Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3401
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 36997
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.17, T:0.31
Found at i:2978 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2922--3544 Score: 1044
Period size: 47 Copynumber: 13.3 Consensus size: 47
2912 AAAGTGTATA
2922 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
* * *
2969 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGCATGTTGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG--TGATGAATGTGAAAGTGT
3018 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG--A-TGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3062 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--T
3111 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3158 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3205 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3252 ATATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3298 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3345 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
*
3392 ATATAT-TATATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGT-GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3439 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
* * * * * * *
3486 ATATATGCGA-CAGG-CGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
*
3531 ATAAATGTGATAAG
1 ATATATGTGATAAG
3545 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 18, Indels: 23
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 43 0.08
45 35 0.06
46 53 0.10
47 324 0.59
48 1 0.00
49 91 0.17
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
Found at i:3047 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3022--3094 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
3012 AAGTGTATAT
3022 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * ****
3044 ATGTGATGAATG--TGATGTATAT
1 ATGTGAT-AAGGCCTAATG-GCCG
3066 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
3088 ATGTGAT
1 ATGTGAT
3095 GAATGTGAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 12, Indels: 8
0.64 0.22 0.15
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.20
22 21 0.60
23 7 0.20
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
ATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:3069 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 2922--3544 Score: 1024
Period size: 140 Copynumber: 4.4 Consensus size: 140
2912 AAAGTGTATA
*
2922 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCG
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
* *
2987 AATGGCCAATGCATGTTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 AATGGCCGATG--TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3052 AATGTG-A-TGT
129 AATGTGAAGTGT
3062 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGC
3127 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
64 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3192 AATGTGAAAGTGT
129 AATGTG-AAGTGT
3205 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGATAAGGCCT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
3269 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
66 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
3334 TGTGAAAGTGT
131 TGTG-AAGTGT
*
3345 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT-TATATAAGGCC
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGT-GATAAGGCC
3409 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
65 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3474 ATGTGAAAGTGT
130 ATGTG-AAGTGT
* * * * * * * *
3486 ATATATGCGA-CAGG-CGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3545 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 13, Indels: 17
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
139 36 0.08
140 248 0.54
141 100 0.22
142 29 0.06
143 49 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
TGTGAAGTGT
Found at i:3318 original size:187 final size:188
Alignment explanation
Indices: 2922--3544 Score: 1044
Period size: 187 Copynumber: 3.3 Consensus size: 188
2912 AAAGTGTATA
*
2922 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCG
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
* *
2987 AATGGCCAATGCATGTTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 AATGGCCGATG--TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3052 AATGTG--A-TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
129 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--T
3111 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
3176 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
66 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
3241 TGTGAAAGTGTATATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
131 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
3298 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
*
3363 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT-TATATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGT-GATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3427 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
130 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
* * * * * * * *
3486 ATATATGCGA-CAGG-CGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3545 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 12, Indels: 13
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
186 40 0.10
187 204 0.49
188 50 0.12
189 115 0.28
190 8 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (188 bp):
ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
Found at i:3728 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3673--3735 Score: 92
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
3663 GACCGATGAC
*
3673 TACGTGTGGAGATTATGTCTGGGTAAGACCCGGA
1 TACGTGTGGAG--TATGTCCGGGTAAGACCCGGA
3707 TACGTGTGGAG-ATGTCCGGGTAAGACCCG
1 TACGTGTGGAGTATGTCCGGGTAAGACCCG
3736 ATAACTTCAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.61
34 11 0.39
ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.37, T:0.24
Consensus pattern (32 bp):
TACGTGTGGAGTATGTCCGGGTAAGACCCGGA
Found at i:5334 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5164--5333 Score: 139
Period size: 43 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
5154 AGGATTTCTG
* * *
5164 ATATGTGTTCTCATGTAAGACCACATCTGGGACGTTGGCATCG
1 ATATGTGAT-TCATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATCA
* * **
5207 ATATGTGATTTCGA-GTAAGACCATGTCTGGGACATCAGCATCA
1 ATATGTGA-TTC-ATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATCA
* * * * *
5250 TTATTATGATTCGTGTAAGACC-CTGTCTGGTACAG-TGGCATTA
1 ATA-TGTGATTCATGTAAGACCAC-GTCTGGGAC-GTTGGCATCA
*
5293 ACATGTGATTACATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
1 ATATGTGATT-CATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
5334 TGTATGATAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 21, Indels: 18
0.71 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 7 0.07
43 83 0.86
44 7 0.07
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (42 bp):
ATATGTGATTCATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATCA
Found at i:8657 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8609--8713 Score: 117
Period size: 27 Copynumber: 3.9 Consensus size: 27
8599 GCGAGGCTGC
* *
8609 CAGATATTGTGAC-GAAGTCACCAGATA
1 CAGATATTGTGGCAG-AGCCACCAGATA
8636 CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGA-A
1 CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGATA
*
8662 CAGATATATGTGGCAGAGCCATCAGAT-
1 CAGATAT-TGTGGCAGAGCCACCAGATA
* *
8689 CAGATAATTATGGCATAGCCACCAG
1 CAGAT-ATTGTGGCAGAGCCACCAG
8714 GACGCTTCCT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 6, Indels: 8
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.12
27 57 0.84
28 3 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (27 bp):
CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGATA
Found at i:15643 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 15595--15699 Score: 135
Period size: 27 Copynumber: 3.9 Consensus size: 27
15585 ACGAGGATGC
* *
15595 CAGATATTGTGAC-GAAGTCACCAGATA
1 CAGATATTGTGGCAG-AGCCACCAGATA
15622 CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGA-A
1 CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGATA
15648 CAGATATATGTGGCAGAGCCACCAGAT-
1 CAGATAT-TGTGGCAGAGCCACCAGATA
*
15675 CAGATAATTGTGGCATAGCCACCAG
1 CAGAT-ATTGTGGCAGAGCCACCAG
15700 GACGCTTCCT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 3, Indels: 8
0.87 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.11
27 60 0.85
28 3 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.25, T:0.19
Consensus pattern (27 bp):
CAGATATTGTGGCAGAGCCACCAGATA
Found at i:22643 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 22578--22646 Score: 86
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
22568 ACAAATATTA
22578 TGGCAGAGCCACCAGAACAGATATATG
1 TGGCAGAGCCACCAGAACAGATATATG
* * *
22605 TGGTAGAACCACCAGATCAGATA-ATTG
1 TGGCAGAGCCACCAGAACAGATATA-TG
*
22632 TGGCATAGCCACCAG
1 TGGCAGAGCCACCAG
22647 GACGCTTCCT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.03
27 34 0.97
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (27 bp):
TGGCAGAGCCACCAGAACAGATATATG
Found at i:27421 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 27377--27597 Score: 269
Period size: 40 Copynumber: 5.7 Consensus size: 40
27367 GCTCCTCGTT
* *
27377 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
* *
27417 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
*
27457 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAT-TAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
*
27496 C-AATGCCTTCGGG-CTTAG-CCGGA-ATTAGTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATA-TAGTAACTCGCA
* * * *
27533 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATATAGTAAC-TCGCA
27574 CAAA-GCCTTC-GGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
27598 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 11, Indels: 17
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 5 0.03
37 18 0.11
38 21 0.13
39 28 0.17
40 81 0.50
41 9 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
Found at i:27536 original size:76 final size:80
Alignment explanation
Indices: 27377--27597 Score: 258
Period size: 76 Copynumber: 2.8 Consensus size: 80
27367 GCTCCTCGTT
* *
27377 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
1 CAAATGCCTTCGGGACATAACCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
*
27442 ATTTAGTAACTCGCA
66 AATTAGTAACTCGCA
* *
27457 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAT-TAGTAACTCGCAC-AATGCCTTCGGG-CTT-AGCCGG
1 CAAATGCCTTCGGGACATAACCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
*
27518 AATTAGTATCTCGCA
66 AATTAGTAACTCGCA
* ** * * * *
27533 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTC-GGACTTAGCCC
1 CAAATGCCTTCGGGA-CATAACCCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCC
27595 GGA
64 GGA
27598 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 13, Indels: 13
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
75 3 0.02
76 39 0.32
77 10 0.08
78 26 0.21
79 20 0.16
80 24 0.20
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
CAAATGCCTTCGGGACATAACCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
AATTAGTAACTCGCA
Found at i:27558 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 27379--27597 Score: 277
Period size: 116 Copynumber: 1.9 Consensus size: 117
27369 TCCTCGTTCA
*
27379 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAT
1 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAT
* *
27444 TTAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTAGTAACTCGCAC
66 ATAGTAACTTAGCACAAA-GCCTTC-GGACTTAACCCGGATTAGTAACTCGCAC
* * **
27497 AATGCCTTCGGG-CTTAG-CCGGA-ATTAGTATCTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGG
1 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATA-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGG
* * *
27558 ATATGGTCACTTAGCACAAAGCCTTCGGACTTAGCCCGGA
64 ATATAGTAACTTAGCACAAAGCCTTCGGACTTAACCCGGA
27598 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 10, Indels: 9
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
115 17 0.19
116 47 0.53
117 12 0.14
118 12 0.14
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (117 bp):
AATGCCTTCGGGACATAGCCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAT
ATAGTAACTTAGCACAAAGCCTTCGGACTTAACCCGGATTAGTAACTCGCAC
Found at i:36851 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 36748--36896 Score: 214
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 79
36738 CATATCGGAC
* *
36748 TAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAATTCCGGGCTAAG-CCCG-AGGCATTTGGTGCGA
1 TAAGATCCCAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAAT-CGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTT-GTGCGA
36811 GTATACTAAATTCGGGT
64 GT-TACTAAATTCGGGT
* *
36828 TAAG-TCCCAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT
1 TAAGATCCCAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT
36892 TACTA
66 TACTA
36897 TAACCGGGCT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 6
0.86 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 13 0.21
79 38 0.60
80 12 0.19
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (79 bp):
TAAGATCCCAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGT
TACTAAATTCGGGT
Found at i:36879 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 36706--36923 Score: 223
Period size: 39 Copynumber: 5.6 Consensus size: 39
36696 GAATGTGTCC
* * * * *
36706 GGCTAAGTCCCAAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCG
1 GGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAATCG
* * *
36745 GACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAATTCCG
1 GGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAAT-CG
36785 GGCTAAG-CCCG-AGGCATTTGGTGCGAGTATACTAAATTCG
1 GGCTAAGTCCCGAAGGCATTT-GTGCGAGT-TACTAAA-TCG
*
36825 GGTTAAGTCCC-AAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCG
1 GGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCG
* *
36863 GGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACCG
1 GGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AATCG
*
36903 GGCTATGTCCCGAA-GCATTTG
1 GGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
36924 AACGTAGGAA
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 15, Indels: 22
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 22 0.14
39 65 0.42
40 54 0.35
41 12 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (39 bp):
GGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCG
Done.