Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1690
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1547 original size:43 final size:43
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Indices: 1510--2645 Score: 780
Period size: 43 Copynumber: 27.1 Consensus size: 43
1500 CCGCACATCC
*
1510 AGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* * * ** *
1554 A-GCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCT
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
*
1596 A-G--CC-A----CCGA--GTG-CCGATGGCTCCCGCAC-ATCCG
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACGA-CCA
* * *
1629 AGCCACCAAGGTGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * *
1672 ATGG-A-CAAGGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCA
1 A-GGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* ** * *
1714 AGG-GCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCA
1 AGGCACCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
** * *
1757 AGG-GTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* * *
1800 A-GCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * *
1842 AGG-GCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCC
1 AGGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* * * *
1885 A-GCACCTAGGGGCTGATTGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* **
1927 AGG-GCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * * *
1970 AGG-GCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCA
1 AGGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * * * *
2013 AGG-GCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* *
2056 A-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* ** * * *
2098 AGG-GCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* *
2140 TA-GCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 -AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * *
2183 AGG-GCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* ** *
2226 AGG-GCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
1 AGGCACCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * *
2269 AGG--CTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCA
1 AGGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * * *
2311 AGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* *
2354 A-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* ** * *
2395 AGG-GCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
*
2437 TA-GCACCGAGGTGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CCGCACGACCA
1 -AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* *
2478 AGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
* * *
2521 A-GCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCA
1 AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * * * * * * *
2561 AGG-GCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCT
1 AGGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
2603 A-GCACC-AGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CA
1 AGGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
2643 AGG
1 AGG
2646 GCCTATGCTA
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 148, Indels: 141
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 4 0.00
33 17 0.02
35 4 0.00
36 2 0.00
37 1 0.00
39 1 0.00
40 35 0.04
41 78 0.09
42 323 0.37
43 403 0.46
44 7 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
AGGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
Found at i:1617 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1571--1648 Score: 106
Period size: 33 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
1561 AGTTGCCGAT
* * *
1571 GGTGTCCGA-GGCTCCCGCACCTCCTAGCCACCGA
1 GGTG-CCGATGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAA
1605 -GTGCCGATGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAA
1 GGTGCCGATGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAA
1638 GGTGCCGATGG
1 GGTGCCGATGG
1649 TACCCGAGGC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 4 0.10
33 25 0.64
34 10 0.26
ACGTcount: A:0.17, C:0.40, G:0.29, T:0.14
Consensus pattern (34 bp):
GGTGCCGATGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAA
Found at i:1817 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 1608--2638 Score: 803
Period size: 85 Copynumber: 12.2 Consensus size: 85
1598 CCACCGAGTG
* *
1608 CCGATGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
1 CCGA-GGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
* * * * *
1673 TGGACAAGG-GGCCGATGGTGG
64 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* ** *** * *
1694 CCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
*
1758 GGGTCTAGGTTGCCGATGGTGC
64 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* * * *
1780 CCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* *
1845 GCCTAGTTTGCCGATGGTGT
66 GCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* * * * * *
1865 CCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGGGCTGATTGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
**
1930 GCCTATTTTGCCGATGGTGC
66 GCCTAGGTTGCCGATGGTGC
** ** * * *
1950 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
*
2014 GGGCCTAGGTTGTCGATGGTGC
64 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* * * * *
2036 GCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
** *
2101 GCCTAGGTTGCCGACAGTGT
66 GCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* * *
2121 CCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* *
2185 GGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
65 GGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
** *** *
2206 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
* *
2270 -GGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
64 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* * ** * * * * *
2291 CCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCA
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
** *
2354 AGCACCAAGG-TGCCGATGGTGC
63 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* ** * ** * *
2376 TCGAGGCTCCCGCACGA--CAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-
** *
2438 AGCACCGAGG-TGCCGATGGTG-
63 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
** * *
2459 CCGAGGCT-CCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGA
1 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCA
** * *
2521 AGCACCGAGG-TGCCGATGGCGC
63 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
* ** ** * * * * * *
2543 CCGAGGCT-CCGCATA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCTAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
**
2605 CACC-AGGTTGCCGATGGTG-
65 GGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
2624 CCGAGGCTCCCGCAC
1 CCGAGGCTCCCGCAC
2639 GACAAGGGCC
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 138, Indels: 46
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 11 0.01
82 29 0.04
83 104 0.13
84 73 0.09
85 430 0.55
86 139 0.18
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCTAGGTTGCCGATGGTGC
Found at i:1818 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 1640--2650 Score: 939
Period size: 128 Copynumber: 8.0 Consensus size: 127
1630 GCCACCAAGG
* * *
1640 TGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCAATGGA-CAAGGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGACCAAGGTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
* * * *
1704 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGT
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * *
1768 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGACCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCC
* * **
1832 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * ***
1895 GGCTGATTGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGACC-AAGGTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* * *
1960 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
2024 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGACCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCC
* ** * * * ** *
2088 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
* * * *
2151 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGACCAAG-GTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* * * *
2216 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCTTAGTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * * * *
2279 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGACCAAGG-TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCC
** * * *
2344 CGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGCCTAGGT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * *
2406 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCT-CC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGACCAAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCC
* * ** *
2469 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
65 GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * ** * *
2531 TGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCA-TACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGACCAAG-GTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* * * ** *
2594 TGCAC-ATCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGCCTA
64 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
2651 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 139, Indels: 68
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
122 6 0.01
123 20 0.03
124 50 0.07
125 62 0.09
126 30 0.04
127 137 0.19
128 376 0.53
129 32 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (127 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGACCAAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:1871 original size:213 final size:213
Alignment explanation
Indices: 1640--2641 Score: 893
Period size: 213 Copynumber: 4.7 Consensus size: 213
1630 GCCACCAAGG
* * * *
1640 TGCCGATGGTACCCGAGGCTCCCGCACGACCAATGGACAAGG-GGCCGATGGTGGCCGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGACTAGGTGGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
** ** * * *
1704 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 CGCACGACCAAGCACCTATGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
* * *
1769 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
131 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCC
1833 GCACGACCAAGGGCCTAGTT
194 GCACGACCAAGGGCCTAGTT
* * * * *
1853 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCA-GCACCTAGG-GGCTGATTGTGGCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGA-CTAGGTGGCCGATGGTGGCCGAGGCT
** ** * *
1915 CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGT
64 CCCGCACGACCAAGCACCTATGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
* * ** * * *
1980 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTC
129 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGC-CGAGGCTC
* * ** * *
2045 TCGGAC-ATCCAAGCACCAAG-G
192 CCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTT
* * * ** *
2066 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGACTAGGTGGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
* * * * *
2131 CGC-CCATCATAGCACCGA-GGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
66 CGCACGACCA-AGCACCTATGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** ***
2194 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
130 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
*
2259 CGCACGACCAA-GGCTTAGTT
193 CGCACGACCAAGGGCCTAGTT
* * * * * *
2279 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-ACGCGAGGTTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGACTAGGTGGCCGATGGTGGC-CGAGGCTC
* * *
2343 TCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CAAGGGCCTAGG
65 CCGCACGA-CCAAGCACCTATGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
** * * *
2405 TTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCT-C
129 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCC
*
2468 CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
193 CGCACGACCAAGGGCCTAGTT
* * * * *
2489 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAA-GCACCGAGGT-GCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGA-CTAGGTGGCCGATGGTGGCCGAGGCT
* ** * * * * * * * **
2551 -CCGCA-TACCAAGGGCTTA-GTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCTAGCACC-AG
64 CCCGCACGACCAAGCACCTATG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG
2611 GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGAC
128 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGAC
2642 AAGGGCCTAT
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 110, Indels: 60
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
206 15 0.02
207 22 0.03
208 34 0.05
209 28 0.04
210 50 0.08
211 13 0.02
212 49 0.08
213 375 0.58
214 66 0.10
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (213 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGACTAGGTGGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
CGCACGACCAAGCACCTATGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGTT
Found at i:2731 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2655--2733 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
2645 GGCCTATGCT
* *
2655 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
2679 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
2703 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
2727 ACCGGGA
1 ACCGGGA
2734 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:2995 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2940--3229 Score: 299
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
2930 ACTTTAGCTT
* *
2940 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
2982 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
3024 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
3066 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
3108 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* * *
3150 TGGTGCTCGAGGCTCCCG--CGTCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
3191 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
3230 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 29, Indels: 25
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
40 13 0.06
41 32 0.16
42 133 0.65
43 21 0.10
44 7 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:7079 original size:14 final size:14
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7050 TCCAATCACC
7060 GGGCCAGTTTGGTT
1 GGGCCAGTTTGGTT
7074 GGGCCAGTTTGGTT
1 GGGCCAGTTTGGTT
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1 GGGC
7092 TAAATGACCT
Statistics
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GGGCCAGTTTGGTT
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10571 TCCAATCACC
10581 GGGCCAGTTTGGTT
1 GGGCCAGTTTGGTT
10595 GGGCCAGTTTGGTT
1 GGGCCAGTTTGGTT
10609 GGGC
1 GGGC
10613 TAAATGACCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
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GGGCCAGTTTGGTT
Found at i:15322 original size:43 final size:43
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15242 TCTTCTTTAG
*
15252 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
15296 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
15338 CCCGCAC
1 CCCGCAC
15345 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
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15322 GATGGTGTCC
* * *
15332 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACCGAGGT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGT
15362 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGT
15392 G
1 G
15393 CCGATGGTGC
Statistics
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0.90 0.10 0.00
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30 28 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.41, G:0.28, T:0.11
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GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGT
Found at i:15410 original size:43 final size:42
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Indices: 15362--16401 Score: 858
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
15352 CCACCGAGGT
* * *
15362 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
15405 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
15439 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
15482 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
15525 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
15567 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
15610 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
15652 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
15695 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
15738 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
15781 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
15823 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
15866 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
15908 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
15951 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
15994 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16037 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
16080 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
16122 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
16165 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
16207 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
16250 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
** * * * *
16292 GAGGCT-CCGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
16334 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
16376 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
16402 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 154, Indels: 84
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
41 13 0.02
42 271 0.34
43 484 0.60
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:15432 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 15384--15462 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
15374 CATCCGAGCC
*
15384 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
15419 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
15453 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
15463 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:15586 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 15470--16388 Score: 736
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
15460 GCCTATTTTA
* * * * * *
15470 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
15535 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
15555 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
15620 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
*
15640 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
15705 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
15726 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
15791 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* ** *
15811 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
15876 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
15896 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
15961 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
15982 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
16047 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
16068 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
16131 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
16153 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
16216 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
16238 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** *
16300 GCA-ATACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCACAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
16322 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
16385 GCAC
64 GCAC
16389 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 99, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 1 0.00
83 2 0.00
84 74 0.10
85 451 0.63
86 183 0.26
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:15838 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 15362--16262 Score: 1085
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
15352 CCACCGAGGT
* * *
15362 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
15426 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* *
15484 GCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
15548 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
15610 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
15675 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
15740 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
15805 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
15866 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
15930 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
15995 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
16059 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
16122 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
16185 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
16250 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
16263 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:15944 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 15596--16330 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
15586 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
15596 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
15660 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
15725 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
15790 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
15855 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
15894 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
15959 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
16024 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
16089 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
16154 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
16193 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * **
16258 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
16320 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
16331 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 25, Indels: 9
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 31 0.08
298 54 0.13
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:16482 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 16406--16484 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
16396 GGCCTATGCT
* *
16406 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
16430 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
16454 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
16478 ACCGGGA
1 ACCGGGA
16485 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:16749 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 16694--16985 Score: 301
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
16684 ACTTTAGCTT
* *
16694 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACTAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
* *
16736 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
*
16778 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAT-GCACCAAGGTGCCGA
* * ** * * *
16820 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAG-GTGCCGA
*
16862 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
* * *
16904 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGG-TGCCGA
*
16947 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGA-GCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-ATG-CACCAAGGTG
16986 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 29, Indels: 23
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 13 0.06
42 144 0.69
43 41 0.20
44 11 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:16965 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 16730--16968 Score: 338
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 126
16720 TGCACTAAGG
*
16730 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
* * *
16795 GCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTCTCCGAGGCTCCCCACAACCAAGGGCCTAGTT
66 GCACATCATAGCACCAAGGTACCGATGGTCGCCGAGGCTCCCCACAACCAAGGGCCTAGTT
* * *
16856 TGCCGGTGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
* * *
16920 CGCACATCCA-AGCATCAAGGTTACCGATGGTGGCTGAGGCTCCCACACA
65 CGCACAT-CATAGCACCAAGG-TACCGATGGTCGCCGAGGCTCCC-CACA
16969 TCCGAGCCAC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 10, Indels: 6
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
125 1 0.01
126 73 0.74
127 21 0.21
128 4 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (126 bp):
TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
GCACATCATAGCACCAAGGTACCGATGGTCGCCGAGGCTCCCCACAACCAAGGGCCTAGTT
Found at i:20832 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 20776--20869 Score: 120
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
20766 AGGGAATTCT
* * *
20776 GTTGAATCCTTTATTGTTGCG-AATT-GAGCTAACTTAGGCGTTTTTACG
1 GTTGAATCCATTATTGGTG-GAAATTAG-GCTAACTTAGGCATTTTTACG
*
20824 GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTGACTTAGGCATTTTTA
1 GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTAACTTAGGCATTTTTA
20870 AGCCAAGAAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.03
48 38 0.95
49 1 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (48 bp):
GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTAACTTAGGCATTTTTACG
Found at i:23365 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 23309--23402 Score: 129
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
23299 AGGGAATTCT
* *
23309 GTTGAATCCTTTATTGTTGCG-AATT-GAGCTAACTTAGGCATTTTTACG
1 GTTGAATCCATTATTGGTG-GAAATTAG-GCTAACTTAGGCATTTTTACG
*
23357 GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTGACTTAGGCATTTTTA
1 GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTAACTTAGGCATTTTTA
23403 AGCCAAGAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.02
48 39 0.95
49 1 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (48 bp):
GTTGAATCCATTATTGGTGGAAATTAGGCTAACTTAGGCATTTTTACG
Found at i:23721 original size:153 final size:154
Alignment explanation
Indices: 23432--23739 Score: 593
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
23422 GCCGCACGGA
23432 TGTGTGGGAAAACTCCAAGTCCGTGACACTAGACGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAA
1 TGTGTGGGAAAACTCCAAGTCCGTGACACTAGACGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAA
23497 GTCAGACGAACGATTTGCACGTCAGTATCGCTGCGGGCCTCCACAGAGTTTCCTCTGGCTTCGCC
66 GTCAGACGAACGATTTGCACGTCAGTATCGCTGCGGGCCTCCACAGAGTTTCCTCTGGCTTCGCC
23562 CGCGCTCAGGCATAGTTCACCATC
131 CGCGCTCAGGCATAGTTCACCATC
23586 TGTGT-GGAAAACTCCAAGTCCGTGACACTAGACGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAA
1 TGTGTGGGAAAACTCCAAGTCCGTGACACTAGACGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAA
23650 GTCAGACGAACGATTTGCACGTCAGTATCGCTGCGGGCCTCCACCAGAGTTTCCTCTGGCTTCGC
66 GTCAGACGAACGATTTGCACGTCAGTATCGCTGCGGGCCTCCA-CAGAGTTTCCTCTGGCTTCGC
23715 CC-CGCTCAGGCATAGTTCACCATC
130 CCGCGCTCAGGCATAGTTCACCATC
23739 T
1 T
23740 TTCGGGTCCC
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 0, Indels: 3
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
153 125 0.82
154 28 0.18
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (154 bp):
TGTGTGGGAAAACTCCAAGTCCGTGACACTAGACGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAA
GTCAGACGAACGATTTGCACGTCAGTATCGCTGCGGGCCTCCACAGAGTTTCCTCTGGCTTCGCC
CGCGCTCAGGCATAGTTCACCATC
Done.