Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3450
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Indices: 3783--4039 Score: 171
Period size: 42 Copynumber: 6.2 Consensus size: 43
3773 ACTTTCTTAG
* * *
3783 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCC-CTGCTGCTCGAGGCA
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
* * * * * * *
3825 CCCGCACATCCAACG-TCCTAGGTTGCCTATGGTG-TCCAGGCT
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTCGAGGCT
*
3867 CCCGCACATCC-AAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGG--
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
* * *
3907 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
* * * * * * *
3950 CCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTACCGATGGTG-TCCCAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCT-CGAGGCT
* * *
3993 -CCGCACATCC-AAGC-CCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCT
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
4032 CCCGCACA
1 CCCGCACA
4040 CAAGGGCCTA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 27, Indels: 30
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
39 6 0.03
40 28 0.16
41 48 0.28
42 58 0.33
43 33 0.19
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.37, G:0.28, T:0.15
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
Found at i:3956 original size:83 final size:80
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Indices: 3783--4039 Score: 234
Period size: 83 Copynumber: 3.1 Consensus size: 80
3773 ACTTTCTTAG
* * * * *
3783 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCCTGCTGCTCGAGGCACCCGCACATCCAACGTCCTAGGT
1 CCCGCACATCC-AAGCACCAAGGTGCCATGCTGCTCGAGG--CCCGCACATCCAA-GCCCAAGG-
* *
3848 TGCCTATGGTG-TCCAGGCT
61 TGCCGATGGTGCTCGAGGCT
* *
3867 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTA
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC-ATGCTGCTCGAGGCCCGCACATCC-AAGC-CCAAGGTG
3932 CCGATGGTGCTCGAGGCT
63 CCGATGGTGCTCGAGGCT
** * * * *
3950 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTG-TCCCAGGCTCCGCACATCCAAGCCCAAGG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCC-ATGCTGCT-CGAGGC-CCGCACATCCAAGCCCAAGG
4013 TGCCGATGGTGC-CGAGGCT
61 TGCCGATGGTGCTCGAGGCT
4032 CCCGCACA
1 CCCGCACA
4040 CAAGGGCCTA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 18, Indels: 19
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.01
82 35 0.24
83 61 0.41
84 40 0.27
85 10 0.07
ACGTcount: A:0.20, C:0.37, G:0.28, T:0.15
Consensus pattern (80 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCATGCTGCTCGAGGCCCGCACATCCAAGCCCAAGGTGCCG
ATGGTGCTCGAGGCT
Found at i:4194 original size:42 final size:43
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Indices: 3818--4533 Score: 718
Period size: 42 Copynumber: 17.2 Consensus size: 43
3808 CCCTGCTGCT
* * * * *
3818 CGAGGCACCCGCAC-ATCCAACGTCCTAGGTTGCCTATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
** * * * *
3861 C-AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * * *
3902 CGAGG--CCCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TACCGATGGTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
3943 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CC
* *
3987 C-AGGCT-CCGCAC-ATCCAA-GCCCAAGG-TGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
4025 CGAGGCTCCCGCAC-A-CAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
4064 CGAAGCT-CCGAACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
4104 CGAGGCTCTCG-ACGACC-AGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
4144 CGAGGCT-CCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
4186 CGAAGCTCCCGCATGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
4228 TGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
4271 CGA-GCTCCCGTACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
4312 TGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * * *
4355 CGA-GCTCCCGTACGACCAGGGGCTTAGGTT-CTGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
4396 TGAGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
**
4439 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTTTCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
4482 CGAGGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGGTGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
4525 CGAGGCTCC
1 CGAGGCTCC
4534 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 62, Indels: 52
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 10 0.02
39 52 0.09
40 79 0.14
41 65 0.11
42 216 0.37
43 160 0.27
44 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
Found at i:5298 original size:58 final size:59
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Indices: 5208--5328 Score: 181
Period size: 58 Copynumber: 2.1 Consensus size: 59
5198 GGGAGGGACA
* *
5208 GGGACGATTCATTCATTGTTGGGTACCAAACATGCAACGGTATCTCAATTCTAGC-TTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCAAACATGCAACGGTATCTCAATTCTACCTTTT
* * * *
5266 GGGACGGTTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGTAACGGTATCTGAATTCTACCTTTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCAAACATGCAACGGTATCTCAATTCTACCTTTT
5325 GGGA
1 GGGA
5329 TTGGGGAGGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 1
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 49 0.88
59 7 0.12
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCAAACATGCAACGGTATCTCAATTCTACCTTTT
Found at i:13261 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 13179--14369 Score: 1323
Period size: 85 Copynumber: 14.1 Consensus size: 85
13169 CCCTGCTGCA
* * * *
13179 CGAGGCACCCGCAC-ATCCAACGTCCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAA
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAA
** * * *
13242 GCACCAAGGTGCCAATGCTGCT
64 GGGCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* * * * * *
13264 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TGCAGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAA
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
* *
13327 GGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
64 GGGCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
* *
13350 CGAGGCTCCGGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG
**
13414 CACCAAGGTGCCGATGGTGCC
65 GGCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* * * *
13435 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCCAGGCTCCCACAC-ATTCAAG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG
** * *
13499 CACCAAGATGCCGATGGTACC
65 GGCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* * * *
13520 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGAAGGT-CCCGAAGCTCTCGCACGACCAAGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* *
13583 GCCTAGGTGCCGATGGTTCC
66 GCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* * * *
13603 CGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGGTGCCGATGGTG-CCTGAGGCTCCCGCACGACCAGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCTCCCGCACGACCAAG
*
13667 GGCCTAGGTTGCCGATGGT-CC
65 GGCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * * *
13688 CGAGGCTCCCGAACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCCAGGTTCCCGCAC-ATCCAAG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG
** * *
13752 CACCAAGGTACCGATGGTGTC
65 GGCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* *
13773 TGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGTCTGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
13837 GCCTAGGTGCCGATGGT--C
66 GCCAAGGTGCCGATGGTGCC
* * *
13855 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACC-AGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
13918 GCCTAGGGTGCCGATGGTGCC
66 GCC-AAGGTGCCGATGGTGCC
*
13939 CGAGGCT-CCGCACGACC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAGGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
14001 GCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
66 GCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
* * *
14022 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * *
14086 GCCTACGTTGCCGATGGTGTC
66 GCC-AAGGTGCCGATGGTGCC
* * * *
14107 CGA-GCTCCCGTACGACCAGGGGCCTAGGTT-CCGATGGTGTCTGAGGCTCCCGCACGACCAGGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
14170 GCCTAGGTTGCCGATGGTG-C
66 GCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
* *
14190 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * *
14255 GTCTAGGTTTCCGATGGTGCC
66 GCCAAGG-TGCCGATGGTGCC
* * * *
14276 CGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCTGCA-TATCCAAG
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG
* * * *
14340 GCACCAAGGTGACGATGCTGCT
65 G-GCCAAGGTGCCGATGGTGCC
14362 CGAGGCTC
1 CGAGGCTC
14370 TTGCACCACT
Statistics
Matches: 956, Mismatches: 118, Indels: 63
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 6 0.01
82 98 0.10
83 116 0.12
84 176 0.18
85 400 0.42
86 155 0.16
87 5 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (85 bp):
CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCAAGGTGCCGATGGTGCC
Found at i:14340 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 13179--14327 Score: 1368
Period size: 42 Copynumber: 27.2 Consensus size: 43
13169 CCCTGCTGCA
* * * * *
13179 CGAGGCACCCGCAC-ATCCAACGTCCTAGGTTGCCTATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
** * * * *
13222 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
13264 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TGCAGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
13307 CGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
13350 CGAGGCTCCGGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
** *
13393 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
13435 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CC
* * ** * * *
13479 C-AGGCTCCCACAC-ATTCAAGCACC-AAGATGCCGATGGTACC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
13520 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGAAGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
13561 CGAAGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTTCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
13603 CGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGGTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
13646 TGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
13688 CGAGGCTCCCGAACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CC
* ** * * *
13732 C-AGGTTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
13773 TGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
13815 TGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGT--C
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
13855 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
13897 CGAGGCTCTCGCACGACC-AGGGCCTAGGGTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
13939 CGAGGCT-CCGCACGACC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
13979 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
14022 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
14064 CGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTACGTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
14107 CGA-GCTCCCGTACGACCAGGGGCCTAGGTT-CCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
14148 TGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-C
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
14190 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
14233 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTTCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
14276 CGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
14319 CGAGGCTCC
1 CGAGGCTCC
14328 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 985, Mismatches: 93, Indels: 56
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 46 0.05
41 105 0.11
42 451 0.46
43 376 0.38
44 7 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.33, T:0.15
Consensus pattern (43 bp):
CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
Found at i:14562 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 14527--14575 Score: 82
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
14517 AGAGGCTCTT
14527 GTTCTGAAAGGGAAGGGACCGGGATG
1 GTTCTGAAAGGGAAGGGACCGGGATG
*
14553 GTTC-GAAAGGGGAGGGACCGGGA
1 GTTCTGAAAGGGAAGGGACCGGGA
14576 CGACTTGTAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.82
26 4 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.49, T:0.12
Consensus pattern (26 bp):
GTTCTGAAAGGGAAGGGACCGGGATG
Found at i:15146 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 15063--15176 Score: 176
Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 59
15053 ACAGGGACGA
* * * *
15063 TTCATTCATTGTTGGGTACTGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTAGC-TTTGGGACAG
1 TTCATTAATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTTGGGACAG
*
15121 TTCATTAATTATTGGGTACCGAACATGTAACGGTATCTGAATTCTACCTTTTGGGA
1 TTCATTAATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTTGGGA
15177 TTAGGGAGGG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 43 0.86
59 7 0.14
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
TTCATTAATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTTGGGACAG
Found at i:25335 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 25313--25349 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
25303 AGACCGTATG
25313 CAAA-TTTTTTTT
1 CAAATTTTTTTTT
25325 CAAATTTTTTTTTT
1 CAAA-TTTTTTTTT
25339 C-AATTTTTTTT
1 CAAATTTTTTTT
25350 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
12 12 0.52
13 2 0.09
14 9 0.39
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (13 bp):
CAAATTTTTTTTT
Found at i:25336 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 25317--25349 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
25307 CGTATGCAAA
25317 TTTTTTTTCAAATT
1 TTTTTTTTC-AATT
25331 TTTTTTTTCAATT
1 TTTTTTTTCAATT
25344 TTTTTT
1 TTTTTT
25350 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.53
14 9 0.47
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (13 bp):
TTTTTTTTCAATT
Found at i:31278 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 31043--31864 Score: 1065
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31033 CATCCAACGT
* * **
31043 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
* * * * * *
31086 CCAAGG-TGCCAATGCTGCTC-AGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-G
*
31128 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31170 CCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCGGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* **
31213 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
*
31256 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* **
31298 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCC-AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGG
*
31341 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31383 CCTAGG-TGCCGATGGT--CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31423 CCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
31465 CCTAGG-TGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CCGCACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
31504 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCT-CCGCACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31544 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACAACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
31585 CCTAGGTTGCCGATGGT--CCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31625 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31667 CCTAGGTT-CCGATGGTG-TCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
31707 CCTAGGTTGTCGATGGTGCCGGAGGCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31750 CCTAGGTTGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCATGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31793 CCTAGGTTTCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31836 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
31865 TGCATATCCA
Statistics
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0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 10 0.01
40 174 0.25
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ACGTcount: A:0.17, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:31457 original size:82 final size:85
Alignment explanation
Indices: 31043--31864 Score: 1066
Period size: 82 Copynumber: 9.8 Consensus size: 85
31033 CATCCAACGT
* ** * * * *
31043 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
* *
31106 -AGGCTCCCGCAC-ATCCGAGGCA
64 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-G
* *
31128 CCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
*
31192 AGGCTCCGGCACGACCAAGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
** *
31213 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
31276 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
64 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * ** *
31298 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCCAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCC
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
31361 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
64 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
31383 CCTAGG-TGCCGATGGT-CCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGA
*
31445 GGCTCTCGCACGACCAAGGG
66 GGCTCCCGCACGACCAAGGG
31465 CCTAGG-TGCCGATGGTGCCGAGGCT-CCGCACGACC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGA
31526 GGCT-CCGCACGACC-AGGG
66 GGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31544 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACAACC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGT--CCGA
1 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGA
31606 GGCTCCCGCACGACC-AGGG
66 GGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31625 CCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACC-AGGGCCTAGGTT-CCGATGGTG-TCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
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* * *
31707 CCTAGGTTGTCGATGGTGCCGGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGATGCCCG
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*
31772 AGGCTCCCGCATGACCAAGGG
65 AGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* *
31793 CCTAGGTTTCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCG
1 CCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
31858 AGGCTCC
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31865 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 48, Indels: 39
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.17, C:0.34, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (85 bp):
CCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGA
GGCTCCCGCACGACCAAGGG
Found at i:35070 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34925--35101 Score: 182
Period size: 42 Copynumber: 4.2 Consensus size: 43
34915 TTTTCTTTAG
** *
34925 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCCCTGCTGCTCGAGGCA
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
* * * * * *
34968 CCCGCACATCCAACGTC-CTAGGTTGCCTATGGTG-TCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCGA-GGCACCAGGGTGCCAATGCTGCT-CGAGGCT
*
35011 CCCGCACATCC-AAGCACCAGGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
* * * *
35053 -CCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
35095 CCCGCAC
1 CCCGCAC
35102 GACCAAGGGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
41 11 0.10
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Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCAATGCTGCTCGAGGCT
Found at i:35531 original size:211 final size:213
Alignment explanation
Indices: 35073--35861 Score: 1098
Period size: 211 Copynumber: 3.7 Consensus size: 213
35063 GAGGCACCAA
*
35073 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * * * *
35138 CCGGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGTGACTTCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
66 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
** *
35203 TTAACGATGGTGCCCGAGGCTCCGGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTC
131 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCTCGACCAAGGGCCTAGG-TACCGATGGTGTCCGAGGCTC
* *
35268 CCGCAC-ATCCA--AGCACTAA
194 CCGCACGA-CCAGGGGC-CTAG
* * *
35287 AGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGTACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
35352 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
66 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
* * * *
35416 -TGCCGATGGT-CCCGAGGCTCTCGCTCGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCT
131 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCTCGACCAAGGGCCTAGGTACCGATGGTGTCCGAGGCTCC
*
35479 CGCACGACTAGGGGCCTAG
195 CGCACGACCAGGGGCCTAG
* *
35498 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
35563 CCCGCACGATC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCCTAGG
66 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
* * * * *
35626 TTGCCGATGGTGTCTGA-GCTCC-CGTACGACCAGGGGCCTAGGTTCCGATGGTGTCTGAGGCTC
131 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGC-T-CGACCAAGGGCCTAGGTACCGATGGTGTCCGAGGCTC
35689 CCGCACGACCAGGGGCCTAG
194 CCGCACGACCAGGGGCCTAG
* *
35709 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCT-GCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGC
*
35773 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTTCCGATGGA-GCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
65 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT-GATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
*
35837 GGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
129 GGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
35862 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 45, Indels: 28
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.00
210 69 0.13
211 245 0.47
212 31 0.06
213 84 0.16
214 86 0.17
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (213 bp):
GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCT
CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGATGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCTCGACCAAGGGCCTAGGTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCC
GCACGACCAGGGGCCTAG
Found at i:35890 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34961--35861 Score: 1127
Period size: 43 Copynumber: 21.2 Consensus size: 43
34951 CCCTGCTGCT
* * * * *
34961 CGAGGCACCCGCAC-ATCCAACGTCCTAGGTTGCCTATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
** * * * *
35004 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AGGGTGCCAATGCTGCT
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
35046 CGAGGCT-CCGCAC-ATCCGAGGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35088 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
35131 CGAGGCTCCGGCACGACCAGGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * **
35174 CGTGACTTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTAACGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
35217 CGAGGCTCCGGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35260 CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAA--GCACTAAAG-TGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGC-CT-AGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
35302 CGAGGCTCCTGTACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35345 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGATGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
35387 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * *
35428 CGAGGCTCTCGCTCGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATAGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
35470 CGAGGCTCTCGCACGACTAGGGGCCTAGGGTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
35513 CGAGGCTCCTGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35556 CGAGGCTCCCGCACGATC-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-CC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
35597 CGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* * * *
35640 TGA-GCTCCCGTACGACCAGGGGCCTAGGTT-CCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
35681 TGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35724 CGAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
* *
35767 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTTCCGATGGAGCC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
*
35810 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
1 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
35853 CGAGGCTCC
1 CGAGGCTCC
35862 TGCATATCCA
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 78, Indels: 36
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 85 0.11
42 243 0.32
43 431 0.57
44 3 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC
Found at i:36171 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 36136--36214 Score: 83
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
36126 TTTCTATATT
*
36136 CCGGG-ATGGCTCACCGGAGCACCG
1 CCGGGAATAGCTCACCGGAGCACCG
*
36160 CCGGGAA-AGCTCACCGGACCACCG
1 CCGGGAATAGCTCACCGGAGCACCG
* * **
36184 CC-GGAATGGATCGTCGGAGCACCG
1 CCGGGAATAGCTCACCGGAGCACCG
36208 CCGGGAA
1 CCGGGAA
36215 CCTAACCGGC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 5
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.09
24 36 0.80
25 5 0.11
ACGTcount: A:0.22, C:0.35, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (25 bp):
CCGGGAATAGCTCACCGGAGCACCG
Found at i:36704 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 36614--36729 Score: 196
Period size: 58 Copynumber: 2.0 Consensus size: 58
36604 GGGAGGGACA
* *
36614 GGGACGATTCATTCATTGTTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTAGCTTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTT
* *
36672 GGGACGGTTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGTAACGGTATCTGAATTCTACCTTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTT
36730 TGGAATTGGG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
58 54 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTT
Found at i:40224 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40185--40256 Score: 99
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40175 CATCTCCGGA
* *
40185 GCTTGGAAAATATGGAAAGTAATCTTCAAGGATAT
1 GCTTGGAAAATATGGAAAGGAATCTTCAAAGATAT
* * *
40220 GCTTGGCAAATATGGAAGGGGATCTTCAAAGATAT
1 GCTTGGAAAATATGGAAAGGAATCTTCAAAGATAT
40255 GC
1 GC
40257 GATCCCAGAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 32 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (35 bp):
GCTTGGAAAATATGGAAAGGAATCTTCAAAGATAT
Found at i:45854 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 45781--45876 Score: 165
Period size: 49 Copynumber: 2.0 Consensus size: 49
45771 GTTCCATTGA
*
45781 ATCCTCAATTGTTGCGAGACAGGCTGACTTAGGCGTTTTTGAGCGAAGG
1 ATCCTCAATTGTTGCGAGACAGGCTAACTTAGGCGTTTTTGAGCGAAGG
* *
45830 ATCCTTAATTGTTGCGAGATAGGCTAACTTAGGCGTTTTTGAGCGAA
1 ATCCTCAATTGTTGCGAGACAGGCTAACTTAGGCGTTTTTGAGCGAA
45877 ATAACGCTTG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 44 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (49 bp):
ATCCTCAATTGTTGCGAGACAGGCTAACTTAGGCGTTTTTGAGCGAAGG
Done.