genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  25  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5958722--5958823	30	3.4	30	84	2	134	44	2	23	29	1.68
5958818--5958853	14	2.5	15	90	4	56	30	0	2	66	1.06
5960182--5960259	38	2.1	38	85	4	104	43	1	1	53	1.16
5960223--5960257	17	2.1	16	89	5	52	42	0	0	57	0.99
5960182--5960266	39	2.2	38	83	8	100	43	1	1	54	1.15
5961018--5961099	37	2.2	36	80	6	92	47	12	12	28	1.76
5961046--5961101	17	3.1	17	82	17	69	44	10	12	32	1.77
5961117--5961166	17	2.8	18	78	3	57	38	12	18	32	1.87
5961164--5961205	21	2.0	22	90	4	68	47	9	2	40	1.49
5961268--5961760	17	27.2	18	68	14	228	47	8	12	32	1.71
5961267--5961597	35	9.1	37	71	15	165	45	8	12	32	1.73
5961230--5961390	76	2.2	76	80	9	174	42	9	14	33	1.78
5961267--5961414	76	1.9	75	83	5	190	44	8	15	31	1.76
5961396--5961749	35	9.9	35	68	19	144	48	8	11	32	1.68
5962088--5962137	10	4.9	10	90	2	55	66	0	0	34	0.92
5962094--5962136	5	8.6	5	100	0	86	62	0	0	37	0.95
5962287--5962345	17	3.6	16	82	11	66	0	18	1	79	0.81
5962288--5962345	25	2.3	25	80	14	66	0	17	1	81	0.78
5962299--5962345	25	1.9	24	87	12	69	0	19	0	80	0.70
5962621--5962679	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
5962613--5962679	10	7.3	10	82	14	74	0	31	0	68	0.90
5962621--5962676	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5963043--5963159	30	3.9	29	79	11	103	45	3	21	29	1.68
5963058--5963159	30	3.4	30	87	2	143	45	3	21	29	1.70
5963430--5963648	54	4.1	55	88	8	326	37	16	16	29	1.91
5963627--5963661	14	2.5	14	95	0	61	60	0	17	22	1.37
5963761--5964008	85	2.8	87	81	10	299	35	18	18	26	1.94
5963761--5964015	91	2.9	88	82	9	315	36	18	18	26	1.94
5974768--5974849	37	2.2	36	82	6	101	48	12	12	26	1.75
5974797--5974851	18	2.9	19	86	10	78	45	10	12	30	1.77
5974867--5974916	17	2.8	18	78	3	57	38	12	18	32	1.87
5974914--5974955	21	2.0	22	90	4	68	47	9	2	40	1.49
5974962--5975085	37	3.3	38	74	12	123	41	10	17	30	1.83
5975017--5975509	17	27.2	18	67	14	221	46	8	12	32	1.72
5974962--5975139	37	4.8	37	72	16	111	42	9	15	32	1.80
5975016--5975163	76	1.9	76	82	6	183	43	8	15	32	1.76
5975145--5975498	35	9.9	35	69	19	126	47	8	11	32	1.70
5975269--5975346	40	2.0	40	84	5	104	44	8	7	38	1.65
5975614--5975656	22	2.0	21	90	4	68	39	9	13	37	1.78
5975823--5975904	5	16.0	5	92	5	74	69	0	0	30	0.89
5975822--5975904	15	5.4	15	81	5	94	68	0	0	31	0.90
5976057--5976098	17	2.5	17	88	7	59	0	16	2	80	0.81
5976390--5976448	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
5976380--5976448	10	7.3	10	82	11	74	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5976390--5976445	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
5976810--5976926	30	3.9	29	79	11	103	45	3	21	29	1.68
5976825--5976926	30	3.4	30	87	2	143	45	3	21	29	1.70
5978165--5978274	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
5980062--5980348	137	2.1	137	97	0	538	25	19	24	31	1.98
5982507--5982539	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
5983773--5983802	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
5984174--5985130	205	4.7	205	92	0	1531	29	23	17	29	1.97
5993542--5993574	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53
5994780--5994809	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
5995744--5995776	10	3.4	10	87	4	50	18	6	0	75	1.00
5996473--5996638	3	57.0	3	70	9	58	31	9	1	57	1.40
5996543--5996606	26	2.5	25	75	14	67	29	14	1	54	1.49
5996818--5997021	3	68.3	3	72	5	128	30	8	1	58	1.37
5997011--5997045	18	1.9	18	88	0	52	20	11	8	60	1.57
5998697--5998745	25	2.0	25	95	0	89	46	0	18	34	1.49
6000102--6000161	29	2.1	28	87	6	84	45	5	0	50	1.23
6000151--6000187	17	2.1	17	90	5	56	45	0	0	54	1.00
6001229--6001276	17	2.8	17	72	12	53	64	4	0	31	1.12
6001491--6001570	21	3.5	22	79	11	72	57	2	5	35	1.34
6003333--6003585	73	3.5	73	91	3	386	32	18	17	32	1.94
6004023--6004336	144	2.2	146	85	6	415	35	18	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6003983--6004318	75	4.5	74	86	6	441	32	20	15	31	1.94
6004336--6004510	70	2.5	70	85	4	212	33	22	14	28	1.94
6016753--6016789	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
6017374--6017418	21	2.1	21	84	8	56	13	2	4	80	0.97
6019308--6019426	62	2.0	60	81	9	143	41	16	5	36	1.71
6019561--6019604	21	2.1	21	87	8	63	40	15	6	36	1.74
6025221--6025270	24	2.1	24	88	7	75	44	10	4	42	1.56
6026215--6026247	14	2.3	15	94	5	59	84	3	0	12	0.72
6028045--6028169	44	2.8	44	80	7	130	25	23	19	32	1.98
6028256--6028404	44	3.4	44	81	3	140	31	16	16	35	1.91
6035014--6035257	126	2.0	124	85	3	328	26	27	14	31	1.95
6039200--6039234	11	3.2	11	87	0	52	68	8	5	17	1.35
6052898--6052971	29	2.4	30	84	6	87	47	14	6	31	1.71
6053557--6053613	29	2.0	29	86	6	80	61	1	3	33	1.23
6053550--6053612	20	3.2	19	77	18	58	61	1	3	33	1.21
6053550--6053613	10	6.4	10	75	8	51	62	1	3	32	1.20
6055355--6055447	41	2.3	41	84	0	132	15	21	22	40	1.90
6072262--6072312	21	2.4	21	86	0	66	31	33	7	27	1.85
6074076--6074169	9	10.4	9	91	0	125	43	25	7	23	1.79
6074982--6075011	5	5.8	5	96	4	51	20	3	0	76	0.92
6083381--6083406	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
6083770--6083804	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6084037--6084075	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
6084049--6084090	16	2.6	16	92	0	66	30	35	0	33	1.58
6087801--6087855	13	4.5	12	76	13	58	50	7	5	36	1.53
6104054--6104155	42	2.5	42	96	1	188	39	11	18	30	1.87
6108872--6109264	51	7.8	50	83	4	432	29	26	15	28	1.96
6109076--6109158	26	3.2	26	65	21	66	32	27	12	27	1.92
6127527--6127731	107	1.9	108	86	3	297	30	22	12	34	1.91
6128837--6128901	32	2.0	33	85	8	89	72	0	1	26	0.94
6128849--6128895	20	2.2	21	85	7	60	74	0	2	23	0.93
6138775--6139091	72	4.4	72	97	0	580	34	18	26	20	1.96
6144966--6145257	72	4.1	72	96	0	521	33	18	25	21	1.96
6145182--6145503	144	2.2	144	87	2	405	32	15	25	26	1.96
6145223--6145503	144	2.0	144	93	0	481	32	15	24	27	1.95
6147368--6147420	28	1.9	28	85	11	74	20	11	1	66	1.33
6148780--6148812	15	2.1	17	88	11	52	18	6	0	75	1.00
6152865--6152922	25	2.3	24	77	8	62	65	6	1	25	1.27
6154378--6154428	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
6154472--6154535	28	2.2	30	91	5	105	35	0	0	64	0.94
6155617--6155641	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
6156293--6156327	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
6156824--6158541	29	55.7	33	82	13	1740	46	26	1	25	1.60
6156824--6158540	63	27.9	60	83	11	1871	46	26	1	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6158686--6158710	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
6161821--6162296	125	3.8	126	93	1	803	34	21	14	29	1.93
6161827--6162296	253	1.9	251	93	1	816	34	21	14	29	1.93
6165616--6165762	71	2.1	72	94	1	260	33	17	26	22	1.96
6168877--6168927	13	3.8	13	84	2	66	37	0	1	60	1.08
6168889--6168927	11	2.9	15	78	21	50	33	0	2	64	1.08
6168913--6168972	25	2.3	26	80	2	68	40	10	0	50	1.36
6171361--6171394	12	2.8	12	86	0	50	41	11	29	17	1.85
6174086--6174162	20	3.7	19	73	21	57	83	0	12	3	0.79
6174097--6174154	17	3.3	17	75	15	55	82	0	17	0	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172