Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold530
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26699
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.22, T:0.32
Found at i:382 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 239--415 Score: 336
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 84
229 GGCCGGCCAT
239 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
304 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGA-TAATAAAATAAA
324 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
389 GTAAGGATAATAAAATAAA
66 GTAAGGATAATAAAATAAA
*
408 GGGCATGG
1 GAGCATGG
416 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 1, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
84 19 0.21
85 72 0.79
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (84 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATAATAAAATAAA
Found at i:1764 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1673--2212 Score: 771
Period size: 47 Copynumber: 11.6 Consensus size: 47
1663 TATTTGAATA
*
1673 AATGTGAAAGTGTATATATGTTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATG-TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
1721 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
1768 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
1815 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1864 AATGTGAAAGTGTAT-TATGTGATAAGGCCGAAT-GCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1909 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
1957 AATGTGAAA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
2003 AATGTGAACA-TG--CATATGTGAT-AGGCCGAATGG-CAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
2046 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
2093 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGG-CGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
2139 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
2186 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
2213 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 18, Indels: 29
0.91 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 22 0.05
44 11 0.02
45 64 0.14
46 86 0.19
47 172 0.37
48 55 0.12
49 50 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:1811 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 1673--2212 Score: 771
Period size: 93 Copynumber: 5.8 Consensus size: 94
1663 TATTTGAATA
*
1673 AATGTGAAAGTGTATATATGTTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 AATGTGAAAGTGTATATATG-TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
1738 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
65 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
1768 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* *
1833 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1864 AATGTGAAAGTGTAT-TATGTGATAAGGCCGAAT-GCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
1927 TATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
1957 AATGTGAAA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG--CAT
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATAT
2018 ATGTGAT-AGGCCGAATGG-CAATGTGATG
65 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
2046 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGCATA
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATA
*
2109 TATGAGATAAGG-CGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
2139 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATAAA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
2204 TGTGATAAG
66 TGTGATAAG
2213 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 16, Indels: 28
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
88 1 0.00
89 27 0.06
90 59 0.14
92 21 0.05
93 110 0.26
94 110 0.26
95 38 0.09
96 50 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:1998 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1957--2090 Score: 90
Period size: 45 Copynumber: 3.2 Consensus size: 37
1947 CCATGTGATG
1957 AATGTGAAATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCC
1 AATGTGAAATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCC
* *
1994 AATGTGATGAATGTGAACATGCATATGTGAT-AGGCCGAATGGCAATGTGATG
1 AATGTGA--AATGTG----T--ATGTGTGATAAGGCCGAATGGC--------C
2046 AATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCC
1 AATGTGAA-ATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCC
2084 AATGTGA
1 AATGTGA
2091 TGAATGTGAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 4, Indels: 35
0.66 0.04 0.31
Matches are distributed among these distances:
37 7 0.09
38 7 0.09
39 6 0.08
43 1 0.01
44 12 0.16
45 16 0.21
46 12 0.16
47 1 0.01
50 1 0.01
51 5 0.07
52 7 0.09
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (37 bp):
AATGTGAAATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCC
Found at i:4691 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 4627--4701 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
4617 AATCCGAGTT
*
4627 TAAAGACCCGCTGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
* *
4665 TAAAGACCCGATGGCTATGT-ACAGAGATTATGTCCGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGA-AGAGATTATGTCCGG
4702 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCCGGG
Found at i:4834 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4761--5149 Score: 599
Period size: 39 Copynumber: 9.8 Consensus size: 40
4751 CGACGATGAT
4761 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
4801 CGGGCTAAGTCCCGAAGA-CATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
4840 CGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
4879 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* *
4919 CGGGCTAAGTTCCGAA-AGCATTCGTGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
4958 CGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
*
4997 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * * *
5037 CGGGCTAAGTTCCAAAGAGCATTCGTGCTAGTGATATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * * * * *
5077 CGTGCTAA-ACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATC
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * *
5116 CGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
5150 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 19, Indels: 10
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 12 0.04
39 158 0.49
40 155 0.48
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
Found at i:4913 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 4761--5149 Score: 586
Period size: 79 Copynumber: 4.9 Consensus size: 79
4751 CGACGATGAT
4761 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA-CATTCA
1 CGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCA
4825 TGCTAGTGATGTATC
65 TGCTAGTGATGTATC
4840 CGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAT
1 CGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAT
4905 GCTAGTGATGTATC
66 GCTAGTGATGTATC
*
4919 CGGGCTAAGTTCCGAA-AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCA
1 CGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCA
4982 TGCTAGTGATGTATC
65 TGCTAGTGATGTATC
* * * *
4997 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTTCCAAAGAGCATTCG
1 CGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCA
*
5062 TGCTAGTGATATATC
65 TGCTAGTGATGTATC
* ** * * * * * *
5077 CGTGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCAT
1 CGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAT
*
5142 GCTGGTGA
66 GCTAGTGA
5150 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 18, Indels: 10
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
77 1 0.00
78 90 0.31
79 157 0.55
80 39 0.14
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
CGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAT
GCTAGTGATGTATC
Found at i:4969 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 4761--5149 Score: 618
Period size: 118 Copynumber: 3.3 Consensus size: 118
4751 CGACGATGAT
* *
4761 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCG-AAGACATTCA
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAAG-CATTCG
4825 TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
65 TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
4879 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAAGCATTCGT
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAAGCATTCGT
4944 GCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
66 GCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* *
4997 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTTCCAAAGAGCATTCG
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAA-AGCATTCG
* * ** * * * *
5062 TGCTAGTGATATATCCGTGCTAAACCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATC
65 TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
* * *
5116 CGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGTGA
1 CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGA
5150 CGTGTATTCG
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 15, Indels: 3
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
118 166 0.65
119 88 0.35
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (118 bp):
CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAAGCATTCGT
GCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATC
Found at i:6542 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 6399--6577 Score: 349
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
6389 GGCCGGCCAT
6399 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
6464 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
6484 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
1 GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
6549 GTAAGGATTAATAAAATAAA
66 GTAAGGATTAATAAAATAAA
*
6569 GGGCATGGG
1 GAGCATGGG
6578 CAATAAAATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 93 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
GAGCATGGGTGGACAAGATGTTATGGCTAAAAACATGTCATAAACATGTTGGGGTAGTGCATTAT
GTAAGGATTAATAAAATAAA
Found at i:7893 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7839--8496 Score: 742
Period size: 47 Copynumber: 13.6 Consensus size: 47
7829 TATTTGAATA
7839 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTG-ATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-GAATGGCCAATGTGATG
* *
7886 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * **
7935 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCTGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
7982 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGACGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8029 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
8078 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
8125 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8174 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
8221 AATGTGAACA-TG--TATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8266 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * * * *
8313 AATG-GCCAATGTGATGAATGTGAACATGTG-TATGTG-TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
1 AATGTG--AAAGTG-T--A--T--ATATGTGATAAG-GCCGA-ATGGCC--A------ATGTGAT
8375 G
47 G
* *
8376 AATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
8423 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
8470 GATGTGGAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
8497 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 35, Indels: 70
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
45 43 0.08
46 2 0.00
47 301 0.56
48 4 0.01
49 136 0.25
50 1 0.00
53 2 0.00
54 5 0.01
55 22 0.04
56 5 0.01
57 2 0.00
59 1 0.00
62 4 0.01
63 12 0.02
64 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:7947 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 7839--8496 Score: 696
Period size: 96 Copynumber: 6.8 Consensus size: 94
7829 TATTTGAATA
7839 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTGATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTGATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
* *
7904 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * **
7935 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTGATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * *
8000 TGTGATAAGGCCTAATGGACGATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8029 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTGATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
8094 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
*
8125 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC-GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTG-ATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTA
*
8188 TATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
62 TATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8221 AATGTGAACA-TG--TATATGAGATAAGGCC-GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGT
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTG-ATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTAT
*
8281 ATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
63 ATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* **
8313 AATG-GCCAA-TGTGATGA-ATGTGA-ACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATG-GCCAATGTG
1 AATGTG-AAAGTGT-AT-ATATGTGATA-A---G---GCCTGAT--GGCC-AATGTG---A--T-
* *
8373 ATGAATGTGAACA-TGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
47 --GAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* * *
8423 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-GAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATAA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTG-ATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
8487 ATGTGATAAG
65 ATGTGATAAG
8497 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 31, Indels: 74
0.82 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
91 4 0.01
92 84 0.17
93 2 0.00
94 74 0.15
95 1 0.00
96 231 0.47
97 4 0.01
99 1 0.00
100 3 0.01
101 5 0.01
102 10 0.02
103 5 0.01
104 3 0.01
105 1 0.00
107 2 0.00
109 1 0.00
110 59 0.12
111 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTGATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
Found at i:8097 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 7839--8496 Score: 843
Period size: 143 Copynumber: 4.5 Consensus size: 143
7829 TATTTGAATA
7839 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTG-ATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * * *
7903 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTA
65 ATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTATATATGAGATAAGGCCGA
* **
7967 ATAGCTGATGTGATG
129 ATGGCCAATGTGATG
* * *
7982 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGACGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* * *
8047 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
66 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTATATATGAGATAAGGCCGAA
8111 TGGCCAATGTGATG
130 TGGCCAATGTGATG
8125 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG--T
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTAT
* *
8187 GTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATG--TATATGAGATAAGGCCG
63 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATATGAGATAAGGCCG
8250 AATGGCCAATGTGATG
128 AATGGCCAATGTGATG
* *
8266 AATGTGAACA-TGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGGCCAATGTGATGA
1 AATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA--TG-TG-AT-G--AATGTGA--A
* * * *
8330 ATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGCATATAT
56 A-GTG----TATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATAT
8395 GAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
116 GAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
* *
8423 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTGGAAGTGTATA-A
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
8487 -ATGTGATAAG
66 TATGTGATAAG
8497 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 24, Indels: 54
0.86 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
139 26 0.06
141 53 0.11
142 4 0.01
143 192 0.41
144 2 0.00
145 42 0.09
146 8 0.02
147 4 0.01
148 3 0.01
149 2 0.00
150 5 0.01
152 1 0.00
153 2 0.00
154 2 0.00
155 49 0.11
156 1 0.00
157 69 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATATGAGATAAGGCCGAAT
GGCCAATGTGATG
Found at i:8317 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8296--8332 Score: 74
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
8286 TGATAAGGCC
8296 GAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGAT
8312 GAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGAT
8328 GAATG
1 GAATG
8333 TGAACATGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
GAATGGCCAATGTGAT
Found at i:8321 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 8249--8379 Score: 262
Period size: 63 Copynumber: 2.1 Consensus size: 63
8239 AGATAAGGCC
8249 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8312 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8375 GAATG
1 GAATG
8380 TGAACATGCA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 68 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.32, T:0.27
Consensus pattern (63 bp):
GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
Found at i:8334 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 8157--8469 Score: 576
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
8147 TGATAAGGCC
8157 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
* *
8222 ATGTGAACATG-TATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TGTGTATGT
66 ATGTGAACATGATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATAT
8285 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
130 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8312 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
8377 ATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
66 ATGTGAACATG-ATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
8442 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
130 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8469 G
1 G
8470 GATGTGGAAG
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 2, Indels: 4
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 76 0.50
156 1 0.01
157 76 0.50
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (156 bp):
GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
ATGTGAACATGATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
TGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
Found at i:8374 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8347--8468 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 5.3 Consensus size: 22
8337 CATGTGTATG
8347 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * *
8369 TGTGATGAATG-TGAACAT-GCATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-A-ATGGC-CA-A
*
8394 TGAGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * ***
8416 TGTGATGAATG-TGAAAGTGTATATA
1 TGTGAT-AAGGCCG-AA-TGGCCA-A
8441 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
8463 TGTGAT
1 TGTGAT
8469 GGATGTGGAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 18, Indels: 24
0.62 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.30
23 17 0.24
24 17 0.24
25 15 0.21
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Found at i:8379 original size:110 final size:108
Alignment explanation
Indices: 8204--8426 Score: 374
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
8194 TGATAAGGCC
8204 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
** * *
8269 GTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
66 GTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
* *
8312 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA--TGTATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
8377 ATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
64 ATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8422 GAATG
1 GAATG
8427 TGAAAGTGTA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 6, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
108 27 0.25
110 80 0.75
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (108 bp):
GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAAT
GTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
Found at i:8381 original size:202 final size:204
Alignment explanation
Indices: 8108--8475 Score: 600
Period size: 202 Copynumber: 1.8 Consensus size: 204
8098 TGATAAGGCC
8108 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
** * *
8173 GAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG-TAT
65 GAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGATAT
8236 ATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATG
129 ATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATG
8301 GCCAATGTGAT
194 GCCAATGTGAT
* *
8312 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACA-TG-TGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
1 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA-AGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGAT
8375 GAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
65 GAATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATAT
* *
8440 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGGATGTG
129 ATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTG
8476 GAAGTGTATA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 8, Indels: 8
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
201 1 0.01
202 86 0.57
204 64 0.42
205 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (204 bp):
GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
AATGTGAACATGCATATATGAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGATATAT
GAGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAACATGTGTATGTGTGATAAGGCCGAATGGC
CAATGTGAT
Found at i:11941 original size:50 final size:48
Alignment explanation
Indices: 11827--12003 Score: 152
Period size: 49 Copynumber: 3.7 Consensus size: 48
11817 TCGGGACATA
*
11827 AGCTAGTGTAAGA-CATGTCTAGGACAT-GCATCGGCTACGAGATGTG
1 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAGCTACGAGATGTG
* * *
11873 -TC-AATGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAGC-ACGGATATGTGAG
1 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAGCTAC-GAGATGT--G
* **
11921 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCCT-CGAAGATGAT-
1 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAG-CTACG-AGATG-TG
* * * *
11970 AGCCAATATAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC
1 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATC
12004 GACACCTTAC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 19
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.08
45 17 0.16
46 13 0.12
48 1 0.01
49 31 0.29
50 29 0.27
51 6 0.06
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (48 bp):
AGCTAGTGTAAGACCATGTCTAGGACATGGCATCAGCTACGAGATGTG
Found at i:11996 original size:99 final size:94
Alignment explanation
Indices: 11827--12003 Score: 248
Period size: 99 Copynumber: 1.8 Consensus size: 94
11817 TCGGGACATA
* *
11827 AGCTAGTGTAAGACATGTCTAGGACATGCATCGGCTACGAGATGTGTCAATGTAAGACCATGTCT
1 AGCTAGTGTAAGACATGTCTAGGACATGCATCGGCTACGAGATGTGCCAATATAAGACCATGTCT
11892 AGGACATGGCATCAGCACGGATATGTGAG
66 AGGACATGGCATCAGCACGGATATGTGAG
* *
11921 AGCTAGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCCT-CGAAGATGATAGCCAATATAAGACC
1 AGCTAGTGTAAGA-CATGTCTAGGACAT-GCATCGG-CTACG-AGATG-T-GCCAATATAAGACC
*
11985 ATGTCTGGGACATGGCATC
60 ATGTCTAGGACATGGCATC
12004 GACACCTTAC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 5, Indels: 7
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
94 13 0.18
95 13 0.18
96 8 0.11
97 7 0.10
98 1 0.01
99 30 0.42
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (94 bp):
AGCTAGTGTAAGACATGTCTAGGACATGCATCGGCTACGAGATGTGCCAATATAAGACCATGTCT
AGGACATGGCATCAGCACGGATATGTGAG
Found at i:14540 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 14479--14644 Score: 158
Period size: 46 Copynumber: 3.6 Consensus size: 45
14469 TCTCGTAGTT
*
14479 GATGAATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACGTCTTGAAGCC
1 GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACGTC-TGAAGCC
* * *
14525 GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTAGCACT-CGTCTCAATGCC
1 GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGC-TTACGTCTGAA-GCC
* * * * *
14571 GATGCCATGTACCAGAGATGGTCTTACACTGGCTCTCACAATGTG--GCT
1 GATG-CATGTCCCAGACAT-GTCTTACACTGGCT-T-AC-GTCTGAAGCC
14619 GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACA
1 GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACA
14645 ATAGCTCACA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 14, Indels: 16
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
45 3 0.03
46 48 0.49
47 25 0.26
48 19 0.19
50 1 0.01
51 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.28, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (45 bp):
GATGCATGTCCCAGACATGTCTTACACTGGCTTACGTCTGAAGCC
Found at i:17452 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 17386--17505 Score: 195
Period size: 51 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
17376 ATTGGTTGCA
*
17386 TGTGTAGTACTAAGTGCAAACTACTATGCATACCCGATAACTTCGATCACG
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAAACTACTATGCATACCCGATAACTTCGATCACC
* ** *
17437 TGTGTAGTACTAAGTGTAGGCTACTATGCGTACCCGATAACTTCGATCACC
1 TGTGTAGTACTAAGTGCAAACTACTATGCATACCCGATAACTTCGATCACC
17488 TGTGTAGTACTAAGTGCA
1 TGTGTAGTACTAAGTGCA
17506 GGTGTGACAG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 63 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (51 bp):
TGTGTAGTACTAAGTGCAAACTACTATGCATACCCGATAACTTCGATCACC
Found at i:20168 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 20116--20758 Score: 1043
Period size: 47 Copynumber: 13.5 Consensus size: 47
20106 GATAATTGTG
* *
20116 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
20163 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
20210 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
20259 ATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20306 ATGTGAAACTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAA--GTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20355 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20402 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * *
20449 ATGTGAAAGTTTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20496 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20545 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20594 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20641 ATGTGAAATTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAA--GTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
20690 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
20737 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA
20759 CAGAGCCGAG
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 31, Indels: 16
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 332 0.60
49 225 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:20186 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 20116--20758 Score: 998
Period size: 96 Copynumber: 6.7 Consensus size: 94
20106 GATAATTGTG
20116 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
20181 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
*
20210 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATAT
1 ATGTG-AA-TGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
20275 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
20306 ATGTGAAACTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTG-AA-TGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
20371 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
* * * *
20402 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTTTATATAT
1 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
20467 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
*
20496 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTG-AA-TGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
* *
20561 ATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGATGTGATGA
62 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
* * * *
20594 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAATTGTATATAT
1 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTGTATAT
*
20659 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
* * *
20690 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
20755 GTGA
66 GTGA
20759 CAGAGCCGAG
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 28, Indels: 16
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
94 103 0.20
95 6 0.01
96 362 0.71
97 2 0.00
98 40 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
Found at i:22974 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 22912--22981 Score: 90
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 37
22902 AATCCGAGTT
*
22912 TAAAGACCCGCTGACTATATGAAGAGATT-TGTCGGG
1 TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCGGG
* *
22948 TAAAGACCCGATGGCTATGT-ACAGAGATTATGTC
1 TAAAGACCCGATGACTATATGA-AGAGATTATGTC
22982 CGGATTAAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.03
36 24 0.83
37 4 0.14
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TAAAGACCCGATGACTATATGAAGAGATTATGTCGGG
Found at i:23139 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 23038--23253 Score: 316
Period size: 39 Copynumber: 5.6 Consensus size: 39
23028 AGGTCTCGAC
23038 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCGAA-AGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
23075 GATGTATCCTCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTAT-C-CGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
23116 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
* *
23155 GATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
23195 GAT-TATCCGGGCTAAATCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
*
23234 G-TGTAT-CGGACTAAGTCCGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGA
23254 CCGACTAGTT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 7, Indels: 14
0.89 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 8 0.05
38 12 0.07
39 82 0.50
40 41 0.25
41 22 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
Found at i:23177 original size:79 final size:78
Alignment explanation
Indices: 23038--23253 Score: 325
Period size: 79 Copynumber: 2.8 Consensus size: 78
23028 AGGTCTCGAC
*
23038 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCGAA-AGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCTCGGGCTAAGTCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTAT-C-CGGACTAAGTCCGAAG
*
23101 AGCATTCGTGCTAGT
64 AGCATTCATGCTAGT
*
23116 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGACTAAG-TCCGAAGA
23181 GCATTCATGCTAGT
65 GCATTCATGCTAGT
*
23195 GAT-TATCCGGGCTAAATCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG-TGTAT-CGGACTAAGTCCGA
1 GATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGA
23254 CCGACTAGTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 5, Indels: 10
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
76 5 0.04
77 9 0.07
78 30 0.23
79 64 0.50
80 21 0.16
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (78 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCGAAGAG
CATTCATGCTAGT
Found at i:23665 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 23633--23682 Score: 64
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
23623 TGTAATACGA
23633 ATGAATAAAGAGCACTATGTGTGTGAG
1 ATGAAT-AAGAGCACT-TGTGTGTGAG
* *
23660 ATGAATTAGGGCACTTGTGTGTG
1 ATGAATAAGAGCACTTGTGTGTG
23683 TGCGAATTCC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.38
26 7 0.33
27 6 0.29
ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.32, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
ATGAATAAGAGCACTTGTGTGTGAG
Done.