Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_D07
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Warning! 1765025 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 119 of 189
Found at i:33448553 original size:3 final size:3
Alignment explanation
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33448537 ATAATAATAA
33448547 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
33448583 GAGAGTGCTA
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1.00 0.00 0.00
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TAT
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33448555 TTATTATTAT
* * * * * * * * *
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* *
33448630 TTATAATTAGAACTTAATTTTAAGGGGTTAAATAGTAATTATACCCAAAATATATATATGGCCGG
66 TTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATA-CC-TAATATATATATGGCCGG
* * *
33448695 TTATTGAAGTA-T-GTATGTTATATTATAAAACATTAGTAATGAAAATTAAAAAAGGAAATTTTA
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*
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* * * *
33448888 AAAATTTTCTTTTTGCAAA-TGTTAAAACATGTCAATGGTGTAACGTTTGACTTTGTAAATATTT
322 AAAATTTTATTTTTG-AAATTGTTAAAACTTGTCAA-GGTGTAACGTTTGGCTTTGAAAATATTT
* * *
33448952 TTTTATAG-GAGAAACTGCCGCCTGATTCGACGGTTTCATCCATTATGTTGTCTTATTATAAAAA
385 TTTTAT-GTGAGAAACTGCCGCCTGATTCGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAA
* * * * * *
33449016 TATTATTATTTTTATCATGATATTATTTCGGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAAACTAATACAAC-
449 TATTATTA-TTTTATCATGAAATTATTGCAGAGGCAATTTTAAC-AAAAAAAAATTGATACGACG
33449080 AGTTTCACCCATTGTGTCATCTTGTTATAAAA
512 A-TTTCACCCATTGTGTCATCTTGTTATAAAA
*
33449112 TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTATAATTTGCTTAAGGAT
1 TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAGGAT
* * * * *
33449177 TTATAATTGGATCTTAATTGAAAGGGGCTAAATAGTAATTATACCTAATATATATATGGCTGGTT
66 TTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATACCTAATATATATATGGCCGGTT
33449242 ATTGAAGTAAGTAAGTATGTTATATTATAAAACGTTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAATTTTA
131 ATTGAAGT-AGT-AGTATGTTATATTATAAAAC-TTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAATTTTA
*
33449307 ATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGCTGGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTT-T
193 ATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAG-TGGCAAAAACAAAAACATTTCCAT-CTTTTCT
* * * *
33449371 TCGTGCAAACCGAACAAATGGAGAAAGAAGAAACGAACATTC-ATCTTTAAAGGTGTAACGCCCT
256 TCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAGACGAACATTCGA-CTTTAAGGGTGTAACGCCCT
* * * *
33449435 AAAAAATTTTGTTCTTGGAATTGTTAAAACTTGTCAAGAGTGTAATGTTTGGCTTTGAAAATATT
320 AAAAAATTTTATTTTTGAAATTGTTAAAACTTGTCAAG-GTGTAACGTTTGGCTTTGAAAATATT
* * * *
33449500 TTTTTATGTAAGAAACTGCTGCCTGATTTGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTTTTATTATAAAAA
384 TTTTTATGTGAGAAACTGCCGCCTGATTCGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAA
* *
33449565 TATTATTATTATTATCATGAAATTGTTGCAGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAATTGATACGACGC
449 TATTATTATT-TTATCATGAAATTATTGCAGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAATTGATACGACGA
* *
33449630 TTTCACCCATTTTGTCATTTTGTTATAAAA
513 TTTCACCCATTGTGTCATCTTGTTATAAAA
* * * * * *
33449660 TATTATTATTTTTATCATGGAACTCTTGTAATCTCATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTTAAGAAT
1 TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAGGAT
* *
33449725 GTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGAAATTATACCTAGA-ATATATAACTGGCCG
66 TTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATACCTA-ATATATAT-A-TGGCCG
* *
33449789 G---TT-AA-T-G-A--A-G-T-TA--GT---A-TTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTA
128 GTTATTGAAGTAGTAGTATGTTATATTATAAAACTTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAATTTTA
* *
33449836 ATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGGTGGTAAAAACAAAAATATTTCCATCTTTTCTT
193 ATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATA-GTGGCAAAAACAAAAACATTTCCATCTTTTCTT
*
33449901 CGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAGA-GAAACATTCGACTTTTAGGGTGTAACGCCCCT
257 CGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAGACG-AACATTCGACTTTAAGGGTGTAACG-CCCT
** *
33449965 -AAAGTTTTTATTTTTGAAATTGTTAAAA-TATGTCAAGGGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATAT
320 AAAAAATTTTATTTTTGAAATTGTTAAAACT-TGTCAA-GGTGTAACGTTTGGCTTTGAAAATAT
* * *
33450028 TTTTTTATATGAGAAACTGCCACCTGATACGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAA
383 TTTTTTATGTGAGAAACTGCCGCCTGATTCGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAA
* * **
33450093 ATATTATTCCTTTTATCATGAAATTCTTGTTGAGGCAATTTTAAC-AAAAAAAATTGATACGACG
448 ATATTATT-ATTTTATCATGAAATTATTGCAGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAATTGATACGACG
*
33450157 ATTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATAAAA
512 ATTTCACCCATTGTGTCATCTTGTTATAAAA
*
33450188 TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCTATTGTGCCATCTTGT
1 TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTGT
33450238 CATCACTACA
Statistics
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TATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAGGAT
TTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATACCTAATATATATATGGCCGGTT
ATTGAAGTAGTAGTATGTTATATTATAAAACTTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAATTTTAATT
AAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCATCTTTTCTTCGTG
CAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAGACGAACATTCGACTTTAAGGGTGTAACGCCCTAAAAAA
TTTTATTTTTGAAATTGTTAAAACTTGTCAAGGTGTAACGTTTGGCTTTGAAAATATTTTTTTAT
GTGAGAAACTGCCGCCTGATTCGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATT
ATTTTATCATGAAATTATTGCAGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAATTGATACGACGATTTCACCC
ATTGTGTCATCTTGTTATAAAA
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Alignment explanation
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33448716 ATTATAAAAC
* * * *
33448726 ATTAGTAATGAAAATTAAAAAAGGAAATTTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAG-
1 ATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGC
* * *
33448790 TAGGCAAAAACAAAAACATTTCCAT-CTTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAG
66 T-GGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTT-TTCGTGCAAACCGAACAAAGGGAGAAAGAAGAA
* * * * *
33448854 ACGAACATTCGA-CTTTAAGGGTGTAACGCCCCAAAAAATTTTCTTTTTGCAAA-TGTTAAAACA
129 ACGAACATTC-ATCTTTAAAGGTGTAACGCCCTAAAAAATTTTATTCTTG-AAATTGTTAAAACT
* * * ** * *
33448917 TGTCAATG-GTGTAACGTTTGACTTTGTAAATATTTTTTTATAGGAGAAACTGCCGCCTGATTCG
192 TGTCAA-GAGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTTATATAAGAAACTGCCACCTGATACG
* * * * * *
33448981 ACGGTTTCATCCATTATGTTGTCTTATTATAAAAATATTATT-ATTTTTATCATGATATTATTTC
256 ACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATTCA-TTTTATCATGAAATTCTTGC
* * * * *
33449045 GGAGGCAATTTTAACAAAAAAAAAACTAATACAAC-AGTTTCACCCATTGTGTCATCTTGTTATA
320 AGAGGCAATTTTAAC--AAAAAAAATTGATACGACGA-TTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATA
* * *
33449109 AAATATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCCATTGTGCCATCTTATAATTTGCTTAAG
382 AAATATTATTATTTTTATCATGAAACTCTTGTAAACCTATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAG
* * * * * * *
33449174 GATTTATAATTGGATCTTAATTGAAAGGGGCTAAATAGTAATTATACCT--AATATATATA-TGG
447 AATGTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGAAATTATACCTAGAATATATA-ACTGG
* *
33449236 CTGGTTATTGAAGTAAGTAAGTATGTTATATTAT
511 CCGG---TT-AA-T--G--A--A-G-T-TA--GT
*
33449270 AAAACGTTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAATTTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGA
1 ---A--TTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGA
*
33449335 ATAGCTGGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTTTTCGTGCAAACCGAACAAATGGAGAAAGAA
61 ATAGCTGGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTTTTCGTGCAAACCGAACAAAGGGAGAAAGAA
* *
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126 GAAACGAACATTCATCTTTAAAGGTGTAACGCCCTAAAAAATTTTATTCTTGAAATTGTTAAAAC
* * * ** **
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191 TTGTCAAGAGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTTATATAAGAAACTGCCACCTGATACG
* *
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256 ACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATTCATT-TTATCATGAAATTCTTGC
* * * *
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320 AGAGGCAATTTTAAC-AAAAAAAATTGATACGACGATTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATAAA
* * *
33449659 ATATTATTATTTTTATCATGGAACTCTTGT-AATCTCATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTTAAGA
384 ATATTATTATTTTTATCATGAAACTCTTGTAAACCT-ATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAGA
33449723 ATGTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGAAATTATACCTAGAATATATAACTGGCC
448 ATGTATAATTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGAAATTATACCTAGAATATATAACTGGCC
33449788 GGTTAATGAAGTTAGT
513 GGTTAATGAAGTTAGT
*
33449804 ATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGG
1 ATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGC
* * * *
33449869 TGGTAAAAACAAAAATATTTCCAT-CTTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAGAAGAGA
66 TGGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTT-TTCGTGCAAACCGAACAAAGGGAGAAAGAAGAAA
* * ** *
33449933 -GAAACATTCGA-CTTTTAGGGTGTAACGCCCCT-AAAGTTTTTATTTTTGAAATTGTTAAAA-T
130 CG-AACATTC-ATCTTTAAAGGTGTAACG-CCCTAAAAAATTTTATTCTTGAAATTGTTAAAACT
* *
33449994 ATGTCAAGGGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTTATATGAGAAACTGCCACCTGATACG
192 -TGTCAAGAGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTTATATAAGAAACTGCCACCTGATACG
* **
33450059 ACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATTCCTTTTATCATGAAATTCTTGTT
256 ACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATTCATTTTATCATGAAATTCTTGCA
33450124 GAGGCAATTTTAACAAAAAAAATTGATACGACGATTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATAAAAT
321 GAGGCAATTTTAACAAAAAAAATTGATACGACGATTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATAAAAT
*
33450189 ATTATTATTTTTATCATGAAACTGTTGTAAACCTATTGTGCCATCTTGT
386 ATTATTATTTTTATCATGAAACTCTTGTAAACCTATTGTGCCATCTTGT
33450238 CATCACTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGC
TGGGAAAAACAAAAACATTTCCATCCTTTTTTCGTGCAAACCGAACAAAGGGAGAAAGAAGAAAC
GAACATTCATCTTTAAAGGTGTAACGCCCTAAAAAATTTTATTCTTGAAATTGTTAAAACTTGTC
AAGAGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTTATATAAGAAACTGCCACCTGATACGACGGT
TTCACCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAATATTATTCATTTTATCATGAAATTCTTGCAGAGGC
AATTTTAACAAAAAAAATTGATACGACGATTTCACCCATTGTATCATCTTGTTATAAAATATTAT
TATTTTTATCATGAAACTCTTGTAAACCTATTGTGCCATCTTGTAATTTGCTTAAGAATGTATAA
TTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGAAATTATACCTAGAATATATAACTGGCCGGTTAATG
AAGTTAGT
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33450313 ATTAGCGGCG
*
33450323 CTAATGCTCGGGGCTTTAGCGGCGTTTTTGGGAAAGCGCCA
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* *
33450364 CTAATGCTCGGGGCTTTAGCGACGTTTTTGAGAAAGCGCCG
1 CTAATGCTCGGGGCTTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCCA
* * *
33450405 CTAATGCTCTGGGATTTAGCAGCGT
1 CTAATGCTCGGGGCTTTAGCGGCGT
33450430 GTTTATAAAA
Statistics
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CTAATGCTCGGGGCTTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCCA
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33451077 ACTATTTTAA
**
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*
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33451136 AGGGTTGGGA
Statistics
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GGTTTAGGGATTAT
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33451879 AGTTATAAAAAAT
1 ATTTATAAAAAAT
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33451903 TCACAGAACT
Statistics
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* ** ***
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1 TCCTTTTTCCAAATCTCTA
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1 TCCTTTTTCCAAATCTCTA
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1 TCCTTTTT
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Statistics
Matches: 30, Mismatches: 12, Indels: 4
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TCCTTTTTCCAAATCTCTA
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1 TAAGTTCCTTTTTCCAAATCTCTATCCTTTTTTCTT
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1 T
33452607 TTTCCTGATT
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Matches are distributed among these distances:
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TAAGTTCCTTTTTCCAAATCTCTATCCTTTTTTCTT
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* ***
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*
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*
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* *
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33455575 TA
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33455577 ACAGCGTCCT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 8, Indels: 1
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* * * *
33456485 ACCCATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTTAAGAATTTATAATTAGAACTGAATTTTAAGGGGTTAA
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* *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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** * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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*
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*
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* *
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*
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1 TT
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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33478954 CTTCTCAAAC
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TTTTTTC
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* ** *
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*
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33479401 TGGAAATTTT
*
33479411 TTGG-GGTCAAAGTGTAATTTTAGGAAAA-
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** ** * *
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* *
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* *
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33481115 TTATTTTATA
* ** * * * * *
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1 TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAAT
* * * *
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* * * *
33481254 AT-ATTTTCTTCGGGCAAACTGAACTAAGGGAGAAATAAGAGAGGAACGCTTGGCTTTAAGGGTG
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* * **
33481318 TAACGCCCCAAAAATTTTTGTTTTTGGAAATGTTAAAACATGTCAAAGGTGTAACAATCGACTTT
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* *
33481383 G-AAATTTTTTTTATATGAGAAACTGCCA-CTTGATTCGACGGTTTCACCCATTGTGTCGTCTTA
258 GAAAATATTTTTT-TATGAGAAACTGCCAGC-T-A-TC-ATGGTTTCA-CCATTGTGTCGTCTTA
** * *
33481446 TTATAAAAATATTATTATTTTTTATTGTGAAATTATT-CTGAAGACAATTTTAACAAAAAAAAAT
317 TTATAAAAATATTATTA-TTTTTATCATGAAATTATTGCTG-AGGCAATTTT--CACAAAAAAAT
* * * *
33481510 TGATACGACAGTTCACCCATTGTGCCATCTTGTTATAGAATATTATTATTTTTACCATGAATTTG
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* *
33481575 TTGTAAATCCATTGTGTCATCTTATAATTTGCTTAAGGATTTATAATTAGAACTTAATTTAAAAG
443 TTGTAAACCCATTGTGTCATCTTATAATTTGCTTAAGGATTTACAATTAGAACTTAATTTAAAAG
33481640 GGTTAAATAATAATTTTACCTAGAATATATATC
508 GGTTAAATAATAATTTTACCTAGAATATATATC
*
33481673 TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAACTATAAAAT
1 TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAAT
33481738 GAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATCGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCA
66 GAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATCGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCA
* * * * * *
33481803 TCTTTTTCTTCATGCAAACCG-ACCAAGGGAGAAAGAAGAGAGGAACGTTCGACTTTTAGGGTAT
131 TCATTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAAAAGAGAGGAACGTT-GGCTTTAAGGGTGT
* *
33481867 AACGCCCCAAAAATTTTTATTTTTGAAATTGTTAAAACATGACAAGGGTGTAACGTTTGACTTTG
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* *
33481932 AAAATGTTTTTTCCATGAGAAACTGCCAGCTAATACAATGGTTTCACCTATTGTGTCGTCTTATT
259 AAAATATTTTTT-TATGAGAAACTGCCAGCT-AT-C-ATGGTTTCACC-ATTGTGTCGTCTTATT
* * * *
33481997 AT-AAAA-A-TATTATTTTTATCATGAAATTGTTGCAGAGGTAATTTTCACAAAAAAACTGATAC
319 ATAAAAATATTATTATTTTTATCATGAAATTATTGCTGAGGCAATTTTCACAAAAAAATTGATAC
** * * * *
33482059 AATGGCTTCACTCGTTGTGTCAACTTGTTATA-AA-A-TATTATTCTTATCATGAAATTGTTGTA
384 AACAG-TTCACCCATTGTGCCAACTTGTTATAGAATATTATTATTCTTACCATGAAATTGTTGTA
* *
33482121 AACCCATTGTGTCATCTTGTAATTT-TTTAAGGATTTACAATTAGAACTTAATTTAAAAGGGTTA
448 AACCCATTGTGTCATCTTATAATTTGCTTAAGGATTTACAATTAGAACTTAATTTAAAAGGGTTA
33482185 AATAATAATTTTACCTAGAATATATATC
513 AATAATAATTTTACCTAGAATATATATC
33482213 TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAAT
1 TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAAT
* * * * *
33482278 TAAAATTTATTTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATATGAGGCAAAAACAAAAACATTTCCA
66 GAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATCGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCA
* * *
33482343 -CCTTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGGGAAAAAACAGAGGAACGTTTGGCTTTAAGGGTGT
131 TCATTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAAAAGAGAGGAACG-TTGGCTTTAAGGGTGT
* * * * *
33482407 AACGCCCCAAAACTTTTTGCTTTTGGAAATGTTAAAACATGTCAAGGGTGTAATGTTCGGCTTTG
195 AACGCCCCAAAAATTTTT-ATTTTTGAAATGTTAAAACATGTCAAGGGTGTAACGTTCGACTTTG
*
33482472 AAAATATTTTTTTATGTGACAAACT----GC---CATGGTTTCATCCATTGTGTCGTCTTATTAT
259 AAAATATTTTTTTA--TGAGAAACTGCCAGCTATCATGGTTTCA-CCATTGTGTCGTCTTATTAT
* *
33482530 AAAAATATTATTATTTTTATGATGAAATTATTGCTGAGGCAATTTTAACAAAAAAAATTGATACA
321 AAAAATATTATTATTTTTATCATGAAATTATTGCTGAGGCAATTTTCAC-AAAAAAATTGATACA
*
33482595 ACGATTTCACCCATTGTG
385 AC-AGTTCACCCATTGTG
33482613 TCATCTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (540 bp):
TGGTCAGTTAATGAAGTTATTATGCATGTTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAAT
GAAAATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATCGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCA
TCATTTTCTTCGTGCAAACCGAACCAAGGGAGAAAAAAGAGAGGAACGTTGGCTTTAAGGGTGTA
ACGCCCCAAAAATTTTTATTTTTGAAATGTTAAAACATGTCAAGGGTGTAACGTTCGACTTTGAA
AATATTTTTTTATGAGAAACTGCCAGCTATCATGGTTTCACCATTGTGTCGTCTTATTATAAAAA
TATTATTATTTTTATCATGAAATTATTGCTGAGGCAATTTTCACAAAAAAATTGATACAACAGTT
CACCCATTGTGCCAACTTGTTATAGAATATTATTATTCTTACCATGAAATTGTTGTAAACCCATT
GTGTCATCTTATAATTTGCTTAAGGATTTACAATTAGAACTTAATTTAAAAGGGTTAAATAATAA
TTTTACCTAGAATATATATC
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33486293 CCCTTCGGGA
* * * * * *
33486303 CTTATCACATTTATACACTTTCACATCCATCACGTTGGCCACTCGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486350 CCTGTCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486397 CTTATCACATATATACACTTTCACGTTCATCACATCGGCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486444 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486491 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486540 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486587 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486636 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486685 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486732 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACAT-TGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486780 CTTATCACATATATACACTTTCACATT
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATT
33486807 TATTCAAATA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 24, Indels: 13
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 19 0.04
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ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
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Indices: 33486303--33486806 Score: 785
Period size: 96 Copynumber: 5.3 Consensus size: 94
33486293 CCCTTCGGGA
* * * * * * * *
33486303 CTTATCACATTTATACACTTTCACATCCATCACGTTGGCCACTCGGCCCTGTCACATATATACAC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
33486368 TTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
66 TTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486397 CTTATCACATATATACACTTTCACGTTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACATATATACAC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
33486462 TTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
66 TTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
33486491 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATATAC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATAC
33486556 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
64 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486587 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATAT
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCAC--ATATAT
* *
33486652 ACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
62 ACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486685 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATATAC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCAC--ATATATAC
* *
33486750 ACTTTCACATTCATCACAT-TGCCATTCGGC
64 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
33486780 CTTATCACATATATACACTTTCACATT
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATT
33486807 TATTCAAATA
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 19, Indels: 7
0.94 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 92 0.24
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Consensus pattern (94 bp):
CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
TTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
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Indices: 33490249--33492690 Score: 2304
Period size: 556 Copynumber: 4.4 Consensus size: 538
33490239 AAGAAACTGC
* * *
33490249 CCCATTGTGTCATCTTATTATAAAAATATTATTATTTTTAACATGAAATTGTTGCAGAGGCAATT
1 CCCATTGTGTCGTCTTATTAT--AAA-ATTATTATTTTTATCATGAAATTGTTGCGGAGGCAATT
** * *
33490314 TTAACAAAAAAAAAAACTAATATAACGATTTCATCCGTTGTGTTATCTTGTTATAAAATATTATT
63 TTAAC--AAAAAAAAACTAATACGACGGTTTCA-CC--TGTGTCATCTTGTTATAAAATATTATT
*
33490379 ATTTTTATCATGAAACTGCTGTAAACCCATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTTAAAGATTTAT-AT
123 ATTTTTATCATGAAACTGCTGTAAA-CCATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTTAAGGATTTATAAT
33490443 CTAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATACC-A-ATAATATATATGGCCGGTTATTG
187 -TAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGTAATTATACCTAGAT-ATATATATGGCCGGTTATTG
* * *
33490506 AATTAAGTAAGTATGATATATTAT-AAACATTAGTAATTAAAATTATAAAATTAAAATTTAATTA
250 -A--AAGTATGTATGCTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAAATTTAATTA
* * *
33490570 AATAGAATATAAGTGATAATGGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCTATCTTTTCTT-GGA
312 AATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCATCTTTTCTTCGTA
* * * *
33490634 GCAAATCGAACCAAGGGAGAAAGAAGCGAGGAACGTTCGGCTTTAAGGGTGTAATGCCCCAAAAT
377 -CAAACCGAAACAAGGGACAAAGAAGTGAGGAACGTTCGGCTTTAAGGGTGTAATGCCCCAAAAT
*** * * * *
33490699 TTTTTGTTCTTGGAATTGTTAAAACATGTCAAGGGTGTAACGCTCGGATTTGAAAATA-TTTTTT
441 AAATTGTTTTTGGAAATGTTAAAACATGTCAAGGGTGTAACGTTCGGCTTTGAAAATATTTTTTT
* * *
33490763 ATATCAAAAAATGTTGCC-TGATACGACGGTTACA
506 ATATGAGAAACTG-T-CCTTGATACGACGGTTACA
* * * * * * *
33490797 CCCACTATTTTGTTTTATTATAAAAATATTATTCTTTGCATCATGAAATTGTTGCGGTGGCAATT
1 CCCATTGTGTCGTCTTATTATAAAATTATTATT-TTT--ATCATGAAATTGTTGCGGAGGCAATT
* * * *
33490862 TTAAC-AGAAAAAACTAATACGACAAG-TTCACCTATTGTGTCTTCTTATTATAAAATATTATTA
63 TTAACAAAAAAAAACTAATACGAC-GGTTTCACC---TGTGTCATCTTGTTATAAAATATTATTA
* * * * ** *
33490925 TTTTTATCATGGAATTACTGTAAACCTATTGTGTTATCTTGTAATTTG-TTGAAAAATTTATAAA
124 TTTTTATCATGAAACTGCTGTAAACC-ATTGTGTCATCTTGTAATTTGCTT-AAGGATTTATAAT
* ** *
33490989 TAGAACTTAAGTTAAA-GGGTTAAATAGTCATTCTACCTATAATATATATATATATATATGGGGC
187 TAGAACTTAATTTAAAGGGGTTAAATAGT-A----A--T-T-ATACCTAGATATATATAT--GGC
* * * *
33491053 TGGTTATTGAAGTTAGTATGTATGCTAAATAATAAAAAATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAA
241 CGGTTATTGAA---AGTATGTATGCTATATTATAAAACATTAGTAATTAAAATTATAAAATGAAA
* *
33491118 TTTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGGTCGCAAAAACAAAAACATTTCCATCTT
303 ATTTAATTAAATAGAACATAAGTGATAATGGGAATAGGTGGCAAAAACAAAAACATTTCCATCTT
* * * *
33491183 TCCTTGGTGCAAACCG-AACAAAGGGGA-AAA-AAGAT-AGGAACGTTCGGTTTTAAGGGTGTAA
368 TTCTTCGTACAAACCGAAAC-AA-GGGACAAAGAAG-TGAGGAACGTTCGGCTTTAAGGGTGTAA
* ** *** * * * *
33491244 CAG-CCC--TTTTTTTTG-TTTTGAAAATGTTAAAACATGTTAAAGGTGTAACGTTCGACTTTGA
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* * ** *
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* *
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* * * * *
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* *
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* **
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * ** **
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* * * *
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** * * *
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* * * * ***
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*
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* * *
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* * ** * * * * * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* *
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* * * *
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1 GACCGTAATACCCTTGTAGGGTAAAAT
* *
33548458 GACCGTAATGCCCTGGT-GGGT-AAAT
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* *
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**
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AAATGATTGATTTGTCTGTGTTTG
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* * *
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*
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1 AATGA
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AATGATTGATTTGTCTGTGTTTG
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*
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* * **
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* * **
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* * * ** *
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*
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* *
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* * ** * * *
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*
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33548911 CATTACTATA
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* * *
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AACTCTTATGAGTTACCTGTTATAGCTCGAATAAGCTTCCTGTTTTA
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33582924 CCATGCCATT
*
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33583683 ATGATTGTTT
*
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*
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*
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1 ATAATAAT
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1 ATAATAAT
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1 A
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*
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1 TA
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*
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1 CATGTGGCCCACACGGG
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*
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*
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1 TAAAT-TGGAAATTAAACTAAT
33596987 ATCATCTTAT
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* *
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* *
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1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
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1 G
33600829 TACCCAAGTA
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*
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*
33608510 GCAAAGGATGAATTGACGGTATAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAT
*
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1 GCAAAGGATGAATTGACGG
33608553 AGAATATACC
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33610962 TAGCAGTGGG
* * *
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*
33610995 ATCTGAATATGTATCTGCTATGC
1 ATCTGAATATGTATCTGATATGC
33611018 AT
1 AT
33611020 TGATGTCTGT
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Indices: 33612914--33612980 Score: 89
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33612904 AACTATAATT
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* * *
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*
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1 ACATATATAT
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Statistics
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Indices: 33620134--33620217 Score: 168
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33620124 CTCTAGAGTT
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33620216 AG
1 AG
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Indices: 33622515--33622548 Score: 52
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33622505 TTTCATACCG
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*
33622534 TGGGACTGTT
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1 TTGGA
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*
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1 GGA
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Indices: 33622517--33622564 Score: 60
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33622507 TCATACCGTT
*
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* *
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*
33622555 GGATTATTTT
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* * **
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*
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TTTATGATTATATG
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33625414 ATGGATGAAT
33625424 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
1 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
*
33625464 GATTTTATGATTGTATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
1 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
33625504 G
1 G
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40 40 1.00
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GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
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33626770 CGTTTTGTTT
*
33626780 AAAAATATTTTTATTTC
1 AAAAATATTTTTATATC
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1 AAAAATATTTTTAT-ATC
33626814 AAAA
1 AAAA
33626818 GTGCTTTTTA
Statistics
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AAAAATATTTTTATATC
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33634734 TACAAAATCA
* * **
33634744 AAAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAGAAATTTACAAT-GAGATACATAG-AGATG
1 AAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATCGA-ATACATAGCA-AAC
** * *
33634807 TTCTCGTGTCTTATGATTCTTTCT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTGA
64 TTCAAGTGTCTTATGATT-TTTCTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGGTGA
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128 AATCCGTTACGAAATT
* * * *
33634887 AAAGATAAAATATTAATTTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAAATTTACCATCTAATGCATAGCAAACT
1 AAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAG-AAATTTACAATCGAATACATAGCAAACT
* * *
33634951 TCAAGTGTGTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGT
65 TCAAGTGTCTTATGATTTTTCTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGGT
33635012 AAAGTTCTTA
Statistics
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AAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATCGAATACATAGCAAACTT
CAAGTGTCTTATGATTTTTCTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGGTGAAAT
CCGTTACGAAATT
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33635003 TTTCGAGGTA
* *
33635013 AAGTTCTTATGTCTTATGACTTTTTTTTTTCAATTCCATTTTTAAATAATGAAACTCGAATTTTG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGA---TTTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTG
* *
33635078 AGGCGTAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA-GGAAATTTT
62 AGGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* *
33635142 CCATGTGATGCGTACCA
127 CCATGTGATGCATA--G
* * *
33635159 AAGTTCTTATGTCTTGTGATTTTTTTAAATTTAATTTTTAAATATT-AAGACTCGAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA-ACTCGAATTTTGAGG
* ** * * * *
33635223 CGAAATTGGTTACTGAATCAAAAATAAAGTATAAACTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
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33635288 TGTGATGCA-AG
130 TGTGATGCATAG
* * * * *
33635299 CAAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTGTTAAAATATTGAAGCTCGAATTTTAA
1 --AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATT-TTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGA
* * * * * * * **
33635364 AGTGAAGCCCGTTATAGAA-CTAAAGATAAAGTATACATATTTAAGAGGTTACAATAAAAATTTA
63 GGCGAAGTCCGTTACAGAATC-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
*
33635428 TCATGTGATGCATAGCG
127 CCATGTGATGCATA--G
* * * * * * *
33635445 AAGTTCTTATGTCTTATAATTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGGACTTCGAAG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * * * * *
33635510 CAAAG-CCTTTACGGAATAAAAAATAAATTA-AAATTTTTGAAGAGGTAAAAATGAAAATTTA-C
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
33635572 -----ATG--T-G
129 ATGTGATGCATAG
** *
33635577 AAGTTCTTATGTCTTATGATTGTTTTCCAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* ** * *
33635642 CAAAGTCCGTTATGGAATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGCA-GTTAAAATGGAAATTTAAC
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAATTTACC
33635706 ATGTGATGCATAGCG
129 ATGTGATGCATA--G
* * * * *
33635721 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAGCTCAAATTTTGGGGT
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * * * * *
33635786 GAAGCCCGTTACGGAATCAAAGATCAAGTATAATTTTTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
33635851 GTGATGCATAGCG
131 GTGATGCATA--G
* * * * * *
33635864 AAGTTCTTGTGTCTTATGATTTTTTTCAATTTCATTTTTAACTATTGACACTCAAATTTTGAGGT
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
33635929 GAAGTCCGTTAC-GAAATCAAAAATAAAATATAAATTATTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCA
66 GAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
33635993 TGTGATGCATAGCG
130 TGTGATGCATA--G
* * *
33636007 AAGTTCTTATATCTTATGATGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
33636072 GAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
*
33636137 GTGATGCACAACG
131 GTGATGCA-TA-G
** ** * * * * *
33636150 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
33636215 GAAGT-CGATTACAAAATCTAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAA
66 GAAGTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
33636279 TGTGATGCATAGCG
130 TGTGATGCATA--G
** * * * ** *
33636293 AAGTTCTCGTATCTTATAATTCTTACTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * ** *
33636358 CAAGTTCGTTATGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAGGGAAATTTACCAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
*
33636423 CTGATGCATAGCG
131 GTGATGCATA--G
* * * * *
33636436 AAGTTCCTATGTCTTATGA-TGTTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAAACCCGAATTTGGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCA-TTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
** * * * * *
33636500 CGAAGTTGGTTACAAAAACAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
*
33636565 TGTGATGCACAACG
130 TGTGATGCA-TA-G
* * * * * * *
33636579 AAGTTCTCGA-GTCGTATGATTCTTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCT-AG
1 AAGTTCT-TATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT-TGAG
* * * * *
33636642 GCGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACA
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
33636707 ATGTGATGAATAGCG
129 ATGTGATGCATA--G
** * * * * * *
33636722 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTGCGTTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * **
33636787 CAAGTCTGTTACAGAGTCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAATTTGGAAATTTACCAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
33636852 GTGATGCATAGCG
131 GTGATGCATA--G
* * * * *
33636865 AAGTTTTTATGTCATATGAATTTTTTTTCAATTCCATTTTTAGATATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAGTTCTTATGTCTTATG-ATTTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
* * * * * * * *
33636930 ACAAAGTCTGTTACGGTATCAAAAATAAAGTATATATTTTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACC
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
33636995 ATGTGATGCACATG
129 ATGTGATGCATA-G
* * *
33637009 AAAGTTC-TATGTCGTATGATTTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGA
1 -AAGTTCTTATGTCTTATGA-TTTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGA
* * * * * * *
33637073 GGTGAAGTCAGTTACAGAATGAAAGATATAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTAAC
63 GGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
*
33637138 CATGTGATGCACAGAG
128 CATGTGATG--CATAG
**
33637154 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * * * *
33637218 CAAAGTCTGTTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACCT
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
33637283 TGTGATGCATAATG
130 TGTGATGCAT-A-G
*
33637297 AAGTTCTTATATCTTA
1 AAGTTCTTATGTCTTA
33637313 GCATTGTAAA
Statistics
Matches: 1805, Mismatches: 296, Indels: 109
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
132 56 0.03
133 42 0.02
134 10 0.01
135 1 0.00
137 3 0.00
139 3 0.00
141 5 0.00
142 133 0.07
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
AAGTTCTTATGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
GTGATGCATAG
Found at i:33635608 original size:132 final size:134
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Indices: 33635444--33635711 Score: 337
Period size: 132 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
33635434 GATGCATAGC
* * * *
33635444 GAAGTTCTTATGTCTTATAATTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGGACTTCGAA
1 GAAGTTCTTATGTCTTATAATTGTTTTCCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAACTTCGAA
* *
33635509 GCAAAG-CCTTTACGGAATAAAAAATAAATTA-AAATTTTTGAAG-AGGTAAAAATGAAAATTT-
66 GCAAAGTCCGTTACGGAATAAAAAATAAAATATAAATTTTT-AAGCA-GTAAAAATGAAAATTTA
33635570 ACATGT
129 ACATGT
* * * * * *
33635576 GAAGTTCTTATGTCTTATGATTGTTTTCCAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
1 GAAGTTCTTATGTCTTATAATTGTTTTCCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAACTTCGAA
* * * * *
33635641 GCAAAGTCCGTTATGGAATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGCAGTTAAAATGGAAATTTAAC
66 GCAAAGTCCGTTACGGAATAAAAAATAAAATATAAATTTTTAAGCAGTAAAAATGAAAATTTAAC
33635706 ATGT
131 ATGT
33635710 GA
1 GA
33635712 TGCATAGCGA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 17, Indels: 6
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
132 61 0.53
133 37 0.32
134 17 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (134 bp):
GAAGTTCTTATGTCTTATAATTGTTTTCCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAACTTCGAA
GCAAAGTCCGTTACGGAATAAAAAATAAAATATAAATTTTTAAGCAGTAAAAATGAAAATTTAAC
ATGT
Found at i:33636183 original size:429 final size:429
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Indices: 33635036--33637312 Score: 2568
Period size: 429 Copynumber: 5.3 Consensus size: 429
33635026 TTATGACTTT
* * * **
33635036 TTTTTTTCAATTCCATTTTTAAATAATGAAACTCGAATTTTGAGGCGTAGTCCGTTAC-AGAATC
1 TTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AATC
* * * *
33635100 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT-AAAAGGAAATTTTCCATGTGATGCGTACCAAAGTT
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTT
* * * *
33635164 CTTATGTCTTGTGAT-TTTTTTAAATTTAATTTTTAAATATTAAGACTCGAATTTTGAGGCGAAA
130 CTTATGTCTTATGATGTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAG
* * * * *
33635228 TTGGTTACTGAATCAAAAATAAAGTATAAACTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
194 TCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * * * *
33635293 TGCA-AGCAAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTGTTAAAATATTGAAGCTCGA
259 TGCACAACGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATT-TTTAAATATTAAAACTCAA
* * * * * * *
33635357 ATTTTAAAGTGAAGCCCGTTATAGAA-CTAAAGATAAAGTATACATATTTAAGAGGTTACAATAA
323 ATTTTGAGGTGAAGCCCGTTACAGAATC-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAG
** *
33635421 AAATTTATC-ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTATGTCTTATAA
387 AAATTTA-CAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
* *** * * * * * *
33635464 TTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGGACTTCGAAGCAAAG-CCTTTACGGAATA
1 -TTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATC
* * *
33635528 AAAAATAAATTA-AAATTTTTGAAGAGG-TAAAAATGAAAATTTA-C-----ATG--T---GAAG
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAAA-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAG
** * * *
33635580 TTCTTATGTCTTATGATTGTTTTCCAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAA
128 TTCTTATGTCTTATGA-TGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGA
* ** * * *
33635645 AGTCCGTTATGGAATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGCA-GTTAAAATGGAAATTTAACATG
192 AGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATG
* * * * *
33635709 TGATGCATAGCGAAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAGCT
256 TGATGCACAACGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACT
* * * * *
33635773 CAAATTTTGGGGTGAAGCCCGTTACGGAATCAAAGATCAAGTATAATTTTTTAAAAGGTTAAAAT
320 CAAATTTTGAGGTGAAGCCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAT
*
33635838 AGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGA
385 AGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
* * **
33635883 TTTTTTTCAATTTCATTTTTAACTATTGACACTCAAATTTTGAGGTGAAGTCCGTTACGAAATCA
1 TTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCA
* * *
33635948 AAAATAAAATATAAATTATTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTC
66 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTC
*
33636013 TTATATCTTATGATGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTC
131 TTATGTCTTATGATGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTC
* * *
33636078 AGTTACAGAATCAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
196 GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * *
33636143 CACAACGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTCAAATT
261 CACAACGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATT
* * * * * * *
33636208 TCGAGGCGAAG-TCGATTACAAAATCTAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAA
326 TTGAGGTGAAGCCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAA
*
33636272 TTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTATCTTAT-A
390 TTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
* * * * * * *
33636311 ATTCTTACTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTTCGTTATGGAATC
1 TTTTTTTC-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATC
* *
33636376 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAGGGAAATTTACCATCTGATGCATAGCGAAGTT
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTT
* * *
33636441 CCTATGTCTTATGATG-TTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAAACCCGAATTTGGAGGCGAAG
130 CTTATGTCTTATGATGTTTTTTAATTTCA-TTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAG
* * * * *
33636505 TTGGTTACAAAAACAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
194 TCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * **
33636570 TGCACAACGAAGTTCTCGA-GTCGTATGATTCTTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTTGA
259 TGCACAACGAAGTTCTC-ATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAA
* * * * *
33636634 ATTTCT-AGGCGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATAG
323 ATTT-TGAGGTGAAGCCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAG
*
33636698 AAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
387 AAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
* * * * * * *
33636741 TTCTTATT-AATTGCGTTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCTGTTAC-AGAGT
1 TT-TTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AAT
***
33636804 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAATTTGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGT
64 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGT
* * * * * * * * *
33636869 TTTTATGTCATATGAATTTTTTTTCAATTCCATTTTTAGATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAA
129 TCTTATGTCTTATG-ATGTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGA
* * * * * * *
33636934 AGTCTGTTACGGTATCAAAAATAAAGTATATATTTTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACCATGT
192 AGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGT
* * *
33636999 GATGCAC-ATGAAAGTTCT-ATGTCGTATGATTTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAAC
257 GATGCACAACG-AAGTTCTCATGTCTTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAAC
* * * * *
33637062 TCAAATTTTGAGGTGAAGTCAGTTACAGAATGAAAGATATAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAA
319 TCAAATTTTGAGGTGAAGCCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
* * * *
33637127 T-GAAAATTAACCATGTGATGCACAGAGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
384 TAG-AAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
* * * *
33637173 TTCTTTTT-TATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCTGTTACGGAATC
1 TT-TTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATC
* * * * * **
33637237 AAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACCTTGTGATGCATAATGAAGTT
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTT
*
33637302 CTTATATCTTA
130 CTTATGTCTTA
33637313 GCATTGTAAA
Statistics
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TTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCA
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTC
TTATGTCTTATGATGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTC
GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
CACAACGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATT
TTGAGGTGAAGCCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAAT
TTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA
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33637144 ATGCACAGAG
* *
33637154 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
** **
33637219 AAAGTCTGTTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACCTT
66 AAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTACCTT
*
33637284 GTGATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAA
131 GTAATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAA
*
33637330 AAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTT--ATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
** * *
33637394 GCGCAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAGTATA-ATTTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAATTTA-
64 GCAAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATA-TTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTAC
*
33637457 CTATGTAATGTAT-ATCGAAGTTCTTAT
128 CT-TGTAATGCATAAT-GAAGTTCTTAT
33637484 GATACATGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
AAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTACCTT
GTAATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAA
Found at i:33639155 original size:143 final size:142
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Period size: 143 Copynumber: 18.1 Consensus size: 142
33638887 TAACAGATTC
* * * * * * *
33638897 ATGTGATGCATGGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * *
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*
33639027 ATAGAAATTTACA
130 ATGGAAATTTACA
* *
33639040 ATGTGATGCAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * *
33639105 CTTGAATTTTGAGGCGAAGTTGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTAAAGAGGTTACAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTTGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
* * *
33639170 TCGATATTTACC
131 TGGAAATTTACA
* * ** *
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1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTG
* * * * * *
33639246 AAACTCGAATTTAT-AGGC-AAATTCGGCTACAGAAATCATAGATATAGTATAAAGTTTTATGAG
63 AAACTCGAATTT-TGAGGCGAAGTT--GTTAC-GAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAG
* *
33639309 GTTAAAATTGAAATTTACC
124 GTTAAAATGGAAATTTACA
* * * ** *
33639328 ATTTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTTTTATGA-TAATTTT--TTT-ATTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
33639389 TTCGAATTTCGAGGCAAAGTCAGTTA-TAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
33639453 AATGGAAATTTACA
129 AATGGAAATTTACA
** * *
33639467 ATGTGATGCATAGATAAGTTCT--TG-----TG--T-TTTATGA-TTC-TTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *
33639520 CTC-AATTTTGAGGC-ACAATCCGTCAC-AGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTG
66 CTCGAATTTTGAGGCGA-AGT-TGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
33639582 AAATGGTAATTTACA
128 AAATGGAAATTTACA
* *
33639597 ATGTGATGCTTAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * ** * * * * * *
33639662 CTCAAACTTTAAGGCTAAGTCCATTACGGAATTAAAGTTAAAATATAAAGTGTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* *
33639727 GTGGTAATTTACA
130 ATGGAAATTTACA
* ** * *
33639740 ATGTGATGCGTAATGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTA-TTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
33639804 CTCGAACTTTGAGGCGAAGTTCATTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTT-GTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* * *
33639869 TTGGAAATATACC
130 ATGGAAATTTACA
* ** * * *
33639882 ATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * *
33639946 ACTCAAATTTCGTGGCGAAGTTGATTAC-AGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTTG-TTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
33640010 AAATGAAAATTTACA
128 AAATGGAAATTTACA
* * * * *
33640025 ATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATAT-TTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAA-TTTCATTTTTAAATATTGA
* * * * *
33640089 AACTCGAATCTTGTGGCAAAGTTGGTTAC-AGAATCAAAGATAAA-TATAAAATTTTGAGAGGTT
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTT-GTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * *
33640152 CAAATAGAAATTTACC
127 AAAATGGAAATTTACA
* * * * * *
33640168 ATGTGATGCATAGCGAAGCTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTAAATATTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *** * *** * *
33640233 TTTAC-AATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTAATATGAATCTTTTTAA-T-TACATTTTTAT
66 -CT-CGAAT-T-TTG-A-GGCGAAGTTGTTACG-AA-ATCAA--AGATAAAGTATAAATTTTTA-
* * * *
33640295 ATA--TTGAAACTAGAATTTTGAGACA
120 AGAGGTT-AAAATGGAAATTT---ACA
* ** * * * * *** ** *** *
33640320 AAGT-CCG-TTA-CGAAATTATAGATGAAGTAT-A-AATTTTTAA----AAGGTTAAA-ATGGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCG-TGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * ** * * * * *** * * *
33640375 ATTTACCATATGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTTTTATTGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAAT
65 A-CT-CGA-ATTTTG-A-GGCGAA-GT-T---G--TTA-CG-AAATC-AAAGATAAAGTATAAAT
*
33640440 TTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTACA
115 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* * * * *
33640468 ATGTGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *
33640533 CTCGAATTTTAAGGC-AAATTCCGTTACGGAATTATAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
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* *
33640597 AATAGAAATTTACC
129 AATGGAAATTTACA
* * * * * *
33640611 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAT-TTTTTTATTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * * * * * *
33640675 ATTCAAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACAAAAT--AATATAAAGTATAATTTTTTAAAAGGTTAA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTT-GTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
**
33640738 AACAGAAATTTACCA
129 AATGGAAATTTA-CA
* * * * * * *
33640753 A-GTGA--CACAACAAACTTCTCTTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTCACTATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
33640815 CTCGAATTTTGCGGCGAACTTCGTTACAAAATGAATGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
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*
33640880 ATGGAAATTTACC
130 ATGGAAATTTACA
* * * * *
33640893 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATAT-TTTTAAATTTCATTTTTAAATA-TGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG-A
* * * * * * * * **
33640956 AATTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTGACTGGTTA
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
33641021 AAATGGAAATTTAAA
128 AAATGGAAATTTACA
* * * * * * *
33641036 ATGTGATGCATAGCAAAGTTCTTGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
33641100 CTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
*
33641165 ATGGAAATTTACC
130 ATGGAAATTTACA
* ** * * *
33641178 ATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * *
33641242 ACTC-AAATTTCATGGCGAAGTCGGTTAC-AGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTT
65 ACTCGAATTTTGA-GGCGAAGT-TGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
*
33641305 AAAATGAAAATTTACA
127 AAAATGGAAATTTACA
* * * * *
33641321 ATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATAT-TTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAA-TTTCATTTTTAAATATTGA
* * * ** * *
33641385 AACTCGAATTTTGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTC
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
33641450 AAATGGAAATTTACC
128 AAATGGAAATTTACA
*
33641465 ATGTGATGCATAGCTAAGTTC
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTC
33641486 AAAGATAAAG
Statistics
Matches: 1940, Mismatches: 399, Indels: 213
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
129 1 0.00
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137 4 0.00
138 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
CTCGAATTTTGAGGCGAAGTTGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
TGGAAATTTACA
Found at i:33639449 original size:285 final size:281
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Indices: 33638925--33641477 Score: 1357
Period size: 285 Copynumber: 8.9 Consensus size: 281
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* * *
33638925 TTATGATTATTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCGAAATTCGG-TA
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* * * * * *
33638988 CGGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAATAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCAGAG
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* * ** *
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* * * * *
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*
33639210 TTATGATATTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTATAGGCAAATTCGGCTA
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* * * * *
33639275 CAGAAATCATAGATATAGTATAAAGTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATTTGATGCATA
63 CAG-AATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * ** * *
33639340 GTGAAGTTCTCGTGTTTTATGATAATTTT-TTT-ATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG
127 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATCTTTTTATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGG
* * *
33639403 CAAAGTCAGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
192 CGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACAA
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255 TGTGATGCATAGTGAAGTTATTATG-TC
* * * * *
33639488 TTGTG--TTTTAT-GA-TTC-TTTTTAAATATTGAAACTC-AATTTTGAGGCACAATCCGTC-AC
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* * * * * * * * *
33639546 AGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTGAAATGGTAATTTACAATGTGATGCTTAGT
64 AGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* *
33639611 GAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAACTTT-AAG
129 GAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAA-TTTCGAG
* * * * * * * * *
33639675 GCTAAGTCCA-TTACGGAATTAAAGTTAAAATATAAAGTGTTAAGAGGTTAAAGTGGTAATTTAC
191 GCGAAGT--AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTAC
* * * *
33639739 AATGTGATGCGTAATGAAGTTCTCATGTC
253 AATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * * **
33639768 TTATGATTCTTTTT-AATTTTA-TTTTAAATATTGAAACTCGAACTTTGAGGCGAAGTTC-ATTA
1 TTATGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAA-TTTTAGGC-AAATTCGGCTA
* * * * * *
33639830 CGGAATTAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAATTGGAAATATACCATGTGATGCATGG
63 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAG
** * *
33639895 AAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGT
128 CGAAGTTCTCGTGTCT-TATG-ATCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGA
* * * *
33639959 GGCGAAGTTGATTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTAC
190 GGCGAAGTAG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATG-AAATTTAC
* * * * * *
33640024 AATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTC
253 AATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * *
33640053 TTATGATATTTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGAAACTCGAATCTTGT-GGCAAAGTT-GGTT
1 TTATGAT-TTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAAT-TT-TAGGCAAA-TTCGGCT
* * *
33640116 ACAGAATCAAAGATAAA-TATAAAATTTTGAGAGGTTCAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
62 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * * * *
33640180 GCGAAGCTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTAAATATTAAATATTAAAATTTACAATAT-G
127 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTCG
* * * * * *** * * * ** *
33640244 ATGC-ATAGCAAAGTTCTCGTGTAAT--ATGA-ATCTTTTTAATTACATTTTTATATATTGAAAC
189 AGGCGA-AG--TAGTT-AC-AG-AATCAAAGATA-AAGTATAA--A-ATTTTAAGAGGTT-AAAA
* * ** * * * * **
33640305 TAGAATTTTGAGACAAAGT-CCG-TTA-CGAAATTATAGATGAA
243 T-GAAATTT---ACAATGTGATGCATAGTGAAGTTAT-TATGTC
* * * * * * ** ** **
33640346 GTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAAT-TT-ACCATA-T-G-ATGCATA-GCAAACTTCTC
1 TTATGATTTTTTTAAA-TTTCATTTTTAAATATTGA--A-ACTCGAAT-TTTAGGCAAA--T-TC
* ** ** * * * * * * *
33640405 GGGTTTTATTGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTACAAT
58 -GG--CTACAG--AATC-AAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCAT
* * * * * *
33640470 GTGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAACT
117 GTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACT
* ** * * * * * * * *
33640535 CGAATTTTAAGGCAAATTCCGTTACGGAATTATAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAT
180 CAAATTTCGAGGCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT
* ** * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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128 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAG
* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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1 TTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTG-AAACTCGAATTT-TAGGCAAATTCGGCTAC
* * * * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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191 GCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACA
* ** * * **
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254 ATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * * * * * *
33641205 TATATGAATCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCATGGCGAAGTCGGTTA
1 T-TATG-ATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTA-GGCAAATTCGGCTA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * *
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*
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* **
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* * * * *
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* * *
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AAGGTTAAAATAGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTTTTATTTTTTTCTTAA
GATATAGTGTAAATTTTTAATAGGTTAAAATGG
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* * * * * *
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66 T
* ** * *
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66 T
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1 TC
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T
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* *** *
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130 GTCGGTTATGGAA
* * * * *
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* * * * * ** * *
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* *
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**** **** ** * ** * * * * *
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* * ** * *** * ** *
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* * *
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116 AA-TT----T-TGAGGCCA-AG--T-CGGTT-ATG-GAA
** * **** * ** ** *
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* * * **** * * ** * ** ** * *
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** * * * *
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116 AATTTTGAGGCCAAGTCGGTTATGGAA
* * * * ** *
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1 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * *
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** ***
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131 TCGGTTATGGAA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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129 AGT-CGGTTATGGAA
* * * * * * * *
33642787 TTAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGTGGTTAAGATGGAAATTTACCATGTAATGCATGGAAAAC
1 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAC
* ** * * * * * * * *
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66 TTCTCGTGTTTTAT-GATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAA
* ***
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130 GTCGGTTATGGAA
* * * *
33642930 TCAAAGAAAAACTTAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATA
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* * *
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60 GCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTG-
* *
33643059 AGG-GAAGTCTGTTATGGAA
123 AGGCCAAGTCGGTTATGGAA
* * * * * * *
33643078 TTAAAGAAAAAGTTTAAATATTTAAGAGTTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAC
1 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * **
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66 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTT-AATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAA
*
33643207 TGTCGGTTATAGAA
130 -GTCGGTTATGGAA
* * * *
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1 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * * * **
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66 TTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTT-AATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCA
* **
33643350 AGTCGGCTATCAAA
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* ** ** * *
33643364 TCAAA-ATAAAAATTCCGTGTTATGAATCTTTTTACTTTCATTTTTAAATATTGAAA-CT-CGAA
1 TCAAAGAT--AAA------G-TAT-AA-ATTTTTA---AGA-GGTTAAA-ATGGAAATTTAC-AA
** * * ** ** ** * * *
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49 TGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T-TTTTAA-T-TTAATTTTTAAATA--TT
* * * * *
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*** * ** * * * * * * * **
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1 --TCAAAGATAAAGTATAAAT-TT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAA--TTTACA-ATGTGATGCAT
* ** * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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130 GTCGGTTATGGAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* ** * * * * *
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* **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* **
33644234 ACTCTATTATGGAA
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* **
33644375 AACTCCATTACT-GAA
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* * * * *
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* * * * *
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**
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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60 GCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTG-
*
33644663 AGG--AATGTCTGTTATGGAA
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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*
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131 TCGGTTATG-GAA
* * * * * * *
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1 TCAAAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAA
* * * * * * * * *
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65 CTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCA
* *
33645094 AGTCCGTTATGAAA
129 AGTCGGTTATGGAA
* * * * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* **
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* *
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TAAACTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTATTAT
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33642227 CTTCATTTTT
* *
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* *
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* ** *
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*
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* ** * *
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* *
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* * * * *
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* *
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ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAAGTACAGAATCAAAGATAAAG
TATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
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Period size: 142 Copynumber: 18.5 Consensus size: 142
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* * * * *
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*
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* * *
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131 AGTTATAGAATC
* * ** *
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* * * * * * * ** * * * *
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*
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
33643145 CTCA-TGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAATG
66 CT-AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCA-TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAG
*
33643209 TCGGTTATAGAATC
129 TCAGTTATAGAATC
* * * *
33643223 AAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTT
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* * * * *
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* *
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129 TCAGTTAT-AGAATC
* ** ** * * *
33643366 AAA-ATAAAAATTCCGTGTTATGAATCTTTTTACTTTCATTTTTAAATATTGAAA-CT-CGAAT-
1 AAAGAT--AAA------G-TAT-AA-ATTTTTA---AGA-GGTTAAA-ATGGAAATTTAC-CATG
** * * ** ** ** * ** *
33643427 T--T-TTTGGCAAATTTC-A---TTACAAAATTATAGGTAAAGTATAAATTCTTAAA-AGGTTAA
49 TGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATT-T-TTTTAA-T-TTCATTTTTAAATA--TTAA
** * * ** * ** *
33643484 AATGGAAATTTACCATGTGATG-CATGGCA-A-ACTTC
108 AATTCAAATTT-CGAGGCAAAGTCA-GTTATAGA-ATC
*** * ** * * * * * ** * * **
33643519 TCGGGT--CTTATTATTCTTCTTAAGA---TATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATAG-AA
1 AAAGATAAAGTATAAAT-TT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAA--TTTACCATGTGATGCATAGCAA
* * ** *
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62 ACTT-CTA-GTG-T-TTTA-TG-ATT--T--T-T-TTA--A-----TTT-----CATTTTTAAAT
* * ** * * *
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* * * *
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1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *** * *
33643747 CTCGTGATTTT-TGATTTTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAATTTGCATTTCGAGACTAAGT
66 CTAGTG-TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGT
** * *
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130 CAGTTATAGAATC
* * * *
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1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * *
33643888 CTTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTT-GAATTTTGAGGCGAAC
66 CTAGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCAAATTTCGAGGCAAAG
* * *
33643952 TCCGTTA-CGAAATT
129 TCAGTTATAG-AATC
* * * * *
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1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* ** *
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66 CTAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTC
*
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131 AGTTATAGAATC
* * ** * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* *
33644236 TCTA-TTATGGAATT
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** * * * * *
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1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * ** * ** *
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* * * * * * * * * * *
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60 AAACTTCT-AGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG-A
* * * *
33644664 GG-AATGTCTGTTATGGAATT
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* * * * *
33644684 AAAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTT
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* * ** *
33644749 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACGTC
66 CTAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTC
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131 AGTTATAGAATC
* * *
33644826 AAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTT
1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
33645095 GTCCGTTAT-GAAATT
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* * *
33645110 ATAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT
1 AAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT
33645174 TCT
65 TCT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (142 bp):
AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
CTAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTC
AGTTATAGAATC
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Indices: 33642469--33645176 Score: 1647
Period size: 284 Copynumber: 9.4 Consensus size: 280
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* *
33642469 AAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGT-TACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTT
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* * *
33642533 TAAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCT-AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTC
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* * * * *
33642597 ATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATAATCAAAGATACAGTATAA
126 ATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTAAAAAATCAAAGATAAAGTATAA
* * * *
33642662 ATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTCTAAT
190 ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT-TTATGAT
* * * *
33642727 TGTTTTAAATTT-ATTTATAAATATTG
254 TCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* ** * *
33642753 AAATTTGAATTTTGAGCCGAACTCCAGTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGTGGTT
1 AAACTCAAATTTTGAG-CGAACTCC-GTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGTTT
* * * * ** * *
33642818 AAGATGGAAATTTACCATGTAATGCATGGAAAACTTCTCATGTAATATAAATCTTTTTAATTTCA
63 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTAT-GATTTTTTTAATTTCA
* * *
33642883 TTTTTAAATATTTAAACTCAAATGTCGAGGCGAAGTCAGTTAAAAAATCAAAGAAAAACTTAAAG
127 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTAAAAAATCAAAG----A--TAAAG
* * * *
33642948 TATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGTTTA
185 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTA
*
33643013 TGATTCTTTTTAATTTAATTTTTTAATATTA
250 TGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* * * * * * *
33643044 AAACTCGAATTTTGAAGGGAAGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAATATTTAAGAGTTT
1 AAACTCAAATTTTG-AGCGAACTCCG-TATAGAATTAAAGATAAAGTATAAAT-TTTAAGAGTTT
*
33643109 AAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCAT
63 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCA-
* * * *
33643174 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAATGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAA
127 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAA-GTCAGTTAAAAAATCAAAGATAAAGTATAAA
* * * * * *
33643239 ATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAT-ATGTGATGCATTGCAAACTTCTTGTGTTTTATGTTT
191 TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG-TTTATGATT
* *
33643303 TTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTA
255 CTTTTT-AATTTAATTTTTAAATATTA
* * * * * *
33643330 AAATTCAAATTTCGAG-GTAAAGTCGGCTATCA-AATCAAA-ATAAAAATTCCGTGTTATGAATC
1 AAACTCAAATTTTGAGCG--AACTCCG-TAT-AGAATTAAAGAT--AAA------G-TATAAAT-
** * * ** ** * * *** * ** **
33643392 TTT-TTACTTTCATTTTTAAATATTGA-AACTCG-AATTTTTTGGCAAA-TT-TCA--TTACAAA
52 TTTAAGAGTTTAAAATGGAAAT-TT-ACCA-T-GTGA-TGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATG
** * ** * **
33643450 ATTATAGGTAAAGTATAAATTCTTAAA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGGCAA
112 ATT-T-TTTTAA-T-TTCATTTTTAAATA--TTAAAATTCAAATTT--C-------G-A-GGC-A
* * **** * * * *
33643514 ACTTCTCGGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAAT
159 A---GTC-AG--TTA--AAAAATC-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT
* * *
33643579 TTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAT
215 TTATAATGTGATGCATAGCA-AAGTT-CTCGTGT-TTATGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAAT
*
33643642 ATTG
277 ATTA
* * * * * * *
33643646 AAACTCAAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACAGAATTATAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTT
1 AAACTCAAATTTTGA-GCGAACTCCG-TATAGAATTAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGTTT
* * *
33643711 AAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTCGTGATTTT-TGATTTTTTTAATTTCA
63 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATG-TTTTATGATTTTTTTAATTTCA
*** * ** * * * * *
33643775 TTTTT-AATATTAAAATTTGCATTTCGAGACTAAGTTGGATACAGAATCAAATATAAAGTATACA
127 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTAAAAAATCAAAGATAAAGTATAAA
* ** * * * *
33643839 TTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
191 TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT-TTATGATT
* * *
33643904 CTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTG
255 CTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
** *
33643930 AAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGT-TACGAAATTAAATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTT
1 AAACTCAAATTTTGA-GCGAACTCCGTATA-G-AATTAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGTT
* *
33643994 TAAAATGGAAAATTACCGTGTGATGCATAGCAAACTTCT-AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTC
62 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCA-TGTTTTATGATTTTTTTAATTTC
* ** * * *
33644058 GTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATACAA-TATA
126 ATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTAAAAAATCAAAGATA-AAGTATA
* * * * * *
33644122 GATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGA
189 AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT-TTATGA
* * *
33644187 TTGC-TTTAAATTT-ATTTATAAATATTG
253 TT-CTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* ** * * * *
33644214 AAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTCCTAAGTGGTT
1 AAACTCAAATTTTGA-GCGAACTC-CGTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAATT-TTAAGAGTTT
* * * * * * * *
33644279 AAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTTTTAAATTT--
63 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTT-AATTTCA
* * * * * *** *
33644342 TTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCA-TTACTGAATTAAAGATAAAGTATA
127 TTTT-TAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC-AAGT-CAGTTAAAAAATCAAAGATAAAGTATA
* * ** * *
33644406 AAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTATATG
189 AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAG-CAAAGTTCTCGTGTT-TATG
* *
33644470 AATCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTA
252 ATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* * * * * * * *
33644499 AAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAA
1 AAACTCAAATTTTGA-GCGAACTCCG-TATAGAATTAAAG----A--TAAAGTATA-AATTTTAA
* ** * ** * * * * * *
33644564 GAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTA
57 GAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATG-ATTTTTTTA
* * * * * * * *** * *
33644629 ATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATTTTTGAAGG-AATGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAA
121 ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG-AGGCAA-GTCAGTTAAAAAATCAAAGATAAA
* * * ** * *
33644693 GTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTT
184 GTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG-TT
33644758 TATGATT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
248 TATGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* ** * * * * *
33644790 AAATTTGAATTTCGAG-GCAACGTCAGTTATAGAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGT
1 AAACTCAAATTTTGAGCG-AAC-TCCG-TATAGAATTAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGTT
* * * * *
33644854 TAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTCTCATATTTTATGATTTTTTAAATTTAA
62 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCA
* * * * **** *
33644918 TTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGTTAGCGGATCAAA-ATTAAAGTAAAA
127 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGG-CAAGTCAGTTAAAAAATCAAAGA-TAAAGTATAA
* * * * * * * *
33644982 ACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAA
190 ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT-TTATGAT
* * * *
33645047 TCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTG
254 TCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTA
* * *
33645074 AAACT-AGAATTTTGAGGCAAAGTCCGT-TATGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCAAG-
1 AAACTCA-AATTTTGA-GCGAACTCCGTATA-G-AATTAAAGATAAAGTATAAA-TTTT--AAGA
*
33645136 G-TTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
59 GTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
33645177 TAGGTCTTAT
Statistics
Matches: 1900, Mismatches: 391, Indels: 265
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
282 8 0.00
283 123 0.06
284 611 0.32
285 344 0.18
286 53 0.03
287 7 0.00
289 5 0.00
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311 4 0.00
313 3 0.00
315 6 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.39
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AAACTCAAATTTTGAGCGAACTCCGTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGTTTAAA
ATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTT
TAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAGTCAGTTAAAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT
AAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTATGATTCTTTTT
AATTTAATTTTTAAATATTA
Found at i:33643613 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33643465--33643627 Score: 222
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
33643455 AGGTAAAGTA
* * *
33643465 TAAATTCTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGGCAAACTTCTCGGGTCTTAT
1 TAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTTAT
*
33643530 TATTCTTCTTAAGATATAGTG
66 GATTCTTCTTAAGATATAGTG
* * *
33643551 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGTGTCTT
1 TAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCA-AACTT-CTCGGGTCTT
*
33643614 ATGATTCTTTTTAA
64 ATGATTCTTCTTAA
33643628 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.04
86 64 0.96
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Consensus pattern (86 bp):
TAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTTAT
GATTCTTCTTAAGATATAGTG
Found at i:33644357 original size:426 final size:424
Alignment explanation
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Period size: 426 Copynumber: 3.8 Consensus size: 424
33643530 TATTCTTCTT
* * * *
33643540 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * * *
33643603 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAAG
65 -CTAGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCAAGACAAAG
* * * * * *
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128 TCGGTTACAGAATCAAAGATACAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG
* * * * * * * * * *
33643732 ATGCATAGCACACTTCTCGTGATTTTTGATTTTTTTAATTTCATTTTTAATATTAAAATTTGCAT
193 ATGCATAACAAAGTTCTCGTG-TTTATGAATCTTTTAATTTCATTTTAAATATTAAAACTCGAAT
* * * ** * * *
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257 TTTGAGGCGAAGTCT--ATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAGAGGTTAAAATGG
* * *
33643859 AAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAA
320 AAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTT-ATTTTTAA
33643924 CTATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTA
383 -TATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTA
* * * * *
33643967 AATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAAATTACCGTGTGATGCATAGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * ** * *
33644032 TAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCA
66 TAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCAAGACAAAGTCG
* * *
33644097 GTTACAGAATCAAAGATACAA-TATAGATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATG
131 GTTACAGAATCAAAGATACAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
* * * * *
33644161 CATAGA-AAAGTTATCGTGTCTTCTGATTGCTTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAAT
196 CATA-ACAAAGTTCTCGTGT-TTATGAAT-CTTTTAATTTCATTT-TAAATATTAAAACTCGAAT
* ** * *
33644224 TTTGAGGCGAACTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTCCT-AAGTGGTTAAAATGAAA
257 TTTGAGGCGAAGTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAA
* * * *
33644288 ATTTAACATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTTTTAAATTT-TTTTATGAAT
322 ATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTT-AATTTATTTT-T-AAT
** *
33644352 ATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTG-AATTA
384 ATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTAC-GAAATTA
* * *
33644393 AAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTT
* * * * * * * *
33644457 CTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGT
65 CTAGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCAAGACAAAGT
* * *
33644522 CGGTTACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAA
129 CGGTTACAGAATCAAAG--ATAC--AA-GTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
* ** * * * *
33644587 TTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAAC
189 TGTGATGCATAACAAAGTTCTCGTGT-TTATGAATCT-TTTAATTTCA-TTTTAAATATTAAAAC
* * * * * *
33644652 TCGATTTTTGAAG-GAATGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAA-TATTAAAGAGGTTAA
251 TCGAATTTTGAGGCGAA-GTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAGAGGTTAA
* * *
33644715 AATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTAATTT
315 AATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTT-ATTT
* * * * * *
33644780 TTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGC-AACGTCAGTTA-TAGAATCA
379 TT-AATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAAC-TCCGTTACGA-AATTA
* * *
33644827 AAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * *
33644891 TCA-TATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-AATT
66 T-AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCAA-GACAAAGT
* * * * * *
33644954 CGGTTAGC-GGATCAAA-ATTA-AAGTAAAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGT
129 CGGTTA-CAGAATCAAAGA-TACAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGT
* * * *
33645016 GATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAG
192 GATGCATAACAAAGTTCTCGTGT-TTATGAATC-TTTTAATTTCATTTT-AAATATTAAAACTCG
* ** * * ** *
33645081 AATTTTGAGGCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTAAAAAG
254 AATTTTGAGGCGAAGTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAGAGGTTAAAATG
*
33645145 GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
319 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCT
33645177 TAGGTCTTAT
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 174, Indels: 85
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
425 10 0.01
426 384 0.39
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428 4 0.00
429 4 0.00
430 1 0.00
431 2 0.00
432 55 0.06
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434 176 0.18
435 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (424 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
TAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCAAGACAAAGTCG
GTTACAGAATCAAAGATACAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
CATAACAAAGTTCTCGTGTTTATGAATCTTTTAATTTCATTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTG
AGGCGAAGTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
ACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTATTTTTAATATTGAAA
CTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTA
Found at i:33645401 original size:233 final size:233
Alignment explanation
Indices: 33644985--33645410 Score: 642
Period size: 233 Copynumber: 1.8 Consensus size: 233
33644975 AGTAAAAACT
* * * * *
33644985 TTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
* * *
33645050 TTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGA
66 TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
* *
33645115 TAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
131 TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
33645180 GTCTTATTCTTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
196 GTCTTATTCTTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
* * *
33645218 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGA-GAAGTGCTCGTGTCTTAT-AATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACA-ACAAAGTGCTCGTGTATTATGAA-T
* * *
33645281 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
64 CTTTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATA
* *
33645346 GATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCT
129 GATAAAGTATAAATTTTTGAA-AGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
33645410 T
193 T
33645411 GTGTTTTATG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 18, Indels: 6
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
232 3 0.02
233 168 0.98
234 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (233 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
GTCTTATTCTTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
Found at i:33645670 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 33645218--33646715 Score: 1203
Period size: 143 Copynumber: 10.5 Consensus size: 141
33645208 TAAATTTTTA
* * * * *
33645218 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATAATT
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGCA-AACTTCTCGTGT-TTTTGATT
* * * * * * *
33645281 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
62 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAA
33645346 GATAAAGTATAAATT
127 GATAAAGTATAAATT
* * * *
33645361 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTTGTGTTTTATGATTTT
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGA-TTC
* * * * * *
33645426 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTCGGGTAC-ATAATCAAA
63 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAA
* *
33645490 TATAAAGTATACATT
127 GATAAAGTATAAATT
* * *
33645505 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTC
1 TTT-AAGGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTC
* * * * * *
33645569 TTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATGAAAG
63 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAG
*
33645634 ATAAAGTATAAACT
128 ATAAAGTATAAATT
*
33645648 TTTAAGGGTGTAAAATGGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTATGA-T-
1 TTTAAGGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC-GTGTTTT-TGATTC
* * * * * *
33645710 TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAG
63 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAG
*
33645775 ATACAGTATAAATT
128 ATAAAGTATAAATT
** * ** * * * *
33645789 TTTAACAAGTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATT-T
1 TTTAA-GGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTCT
* * ** * * * *
33645853 TTTTAAATTT--TTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTG-AATTAA
64 TTTT-AATTTCATTTT-TAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTAC-GAAATCAA
*
33645915 AGATAAAGTATAAAAT
126 AGATAAAGTATAAATT
* * *
33645931 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATC
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGTGTT-TTTGATTC
* *
33645995 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTAC-AGAATCAAA
63 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAA
* **
33646059 GAAAAACTTAATGTATTTATT
127 G----A--TAAAGTATAAATT
** * * * * * * *
33646080 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAGTTCTCGTGTGTTATGAATCT
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTCT
* * * * * * * * * *
33646145 ATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGAAGG-GATGTCTGTTATGAAATTAAAG
64 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTG-AGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAG
* * *
33646209 AAAAAGTTTAAATA
128 ATAAAGTATAAATT
* * *
33646223 TTAAATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T
1 TTTAA-GGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGATTCT
* * * * * * *
33646287 TTTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGA-GCAATGTCTGTTA-TAGAATCAAAG
64 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAG
* **
33646350 ATACAGTATTGATT
128 ATAAAGTATAAATT
* * * * * *
33646364 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGCGATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTT
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGATTCT
* * * * * * * * *
33646428 TTTTAATTTAATTATTAAATAGTAAAA-TTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAAT
64 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTT-GAATTTTGAGGCAAAGTCCGTT-ACGAAATCAA-
33646491 AG-TAAAGTATAAATT
126 AGATAAAGTATAAATT
* * * * * *
33646506 TTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAG-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTCT
* * * *
33646571 TTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATAGA
64 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGA
* *
33646632 TGAAGTAAAAAATT
129 TAAAGT-ATAAATT
* * * *
33646646 TTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGAGTCTTATT-ATTCT
1 TTTAAGGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TT-TTGATTCT
33646710 TTTTAA
64 TTTTAA
33646716 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 223, Indels: 116
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Matches are distributed among these distances:
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145 6 0.01
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150 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
TTTAAGGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTTGATTCTTT
TTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATA
AAGTATAAATT
Found at i:33645967 original size:283 final size:281
Alignment explanation
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Period size: 283 Copynumber: 5.2 Consensus size: 281
33645208 TAAATTTTTA
* * * * * * *
33645218 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCT
1 TTTAAGAAGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-T
* * *
33645283 TTTTAACTTCATTTTTA-AATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGC-CCGTTA-TGGAATTAT
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* * *
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125 AGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
* *
33645410 TGTGTTTTATGATTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTC
190 CGTGTTTTATGA---TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTC
* * * * *
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252 GGTTACAGAATCAAAGATACAGTATAAATT
** * * * *
33645505 TTTAA-AAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATT
1 TTTAAGAA-GTTAAAATGG-AAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT
*
33645568 CTTTTTAATTTCATTTT-TAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTAC-GAAATGA
64 -TTTTTAATTT--TTTTATAA-TATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACTG-AATTA
* *
33645631 AAGATAAAGTATAAACTTTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAAACTT
124 AAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
*
33645695 C-CAGTGTTTTATGATTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTC
188 CTC-GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTC
*
33645759 GGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATT
252 GGTTACAGAATCAAAGATACAGTATAAATT
* * * *
33645789 TTTAACAAGTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTT
1 TTTAAGAAGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTT
* *
33645854 TTTAAATTTTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTAAAGAT
66 TTT-AATTTTTTTAT-AATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACTGAATTAAAGAT
* *
33645919 AAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGT
129 AAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGT
* * *
33645983 GTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTT
193 GTTTTATG-AT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTT
* **
33646048 ACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATTTATT
256 ACAGAATCAAAG--ATAC---A-GTATAAATT
* * * * *** * *
33646080 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAGTTCTCGTGTGTTATGAATCT
1 TTTAAGAAGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATG-ATTT
* * * * ** *
33646145 ATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGAAGG-GATGTCTGTTA-TGAAATTAAA
65 TTTTAATTT--TTTTATAATATTGAAACTCGAATTTTG-AGGCGAACTCCGTTACTG-AATTAAA
* * * * *
33646208 GAAAAAGT-TTAAATATTAAATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCT
126 GATAAAGTATAAAAT-TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
* * * *
33646272 CGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGAG-CAATGTCTG
190 CGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGG
* **
33646336 TTATAGAATCAAAGATACAGTATTGATT
254 TTACAGAATCAAAGATACAGTATAAATT
* * * * * * * * *
33646364 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTT-ATATGCGATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTT
1 TTTAAGAAGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TTT
* * * * * * * * * *
33646428 TTTTAATTTAATTATTA-AATAGTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAAT
65 TTTTAATTT--TT-TTATAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTT-ACTGAATTAA-
* * * * *
33646491 AG-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCT
125 AGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
* * * ** * *
33646555 CGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCC
190 CGTGTTTTATG-AT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCG
* * * *
33646616 GTTAC-GAAATTATAGATGA-AGTAAAAAAT
253 GTTACAG-AATCAAAGAT-ACAGTATAAATT
* ** * * * *
33646645 TTTAA-AAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGAGTCTTATTATTC
1 TTTAAGAA-GTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-
33646709 TTTTTAA
64 TTTTTAA
33646716 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 1012, Mismatches: 148, Indels: 107
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
280 13 0.01
281 48 0.05
282 46 0.05
283 231 0.23
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290 21 0.02
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293 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (281 bp):
TTTAAGAAGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTT
TTTAATTTTTTTATAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACTGAATTAAAGATAA
AGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTT
TTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAGA
ATCAAAGATACAGTATAAATT
Found at i:33646348 original size:575 final size:569
Alignment explanation
Indices: 33645226--33646703 Score: 1541
Period size: 575 Copynumber: 2.6 Consensus size: 569
33645216 TATTTAAGAG
* * * * * * *
33645226 GTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCTTTTTAACT
1 GTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAAAT
** *
33645291 TCATTTTTA-AATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGC-CCGTTA-TGGAATTATAGATAAAG
65 T--TTTTTATAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAA-CTCCGTTACT-GAATTAAAGATAAAG
* * * *
33645353 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCAT-AGCACACTTCTTGTGTTT
126 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGAGCAAACTTCTCGTGTTA
* * * *
33645417 TATGATTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTCGGGTACA
191 TATGA-ATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGGTACA
* * * * *
33645482 TAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGA
255 GAATCAAAAATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACAATGTGATGAATACGA
* * * * *
33645547 AACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
320 AACTTCTCGTATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
33645612 GAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGGGTGTAAAATGGAAATTTACCGT
385 GAACTCCGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATAAACTTTAAAAGGTGTAAAATGGAAATTTACCAT
**
33645677 GTGATGCATAGCAAACTTCCAGTGTTTTATGATTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTG
450 GTGATGCATAGCAAACTTCCAGTGTTTTATGATTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTG
33645742 AATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA
515 AATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA
* * *
33645797 GTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTTTTAAATT
1 GTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAAATT
* *
33645862 TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATA
66 TTTTTAT-AATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACTGAATTAAAGATAAAGTATA
* * *
33645927 AAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGA-AAAACTTCTCGTGTTATATG
130 AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGAGCAAACTTCTCGTGTTATATG
* *
33645991 AATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATC
195 AATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGGTACAGAATC
* ** * * *
33646056 AAAGAAAAACTTAATGTATTTATTTTTAAGAGGTTAAAATGG-AAATTTATAATTTGATGAATAT
260 ----AAAAA--TAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACAATGTGATGAATA-
* * * *
33646120 CG-AAGTTCTCGTGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAA-TATTAAAACTCGAGTTTTG
317 CGAAACTTCTCGTATCTTATGAATCTATTTAATTTAA-TTTTTAACTATTAAAACTCGAATTTTG
** * * * *
33646183 AAGG-GATGTCTGTTATGAAATTAAAGAAAAAGTTTAAA-TATTAAATAGGT-TAAAATGGAAAT
381 -AGGCGAACTCCGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATAAACT-TTAAA-AGGTGTAAAATGGAAAT
*
33646245 TTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTC-GTGTTTTATGATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATAT
443 TTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTAATTTTTAAATAT
* * * * * ** * *
33646309 TAACATTTGAATTTCGAG-CAATGTCTGTTATAGAATCAAAGATACAGTATTGATTTTTAAGAG
506 TAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA
* * * * * * * * *
33646372 GTTAAAATGAAAATTT-ATATGCGATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTTAATT
1 GTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAAATT
* * * * * * * * *
33646436 TAATTATTA-AATAGTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAATAG-TAAAG
66 T--TT-TTATAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTT-ACTGAATTAA-AGATAAAG
* * *
33646498 TATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCA-GAGCAAAGTTCTCGTG-TA
126 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGAGCAAACTTCTCGTGTTA
* ** * * *
33646561 TTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTAC-
191 -TATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGGTACA
* * * * * * * * * *
33646621 GAAATTATAGATGAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATA-G
255 G-AATCAAAAATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACAATGTGATGAATACG
33646685 CAAACTTCTCG-AGTCTTAT
319 -AAACTTCTCGTA-TCTTAT
33646704 TATTCTTTTT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 120, Indels: 68
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
563 1 0.00
564 1 0.00
565 51 0.07
567 3 0.00
568 6 0.01
569 58 0.08
570 114 0.15
571 77 0.10
572 1 0.00
573 5 0.01
574 46 0.06
575 326 0.43
576 64 0.08
577 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (569 bp):
GTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAAATT
TTTTTATAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACTGAATTAAAGATAAAGTATAA
ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGAGCAAACTTCTCGTGTTATATGA
ATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGGTACAGAATCA
AAAATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACAATGTGATGAATACGAAACTTC
TCGTATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
CGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATAAACTTTAAAAGGTGTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
CATAGCAAACTTCCAGTGTTTTATGATTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTC
GAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA
Found at i:33646745 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33646644--33646801 Score: 239
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
33646634 AAGTAAAAAA
* *
33646644 TTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT-CTCGAGTCTTATTAT
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGAGTCTTATGAT
33646707 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
64 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
* * *
33646730 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGTGTCTTATGATTC
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
33646795 TTTTTAA
66 TTTTTAA
33646802 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 4
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.05
86 62 0.95
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (86 bp):
TTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
TTTTTAAGATATAGTGTAAAT
Found at i:33647363 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 33646714--33648640 Score: 1736
Period size: 143 Copynumber: 13.6 Consensus size: 143
33646704 TATTCTTTTT
* * *
33646714 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * *
33646777 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAA
65 -CTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTTGAGGCAAA
* * * *
33646841 GTTCGTTATGGAATTA
128 GTCCGTTACGAAATCA
* * * * *
33646857 TAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * *
33646922 TCGTGCTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAATTCACATTTCGAGACTAAG
66 TCGTGTTTTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAG
* *
33646987 TCGGGTAC-AAATCA
129 TCCGTTACGAAATCA
* * * * * *
33647001 AATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAAAACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * * * *
33647065 CTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATTTGTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGT
* *
33647130 CCATTACGAAATGA
130 CCGTTACGAAATCA
* * *
33647144 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * *
33647208 GTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGT
65 CTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGT
* *
33647273 CCGTTACGGAATTA
130 CCGTTACGAAATCA
* * * * *
33647287 TAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAAGTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
33647351 TCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTC
66 TCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTC
* *
33647415 GGGTAC-AAATCA
131 CGTTACGAAATCA
* * * * * *
33647427 AATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGATAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * *
33647491 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGT
* * *
33647556 CCATTATGAAATGA
130 CCGTTACGAAATCA
* *
33647570 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAACAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * **
33647635 TAGTGTTGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGT-
66 TCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTC
*
33647699 CGTTTACAAAATCA
131 CG-TTACGAAATCA
* * ** * * *
33647713 AAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTAAAGTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * * * * *
33647778 TCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTC
* *
33647842 CGTTACGGAATTA
131 CGTTACGAAATCA
* * * * * *
33647855 AAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * *
33647920 TTGTGTTATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGT
66 TCGTGTTTTATGATTC-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGT
* *
33647985 CGGTTACAAAATCA
130 CCGTTACGAAATCA
* * * ** *
33647999 AAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA
1 AAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * *
33648064 AAGTTCTTGTGTTTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG
60 AACTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTG-AGG
* * ** * * *
33648129 -GATGTTTGTTATGGAATTA
124 CAAAGTCCGTTACGAAATCA
* * * *
33648148 AAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
33648213 TCGCGTTTTATGATT-TTATTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGG-AAACG
66 TCGTGTTTTATGATTCTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAA-G
* *
33648276 TCGGTTACAAAATCA
129 TCCGTTACGAAATCA
* * * * * *
33648291 AAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * ** * * *
33648355 TCGTGTTTTATGA---TTTTTAATTTAATTATTAAATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAA--
66 TCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAG-GCAAAGT
33648415 CCGGTTACTG--ATCA
130 CC-GTTAC-GAAATCA
* * * * * *
33648429 AA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTT
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
33648493 CTC---------G-----TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTTAGGCAAAGT
65 CTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGT
* * *
33648544 CCATTACGGAATTA
130 CCGTTACGAAATCA
* * *
33648558 TAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
33648622 CTCGGGTCTTATGATTCTT
65 CTCGTGTTTTATGATTCTT
33648641 CGTAAGATAT
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CGTTACGAAATCA
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* * *
33646714 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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321 AATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAA
* * *
33647102 TATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
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*
33647144 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
* * * *
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* *
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*
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196 CATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
* *
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*
33647467 TACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATT
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* *
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* * * * *
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1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGA-GAAGTG
* * * *
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65 CTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAG
** * * * * **
33647698 T-CGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTG
129 TCCG-TTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTG
* * * * * * * * * * * * *
33647762 AGGCATAGTAAAGTTCTCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGA
193 ATGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA
* * * * * * ** * * * * * *
33647826 ATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAA
257 ATTTCGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAAT-GATAAAATGGA
* * * * * *
33647891 AATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTCTTGTGT-TATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTA
321 AATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCT-TATGATTC-TTTTTAATTTCATTTTTA
* * ** *
33647955 AATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAGAAA
384 AATATTAAAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAAT----G--A
* * * * * * *
33648005 AAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA-AAGTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTG
* * * * * * * *
33648069 CTTGTGTTTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG-GATG
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTT-AAGGCAAAG
** * * * *
33648133 TTTGTTATGGAATTAAAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
129 TCCGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * *
33648198 TGCATAGAAAACTTGTCGCGTTTTATGATTTTATTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAA
194 TGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
* * * * *
33648263 TTTTGAGGA--AACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAATTATAAATTTTTAAGA-GATTGAAATG
258 TTTCGA-GACTAA-GTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAA-ATGA-TAAAATG
* * * * * * *
33648325 GAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTGTCGTGTTTTATGA---TTTTTAATTTAATTATTA
319 GAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTA
** * * * ** *
33648386 AATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAAC-CGGTTACTG--ATCA
384 AATATTAAAACTCAAATTTCGAG-GCGAACTCCATTAC-GAAATGA
* * * *
33648429 AA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGT-
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTG
* *
33648492 -TC---TC----G-----TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTTAGGCAAAGT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGT
* * *
33648544 CCATTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAA
130 CCGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * *
33648608 TGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTTATGATT
194 TGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATT
33648638 CTTCGTAAGA
Statistics
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0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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435 211 0.17
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437 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (427 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGTC
CGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
CATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
CGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAATGATAAAATGGAAATTT
ACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTA
AAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
Found at i:33648186 original size:578 final size:567
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Indices: 33646714--33648332 Score: 1610
Period size: 578 Copynumber: 2.8 Consensus size: 567
33646704 TATTCTTTTT
* * * * * * *
33646714 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAA-TTG
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTT-
* * * ** * *
33646778 CTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAA
64 CTCGTGT-TATATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTCGAGACGAA
* ** * * * * * * * * *
33646841 GTTC-GTTATGGAATTATAGATAAAGTACAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATG
126 G-TCGGGTA-CAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGATAAAATGAAAATTTACAATG
* * * * * * * *
33646904 TGATACATAGCAAACTTGTCGTG-CTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAA
188 TAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTC-TTATGA-TTCTTATT-AATTTAATTTTTAACTATTAAAA
* * * * * * *** * * * * *
33646968 TTCACATTTCGAGACTAAGTCGGGTA-CAAATCAAATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAA
250 CTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAA-TATTTAAGAGGTTAA
* * * * * * ** *
33647031 AACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATT
314 AATGGAAATTTACCATGTGATGCATA-AAAACTTCTCGTGT-TTATGATTTTTTTTAATTTCATT
* * * * * * * * *
33647096 TGTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAATT
377 TTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGATTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * *
33647161 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTATGATTCT
442 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCT
* * * *
33647226 TTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGTCCGTTACGGAATTA
507 TTTAAACTTCATTTATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
* * * * * * *
33647287 TAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAAGTTGT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTCT
* * *
33647352 CGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTCGG
66 CGTGTTATATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGTCGG
* * *
33647417 GTACAAATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAAATGATAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
131 GTACAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAAATGATAAAATGAAAATTTACAATGTAATGCAT
* *
33647482 AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
196 AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
* *
33647547 AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTA
261 AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
*
33647612 CCATGTGATGCATAACAAACTTCTAGTGTTGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAA
326 CCATGTGATGCATAA-AAACTTCTCGTGTT-TATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAA
* ** * * *
33647677 AATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTA
389 AATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGATTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
* * * *
33647742 AAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTA-AAGTTCTCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-A
454 AAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAACTTCA
* * *
33647805 TTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTA
518 TTTATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
* * * *
33647855 AAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTC
1 AAGATAAAGTATA-AATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTC
* * *
33647920 TTGTGTTATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGT
65 TCGTGTTATATG-AT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGT
* * * *
33647985 CGGTTACAAAATCAAAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTT-AAGATGTTAAAATGAAAATTTATA
128 CGGGTAC-AAATC----AAAAA--TAAAGTACACATTTTTCAA-ATGATAAAATGAAAATTTACA
* * * * *
33648049 ATTTGATGCATAGCAAAGTTCTTGTGTTTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAA-TATTAAA
185 ATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAA-TTTTTAACTATTAAA
* ** *** * * *
33648113 ACTCGAATTTTGAAGG-GATGTTTGTTATGGAATTAAAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTA
249 ACTCAAATTTTG-AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTA
* * * *
33648177 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTGTCGCGTTTTATGATTTTATTTAATTTTAT
313 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA-AAAACTTCTCGTG-TTTATGATTTTTTTTAATTTCAT
* *
33648242 TTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGG-AAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAATTATAAA
376 TTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAA-GTCGATTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAA
* *
33648306 TTTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA
440 TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
33648333 TATGTGATGC
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 142, Indels: 49
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
568 103 0.12
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (567 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTCT
CGTGTTATATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGTCGG
GTACAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAAATGATAAAATGAAAATTTACAATGTAATGCAT
AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
CCATGTGATGCATAAAAACTTCTCGTGTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
TTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGATTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
ATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAACTTCATTT
ATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
Found at i:33648704 original size:86 final size:86
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Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
33648549 ACGGAATTAT
* *
33648559 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
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66 CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
* * * *
33648645 AGATATAGTGTAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAAGTGC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGC
*
33648709 TCGTGTCTTATGATTC
65 TCGGGTCTTATGATTC
33648725 CTTTTAACTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
Found at i:33651568 original size:50 final size:50
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33651483 TGTGTGGCTT
* * *
33651493 GCCCGTGTGACCCAAATCCGAAGTCAATGAGTTACACT-ACCTGGACACGC
1 GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACA-TGACCTGGACACAC
* * *
33651543 GCCCGTGTGATCCAAAAT-CAAAGTCAGTGAGTTACATGGCCTGGGCACAC
1 GCCCGTGTGA-CCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
33651593 GCCCGTGTG
1 GCCCGTGTG
33651602 TCAGCCCGTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
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Alignment explanation
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33653964 AGCGAAGTCG
* * * * *
33653974 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * *
33654039 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
33654104 TTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * *
33654117 ATTGAAACTCAAATTTTGA-GCCAAAGTCCGTTACGGAATTATAA-ATAAAGTATAAATTTTTAC
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCC-AAGTCCGTTACAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTA-
* * ** * *
33654180 A-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTTTTTTTA
63 AGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTT-
* * *
33654244 AAAATTTTATTTTTATAT
125 -TAATTTCATTTTTAAAT
** ** * * *
33654262 ATTAAAATTCAAATTTCAAGG-C-AGCATTGGTTACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAG--TCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAA
*
33654325 GAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGACGCATAGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAG-TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
*
33654390 ATTTTATTTTTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
* ** * *
33654405 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAAATTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * * *
33654470 GGTTAAAATGGAAA-TTACAATGTGATACATAGCAAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAA-
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
* *
33654533 TTCATTGTTAGAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * * * ** *
33654546 ATTGGAAATT-GAATTTTGA-TCAAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * *
33654609 TGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-A-A-C---TTTTCTTGTTTTATGATTTTTTATAAT
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
33654668 TTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * *
33654681 ATTAAAATTTGAATTTCGACG-CAATGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * ** ** **
33654745 AGGATAAACTGGAAATTTACAATATGATGCGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGA-TTGCTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
33654809 TTT-A-----AAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* ** * * * * * * * *
33654817 ATTGAAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * * * *
33654882 GGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCATGTTTTATGAGTTTTTATAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
33654947 GTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * * * *
33654960 ATTAAAATTTGAATTTCGAGG-CAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * * * *
33655024 AAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTTTTAG
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
33655089 TTTCATTTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * *
33655103 ATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* *
33655166 ATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTTTT-
65 A-GGTTAAAATGGAAATTT-ACATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
** * *
33655229 ATTTTGTTATTAAAC
127 ATTTCATTTTTAAAT
* * * * *
33655244 ATTAAATTTCAAATTTTGAGGCCAAGT-CGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* *
33655308 AGGTTAAGATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
*
33655373 TTT-ATTTTTCAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * *** * * *
33655386 ATTGAAACTCACATTTTGAGATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * *
33655451 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCATGTTTTAT-A-ATTTTTTAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
33655514 TTCATGTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
* ** * * * * * * * * *
33655527 TTTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * ** * *
33655592 GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCGTATGATTCTTTTTAAG
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
33655657 TTGATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * * *
33655670 ATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAA
* * * *
33655733 GAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTT
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTT
33655798 AATTTCATTTTTAAAT
126 AATTTCATTTTTAAAT
* * * * * **
33655814 ATTGAAACTT-GAATTTTGTGGCAAAGTCCGATAC-G-A--AATTATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * *
33655874 A-GTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATGGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TGTTTTT-A
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
33655936 TTTC-TTGTTTAAAT
128 TTTCATT-TTTAAAT
** * * **
33655950 ATTAAAATTCCTATTTTGAGGCCACGTCGGCAACAGAATCAAAGATAAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGT
33656001 GTAACTCCCT
Statistics
Matches: 1498, Mismatches: 312, Indels: 151
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
134 25 0.02
135 32 0.02
136 175 0.12
137 17 0.01
138 5 0.00
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145 112 0.07
146 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
GGTTAAAATGGAAATTTACATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTT
CATTTTTAAAT
Found at i:33655456 original size:283 final size:282
Alignment explanation
Indices: 33654005--33655952 Score: 1762
Period size: 283 Copynumber: 6.9 Consensus size: 282
33653995 CGAACTCGGC
* * *
33654005 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * ** *
33654070 AGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTG
66 AGCAAACTTCT-ATGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
* * *
33654135 A-GCCAAAGTCCG-TTACGGAATTATAAATAAAGTATAAATTTTTACA-AGGTTAAAATGGAAAT
129 AGGCC-AAGT-CGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTA-AGAGGTTAAAATGGAAAT
* * * ** * * * *
33654197 TTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTT-TTTTTAAAAATTTTATTTTTATA
191 TTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT---AA-TTTATTTTTAAA
* * * * * * **
33654261 TATTAAAATTCAAATTTCA-AGGCAGCATTGGT
252 TATTGAAACTCAATTTTGAGACGAAG--TCCGT
* * * * * * *
33654293 TACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGACGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * * **
33654358 AGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG
66 AGCAAACTTCT-ATGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
* * * * * *
33654423 AGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-TTA
129 AGGCCAAGTCGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * * * * * *
33654487 CAATGTGATACATAGCAAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAATTCATTGTTAGATATTGGA
194 CAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATT-GA
* * * * *
33654552 AATTGAATTTTGA-TCAAACTCCGT
258 AACTCAATTTTGAGACGAAGTCCGT
** *
33654576 TATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-A-
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
**
33654639 A-C--TTTTCT-TGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
66 AGCAAACTTCTATGTTTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
* * * * * * *
33654700 CG-CAATGTCGGTTA-TAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAACTGGAAATTT
130 GGCCAA-GTCGATTACT-GAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* ** * *
33654763 ACAATATGATGCGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGATTGC--TTTAATTTA-----AAATATTG
193 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-CTTTTTAATTTATTTTTAAATATTG
* * *
33654821 AAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCCGT
257 AAACTC-AATTTTGAGACGAAGTCCGT
* * * * *
33654848 TACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGTGGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * *
33654913 AGAAAACTTCTCATGTTTTATGAGTTTTTATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
66 AGCAAACTTCT-ATGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
* * * * * * *
33654978 AGG-CAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTTTAAGAAGTTAATATGGAAATTT
129 AGGCCAA-GTCGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
** * * *
33655042 ACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTG
193 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTG
* *
33655107 AAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGT
257 AAACTC-AATTTTGAGACGAAGTCCGT
* * *
33655134 TAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCA
1 TACAG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
** * * * *
33655198 TAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTT-ATTTTGTTATTAAACATT-AAATTTCAAATTTT
65 TAGCAAACTTCTA-TGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTT-GAATTTC
* *
33655261 GAGGCCAAGTCGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTT
128 GAGGCCAAGTCGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* * *
33655326 ACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTCAATATTGA
193 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTGA
*
33655391 AACTCACATTTTGAGATGAAGTCCGT
258 AACTCA-ATTTTGAGACGAAGTCCGT
*
33655417 TACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * *
33655482 AGAAAACTTCTCATGTTTTAT-AATTTTTTAATTTCATGTTTAAATTTTAAAATTTGAATTTCGA
66 AGCAAACTTCT-ATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
* * * * * * *
33655546 GGCGAATTC-AGTTA-TAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
130 GGCCAAGTCGA-TTACT-GAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
** * * *
33655609 ACAATGTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCGTATGATTCTTTTTAAGTTGATTTTTAAATATTG
193 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATTG
* * * *
33655674 GAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTT
257 AAACTC-AATTTTGAGACGAAGTCCGT
* * * * * *
33655701 TAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGC
1 TACAG-AATTA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
** * * * * * *
33655764 ATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATT
64 ATAGCAAACTTCT-ATGTTTTATGA-T-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATT
* * * **
33655829 TTGTGGCAAAGTCCGA-TAC-G---AAATTATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAA
126 TCGAGGCCAAGT-CGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA
* * * * * *
33655888 TTTATC-ATGTGATGCATGGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TGTTTTT-ATTTCTTGTTTAAAT
190 TTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATT-TTTAAAT
33655950 ATT
253 ATT
33655953 AAAATTCCTA
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 226, Indels: 114
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
270 4 0.00
271 14 0.01
272 65 0.05
273 1 0.00
274 1 0.00
275 9 0.01
276 98 0.07
277 37 0.03
278 5 0.00
279 131 0.09
280 24 0.02
281 8 0.01
282 54 0.04
283 307 0.22
284 239 0.17
285 29 0.02
286 109 0.08
287 76 0.06
288 164 0.12
289 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (282 bp):
TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
AGCAAACTTCTATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAG
GCCAAGTCGATTACTGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
ATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTGAAAC
TCAATTTTGAGACGAAGTCCGT
Found at i:33655535 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 33655492--33655536 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
33655482 AGAAAACTTC
**
33655492 TCATGTTTTATAATTTTTTAATT
1 TCATGTTTTATAATTTTAAAATT
33655515 TCATG-TTTA-AATTTTAAAATT
1 TCATGTTTTATAATTTTAAAATT
33655536 T
1 T
33655537 GAATTTCGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.55
22 4 0.20
23 5 0.25
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.04, T:0.60
Consensus pattern (23 bp):
TCATGTTTTATAATTTTAAAATT
Found at i:33655655 original size:698 final size:688
Alignment explanation
Indices: 33654252--33655978 Score: 1655
Period size: 698 Copynumber: 2.5 Consensus size: 688
33654242 TAAAAATTTT
* ** * * * *
33654252 ATTTTTATATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAGCATTGGTTACAGAATCAAACATAAAGTATAA
1 ATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATCAAAAATAAAGTATAA
* * * *
33654317 CTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGACGCATAG-CAAGTTTCTCGTGTTTTATG
66 CTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGTGAAG-TTCTCGTGTCTTATG
* * * * **
33654380 ATTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTAC-AGAAT
129 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGA-AAT
* * * *
33654444 CAAAGATAAAGTACAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-TT-ACAATGTGATACATAGCAAAA
193 TAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-AGGTTAAAATGGAAATTTAAC-ATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * * * * * *
33654507 TTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAATTCATTGTTAGATATTGGAAATT-GAATTTTGA-TCAAA
256 TTCTAGTGTTTTATGATT-TTTTT-ATT-TTTTTTAAATATT--AAATTCAAATTTTGAGGCCAA
* * * * * *
33654570 CTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTG
316 GT-CGTTATGGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACAATGTG
* * *
33654635 ATGAACTTTTCTTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
380 ATGAACTTTTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATCTCAATTTCGA
* * * *
33654700 CGCAATGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAACTGGAAATTTAC
445 CGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAAATGGAAATTTAC
* ** * * * *
33654765 AATATGATGCGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGATTGCTTTAATTTAAAATATTGAAACCCAAA
510 AATATGATGCACAGAAAACTTCTCATGTCGTATAATTGCTTTAATTTAAAATATTAAAACCCAAA
* * * * * ** *
33654830 TTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGTGGTTAAAATGGAA
575 TTTCGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAGCATAACTTTTCAAGAGGTTAAAATGGAA
* * **
33654895 ACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCATGTTTTATGAGTTTTTATAATGTC
640 ACTTACAATGTGATGCATAGAAAACTGCTCA-G---T-T-AGTTCGTATAATGTC
* *
33654950 ATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAA
1 ATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATCAAAAATAAAGTATAA
* * * *
33655015 TTTTTTAAGAAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGAT
66 CTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT
* *
33655080 TGTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAATTAA
131 TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAATTAA
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196 AGATAAAGTATAAAATTTTAAA-GGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCT
*
33655210 AGTGTTTTATGATTTTTTTATTTTGTTATTAAACATTAAATTTCAAATTTTGAGGCCAAGTCGAT
260 AGTGTTTTATGATTTTTTTATTTT-TT-TTAAATATTAAA-TTCAAATTTTGAGGCCAAGTCG-T
* *
33655275 TACT-GAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTTACAATGTGATGCA
321 TA-TGGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG-A
* *
33655339 TAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTT-TAATTT-ATTTTTCAATATTGAAA-CTCACATT
384 -A-CT---TT-TCGTGTTTTATGATT-TTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATCTCA-ATT
* * * * * *
33655401 TTGA-G-ATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAA
441 TCGACGCA--AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAAATGGAA
* * * ** * *
33655464 ATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCATGTTTTATAATT-TTTTAATTTCATGTTTAAATT
504 ATTTACAATATGATGCACAGAAAACTTCTCATGTCGTATAATTGCTTTAATTT-A-----AAATA
**** * * * *
33655528 TTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGA-TTTTTAAGA
563 TTAAAACCCAAATTTCGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAGCATA-ACTTTTCAAGA
* ** * * * *
33655592 GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCGTATGATTCTTTTTAA-
627 GGTTAAAATGGAAACTTACAATGTGATGCATAGAAAACTGCTC-AGT--TA-G-TTC-GTATAAT
*
33655656 GTTG
686 G-TC
** * * * ** *
33655660 ATTTTTAAATATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAA-AGTCCTTTAC-GAAATCATAAATAAAGTAT
1 ATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACA-TCGGTTACAG-AATCAAAAATAAAGTAT
* * *
33655723 AACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATG
64 AACTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATG
** * * *
33655788 ATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGTGGCAAAGTCCGATACGAAAT
129 ATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAAT
* * *
33655853 T----ATAAAGTAT-AAATTTTTAAGAGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATGGCAAACT
193 TAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAAG-GTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACT
* ** *
33655913 TCTAGTGTTTTATGATGTTTTTATTTCTTGTTTAAATATTAAAATTCCTATTTTGAGGCCACGTC
257 TCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTT-TT-TTTAAATATT-AAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTC
33655978 G
319 G
33655979 GCAACAGAAT
Statistics
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Consensus pattern (688 bp):
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CTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT
TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAATTAA
AGATAAAGTATAAAATTTTAAAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCTA
GTGTTTTATGATTTTTTTATTTTTTTTAAATATTAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCGTTATGG
AATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAACTTTTC
GTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATCTCAATTTCGACGCAAAGTCCG
TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAAATGGAAATTTACAATATGATGCA
CAGAAAACTTCTCATGTCGTATAATTGCTTTAATTTAAAATATTAAAACCCAAATTTCGAGGCGA
ACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAGCATAACTTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACAATGT
GATGCATAGAAAACTGCTCAGTTAGTTCGTATAATGTC
Found at i:33658361 original size:142 final size:141
Alignment explanation
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33658064 AGGATGTTAC
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
33658204 TACAAAATTATAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * *
33658217 ATGAAGTATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * *
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66 TG-TTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTT
*
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130 ACAGAATCAAAG
** * * * * * * * * *
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1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
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66 TGTTTTATG-AT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
* * *
33658488 TATA-AGGTCAAAA
129 TACAGA-ATCAAAG
* * ** * * **
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1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
** * * * * *
33658566 CATCTTATGATTGTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGTCGAAGTTC-
66 TGTTTTATGA-T-TTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAG-TCG
*
33658630 GTTACGGAATCAAAG
127 GTTACAGAATCAAAG
* * * ** *
33658645 ATAAAGTATTACTTTTTAAGTA-GTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * ** *
33658709 GTTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAA-ACTGG
65 G-TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTC-GG
* *
33658773 ATATAGAATCAAAG
128 TTACAGAATCAAAG
* *
33658787 ATAAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATGCATAGCAAACTTCTC
1 AT-AAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * *
33658852 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTCGGCT
65 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTT
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130 ACAGAATCAAAG
* * * * *
33658929 ATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTCTC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * ** * * **
33658993 ATGTCTTATG--------A-TTC-TTTTTATATATTGAAACACGAATTTTGAGCCGAAGTCCATT
65 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTT
*
33659048 ACA-AATTTAAAG
130 ACAGAA-TCAAAG
* * * *
33659060 ATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATCAAACTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * **
33659125 TGTTTTATTACTTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAAGTGAAGTCGGTT
66 TGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTT
* *
33659189 ATAGAATCAAAT
130 ACAGAATCAAAG
* * * *
33659201 ATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * * * **
33659266 TGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGG-AAAATTTGT
66 TGTTTTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
* * *
33659330 T-CCGAAGTTATAG
129 TACAGAA-TCAAAG
* * * ** *
33659343 ATAAAGTATAAATTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTAATTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* *
33659408 TGTTTTATGCTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCT-AGGCAACA-T
66 TGTTTTATG---ATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-TGAGGCAA-AGT
*
33659471 TGGTTACAGAATCAAAG
125 CGGTTACAGAATCAAAG
* *
33659488 ATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
33659553 TGTTTTATGATTTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAATTTGAATTTCGAAGCCAAGTCAGTT
66 TGTTTTATGATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTT
*
33659618 ACAGAATCAAAT
130 ACAGAATCAAAG
* * * * * ** *
33659630 ATAAAGAATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATACTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
33659695 TGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTCGAAACTCGAATTTTGAGGCTAAGGTC-
66 TGTTTTATGATT--TTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCGAATTTTGAGGC-AAAGTCG
* ** * *
33659759 ATTATGGAATTATAG
127 GTTACAGAATCAAAG
* * * * ** *
33659774 ATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
** * * * * *
33659839 GTGTTTTGCGCTTTTTTGAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAATGTCGGT
65 GTGTTTTATGATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
* *
33659904 TAAAAAAAAATCAAAG
129 T---ACAGAATCAAAG
* * * * * *
33659920 ATACAA-TAAAAAATTTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTTATCATGTGATTCATAGCAAACATCTC
1 ATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * ** * *
33659984 ATGTTCTATTGTTTTTTTAATTTCAAATTTAGATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCTAAGTCGGT
65 GTGTTTTA-TGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
*
33660049 TATAGAATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * ** *
33660062 ATAAATTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * **
33660127 T-TTCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAAATACTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTTTG
66 TGTT-TTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGG
* *
33660190 TGAC-GAAATTAAAG
128 TTACAG-AATCAAAG
* * * *
33660204 ATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGATGCATCGAAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * ** *
33660269 TGTTTTATGATTTTTTATAATTTCCTTATTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTC-GT
66 TGTTTTATGA-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
33660333 TACAGAATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * *
33660346 ATAAAGTATAAA-GTTTAAGAGGTTAAAATCGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTTC-CC
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* * * ** **
33660409 T-TTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAATTTCGAATTTCGAGGCGCAGTCAATT
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33660473 ACAGAATCAAAG
130 ACAGAATCAAAG
* * * * * *
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1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
** * * * * * ** *
33660550 TGTCGTATGATTGTTTTAAATTT-ATATTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGTGAAGTCTAG
66 TGTTTTATGATT-TTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTC-GG
*
33660614 -TACAGAATTAAAG
128 TTACAGAATCAAAG
* **** * * * ** *
33660627 GTAAAGTGGGCATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGTGAAGTTCTCG
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* * * * *
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66 TGTTTTATGATT-T-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGT
*
33660757 TACAGAATTAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * *
33660770 ATAATGTATAGATTTTTAAGAGGTTTAAATGGAAATTTACTATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* ** * *
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**
33660900 TACATTATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * * * * **
33660913 ATAAATTATAAATTTTT--G-TGATACATATTG-AAGTT--C-TCGTG-T-C-T-TCTGA-TTCT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCAT-GTGATGCATAGCAAACTTCT
* ** * * *
33660966 C----TTTA--ATTTAATTT--TTA--------AATATTGCAACTCGAATTTTGAGGCAATGTCC
64 CGTGTTTTATGATTT--TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCG
* **
33661015 ATTATGGAATCAAAG
127 GTTACAGAATCAAAG
* * *
33661030 ATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTGAAATGGAAATTTACCATGTGATGAATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* *
33661095 TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTA
66 TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTA
*
33661160 CATAATCAAAG
131 CAGAATCAAAG
* *
33661171 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
33661232 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 2411, Mismatches: 496, Indels: 218
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 48 0.02
119 5 0.00
120 6 0.00
122 4 0.00
123 2 0.00
125 5 0.00
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129 4 0.00
130 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTA
CAGAATCAAAG
Found at i:33658880 original size:428 final size:422
Alignment explanation
Indices: 33658074--33661231 Score: 2740
Period size: 428 Copynumber: 7.5 Consensus size: 422
33658064 AGGATGTTAC
* ** * *
33658074 ATAAAGCATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAAATTTAAAATGTGATGCATAGCGAAGTGCTC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTT
* * * *
33658138 GTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCG
65 GTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGC-AAGTTCG
* * * * * * *
33658203 TTACAAAATTATAGATGAAGTATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCA
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* * * **
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* * * * * * *
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** * *
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* *
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* **
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*
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* *
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* * **
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* * * *
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* *
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** * *
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* **
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*
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CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
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* *
33692462 TCAACTCGCACACTTAGTGCTACGTAATCAAATCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACTCGCA
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65 CACTTAGTGCCGCATGG
* * **
33692544 TCAATTCGCACACTTAGTGC-ATCATATTCATTTCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAATCGCA
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65 CACTTAGTGC
33692618 TGTACAATTT
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TCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAATCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAATCGCAC
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*
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1 TCGGAACATAGGATAGGGG
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1 T
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TCGGAACATAGGATAGGGG
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33708883 TACACCTCCC
* * * *
33708893 ATTTTTTATAATTTCATTTTTTAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCAACGTTGGTTACAGAATC
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*
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* * ** * *
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* * *
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* * *
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129 CTCGTGTTTTATG
* * * * * * * * *
33709178 ATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACGGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAATC
* * * * * * *
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** *
33709307 AATTGTGTTTT-TCG
128 TCTCGTGTTTTAT-G
* * * * * *
33709321 CA-TTTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCAAAATTCGAGGCAACGTCAGTTACAAAATC
1 -ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCGGTTACAGAATC
* * * * *
33709385 AAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATCATGTGATGCATAGAAAACTT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
* *
33709450 ATTGTGTTTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * * ** *
33709463 ATTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTACATAAT
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* * * * *
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* *
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* * * **
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* * * * * * *
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* *
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126 GTTCTCGTGTTTTATG
* * * * *
33709748 ATTTTTTATAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTAGAACTTCGAGGCAACGTTGGTTTCAGAATC
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCGGTTACAGAATC
* * *
33709813 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTATCATGTGATGCATAGAAAACTT
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* ** *
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* * * * *
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64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
* *
33710020 CTCGTGTCTTATA
129 CTCGTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
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1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAATCA
* * * * * * *
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65 AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
* *
33710163 ATTGTG-TTT-TG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * * * * * *
33710174 CACTTTTTTAATTTTACTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTCGAGACAACGTCAGTTACAAAATA
1 -ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCGGTTACAGAATC
* ** *
33710239 AAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTATGATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
* *
33710304 TTCGTATTTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * * *
33710317 ATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAATTTTGAATTTTGAATTTTGAGGCAAATTCGGATA-
1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AA-----AA-TTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTAC
*
33710381 ATGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATA
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* *
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* * * * * * * ** ** *
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1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCGGTTACAGAATC
* * * *
33710530 AAAGATAAAGTGTAAATTTCTAA-ATGGTTAAAATGGAAATTT-TCAATATGATGCATAGCGAAG
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAG
* * *
33710593 TTCTTGTGTCTAATG
127 TTCTCGTGTTTTATG
* * * * ** ** *
33710608 ATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCCAATTAAGTTTTAAAATC
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCGGTTACAGAATC
* * *
33710673 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTTATAATGTGATGCATAACAAAGT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-TTTATCATGTGATGCATAGCAAAGT
* *
33710738 TTTCGTGTCTTATG
128 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * * ** ** *
33710752 ATTGTTTTTAA-TT-ATTTTGAATTATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAAGTCCATTATGGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCGGTTACAGAATC
** * * * *
33710815 AAAGATAAAGTGGAAATTTCTAAGTGGATAAAATGGAAATTT-TCAATGTGATGCGTAGCAAAGT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAGT
*
33710879 TCTCGTGTCTTATG
128 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * *
33710893 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTCAAGGCGAAGTCGGCTACAGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAATC
* *
33710958 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG-TAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAAGTT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
33711022 CTCATGTTTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * * * *
33711035 AGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGACCAAGTCGATTATAGAATCA
1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG-GCAAGTCGGTTACAGAATCA
* * * * * *
33711100 AAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTA-CAATGCGATGCGTAGCGAATTT
65 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
33711164 CTCGTGTCTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * *
33711177 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAATC
* * * * *
33711242 AAAGATCAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAATT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
33711307 CTCGTATTTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
*
33711320 ATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-GAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTATAGAAT
1 ATTTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAAT
* * * **
33711384 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGTGAAGT
63 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGT
*
33711449 TCTCGTGTCTTATG
128 TCTCGTGTTTTATG
* * * * ** ** *
33711463 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAAGTCTATTATTGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCGGTTACAGAATC
* * * *
33711528 ATAA-ATAATA-TATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAAC
64 A-AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAG
* *
33711591 TAT-TTGTGTTTTGTG
127 T-TCTCGTGTTTTATG
** * * * * * * *
33711606 CCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAAATTT-GTGGCAACATTGATTACAGAATA
1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-GAATTTCGAGGCAA-GTCGGTTACAGAATC
* * * * *
33711670 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTCTCATGTGATGCATAACACACTT
64 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
33711735 CTC--GTTTTATG
129 CTCGTGTTTTATG
* * * *
33711746 ATTTTTTCTAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTACAGAATT
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCGGTTACAGAATC
33711811 AAAGATAAAGTAT
64 AAAGATAAAGTAT
33711824 TGATAAGCCA
Statistics
Matches: 2276, Mismatches: 430, Indels: 166
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
140 23 0.01
141 291 0.13
142 968 0.43
143 688 0.30
144 187 0.08
145 3 0.00
148 5 0.00
149 98 0.04
150 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAGTCGGTTACAGAATCAA
AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTTCT
CGTGTTTTATG
Found at i:33709412 original size:285 final size:283
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Indices: 33708893--33711823 Score: 2798
Period size: 285 Copynumber: 10.3 Consensus size: 283
33708883 TACACCTCCC
* * * * * **
33708893 ATTTTTTATAATTTCATTTTTTAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGC-AACGTTGGTTACAGAAT
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCCGTTACAGAAT
* * *
33708957 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAG
64 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGAAAAC
*
33709021 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAG
128 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAG
* * * *
33709086 TCAATTATAGAACCAGAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGA
192 TCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGA
* * * *
33709151 TGCATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATG
257 TGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * *
33709178 ATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACGGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* * * * * *
33709243 AAAGATAAAATATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATATACAATGTGATACATAGAAAACTA
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT
* * * * *
33709308 ATTGTGTTTT-TCGCA-TTTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCAAAATTCGAGGCAACG
130 CTCGTGTTTTAT-G-ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-G
* * * *
33709371 TCAGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATC-ATGTG
192 TCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTG
** * * * *
33709435 ATGCATAGAAAACTTATTGTGTTTTATG
256 ATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * * * ** *
33709463 ATTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTACATAAT
1 A--TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAAT
* * * * *
33709528 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAAATAGAAATTTACAATGTGATACATA-ACGAAG
64 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGA-AAAC
* * * *
33709592 TTCCCGTGTCTTATGATTGTTTTTAA-TATATTTTTAAATATTGAAACA-T-GAATTTTGAGGCG
128 TTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAA-ATTCGAATTTCGAGGC-
* * * * * **
33709654 AACTCCA-TTAC-GCAATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGTGGTT-AAATGGAAATTCACCT
189 AAGT-CAGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
** *
33709716 TGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTG-CTTTATG
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* * * * * ** *
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Done.