Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1595
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48582
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.18, T:0.31
Found at i:511 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 454--523 Score: 97
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
444 CCGCCACCAC
* * *
454 TGTCTCATGCTAAGCCTGAATATGGGATGTCACACT
1 TGTCTCATGCCAAGCCTGAATACGAGATGTCACACT
490 TGTCTCATGCCAAG-CTCGAATACGAGATGTCACA
1 TGTCTCATGCCAAGCCT-GAATACGAGATGTCACA
524 ACCTAACTTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.07
36 28 0.93
ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (36 bp):
TGTCTCATGCCAAGCCTGAATACGAGATGTCACACT
Found at i:9097 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9063--9136 Score: 96
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
9053 TAATCAACCG
*
9063 CGCACACTTAGTGCCATGTACTTT-AAACT
1 CGCACACTTAGTGCCATGCA-TTTCAAACT
**
9092 CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAGTT
1 CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACT
*
9121 CGCACACCTAGTGCCA
1 CGCACACTTAGTGCCA
9137 ATCTCACAAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.08
29 37 0.93
ACGTcount: A:0.26, C:0.31, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACT
Found at i:17233 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 17199--17272 Score: 96
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
17189 TAATCAACCG
*
17199 CGCACACTTAGTGCCATGTACTTT-AAACT
1 CGCACACTTAGTGCCATGCA-TTTCAAACT
**
17228 CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAGTT
1 CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACT
*
17257 CGCACACCTAGTGCCA
1 CGCACACTTAGTGCCA
17273 ATCTCACAAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.08
29 37 0.93
ACGTcount: A:0.26, C:0.31, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
CGCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACT
Found at i:31641 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 31592--31651 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
31582 GCGAGGCTGC
31592 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGATA
1 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGA-A
* * * *
31619 CAGATATTGTGGCTAGGTGACCAGAA
1 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGAA
31645 CAGATAT
1 CAGATAT
31652 ATATATGTGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.28
27 21 0.72
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (26 bp):
CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGAA
Found at i:32483 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 32392--32483 Score: 132
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
32382 AGGGGAAAAT
* *
32392 GGTAATTTTAACCC-ACAAGGGTATCTC
1 GGTAATTCT-ACCCTACAAGGGTATTTC
* *
32419 GGTAATTCTATCCTACAGGGGTATTTC
1 GGTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTC
32446 GGTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTC
1 GGTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTC
32473 GGTAATTCTAC
1 GGTAATTCTAC
32484 AACTTATCCA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.05
27 55 0.95
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GGTAATTCTACCCTACAAGGGTATTTC
Found at i:38243 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 38195--38254 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
38185 GCGAGGCTGC
*
38195 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGATA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGA-A
* * *
38222 CAGATATTGTGGCTAGGCCACCAGAA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
38248 CAGATAT
1 CAGATAT
38255 ATATATGTGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.28
27 21 0.72
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (26 bp):
CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
Found at i:38299 original size:71 final size:67
Alignment explanation
Indices: 38222--38363 Score: 203
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
38212 TCACCAGATA
* * *
38222 CAGATATTGTGGCTAGGCCACCAGAACAGATATATATATGTGGCGAAGCCACCAGATTGCAGCGA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAACAG----ATATATGTGGCGAAGCCACCAGATTGCAGCGA
38287 GGCTGC
62 GGCTGC
* *
38293 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGAACAGATATATGTGGCGAGGCCACCAGATTGCAGCGAGGCT
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAACAGATATATGTGGCGAAGCCACCAGATTGCAGCGAGGCT
38358 GC
66 GC
38360 CAGA
1 CAGA
38364 ACGCTTCCTC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 4
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
67 41 0.62
71 25 0.38
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (67 bp):
CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAACAGATATATGTGGCGAAGCCACCAGATTGCAGCGAGGCT
GC
Found at i:38341 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 38293--38344 Score: 68
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
38283 GCGAGGCTGC
*
38293 CAGATATTGTGACGAAGTCACCAGAA
1 CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
* *
38319 CAGATATATGTGGCGAGGCCACCAGA
1 CAGATAT-TGTGACGAAGCCACCAGA
38345 TTGCAGCGAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 7 0.32
27 15 0.68
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (26 bp):
CAGATATTGTGACGAAGCCACCAGAA
Found at i:39070 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 38990--39072 Score: 89
Period size: 25 Copynumber: 3.4 Consensus size: 25
38980 CCAGGGGAAA
* * *
38990 TGGTAATTTTACCTCCA-GGTATCT
1 TGGTAATTCTACCTACAGGGTATTT
*
39014 CGGTAATTCTACCTACAGGGGTA-TT
1 TGGTAATTCTACCTACA-GGGTATTT
**
39039 TCATAATTCTACCTACAGGGTATTT
1 TGGTAATTCTACCTACAGGGTATTT
39064 TGGTAATTC
1 TGGTAATTC
39073 ACAACTTATC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 5
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 19 0.40
25 24 0.51
26 4 0.09
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
TGGTAATTCTACCTACAGGGTATTT
Found at i:43920 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 43761--44640 Score: 1253
Period size: 98 Copynumber: 8.9 Consensus size: 98
43751 TTGATGCATA
43761 AGATATGTATATGT-GTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
* *
43824 AAAGCCAAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATG
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
* *
43855 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATATGTATATGTG
* *
43920 GTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAGTATATATATATG
64 GTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA--ATATATATATG
* *
43957 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACGAGATATGCATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
44022 AAAGCCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATG
66 AAAGCCGAATGGCT-AATGTGAAATATATATATG
*
44055 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
*
44120 AAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATATATATG
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
* * * *
44153 AGACATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATATATATGAGATATGTATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG--A-A-ATATGTATGAGATATGTATATG
* * *
44218 TGGTAAAGCCGGATGGCTAATGTG-AA-ATATGTACG
62 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
* * *
44253 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATATGTATATGTG
* *
44318 GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG-AA-ATATGTATG
64 GTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
* *
44351 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATATATATATGAGATATGTATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG--A-A-ATATGTATGAGATATGTATATG
* *
44416 TGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATATATG
62 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
*
44453 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGCATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
*
44518 AAAGTCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATG
66 AAAGCCGAATGGCT-AATGTGAAATATATATATG
*
44551 AGATATTGTATATGTGGTAAAG-CGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATAT-TATATGTGG
1 AGATA-TGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGG
*
44614 TAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATAT
65 TAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATAT
44641 GTAGGCGACG
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 48, Indels: 39
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
94 14 0.02
95 21 0.03
97 33 0.05
98 358 0.50
99 24 0.03
100 128 0.18
101 8 0.01
102 131 0.18
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (98 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATG
Found at i:44017 original size:150 final size:148
Alignment explanation
Indices: 43761--44640 Score: 1234
Period size: 150 Copynumber: 6.0 Consensus size: 148
43751 TTGATGCATA
*
43761 AGATATGTATATGT-GTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGT
* *
43824 AAAGCCAAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
*
43887 ATGCGAAATATATATATG
131 ATGTGAAATATATATATG
* *
43905 AGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAGTATATATATATGAGATATGTATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-A--A-ATATATATGAGATATGTATATG
* * *
43970 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTACGAGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATG
62 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
44033 G-TCAATGTGAAATATATATATG
127 GCT-AATGTGAAATATATATATG
* *
44055 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGT
* * * *
44120 AAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATATATATGAGACATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTA
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
44185 ATGTGAAATATATATATATG
131 ATGTG-AA-ATATATATATG
* * * *
44205 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGGATGGCTAATGTGAAATATGTACGAGATATGCATATGTGGT
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGT
*
44270 AAAGCCGAATGGCCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
66 AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
* *
44335 GTGTG-AA-ATATGTATG
131 ATGTGAAATATATATATG
*
44351 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATATATATATATGAGATATGTATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG--A-A-ATATATATGAGATATGTATATG
* *
44416 TGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
62 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
*
44481 GCTAATGTG-AA-ATATGTATG
127 GCTAATGTGAAATATATATATG
* *
44501 AGATATGCATATGTGGTAAAGTCGAATGG-TCAATGTGAAATATATATATGAGATATTGTATATG
1 AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT-AATGTG-AA-ATATATATGAGATA-TGTATATG
* *
44565 TGGTAAAG-CGAATGGCTAGTGTG-AA-ATATGTATGAGATAT-TATATGTGGTAAAGCCGAATG
62 TGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATG
*
44626 GCTAGTGTGAAATAT
127 GCTAATGTGAAATAT
44641 GTAGGCGACG
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 45, Indels: 37
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
144 14 0.02
145 49 0.07
146 103 0.15
147 8 0.01
148 69 0.10
149 26 0.04
150 402 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (148 bp):
AGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGT
AAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
ATGTGAAATATATATATG
Found at i:44241 original size:248 final size:248
Alignment explanation
Indices: 43761--44640 Score: 1553
Period size: 248 Copynumber: 3.6 Consensus size: 248
43751 TTGATGCATA
* *
43761 AGATATGTATATGT-GTAAAGCCGAATGG-CTAATGTG--A-ATATGTATGAGATATGTATATGT
1 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTC-AATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGT
* *
43821 GGTAAAGCCAAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT
65 GGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT
*
43886 AATGCGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAGTATATA
130 AATGCGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATA
43951 TATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACG
195 TATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACG
44005 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
1 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
44070 GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
66 GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
*
44135 ATGCGAAATATATATATGAGACATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATAT
131 ATGCGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATAT
*
44200 ATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGGATGGCTAATGTGAAATATGTACG
196 ATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACG
*
44253 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGCCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
1 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
44318 GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
66 GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
44383 ATGCGAAATATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTG-AA-ATAT
131 ATGCG-AA-ATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATAT
*
44446 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATG
194 ATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACG
*
44501 AGATATGCATATGTGGTAAAGTCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATTGTATATGT
1 AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATA-TGTATATGT
44566 GGTAAAG-CGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATAT-TATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT
65 GGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCT
* *
44629 AGTGTGAAATAT
130 AATGCGAAATAT
44641 GTAGGCGACG
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 15, Indels: 15
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
244 13 0.02
245 24 0.04
246 3 0.00
247 29 0.05
248 477 0.78
249 20 0.03
250 47 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (248 bp):
AGATATGCATATGTGGTAAAGCCGAATGGTCAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTG
GTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
ATGCGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCTGAATGGTTAATGTGAAATATATAT
ATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTACG
Found at i:44898 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 44790--44898 Score: 182
Period size: 37 Copynumber: 2.9 Consensus size: 37
44780 GGAAATATAT
* *
44790 TCCGGGTAAGACCCAATGACTACGTGTGGAGATTATG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
44827 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
* *
44864 TCCGGGTAAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTT
1 TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTT
44899 CATCTGAGCT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 68 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.30, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
TCCGGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTG
Done.