Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3582
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6603
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.22, T:0.34
Found at i:2680 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2620--3320 Score: 1143
Period size: 46 Copynumber: 14.9 Consensus size: 48
2610 ATAATATGTG
*
2620 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2668 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2716 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATA--TATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
2762 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTACA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
* *
2810 TGT-GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATATATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2857 TGTGGTAAAG-CGAATGGCT-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2903 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTGAAATA--TATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
2948 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2996 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGATATGTGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-A--TATG-TA--TGAGATATGTATA
3051 TGTGGTAAAG-CGAATGGCT-ATGTGAAATATGTA-GAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
3096 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTG-AATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
3142 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATA--TATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
3188 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAG-TATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
3235 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATG--TA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
3281 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTA-GAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGAT
3321 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 9, Indels: 45
0.92 0.01 0.07
Matches are distributed among these distances:
45 70 0.11
46 220 0.35
47 123 0.20
48 158 0.25
49 6 0.01
50 1 0.00
51 1 0.00
52 5 0.01
53 7 0.01
54 9 0.01
55 23 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Found at i:2881 original size:93 final size:96
Alignment explanation
Indices: 2620--3320 Score: 1134
Period size: 93 Copynumber: 7.4 Consensus size: 96
2610 ATAATATGTG
2620 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
2685 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2716 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
*
2779 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTACA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
2810 TGT-GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAG-CGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
2873 GCT-ATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2903 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTG-AA-ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
*
2965 GCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
2996 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGATATGTGAGATATGTATATGTGGTAAAG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-A--TAT-ATA--TGAGATATGTATATGTGGTAAAG
3061 -CGAATGGCT-ATGTGAAATATGTA-GAGATATGTATA
59 CCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
3096 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-ATGTG-AATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
3159 GCTAATGTGAAATA--TATGAGATATGTATA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
3188 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAG-TATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
*
3252 GCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATG--TA
66 GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
* *
3281 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTA-GAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGAT
3321 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 9, Indels: 49
0.91 0.01 0.08
Matches are distributed among these distances:
91 53 0.09
92 55 0.10
93 192 0.34
94 115 0.20
95 41 0.07
96 28 0.05
97 2 0.00
99 5 0.01
100 34 0.06
101 16 0.03
102 9 0.02
103 23 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (96 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
GCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Found at i:3540 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3461--3561 Score: 161
Period size: 36 Copynumber: 2.8 Consensus size: 37
3451 GGAAATATAT
3461 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
*
3498 TCCGGGTAAGACCCGATGACTAC-TGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
* *
3534 TTCGGGTAAGA-CCGATAACTACGTGTGG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGG
3562 GGACTATTCG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 3
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 10 0.17
36 27 0.45
37 23 0.38
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATG
Found at i:4807 original size:77 final size:78
Alignment explanation
Indices: 4712--4983 Score: 424
Period size: 77 Copynumber: 3.5 Consensus size: 78
4702 TTGAGAGTTA
* * *
4712 TATAGCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
*
4777 ATT-TGCTGATGT
66 ATTCTGCTGGTGT
*
4789 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
4854 ATTCGTGCTGGTGT
66 ATTC-TGCTGGTGT
4868 TATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCG-GCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
4931 ATTCGTGCTGGTGT
66 ATTC-TGCTGGTGT
* * * *
4945 TATATCCGGGCTAGGTCCTGAAGAGCAATCATGCTGGTG
1 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
4984 ATGTGCATTC
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 10, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
77 125 0.69
78 25 0.14
79 31 0.17
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (78 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
ATTCTGCTGGTGT
Found at i:4860 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 4712--4983 Score: 424
Period size: 39 Copynumber: 7.0 Consensus size: 39
4702 TTGAGAGTTA
* *
4712 TATAGCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* *
4752 TATGTCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATT--TGCTGATGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
*
4789 TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
1 TATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
4829 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
4868 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCG-GCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
4906 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
1 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
* * *
4945 TATATCCGGGCTAGGTCCTGAAGAGCAATCATGCTGGTG
1 TATATCCGGGCTAAGTCC-GAAGAGCATTCGTGCTGGTG
4984 ATGTGCATTC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 9, Indels: 10
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
37 23 0.11
38 50 0.23
39 88 0.40
40 57 0.26
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
Found at i:4926 original size:116 final size:116
Alignment explanation
Indices: 4712--4983 Score: 429
Period size: 116 Copynumber: 2.3 Consensus size: 116
4702 TTGAGAGTTA
* * *
4712 TATAGCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGTATTCGTGCTGGTGTTATGTCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
1 TATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGC
*
4777 ATTTGCTGATGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
65 ATTGGCTGATGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
4829 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCA
1 TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCA
* *
4894 TTCGGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGT
66 TT-GGCTGATGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
* * *
4945 TATATCCGGGCTAGGTCCTGAAGAGCAATCATGCTGGTG
1 TATATCCGGGCTAAGTCC-GAAGAGCATTCGTGCTGGTG
4984 ATGTGCATTC
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 9, Indels: 4
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 88 0.61
117 56 0.39
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.31, T:0.28
Consensus pattern (116 bp):
TATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCA
TTGGCTGATGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGATGT
Found at i:5697 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 5647--5722 Score: 152
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
5637 AGTTGAATAG
5647 TGAGATATGATGGAGTTATAAAGGATATTTATTGGGA
1 TGAGATATGATGGAGTTATAAAGGATATTTATTGGGA
5684 TGAGATATGATGGAGTTATAAAGGATATTTATTGGGA
1 TGAGATATGATGGAGTTATAAAGGATATTTATTGGGA
5721 TG
1 TG
5723 TTTGAGTATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 39 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.30, T:0.36
Consensus pattern (37 bp):
TGAGATATGATGGAGTTATAAAGGATATTTATTGGGA
Done.