Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2663
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18807
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.22, T:0.32
Found at i:242 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 128--689 Score: 969
Period size: 46 Copynumber: 12.1 Consensus size: 47
118 ATGATGATAG
*
128 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG-AA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
174 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
221 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
267 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
313 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
360 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
409 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
456 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT-TGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
500 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
547 TAAGG-CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG-
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
592 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
* * * * * * * *
639 CAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
686 TAAG
1 TAAG
690 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 11, Indels: 17
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 39 0.08
45 10 0.02
46 221 0.45
47 179 0.36
49 47 0.09
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:378 original size:139 final size:141
Alignment explanation
Indices: 128--689 Score: 969
Period size: 139 Copynumber: 4.0 Consensus size: 141
118 ATGATGATAG
*
128 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG-AATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
192 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
257 TATATA-GTGA
131 TATATATGTGA
267 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
331 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
396 TATATATATGTGA
131 --TATATATGTGA
409 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
474 GTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT-TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
536 TATATATGTGA
131 TATATATGTGA
547 TAAGG-CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG-TAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
* * * * * * *
610 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
*
675 TATAAATGTGA
131 TATATATGTGA
686 TAAG
1 TAAG
690 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 9, Indels: 16
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
136 36 0.09
137 40 0.10
138 22 0.05
139 172 0.42
140 39 0.10
141 11 0.03
142 46 0.11
143 40 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (141 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
TATATATGTGA
Found at i:863 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 807--885 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
797 CCGAGCTCTA
* * *
807 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
844 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
881 AAGAC
1 AAGAC
886 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:2818 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 2783--2854 Score: 94
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
2773 GTTGTGAGAT
* *
2783 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAGTACA
* *
2811 T-GCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAGTACA
2839 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
2855 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 19 0.50
28 5 0.13
29 14 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGCTGAAAGTACA
Found at i:3271 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3170--3312 Score: 145
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
3160 TCGAATGATG
* *
3170 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTA-AGTGAC-CAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGA-T-ACTAAT
*
3209 ATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
1 -TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
* * *
3250 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
3289 T-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GCATT
3313 CATGCTAGTG
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 7, Indels: 14
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 9 0.10
39 32 0.36
40 35 0.39
41 12 0.13
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
Found at i:3334 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3290--3443 Score: 236
Period size: 40 Copynumber: 3.9 Consensus size: 40
3280 GTTACTAAAT
3290 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
3330 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * * * *
3370 CGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * *
3410 CGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
3444 CGTGTATTCA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 10, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 104 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
Found at i:6958 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6889--7321 Score: 695
Period size: 47 Copynumber: 9.1 Consensus size: 47
6879 GAAATGATAG
*
6889 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
6936 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
*
6985 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATACGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
*
7032 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATACGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
7079 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
*
7128 TAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
*
7177 TAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
7224 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
* * * * * * * *
7271 CAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
7318 TAAG
1 TAAG
7322 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 15, Indels: 8
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 227 0.62
49 140 0.38
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:7053 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 6889--7321 Score: 695
Period size: 96 Copynumber: 4.5 Consensus size: 94
6879 GAAATGATAG
*
6889 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
6954 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
66 GTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
*
6985 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATACGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
*
7050 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATACGTGA
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
*
7079 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCG
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
7144 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
64 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
*
7177 TAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
7242 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
* * * * * * * *
7271 CAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
7322 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 15, Indels: 10
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
94 101 0.32
96 172 0.54
98 45 0.14
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:7147 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 6889--7321 Score: 726
Period size: 143 Copynumber: 3.0 Consensus size: 143
6879 GAAATGATAG
*
6889 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
*
6954 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
7019 TGTATATACGTGA
131 TGTATATATGTGA
*
7032 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATACGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
7097 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
7162 TGTATATATATGTGA
131 TG--TATATATGTGA
*
7177 TAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
* * * * * *
7242 GTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
*
7305 TGTATAAATGTGA
131 TGTATATATGTGA
7318 TAAG
1 TAAG
7322 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 14, Indels: 6
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 13 0.05
143 170 0.62
145 91 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAGGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATATATGTGA
Found at i:7496 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 7440--7518 Score: 113
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
7430 CCGAGCTCTA
* ** *
7440 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGACGATTATGTCCGGGT
*
7477 AAGACCCGATAACTTCGTGTGACGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGACGATTATGTCCGGGT
7514 AAGAC
1 AAGAC
7519 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 37 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGACGATTATGTCCGGGT
Found at i:9019 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8989--9166 Score: 205
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
8979 ATATTGAGTC
* * * *
8989 CGCACACTCAGTGCTATATAATCAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
* *
9016 CGCACACTTAGTGCTACGTAATCAAAT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
9043 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAA-T
** * *
9071 CGCACACTTAGTGCCGCATGGTCAATT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
* **
9098 CGCACACTTAGTGC-ATCATATTCATTT
1 CGCACACTTAGTGCTA-CATAGTCAAAT
*
9125 CGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAAT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
9152 CGCACACTTAGTGCT
1 CGCACACTTAGTGCT
9167 GTACAATTTA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 106 0.82
28 24 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (27 bp):
CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAAT
Found at i:9128 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 9010--9165 Score: 233
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
9000 TGCTATATAA
* *
9010 TCAACTCGCACACTTAGTGCTACGTAATCAAATCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACTCGCA
1 TCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAATCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAA-TCGCA
9075 CACTTAGTGCCGCATGG
65 CACTTAGTGCCGCATGG
* * **
9092 TCAATTCGCACACTTAGTGC-ATCATATTCATTTCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAATCGCA
1 TCAACTCGCACACTTAGTGCTA-CATAATCAAATCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAATCGCA
9156 CACTTAGTGC
65 CACTTAGTGC
9166 TGTACAATTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 16 0.24
82 51 0.76
ACGTcount: A:0.29, C:0.28, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (81 bp):
TCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAATCGCACACTTAGTGCAACATAGTCAAATCGCAC
ACTTAGTGCCGCATGG
Found at i:12675 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12627--12729 Score: 197
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
12617 TTGGTTTTCA
*
12627 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACAGTTGTGAGATTG
12670 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACAGTTGTGAGATTG
1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACAGTTGTGAGATTG
12713 GCACTAAGTGTGCGGGC
1 GCACTAAGTGTGCGGGC
12730 TTGAAATGCA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 59 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.16, G:0.35, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACAGTTGTGAGATTG
Found at i:12746 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12711--12784 Score: 105
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
12701 GTTGTGAGAT
* *
12711 TGGCACTAAGTGTGCGGGCTTGAAA-TGCA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTGAAAGTACA
*
12740 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTTAAAGTACA
1 TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
12769 TGGCACTAAGTGTGCG
1 TGGCACTAAGTGTGCG
12785 TGGTTGATTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.12
29 36 0.88
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
TGGCACTAAGTGTGCGAGTTGAAAGTACA
Found at i:13198 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13097--13240 Score: 154
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
13087 TCGAATGATG
* *
13097 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTA-AGTGAC-CAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGA-T-ACTAAT
*
13136 ATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
1 -TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
* * *
13177 TCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
13216 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAG-GCATT
13241 CATGCTAGTG
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 7, Indels: 13
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
39 35 0.39
40 37 0.41
41 17 0.19
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAT
Found at i:13259 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13215--13411 Score: 313
Period size: 40 Copynumber: 4.9 Consensus size: 40
13205 GAGTTACTAA
13215 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
13255 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
13295 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * * * * *
13335 ATTCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTAT
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
* * *
13375 ATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
13412 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 12, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 145 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGT
Found at i:13304 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 13177--13411 Score: 321
Period size: 80 Copynumber: 3.0 Consensus size: 80
13167 AGATACTAAT
** * * *
13177 TCCGGGCTAAG-CCCGAAG-GCATTGGTGCGAGTTACTAAATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA-TATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
13240 TCATGCTAGTGATGTA
65 TCATGCTAGTGATGTA
*
13256 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
13321 CATGCTAGTGATGTA
66 CATGCTAGTGATGTA
* * * * * * *
13336 TTCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
*
13401 CATGCTGGTGA
66 CATGCTAGTGA
13412 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 15, Indels: 3
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
79 11 0.08
80 116 0.83
81 12 0.09
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (80 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATT
CATGCTAGTGATGTA
Found at i:16924 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 16855--17375 Score: 929
Period size: 47 Copynumber: 11.1 Consensus size: 47
16845 GAAATGATAG
*
16855 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
16902 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
16949 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
16996 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17042 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17089 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGA
17138 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17185 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17232 T-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17278 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
* * * * * * * *
17325 CAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGA
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17372 TAAG
1 TAAG
17376 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 11, Indels: 8
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 92 0.20
47 320 0.70
49 47 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:16946 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 16918--16996 Score: 65
Period size: 25 Copynumber: 3.3 Consensus size: 25
16908 CTAATGGCCG
16918 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *** ****
16943 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TG-GCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
16965 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
16990 ATGTGAT
1 ATGTGAT
16997 AAGGCCTAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 16, Indels: 6
0.61 0.28 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.20
23 7 0.20
24 7 0.20
25 14 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
Found at i:17215 original size:189 final size:188
Alignment explanation
Indices: 16855--17375 Score: 929
Period size: 189 Copynumber: 2.8 Consensus size: 188
16845 GAAATGATAG
*
16855 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
16920 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
16985 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGA
131 TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17042 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
17107 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 GTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
17172 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
129 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17232 T-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
* * * * * * *
17296 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTG
66 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
*
17361 TATAAATGTGATAAG
131 TATATATGTGATAAG
17376 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 9, Indels: 6
0.96 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
187 136 0.42
189 181 0.56
190 5 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (188 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:17280 original size:236 final size:236
Alignment explanation
Indices: 16855--17375 Score: 926
Period size: 236 Copynumber: 2.2 Consensus size: 236
16845 GAAATGATAG
*
16855 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGAGATAAGGCCTAATGGCCG
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
16918 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
16983 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAGTGATAAGGC
131 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAGTGATAAGGC
17048 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
196 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
17089 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
17154 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
66 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
17219 TGTATATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG
131 TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA-GTGATAAGG
17283 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
195 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
* * * * * * *
17325 CAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA-A-ATGTGATAAG
1 TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAG
17376 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 8, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
234 46 0.17
235 41 0.15
236 189 0.68
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (236 bp):
TAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAGTGATAAGGC
CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
Found at i:17548 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 17493--17570 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
17483 CCGAGCTCTA
* *
17493 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
17529 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
17566 AAGAC
1 AAGAC
17571 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 20 0.53
37 18 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Done.