Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1608
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 62395
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.19, T:0.32
Found at i:3405 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 3260--3431 Score: 179
Period size: 80 Copynumber: 2.2 Consensus size: 79
3250 ATGTCTGGGC
* * **
3260 TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATATCCGGACTAAGATCTGAAGGCATTTGTGCGAG
1 TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGAACGAG
3325 TTA-CTAAATCCGGGT
66 -TAGCTAAATCC-GGT
* * * * *
3340 TAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTATAACCGGGCTATG-TCCCGAAGGCATTTGAACG
1 TAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGAACG
*
3403 AGTAGCTATATCCGGT
64 AGTAGCTAAATCCGGT
* *
3419 TAAATTCCGAAGG
1 TAAGTCCCGAAGG
3432 TATGTGATTT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 12, Indels: 7
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
79 17 0.22
80 53 0.69
81 7 0.09
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.26, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
TAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGACCATAACCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTGAACGAG
TAGCTAAATCCGGT
Found at i:3412 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3256--3398 Score: 166
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
3246 AATGATGTCT
* * * *
3256 GGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACCATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTATAACC
* *
3296 GGACTAAGAT-CTGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AATCC
1 GGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA-CC
*
3336 GGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
*
3376 GGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
3399 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 11, Indels: 10
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.02
40 75 0.86
41 10 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
Found at i:3692 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 3623--4264 Score: 1104
Period size: 47 Copynumber: 13.6 Consensus size: 47
3613 AAGGGTTGGT
*
3623 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3670 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3717 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
3764 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
3813 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
3860 CATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3907 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
3954 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
4001 AATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
4050 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
4097 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
4144 AATGTGAAAGTGTATATATGCGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * * * *
4191 AACGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGTCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
4238 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
4265 TCCTGAAGGG
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 24, Indels: 8
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 475 0.84
49 92 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:3946 original size:190 final size:188
Alignment explanation
Indices: 3623--4264 Score: 1104
Period size: 190 Copynumber: 3.4 Consensus size: 188
3613 AAGGGTTGGT
*
3623 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3688 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
*
3753 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATG
131 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
3813 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATGCATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3878 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
3943 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
131 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
4001 AATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
4066 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
*
4131 GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGCGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
129 GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * * * * * *
4191 AACGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGTCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
4256 TGTGATAAG
66 TGTGATAAG
4265 TCCTGAAGGG
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 19, Indels: 6
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
188 98 0.23
190 333 0.77
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (188 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:4039 original size:237 final size:237
Alignment explanation
Indices: 3623--4253 Score: 1127
Period size: 237 Copynumber: 2.7 Consensus size: 237
3613 AAGGGTTGGT
*
3623 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3688 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
* *
3753 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
131 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
3818 GAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATG
196 GAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATG
*
3860 CATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
3925 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
3990 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
131 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
*
4055 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
196 GAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATG
4097 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * * * * * *
4162 TGCGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAACGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGTCGAGTGG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
* * *
4227 CCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA
131 CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
4254 AATGTGATAA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 16, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
237 378 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (237 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG
CCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTAATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
GAAAGTGTATATATGTGATAAGACCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:11029 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10976--11057 Score: 128
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
10966 AATGCCATAT
*
10976 CCCAGATATGGTCTAACATGAAATCTCGTATCGATGCCAAGAG
1 CCCAGATATGGTCTAACACGAAATCTCGTATCGATGCCAAGAG
* * *
11019 CCCAGCTATGGTCTTACACGAAGTCTCGTATCGATGCCA
1 CCCAGATATGGTCTAACACGAAATCTCGTATCGATGCCA
11058 TATCCCATAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 35 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
CCCAGATATGGTCTAACACGAAATCTCGTATCGATGCCAAGAG
Found at i:31408 original size:79 final size:81
Alignment explanation
Indices: 31299--31481 Score: 214
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 81
31289 TACTCGTTCA
* *
31299 AATGCCTTCGGGACATAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGG
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAACCCGG
* *
31362 ATTTAGTAAC-TCGCACC
65 ATATAGTAACTTAGCA-C
* * **
31379 AATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAAT-TAGTATCTCGGACAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCGGA
* *
31442 TATGGTCACTTAGCAC
66 TATAGTAACTTAGCAC
*
31458 AAAGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
31482 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 11, Indels: 8
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 3 0.03
79 57 0.65
80 28 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (81 bp):
AATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCGGA
TATAGTAACTTAGCAC
Found at i:31481 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 31278--31481 Score: 220
Period size: 40 Copynumber: 5.1 Consensus size: 40
31268 CGGAATTTAA
** *
31278 CCGGATATAGCT-ACTCGTTCAAATGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
31318 CCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
31358 CCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGCCTTCGGG-CTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* * *
31397 CCGGA-ATTAGTATCTCGGACAAATGCCTTC-GGATCTTAGT
1 CCGGATA-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGC
* * *
31437 CCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
31477 CCGGA
1 CCGGA
31482 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 20, Indels: 14
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.01
39 31 0.23
40 93 0.68
41 11 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
Found at i:44081 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 43987--44131 Score: 193
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
43977 TACTCGAATG
*
43987 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTGTGCTAAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCT-AGCGACT
* *
44028 ACATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
1 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
* * *
44068 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
* *
44108 ATATCCGGGTTAAGACCCGAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC
44132 CTTGTGCGAG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 5
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 62 0.67
41 28 0.30
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGACT
Found at i:49463 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 49413--49585 Score: 199
Period size: 46 Copynumber: 3.7 Consensus size: 46
49403 TGGTTGAGCA
*
49413 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAATG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACG
* * * *
49459 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-GTGA--GATGTAACTAGGCA
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAA--A--CG
* *
49506 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCATTTATGGATGCGAACG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACG
* * *
49552 CCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCTGAGTTCACTTA
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTA
49586 GGGGCGGGTT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 14
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
43 6 0.06
45 3 0.03
46 60 0.57
47 29 0.27
48 3 0.03
50 5 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (46 bp):
TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACG
Found at i:49569 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 49410--49580 Score: 288
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
49400 GGATGGTTGA
* *
49410 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAATGTCCGAACTCGTTGAGT
1 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACGCCCGAACTCGTTGAGT
49475 TGAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
66 TGAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
* * *
49503 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCATTTATGGATGCGAACGCCCGAGCTCGTTGAGT
1 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACGCCCGAACTCGTTGAGT
*
49568 TGAGTCTGAGTTC
66 TGAGTCCGAGTTC
49581 ACTTAGGGGC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 72 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (93 bp):
GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCAAACGCCCGAACTCGTTGAGT
TGAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
Found at i:49848 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 49811--49848 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
49801 ATAAGGTGGT
49811 AAGATGATGAATGATGTTTA
1 AAGATGATGAATGATGTTTA
49831 AAGATG-TGATAT-ATGTTT
1 AAGATGATGA-ATGATGTTT
49849 TTGGTGGTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.53
20 8 0.47
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
AAGATGATGAATGATGTTTA
Done.