Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3252
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13240
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.21, T:0.33
Found at i:1614 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 1542--1691 Score: 171
Period size: 67 Copynumber: 2.2 Consensus size: 67
1532 CATCATGTGT
* * * *
1542 ACAAGAGAGCTACAAGACATTATGATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACC
1 ACAAGAGAGCTAC--GACA-TAT-ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACC
1604 ATGTAG
62 ATGTAG
** * *
1610 ACAAGAGAGCTACGGGATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGT
1 ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
1675 AG
66 AG
1677 ACAAGAGAGCTACGA
1 ACAAGAGAGCTACGA
1692 GATAAACTGG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 7
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
64 20 0.29
65 7 0.10
66 4 0.06
67 26 0.37
68 13 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (67 bp):
ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
AG
Found at i:1647 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1566--1749 Score: 194
Period size: 67 Copynumber: 2.8 Consensus size: 64
1556 AGACATTATG
* *
1566 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGGGATAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
* * * * * *
1630 ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
1695 AA
63 AA
* * * *
1697 ACTG--GCTAGGTCACATGGGTGGTACTAAGTGTTCACCATGT-GTACAAGAGAGC
1 A-TGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAG-ACAAGAGAGC
1750 CGAACTATAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 11
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.01
63 19 0.19
64 21 0.21
65 8 0.08
66 16 0.16
67 31 0.32
68 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (64 bp):
ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
Found at i:5681 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 5627--6032 Score: 643
Period size: 47 Copynumber: 8.6 Consensus size: 47
5617 TATTTGAATA
* *
5627 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
5674 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATTGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
5723 AATGTGAAAGTGTATATATGCGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
5770 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
5817 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
5866 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
5912 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * *
5959 AATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
6006 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6033 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 20, Indels: 10
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 46 0.14
47 197 0.59
49 91 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:5735 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 5627--6032 Score: 643
Period size: 96 Copynumber: 4.3 Consensus size: 94
5617 TATTTGAATA
5627 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
*
5692 TATGTGATAAGGCCTAATTGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
5723 AATGTGAAAGTGTATATATGCGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
5788 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
5817 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
5882 TATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
5912 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * * * * *
5977 TGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
6006 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6033 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 13, Indels: 8
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
93 65 0.22
94 81 0.28
95 24 0.08
96 124 0.42
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:5885 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 5627--6032 Score: 663
Period size: 143 Copynumber: 2.9 Consensus size: 142
5617 TATTTGAATA
* *
5627 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
5692 TATGTGATAAGGCCTAATTGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGCGATAAGGCCGAAT
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
5757 GGCCAATGTGATG
131 -GCCAATGTGATG
5770 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
5835 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
*
5900 GCCGATGTGATG
131 GCCAATGTGATG
5912 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * * * * * * *
5975 TATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6033 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 14, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
140 54 0.22
142 70 0.28
143 125 0.50
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (142 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
GCCAATGTGATG
Found at i:10763 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 10691--10840 Score: 171
Period size: 67 Copynumber: 2.2 Consensus size: 67
10681 CATCATGTGT
* * * *
10691 ACAAGAGAGCTACAAGACATTATGATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACC
1 ACAAGAGAGCTAC--GACA-TAT-ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACC
10753 ATGTAG
62 ATGTAG
** * *
10759 ACAAGAGAGCTACGGGATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGT
1 ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
10824 AG
66 AG
10826 ACAAGAGAGCTACGA
1 ACAAGAGAGCTACGA
10841 GATAAACTGG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 7
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
64 20 0.29
65 7 0.10
66 4 0.06
67 26 0.37
68 13 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (67 bp):
ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
AG
Found at i:10796 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 10715--10898 Score: 194
Period size: 67 Copynumber: 2.8 Consensus size: 64
10705 AGACATTATG
* *
10715 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGGGATAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
* * * * * *
10779 ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
10844 AA
63 AA
* * * *
10846 ACTG--GCTAGGTCACATGGGTGGTACTAAGTGTTCACCATGT-GTACAAGAGAGC
1 A-TGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAG-ACAAGAGAGC
10899 CGAACTATAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 11
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.01
63 19 0.19
64 21 0.21
65 8 0.08
66 16 0.16
67 31 0.32
68 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (64 bp):
ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
Done.