Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_D08
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Warning! 223646 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 128 of 211
Found at i:40547624 original size:20 final size:20
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40547589 GTGTAAACAA
*
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* *
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GGGCACGTATGTACAATCAG
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40547906 AGATTTATGC
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ATAATT
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40548762 TTCTTATCGA
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AAAATAATAAAATTAT
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40555295 TAAACCTTAA
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1 TATATAATTATATTATTTCTACTT
*
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TATATAATTATATTATTTCTACTT
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40562450 ACGTTGTTCC
*
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1 TTTAAGTACAAATTTAGTAAG
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TTTAAGTACAAATTTAGTAAG
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40567837 AGCTAGCATT
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1 TGTCAACACTAAA
40567860 TGTCAACACTAAA
1 TGTCAACACTAAA
40567873 CTGCAAAGCA
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TGTCAACACTAAA
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40585050 TATGATTGAT
40585060 TAAACAGACGATAAAAGAAACTCCCCTATTGGAAAGCTTGACTGGTGGTGATTGTATGTCACTAC
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40585150 TAAACAGACGATAAAAGAAACTCCCCTATTGGAAAGCTTGACTGGTGGTGATTGTATGTCACTAC
1 TAAACAGACGATAAAAGAAACTCCCCTATTGGAAAGCTTGACTGGTGGTGATTGTATGTCACTAC
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66 CTGCAGGTTGATTTCTTGGTTGCAC
40585240 T
1 T
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TAAACAGACGATAAAAGAAACTCCCCTATTGGAAAGCTTGACTGGTGGTGATTGTATGTCACTAC
CTGCAGGTTGATTTCTTGGTTGCAC
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40595036 CAACATGCAA
* *
40595046 TAACAGTCTGGGCCTTAGCCCAATAGAG
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40595074 TAACAGTACAGTGTGGGCCTTAGCCCAATACAG
1 T---A--ACAGTGTGGGCCTTAGCCCAATACAG
*
40595107 TAACAGTGTGGGCCTTAGCCCAATACAA
1 TAACAGTGTGGGCCTTAGCCCAATACAG
*
40595135 AAACAGTGT
1 TAACAGTGT
40595144 AATGCAATAA
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TAACAGTGTGGGCCTTAGCCCAATACAG
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40595234 AACACACCAA
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1 TATCGCAGCAAAGCT-CTAGTAATAG
* * * * *
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*
40595296 TATCGCAGCAAAGCTACTAGTAACAG
1 TATCGCAGCAAAGCT-CTAGTAATAG
40595322 TAT
1 TAT
40595325 ATGTGGCAAA
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40595530 GTCATTTTATCTCCTA-GGGGTATAACA
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1 GTCATTTTACCCTAT-GGGGTATTTCG
* * * *
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*
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*
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* *
40595664 ATCATTTTACCTTATTGGGGTATTTCG
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* *
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* *
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1 GTCATTTTACCCTATGGGGTATTTCG
*
40595744 GTCATTTTACCCTATGGGGGTATTCCG
1 GTCATTTTACCCTAT-GGGGTATTTCG
* * * *
40595771 ATCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCA
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*
40595798 GTCATTTTACCCTGTAT-GGGTAATTCG
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* * * * *
40595825 ATTATTTTACCTTATAGGGGCAATTCG
1 GTCATTTTACCCTAT-GGGGTATTTCG
* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
40595933 ATCATTTTACCTTGTGGGGGTAATTCG
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* * *
40595960 ATTATTTTACCTTATGGGGCTATTTCG
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*
40595987 GTCATTTTACCCTGTGGGGGTATTTCG
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* *
40596014 GTCATTCTATCCTAT
1 GTCATTTTACCCTAT
40596029 TTTGGGGTCT
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0.84 0.11 0.05
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25 7 0.02
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* * * *
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* * * * * * *
40595665 TCATTTTACCTTATTGGGGTATTTCGGTCATTTTACCTTGT-GGAGGTATTTCGG
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* * * *
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* *
40595772 TCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCAGTCATTTTACCCTGTATGGGTAATTCGA
1 TCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGGTCATTTTACCCTGTAGGGGTAATTCGA
* * * * * * * *
40595826 TTATTTTACCTTATAGGGGCAATTCGATCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCAA
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* *
40595880 TCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGATCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGA
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* * * * *
40595934 TCATTTTACCTTGTGGGGGTAATTCGATTATTTTA-CCT-TATGGGGCTATTTCGG
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*
40595988 TCATTTTACCCTGTGGGGGTATTTCGGTCATT
1 TCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGGTCATT
40596020 CTATCCTATT
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0.83 0.12 0.05
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40595548 GGTATAACAG
* * * * * * * *
40595558 TCATATTACCCTATAGGGGTATTTCGGTTATTTTATCTTATAGGGGTATTTCAATCATTTTACCC
1 TCATTTTACCCTAT-GGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATTCGATCATTTTACCC
* * * *
40595623 TATGAGGGTATTTCGG
65 TGTGGGGGTAATTCGA
* * * * * *
40595639 TCATTTTACCTTATGGGGTATTTCGATCATTTTACCTTATTGGGGTATTTCGGTCATTTTACCTT
1 TCATTTTACCCTATGGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATTCGATCATTTTACCCT
* * *
40595704 GTGGAGGTATTTCGG
66 GTGGGGGTAATTCGA
* * *
40595719 TCATTTTACCCTGTGAGGTATTTCGGTCATTTTACCCTATGGGGGT-ATTCCGATCATTTTACCC
1 TCATTTTACCCTATGGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATT-CGATCATTTTACCC
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65 TGTGGGGGTAATTCGA
* * * * *
40595798 GTCATTTTACCCTGTAT-GGGTAATTCGATTATTTTACCTTATAGGGGCAATTCGATCATTTTAC
1 -TCATTTTACCC--TATGGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATTCGATCATTTTAC
*
40595862 CCTGTGGGGGTAATTCAA
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* * * *
40595880 TCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGATCATTTTACCCTGTGGGGGTAATTCGATCATTTTACCT
1 TCATTTTACCCTAT-GGGGTATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATTCGATCATTTTACCC
40595945 TGTGGGGGTAATTCGA
65 TGTGGGGGTAATTCGA
* * * * * *
40595961 TTATTTTACCTTATGGGGCTATTTCGGTCATTTTACCCTGTGGGGGTATTTCGGTCATT
1 TCATTTTACCCTATGGGG-TATTTCGATCATTTTACCCTATGGGGGTAATTCGATCATT
40596020 CTATCCTATT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 47, Indels: 18
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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GTGGGGGTAATTCGA
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* * * *
40603222 ATATAAAATTATAAAAGGATGTATATATTTGTATATATATATGC
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* *
40603266 ATATAAAAATTATAAAATAATATATATGTATGTATACATATAT
1 ATAT-AAAATTATAAAAGAATATATATATATGTATACATATAT
40603309 TTGTGAAAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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40603480 AAAATGAATA
*
40603490 AAT AAT AAT AGT AAT AAT AAT AAT CAAT AAT AAT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT -AAT AAT AAT AAT A
40603528 CAAGATTAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
3 29 0.91
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Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:40603894 original size:41 final size:41
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Indices: 40603798--40604180 Score: 368
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40603788 GTGCTTTCAA
** *
40603798 AAAAGCGCCGCTAATGCTCAAGG-CTTTAGCGGCATTTTT-G
1 AAAAGCGCCGCTAATGCT-TGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
* * * * * * *
40603838 AACAAACACCACTAATGCTTGGGACTTTAACAGTGTTTTTGG
1 AA-AAGCGCCGCTAATGCTTGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
** * * * *
40603880 GGAAGCGCCGCTAATGCTGGGGGCTTTAGCGGCATTTTTTG
1 AAAAGCGCCGCTAATGCTTGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
* * *
40603921 AAACGTGTCGCTAATGCTGTGGG-CTTTAGCGGCGTGTTTT-G
1 AAAAGCGCCGCTAATGCT-TGGGCCTTTAGCGGCGT-TTTTGG
* *
40603962 AAAAGCGCCGCTAATGATGTGGG-CTTTAGCGGCATTTTTGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGCT-TGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
*
40604003 TAAAGCGCCGCTAATG-TTGTGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGCTTG-GGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
*
40604044 AGAAGCGCCGCTAATG-TTGTGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGCTTG-GGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
* * *
40604085 AGAAGCGCCGCTAATGCTTTGGCCTTTAGCGTCGTTTTTGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGCTTGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
* * * *
40604126 AAAAGCGCCGCTAATGCTGGGGTCTTTAGTGGCGCTTTTT-T
1 AAAAGCGCCGCTAATGCTTGGGCCTTTAGCGGCG-TTTTTGG
40604167 AAAAGCGCCGCTAA
1 AAAAGCGCCGCTAA
40604181 AAACATTTTA
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 46, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.01
40 11 0.04
41 259 0.90
42 15 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.20, G:0.30, T:0.31
Consensus pattern (41 bp):
AAAAGCGCCGCTAATGCTTGGGCCTTTAGCGGCGTTTTTGG
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40604576 AAGAGTAAGG
* *
40604586 GATTTAGGGTTTAGGGATTCAGGGGTCAAGTTAGGGTTTTGGGTTTAGATTAATTAGTTTTTTAA
1 GATTTAGGGTTTAGGGATTCAAGGGTCAAGTTAGGGTTTTAGGTTTAGATTAATTAGTTTTTTAA
*
40604651 TTTATATTTTAAATA-TGTTATTATATAATTGTAAAAGAGATAAG-AATAAATTTGTTTAGGGTT
66 TTTATATTTTAAATAGT-TTATTATATAATTATAAAAGAGAT-AGTAATAAATTTGTTTAGGGTT
**
40604714 TTTAGTTTAGGGTATATGATAAATTTAAGATTTAAGACCGGTTTAGGAGTTACTATTTTAAAGTT
129 TTTAGTTTAGGGTATATGATAAATTTAAGATTTAAGACCAATTTAGGAGTTACTATTTTAAAGTT
* * * *
40604779 TATGG-G-G-TATGGATT-TAAG-GATTATGGTTTAAGGGTTGGGATTTAAATGTTT-GGGGTTT
194 TATGGAGTGATAAGGATTATAAGAGATTATGGTTTAAGGGTTGGGATTT-AAGGTTTAAGGGTTA
*
40604838 GGGGTTTGACGTTAGGGGTTAAGAATAT
258 GGGGTTAGACGTTAGGGGTTAAGAATAT
* * ** *
40604866 GATTTAAGTTTTAGGGATTCAAGGGTTGAGTTAGGGTTTTAGGTTTAGATTAGTTAGTTTTTTAA
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*
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66 TTTATATTTTAAATAGTTTATTATATAATTATAAAAGAGATAGTAATAAATTTGTTTAGGGTTTT
* * * * *
40604996 TGGTTTAGGGTATATGATTAATTTAATATTTAAGGCCAATTTAGGAGTTACTATTTTAAGGTTTA
131 TAGTTTAGGGTATATGATAAATTTAAGATTTAAGACCAATTTAGGAGTTACTATTTTAAAGTTTA
*
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* * *
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GTTAGACGTTAGGGGTTAAGAATAT
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*
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CATAACTTACATAATAACTTACATAATA
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*
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*
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AACTTACAT
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*
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*
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*
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*
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* * **
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* *
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*** * * * * * **
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * **
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* *
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*
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* *
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*
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*
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1 CTT
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1 ATAAAATATTAAT
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1 AT
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*
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*
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1 A
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1 CTCGTTTTTACGCC
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1 AGTCAAATATTTCTA
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1 A
40708822 CTTTTTCTTA
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40713803 CAAAAGAAAC
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1 TTAATTTTTGTTGCATGTTTATA
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1 T
40713860 AAAGATGGCT
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*
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* *
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1 ACCATCCCTTTTCATA-TTGATGGTCGTC
* * * * *
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1 ACCATCCCTTTTCAT-ATTGATGGTCGTC
* * * * *
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* * *
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1 A-CCATCCCTTTTCATATT-GATGGTCGTC
* *
40719654 ACCATCCCCTTCCATAGTTGATGGTCGTC
1 ACCATCCCTTTTCATA-TTGATGGTCGTC
*
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* * * * ** * * * *
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*
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* * *
40719595 AGCTATCTCTTTTCATATTTGATAGCCGAAGCTATCCCTTTTCAGATTCAATGGTCGTCACCATC
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* * * *
40719660 CCCTTCCATAGTTGATGGTCGTC
65 CCCTTCCATAATTGATAGCCGTA
* * *
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40719724 TATTATCTGA
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ACCATCCCTTTTCATATTTGATAGCCGAAGCTATCCCTTTTCAGATTCAATGGTCATCACCATCC
CCTTCCATAATTGATAGCCGTA
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*
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*
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1 TTTGCATTA
40729206 GATCTTTACA
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*
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*
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1 AA
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1 AAAAAAAACAA
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40730430 AGTTCAGACT
*
40730440 AAAAAAAACAAAAAAAAAAC
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*
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1 AAAAA
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40732603 GCGAAGTAGG
*
40732613 CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGTAGCTGGT
1 CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGAAGCTGGT
* * * * *
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1 CGAAGACACAA-ACCTTGCCTCTCTCGGT-TGTG--A-TGAAGCTGGT
*
40732700 CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGT
1 CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGAAGCTGGT
*
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Statistics
Matches: 73, Mismatches: 13, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGAAGCTGGT
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Indices: 40732579--40732780 Score: 325
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40732569 ATGAAGTTGC
* *
40732579 AGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGTAGGCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGT
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*
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1 AGATCTTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGG-CGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTG
*
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65 TGATGGAGCTGGTGGAAGACAAA
* *
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AGATCTTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGT
GATGGAGCTGGTGGAAGACAAA
Found at i:40732812 original size:46 final size:46
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40732743 TGAAGACAAA
*
40732753 AGATCTTGTCTTCCTGTAATTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
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* * **
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * * * * *
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* *
40732890 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCAGAGAGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * *
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* *
40732982 AGATCTTGTCCTCCTGTATTTGGCAGCGGAAGGGGATCAAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGG-AGGGGATCGAAGATAGC
* * * *
40733029 AGATCTTATCTTCCTGTATTTGGCAGCGAAGGAGATCGAAGGTAGC
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* * ** *
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAA-GATAGC
* * *
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* *
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* * * ***
40733213 AGATCTTGTTTTCCTGTAATTGACAGCGGATAAGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* ** *
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAA-GATAGC
* *
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* *** *
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1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* *
40733397 A-ATCTTGTCTTCCTGTAATTGGCAGCAGA-GGGATCGAAGATAGC
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* * *
40733441 AGATCTTGTCTTCTTGTATTTGGCAGCGGTGGGGATCGAGGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * * *
40733487 AGATCTTATCTTCCTGTATTTGGCAGCGAAGGAGATCGAAGATAGT
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * * *
40733533 AGATCTTATCTTCATGTATTTGGCAGCGGAGGAGATCGAGGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * *
40733579 AGATCTTATCTTCCAGTAATTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * *
40733625 AGATCTTATCTTCCTGTATTTGGCAGCGAAGAGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
*
40733671 AGATCTTGTCTTCCTGTAATTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
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* *
40733717 AGATCTTGTCTTCCTGTAATTGGCAGCGAAGGGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* * *
40733763 AGATCTTGTCTTCCTATATTTGGCAGCAGAAGGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
40733809 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
*
40733855 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCAGAGGGGATCGAAGATAGC
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* * *
40733901 AAATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAAGGGATCGAAGATAGT
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* *
40733947 AGATCTT-TTTTCCTATATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
1 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
* *
40733992 AGATCTTGTCTTCCTGTAATTGGTAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
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* *
40734038 AGATCTTGCCTTCCTATATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
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* *
40734084 AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGAGATCGAAGGTAGC
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*
40734130 AGGTCTT
1 AGATCTT
40734137 ATCCCCCTGA
Statistics
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AGATCTTGTCTTCCTGTATTTGGCAGCGGAGGGGATCGAAGATAGC
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Alignment explanation
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40734293 TGGATCGCAT
* *
40734303 CAGGTCTTATCTCACTGAAGTTGCAGCGGAGCAGACTGAGTAAG
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* * * *
40734347 CAGGTCTTATCCCCCTGAAGTTGCAGCGGGGCAGATCGAAG-ATGG
1 CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGAT-G-AGTA-AG
** * * *
40734392 CAAATATTATCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAGCAGAT-TG-AAG
1 CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATGAGTAAG
** * * * * *
40734433 CCGATAATCCTATCTCCCTGAAGTTGGAGAGGAGCGGATTAAAGTAA-
1 -C-A-GGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGA-T-GAGTAAG
* * * * * ** * *
40734480 TAGATCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTAGAGTGGAT-CGT-AT
1 CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATGAGTAAG
*
40734521 CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGACTGAGTAAG
1 CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGA-TGAGTAAG
* *
40734565 CAGGTCTTATC-CCTCTAAAGTTGCAGTGGGGCAGATCGAAG-ATAG
1 CAGGTCTTATCTCC-CTGAAGTTGCAGTGGAGCAGAT-G-AGTA-AG
* *
40734610 CAAGTCTTATCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAGCAGA
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40734645 CAGAAGAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAGGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATGAGTAAG
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Alignment explanation
Indices: 40734127--40734644 Score: 840
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40734117 GATCGAAGGT
*
40734127 AGCAGGTCTTATCCCCCTGAAGTTGTAGTGGGGCAGATCGAAGATGGCAAATCTTATCTCCCTAA
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* * * * * *
40734192 AGTGGCAGCGGAGCAGATTGAAGTCGATAATCCTATCTTCTTGAAGTTGCAGATGAGCGAATTAA
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*
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*
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* *
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* *
40734410 AGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGCCGATAATCCTATCTCCCTGAAGTTGGAGAGGAGCGGATTAA
66 AGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGCCGATAATCCTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCGAATTAA
* * *
40734475 AGTAATAGATCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTAGAGTGGATCGTATCAGGTCTTATCTCCCTGAA
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* * * *
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40734645 CAGAAGAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTTGCAGAGGAGCAGACTGAGTA
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40734433 CCGATAATCC
* * * * * *
40734443 TATCTCCCTGAAGTTGGAGAGGAGCGGATTAAAGTAATAGATCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTA
1 TATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGACTAAAGTAACAGATCTTATCCCTCTAAAGTTACAGTA
** * *
40734508 GAGTGGATC-G-TATCAGGTCT
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* * *
40734528 TATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGACT-GAGTAAGCAGGTCTTATCCCTCTAAAGTTGCAGT
1 TATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGACTAAAGTAA-CAGATCTTATCCCTCTAAAGTTACAGT
* *
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* *
40734617 TATCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAGCAGAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGACTAAAGTAACAGATCTTATCCCTCTAAAGTTACAGTA
GAGCAGATCAGATAGCAAGTCT
Found at i:40734733 original size:96 final size:97
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Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
40734602 GAAGATAGCA
* *
40734612 AGTCTTATCTCCCTAAAGTTGCAGTGGAGCAGACAGAAGAAGCCAATCC-TCTCCCTGAAGTTGC
1 AGTCTTATCTCCCTAAAGTTACAGTGGAGCAGACAGAAGAAACCAATCCATCTCCCTGAAGTTGC
* *
40734676 AATGGAGTGGATTAAAATCACAGATCGCATTC
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* * * *
40734708 AGTCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTGGAGCAGATAGAAGAAACCAATCCTATCTCTCTGAAGTTG
1 AGTCTTATCTCCCTAAAGTTACAGTGGAGCAGACAGAAGAAACCAATCC-ATCTCCCTGAAGTTG
*
40734773 CAGTAGAGTGAATTAAAATCACAGATC
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40734800 TTATCTCTCT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 2
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AATAGAGTGAATTAAAATCACAGATCGCATTC
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Period size: 44 Copynumber: 6.7 Consensus size: 45
40734700 TCGCATTCAG
* * * *
40734710 TCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTGGAGCAGATAGAAGAAAC-CA-A
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* *
40734754 TCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAG-TGA-ATTAAAATCACAGA
1 TCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGATA-TAAAATCACAGA
* * *
40734798 TCTTATCTCTCTGAAATTGCAGTAAAGCGGAT-TAAAATCACAGA
1 TCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGATATAAAATCACAGA
***
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1 TCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGATATAAAATCACAGA
* * * * *
40734883 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACAGAAGAAAC-CA-A
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* *
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40735003 CGCATCAAGT
Statistics
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TCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGATATAAAATCACAGA
Found at i:40735071 original size:129 final size:128
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Indices: 40734801--40735039 Score: 392
Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 128
40734791 TCACAGATCT
*
40734801 TATCTCTCTGAAATTGCAGTAAAGCGGATTAAAATCACAGATCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTA
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* * *
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*
40734930 TATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGCGGATTAAAATCACAGATCTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTA
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* *
40734995 GAGCAGATCGCATCAAGTCTTATTTCCCTGAAGTTGC-TGCA-AAGA
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40735040 AGATGGAAGC
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 7, Indels: 3
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Found at i:40736555 original size:3 final size:3
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Indices: 40736547--40736614 Score: 64
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40736537 GTGCTATTTT
** * *
40736547 TTA TTA TTA TATA TTA TTA TTA AAA CTA TTA TAA TTA TTA TTA TTTA
1 TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA
* *
40736594 GTA TTA TTA TTA ATA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
40736615 AATACCTTTT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 11, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTA
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Indices: 40740380--40740424 Score: 56
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*
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* *
40740399 TTTTATTTTTATTGTTAG-
1 TTTTATTTTTAATCTTAGC
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40740425 ATTTTAATAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTATTTTTAATCTTAGC
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Indices: 40742789--40742866 Score: 104
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40742779 TCATGAGATT
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1 GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAA--GTACA
*
40742819 -GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAAGTACA
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1 -GGCACTAAGTGTGCG-GGTT
40742867 GATTATTAAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 6
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.12
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Consensus pattern (28 bp):
GGCACTAAGTGTGCGGGTTTAAAGTACA
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Alignment explanation
Indices: 40742819--40743143 Score: 593
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
40742809 AAATTGTACA
40742819 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTATTAAGCACTATG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTATTAAGCACTATG
* *
40742884 TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATTAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCGA
66 TGTGCGAACCCAATATATATTTTCTATAAATTATTTACATGAAGGGTGCGACTTTACCGAGTCAA
40742949 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGTGTGCGAACTTGAAATGCATG
131 TTTTGGACAGCGGAAAAGGTAAGTGTGCGAACTTGAAATGCATG
* *
40742993 GCACTAAGTGTGTGAGTTTAAAGTGCATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTA-TAAGCA-TATG
1 GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACATGGCACTAAGTGTGCGCGGTTGATTATTAAGCACTATG
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40743144 ACCTTGAGTT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 4, Indels: 3
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
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*
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* *
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CGTGTTTACTATCTCGACAAACTTACAT
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*
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* *
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* * *
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1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGACG
** * * * *
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** * * * * *
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1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCG-AGACG
* ** * *
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1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA
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TG
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AATTTTTCTCAGTCTACTTC
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*
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*
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40781037 CAGATCAGTG
*
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*
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* *
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*
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* * *
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* * * *
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*
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*
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* * ** * *
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* * * ** *
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* * *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
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1 AT
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* * *
40788958 ACCTGA ACCTGA ACCTGA ACCTGA ACCTAA ACCTAA ACCTAA ACC
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*
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1 AAT
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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**
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* * *
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* **
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*
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*
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* * * **
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*
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* *
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* * * *
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* *
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*
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* ** * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * * *
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*
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* ** * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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** * *
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*
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*
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* * *
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*
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* * *
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* **
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* * *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* **
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*
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*
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* *
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* *
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* ** * *
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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1 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
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*
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* * * *
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1 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
* * *
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*
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260 TTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGTTTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCTAAATCTGTTTTGG
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325 TTACAATTTTAATACACGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGTTTGGAATT
*
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*
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*
40814626 GTTACAATTTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGTTTGGAAT
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* *
40814750 AAATTTCTCATCTTGGTTTAGGTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
1 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
*
40814815 GATTGTAATTATGTTATATGAACAGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTT
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*
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* * *
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391 GTAAGGTAAATTACTACTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGG
*
40815190 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGGTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
1 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
*
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66 GATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTA-TTTTGGACACATAAAGT
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389 TCGTAAGGTAAATTACTACTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGG
40815636 AAATTTCTTATCTT-GTTTAG-TTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA-TTTCAATTA
1 AAATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
*
40815698 GATTGTAATTAT-AT-TATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTT
66 GATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTT
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*
40815825 ATTTTC-TTAA-CAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAAGAAAGGT
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * *
40822626 AACATAAATACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTATTAAACTAAA-
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
* * * * **** * * ** *** * * *
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131 CAAGATAAGAAAT-TTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAA-ATTCAGTAGTAAT
* **** * ** * ** ** * * * * *
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194 TTACCTTACGAATTC-CAAACATT-A-GTTTAATTATCACTTAAAACCA-GAT---TAA-CA---
** * * ** * *** ****
40822806 GCAAAG-GTAATTTTACTATAATGGCAAAAGAATGAAGAGTACAAAAGATGGAGATAAAAATTAA
248 GC-TCGTGT-A--TTA--A-AATTG-TAACCAA--AACAG-A-TTTAGA---AG-T-TTTGTT-A
*** * ** * *
40822870 ACCCCGAAAACCCGAAAAACAAAGAACCCT-CAAACGTAAACA-CAAAATTCTCTGAATGTGTTA
295 A--CCGAAGTTCC---AAACCAA-AA-TTTGC-AACGTAAA-ATCAAAA--C-CT---T-TCTTC
* ** ** ** * ** * * * *
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344 TTAGTT-TGAA---AAT-CATAAACAGTTACTT-T-AGAACG--AA-CA--TTACTTA-AAG--A
* * ** * *** *** * * ** * *
40822996 AATTAGTAAGTCAAATAAACTATACTAATAAATGC-TAAATATATTATACTAATAAATACTA
394 AAATAGCATTTC-AGTTTGCT-TA--AACCCATGCATGAA-ATA--ATAGTTTTTAATTC-A
* * ** * * ** * * *** * * *
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1 AAAC-T-AAGAACCCAAAACT-T-TATGTGTCCAAAATAAT-AATAAAAAACCCATAC-CTCAG-
**** * * * * * * *
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59 -TTCATATAACATAA-T-T-ACAATCT--A-ATTGA-A--AATACTTTCTAT--AAACTTATG--
***** * * * * * ** *** * * * *
40823179 AAAACCCGCCACGGGCCT-ATCTTGAACTATG-TAAGGAATTAACTGAGTCGAATCTATGCTTAG
110 AAAA---G---CTTTATTAAAC-TAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTC-AAACCA-CCTTTG
** ** * * * * * * * * * * * *
40823242 -AAGC--TGGA-AGACTTCTAGCCTTCG-ACTTGTGCCCTGCCAAATCAAAAC-TAACCCGGGTC
166 CTCGCTTTTAACAAAATTC-AG---TAGTAATT-TACCTTACGAATTCCAAACATTA-----GTT
* * * * *** * * * * * *
40823301 TGATTTTCAC-GAATA-CAG-TGCCCTAACT--T-T-TCAAAACCTGCATCCAAAAGAGAACCTC
221 TAATTATCACTTAAAACCAGATTAAC-AGCTCGTGTATTAAAA-TTGTAACCAAAACAG-A--T-
** **** * *** ** * ** * *
40823359 TCTTCAACGAAACGGTCATACC-TTTTTCC-CTCCTATGACCAAGTTGCCTCCGCTTCAAATGAG
280 T-TAGAA-G-TTTTGTTA-ACCGAAGTTCCAAACC-A--A--AATTTG-CAACG--TAAAATCA-
** * * *** * * * * * * *
40823422 TTGA-CTTTAATTCCGTAACGGACGAGGGACATCCGATTTCACCGGTCACTGT-G---GAACCTT
332 -AAACCTTT-CTT-C-TTA-GTTTGA---AAAT-C-A--TAAACAGTTACTTTAGAACGAACATT
** * * ** * * * * ** ** * *
40823482 -CCAAAATATAAAGACTGCCGGTTC-TTTTACCTTTTAA-CAAAACGA-GAGCTCCATGAGATAC
385 ACTTAAAGA-AAATA--G-CATTTCAGTTT-GC-TTAAACCCATGC-ATGAAAT-AAT-AG-T-T
40823543 TTTAATGTC-
439 TTTAAT-TCA
* * * * ** * * ** * * * * ** *
40823552 --GCT-CG-ACTC-GATGTTGATTCTGCATCC--TTTCAAGT-CTAAAATACTCAAGGAGATGAG
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTA-TGTG--TCCAAAAT-AA-TAATAAAAAAC-CCA-TACCTCAG
* * ** * * * * * *** * **
40823609 ATTCTTTCGTAA-ATTAGGTACATACCTGACATCTGAGAGT--GTCCTAATCGTCCTATCGTGTA
59 -TTC-AT-ATAACA-TAATTACA-ATCT-A-AT-TGAAAATACTTTCT-ATAAACTTAT-G-AAA
** * * * * * * *
40823671 TCCTAATATTAACAGTACCAATACCGATTATTTTACTAGATGAATCGTTTCCCATGTGCACAACT
113 AGCT-TTATT-A-A--ACTAA-ACC-A--A---GA-TA-A-GAA--ATTT-CCTTTTTCA-AA--
** * * * ** * ***** * *
40823736 CCACCTTCAACT-GAACTGTATGTGGAGAACCATTCTCTATTGGGACACATGT-GGAA----AGA
157 CCACCTT-TGCTCG--CT-T-T-T-AACAA-AATTCAGTAGTAATTTACCT-TACGAATTCCA-A
* * ** * * * * ****
40823795 ACATCCTGAATCT-AGGATCCAC-TCAGA-C-G--T-A-AGCTTGGAGTTATCTCTCGTTG-ACA
212 ACAT--T-AGTTTAATTAT-CACTTAAAACCAGATTAACAGC-TCGTG-TAT-TAAAATTGTA-A
* * * * ** ** ** ** * * * * * * *** *
40823851 CTAACAAGAAATCATCACCACCTTCATCGACC-AAATTAGCACCAGCTACATCTT-CTTTGTTAC
269 CCAA-AACAGAT--TTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTT-CCA-AACCAAAAT-TTGCAACG-TAA
** ** * * ** * * * * * *
40823914 TCTCAGCAGC--TCTT-TTA-TTTCGTAGTTTAT-AACAATCTGCTTT-G-ACGTGACCTAACTT
327 AATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTT-GAAAATCATAAACAGT-TACTTTAGAACG-AACATTACTT
*** * * ** ** * ** *
40823972 TTTG-CAATAGCGACACCTTTTGTCTCGTTT-CTTTGATGC-TACCA--AAACGGA-AGCTTGTC
389 AAAGAAAATA--G-CA----TT-TC-AGTTTGCTTAAACCCAT-GCATGAAA-TAATAG-TT-TT
*
40824031 T-ATCTGCT
441 TAAT-T-CA
*** ** ** * * * * ** * *
40824039 TTGCTATTCAAATCAAACTCATTGTCGAGTTTGTCTC----TACTCAACAAATGACCCTTCACAT
1 AAACTA-AGAACCCAAA-AC-TT-T--A-TGTGTC-CAAAATAAT-AATAAAAAACCCAT-ACCT
* * * * ** * * *** **
40824100 C--TTC---GAACGAGAGTTTGTCTCTGCCATAAATCAGGGT-CTCCCTGA-AAGACTTGTATGA
56 CAGTTCATATAAC-ATA-ATT-ACAAT--C-TAATTGAAAATACTTTCT-ATAA-AC-T-TATGA
* ** ** * * * **
40824158 AGAG-GGTA--AAGAGC-ACAATAATAGCAT-AG--CTTTATCTTCATCGTCAATATGAACC--T
111 AAAGCTTTATTAA-A-CTA-AACCA-AG-ATAAGAAATTT-CCTT--T-TTCAA-A-CCACCTTT
* * * * * * * ** *
40824214 -CAACGTTCTTTAA-ATCATTTACAAG-AGTAA-TGA-ATTGACTGATGTGATCTTTAAGA--AG
165 GC-TCGCT-TTTAACA-AAATT-C-AGTAGTAATTTACCTT-AC-GA-AT--TC-CAAACATTAG
* * * * ** * * * * ** ** *
40824272 CTCACCTTCGTTCA-TGCGAAA-C-G-TAAATAGACGTTGTTTCAACACTAAACGGTTAGCCAGA
219 TTTA-ATT--ATCACT-TAAAACCAGATTAACAG-C-TCGTGT-ATTA--AAATTG-TAACCA-A
* ** * * * ** * * ** ** **
40824333 GACTTAG-TCGCACAAAGAGTTT-CTAACC--TTTTCCACAAGGC-GAATGAGGTCTTC-T-CCA
273 AAC--AGAT-TTA-GAAG-TTTTGTTAACCGAAGTTCCA-AA-CCAAAAT-TTG-CAACGTAAAA
* * * * ** ** * * * * * ** * *
40824391 TCAATACCTCCTGCAATACTGTA-TTCGCGAGGCA-CAACTG-GA-TTGCAGACAAGGCCTTTTC
329 TCAAAACCT--TTC--TTCT-TAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTT-TAGA-ACGAACATTAC
* * **** ** * * * * * * * * **
40824452 ATCAAGCTCTTCCCA-TTCTGTTTGATTTAGATTCTCAGGCTTTTTCCCTGTAACAA-CCTTTTT
387 TTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTG-CTTA-A-AC-C---C---ATGCATGAAATAATAGTTTTT
**
40824515 CAAGCCATTTT
442 --A---ATTCA
* * * * *** * * ******
40824526 GAACT-AGAATTGCCATCATCCGAACT-TG-CCACAGATTGA-AATTTGTCTCACCATCGAACTT
1 AAACTAAGAA--CCCA-AAACTTTA-TGTGTCCA-A-AATAATAATAAAAAAC-CCAT---AC--
* * * ** * * * ***** * * *
40824587 CTCAATTTCA-A-ACCTTGTTGCTGCCATCT--CTGACCGGGCTGATCTATGAAAGTTA--AACT
54 CTC-AGTTCATATAACATAAT--TACAATCTAATTGAAAATACT-TTCTAT-AAACTTATGAA-A
* * ** * * * **** * * ** ***
40824646 AGCTCTGA-T--AC--CA-CTTG-TTAG-GATCGTCCCGAAT--AAGCAAC---G--AACAAGTA
113 AGCT-TTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAAT-TTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTA
* * * * **** ** ** * ** ** * * *
40824696 A-AAATAGT-AGAAGAAATTGAGAAGATAAACACACAAA-TTTAACGTGGAAAAACCCCTCAAAA
176 ACAAA-ATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTC-CAAACATT-A-GTTTAATTATCACTTAAAA
* * * * * * * * * * * ** ** **** *
40824758 -GAGGATAAAAAACCACGGGCA-AAGATAATT-TTACTATAATGGCA-AAAGAATGAAGAGTACA
237 CCA-GAT-TAACAGCTCGTGTATTA-A-AATTGTAACCAAAACAG-ATTTAGAA-GTTTTGT-TA
** * ** * **** * * * **
40824819 AAAGATGGAGATAAAAACTAAACCCCGAAAACCTGAAAAACAAAGAACC---C-TCAAACG--T-
295 ACCGA---AGTTCCAAACCAAAATTTG-CAACGT-AAAATC-AA-AACCTTTCTTCTTA-GTTTG
* * * *** * * * *** ** *
40824877 -AAA-CACAAA-A-TT-CTCT-GAATGTGTTATGAGTTCTAATCTAAT-G--GGT--GTCT-CTT
352 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACG-AACATTACTT-AAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTT
** * * * ** * **
40824930 AATTCTAAG-ATTGTAA-AGGAGCCTATTTATAGGCTA
415 AAACCCATGCA-TGAAATAATAG--TTTTTA-ATTC-A
* * ** * * * * *
40824966 AATTAGTAAG-TCAAATAAACTATACTAATAAATG-CTAAATATATTATACTAATAAATA-CTAA
1 AA--ACTAAGAACCCA-AAACT-T--T-AT--GTGTCCAAA-ATA--ATAATAA-AAA-ACCCAT
* ** * * * * ** * * ** * *
40825028 ATCTTCTAG-AAAGAAAATATATTTTGTTTAA-CTTGACTTGCAAGCAATCTCT-TAGAA-TT-T
52 A-CCTC-AGTTCATATAACATA--AT-TACAATC-T-AATTGAAAATACTTTCTATA-AACTTAT
*** *** * *
40825088 GGGTCA-CACAATTCTAACATAAACAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
109 -GAAAAGCTTTATT-AAAC-TAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
* *
40825152 TTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTA-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATAATCACGTAAA
171 TTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAA
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236 ACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAA
*
40825281 GTTCCAAACCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACA
301 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACA
*
40825346 GTTCCTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAA
365 GTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAA
*
40825411 ATAATTGTTTTTAATTCA
430 ATAATAGTTTTTAATTCA
**
40825429 AAACTAAGAACTTAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
* * *
40825494 AACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACATATGAAAAGCTTTATTAACCTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
* * *
40825559 CAATATAAGAAATTTCCTTTGTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
* * *
40825624 ACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAAACTAGATTAACAGCTCATGTATTAA
196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
* * * * *
40825689 ATTTGTAACTAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTACAACGTA
261 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
**
40825754 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTTTTAA
326 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAA
* *
40825819 TGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
391 AGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
40825876 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
*
40825941 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
*
40826006 CAAGATAAGAAATTTCCGTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
*
40826071 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAA
196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
* *
40826136 ATTTGTAACCAAAACAGATTTTGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
261 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
**
40826201 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAA
326 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAA
* *
40826266 CGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
391 AGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
40826323 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAAT-AAAAACCCATACCTCTGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
*
40826387 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
40826452 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
*
40826517 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAA
196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
40826582 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
261 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
40826647 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAA
326 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAA
*
40826712 AGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCA
391 AGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
40826769 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
* *
40826834 AACATAATTGCAATCTCATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACT-AAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
40826898 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
40826963 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
40827028 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
261 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
40827093 AAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
326 AAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
*
40827158 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCA
390 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
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* * *
40827280 AACATAATAACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
*
40827345 AAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
40827410 A-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
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261 AATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTA
40827539 AAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
326 AAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
*
40827604 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCA
390 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
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* *
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66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
* * *
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131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
*
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*
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**
40827987 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTTTTAA
326 AAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAA
* *
40828052 TGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
391 AGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
*
40828109 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
*
40828174 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
40828239 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
131 CAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTT
*
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196 ACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAA
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261 AATTGTAACCAAAACA-GATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGT
*
40828433 AAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGACAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
325 AAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTA
*
40828498 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCA
390 AAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCA
40828556 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
1 AAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATAT
* * *
40828621 AACATAATTGCAATCTAATTGAAAATACGTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAAC
66 AACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAAC
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**
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*
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* * *
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*
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*
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*
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*
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* * *
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*
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*
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* *
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Statistics
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* * *
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
40826775 AGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATA
781 AGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATA
* *
40826840 ATTGCAATCTCATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
846 ATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
*
40826889 TAAACT-AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
40826953 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
40827018 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
40827083 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
*
40827148 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAAT
260 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
*
40827213 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAAT-AAAAACCCATACCTCTGTTCA
325 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
* * *
40827277 TATAACATAATAACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTATTAAACTA
390 TATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTA
*
40827342 AACAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
455 AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
*
40827407 TTTA-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTAT
520 TTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTAT
40827471 TAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
585 TAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
40827536 GTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTAC
650 GTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTAC
*
40827601 TTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCAAAAC
714 TTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAAC
*
40827666 TAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATATAACA
779 TAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACA
*
40827731 TAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
844 TAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
* *
40827782 TAACCTAAACCAATATAAGAAATTTCCTTTGTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
*
40827847 GCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
* *
40827912 CATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
40827977 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
** * *
40828042 CATTTTTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATT
261 CATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATT
*
40828107 CAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCAT
326 CAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCAT
*
40828172 ATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAA
391 ATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAA
40828237 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
456 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
40828302 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATT
521 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATT
40828367 AAAATTGTAACCAAAACACG-TTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
586 AAAATTGTAACCAAAACA-GATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
*
40828431 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGACAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
650 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
*
40828496 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACT
715 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
40828561 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
780 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
* *
40828626 AATTGCAATCTAATTGAAAATACGTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
845 AATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
40828676 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
40828741 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
40828806 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
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196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
40828936 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
260 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
40829001 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAAT-AAAAACCCATACCTCAGTTCA
325 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
*
40829065 TAT---ATAA-TACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACCT
390 TATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAA-CT
* *
40829126 AAA-CAATATAAGAAATTTCCTTTTGTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGT
454 AAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTT-TCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGT
40829190 AATTTACCTTACGAATTCCAAACATTA-TTTGAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATG
518 AATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT-AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATG
* *
40829254 TATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTGC
582 TATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGC
40829319 AACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATT
647 AACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATT
** * *
40829384 TTTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAA
712 ACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAA
*
40829449 ACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATATAA
777 ACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAA
40829514 CATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
842 CATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
40829567 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
40829632 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
*
40829697 CATGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
*
40829762 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGACAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
*
40829827 CATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATT
261 CATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATT
*
40829892 CAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAAT-AAAAACCCATACCTCAGTTCAT
326 CAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCAT
* * *
40829956 ATAACATAATTGCAATCTCATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAC
391 ATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAA
40830021 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
456 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
*
40830086 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATT
521 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATT
40830151 AAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACG
586 AAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACG
40830216 TAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
651 TAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
*
40830281 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCAAAACT
715 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
*
40830346 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATATAACAT
780 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
* *
40830411 AA--ACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTAT
845 AATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
* *
40830459 TAAACTAAACAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
*
40830524 GTAGTAATTTA-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATAATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
40830588 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
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196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
40830718 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
260 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
40830783 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
325 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
*
40830848 TATAACATAA-TACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTATTAAACTA
390 TATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTA
40830912 AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
455 AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
*
40830977 TTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTAT
520 TTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTAT
40831042 T-AAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
585 TAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
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650 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
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715 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
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780 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
40831298 AATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
845 AATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
40831348 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
40831413 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
40831478 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
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196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
**
40831608 ACATTTGTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
260 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
40831673 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
325 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
40831738 TATAACATAA-TACAATCTAATTGAAAATAC-TTCTATAAACTTAT-AAAAGCTTTATTAAACTA
390 TATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTA
* *
40831800 AACAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTACTAA
455 AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
* *
40831865 TTTACCTTACAAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTAT
520 TTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTAT
40831930 T-AAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
585 TAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
40831994 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATT--T
650 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
*
40832057 TTAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
715 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
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780 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTC-AGTTCATATAACA
*
40832186 TAATTACAATCTAATTGAAAATACGTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
844 TAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
**
40832237 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTTGTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
1 TAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCA
40832302 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
66 GTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT
*
40832367 CATGTATT-AAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
131 CGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAAT
40832431 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
196 TTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAA
* *
40832496 CATT-GTT-AAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATT
261 CATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATT
*
40832559 CAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAAT-AAAAACCCATACCTCTGTTCAT
326 CAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCAT
*
40832623 ATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACATATGAAAAGCTTTATTAAACTAA
391 ATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAA
40832688 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
456 ACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAAT
*
40832753 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATT
521 TTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATT
40832818 AAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACG
586 AAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACG
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651 TAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTT
40832946 AAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTA
716 AAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTA
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781 AGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATA
*
40833073 A-TACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTAT
846 ATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
*
40833121 TAAACTAAACCAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTC
1 TAACCTAAACC-AAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTC
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65 AGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGC
40833251 TCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAA
130 TCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAA
40833316 TTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
195 TTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGA
*
40833381 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAG-TTGCTTAAACCCTTGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
260 ACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
40833445 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
325 TCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCA
* * *
40833510 TATAACATAATAACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATAAAAAGCTTTATTAAACTA
390 TATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTA
*
40833575 AACAAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
455 AACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAA
* *
40833640 TTTA-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATAATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTAT
520 TTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTAT
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585 TAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAAC
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650 GTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACT
*
40833834 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCAAAACT
715 TAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
*
40833899 AAGAACCTAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
780 AAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACAT
* * * *
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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845 AATTACAATCTAATTGAAAATACTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTAT
* * *
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*
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*
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261 CATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTT-GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAAT
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*
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*
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* * *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
40835518 ATCAAAACCTTTCTTCTTAGTATT-AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACA-TATTTGTA
58 ATCAAAACCTTTCTTCTTAGT-TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTA-CT-TA
* *
40835581 ATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTCTTAACCCATGCA--AAATAATAGTTTTTAATTCAAAACT
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40835656 TTTTTTAGGA
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TTAGTTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTGTAACC
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* *
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* * * * *
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*
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**
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*
40835983 CTGTTTTGGTTACAATTTTAATACA-GAGCTGTTAATCT-GTTTTAAGTGATAATTAAACTAATG
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*
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40836108 A-GA
444 AGGA
* *
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*
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* *
40836296 GCTA-TTTCTATTAA-AGAT-CT-G-T-TACAAGT-A-TGTTTATGATTTT-AAACTAAGAAGAA
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255 AGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGTTTGGAAC-T-TCGGTTAACAAAACTTCTAAATCTG
* * *
40836414 TTTTGGTTACAATTTTAATACACGAGCTGTTAATCTGGTTTGT-A-TAAT-ATTAAACTAATGTT
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* *
40836476 TGGAAATTC-TAAGGTAAATTA---CTAAATTTTGTT-AAAGCGAACAAAGGTGGTTTGAAAAAG
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40836536 GA
446 GA
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*
40836599 ATTATGAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGG-TTTTTATTATTATTTTGGAC-CATAAAGTT
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* *
40836662 TT-GGCT-TTAGTTTTGAATTAAAAACTATAATTATTCATGCATGGGTTTAGTAAGCAAACTGAA
130 TTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTA-T-TTCATGCATGGG-TT--TAAGCAAACTGAA
*
40836725 AT-C--TTTTCTTTAA-TAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAAGA
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* *
40836849 GTTTT-GTTACAATTATTAATACACGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGT
317 GTTTTGGTTACAAAT-TTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGT
*
40836913 TTGGAATTCGTAA-GTAAA-TACTACTGAATTTTGTTAAAAG-GCAGCAAAGGTGGTTTGAAAAA
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40836975 GGA
445 GGA
*
40836978 AATTTCTTATCTT-GTGTAGTTTAATAAAGCTTTTC--AAGTTT-TAGAAAGTATTTTCAA-T-G
1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTAG
* *
40837037 ATTG-AATTATG-AATATGAA-TGAGGTATGGGTTTATTATTATTATTTTGGAC-CATAAAGTTT
66 ATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTT
40837098 TGGGTTCTTAGTTTTGAATT-AAAA-TATTATTTCATGCAT-GGTTTAAGCAAACTGAAATGCTA
131 TGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGGTTTAAGCAAACTGAAATGCTA
** *
40837160 TTTTCTTTAAGTAATGTT-GTTCTAAAGTAACTGTTTATGA-TTTCAAACTAAGAAGAAAAGTTT
196 TTTTCTTTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTT
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* **
40837283 AC-AATTTAAATA-ACGAGCTGTTTAAT-TTCTTTTAAGTGATAATT-AACTAATG-TTGG-ATT
326 ACAAATTT-AATACATGAGCTG-TTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGTTTGGAATT
40837342 -GTAAGGTAAA-TACTGCT-AATTTTGTTAAAAGC-AGCAAAGGTGG-TTG-AAAAGG-
389 CGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGA
*
40837394 AA--T-TT-TCTT-GTCTTAG----GT-AAG---TT-ATAAGTTTTATA-AAAG---TTTC-ATT
1 AATTTCTTATCTTGGT-TTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAG-TTTATAGAAAGTATTTTCAATT
* * * *
40837440 AGATT-TTA-TAAG-T-TATGAA-T-ATGTAAATGGG--TTTTATTATTATTTTGGTC-CA-AAA
64 AGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGT--ATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAA
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127 GTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCA-T--GGGTTTAAGCA-AACTG
* * *
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188 AAATGCTATTTTCTTTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAG
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447 A
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTAG
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* * *
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* *
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* *
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAG-TTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTA
* * * *
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*
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*
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* * * * *
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*
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA-TTTTCAATTA
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*
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*
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* * *
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTAG
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**
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* *
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*
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*
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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**
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*
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* *
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*
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*
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*
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259 TTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGTTTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCTAAATCTGTTTTGG
* *
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* * *
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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*
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66 ATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTT
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*
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*
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTAG
* *
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* *
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*
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325 TACAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAACTAATGTTTGGAATTC
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** *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * * * *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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* * * *
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1 AATTTCTTATCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATTTTCAATTAG
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*
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**
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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*
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**
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* * *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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**
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** * * * * *
40850585 GTAAGGTAAATTACTATTGAATTTTGTTAAAAGCGTGTAAAGGTGGATTCAAAATGGA
390 GTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGA
40850643 AATT
1 AATT
40850647 AAGAGATTTG
Statistics
Matches: 13664, Mismatches: 445, Indels: 844
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* *
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* * * *
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*
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*
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* *
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AAAGATATGGGTATCAG
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40872281 AGGTCAAACG
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65 GCATTGTGCGACACTTCACTGTTCGAGATATGCCATAACAGAATGGGGTGGCAGAACGTATGAAT
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130 CAGAATATACTGGAGAAAGTTCGATGTATGTTGTCCAATGTTGGATTGGGCAAGGAATTTTGGGC
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195 TGAGGCAGTTATATATGCGTGTCATCTAATTAACCGGTTGCCATCAGCTGTAATAAATAGAAAAA
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260 CTCTTATGGAGAGGTGG
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TCTTATGGAGAGGTGGAGAGGTGGGTTCCACTGTATATTATCATGT
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1 A
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*
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**
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* * * * * *
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* *
40885178 CTAAAGATCATGGCCTTTAGCGACGCTTCTACTACAAACACCG
1 CTAAAGATCATGGCCTTTAGCGACACTTCTACTACAAACGCCG
* * * * *
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*
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ATTTTATTAAAATATAT
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*
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*** * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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1 TAAACCC
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*
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1 AAACCATAAACCCATA
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1 AA
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*
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1 TAAACCA
*
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*
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*
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***
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*
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* *
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* *
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*
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* ** * * **
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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** *
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* *
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* *
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* ** * * * * *
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Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 2 0.02
82 61 0.48
83 60 0.47
84 5 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.26, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (81 bp):
GCTTATTGGAAAACGCCGCTAAAGCCCAGAGCATTAGTGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAG
CCAAAGCATCAGCGAC
Found at i:40895759 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 40895714--40895820 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.7 Consensus size: 40
40895704 AGAAAACTCT
*
40895714 GCTAATTCTCTATTTTTAGCGGCGATTTTC-AAAAAGCGCC
1 GCTAATACTCTATTTTTAGCGGCG-TTTTCTAAAAAGCGCC
* * *
40895754 TCTAATACTCTA-TTTTAGCGGCGTTTCCTTAAAAGCGCC
1 GCTAATACTCTATTTTTAGCGGCGTTTTCTAAAAAGCGCC
* *
40895793 GCTAATGCTCGATTTTTAGCGGCGTTTT
1 GCTAATACTCTATTTTTAGCGGCGTTTT
40895821 TTGTCCAAAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 4
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 4 0.07
39 29 0.51
40 24 0.42
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
GCTAATACTCTATTTTTAGCGGCGTTTTCTAAAAAGCGCC
Found at i:40903995 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 40903957--40904000 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
40903947 TATTTATAAC
40903957 TAAAAATAAAA
1 TAAAAATAAAA
** *
40903968 TGTAATTAAAA
1 TAAAAATAAAA
40903979 TAAAAATAAACA
1 TAAAAATAAA-A
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1 TAAAAATAAA
40904001 TTTTATTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 1
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 15 0.58
12 11 0.42
ACGTcount: A:0.73, C:0.02, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (11 bp):
TAAAAATAAAA
Found at i:40907179 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 40907055--40907339 Score: 493
Period size: 96 Copynumber: 3.0 Consensus size: 96
40907045 TGGCCAAATG
*
40907055 AAATA-AG-GAATACAATTGAGGTATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
1 AAATAGAGAGAATACAATTGAGATATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
40907118 ATAAGGGTTTCCAATGTCCAATTAAATATCC
66 ATAAGGGTTTCCAATGTCCAATTAAATATCC
*
40907149 AAATAGAGAGAATACGATTGAGATATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
1 AAATAGAGAGAATACAATTGAGATATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
*
40907214 ATAAGGGTTTCCAATGTCAAATTAAATATCC
66 ATAAGGGTTTCCAATGTCCAATTAAATATCC
* *
40907245 AAATAGTGAGAATACAATTGAGATATCACTTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
1 AAATAGAGAGAATACAATTGAGATATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
* *
40907310 ATAAGGGTTTCTAGTGTCCAATTAAATATC
66 ATAAGGGTTTCCAATGTCCAATTAAATATC
40907340 TAACTAGAAA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 9, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
94 5 0.03
95 2 0.01
96 173 0.96
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (96 bp):
AAATAGAGAGAATACAATTGAGATATCACCTTTTGTGCAATGTTATTGGTGTAGTTCAAAAGATC
ATAAGGGTTTCCAATGTCCAATTAAATATCC
Done.