genome.fa.s204.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1357
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56754

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 131 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5901--5963	27	2.4	26	84	5	92	69	0	0	30	0.88
5914--5970	27	2.1	27	83	0	69	77	0	0	22	0.77
5962--5995	11	3.2	11	83	8	52	64	0	0	35	0.94
6002--6076	27	3.0	25	79	9	89	74	0	0	25	0.82
5914--6068	35	4.5	35	73	11	108	69	0	0	30	0.89
6013--6077	23	2.7	23	83	11	85	80	0	0	20	0.72
6045--6079	18	2.0	18	94	5	63	80	0	0	20	0.72
6031--6197	56	2.9	54	76	16	176	64	0	1	34	1.02
6099--6126	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
6160--6194	18	2.0	17	88	5	52	82	0	2	14	0.77
6213--6365	18	8.4	20	76	17	90	73	0	0	26	0.83
6243--6286	13	3.4	13	90	6	63	79	0	0	20	0.73
6228--6376	34	4.4	34	76	15	132	75	0	0	24	0.80
6252--6369	18	6.5	19	77	12	115	77	0	0	22	0.76
6227--6331	21	4.8	21	74	14	68	73	0	0	26	0.84
6451--6520	19	3.9	19	75	21	78	78	0	0	21	0.75
6457--6768	30	9.1	32	68	23	147	76	0	0	23	0.81
6456--6544	24	3.6	24	84	7	90	82	0	0	17	0.68
6459--6545	25	3.5	24	81	9	95	81	0	0	18	0.69
6487--6560	22	3.3	22	88	3	94	78	0	0	21	0.75
6457--6648	42	4.8	43	70	19	137	75	0	0	23	0.84
6486--6544	24	2.5	22	91	8	91	84	0	0	15	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6455--6560	22	4.3	24	74	14	83	77	0	0	22	0.77
6526--6576	16	3.3	16	75	5	52	72	0	0	27	0.85
6476--6753	99	2.8	97	76	11	269	75	0	0	24	0.83
6592--6763	14	12.0	14	72	18	90	77	0	0	22	0.77
6484--6806	44	7.3	42	71	17	192	75	0	0	23	0.84
6568--6763	69	3.0	68	77	16	182	76	0	0	22	0.82
6663--6765	13	7.4	13	76	17	91	83	0	0	16	0.65
6686--6806	50	2.5	50	81	10	142	77	0	0	21	0.82
6695--6806	33	3.3	33	86	12	138	78	0	0	20	0.80
6663--6768	1	106.0	1	84	0	59	83	0	0	16	0.64
6738--6825	39	2.3	38	76	7	106	69	2	0	28	1.01
6837--6893	21	2.8	19	72	12	51	78	1	0	19	0.83
6843--6893	21	2.4	21	76	0	57	80	1	0	17	0.81
6835--6902	19	3.6	18	73	9	64	77	1	0	20	0.84
6924--6964	18	2.5	16	88	11	57	78	0	0	21	0.76
6918--6987	29	2.4	28	84	15	90	70	0	0	30	0.88
6970--7004	11	3.1	11	91	4	52	51	0	0	48	1.00
6971--7005	12	2.9	12	91	0	61	51	0	0	48	1.00
7079--7131	13	4.1	12	81	15	61	60	1	0	37	1.08
7090--7128	14	2.8	14	84	11	53	58	0	0	41	0.98
7142--7181	14	2.7	15	80	7	55	47	0	2	50	1.14
7227--7256	12	2.5	12	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7191--7257	33	2.0	34	85	8	93	64	0	1	34	1.03
7191--7260	34	2.0	34	83	8	88	64	0	1	34	1.03
7353--7443	15	6.1	15	86	7	105	87	0	0	12	0.53
7354--7431	39	2.0	39	92	0	129	88	0	0	11	0.52
7353--7429	1	77.0	1	86	0	91	90	0	0	9	0.44
7365--7446	14	6.0	14	82	5	78	84	0	0	15	0.63
7509--7548	21	1.9	21	94	0	71	52	0	0	47	1.00
7471--7541	33	2.2	33	82	5	81	56	0	0	43	0.99
7526--7559	17	2.0	17	100	0	68	64	0	0	35	0.94
7615--7767	18	8.7	18	69	16	63	78	0	1	20	0.82
7616--7765	12	12.6	12	65	18	57	79	0	1	19	0.81
7615--7655	1	41.0	1	90	0	55	92	0	2	4	0.44
7606--7733	67	2.0	66	85	4	179	74	0	1	24	0.91
7615--7807	99	1.9	101	85	12	274	76	0	1	22	0.84
7696--7767	20	3.6	20	81	5	74	80	0	1	18	0.78
7685--7765	23	3.7	22	77	17	80	81	0	1	17	0.76
7696--7771	21	3.8	20	81	10	84	80	0	1	18	0.79
7682--7813	68	1.9	67	83	6	167	78	0	0	21	0.81
7735--7827	45	2.1	44	87	2	132	74	0	0	25	0.82
7860--7888	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
7971--8072	23	4.4	22	78	14	98	78	0	0	20	0.81
7961--8058	44	2.3	43	82	10	119	80	1	0	18	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8047--8082	17	2.2	16	95	5	63	61	0	0	38	0.96
8049--8178	14	9.6	14	65	13	67	58	0	0	40	1.03
8115--8179	28	2.3	28	86	5	87	55	0	0	44	0.99
8115--8180	13	4.7	15	72	24	63	56	0	0	43	0.99
8034--8190	66	2.3	67	82	9	176	62	0	0	36	1.05
8170--8302	8	16.1	8	76	11	108	84	0	0	14	0.65
8173--8504	26	12.9	26	70	15	129	81	0	1	17	0.80
8169--8303	33	4.1	32	81	12	134	83	0	0	15	0.68
8158--8297	66	2.2	63	82	12	169	82	0	0	17	0.72
8170--8508	76	4.7	73	74	11	222	81	0	1	17	0.80
8180--8292	1	113.0	1	84	0	100	87	0	0	11	0.59
8331--8508	1	178.0	1	88	0	122	85	0	1	12	0.69
8546--8588	13	3.5	13	84	12	63	88	0	0	11	0.52
8576--8623	19	2.4	19	89	6	69	64	0	0	35	0.94
8552--8586	1	35.0	1	94	0	61	97	0	0	2	0.19
8597--8688	42	2.2	41	86	3	132	78	0	0	21	0.76
8657--8718	1	62.0	1	80	0	52	87	0	1	11	0.62
8660--8716	7	7.9	7	78	5	60	85	0	1	12	0.66
8546--8706	59	2.7	57	77	13	166	77	0	0	22	0.82
8597--8718	43	3.0	40	82	11	131	79	0	0	19	0.78
8597--8992	152	2.6	153	78	13	438	73	1	0	25	0.94
8752--8791	15	2.7	14	81	11	53	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8737--8856	48	2.6	45	85	7	152	77	1	0	20	0.85
8767--8876	33	3.5	32	80	7	136	78	0	0	20	0.81
8611--8992	153	2.4	156	81	12	435	73	1	0	25	0.95
8782--8809	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
8780--8865	11	8.0	11	74	17	74	81	1	0	17	0.76
8826--8873	18	2.8	17	84	6	69	81	2	0	16	0.79
8741--8866	10	10.9	12	70	23	69	79	0	0	19	0.78
8819--8873	17	3.0	19	87	12	80	80	1	0	18	0.81
8786--8867	13	5.8	13	73	16	65	82	1	0	15	0.72
8934--9006	1	73.0	1	91	0	74	89	0	0	10	0.50
8935--9006	31	2.4	31	95	2	128	88	0	0	11	0.50
8615--9105	152	3.1	152	79	9	397	71	1	0	27	0.96
8987--9097	49	2.5	43	78	10	116	63	0	0	36	0.95
8996--9076	41	2.0	41	82	4	101	60	0	0	39	0.97
9044--9148	38	2.6	38	82	7	102	57	0	0	41	1.05
9044--9143	42	2.4	41	80	16	107	60	1	0	39	1.04
9150--9246	10	8.7	10	67	24	52	72	1	0	26	0.92
9127--9240	34	3.3	34	73	20	101	70	0	0	28	0.94
9131--9240	37	3.2	32	72	15	87	70	0	0	28	0.93
9130--9240	38	3.2	33	73	13	98	71	0	0	27	0.92
9203--9246	20	2.2	20	87	0	61	75	0	0	25	0.81
9255--9310	26	2.2	26	93	0	94	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9296--9331	1	36.0	1	94	0	63	97	0	0	2	0.18
9320--9390	30	2.4	31	81	13	87	66	0	1	32	1.01
9371--9451	7	11.3	7	74	13	58	72	0	0	27	0.84
9371--9451	8	10.1	8	71	10	58	72	0	0	27	0.84
9391--9467	20	3.7	21	82	14	88	68	0	0	31	0.90
9398--9470	37	2.0	36	84	7	94	64	0	0	35	0.94
9485--9556	32	2.2	32	90	0	108	90	0	0	9	0.46
9485--9557	11	6.1	12	87	10	89	89	0	0	10	0.50
9488--9579	15	6.0	15	80	3	103	85	1	0	13	0.64
9486--9543	1	58.0	1	92	0	89	94	0	0	5	0.29

Tables:   1   2