Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3034
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27269
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.19, T:0.31
Found at i:2253 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2207--2337 Score: 192
Period size: 40 Copynumber: 3.3 Consensus size: 40
2197 CGACTAAGAT
*
2207 CCGAAGGTATTTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTC
* * *
2247 CCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAATTCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTC
* *
2287 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTT-TTAAAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTATT-AATTCCGGGTTAAGTC
2327 CCGAAGGCATT
1 CCGAAGGCATT
2338 GAATGAGTTA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 80 0.99
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.27, T:0.29
Consensus pattern (40 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTC
Found at i:2358 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 2235--2384 Score: 131
Period size: 40 Copynumber: 3.8 Consensus size: 38
2225 GTTATTAATT
* ** * *
2235 CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAATT
1 CCGGGTTAAGTCCCGAAGG-CATTGAACGAGTTACTAA-A
** *
2275 CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTT-TTAAAA
1 CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT-GAACGAGTTACT-AAA
*
2314 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAATGAGTTACTATAA
1 -CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAACGAGTTACTA-AA
* *
2354 CCGGGCTATGTCCCGAAGGCACTTGAACGAG
1 CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCA-TTGAACGAG
2385 GAGCTAAATC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 11, Indels: 12
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 30 0.32
40 63 0.68
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (38 bp):
CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAACGAGTTACTAAA
Found at i:4370 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 4346--4375 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
4336 CTAATGTATT
4346 TTTTGAGGTTTCGGC
1 TTTTGAGGTTTCGGC
*
4361 TTTTGTGGTTTCGGC
1 TTTTGAGGTTTCGGC
4376 ACAAGTGTTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.13, G:0.33, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TTTTGAGGTTTCGGC
Found at i:15289 original size:53 final size:52
Alignment explanation
Indices: 15189--15290 Score: 118
Period size: 53 Copynumber: 1.9 Consensus size: 52
15179 TTCCTTTTTA
* * *
15189 AACTTACCATTGCCATGTCTTGACATGGTCTTACGTGGTATCCTTGCCTCATG
1 AACTCACCATTGCCATGCCTTGACATGGTCTTACGTGATAT-CTTGCCTCATG
*
15242 AACTCACCATTTCCATGCCTTAGA-ATGGTCTTACATGTGATAT-TTGCCT
1 AACTCACCATTGCCATGCCTT-GACATGGTCTTAC--GTGATATCTTGCCT
15291 TATCGTAGTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 6
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
53 34 0.81
54 2 0.05
55 6 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (52 bp):
AACTCACCATTGCCATGCCTTGACATGGTCTTACGTGATATCTTGCCTCATG
Found at i:19512 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 19458--20000 Score: 939
Period size: 47 Copynumber: 11.5 Consensus size: 47
19448 TATTTGAATA
19458 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
19505 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19552 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * *
19601 AATTTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19648 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
19697 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19744 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19791 AATGTGAAA--GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
19836 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-AGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19882 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
19929 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
19976 AATGTGAAAGTGTATATATGGGATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
20001 GGTCCCGAAG
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 17, Indels: 14
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 45 0.10
46 45 0.10
47 293 0.62
49 89 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:19584 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 19458--20000 Score: 939
Period size: 96 Copynumber: 5.8 Consensus size: 94
19448 TATTTGAATA
19458 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
19523 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
19552 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATTTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
* *
19617 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19648 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
19713 TATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
19744 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
19807 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
19836 AATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-AGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
19900 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
19929 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
19994 TGGGATA
66 TGTGATA
20001 GGTCCCGAAG
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 11, Indels: 10
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
91 30 0.07
92 59 0.14
93 60 0.14
94 99 0.23
96 185 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:19625 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 19458--20000 Score: 948
Period size: 143 Copynumber: 3.8 Consensus size: 141
19448 TATTTGAATA
19458 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
19523 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAAT
*
19588 GGCCGATGTGATG
129 AGCCGATGTGATG
* * *
19601 AATTTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* *
19666 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
19731 AGCCGATGTGATG
129 AGCCGATGTGATG
19744 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
19807 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-AGGCCTAATAG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAG
19871 CCGATGTGATG
131 CCGATGTGATG
19882 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
19947 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGGGATA
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATA
20001 GGTCCCGAAG
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 12, Indels: 12
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
138 78 0.20
139 59 0.15
140 57 0.15
141 1 0.00
143 143 0.37
145 45 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (141 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAG
CCGATGTGATG
Found at i:21644 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 21570--21644 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
21560 TGCTAGTGAT
21570 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
* * *
21593 GCATTCGTGCT-AG--T-G-A-T
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
*
21610 GTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGA
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
*
21633 GTATTCGTGCTA
1 GTATTCGGGCTA
21645 GTGATGTATC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 9, Indels: 12
0.64 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.22
18 3 0.08
19 1 0.03
20 2 0.05
21 1 0.03
22 3 0.08
23 19 0.51
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
Found at i:21767 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 21404--21755 Score: 569
Period size: 40 Copynumber: 8.8 Consensus size: 40
21394 GAGAATTGAG
21404 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
21444 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
21484 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
21524 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
21564 AGTGATGTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
21604 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGTATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
21644 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * **
21684 AGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * * *
21724 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
21756 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 22, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 290 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:25931 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 25764--26312 Score: 910
Period size: 96 Copynumber: 5.9 Consensus size: 94
25754 ATATTGAATA
25764 AATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA-GAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
25827 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
25856 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
25921 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
25952 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
* * *
26017 TATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
26048 AATGTGAAAGT-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
26112 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
26141 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
26206 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * * * * * *
26235 AATGTGAAAGTG--TATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
26298 TGTGATAAGTCCGAA
66 TGTGATAAGGCCGAA
26313 GGGCATTTGT
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 14, Indels: 10
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
92 64 0.15
93 97 0.22
94 92 0.21
95 33 0.08
96 152 0.35
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:25940 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 25764--26306 Score: 889
Period size: 47 Copynumber: 11.6 Consensus size: 47
25754 ATATTGAATA
25764 AATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA-G
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
25809 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
25856 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
25905 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
25952 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
26001 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
26048 AATGTGAAAGT-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
26094 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
26141 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
26188 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * *
26235 AATGTGAAAGTG--TATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
26280 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
26307 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 18, Indels: 16
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 47 0.10
46 81 0.17
47 253 0.54
49 90 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Done.