Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* ** * ** *
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* * * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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**
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*
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195 AGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
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*
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*
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* * * *
18578 GT-CTA-C-TATC--TATTACA--CACC-GATCCCATCA-AACTCCGCAGTTAAGCCGTGCTT-G
129 GTGCGATCATACCAGCACTA-ATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAG-CGTGCTTGG
18633 GCGAGAGTAGATACTAGGAT-GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCCAA-TTTA
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18695 TATC-CATTAAATTTTTTTCTATTTT
256 TATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTT
18720 AGTATAACCT
Statistics
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0.96 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
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CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCG
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Alignment explanation
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*
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13461 CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGAT
390 CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGAT
13526 CCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGG
455 CCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGG
13591 GAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATC
520 GAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATC
13656 TCATCG
585 TCATCG
*
13662 TATAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
13727 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
13792 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
131 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
*
13857 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTTCCAATTTTATATCT
196 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCT
13921 CATTAAA-TTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCG-TTAACTAA-TAGTTATTTAC-GAATAAAT
261 CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
13982 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTC-AGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
326 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
14046 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
391 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
14111 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-GG
456 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
*
14175 AAGTCCTCGTGTTGCACCCTTCCAATTTTATATCTCATTAAA-TTTTTTCTA--TTTTTATATCT
521 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCT
14237 CATCG
586 CATCG
14242 -TTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
14306 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCA--GGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGA--GGT
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
* *
14367 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGAATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGTGA
131 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
14432 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAA-TTTATATCT
196 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCT
14496 CATTAAA-TTTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAA
261 CATTAAATTTTTTTCTA-TTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAA
14560 TCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATT-GAGGCTCAA-CGCGATCA-GGGTAG
325 TCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAG
14622 CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGAT
390 CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGAT
14687 CCCATCAGAACTCCGCAG-TAAGCGTGCTT-GGCGAGAGTAGTACTA-GAT-GGTGACCTCCTGG
455 CCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGG
*
14748 GAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATA--TCATTAAA-TTTTTTCTTCTTTTTTTATAT
520 GAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTC-TATTTTTTTATAT
14810 CTCATCG
584 CTCATCG
*
14817 TATAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
*
14882 ATTCGAGGTTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATT---GGGT
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
14944 GCGATCATACCAGCACTAATGCACC-GATCCCATCAGAACTCCGCAG-TAAGCGTGCTTGGGCGA
131 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
*
15007 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTTCCAATTTTATATCT
196 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCT
15071 CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCG-TTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
261 CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
15135 CACTCGAAACGTTATTT-GTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCA-GGGTAGC
326 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
15198 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
391 CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
15263 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
456 CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
15328 AAGT-C-C-TGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTTCTATTTTTTTATATC
521 AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAA-TTTTTTTCTATTTTTTTATATC
15390 TCATCG
585 TCATCG
15396 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
*
15461 ATTCGAGGCTCAAGCGC-AT--GGGTTA-CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGAC-GGT
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
*
15521 -CGATCATACCA-CA-GAATTGCACCGGATCCCATCA-AACTCCGCAGTTAAGCGTGC-T-GGCG
131 GCGATCATACCAGCACTAA-TGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCG
15580 AGAGTA-TACTAGGATGGGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTG-TGCACCCCTCCAATTTTATATC
195 AGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
* **
15642 TCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTTATATCTCATC-TTTAACTAATTATTTATTTACTTAATAA
260 TCATTAAATTTTTTTCTA-TTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAA
* ** * *
15706 ATCACTCTAAAC-TTATTTTTTCTTATTTAAATTC-AA--C-AAGCTCAA-CGCGATCA-GGGTA
324 ATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTA
* * *
15764 GCCTTTATATAAATAGAATGAGAAAGAATTGAAGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGA
389 GCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGA
15829 T-CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTT-GG-GAGAG-AGTACTA-GAT-GGTGACCTCCTG
454 TCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTG
15888 GGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCCAA-TTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATAT
519 GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATAT
15951 CTCATCG
584 CTCATCG
*
15958 -TTAACTAATTAGTTA-TTAC-GAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTAGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
16020 ATTC-A-GCTCAAGC-CGATCA-GGGTAGCCTTTATAT-AATAGAATGCGCAAGAATTGAC-GGT
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
* * *
16079 --GATCATACCAGCACTAATGCACC-GATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGAGTGATTGGGAGA
131 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
*
16141 GAGTAGTAATAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTC-TGTTGCACCCCTCCAA-TTTATATCT
196 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCT
* * * * *
16204 CATTAAATTTTTTT-TATTTTTTTATATATAATAGTTTAAATAATTAGTTATTTAAGGAATAAAT
261 CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
*
16268 CACTCGAAACATTATTT-GTCGTATTTAAATTCAAATTCGA-GCTCAAGCGCGATCA-GGGTAGC
326 CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
*
16330 CTTTATATATAATAGAATGCGCAAGAA-TGACGGGTGCGATCATATCAGCA-TAAATGCACCGGA
391 CTTTATATA-AATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACT-AATGCACCGGA
16393 TCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCG-GC-T-GGCGA-AGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTG
454 TCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTG
16454 GGAAGTCCTCG-GTTGCACCCCTCCAA-TTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATAT
519 GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATAT
16517 CTCATCG
584 CTCATCG
16524 TTTAACTAATTAG-TA-TTACGGAATAAAATCACTCGAAACGTTA-TTGGTCGTATTTAAATTC-
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAAT-AAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCA
*
16585 AATTCGAGGCTCAACCGCGATCA-GGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAA-TGAC-GG
65 AATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGG
16647 TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCA-AACTCCGCAGTTAAGC--GCTT-GGCG
130 TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCG
16708 AGA-TAGTACTA-GATGGGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAA-TTTATATC
195 AGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
* *
16769 TCATTAAA--TTTTTCTATTTTTTTATATCTTATCGTATAAC--A--A-TTA-TTACGGAATAAA
260 TCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAA
*
16826 TCACTCGAAACG-TATTT-GTCTTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAACGCGCGATCA-GGGTA
325 TCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAA-GCGCGATCAGGGGTA
* *
16888 GCCTTAATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGAC-GGTGCG--CATATCAGCACTAATGCACC-GA
389 GCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGA
16949 TCCCATCA-ACACT--GCAGTTAAGCGTGCTT-GGCGAGAGT--TACTAGG-T-GG-GACCTCCT
454 TCCCATCAGA-ACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT
17005 -GGAAGTCCTC--GTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAA-TTTTTTCTA--TTTTTATA
518 GGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATA
17064 TCTCATC-
583 TCTCATCG
17071 --TAACTAATTAGTTATTTAC-GAATAAATCACTCGAAACGTTATTT-GTCGTATTTAAATTCAA
1 TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
17132 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCA-GGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAA-TGAC-GG-
66 ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
17193 GC--TCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCC-CAGTTAAGCG-GCTT-GGCGA
131 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
*
17253 GAGTAGATACTAGGATGGGTGACCTCCTGGAAAGTCCTC--GTTGCACCCCTCCAA-TTTATATC
196 GAGTAG-TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
17315 TCA-TAAA-TTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAG-TATTTA--GAATAAA
260 TCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAA
17375 TCACTCGAAACGTTATTT-GTCGTA-TTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGC-CGATCA-GGGTAG
325 TCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAG
17436 CC-TTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGA-GGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACC-GAT
390 CCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGAT
17498 CCCATCA-AACT-CGCA--TAAGCGTGCTT---CGAGAGTA-TACTA-GATGGGTGACCTCCT-G
455 CCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGG
17553 GAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTTATAT
520 GAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTA-TTTTTTTATAT
17617 CTCATCG
584 CTCATCG
*
17624 TATAACTAATTAG-TATTATTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTT-GTCGTATTTAAATTC
1 TTTAACTAATTAGTTA-T-TTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTC
**
17687 AAATTCGAGGCTCAAGC-CGATCA-GGGTAGCC-TTATATAAATAGAATGCGC-AGAATT-AATG
64 AAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGG
17747 GTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAA-CGTGCTTGGGC
129 GTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC
17811 GAGAGTAGTACTAGGATGGG-GACCTCCT-GGAAGTTCC-CGTGTT-CACCCCTCCAA-TTTATA
194 GAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAG-TCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATA
*
17871 TATCATTAAATTTTTTTCTA-TTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAA-TAGTTATTTACGGAA-A
258 TCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATA
17933 AATCACTCGAAACGTTA-TT-GTCGTA-TTAAA-TCAAA-TCGAGGCTCAAGC-CGATCA-GGGT
323 AATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGT
17991 AGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGC-ATCATACCAGCCACTAATGCACCG
388 AGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAG-CACTAATGCACCG
18055 GATCCCATCAGAACTCCG-A-TTAAGCGT-C-T-GGCGAGAGTA-TACTAGGA--GGT-ACCTCC
452 GATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCC
18111 TGGGAAGTCCTC--G-TGCA-CCCTCCAA-TTTATATCTCATTAAA-TTTTTTCTATTTTTTTAT
517 TGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTAT
18170 ATCTCATCG
582 ATCTCATCG
18179 TTATAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTT-GTCGTA-TTAAA-TCA
1 TT-TAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCA
18241 AATTCGA-GCTCAAGCGCGATC--GGGTAGCC-TTATATAAATAGAATGCGCAAGAATT-ACGGG
65 AATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGG
18301 TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCC-CAGTTAAGCGTGCTT-GGC-
130 TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCG
18363 -GAG-AGTA-TAGGAT-GGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
195 AGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATC
*
18423 TCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCG-TAAAC-AATTAGTTATTTACGGAATAAA
260 TCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAA
18486 TCACTCGAAACG-TATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGA-GCTCAA-CGCGAATCA-GGG-A
325 TCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCG-ATCAGGGGTA
* * * * *
18546 G---TCATATAAATAGAATGCGC-AGAAATTGACGGGT-CTA-C-TATC--TATTACA--CACC-
389 GCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAG-AATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTA-ATGCACCG
18599 GATCCCATCA-AACTCCGCAGTTAAGCCGTGCTT-GGCGAGAGTAGATACTAGGAT-GGTGACCT
452 GATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAG-CGTGCTTGGGCGAGAGTAG-TACTAGGATGGGTGACCT
18661 CCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCCAA-TTTATATC-CATTAAATTTTTTTCTATTTT
515 CCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTT
18720 AGTATAACCT
Statistics
Matches: 11853, Mismatches: 88, Indels: 430
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
543 48 0.00
544 36 0.00
545 68 0.01
546 182 0.02
547 61 0.01
548 121 0.01
549 77 0.01
550 98 0.01
551 96 0.01
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554 47 0.00
555 143 0.01
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557 158 0.01
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559 217 0.02
560 149 0.01
561 91 0.01
562 91 0.01
563 36 0.00
564 90 0.01
565 91 0.01
566 135 0.01
567 70 0.01
568 107 0.01
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570 18 0.00
571 38 0.00
572 72 0.01
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574 129 0.01
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577 181 0.02
578 67 0.01
579 256 0.02
580 23 0.00
582 9 0.00
583 60 0.01
584 181 0.02
585 11 0.00
586 26 0.00
587 45 0.00
588 450 0.04
589 1540 0.13
590 2386 0.20
591 2625 0.22
592 295 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (590 bp):
TTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAATCACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAA
ATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGCCTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGT
GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCT
CATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCTCATCGTTTAACTAATTAGTTATTTACGGAATAAAT
CACTCGAAACGTTATTTGGTCGTATTTAAATTCAAATTCGAGGCTCAAGCGCGATCAGGGGTAGC
CTTTATATAAATAGAATGCGCAAGAATTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATC
CCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG
AAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCCAATTTTATATCTCATTAAATTTTTTTCTATTTTTTTATATCT
CATCG
Done.