Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Scaffold2701

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 12386
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.33


Found at i:250 original size:39 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 188--500  Score: 429
    Period size: 40  Copynumber: 8.0  Consensus size: 40

        178 AGTTGTATAG

                                      *             
        188 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGAGCTAGTGATGTAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                 *                                  
        228 CCGGGTTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                                                   *
        267 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAA
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                                                    
        307 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                 *                                  
        347 CCGGGTTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                        *                           
        386 CCGGGCTAAGT-TCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGA--TAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

             ***     **                 * *   * *   
        423 CTATGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGTTGGTGTTATAT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

                    *             *  *    *       
        463 CCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGATGT
          1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGT

        501 GTAGTCGGCC


Statistics
Matches: 241,  Mismatches: 28, Indels: 8
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
  37    9  0.04
  38   19  0.08
  39   97  0.40
  40  116  0.48

ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.30, T:0.26


Consensus pattern (40 bp):   
CCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT

Found at i:3596 original size:48 final size:48

Alignment explanation


    Indices: 3525--3849  Score: 533
    Period size: 48  Copynumber: 6.8  Consensus size: 48

       3515 TACAAGATAA

                *   *      *                                
       3525 ATATATATGTGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                  *                                         
       3573 ATATGTGTATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                                      * *            * *  * 
       3621 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGTGAAATATGTATGAG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                                                            
       3669 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                                                            
       3717 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                                        *            * *  * 
       3765 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATGTATGAG
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

                                                 
       3813 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA

       3850 TGTTGTAACA


Statistics
Matches: 257,  Mismatches: 20, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  48  257  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.32


Consensus pattern (48 bp):   
ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG

Found at i:3698 original size:144 final size:144

Alignment explanation


    Indices: 3525--3849  Score: 605
    Period size: 144  Copynumber: 2.3  Consensus size: 144

       3515 TACAAGATAA

                *   *      *                                      *          
       3525 ATATATATGTGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTGTATGTGGTAA
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAA

                                                                             
       3590 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGT
         66 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGT

                          
       3655 GAAATATGTATGAG
        131 GAAATATGTATGAG

                                                                             
       3669 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAA
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAA

                                                                     *       
       3734 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGT
         66 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGT

                          
       3799 GAAATATGTATGAG
        131 GAAATATGTATGAG

                                                 
       3813 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
          1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA

       3850 TGTTGTAACA


Statistics
Matches: 176,  Mismatches: 5, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
 144  176  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.28, T:0.32


Consensus pattern (144 bp):   
ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAA
AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGT
GAAATATGTATGAG

Found at i:3944 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 3900--3993  Score: 163
    Period size: 36  Copynumber: 2.6  Consensus size: 36

       3890 TATTCCGGGC

                                                
       3900 AAGA-CCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCGGT
          1 AAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCGGT

                                            *   
       3935 AAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCGGGT
          1 AAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCGGT

                      *            
       3971 AAGACCCGATAACTACGTGTGGA
          1 AAGACCCGATGACTACGTGTGGA

       3994 CTATTCGAGC


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 2, Indels: 1
        0.95            0.03        0.02

Matches are distributed among these distances:
  35    4  0.07
  36   52  0.93

ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.31, T:0.26


Consensus pattern (36 bp):   
AAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCCGGT

Found at i:5719 original size:22 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 5694--5735  Score: 59
    Period size: 22  Copynumber: 2.0  Consensus size: 21

       5684 ATCAATAATT

                                   
       5694 ATCTTTAATATGATTC-GGATAA
          1 ATCTTTAA-AT-ATTCAGGATAA

                                
       5716 ATCTTTAAATATTCAGGATA
          1 ATCTTTAAATATTCAGGATA

       5736 GTTACCAAGT


Statistics
Matches: 19,  Mismatches: 0, Indels: 3
        0.86            0.00        0.14

Matches are distributed among these distances:
  20    4  0.21
  21    7  0.37
  22    8  0.42

ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.40


Consensus pattern (21 bp):   
ATCTTTAAATATTCAGGATAA
Done.