Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold566
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12914
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.23, T:0.32
Found at i:2927 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 2784--2962 Score: 349
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
2774 GGCCGGCCAT
2784 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
2849 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
2869 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
2934 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
*
2954 GGGCATGGG
1 GAGCATGGG
2963 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:4279 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4225--4767 Score: 846
Period size: 47 Copynumber: 11.6 Consensus size: 47
4215 TATTTGAATA
*
4225 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4272 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4321 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
4368 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4415 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
4462 AATGTGAAAGTG--TATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
4507 AATGTGAAA-TGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4553 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4600 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
4647 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
4694 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
4741 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
4768 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 16, Indels: 12
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.00
45 40 0.08
46 42 0.09
47 344 0.73
49 46 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:4694 original size:279 final size:282
Alignment explanation
Indices: 4225--4767 Score: 855
Period size: 279 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
4215 TATTTGAATA
*
4225 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATA
* * *
4290 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
65 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
* * * *
4355 GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGT
130 GGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGT
* *
4420 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT-ATGTGAT
195 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAATGTGAT
4484 AAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
260 AAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
4507 AATGTGAAA-TGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG-TGTA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGATATA
* * *
4569 TGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAA
65 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
4633 TGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
129 TGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
* *
4697 GTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATAAATGT
193 GTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT-AATGT
4762 GATAAG
257 GATAAG
4768 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 16, Indels: 11
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
279 172 0.72
280 2 0.01
281 56 0.23
282 10 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (282 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGATATAT
ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
GCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
AAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAATGTGATA
AGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:7243 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 7179--7253 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
7169 AATCCGAGTT
*
7179 TAAAGACCCGCTGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
* *
7217 TAAAGACCCGATGGCTATGT-ACAGAGATTATGTCCGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGA-AGAGATTATGTCCGG
7254 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
Found at i:7378 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 7307--7701 Score: 614
Period size: 39 Copynumber: 10.1 Consensus size: 39
7297 AGGTCTCGAC
7307 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7346 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7385 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7424 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
7463 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7503 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7542 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
7581 GATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * ** * *
7620 GATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCT-AAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
7660 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7700 GA
1 GA
7702 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 16, Indels: 11
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 7 0.02
39 219 0.66
40 106 0.32
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:7519 original size:118 final size:119
Alignment explanation
Indices: 7307--7701 Score: 638
Period size: 118 Copynumber: 3.4 Consensus size: 119
7297 AGGTCTCGAC
7307 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
*
7370 AGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7424 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
7488 AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
7542 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
* * ** * *
7605 AGCATTCGTGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
66 AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCT-AAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
7660 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
7702 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 12, Indels: 6
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
117 84 0.32
118 157 0.60
119 21 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (119 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAG
AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:7602 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 7307--7701 Score: 641
Period size: 157 Copynumber: 2.5 Consensus size: 157
7297 AGGTCTCGAC
*
7307 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
7371 GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGG
66 GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGG
7436 CTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
131 CTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
7463 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
7528 GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCC-GG
66 GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGG
*
7592 CTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
131 CTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * ** * * * *
7620 GATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAG
* *
7685 AGCAATCATGCTGGTGA
65 AGCATTCATGCTAGTGA
7702 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 14, Indels: 4
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
156 11 0.05
157 190 0.86
158 21 0.09
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (157 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGA
GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGG
CTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:9097 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 8954--9132 Score: 349
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
8944 GGCCGGCCAT
8954 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
9019 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
9039 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
9104 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
*
9124 GGGCATGGG
1 GAGCATGGG
9133 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:10448 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10394--10984 Score: 933
Period size: 47 Copynumber: 12.6 Consensus size: 47
10384 TATTTGAATA
*
10394 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10441 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10490 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
10537 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10584 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
10631 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
10678 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
10725 AATGTGAACA-TG--TATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10770 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10817 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
10864 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
10911 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
10958 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
10985 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 15, Indels: 12
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 45 0.09
46 1 0.00
47 430 0.82
48 1 0.00
49 46 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Done.