Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2524
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10671
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.23, T:0.33
Found at i:1770 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1711--2227 Score: 828
Period size: 47 Copynumber: 11.3 Consensus size: 47
1701 CAGCCAAGAA
1711 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
1758 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
1804 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1851 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
1898 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
1945 TGTATATATGTGATAA-GCCTAATAGCCGAT-TGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1990 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
* * *
2037 TGTATATGTATGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
* *
2084 TGTATATGTGTGAT-AGGCCTAATAGCGCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC-CGATGTGATGAATGTGAAAG
*
2131 TG--TATATG-AATAAGG-CT-AT-G-CGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
2171 T-TATCTATGTG-TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
2216 TG-ATATATGTGA
1 TGTATATATGTGA
2228 CAGGCGAGTG
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 16, Indels: 29
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 21 0.05
41 10 0.02
42 3 0.01
43 4 0.01
44 5 0.01
45 68 0.15
46 83 0.19
47 246 0.56
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
Found at i:2030 original size:186 final size:186
Alignment explanation
Indices: 1711--2227 Score: 847
Period size: 186 Copynumber: 2.8 Consensus size: 186
1701 CAGCCAAGAA
* *
1711 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGG
1 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-G
*
1776 CCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
65 CCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
1841 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
130 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
1898 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGC
1 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGC
1963 CTAATAGCCGAT-TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 CTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
2027 AATGTGAAAGTGTATATGTATGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
130 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
* *
2084 TGTATATGTGTGAT-AGGCCTAATAGCGCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATG-AATAAG
1 TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGC-CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
* *
2145 GCT-ATG-CGATGTGATGAATGTGAAAGT-TATCTATGTG-TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
65 CCTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
2206 AATGTGAAAGTG-ATATATGTGA
130 AATGTGAAAGTGTATATATGTGA
2228 CAGGCGAGTG
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 12, Indels: 15
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.03
179 36 0.11
180 13 0.04
181 17 0.05
182 2 0.01
183 7 0.02
184 6 0.02
185 11 0.03
186 148 0.47
187 67 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (186 bp):
TGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGC
CTAATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
Found at i:4429 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4305--4448 Score: 256
Period size: 42 Copynumber: 3.4 Consensus size: 43
4295 TTGGTTTTTA
4305 GCACTAAGTGTG-GGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
*
4347 GCACTAAGTGTGCGGG-AATAAGTGTTCACGGTTGCGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
*
4389 GCACTAAGTGTGTGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
4432 GCACTAAGTGTGCGGGC
1 GCACTAAGTGTGCGGGC
4449 TTGAAATGCA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 4, Indels: 3
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 52 0.54
43 44 0.46
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.36, T:0.27
Consensus pattern (43 bp):
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
Found at i:4469 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4430--4503 Score: 96
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
4420 GTTGTGAGAT
* *
4430 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
* *
4459 TGGCACCAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
4488 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
4504 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.13
29 34 0.87
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:8695 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 8630--9130 Score: 543
Period size: 47 Copynumber: 10.4 Consensus size: 47
8620 CAGCCAAGAC
8630 AGTGTATATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
8676 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
** *** * * *
8723 AGTGTATATATGTGATAAGGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTA-ATG-GCCGATG--TGAT-G--AATGTGA--A
* *
8779 A-TGTGA-A-A-GTGTATATATGTG-ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGT-ATATATGTG-ATA-A-G-GCCTAA---T----GGCCGATGTGATGAATGTGAA
8833 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
8880 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * *
8927 AGTGTATATGTATGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
8974 AGTGTATATA--TG-TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
9018 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * * * * * *
9065 AGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
9112 AGTGCATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
9131 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 35, Indels: 59
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
44 41 0.11
45 2 0.01
46 11 0.03
47 265 0.68
48 3 0.01
49 3 0.01
51 3 0.01
52 1 0.00
53 4 0.01
54 17 0.04
55 11 0.03
56 17 0.04
57 4 0.01
58 1 0.00
59 3 0.01
61 3 0.01
62 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Found at i:8735 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8716--8758 Score: 70
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
8706 GATGTGATGA
8716 ATGTGA-AAGTGTATAT
1 ATGTGATAAG-GTATAT
8732 ATGTGATAAGGTATAT
1 ATGTGATAAGGTATAT
8748 ATGTGATAAGG
1 ATGTGATAAGG
8759 CCTAATGGCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 23 0.88
17 3 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.28, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATGTGATAAGGTATAT
Found at i:8768 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 8669--8805 Score: 249
Period size: 63 Copynumber: 2.2 Consensus size: 63
8659 GATGTGATGA
*
8669 ATGTGA-AAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATAAG-GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
8732 ATGTGATAAGGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATAAGGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
8795 ATGTGATAAGG
1 ATGTGATAAGG
8806 CCTAATGGCC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 1, Indels: 2
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 69 0.96
64 3 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.30, T:0.31
Consensus pattern (63 bp):
ATGTGATAAGGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
Found at i:8833 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 8633--8852 Score: 422
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
8623 CCAAGACAGT
*
8633 GTATATAGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCC
1 GTATATAGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC
8698 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
8742 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGC
1 GTATATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGC
8807 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
65 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
8852 G
1 G
8853 CCTAATGGCC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 1, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
109 7 0.06
110 102 0.94
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (109 bp):
GTATATAGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
Found at i:9304 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9249--9326 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
9239 CCGAGCTCTA
* *
9249 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
9285 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
9322 AAGAC
1 AAGAC
9327 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 20 0.53
37 18 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Done.