Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

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A-TTTTTTTAAATCACTAGTAAACCCGATTAAGTCCTAGTTTTCACCCGTAA 455 ATTTTTTTTAAATCACTAGTAAACCCGATTAACTCCTAGCTTTCACCCGGAA * * 25159 CCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTTGACCTATTTTTCGGGCGTTACAAAGACAACATACTTTGG 1 CCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTATTTTTAGGGCGTTACAAAGACAACATACTTTGG * * * 25224 AAAATTTGTGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTTATCGAGGAGCTTCTATCAAAGGT 66 AAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGAT * * 25289 AAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGATAGAAGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATT 131 AAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATT * * 25354 TGTGTCAGCGTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGGTATTCGTGATATTTTTCTAAAAATAT 196 TGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAATAT * * 25419 TTTTATTTTCCGAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTAATGAAACCCCAT 261 TTTTATTTTCTGAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCAATGAAACCCCAT * * 25484 TTTAATTTA-TTTT--ACAAAATATTTATTTTAACC-AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGCTT 326 TTTAATTTATTTTTCAATAAAATATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATT * * 25545 TCTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACG 391 TCTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTATCG-TTTTTAAATGAAATTAAGCTAACT * * * * * 25610 AATTTTTTT-AA--A--AG-GAA----A-TGA---CT-G--GT-A-----AG 455 ATTTTTTTTAAATCACTAGTAAACCCGATTAACTCCTAGCTTTCACCCGGAA 25639 CCCGATAAACTTCACT-AAAACTAGTAGACCTATTTTTAGGGCGTTAC-AAGCACAACATACTTT 1 CCCGATAAACTT-ACTCAAAACTAGTAGACCTATTTTTAGGGCGTTACAAAG-ACAACATACTTT 25702 GGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAG 64 GGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAG 25767 ATAAGCAGAATTTGGT-GTCTGGAAAGGAAA-AGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGT-GAAGAA 129 ATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAA 25829 -TTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAAT 194 TTTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATTTTTCTAAAAAT 25893 ATTTTTATTTTCTGGAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCAATGAAACCC 259 ATTTTTATTTTCT-GAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCAATGAAACCC * 25958 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Indices: 9460--9503 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 9450 CCCCATTTTA 9460 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 9479 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 9499 ATTTA 1 ATTTA 9504 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:13491 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 13467--13510 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 13457 CCCCATTTTA 13467 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 13486 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 13506 ATTTA 1 ATTTA 13511 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:13968 original size:18 final size:19 Alignment explanation

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Indices: 19951--19985 Score: 52 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18 19941 CCCCATTTTA * * 19951 ATTTATTTTCACTAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAT 19969 ATTTATTTTAACCAAAA 1 ATTTATTTTAACCAAAA 19986 AATATTTAAA Statistics Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 15 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (18 bp): ATTTATTTTAACCAAAAT Found at i:20982 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 20958--21001 Score: 65 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 20948 CCCCATTTTA 20958 ATTTATTTT-A-CAAGAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAA-AAAAT 20977 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 20997 ATTTA 1 ATTTA 21002 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.39 20 11 0.48 21 3 0.13 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:22976 original size:18 final size:20 Alignment explanation

Indices: 22953--22995 Score: 72 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 22943 CCCCATTTTA 22953 ATTTATTTT-A-CAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 22971 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAAT 22991 ATTTA 1 ATTTA 22996 AAACCATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.39 19 1 0.04 20 13 0.57 ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (20 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAAT Found at i:25507 original size:16 final size:19 Alignment explanation

Indices: 25488--25527 Score: 59 Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 25478 CCCCATTTTA 25488 ATTTATTTT-A-C-AAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAT 25504 ATTTATTTTAACCAAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAAT 25523 ATTTA 1 ATTTA 25528 AAACCATAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 9 0.43 17 1 0.05 18 1 0.05 19 10 0.48 ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTTATTTTAACCAAAAAT Found at i:31948 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 31914--31948 Score: 52 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18 31904 ACCCCATTTA * * 31914 ATTTATTTTCACTAAAAT 1 ATTTATTTTAACCAAAAT 31932 ATTTATTTTAACCAAAA 1 ATTTATTTTAACCAAAA 31949 AATATTTAAA Statistics Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 15 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (18 bp): ATTTATTTTAACCAAAAT Done.