Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2810
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42402
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.19, T:0.33
Found at i:11986 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11929--12145 Score: 298
Period size: 40 Copynumber: 5.5 Consensus size: 40
11919 CGGATGATAA
* *
11929 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCTAGTGACTGAT-T
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACT-ATAT
*
11969 CCGGGCTAAGTCTCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
*
12009 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTACTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* * *
12049 CCGGGCTAGGTCCC-AAGGAATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
* *
12088 CCGGGCTAAGTCCCAAAGGCATTTGAGCGAG-TAGCTATAT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTA-CTATAT
*
12128 CC-GGCTAAATCCCGAAGG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGG
12146 TACTTGGTTT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 15, Indels: 7
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 53 0.33
40 106 0.67
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAT
Found at i:12107 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 11925--12135 Score: 288
Period size: 79 Copynumber: 2.7 Consensus size: 80
11915 TATCCGGATG
* *
11925 ATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCT-AGTGACTGAT-TCCGGGCTAAGTCTCGAAGG
1 ATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTG-TGAGTTACT-ATATCCGGGCTAAGTCTCCAAGG
*
11988 CATTTGTGCGAGTTACT
64 AATTTGTGCGAGTTACT
* *
12005 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTACTATATCCGGGCTAGGTC-CCAAGGAA
1 ATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCTCCAAGGAA
12069 TTTGTGCGAGTTACT
66 TTTGTGCGAGTTACT
* * *
12084 ATAACCGGGCTAAGTCCCAAAGGCATTTGAGCGAG-TAGCTATATCC-GGCTAA
1 ATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTA-CTATATCCGGGCTAA
12136 ATCCCGAAGG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 10, Indels: 8
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 7 0.06
79 63 0.53
80 48 0.41
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (80 bp):
ATAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGTGAGTTACTATATCCGGGCTAAGTCTCCAAGGAA
TTTGTGCGAGTTACT
Found at i:25278 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25210--25279 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
25200 GCATATATGA
25210 GATAAGGCCGAATGGCCAA--TGT
1 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTGT
*
25232 GATGAAGG-TGAACAT-G-CATATGTGT
1 GAT-AAGGCCG-A-ATGGCCA-ATGTGT
25257 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
1 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
25280 ATGAATGTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 16
0.67 0.04 0.29
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.16
23 9 0.24
24 13 0.35
25 9 0.24
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
GATAAGGCCGAATGGCCAATGTGT
Found at i:25445 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 25040--25425 Score: 583
Period size: 47 Copynumber: 8.2 Consensus size: 47
25030 TTAGGATTTT
** * * *
25040 ATGTGATGAATGTGAATGTGTATATATGAGATAAGGCCGAATGACCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * * *
25087 ATGTGATGAATGTGAACATTCATATGTGTGACAAGGTCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
25134 ATGTCATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCTGAATGGCAA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
25181 ATGTGGTGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
25228 ATGTGATGAAGGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
25275 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCCGAATGACCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
25322 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCTGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
25369 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCAGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
25416 ATGTGATGAA
1 ATGTGATGAA
25426 CGTGGAAGTG
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 33, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 306 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:25504 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 25439--25619 Score: 267
Period size: 46 Copynumber: 4.0 Consensus size: 46
25429 GGAAGTGTAT
*
25439 ATATGTGG-AAAG-CGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
1 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
*
25483 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATACGAAATGTGTATGAGATGG
1 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
* *
25529 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCAAAACGTGTATGAGATGG
1 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
* * * * *
25575 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATGTGAGATATGTATGAGATG
1 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATG
25620 TGTATATATA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 12, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
44 7 0.06
45 4 0.03
46 112 0.91
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
Found at i:27165 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 27113--27508 Score: 549
Period size: 40 Copynumber: 9.9 Consensus size: 40
27103 GTTATATATG
* *
27113 ATCCGGGCTAAGTCCCAAAGAGCATACGTGCTGGTGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
*
27153 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATACGTGCTGGTGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* *
27193 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATACGTGCTGGTGATAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* *
27233 ATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGAGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* * * * *
27273 ATCAGGGCTAAGTCCTGAAGAGCATACGTGTTGGTGATAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* * *
27313 ATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGTATTCGTGCTGGAGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* * *
27353 ATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGTATTCGTGCTGGAGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* *
27393 ATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGAGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
* * * * **
27433 ATCAGGGTTAAGTCCCAAAGAGCATTTGCACTGGTGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
*
27473 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTGGTG
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
27509 ATGTGTATTC
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 37, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 319 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
Found at i:27722 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 27672--27724 Score: 63
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
27662 TGTGTAACAA
* *
27672 CAAATGAATAGGGGCACTATGTGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
*
27697 CAAATGATTAGAGGCACTGA-GAGTG
1 CAAATGAATAGAGGCACT-ATGAGTG
27722 CAA
1 CAA
27725 GTTCTTCAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 23 0.96
26 1 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.30, T:0.21
Consensus pattern (25 bp):
CAAATGAATAGAGGCACTATGAGTG
Found at i:31514 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 31460--31838 Score: 535
Period size: 47 Copynumber: 8.1 Consensus size: 47
31450 TTAGGATTGT
** * * *
31460 ATGTGATGAATGTGAATGTGTATATTTGAGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
31507 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGTGACAAGGACGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
31554 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGACAA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
31601 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* *
31648 ATGTGATGAAGGTGAACATGCATATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * *
31695 ATGTGATGAATGTGAACATGCGTATGTGTGATAAGGCAGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
*
31742 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCAGAATGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * * * * *
31789 ATGTGATGAACGTGGAA-GTGTATATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTA
1 ATGTGATGAATGT-GAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
31836 ATG
1 ATG
31839 CGAAATGTGT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 30, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 298 0.99
48 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAACATGCATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:31698 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 31630--31699 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
31620 GCATATATGA
31630 GATAAGGCCGAATGGCCAA--TGT
1 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTGT
*
31652 GATGAAGG-TGAACAT-G-CATATGTGT
1 GAT-AAGGCCG-A-ATGGCCA-ATGTGT
31677 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
1 GATAAGGCCGAATGGCCAATGTG
31700 ATGAATGTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 16
0.67 0.04 0.29
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.16
23 9 0.24
24 13 0.35
25 9 0.24
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
GATAAGGCCGAATGGCCAATGTGT
Found at i:31748 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 31721--31795 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
31711 CATGCGTATG
31721 TGTGATAAGGCAGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCAGAATGGCCAA
*
31743 TGTGATGAATGTG-A-ACAT-GCATATA
1 TGTGAT-AA-G-GCAGA-ATGGC-CA-A
31768 TGTGATAAGGCAGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCAGAATGGCCAA
31790 TGTGAT
1 TGTGAT
31796 GAACGTGGAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 18
0.68 0.03 0.29
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.33
23 10 0.24
24 10 0.24
25 8 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TGTGATAAGGCAGAATGGCCAA
Found at i:31868 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 31812--31930 Score: 202
Period size: 46 Copynumber: 2.6 Consensus size: 46
31802 GGAAGTGTAT
*
31812 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAATGTGTATGAGATGG
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAACGTGTATGAGATGG
* *
31858 ATATGAGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAACGTGTGTGAGATGG
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAACGTGTATGAGATGG
*
31904 ATATGTGGTAAAGCCAAATGGCTAATG
1 ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATG
31931 TGAGATATGT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 68 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (46 bp):
ATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGCGAAACGTGTATGAGATGG
Found at i:39804 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 39788--39813 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
39778 TTTTTTTCTC
39788 ACATGTACATA
1 ACATGTACATA
39799 ACATGTACATA
1 ACATGTACATA
39810 ACAT
1 ACAT
39814 CTCCATCATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 15 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.19, G:0.08, T:0.27
Consensus pattern (11 bp):
ACATGTACATA
Done.