Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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10 CTCGTGGTTG
20 CCGAGGCTC-C-CACCGACCAAGGCCTA-GTTGCCGATGTGT
1 CCGAGGCTCTCGCA-CGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATG-GT
* ** *
59 CCGA-GCTCCCGCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCTGATGGT
1 CCGAGGCT--CTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGT
* * *
101 GGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGT
1 --CCGAGGCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGT
*
144 GCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGT
1 --CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGT
* * *
186 ACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGG-
1 -C-CGAGGCTCTCGCACGA-CCAAG-GCCTAGGTTGCCGATGGT
* *
227 CTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 C-CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGA-TG-GT
* *
270 CCGAGGCTCTCGCAC-ATCCAAGCGCCCAGG-TGCCAATGGT
1 CCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAG-GCCTAGGTTGCCGATGGT
* * *
310 GCCCGAGGCTCTCGCCCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGT
1 --CCGAGGCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGT
* * * * *
353 GCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGC
1 --CCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAG-GCCTAGGTTGCCGAT-G-GT
* * *
397 CCGAGGCTC-CAGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCTC-GCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGAT-G-GT
* * *
439 CCGGGGCTC-CTGCAC-ATCCTA-GCACCAGGTTGCCGATGGT
1 CCGAGGCTCTC-GCACGA-CCAAGGC-CTAGGTTGCCGATGGT
*
479 GCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 --CCGAGGCTCTCGCACGACCAA-GGCCTA
509 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 55, Indels: 78
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
38 3 0.01
39 9 0.03
40 29 0.08
41 24 0.07
42 170 0.48
43 109 0.31
44 7 0.02
45 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (40 bp):
CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCCGATGGT
Found at i:333 original size:124 final size:124
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Indices: 100--324 Score: 303
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
90 TTGCTGATGG
* * **
100 TGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACC
1 TGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACC
* * * *
165 AAGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
66 AAGGCCCAGGTTGCCAATGGTACCCGAGGCTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
224 TGGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCTCGCAC-AT
1 TGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-
*
287 CCAAGCGCCCAGG-TGCCAATGGTGCCCGAGGCTCTCGC
64 CCAAG-GCCCAGGTTGCCAATGGTACCCGAGGCTCTCGC
325 CCGACCAAGG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 11, Indels: 6
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
123 1 0.01
124 60 0.69
125 26 0.30
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (124 bp):
TGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACC
AAGGCCCAGGTTGCCAATGGTACCCGAGGCTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:371 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 48--508 Score: 472
Period size: 85 Copynumber: 5.5 Consensus size: 85
38 AAGGCCTAGT
* * * *
48 TGCCGAT-GTGTCCGA-GCTCCCGCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCTGATGGTGGCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CC-CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** ** *
111 CCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTT
64 CCCGCAC-ATCCAAGCACCCAG-G
* * * * * * *
134 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
198 CGCACATCCAAGCACCAAGG
66 CGCACATCCAAGCACCCAGG
* * ** * *
218 TGCCGAT-G-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
280 CGCACATCCAAGCGCCCAGG
66 CGCACATCCAAGCACCCAGG
* * * *
300 TGCCAATGGTGCCCGAGGCTCTCGCCCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* *
365 CGCACATCGAAGCACCGAGG
66 CGCACATCCAAGCACCCAGG
* * * * * *
385 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* *
449 TGCACATCCTAGCA-CCAGG
66 CGCACATCCAAGCACCCAGG
468 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
509 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 56, Indels: 17
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
82 69 0.22
83 6 0.02
84 98 0.32
85 110 0.35
86 18 0.06
87 8 0.03
88 2 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
CGCACATCCAAGCACCCAGG
Found at i:481 original size:169 final size:168
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Indices: 133--508 Score: 483
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
123 AGGGCTTAGT
* * *
133 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTC
1 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTC
* * *
197 TCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCC
66 CCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCCCGAGGCTCCAGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCC
*
262 GACAGTGTCCGAGGCTCTCGCACATCCAAGCGCCCAGG
131 GACAGTGTCCGAGGCTCTCGCACATCCAAGCGACCAGG
* * * * *
300 -TGCCAATGGTGCCCGAGGCTCTCGCCCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
1 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTC
* * * * *
364 CCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCA-TACCAAGGGCTTAGTTT
66 CCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-G-GCCCGAGGCTCCAGCACGACCAA-GGCCTAGGTT
** * *
428 GCCGATGGTGTCCGGGGCTC-CTGCACATCCTAGC-ACCAGG
128 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCTC-GCACATCCAAGCGACCAGG
*
468 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTA
509 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 25, Indels: 10
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 30 0.17
167 50 0.28
168 12 0.07
169 86 0.48
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTC
CCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCCCGAGGCTCCAGCACGACCAAGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCTCGCACATCCAAGCGACCAGG
Found at i:546 original size:24 final size:23
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Indices: 514--588 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
504 GCCTATGCTA
*
514 CCGGAACGGTTCACCGGAGCACCG
1 CCGG-ACGGTTCGCCGGAGCACCG
*
538 ACGGGACGGTTCGCCGGAGCACCG
1 -CCGGACGGTTCGCCGGAGCACCG
* *
562 CCGGACGGATCGCCGGAGCACCA
1 CCGGACGGTTCGCCGGAGCACCG
585 CCGG
1 CCGG
589 GAACCTAACC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 2
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 24 0.53
24 18 0.40
25 3 0.07
ACGTcount: A:0.19, C:0.37, G:0.37, T:0.07
Consensus pattern (23 bp):
CCGGACGGTTCGCCGGAGCACCG
Found at i:854 original size:42 final size:42
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Indices: 799--1090 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
789 ACTTTAGCTT
* *
799 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
841 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
883 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
925 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
967 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
1009 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
1052 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
1091 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:9061 original size:43 final size:43
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Indices: 8991--9083 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
8981 TCTTCTTTAG
*
8991 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
9035 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
9077 CCCGCAC
1 CCCGCAC
9084 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:9105 original size:25 final size:25
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Indices: 9071--9119 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
9061 GATGGTGTCC
* *
9071 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
9096 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
9120 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:9144 original size:43 final size:41
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Indices: 9096--10136 Score: 750
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
9086 CCTAGCCACT
* * *
9096 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
9139 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
9173 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9216 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
9259 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
9301 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9344 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
9386 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
9429 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9472 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
9515 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
9557 GAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9599 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
9641 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
9684 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
9727 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9770 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
9813 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
9855 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
9898 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
9940 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
9983 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
10025 GAGGCTCCAGAGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCACACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
10069 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
10111 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
10137 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 84
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 11 0.01
42 266 0.34
43 460 0.58
44 24 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:9166 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 9118--9196 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
9108 CATCCGAGCC
*
9118 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
9153 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
9187 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
9197 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:9333 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 9204--10123 Score: 693
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
9194 GCCTATTTTA
* * * * * * *
9204 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
9269 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
9289 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
9354 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
9374 CCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
9439 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
9460 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
9525 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * ** *
9545 CCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
9609 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
9629 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
9694 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
9715 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
9780 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
9801 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
9864 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
9886 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
9949 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * * *
9971 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCA
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** *
10034 G-AGCATACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCA-CAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
10057 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
10120 GCAC
64 GCAC
10124 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 107, Indels: 49
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.00
84 73 0.10
85 380 0.54
86 247 0.35
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:9346 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 9125--10136 Score: 879
Period size: 128 Copynumber: 8.0 Consensus size: 128
9115 GCCACCAAGG
*
9125 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG--C-A-C--G-ACCAAGG-GCCGATGGTGGC-CGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCC
* * * * * *
9181 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
9245 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * **
9309 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * ** *** *
9372 AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * *
9437 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
9501 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* ** * * * ** *
9565 CGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* ** * *
9627 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * * *
9691 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
64 CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * ** * * * * *
9756 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** * * *
9821 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
9884 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTAC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * ** *
9948 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * ** ** * *
10011 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGGGGC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-GACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGC
* * ** *
10074 TCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
62 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
10137 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 145, Indels: 64
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
120 22 0.03
122 2 0.00
124 1 0.00
126 37 0.05
127 159 0.22
128 359 0.50
129 131 0.18
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:9719 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 9330--10065 Score: 1149
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
9320 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
9330 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
9394 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
9459 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
9524 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
9588 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
9627 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
9692 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
9757 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
9822 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
9887 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
9926 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * *
9991 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCATACCAAGGGCTTAG
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-GACCAAGGGCTTAG
10053 TTTGCCGATGGTG
127 TTTGCCGATGGTG
10066 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 27, Indels: 12
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 36 0.09
298 215 0.53
299 153 0.38
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:9961 original size:256 final size:255
Alignment explanation
Indices: 9096--10130 Score: 1038
Period size: 256 Copynumber: 4.1 Consensus size: 255
9086 CCTAGCCACT
* * *
9096 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA--
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * * *
9158 G----G--GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCG
64 GCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * * *
9217 AGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCAC
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCAGCACATCCAAGCAC
* ** *
9282 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
9344 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
9408 CCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
65 CCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * * *
9473 AGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC-GGACATCCAAGCA
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CAGCACATCCAAGCA
* * ** **
9537 CCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCAC-GCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
193 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
9599 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
9663 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * * *
9728 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC-GCACGA-CCAAGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CAGCAC-ATCCAAGC
* * * * * * *
9791 GCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CT
192 ACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGTC-
9854 C
255 C
** ** * * *
9855 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * * * *
9919 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
64 GCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * ** * *
9984 AGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCATACCAAG
129 AGCCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCAGCA-CAT-CCAAG
** ** * * * * *
10046 GGCTTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGC
191 CACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGT
10109 CC
254 CC
10111 GAGGCTCCCGCACGACCAAG
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAG
10131 GGCCTATGCT
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 89, Indels: 52
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
247 37 0.06
248 19 0.03
249 1 0.00
254 5 0.01
255 221 0.33
256 339 0.51
257 46 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (255 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCAGCACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:10217 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10141--10219 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
10131 GGCCTATGCT
* *
10141 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
10165 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
10189 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
10213 ACCGGGA
1 ACCGGGA
10220 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:10483 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 10428--10719 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
10418 ACTTTAGCTT
* *
10428 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
10470 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
10512 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
10554 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
10596 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
10638 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
10681 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
10720 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:18691 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 18621--18713 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
18611 TCTTCTTTAG
*
18621 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
18665 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
18707 CCCGCAC
1 CCCGCAC
18714 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:18735 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 18701--18749 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
18691 GATGGTGTCC
* *
18701 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
18726 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
18750 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:18774 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 18726--19763 Score: 782
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
18716 CCTAGCCACT
* * *
18726 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
18769 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
18803 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
18846 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
18889 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
18931 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
18974 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
19016 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
19059 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
19102 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
19145 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
19187 GAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
19229 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
19271 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
19314 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
19357 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
19400 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
19443 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
19485 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
19528 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
19570 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
19613 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
19655 GAGGCT-CCGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
19696 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
19738 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
19764 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 158, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
40 7 0.01
41 34 0.04
42 268 0.34
43 454 0.57
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:18796 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 18748--18826 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
18738 CATCCGAGCC
*
18748 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
18783 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
18817 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
18827 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:18963 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 18834--19750 Score: 716
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
18824 GCCTATTTTA
* * * * * * *
18834 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
18899 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
18919 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
18984 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
*
19004 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
19069 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
19090 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
19155 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* ** *
19175 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
19239 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
19259 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
19324 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
19345 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
19410 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
19431 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
19494 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
19516 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
19579 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
19601 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** ** *
19663 GCATA-CCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCACATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
19684 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
19747 GCAC
64 GCAC
19751 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 102, Indels: 45
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 2 0.00
83 66 0.09
84 82 0.12
85 377 0.53
86 181 0.26
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:18976 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 18755--19763 Score: 911
Period size: 128 Copynumber: 8.0 Consensus size: 128
18745 GCCACCAAGG
*
18755 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG--C-A-C--G-ACCAAGG-GCCGATGGTGGC-CGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCC
* * * * * *
18811 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
18875 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * **
18939 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** *** *
19002 AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * *
19067 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * *
19131 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* ** * * * ** *
19195 CGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* ** * *
19257 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * * *
19321 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
64 CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * ** * * * * *
19386 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** * * *
19451 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
19514 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTAC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * ** *
19578 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** ** * *
19641 TGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-TCCGGGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTC
* * ** *
19703 CTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
64 CCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
19764 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 140, Indels: 63
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
120 22 0.03
122 2 0.00
124 1 0.00
125 44 0.06
126 73 0.10
127 157 0.22
128 316 0.44
129 100 0.14
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:19319 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 18960--19692 Score: 1181
Period size: 298 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
18950 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
18960 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
19024 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
19089 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
19154 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
19218 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
19257 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
19322 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
19387 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
19452 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
19517 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
19556 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
19621 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
19682 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
19693 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 24, Indels: 11
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
296 26 0.06
297 40 0.10
298 213 0.52
299 127 0.31
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:19844 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19768--19846 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
19758 GGCCTATGCT
* *
19768 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
19792 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
19816 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
19840 ACCGGGA
1 ACCGGGA
19847 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:20110 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 20055--20346 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
20045 ACTTTAGCTT
* *
20055 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
20097 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
20139 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
20181 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
20223 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
20265 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
20308 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
20347 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:25913 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 25755--25921 Score: 214
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
25745 ACTTTAGCTT
** * * *
25755 TGGTGCTCGAGGCTTTCGCACATCCTAGCACCAA-GTGTCGG
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
* *
25796 TGGTGCTCGAGCCTCTCGCACATCC-AGCACCAAGGTTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGG-TGCCGA
25838 TGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
*
25880 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCATATCCGAGCCACCAAGGTGCCG
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAG-CACCAAGGTGCCG
25922 GAGACTCTTG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 7, Indels: 10
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 8 0.07
41 26 0.23
42 54 0.48
43 25 0.22
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:33861 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 33798--34552 Score: 785
Period size: 42 Copynumber: 17.8 Consensus size: 41
33788 TTTTCTTTAG
* * *
33798 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGA-GCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * *
33841 CCTGCACATCTACGCACCAAGGTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCT
1 CCCGCACATCGA-GCACCAAGG-TGCCGATGCTGCT-CGAGGCT
* * * *
33884 CTCGCATATCCGAGCCCCCAAGGTGCCGATGCTGGTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * **
33927 CCCGCATATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCTGGTTAAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
*
33970 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
34012 CCCGCATATCTGAGCCAACAAGGTGCCGATGGTGCACGAGGCT
1 CCCGCACATC-GAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * *
34055 CCCCCACATGCAAGCACCAAGGTGCAGATGCTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* *
34097 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTACTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGA-GCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
*
34140 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * *
34182 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTC-AGGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGA-GGCT
* *
34224 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
34266 CCCGTACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGACGGTGGTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
34309 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACCGCTCGCGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* *
34351 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATGCTGCTCGGGGCT
1 CCCGCACAT-CGAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* *
34394 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTCCTCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
34436 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCGCGGCT
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
34478 CCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCC
1 CCCGCACAT-CGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
34520 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCT
1 CCCGCACAT-CGAG-CACCAAGGTGCCGATGCT
34553 ACCATGTGCT
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 76, Indels: 28
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.00
42 343 0.55
43 266 0.43
44 11 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.37, G:0.28, T:0.15
Consensus pattern (41 bp):
CCCGCACATCGAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCT
Found at i:34010 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 33798--34550 Score: 987
Period size: 85 Copynumber: 8.9 Consensus size: 85
33788 TTTTCTTTAG
* * * * *
33798 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTTCGAGGCTCCTGCACAT-CTA-CGCACCAA
1 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGC-CACCAA
33861 GGTTGCCGATGGT-GTCCGAGGCT
64 GG-TGCCGATGGTGGT-CGAGGCT
* * * * * *
33884 CTCGCATATCCGAGCCCCCAAGGTGCCGATGCTGGTCGAGGCTCCCGCATATCCGAGCCACCAAG
1 CCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAG
* **
33949 GTGCCGATGCTGGTTAAGGCT
65 GTGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* * * *
33970 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCATATCTGAGCCAACAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
**
34035 TGCCGATGGTGCACGAGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* * * *
34055 CCCCCACATGCAAGCACCAAGGTGCAGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
* * **
34120 TGTCGATGCTACTCGAGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* *
34140 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-CACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
34204 TGCCGATGGTGGTC-AGGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGA-GGCT
* *
34224 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGTACATCCGAGCCACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
*
34289 TGCCGACGGTGGTCGAGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* * *
34309 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACCGCTCGCGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
* * * *
34374 TACCGATGCTGCTCGGGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* * *
34394 CCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTCCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
*
34458 TGCCGATGGTGGTCGCGGCT
66 TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
* * *
34478 CCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCCCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
34543 TGCCGATG
66 TGCCGATG
34551 CTACCATGTG
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 77, Indels: 17
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 148 0.25
85 355 0.61
86 65 0.11
87 12 0.02
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.37, G:0.28, T:0.15
Consensus pattern (85 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
TGCCGATGGTGGTCGAGGCT
Found at i:34263 original size:254 final size:253
Alignment explanation
Indices: 33802--34550 Score: 1043
Period size: 254 Copynumber: 2.9 Consensus size: 253
33792 CTTTAGCCCG
* * * * * *
33802 CACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTTCGAGGCTCCTGCACAT-CTACGCACCAAGGTTG
1 CACAT-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGG-TG
* * * * * * *
33866 CCGATGGTGTCCGAGGCTCTCGCATATCCGAGCCCCCAAGGTGCCGATGCTGGTCGAGGCTCCCG
64 CCGATGCTCT-CGAGGCTCCCGCACATCCCAG-CACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCG
* * * * * *
33931 CATATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGCTGGTTAAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCC
127 CACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAGGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC
* * * *
33996 GATGCTGCTCGAGGCTCCCGCATATCTGAGCCAACAAGGTGCCGATGGTGCACGAGGCTCCCC
191 GATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCACGAGGCTCCCC
* * *
34059 CACATGCAAGCACCAAGGTGCAGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTC
1 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
34124 GATGCTACTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCAC
66 GATGCT-CTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCAC
*
34189 ATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAGGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATG
130 ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAGGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATG
* * ** *
34254 GTGCTCGAGGCTCCCGTACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGACGGTGGTCGAGGCTCCCG
195 GTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCACGAGGCTCCCC
* * * * *
34313 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATACCGCTCGCGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACC
1 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
* *
34378 GATGCTGCTCGGGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTCCTCGAGGCTCCCGCAC
66 GATGCT-CTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCAC
*
34443 ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTC-GCGGCTCCCGTACATCCAAGCACCAAGGTGCCGAT
130 ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAG-GGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGAT
*
34507 GGTGCTCGAGGCCCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATG
194 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATG
34551 CTACCATGTG
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 47, Indels: 9
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
253 1 0.00
254 324 0.73
255 38 0.09
256 62 0.14
257 17 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.36, G:0.28, T:0.15
Consensus pattern (253 bp):
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
GATGCTCTCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGCCGATGCTGCTCGAGGCTCCCGCACA
TCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCAGGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGG
TGCTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCACGAGGCTCCCC
Found at i:34683 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34649--34722 Score: 132
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
34639 TTTTCTATAT
*
34649 GCCGGGATGGATCGCCGGAGCGCC
1 GCCGGGATGGATCGCCGGAGCACC
34673 GCC-GGATGGATCGCCGGAGCACC
1 GCCGGGATGGATCGCCGGAGCACC
34696 GCCGGGATGGATCGCCGGAGCACC
1 GCCGGGATGGATCGCCGGAGCACC
34720 GCC
1 GCC
34723 AGGAACCTAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 22 0.46
24 26 0.54
ACGTcount: A:0.15, C:0.35, G:0.42, T:0.08
Consensus pattern (24 bp):
GCCGGGATGGATCGCCGGAGCACC
Found at i:40094 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 40047--40184 Score: 172
Period size: 42 Copynumber: 3.3 Consensus size: 42
40037 ACTTTAGCTT
* * *
40047 TGGTGCTCGAGGCTTCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGTCGG
1 TGGTGCTCGAGGCTTCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
*
40089 TGGTGCTCGA-GCCTCTCGCACATCCGAGCACCAAGGTTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTTC-CGCACATCCGAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
40132 TGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCTGA
1 TGGT-GCTCGAGGCTTCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
*
40174 TGGTGTTCGAG
1 TGGTGCTCGAG
40185 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 8, Indels: 10
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 5 0.06
42 42 0.51
43 31 0.37
44 5 0.06
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTTCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:41628 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 41548--41730 Score: 223
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
41538 GCTACTCGTT
*
41548 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGG--TTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* *
41586 CAATTGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* *
41626 CAAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAATTAGTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* * * * *
41665 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATTTAGTAAC-TCGCA
41706 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
41731 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 15, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 24 0.19
39 33 0.27
40 56 0.45
41 11 0.09
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
Found at i:41690 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 41548--41730 Score: 232
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
41538 GCTACTCGTT
* *
41548 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGG-TTAGTAACTCGCACAATTGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
* *
41612 TTTAGTAAC-TCGCA
66 TATAGTAACTTAGCA
* **
41626 CAAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAATTAGTATCTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCG
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGG-ATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCG
* *
41689 GATATGGTCACTTAGCA
64 GATATAGTAACTTAGCA
41706 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
41731 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 9, Indels: 9
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
77 9 0.10
78 17 0.19
79 47 0.52
80 18 0.20
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (80 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
TATAGTAACTTAGCA
Done.