Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2541
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8143
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.23, T:0.32
Found at i:2540 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 2498--2572 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
2488 GATCCGAGTT
*
2498 TAAAGACCCGCTGACTATATGA-AGAGATTATGTCCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATAT-ACAGAGATTATGTCCGGG
* *
2536 TAAAGACCCGATGGCTATGTACAGAGATTATGTCCGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATACAGAGATTATGTCCGG
2573 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATACAGAGATTATGTCCGGG
Found at i:2694 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2623--2977 Score: 544
Period size: 39 Copynumber: 9.1 Consensus size: 40
2613 AGGTCTCGAC
2623 GATG-ATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2661 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2701 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
2740 GATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2778 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2818 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
2857 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
2897 GATATATCCGTGCTAA-ACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
2936 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2976 GA
1 GA
2978 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 14, Indels: 12
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 28 0.09
39 148 0.50
40 120 0.41
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:2860 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 2623--2977 Score: 540
Period size: 79 Copynumber: 4.5 Consensus size: 79
2613 AGGTCTCGAC
2623 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
2687 GCATTCATGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
*
2701 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
2765 GCATTC-TGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGT
2778 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
2843 AGCATTC-TGCTAGT
65 AGCATTCATGCTAGT
* * * *
2857 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAA-ACCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
* *
2921 AGCATTCGTGCTGGT
65 AGCATTCATGCTAGT
* * * * *
2936 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
2978 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 13, Indels: 11
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
77 25 0.10
78 70 0.27
79 162 0.63
80 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
GCATTCATGCTAGT
Found at i:4375 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 4232--4410 Score: 349
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
4222 GGCCGGCCAT
4232 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
4297 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
4317 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
4382 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
*
4402 GGGCATGGG
1 GAGCATGGG
4411 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:5727 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 5673--6352 Score: 985
Period size: 47 Copynumber: 14.6 Consensus size: 47
5663 TATTTGAATA
*
5673 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
5720 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
5769 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
5815 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-C-ATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
5860 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
5907 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
5953 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6002 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
6049 AATGTGAACA-TG-ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6095 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6142 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
6189 AATGTGAACA-TGT-TATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6235 AATGTGAACA-TG--CATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
6280 AAT-TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
6326 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6353 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 16, Indels: 28
0.93 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.00
44 6 0.01
45 77 0.13
46 190 0.32
47 238 0.39
48 26 0.04
49 64 0.11
50 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:6089 original size:93 final size:94
Alignment explanation
Indices: 5673--6352 Score: 985
Period size: 93 Copynumber: 7.3 Consensus size: 94
5663 TATTTGAATA
*
5673 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* *
5738 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
5769 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
5833 TGTGATAAGGCCTAATGG-C-ATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
5860 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
5925 TGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
5953 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGT
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTAT
*
6017 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
63 ATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
6049 AATGTGAACA-TG-ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTA
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATA
*
6111 TGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6142 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGT-TA
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATA
*
6204 TGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
6235 AATGTGAACA-TG--CATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT-TGAAAGTGTATAT
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
6296 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
65 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
6326 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6353 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 17, Indels: 29
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 1 0.00
90 8 0.01
91 115 0.21
92 48 0.09
93 193 0.35
94 45 0.08
95 90 0.16
96 53 0.10
97 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:6157 original size:140 final size:141
Alignment explanation
Indices: 5673--6352 Score: 985
Period size: 140 Copynumber: 4.9 Consensus size: 141
5663 TATTTGAATA
*
5673 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* * *
5738 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
*
5803 -GCCGATGTGATG
129 GGCCAATGTGATG
*
5815 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-C-ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
5878 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGG
5943 CC-ATGTGATG
131 CCAATGTGATG
*
5953 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGT
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTAT
*
6017 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG-ATATATGTGATAAGGCCGA
63 ATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGA
6080 ATGGCCAATGTGATG
127 ATGGCCAATGTGATG
* * *
6095 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTA
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATA
* *
6158 TGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGT-TATGTGTGATAAGGCCGAA
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
6221 TGGCCAATGTGATG
128 TGGCCAATGTGATG
* *
6235 AATGTGAACA-TG--CATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT-TGAAAGTGTATAT
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * *
6296 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
65 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6353 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 18, Indels: 30
0.91 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
136 2 0.00
137 48 0.09
138 132 0.26
139 3 0.01
140 179 0.35
141 27 0.05
142 113 0.22
143 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (141 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGG
CCAATGTGATG
Done.