
* * *
3001 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGT-GTGATAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACG
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGGTGATAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAC-
3065 TAT-ATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGATAATGTG-AACATGCGTATGTGTG
65 -ATGA-ATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG--AATGTGAAACATGCGTATGTGTG
3128 ATAAGGCC-GAATGGCCA
126 ATAAGGCCGGAATGGCCA
* *
3145 ATGTGATGAATGT-AACCTGTATATATTATGCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGT
1 ATGTGATGAATGTGAACATG--CATA-TATG-GTGAT-AGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGT
**
3209 GAACATGCGTATGTCGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAACATGCGTATGTGT
61 GAACATGAATATGT-GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAACATGCGTATGTGT
3274 GATAAGGCCGGAATGGCCA
125 GATAAGGCCGGAATGGCCA
*
3293 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATAT-GAGATAGGCCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGGTGATAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
*
3356 TGAAATATGTG-G-TAAGGCCGAATGGCTAATG
66 TG-AATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
3387 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 13, Indels: 28
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
140 18 0.08
141 1 0.00
142 25 0.12
143 19 0.09
144 16 0.07
145 2 0.01
146 11 0.05
147 34 0.16
148 55 0.25
149 36 0.17
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGGTGATAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
TGAATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAACATGCGTATGTGTGATAAG
GCCGGAATGGCCA
Found at i:3734 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3594--3733 Score: 209
Period size: 35 Copynumber: 3.9 Consensus size: 37
3584 GGAAATATAT
3594 TCCGGGTAAGACCCGATGACTAC-TGTGGAGATTAT-
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
3629 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTG-GGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
*
3665 TCCGGGTAAGACCC-ATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* * *
3701 TCC-GGTAAGACCCGATAACTTCATGTGGAGATT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATT
3734 TCGTCTGAGC
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 4, Indels: 7
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 53 0.55
36 44 0.45
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:5021 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4995--5042 Score: 87
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
4985 TATATATCCG
4995 GGCTAAGTCCCGAGAGCATTC
1 GGCTAAGTCCCGAGAGCATTC
5016 GGCTAAGTCCCGAGAGCATTC
1 GGCTAAGTCCCGAGAGCATTC
5037 GTGCTA
1 G-GCTA
5043 GTGATATATC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 22 0.85
22 4 0.15
ACGTcount: A:0.23, C:0.27, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
GGCTAAGTCCCGAGAGCATTC
Found at i:5138 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5016--5307 Score: 436
Period size: 40 Copynumber: 7.5 Consensus size: 40
5006 GAGAGCATTC
5016 GGCTAAGTCCCGA-GAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
5055 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTA--G-TATATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
5092 GGCTAAGT-CCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
5131 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATAT-CG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
*
5170 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
* *
5210 GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
* ** * * *
5250 TGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
* *
5290 GGCTAGGT-CCGAAGAGCA
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCA
5308 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 14, Indels: 12
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 19 0.08
37 16 0.07
38 2 0.01
39 77 0.33
40 119 0.51
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCG
Found at i:5215 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 5016--5307 Score: 432
Period size: 79 Copynumber: 3.7 Consensus size: 79
5006 GAGAGCATTC
*
5016 GGCTAAGTCCCGA-GAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
*
5080 CTAGT-ATAT-CCG
66 CTAGTGATATATCG
*
5092 GGCTAAGT-CCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
5156 CTAGTGATATATCG
66 CTAGTGATATATCG
* *
5170 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTG
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
5235 CTAGTGATATATCCG
66 CTAGTGATATAT-CG
* ** * * * *
5250 TGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGT-CCGAAGAGCA
1 GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
5308 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 12, Indels: 7
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 4 0.02
76 64 0.32
77 4 0.02
78 10 0.05
79 75 0.38
80 42 0.21
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
GGCTAAGTCCCGAGGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
CTAGTGATATATCG
Found at i:5588 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 5519--5627 Score: 164
Period size: 57 Copynumber: 1.9 Consensus size: 57
5509 CGAATGATTA
* *
5519 GAGGCACTGTGTGTGCAAATTCTTTTAACCGAGCACTATGTGTGCGAAATCGGTAATT
1 GAGGCACTGTGTGTGCAAATTC-TTCAACCAAGCACTATGTGTGCGAAATCGGTAATT
* * *
5577 GAGGCACTGTGTGTGCGAGTTCTTCAACCAAGCACTATGTGTGCGAGATCG
1 GAGGCACTGTGTGTGCAAATTCTTCAACCAAGCACTATGTGTGCGAAATCG
5628 ATCAGTGGGC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
57 26 0.57
58 20 0.43
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (57 bp):
GAGGCACTGTGTGTGCAAATTCTTCAACCAAGCACTATGTGTGCGAAATCGGTAATT
Found at i:7214 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 7071--7249 Score: 349
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
7061 GGCCGGCCAT
7071 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
7136 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
7156 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
7221 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
*
7241 GGGCATGGG
1 GAGCATGGG
7250 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:9475 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9424--9804 Score: 620
Period size: 47 Copynumber: 8.1 Consensus size: 47
9414 TTAGGATTTT
*
9424 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9471 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9518 ATGTGATG-ATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
***
9564 ATGTGATGAATGTGAACCGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAA-C--ATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9614 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9661 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
9708 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
** * * *
9755 ATGTGATGAATGTGAACATGAATATATGTGGTAAGGCCGAATGGCTA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
9802 ATG
1 ATG
9805 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 14, Indels: 8
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 46 0.15
47 225 0.71
48 1 0.00
49 1 0.00
50 43 0.14
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:9782 original size:190 final size:188
Alignment explanation
Indices: 9424--9804 Score: 658
Period size: 190 Copynumber: 2.0 Consensus size: 188
9414 TTAGGATTTT
*
9424 ATGTGATGGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
* * *
9489 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGC
66 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGC
9554 CGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACCGTATATATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
131 CGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACCGTATATATATGTG-G-TAAGGCCGAATGGCCA
9614 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
9679 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGG
66 TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG-ATGTGAACATGCATATATGAGATAAGG
* *
9744 CCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-CATGA-ATATATGTGGTAAGGCCGAATGGCTA
130 CCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACCGT-ATATATATGTGGTAAGGCCGAATGGCCA
9802 ATG
1 ATG
9805 CGAAACGTGT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 6, Indels: 6
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
188 18 0.10
189 1 0.01
190 112 0.61
191 52 0.28
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (188 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA
TGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGC
CGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACCGTATATATATGTGGTAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:9867 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 9778--9868 Score: 119
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
9768 GAACATGAAT
* * * *
9778 ATATGTGGTAAGGCCGAATGGCTAATGCGAAACGTGTATGAGATGG
1 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATGG
* * *
9824 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGTGAGATATGTACGAGATG
1 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATG
9869 TGTATATATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 7, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 38 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGCGAAACATGTACGAGATGG
Found at i:10114 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10013--10120 Score: 173
Period size: 36 Copynumber: 2.9 Consensus size: 37
10003 GGAAATATAT
*
10013 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
10050 TCC-GGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
* * *
10086 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCATGTGGAGATTT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTT
10121 CGTCTGAGCT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 35 0.53
37 31 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
Found at i:12380 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12358--12390 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
12348 AAGTTTTTTT
12358 AAAGTTCTCACTTTAGA
1 AAAGTTCTCACTTTAGA
*
12375 AAAGTTCTCAGTTTAG
1 AAAGTTCTCACTTTAG
12391 TCTCGAACCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAAGTTCTCACTTTAGA
Found at i:17119 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17064--17337 Score: 433
Period size: 40 Copynumber: 6.9 Consensus size: 40
17054 TTCAGTATGT
*
17064 TATATCCGAGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
*
17104 TATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
*
17144 TATATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
* * *
17184 TTTATCTGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
* *
17224 TGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
*
17264 TATATCCGGGTTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
* **
17304 TGTATCCGGGCTAAACCCCGAAG-GCATTCGTGCT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
17338 TGGACAAAAT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 17, Indels: 1
0.92 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 11 0.05
40 206 0.95
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGA
Found at i:17633 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17583--17633 Score: 59
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
17573 TGTGTGACAA
* *
17583 CAAATGAATAGGGGCACTATGTGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
*
17608 CAAATGATTAGAGGCACTGA-GAGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACT-ATGAGTG
17633 C
1 C
17634 GAGTTCTTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 21 0.95
26 1 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (25 bp):
CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
Done.